三中小企業等の貸倒引当金の特例 ( 連結 : 中小連結法人等の貸倒引当金の特例 ) 485 四農業経営基盤強化準備金制度 487 五農用地等を取得した場合の課税の特例 488 六その他の準備金制度 ( 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う整備 ) 489 第

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1 租税特別措置法等 ( 法人税関係 ) の改正 目第一税額控除関係 395 一 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除制度 ( 研究開発税制 ) 及び試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例 395 二 エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 環境関連投資促進税制 ) 410 三 国家戦略特別区域において機械等を取得した場合の特別償却等又は法人税額の特別控除制度 412 四 地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 創設 ) 413 五 雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除制度 ( 雇用促進税制 ) 422 六 国内の設備投資額が増加した場合の機械等の特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 生産等設備投資促進税制 ) 439 七 特定中小企業者等が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除 ( 連結 : 特定中小連結法人が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除 ) 制度 440 八 雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除制度 ( 所得拡大促進税制 ) 441 九その他の税額控除制度 443 第二特別償却関係 444 一特定設備等の特別償却制度 444 次二関西文化学術研究都市の文化学術研究地区における文化学術研究施設の特別償却制度 449 三共同利用施設の特別償却制度 449 四特定農産加工品生産設備等の特別償却制度 ( 改正後 : 特定農産加工品生産設備の特別償却制度 ) 450 五特定信頼性向上設備等の特別償却制度 451 六特定地域における工業用機械等の特別償却制度 453 七医療用機器等の特別償却制度 ( 改正後 : 医療用機器の特別償却制度 ) 463 八支援事業所取引金額が増加した場合の 3 年以内取得資産の割増償却制度 464 九次世代育成支援対策に係る基準適合認定を受けた場合の建物等の割増償却制度 ( 改正後 : 次世代育成支援対策に係る基準適合認定を受けた場合の次世代育成支援対策資産の割増償却制度 ) 465 十特定再開発建築物等の割増償却制度 ( 改正後 : 特定都市再生建築物等の割増償却制度 ) 476 十一倉庫用建物等の割増償却制度 478 十二その他の特別償却制度 ( 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う整備 ) 479 第三準備金等関係 479 一使用済燃料再処理準備金制度 479 二原子力発電施設解体準備金制度

2 三中小企業等の貸倒引当金の特例 ( 連結 : 中小連結法人等の貸倒引当金の特例 ) 485 四農業経営基盤強化準備金制度 487 五農用地等を取得した場合の課税の特例 488 六その他の準備金制度 ( 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う整備 ) 489 第四土地税制関係 490 一土地の譲渡等がある場合の特別税率 490 二収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例等 493 三換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例 495 四特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除 ( 連結 : 特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の連結所得の特別控除 ) 制度 (1,500 万円特別控除制度 ) 499 五特定の資産の買換えの場合等の課税の特例 501 六特定駐留軍用地内の土地を譲渡した場合の所得の特別控除 ( 連結 : 特定駐留軍用地内の土地を譲渡した場合の連結所得の特別控除 ) 制度 ( 改正後 : 特定駐留軍用地等を譲渡した場合の所得の特別控除 ( 連結 : 特定駐留軍用地等を譲渡した場合の連結所得の特別控除 ) 制度 ) 505 七その他の土地税制 506 第五その他の特別措置関係 508 一認定研究開発事業法人等の課税の特例 ( 連結 : 連結法人である認定研究開発事業法人等の課税の特例 ) 508 二技術研究組合の所得の計算の特例 ( 連結 : 技術研究組合の連結所得の計算の特例 ) 508 三特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例 509 四特定株式投資信託の収益の分配に係る受取配当等の益金不算入等の特例 ( 改正後 : 特定株式投資信託の収益の分配に係る受取配当等の益金不算入の特例 ) 510 五損害保険会社の受取配当等の益金不算入等の特例 ( 連結 : 損害保険会社の連結事業年度における受取配当等の益金不算入等の特例 ) 511 六保険会社の受取配当等の益金不算入の特例 ( 連結 : 保険会社の連結事業年度における受取配当等の益金不算入の特例 )( 創設 ) 512 七特定目的会社に係る課税の特例 514 八投資法人に係る課税の特例 515 九特定投資信託に係る受託法人の課税の特例 522 十その他の租税特別措置等 523 第六震災税特法関係 524 一福島再開投資等準備金 ( 連結 : 連結法人の福島再開投資等準備金 ) 制度 ( 創設 ) 524 二その他の改正 535 はじめに平成 27 年度税制改正においては 1 成長志向に重点を置いた法人税改革 2 高齢者層から若年層への資産の早期移転を通じた住宅市場の活性化等 のための措置 3 企業の地方拠点強化 結婚 子育ての支援等のための措置 4 消費税率 10% への引上げの時期の変更等のための措置 5 国境を越えた取引等に係る課税の国際的調和に向けた措置及び6 震災からの復興を支援するための措置を行 393

