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3 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics

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5 >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG TGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCGACATAGTGTGGTGGTGCCCTA TGAGCCGCCTGAGGTTGGCTCTGACTGTACCACCATCCACTACAACTACATGTGTAACAGTTCCTGCATG GGCGGCATGAACCGGAGGCCCATCCTCACCATCATCACACTGGAAGACTCCAGTGGTAATCTACTGGGAC GGAACAGCTTTGAGGTGCGTGTTTGTGCCTGTCCTGGGAGAGACCGGCGCACAGAGGAAGAGAATCTCCG CAAGAAAGGGGAGCCTCACCACGAGCTGCCCCCAGGGAGCACTAAGCGAGCACTGCCCAACAACACCAGC TCCTCTCCCCAGCCAAAGAAGAAACCACTGGATGGAGAATATTTCACCCTTCAGATCCGTGGGCGTGAGC

6 NCBI(

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9 UniGene EST cdna GEO Gene Entrez Gene Structure Map viewer

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15 1. AAAAAAAA 2.

16 NCBI Ensembl UCSC Genome browser

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21 Genome browser :download

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24 26250

25 1. EST 2.

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31 WoLF PSORT

32 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics

33 cdna CDS

34 genome mrna(full) AAAA Genbank Refseq cdna TTTT TTTT TTTT TTTT cdna 5 TTTT

35 Oligo-capping AP- 5

36 :0&+$ &!0*#!"#$ %#$!&# '()!$#* '&+""#, '-. '/!(0*/1$2 %#$!&# '()!$#* '&+""#, '-. '/!(0*/1$2 3# #"5 :%; 76;<87 3# :%66 <8877A &&6 ==<>7 6<B8B 3#45= 788=.+C5 :%6= <8877A 6?8?B< 667=<?<;8 &&7 A>878? 6?A<<B ;A7< B>;A 3#45< 788<-!3 :%6B <8877A 7;;;?< 6AA=B 67;>8 &&= A>878? 7?8;6< 6666B 68?== 3#45A 788A9#" :%6; 6;>87?A 6=A?888 6?;A= 6A7B7 &&A A>878? =B<<>; 6<;<B 6<6B7 Ver / 22682(87.1%) / 17213(85.7%) Ver. 6 (2007 Sep) SOLEXA 9

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41 Case 1 5 UTR ORF ignored Case 2 TSS with max number of clones Median locus of TSS ignored

42 DBTSS ver. 5

43 Weblogo SEQLOGO Weblogo

44 Ribosomal protein mrna TSS -10~+10 45

45

46 Ribosome protein (45 ) (880

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51 pre-mature

52 mature

53 A B C D

54 TRANSFAC Public DBTSS Link JASPAR

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59 ! " #! $! "! # " % & % % % % & % % # % % & % % % % % &! & % % & % & % & % $ % % % % & % % % % # % % & % % % % % & $ % % % % & % % % % " % & % % % % & % %! & % % & % & % & % # % % & % % % % % &! " #! $! "! # " % & % % % % & % % # % % & % % % % % &! & % % & % & % & % $ % % % % & % % % % # % % & % % % % % & $ % % % % & % % % % " % & % % % % & % %! & % % & % & % & % # % % & % % % % % &! " #! $! "! # " % & % % % % & % % # % % ' % % % % % &! & % % ( % & % & % $ % % % % ) % % % % # % % & % % % % % & $ % % % % & % % % % " % & % % % % & % %! & % % & % & % ' % # % % & % % % % % ( 3 3 n n!!! MEME Gibbs CONSENSUS.

60 MEME Motif 1 sites sorted by position p-value Sequence name Start P-value Site SEQ8; e-10 CCCGGAGTAT CTCAATCGTAGATGA ATACCACTTT SEQ3; e-10 GTTATATTGG CTCAATCGTAGATGA AACCAGACTC SEQ5; e-09 ACGGGCAAGC CTCAATCGTAGAGGA T SEQ6; e-09 GTCAGCCGGT CTCAATCGTAGATCA GAGGCGAGAA SEQ4; e-09 GTTCGAGAGC CTCAATCGTAGATAA CCTCTCTGGC SEQ2; e-09 AAGCGTCGTG CTCAATCGTAGATAA CAGAGGTCGG SEQ10; e-09 TT CTCAATCGTAGAGTA TGCTTAGAGG SEQ9; e-09 CGCCTAGAAA CTCAATCGTAGAGTA TCACGCACCG SEQ1; e-09 CTTTACTCGG CTCAATCGTAGAGGC GGTGCCGCGA SEQ7; e-08 AAGTCTTTGA CTCAATCGTAGACCC AACACTTGA MOTIF A Gibbs tttactcggc TCAATCGTAG aggcggtgcc agcgtcgtgc TCAATCGTAG ataacagagg ttatattggc TCAATCGTAG atgaaaccag ttcgagagcc TCAATCGTAG ataacctctc cgggcaagcc TCAATCGTAG aggat tcagccggtc TCAATCGTAG atcagaggcg agtctttgac TCAATCGTAG acccaacact ccggagtatc TCAATCGTAG atgaatacca gcctagaaac TCAATCGTAG agtatcacgc ttc TCAATCGTAG agtatgctta 13

61 1. FASTA 2. 3.submit

62 sequence logo

63 sequence logo 4.

64 BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics

65 microarray,? GO regulation

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69 454: 500 bp * 1,000,000 reads Solid, SOLEXA: 25~50(70bp) * 100,000,000~ 1 run 1T

70 mapping assemble Web Mapping: Maq, SOAP, BowTie, TopHat Assemble: velvet, GSassembly

71 参考文献 Database issue Web server issue

72 UNIX R Perl, ruby, python, C++, C

73 refgene.txt cut -f 3 refgene.txt sort uniq -c Mac OSX 2 refgene.txt 3. cd ~/Desktop 4. cut -f 3 refgene.txt sort uniq -c

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75 2T

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プレゼンテーション3

プレゼンテーション3 ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

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