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れんかうすい
5 years ago
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1 デザイン ID の確認法 SureDesign version /4/15 予告無くソフトウェアのアップデートを行う場合がありますそのため本資料とソフトウェア画面が異なる場合がありますご了承ください最新資料ダウンロードサイト ; Page1

2 目次ファイルダウンロード方法 1 と 2 方法 1:Home タブの最近使用したものお気に入りからダウンロード方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索各ファイルの内容デザインのお気に入り設定 Page2

ファイルダウンロード方法 1 と 2 ファイルのダウンロード法には 2 種類あります下記いずれかの方法でダウンロードしてください方法 1:Home タブの最近使用したものお気に入りからダウンロード設計したカスタムデザイン発注したことのあるデザインファイルをダウンロードしたデザイン

3 ファイルダウンロード方法 1 と 2 ファイルのダウンロード法には 2 種類あります下記いずれかの方法でダウンロードしてください方法 1:Home タブの最近使用したものお気に入りからダウンロード設計したカスタムデザイン発注したことのあるデザインファイルをダウンロードしたデザインお気に入り設定をしたデザイン ( 後述 ) は Home タブにリスト化され検索せずにダウンロードすることができます方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索初めてファイルをダウンロードするデザインや上記最近使用したものお気に入りリストにない場合は目的デザインを検索してからダウンロードします Page3

4 方法 1:Home タブの最近使用したものお気に入りからダウンロード 1. ログイン後の画面の Home タブで最近使用したものお気に入りリスト内に目的のデザインがあることを確認しますマークをクリックし必要なファイルにチェックを入れてダウンロードします Page4

5 方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索 1.SureDesign にログインします 2. デザイン検索タブから目的の製品を選択します Page5

6 方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索 3. 目的のデザインにあったタブを選択しますアジレントカタログ : アジレントのカタログ製品マイデザイン : 同じWorkGroup 内にあるカスタムデザインコラボレーション : Collaborationスペース内にあるカスタムデザイン 4. 必要があればデザインの絞り込みや検索を行います生物種や作成日は選択した製品によって表示が異なります生物種や作成日で絞り込めますデザインIDや名前, Description, 生物種, Keywordで検索できます検索のクリアをクリックすると検索キーが解除されます Page6

7 方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索 5. 名前欄にカーソルを当てるあるいは名前欄をクリックするとデザイン ID 等を確認できますマイデザインタブあるいはコラボレーションタブの場合はステータス欄でデザインの Status を確認できます 6. 各種ファイルをダウンロードする時はアクション欄の Download をクリックしてくださいカタログ製品あるいはステータスが Complete となったカスタムデザインはファイルをダウンロードすることができますドラフトは限られたファイルのみダウンロードできます Page7

8 方法 2: デザイン検索タブから目的のデザインを検索 7. 必要なファイルにチェックを入れ Download をクリックします現れたウィンドウで Open あるいは Save をクリックしてくださいダウンロードできるファイルの種類や数はデザインの作成方法や Status 製品 ( マイクロアレイ /SureSelect/HaloPlex) によって異なります Page8

9 各ファイルの内容 (SureSelect/HaloPlex の場合 ) ダウンロードできるファイルの種類や数はデザインの作成方法や Status 製品 ( マイクロアレイ /SureSelect/HaloPlex) によって異なります Report file: [design ID]_Report.pdf デザイン作成者や生物種カバレッジ等の情報同じ情報が [design ID]_Report.txt file にも含まれます BED files 各カスタムデザインに各種 bedファイルが自動で作成されます USCSのゲノムブラウザにインポート可能です注 ; 4カラムフォーマットで120baseシークエンスをアップロードしたProbeGroupについてはbedファイルが作成されません [design IDもしくはProbeGroupID]_Regions.bed プローブを選択したターゲット領域 [design IDもしくはProbeGroupID]_ Amplicon.bed (HaloPlexのみ) 実際に増幅されるアンプリコンの位置情報 [design IDもしくはProbeGroupID]_ Covered.bed このデザインでカバーされる領域 [design IDもしくはProbeGroupID]_ AllTracks.bed 下記の複数トラックが含まれます Target Regions track: 上記 [design ID]_Regions.bed と同じ情報 Covered track:target Regionのうちプローブがカバーしている領域カタログ製品では [design ID]_Covered.bedと同じ情報 Missed track: 解析されない領域 Amplicons track(haloplex のみ ): 実際に増幅されるアンプリコンの位置情報 Text files 下記 3 種のテキストファイルが自動作成されますテキスト編集プログラム (NotePad) やエクセルなどで開くことができます [design IDもしくはProbeGroupID]_Targets.txt デザインを作成した際に入力したターゲットのリスト [design IDもしくはProbeGroupID]_Report.txt デザインの設計パラメータやターゲットプローブ等のサマリ情報 Page9