3 うほか 所要の措置を講ずることとされ 関係法令の改正が行われました このうち法人税法関係の改正では 法人税の基本税率の引下げ これに併せた課税ベースの拡大等が行われ 法人税関係 ( 国際課税関係を除きます ) の租税特別措置法の改正では 現下の経済情勢等を踏まえ 地方創生に取り組むための投資促進税制の創設及び雇用促進税制の拡充 研究開発税制における特別試験研究費の額に係る税額控除制度の拡充 所得拡大促進税制の拡充等が行われる一方で 生産等設備投資促進税制の廃止等既存の租税特別措置の整理合理化が行われました また 法人税関係の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の改正では 避難解除等区域への事業者の帰還を支援するための福島再開投資等準備金制度の創設等が行われました 本稿は これらの改正の内容を紹介するものです この租税特別措置法及び東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の改正を含む 所得税法等の一部を改正する法律 は 去る 3 月 31 日に可決 成立し 同日に平成 27 年法律第 9 号として公布されています 関係法令は 次のとおりです ( 法律 ) 所得税法等の一部を改正する法律 ( 平 法律第 9 号 ) ( 政令 ) 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律及び行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の施行に伴う財務省関係政令の整備に関する政令 ( 平 政令第 179 号 ) 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令 ( 平 政令第 292 号 ) 租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令 ( 平 政令第 148 号 ) 租税特別措置の適用状況の透明化等に関する法律施行令の一部を改正する政令 ( 平 政令第 150 号 ) 東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令の一部を改正する政令 ( 平 政令第 151 号 ) 沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令の一部を改正する政令 ( 平 政令第 154 号 ) ( 省令 ) 租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 51 号 ) 租税特別措置の適用状況の透明化等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 65 号 ) 東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行規則 ( 平 財務省令第 66 号 ) 租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 74 号 ) 租税特別措置法施行規則等の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 30 号 ) 東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 33 号 ) 沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する省令の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 35 号 ) 法人税法施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 46 号 ) 租税特別措置の適用状況の透明化等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 48 号 ) 法人税法施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 51 号 ) 東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平 財務省令第 52 号 ) ( 告示 ) < 研究開発税制関係 > 394

4 租税特別措置法施行規則第 20 条第 7 項第 1 号又は第 22 条の23 第 7 項第 1 号に規定する試験研究機関等の長又は当該試験研究機関等の属する国家行政組織法第 3 条の行政機関に置かれる地方支分部局の長の行う認定に関する手続を定めた件等の一部を改正する告示 ( 平 国家公安委員会 総務省 財務省 文部科学省 厚生労働省 農林水産省 経済産業省 国土交通省 環境省 防衛省告示第 1 号 ) < 環境関連投資促進税制関係 > 租税特別措置法第 10 条の 2 の 2 第 1 項各号及び第 42 条の 5 第 1 項各号の規定の適用を受ける減価償却資産を指定する件の一部を改正する件 ( 平 財務省告示第 111 号 ) 租税特別措置法施行規則第 5 条の 7 第 2 項第 2 号等の規定を実施するための経済産業大臣の行う確認に関する手続を定める件の一部を改正する件 ( 平 経済産業省告示第 56 号 ) < 特定中小企業者等が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度関係 > 租税特別措置法施行令第 5 条の 6 の 3 第 1 項及び第 27 条の12の 3 第 1 項の規定に基づく 厚生労働大臣 農林水産大臣及び経済産業大臣が財務大臣と協議して指定する法人を指定する件を廃止する告示 ( 平 厚生労働省 農林水産省 経済産業省告示第 1 号 ) < 特定設備等の特別償却制度関係 > 租税特別措置法第 11 条第 1 項及び第 43 条第 1 項の規定の適用を受ける機械その他の減価償却資産及び期間を指定する件の一部を改正する件 ( 平 財務省告示第 112 号 ) 租税特別措置法第 11 条第 1 項の表第 2 号及び第 43 条第 1 項の表第 2 号の規定の適用を受ける船舶を指定する告示 ( 平 国土交通省告示第 473 号 ) < 特定農産加工品生産設備等の特別償却制度関係 > 租税特別措置法第 11 条の 3 第 2 項及び第 44 条の 4 第 2 項の規定の適用を受ける機械及び装置を指定する件を廃止する件 ( 平 農林水産省告示第 750 号 ) < 医療用機器の特別償却制度関係 > 租税特別措置法第 12 条の 2 第 1 項各号及び第 45 条の 2 第 1 項各号の規定の適用を受ける機械及び装置並びに器具及び備品を指定する件の一部を改正する件 ( 平 厚生労働省告示第 229 号 ) < 次世代育成支援対策に係る基準適合認定を受けた場合の次世代育成支援対策資産の割増償却制度関係 > 租税特別措置法第 13 条の 3 第 1 項各号及び第 46 条の 2 第 1 項各号の規定の適用を受ける建物 建物附属設備 車両及び運搬具並びに器具及び備品を指定する件 ( 平 厚生労働省告示第 233 号 ) 第一 税額控除関係 一 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除制度 ( 研究開発税制 ) 及び試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例 1 改正前の制度の概要 この制度は 次の⑴から⑻までによって構成されています ⑴ 試験研究費の総額に係る税額控除制度この制度は 青色申告書を提出する法人の各事業年度において その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合に その事業年度の所得に対する法 395

