PubMedの使い方

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めぐのうみのなか
5 years ago
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1 PubMed の使い方応用編 URL

2 本日の内容 PubMed をカスタマイズする (My NCBI) MeSH の活用忙しい臨床医のための検索 Clinical Queries エビデンスレベルの高い文献検索 ( 網羅的な検索 ) タグを使った検索その他便利な機能について

3 PubMed をカスタマイズする My NCBI の主な機能検索式の保存 My NCBI 保存した検索式を自動的に実行し定期的にメール配信 ( アラート機能 ) 検索結果の保存表示形式のカスタマイズ利用するには登録が必要 ( 無料 )

4 My NCBI 登録登録画面ここをクリック Username は 3 文字以上で数字またはアンダーバーを含む Password は 6 文字以上で大文字小文字は区別される < ログイン後 > ここで設定したメールアドレスは検索結果画面の Send to で E mail を指定した時に自動的に表示されます

5 My NCBI( 検索式保存 ) 検索式を長期間保存し繰り返し利用する 1 検索実行後 Save Search をクリック 2 検索式に名前をつけて Save ボタンをクリック 3 詳細を設定 ( アラート機能の設定など ) 1 3 アラート機能頻度の設定 2 検索式に名前を付ける保存した検索式を自動実行させ結果をメール転送させる機能送付レコード内容の設定送付件数の指定

6 My NCBI( 検索結果保存 ) 検索結果の保存 1 結果一覧表示画面で保存するレコードを選択 ( チェックを付ける ) チェックを付けない場合は全件 (5000 件まで ) 2 Send toでcollectionsを選択して Add to Collectionsをクリック新しい Collection を作成するか既存の Collection に追加するか選択する保存したデータは My NCBI から確認できる

7 My NCBI( 検索結果フィルター表示 ) 検索結果を設定したフィルターにかける 1 結果表示画面の右上フィルター項目の Manage Filters をクリック ( 初期設定は Review と Free Full Text に設定 ) 2 Frequently Requested Filters タブまたは Browse Filter タブでフィルターを設定 (5 つまで )

8 My NCBI ( 検索キーワードのハイライト ) 検索結果の表示画面で検索したキーワードをハイライト表示させる 1 My NCBIのPreferencesのページで設定する 2 好きな色を選択する 1 2

9 MeSH の活用 MeSH(Medical Subject Headings) とは文献中の表現 MEDLINEのキーワード cancer,neoplasm, neoplasms( 統制語 ) tumor MEDLINEの統制語辞書 ( シソーラス ) がMeSH ( さまざまな医学用語をできるだけ統一して使えるようにまとめられている ) PubMedでは自動マッピング機能があり思い付いたキーワードで検索しても自動的に適切なMeSH 用語も含めた検索をしてくれる

10 MeSH を使った検索のメリット MeSH に限定した検索自動マッピング機能ではキーワード以外の項目 ( 抄録などすべての項目 ) も含めた検索をするのでごみの多い検索になる MeSHに限定した検索をすることで精度の高い検索ができるさらにMajor Topic( 中心テーマ ) に限った検索をするとより質の高い検索に

MeSH を使った検索のメリット Subheadings( 副標目 ) を組み合わせた検索 Subheadings= 各分野に共通する大きな概念 (diagnosis, etiology, therapy, genetics など ) MeSH 用語に組み合わせることできめの細かい検索ができる各 MeSH 用語にどのような

11 MeSH を使った検索のメリット Subheadings( 副標目 ) を組み合わせた検索 Subheadings= 各分野に共通する大きな概念 (diagnosis, etiology, therapy, genetics など ) MeSH 用語に組み合わせることできめの細かい検索ができる各 MeSH 用語にどのような Subheadings が組み合わせ可能かは MeSH データベースで確認する lung neoplasms AND drug therapy "Lung Neoplasms/drug therapy"[mesh] lung neoplasms drug therapy lung neoplasms drug therapy

12 MeSH を使った検索のデメリット最新レコードを漏らす可能性がある PubMed には作業前作業中のレコードも収録されているが MeSH 用語の付与がまだなので MeSH のみの検索では漏らす恐れがある別途作業前作業中のレコードのみフリーワード ( できるだけ同義語を含める ) の検索が必要 (lung caner OR lung neoplasm* OR lung tumor) AND (publisher [SB] OR in process [SB]) 作業前作業中のデータに限定

13 MeSH を使った検索のデメリット新しい概念の検索には対応する MeSH 用語がない場合がある MeSH は毎年改訂され新しい用語も追加されるがすぐには対応していない場合もあるフリーワード ( できるだけ同義語を含める ) で検索

14 忙しい臨床医のための検索 Clinical Queries エビデンスの高い文献を短時間で検索するここをクリック入力したキーワードについて比較的根拠の確かな文献に絞って検索できる ( 網羅的な検索ではない )

