プレゼンテーション2.ppt
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- としみ かみこ
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3 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics
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6 NCBI(
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9 UniGene EST cdna GEO Gene Entrez Gene Structure Map viewer
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15 1. AAAAAAAA 2.
16 NCBI Ensembl UCSC Genome browser
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21 Genome browser :download
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24 26250
25 1. EST 2.
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31 WoLF PSORT
32 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics
33 cdna CDS
34 genome mrna(full) AAAA Genbank Refseq cdna TTTT TTTT TTTT TTTT cdna 5 TTTT
35 Oligo-capping AP- 5
36 :0&+$ &!0*#!"#$ %#$!&# '()!$#* '&+""#, '-. '/!(0*/1$2 %#$!&# '()!$#* '&+""#, '-. '/!(0*/1$2 3# #"5 :%; 76;<87 3# :%66 <8877A &&6 ==<>7 6<B8B 3#45= 788=.+C5 :%6= <8877A 6?8?B< 667=<?<;8 &&7 A>878? 6?A<<B ;A7< B>;A 3#45< 788<-!3 :%6B <8877A 7;;;?< 6AA=B 67;>8 &&= A>878? 7?8;6< 6666B 68?== 3#45A 788A9#" :%6; 6;>87?A 6=A?888 6?;A= 6A7B7 &&A A>878? =B<<>; 6<;<B 6<6B7 Ver / 22682(87.1%) / 17213(85.7%) Ver. 6 (2007 Sep) SOLEXA 9
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41 Case 1 5 UTR ORF ignored Case 2 TSS with max number of clones Median locus of TSS ignored
42 DBTSS ver. 5
43 Weblogo SEQLOGO Weblogo
44 Ribosomal protein mrna TSS -10~+10 45
45
46 Ribosome protein (45 ) (880
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51 pre-mature
52 mature
53 A B C D
54 TRANSFAC Public DBTSS Link JASPAR
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61 1. FASTA 2. 3.submit
62 sequence logo
63 sequence logo 4.
64 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics
65 microarray,? GO regulation
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69 454: 500 bp * 1,000,000 reads Solid, SOLEXA: 25~50(70bp) * 100,000,000~ 1 run 1T
70 mapping assemble Web Mapping: Maq, SOAP, BowTie, TopHat Assemble: velvet, GSassembly
71 参考文献 Database issue Web server issue
72 UNIX R Perl, ruby, python, C++, C
73 refgene.txt cut -f 3 refgene.txt sort uniq -c Mac OSX 2 refgene.txt 3. cd ~/Desktop 4. cut -f 3 refgene.txt sort uniq -c
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プレゼンテーション3
ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG
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