5 人税額からその事業年度の試験研究費の額に試験研究費割合に応じた税額控除割合 ( 8 ~10 %) を乗じて計算した金額 ( 以下 税額控除限度額 といいます ) を控除することができるというものです ( 措法 42の 4 1) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません なお この税額控除限度額は 当期の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし 税額控除限度超過額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 42の 4 1ただし書 42の 4 3) この繰り越された税額控除限度超過額に係る税額控除制度については 下記 ⑶の制度をご参照ください ( 注 1) 試験研究費とは 製品の製造又は技術の改良 考案若しくは発明に係る試験研究のために要する費用をいい ( 措法 42の 4 12 一 ) 具体的には 次の費用とされています ( 措令 27の 4 67) 1 その試験研究を行うために要する原材料費 人件費及び経費 ( 措令 27の 4 6 一 ) ( 注 ) 人件費は 専門的知識をもってその試験研究の業務に専ら従事する者に係るものに限ることとされています 2 他の者に委託して試験研究を行う法人のその試験研究のためにその委託を受けた者に対して支払う費用 ( 措令 27の 4 6 二 ) ( 注 ) 他の者には その試験研究を行う法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人を含むものとされています ( 措令 27の 4 7) 3 技術研究組合法第 9 条第 1 項の規定により賦課される費用 ( 措令 27の 4 6 三 ) ( 注 2) 試験研究費の額は その試験研究費に充てるため他の者から支払を受ける金額がある場合にはその金額を控除した金額とし この他の者には その法人との間に連結完 全支配関係がある他の連結法人を含むこととされています ( 措法 42の 4 1) ( 注 3) 試験研究費割合とは その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の平均売上金額に対する割合をいい ( 措法 42の 4 12 二 ) 平均売上金額とは その事業年度及びその事業年度開始の日前 3 年以内に開始した各事業年度の売上金額の平均額をいいます ( 措法 42の412 十一 措令 27の 4 20) なお 売上金額とは 棚卸資産の販売その他事業として継続して行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供に係る収益の額をいい この収益の額からは 営業外の収益の額とされるべきものを除くこととされています ( 措法 42の 4 12 十一 措令 27 の419) ⑵ 特別試験研究費の額に係る税額控除制度この制度は 青色申告書を提出する法人の各事業年度において その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額がある場合に その事業年度の所得に対する法人税額からその事業年度の特別試験研究費の額に税額控除割合を乗じて計算した金額 ( 以下 特別研究税額控除限度額 といいます ) を控除することができるというものです ( 措法 42の 4 2) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません この税額控除割合は 12% から上記 ⑴の制度における税額控除割合 ( 8 ~10%) を控除した割合とされており これにより 特別試験研究費の額については 上記 ⑴の制度と合わせて その額の12% 相当額の税額控除ができることとなります ( 措法 42の 4 2) なお この特別研究税額控除限度額は 上記 ⑴の制度と合わせて当期の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし 特別研究税額控除限度超過額については 1 年間の繰越しができる 396

6 こととされています ( 措法 42の 4 2ただし書 42の 4 3) この繰り越された特別研究税額控除限度超過額に係る税額控除制度については 下記 ⑶の制度をご参照ください ( 注 ) 特別試験研究費の額とは 試験研究費の額のうち国の試験研究機関 大学その他の者と共同して行う試験研究 国の試験研究機関 大学又は中小企業者に委託する試験研究 その用途に係る対象者が少数である医薬品に関する試験研究等に係る試験研究費の額をいい ( 措法 42の 4 12 三 ) 具体的には 次の試験研究の区分に応じ それぞれ次の金額とされています ( 措令 27の 4 89 措規 201~8) 1 特別試験研究機関等と共同して行う試験研究で その特別試験研究機関等との契約又は協定に基づいて行われるものその試験研究に要した費用の額としてその試験研究に係る試験研究機関等の長若しくはその試験研究機関等の属する国家行政組織法の行政機関に置かれる地方支分部局の長又は試験研究独立行政法人の長が認定した金額で その金額を支出した事業年度の確定申告書等にその認定に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27 の 4 8 一 9 一 措規 207 一 ) ( 注 1) 特別試験研究機関等とは 研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の試験研究機関等又は産業技術力強化法の試験研究独立行政法人をいいます ( 措令 27の 4 8 一 ) ( 注 2) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究に要する費用の分担及びその明細並びにその試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限ることとされています ( 措令 27 の 4 8 一 ) 2 大学等と共同して行う試験研究で その 大学等との契約又は協定に基づいて行われるもの次の金額の合計額を支出した事業年度の確定申告書等にその金額についての監査及び確認に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 二 9 二 措規 208 一 ) イ その大学等が支出するその試験研究に係る原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものであることにつき 監査を受け かつ その大学等の確認を受けた金額ロ その法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうちその試験研究に要した費用の額であることにつき 監査を受け かつ その大学等の確認を受けた金額 ( 注 1) 大学等とは 学校教育法の大学若しくは高等専門学校又は国立大学法人法の大学共同利用機関をいい この大学又は高等専門学校からは 構造改革特別区域法の学校設置会社が設置するものを除くこととされています ( 措令 27の 4 8 二 ) ( 注 2) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究におけるその法人及びその大学等の役割分担及びその内容 その法人及びその大学等がその試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細 その大学等がその試験研究に要する費用のうちその法人が負担した額を確認する旨及びその方法 その試験研究の成果がその法人及びその大学等に帰属する旨及びその内容 その大学等によるその試験研究の成果の公表に関する事項等が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 二 措規 201) ( 注 3) 人件費は その試験研究に直接従事する者に係るものに 旅費は そ 397