15 3 つの検索フィルター Clinical Queries 研究デザインに着目したキーワードのまとまりであるフィルターが自動的に付与されて検索される検索するキーワードをここへ入力各 Filter をクリックするとどのような検索が実行されるか確認できる

diagnosis( 診断 ) therapy( 治療 ) prognosis( 予後 ) clinical

16 Clinical Queries 1 Clinical Study Category の左図のように 5 種類の研究カテゴリーと2 種類 Scopeを設定する Category( 臨床研究カテゴリー ) etiology( 病因 ) diagnosis( 診断 ) therapy( 治療 ) prognosis( 予後 ) clinical prediction guides( 臨床予測指針 ) Scope( 検索の範囲 ) narrow( 狭い ) broad( 広い )

17 Clinical Queries 2 Find Systematic Reviews Systematic Reviewに関連ある論文を探す Publication TypeのMeta analysisを使った検索よりも広く検索できるシステマティックレビューとは同一のテーマに関する複数のランダム化比較試験 (RCT) などを統計的に処理して総合評価した結果をまとめた論文コクラン共同体システマティックレビューについて PubMedでは抄録まで全文はEBM Reviewsに収録

18 Clinical Queries 3 Medical Genetics Searches 遺伝子学関係文献のための検索画面キーワードを入力し Categoryにチェックを付けて検索すると各カテゴリーに最適な遺伝学関係のキーワードが自動的に追加される

19 Clinical Queries 検索例風邪の治療にビタミンCは有効かどうか ( 科学的根拠の確かな文献をいくつか確認したい ) キーワード common cold, vitamin c

20 診療ガイドライン作成などのためにエビデンスレベルの高い文献を検索エビデンスの高い文献を網羅的かつ効率的に検索する 1 MeSHを使う 2 Subheadingsを使う 3 Publication Typesを使う 4 特定のキーワードを使う

21 エビデンスレベルの高い文献の網羅検索 < 治療 > に関するキーワード ( 最も主だったキーワード ) [MeSH]( 統制されたキーワード ) double blind method placebos [Publication Types]( 文献の種類 ) clinical trial comparative study controlled clinical trial randomized controlled trial [Title/Abstract Words] random* (* は前方一致検索 ) Yale 大学ではこれらのキーワードを PubMed 用に翻訳したものを以下の URL で公開している ( コピーペーストでそのまま使える )

22 エビデンスレベルの高い文献の網羅検索乳癌の臨床的腫瘤径評価に超音波検査を行うことは勧められるか? キーワード breast cancer, ultrasonography, size, sensitivity 1 MeSHの確認 (breast cancer, ultrasonography) 同時にSubhedingsの確認キーワードとして使えそうなMeSHを複数組み合わせる

23 エビデンスレベルの高い文献の網羅検索 2 Publication Types(Limit 機能 ) や特定のキーワードを掛け合わせる 3 必要に応じて出版年や言語を組み合わせる

24 エビデンスレベルの高い文献の網羅検索乳癌の臨床的腫瘤径評価に超音波検査を行うことは勧められるか? 検索例

25 タグを使った検索検索する項目を指定して検索する雑誌名で検索 ( 雑誌名は略誌名で検索 ) n engl j med[ta] 論文タイトルに限定して検索 lung cancer[ti] 出版年月日 2010[DP] 2008:2010[DP] 2010/06[DP]

26 便利な機能携帯電話や ipod のような携帯端末で PubMed を検索したいロゴやフレームなどの余分なデータなしで利用できる URL 分野から雑誌を探したい Journal Subject Terms で一覧が見られる URL index.cfm MEDLINE に索引済の完成レコードだけを検索したい Limits 機能の Subsets 項目から MEDLINE を選択手元のピッタリの文献を元に検索したい探しているテーマにピッタリの文献が 1 件でもヒットした場合は Related Citations をクリックすると関連文献を表示できる

27 参考文献図解 PubMedの使い方 : インターネットで医学文献を探す改訂 4 版岩下愛, 山下ユミ共著日本医学図書館協会 (1 回閲覧室あり 490.7/ZU) 上手な情報検索のためのPubMed 活用マニュアル改訂第 2 版縣俊彦編著南江堂 (1 階閲覧室あり 490.7/AG) 東京大学医学図書館 PubMedの使い方 tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 慶應大学信濃町メディアセンター PubMedの使い方東邦大学医学メディアセンター PubMedの使い方 u.ac.jp/mmc/handout/pubmed pdf 27

ＭＥＤＬＩＮＥ

ＭＥＤＬＩＮＥ MeSH Database 機能 PubMed では各データに MeSH( メッシュ ) 用語と呼ばれるコントロールされたキーワードが付与されています例えば癌のように cancer や tumor などキーワードがいくつか考えられる概念であっても MeSH 用語としては neoplasms の 1 つに決められており MeSH 用語を使用することで的確な検索ができるようになっています検索フィールドを特に