10 各ファイルの内容 (CGH/ChIP の場合 ) ダウンロードできるファイルの種類や数はデザインの作成方法やStatus 製品( マイクロアレイ /SureSelect/HaloPlex) によって異なりますファイル名につけられた日付はアノテーション更新日を示します GALファイル [design 名 ]_[design ID]_D_[ 日付 ].gal プローブのスポット位置やアノテーションを示したgalファイル GEML ファイル FeatureExtraction や Agilent Genomic Workbench, CytoGenomics ソフトウェアではこのファイルを使います [design 名 ]_[design ID]_D_F_[ 日付 ].xml プローブプローブのスポット位置やアノテーションを示した GEML1.0 ファイル Report file: [design ID]_Report.pdf デザイン作成者や生物種プローブ数などのサマリ情報同じ情報が [design ID]_Report.txt file にも含まれます BED files 各カスタムデザインに各種 bed ファイルが自動で作成されます USCS のゲノムブラウザにインポート可能です [design ID もしくは ProbeGroupID]_ Covered.bed このデザインでカバーされる領域 [design 名 ]_[design ID もしくは ProbeGroupID]_D_BED_ 日付.bed このデザインに含まれるプローブごとの位置情報 Text files 下記 9 種のテキストファイルが自動作成されますテキスト編集プログラム (NotePad) やエクセルなどで開くことができます [design ID]_Targets.txt デザインを作成した際に入力したターゲットのリスト [design ID もしくは ProbeGroupID]_Report.txt デザインの設計パラメータやターゲットプローブ等のサマリ情報 [design 名 ]_[design ID]_D_DNABack_BCLeft_[ 日付 ].tdt プローブのスポット位置やアノテーションを示した txt ファイルバーコードを左側オリゴがスポットされている背面から見た際のポジションで記載しています (Agilent スキャナでの読み取り方向と同じ ) [design 名 ]_[design ID]_D_DNAFront_BCBottom_[ 日付 ].tdt プローブのスポット位置やアノテーションを示した txt ファイルバーコードを下側オリゴがスポットされている表面から見た際のポジションで記載しています [design ID]_GeneList_[ 日付 ].tdt 各プローブの ProbeID ターゲット ID やゲノム位置情報が含まれます [design 名 ]_[design ID]_D_Fasta_[ 日付 ].txt プローブのシークエンス情報を Fasta 形式で記入したファイル [design 名 ]_[design ID]_D_SequenceList_[ 日付 ].txt プローブのシークエンス情報を txt 形式で記入したファイル [design 名 ]_[design ID]_D_GEO_[ 日付 ].txt GEO のプラットフォーム登録用に記入したファイル [design 名 ]_[design ID]_D_NormalizedProbes_[ 日付 ].txt (CGH アレイの場合のみ ) デフォルトのバックボーンプローブの情報リスト Page10

11 デザインのお気に入り設定 1. デザイン検索タブ > 目的の製品と選択し前述の方法で目的のデザインを検索します 2. 該当デザインの名前欄をクリックし現れたウィンドウでデザイン名横の星印をクリックしますお気に入り設定をすると星印が黄色くなり Home タブの最近使用したものお気に入りに反映されますお気に入り設定を解除するには Home タブの最近使用したものお気に入りリストの該当デザイン右にある黄色い星印をクリックします Page11

12 お問い合わせ先 SureDesign に関するサポートお問い合わせ窓口 TEL: _japan@agilent.com SureDesign に関する質問と明示ください価格納期等のご質問は担当営業にご連絡ください Page12

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スライド 1 HaloPlex デザイン済み疾患リサーチパネル SureDesign からのオーダー方法 SureDesign version 3.0 2015/4/15 予告無くソフトウェアのアップデートを行う場合がありますそのため本資料とソフトウェア画面が異なる場合がありますご了承ください最新資料ダウンロードサイト ;http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1002474