7 の試験研究に直接従事する者のその試験研究に係るもので かつ 所得税法第 9 条第 1 項第 4 号の規定に該当するものに 経費は その試験研究の用に供される機械及び装置並びに工具 器具及び備品の購入に要する費用に それぞれ限ることとされています ( 措規 208 一イ ) ( 注 4) 大学等が支出する原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものは その契約又は協定においてその法人が負担することとされているものに限ることとされています ( 措規 208 一イ ) ( 注 5) その試験研究に要した費用の額は その契約又は協定においてその法人が負担することとされているものに限るとともに 上記イの金額を除くこととされています ( 措規 208 一ロ ) 3 他の者と共同して行う試験研究で その 他の者との契約又は協定に基づいて行われ 発行済株式又は出資の総数又は総額の25% 以上を有している他の者及びその法人との間に支配関係がある他の者を除くこととされています ( 措令 27の 4 8 三 ) ( 注 2) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究における その法人及びその他の者の役割分担 0 及びその内容 その法人及びその他 0 0 の者がその試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細 その他の 者がその試験研究に要する費用のうちその法人が負担した額を確認する旨及びその方法 その試験研究の成 果がその法人及びその他の者に帰属する旨及びその内容等が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 三 措規 202) ( 注 3) その他の者が支出する原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものは るもの 次の金額の合計額を支出した事業 その契約又は協定においてその法人 年度の確定申告書等にその金額についての監査及び確認に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 三 9 二 措規 208 二 ) イ その他の者が支出する原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものであることにつき 監査を受け かつ その他の者の確認を受けた金額ロ その法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうちその試験研究に要した費用の が負担することとされているものに限ることとされています ( 措規 208 二イ ) ( 注 4) その試験研究に要した費用の額は その契約又は協定においてその法人が負担することとされているものに限るとともに 上記イの金額を除くこととされています ( 措規 208 二ロ ) 4 技術研究組合の組合員が協同して行う技術研究組合法第 3 条第 1 項第 1 号に規定する試験研究で その技術研究組合の定款若しくは規約又は同法第 13 条第 1 項に規定す 額であることにつき 監査を受け かつ る事業計画に基づいて行われるもの その その他の者の確認を受けた金額 ( 注 1) 他の者からは 特別試験研究機関等 大学等 その法人がその発行済株式又は出資の総数又は総額の25% 以上を有している他の法人 その法人の 試験研究に係る同法第 9 条第 1 項の規定により賦課される費用の額 ( 措令 27の 4 6 三 8 四 9 三 ) ( 注 ) 技術研究組合の定款若しくは規約又は事業計画は その定款若しくは規約 398

8 又は事業計画において その試験研究におけるその法人及びその法人以外のその技術研究組合の組合員の役割分担及びその内容等が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 四 措規 203) 5 特別試験研究機関等に委託する試験研究で その特別試験研究機関等との契約又は協定に基づいて行われるものその試験研究に要した費用の額としてその試験研究に係る試験研究機関等の長若しくはその試験研究機関等の属する国家行政組織法の行政機関に置かれる地方支分部局の長又は試験研究独立行政法人の長が認定した金額で その金額を支出した事業年度の確定申告書等にその認定に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 五 9 一 措規 207 二 ) ( 注 ) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究に要する費用の額及びその明細並びにその試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 五 ) 6 大学等に委託する試験研究で その大学等との契約又は協定に基づいて行われるものその法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうちその試験研究に要した費用の額であることにつき 監査を受け かつ その大学等の確認を受けた金額を支出した事業年度の確定申告書等にその監査及び確認に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 六 9 二 措規 208 三 ) ( 注 1) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究における分担すべき役割としてその法人がその試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細 その大学等が その試験研究に要する費用の額を確認する旨及びその方法 その試験研究の成果の帰属及びその成果の公表に関する事項等が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 六 措規 204) ( 注 2) その試験研究に要した費用の額とは その大学等が支出するその試験研究に係る原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものをいい その法人が負担したものは その契約又は協定においてその法人が負担することとされているものに限ることとされています ( 措規 208 三 ) 7 特定中小企業者に委託する試験研究で その特定中小企業者との契約又は協定に基づいて行われるものその法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうちその試験研究に要した費用の額であることにつき 監査を受け かつ その特定中小企業者の確認を受けた金額を支出した事業年度の確定申告書等にその監査及び確認に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 七 9 二 措規 208 四 ) ( 注 1) 特定中小企業者とは 租税特別措置法第 10 条第 4 項に規定する中小企業者で同法第 2 条第 1 項第 11 号に規定する青色申告書を提出するもの 同法第 42 条の 4 第 6 項に規定する中小企業者で青色申告書を提出するもの及び同法第 68 条の 9 第 12 項第 6 号に規定する中小連結法人に該当するもののうち 試験研究を行うための拠点を有すること等の要件を満たすものをいい その法人がその発行済株式又は出資の総数又は総額の25% 以上を有している他の法人 その法人の発行済株式又は出資の総数又は 399

9 総額の25% 以上を有している他の者及びその法人との間に支配関係がある他の者を除くこととされています ( 措令 27の 4 8 七 措規 205) ( 注 2) 契約又は協定は その契約又は協定において その試験研究における分担すべき役割としてその法人がその試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細 その特定中小企業者がその試験研究に要する費用の額を確認する旨及びその方法 その試験研究の成果の帰属に関する事項等が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 8 七 措規 206) ( 注 3) その試験研究に要した費用の額とは その特定中小企業者が支出するその試験研究に係る原材料費 人件費 旅費 経費及び外注費の額のうち その法人が負担したものをいい その法人が負担したものは その契約又は協定においてその法人が負担することとされているものに限ることとされています ( 措規 208 四 ) 8 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律の希少疾病用医薬品 希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品に関する試験研究で 独立行政法人医薬基盤研究所法の規定による助成金の交付の対象となった期間に行われるものその試験研究に要した費用の額として独立行政法人医薬基盤研究所理事長が認定した金額で その金額を支出した事業年度の確定申告書等にその認定に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額 ( 措令 27の 4 8 八 9 一 措規 207 三 ) ⑶ 繰越税額控除限度超過額に係る税額控除制度この制度は 青色申告書を提出する法人の各事業年度において 繰越税額控除限度超過額を 有する場合に その事業年度の試験研究費の額が前事業年度の試験研究費の額を超えていることを要件として その事業年度の所得に対する法人税額からその繰越税額控除限度超過額を控除することができるというものです ( 措法 42の 4 3) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません なお この繰越税額控除限度超過額は 当期の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし その事業年度において上記 ⑴ 又は⑵の制度の適用がある場合には 当期の法人税額の20% 相当額からこれらの制度により控除される金額を控除した残額を上限とすることとされています ( 措法 42の 4 3ただし書 ) ( 注 ) 繰越税額控除限度超過額とは その法人のその事業年度開始の日前 1 年以内に開始した各事業年度で 上記 ⑴ 又は⑵の制度における税額控除限度額又は特別研究税額控除限度額のうち 当期の法人税額の20% 相当額を超えていることにより 控除をしてもなお控除しきれない金額をいいます ただし 既に本制度の適用を受けて 繰越税額控除された金額がある場合には その金額を控除した残額とされています ( 措法 42の 4 12 四 ) ⑷ 中小企業技術基盤強化税制この制度は 中小企業者又は農業協同組合等で 青色申告書を提出するものの各事業年度において その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合に 上記 ⑴ 及び⑵の制度の適用に代えて その事業年度の所得に対する法人税額からその事業年度の試験研究費の額の12% 相当額 ( 以下 中小企業者等税額控除限度額 といいます ) を控除することができるというものです ( 措法 42 の 4 6) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません なお この中小企業者等税額控除限度額は 400

10 当期の法人税額の20% 相当額を上限とし 中小企業者等税額控除限度超過額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 42の 4 6ただし書 42の 4 7) この繰り越された中小企業者等税額控除限度超過額に係る税額控除制度については 次の⑸の制度をご参照ください ( 注 ) 中小企業者とは 資本金の額若しくは出資金の額が 1 億円以下の法人のうち次の法人以外の法人又は資本若しくは出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000 人以下の法人をいい ( 措法 42の 4 12 五 措令 27の 4 10) 農業協同組合等とは 農業協同組合 農業協同組合連合会 中小企業等協同組合 出資組合である商工組合及び商工組合連合会 内航海運組合 内航海運組合連合会 出資組合である生活衛生同業組合 漁業協同組合 漁業協同組合連合会 水産加工業協同組合 水産加工業協同組合連合会 森林組合並びに森林組合連合会をいいます ( 措法 42の 4 12 六 ) 1 その発行済株式又は出資の総数又は総額の 2 分の 1 以上が同一の大規模法人の所有に属している法人 ( 措令 27の 4 10 一 ) ( 注 ) 大規模法人とは 資本金の額若しくは出資金の額が 1 億円を超える法人又は資本若しくは出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000 人を超える法人をいい 中小企業投資育成株式会社を除くこととされています ( 措令 27の 4 10 一 ) 2 その発行済株式又は出資の総数又は総額の 3 分の 2 以上が大規模法人の所有に属している法人 ( 措令 27の 4 10 二 ) ⑸ 繰越中小企業者等税額控除限度超過額に係る税額控除制度この制度は 青色申告書を提出する法人の各事業年度において 繰越中小企業者等税額控除限度超過額を有する場合に その事業年度の試験研究費の額が前事業年度の試験研究費の額を 超えていることを要件として その事業年度の所得に対する法人税額からその繰越中小企業者等税額控除限度超過額を控除することができるというものです ( 措法 42の 4 7) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません なお この繰越中小企業者等税額控除限度超過額は 当期の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし その事業年度において上記 ⑷の制度の適用がある場合には 当期の法人税額の 20% 相当額から上記 ⑷の制度により控除される金額を控除した残額を上限とすることとされています ( 措法 42の 4 7ただし書 ) ( 注 ) 繰越中小企業者等税額控除限度超過額とは その法人のその事業年度開始の日前 1 年以内に開始した各事業年度で 上記 ⑷の制度における中小企業者等税額控除限度額のうち 当期の法人税額の20% 相当額を超えていることにより 控除をしてもなお控除しきれない金額をいいます ただし 既に本制度の適用を受けて 繰越税額控除された金額がある場合には その金額を控除した残額とされています ( 措法 42の 4 12 七 ) ⑹ 試験研究費の増加額又は平均売上金額の10% 相当額を超える試験研究費の額に係る税額控除制度この制度は 青色申告書を提出する法人が 平成 20 年 4 月 1 日から平成 29 年 3 月 31 日までの間に開始する各事業年度において 次の1 又は 2に該当する場合に その事業年度の所得に対する法人税額からそれぞれ次の算式により計算した金額 ( 以下 税額控除限度額 といいます ) を控除することができるというものです ( 措法 42の 4 9) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません また その法人が次の1 及び2のいずれにも 401

11 該当する場合には その法人の選択により いずれか一の場合のみに該当するものとして本制度を適用することとし 次の1 及び2の双方に同時に該当するものとして本制度を適用することはできません ( 措法 42の 4 10) なお この税額控除限度額は 上記 ⑴から⑸ までの各制度における当期の法人税額の20% 相当額とは別枠で 当期の法人税額の10% 相当額を上限とすることとされています ( 措法 42の 4 9ただし書 ) 1 増加試験研究費の額が比較試験研究費の額の 5 % 相当額を超え かつ 試験研究費の額が基準試験研究費の額を超える場合 ( 措法 42 の 4 9 一 ) 算式 増加試験研究費の額 30%( 増加試験研究費割合が30% 未満である場合には その増加試験研究費割合 ) ( 注 1) 増加試験研究費の額とは 法人の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額からその法人の比較試験研究費の額を控除した残額をいいます なお その事業年度からは 設立事業年度を除くこととされています ( 措法 42の 4 9 一 ) ( 注 2) 比較試験研究費の額とは その事業年度開始の日前 3 年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の合計額をその 3 年以内に開始した各事業年度の数で除して計算した金額をいいます ( 措法 42の 4 12 九 ) ( 注 3) 基準試験研究費の額とは その事業年度開始の日前 2 年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち最も多い額をいいます ( 措法 42の 4 12 十 ) ( 注 4) 増加試験研究費割合とは 増加試験研究費の額の比較試験研究費の額に対する割合をいいます ( 措法 42の 4 9 一 ) 2 当期の試験研究費の額が平均売上金額の10 % 相当額を超える場合 ( 措法 42の 4 9 二 ) 算式 ( 当期の試験研究費の額 - 平均売上金額 10%) 超過税額控除割合 ( 注 ) 超過税額控除割合 =( 試験研究費割合 - 10%) 0.2 ⑺ 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例この特例は 青色申告書を提出する法人の平成 25 年 4 月 1 日から平成 27 年 3 月 31 日までの間に開始する各事業年度において その各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合に 試験研究費の総額に係る税額控除制度等 ( 上記 ⑴から⑸まで ) における税額控除限度額の上限を当期の法人税額の30%( 本特例適用前 :20%) 相当額とするというものです ( 措法 42の 4 の 2 ) ⑻ 連結納税制度における試験研究費の総額に係る税額控除制度等連結親法人又はその連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合についても 上記 ⑴から⑺までとおおむね同様の制度が設けられていますが 上記 ⑴から⑺までの制度における税額控除限度額若しくは特別研究税額控除限度額又は中小企業者等税額控除限度額については 連結グループ全体で計算することとされています ( 措法 68の 9 68の9の2) 2 改正の趣旨及び背景 研究開発税制については 平成 25 年度税制改正においていわゆる 総額型 の税額控除限度額の上限の引上げ等の拡充が行われ 平成 26 年度税制改正においていわゆる 増加型 が試験研究費の増加割合に応じて税額控除割合が高まる仕組みへと改組されるなど 累次の拡充が行われてきたと 402

12 ころです 一方 平成 27 年度税制改正においては 法人課税を成長志向型の構造に変えることを目指し 課税ベースを拡大しつつ税率を引き下げる法人税改革を実施することとされ 研究開発税制についても この課税ベースの拡大の一環として 見直しが行われました 具体的には 税制調査会報告書 法人税の改革について ( 平成 26 年 6 月 27 日 ) において 最大の政策税制であり かつ重要度の高い研究開発税制については 次の観点から見直すべきである 総額型は 平成 15 年度税制改正において 税率引下げが見送られる中 政策の重点分野への集中投入を図る観点から 研究開発税制を大幅に拡充するものとして導入された経緯や 税額控除が結果的に補助金と同じ効果を持つことを踏まえ 税率引下げに対応して大胆に縮減 すべきとされたことを踏まえ いわゆる 総額型 の縮減を中心に見直しが行われました 一方 日本再興戦略 改訂 2014( 平成 26 年 6 月 24 日閣議決定 ) においては 成長実現に向けた具体的な取組の一つである産業基盤を強化するための 日本産業再興プラン の 3. 科学技術イノベーションの推進 / 世界最高の知財立国 において 企業が行き過ぎた技術の自前主義 自己完結主義から脱却し 機動的なイノベーションを目指すオープンイノベーションを強力に推進するための環境整備を図る こととされ 研究開発税制においても オープンイノベーション型の拡充が行われました 以上のように 平成 27 年度税制改正においては 1 いわゆる 総額型 の税額控除 ( 上記 1 ⑴⑵ ⑷) について 質の高い研究開発投資を促進していく観点から 支援の重点を 共同研究などいわゆるオープンイノベーション型の研究開発にシフトする 2 繰越控除制度 ( 上記 1 ⑶⑸) について その適用実態に一部偏りが見られ 公平性の観点から望ましくないことなどを考慮して 廃止するなどの見直しが行われました 3 改正の内容 ⑴ 税額控除限度額の上限の見直し試験研究費の総額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑴) 及び中小企業技術基盤強化税制 ( 上記 1 ⑷) の税額控除限度額の上限が 当期の法人税額の25% 相当額とされました ( 措法 42の 4 1 後段 2 後段 ) また 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例 ( 上記 1⑺) は 適用期限の到来をもって廃止されました ( 旧措法 42 の4の2) 改組後の特別試験研究費の額に係る税額控除制度 ( 下記 ⑵) における特別研究税額控除限度額の上限が 試験研究費の総額に係る税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制とは別枠で当期の法人税額の 5 % 相当額とされたことにより 改正前の特例 ( 上記 1⑺) による税額控除限度額の上限と同水準 (30%) が維持されています なお 連結納税制度の場合についても 同様の改正が行われています ( 措法 68の 9 1 後段 2 後段 旧措法 68の 9 の 2 旧措令 39の39の 2 ) ⑵ 特別試験研究費の額に係る税額控除制度の改組 1 制度の概要特別試験研究費の額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑵) が改組され 青色申告書を提出する法人の各事業年度において その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額がある場合に その事業年度の所得に対する法人税額から次の金額の合計額 ( 以下 特別研究税額控除限度額 といいます ) を控除することができる制度とされました ( 措法 42の 4 3) イその事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうち特別試験研究機関等と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額の30% 相当額 403

13 ロその事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうちイの試験研究費の額以外の試験研究費の額の20% 相当額なお この特別研究税額控除限度額は 当期の法人税額の 5 % 相当額を上限とすることとされています ( 措法 42の 4 3 後段 ) また 当期において試験研究費の総額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑴) 又は中小企業技術基盤強化税制 ( 上記 1⑷) の適用を受ける場合には これらの制度により当期の法人税額から控除する金額の計算の基礎となった特別試験研究費の額は 本制度の対象から除くこととされています ( 措法 42の 4 3) ( 注 ) 法人税法の規定との調整 法人税の額から控除される特別控除額の特例及び申告要件は 改正前と同様です 2 特別試験研究及び特別試験研究費の額の範囲本制度の対象となる特別試験研究及び特別試験研究費の額の範囲は 次の点を除き 改組前の特別試験研究費の額に係る税額控除制度と同様です ( 措法 42の 4 6 六 措令 27の 4 67 措規 201~11) イ特別研究機関等と共同して行う試験研究 ( 上記 1⑵( 注 )1) 及び特別研究機関等に委託する試験研究 ( 上記 1⑵( 注 )5) の共同 委託先である特別研究機関等のうち 産業技術力強化法の試験研究独立行政法人は 国立研究開発法人とされました ( 措令 27の 4 6 一ロ ) ( 注 1) 特別試験研究機関等 が税額控除割合 30% の税額控除の対象となる試験研究の共同 委託先の名称とされたことに伴い 上記 1⑵( 注 )15の特別試験研究機関等は 特別研究機関等 と名称が変更されています ( 注 2) これにより 特別研究機関等は イ研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等 の効率的推進等に関する法律の試験研究機関等又はロ国立研究開発法人となります ( 措令 27の 4 6 一 ) ロ特定中小企業者に委託する試験研究 ( 上記 1⑵( 注 )7) の委託先の範囲に 次のものが追加されました ( 措令 27の 4 6 七 措規 205) イ法人税法別表第二に掲げる法人ロ医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律第二条第十五項に規定する指定薬物及び同法第七十六条の四に規定する医療等の用途を定める省令第 2 条第 1 号イからニまでに掲げるもの具体的には 国の機関 地方公共団体及びその機関 学校教育法に規定する大学及び高等専門学校並びに国立大学法人法に規定する大学共同利用機関並びに独立行政法人及び地方独立行政法人がこれに該当します ( 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律第二条第十五項に規定する指定薬物及び同法第七十六条の四に規定する医療等の用途を定める省令 2 一 ) ( 注 1) 上記イ及びロからは 特別研究機関等 大学等 その法人がその発行済株式又は出資の総数又は総額の25% 以上を有している他の法人 その法人の発行済株式又は出資の総数又は総額の25 % 以上を有している他の者及びその法人との間に支配関係がある他の者を除くこととされています ( 措令 27の 4 6 七 ) ( 注 2) 関係法令については 下記の ( 参考 1 ) をご参照ください ハ特定中小企業者等から知的財産権の設定又は許諾を受けて行う一定の試験研究でその特定中小企業者等との契約又は協定に基づいて行われるものに係る試験研究費の額のうちその知的財産権の使用料が追加され 404

14 ました 具体的には以下のとおりです イ特定中小企業者等対象となる特定中小企業者等は 改正前の特定中小企業者に委託する試験研究 ( 上記 1⑵( 注 )7) の委託先である特定中小企業者から 試験研究を行うための拠点を有すること等の要件を除外したものです ( 措令 27の 4 6 八 ) ロ知的財産権対象となる知的財産権は 知的財産基本法第 2 条第 2 項に規定する知的財産権及び外国におけるこれに相当するものとされています ( 措法 42の 4 6 六 ) なお 知的財産権の使用の形態は設定又は許諾に限られていますので 移転は対象となりません ( 注 ) 関係法令については 下記の ( 参考 2 ) をご参照ください ハ契約又は協定契約又は協定は その契約又は協定において次の事項が定められているものに限ることとされています ( 措令 27の 4 6 八 措規 208) A 知的財産権の設定又は許諾の期間及び条件 B その法人がその特定中小企業者等に対して支払うその知的財産権の使用料の明細 ( その試験研究の進捗に応じてその知的財産権の使用料を支払う場合には その旨を含みます ) C その知的財産権の設定又は許諾がその法人が行う試験研究のためである旨並びにその試験研究の目的及び内容 D その知的財産権の設定又は許諾をする特定中小企業者等の氏名又は名称及び代表者の氏名並びに住所又は本店若しくは主たる事務所の所在地 E その試験研究に係る定期的な進捗状況に関する報告の内容及び方法並びに技術に関する情報の共有の方法 F その他参考となるべき事項ニ特別試験研究費の額この試験研究に係る試験研究費の額のうち特別試験研究費の額とされる金額は その法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうちこの試験研究に係る知的財産権の使用料の額であってその法人がその特定中小企業者等に対して支払ったものであることにつき 監査を受け かつ その特定中小企業者等の確認を受けた金額で その金額を支出した事業年度の確定申告書等にその監査及び確認に係る書類の写しを添付することにより証明がされた金額とされています ( 措令 27の 4 7 四 措規 2011) ( 注 ) 知的財産権の設定又は許諾の対価の額も使用料の額に含まれると考えられます ニ希少疾病用医薬品 希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品に関する試験研究 ( 上記 1⑵( 注 )8) における希少疾病用医薬品 希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品の範囲の拡充等厚生労働大臣が希少疾病用医薬品 希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品として指定する要件のうち その用途に係る対象者の数が本邦において 5 万人に達しないこととの要件における 5 万人 について その用途が難病の患者に対する医療等に関する法律第 5 条第 1 項に規定する指定難病である場合には 人口のおおむね1,000 分の 1 程度に相当する数とされました ( 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則 251ただし書 ) ( 注 1) 人口とは 官報で公示された最近の国勢調査又はこれに準ずる全国的な人口調査の結果による人口をいいます ( 注 2) この改正は 医薬品 医療機器等の 405

15 品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平成 27 年厚生労働省令第 79 号 ) により行われています ( 注 3) 関係法令については 下記の ( 参考 3 )~( 参考 6 ) をご参照ください また 独立行政法人医薬基盤研究所が国立研究開発法人医薬基盤 健康 栄養研究所となったこと等に伴う所要の整備が行われています ( 措令 27の 4 6 九 措規 209 三 ) ホ試験研究費の総額に係る税額控除制度等との関係本制度の対象となる特別試験研究費の額からは 試験研究費の総額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑴) 又は中小企業技術基盤強化税制 ( 上記 1⑷) の適用を受ける場合には これらの制度により当期の法人税額から控除する金額の計算の基礎となった特別試験研究費の額を除くこととされています ( 措法 42の 4 3) したがって 特別試験研究費の額については 本制度の対象とするか 試験研究費の総額に係る税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制の対象とするかを 各法人において選択する必要があります 3 特別研究税額控除限度額特別研究税額控除限度額は その事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうち特別試験研究機関等と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額の30% 相当額と その他の特別試験研究費の額の20% 相当額との合計額とされています ( 措法 42の 4 3) イ特別試験研究費の額のうち特別試験研究機関等と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額 すなわち特別試験研究費の額のう ち特別試験研究機関等と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額は 具体的には 上記 1⑵( 注 )1256の特別試験研究費の額とされています ( 措法 42の 4 3 一 措令 27の 4 1) ( 注 ) 国家戦略特別区域において機械等を取得した場合の特別償却等又は復興産業集積区域における開発研究用資産の特別償却等の各制度により特別試験研究費の額とみなされる金額 ( 措法 42の106 震災税特法 17の 5 2) は 税額控除割合が20 % となります ロ特別研究税額控除限度額の上限特別研究税額控除限度額の上限は 当期の法人税額の 5 % 相当額とされています ( 措法 42の 4 3 後段 ) この上限は 改正前と異なり 本制度のみで計算することとされ 試験研究費の総額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑴) とは別枠とされています このような構造となったことから 中小企業技術基盤強化税制 ( 上記 1⑷) とも上限を別枠とした上で中小企業技術基盤強化税制と本制度を併用することができることされています ( 注 ) 5 % の算定の基礎等となる当期の法人税額について 調整前法人税額 という名称を付すとともに 他の税額控除制度においてもこの 調整前法人税額 の定義を引用することとして規定の簡素化が図られています この 調整前法人税額 の計算に当たり適用しないものとされている規定について 単体納税についてのみ 連結納税の承認を取り消された場合の法人税額の調整 ( 取戻し課税 ) に関する規定 ( 措法 42の の の の105 42の115 及び42の 12の 3 5) が除外されていますが これは 法人税法第 127 条の改正により連結納税の承認を取り消された場合には青色申 406

16 告の承認も取り消すものとされたこと ( 前掲の 法人税法の改正 の 六その 他 の 12 青色申告の承認の取消し及 び連結納税の承認の取消しに係る規定の明確化等 参照 ) に伴うものであり 実質的に改正前と同様です 4 連結納税制度連結納税制度の場合についても 同様の改正が行われています ( 措法 68の 9 3 措令 39 の39156 措規 22の23589 三 11) なお 特別研究税額控除限度額は連結グループ全体で計算することとされ 本制度における税額控除額の個別帰属額は次の金額の合計額とされています ( 措令 39の3923三 ) イ次の算式により計算した金額 算式 本制度により調整前連結税額から控除された金額のうち 税額控除割合が30% となる特別 試験研究費の額の合計額の30% 相当額に達するまでの金額 その連結法人の税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額各連結法人の税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額の合計額 ( 注 ) 税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額とは その連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうち特別試験研究機関等と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額をいいます ロ次の算式により計算した金額 算式 本制度により調整前連結税額から控除された金額が 税額控除割合が30 % となる特別試験 研究費の額の合計額の30% 相当額を超える場合のその超える部分の金額 その連結法人の損金算入特別試験研究費の額から税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額を控除した金額各連結法人の損金算入特別試験研究費の額から税額控除割合が30% となる特別試験研究費の額を控除した金額の合計額 また 本制度の対象となる特別試験研究費の額から 試験研究費の総額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑴) 又は中小企業技術基盤強化税制 ( 上記 1⑷) により当期の法人税額から控除する金額の計算の基礎となった特別試験研究費の額を除くこととされたこと すなわち 特別試験研究費の額については本制度の適用を受けるか試験研究費の総額に係る税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制の適用を受けるかの選択となったことに伴い 試験研究費の総額に係る税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制における税額控除額の個別帰属額が 次の算式により計算した金額とされました ( 措令 39の3923一 二 ) 算式 試験研究費の総額に係る税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制により調整前連結税額から控除された金額 その連結法人の損金算入試験研究費の額 その連結法人の損金した金額 - 算入特別試験研究費の額 各連結法人の分子の金額の合計額 各連結法人の損金算入特別試験研究費の額の合計額のうち特別試験研究費の額に係る税額控除制度の対象と 各連結法人の損金算入特別試験研究費の額の合計額 ⑶ 繰越税額控除限度超過額に係る税額控除制度及び繰越中小企業者等税額控除限度超過額に係る税額控除制度の廃止 1 繰越税額控除限度超過額に係る税額控除制度 ( 上記 1⑶) 及び繰越中小企業者等税額控除限度超過額に係る税額控除制度 ( 上記 1 ⑸) は 廃止されました ( 旧措法 42の 4 37) 2 上記 1の改正に伴い 連結納税の承認を取り消された場合の法人税額の調整 ( 取戻し課税 ) も廃止されました ( 旧措法 42の 4 11) 407

17 これは 繰越控除制度が イ税額控除の限度超過額を繰り越せるとしても 翌年度の法人税額によってはメリットが生じないことを考えれば 研究開発投資の誘発効果は必ずしも大きくないと考えられること ロ現行税制において 税額控除に加えて 限度超過額の繰越しまで認めている例は少なく 他制度とのバランスをとる必要があること ハ適用実態が一部企業に偏っており ( 平成 25 年度租税特別措置の適用実態調査によれば 上位 10 社の適用額が全体の 9 割弱 ) 公平性の観点から望ましくないこと などを勘案して 廃止されたものです 連結納税制度の場合についても 同様の改正が行われています ( 旧措法 68の ) ⑷ 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う整備行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律 ( 平成 25 年法律第 27 号 ) の施行に伴い 次の申請書等の記載事項に その申請書等の提出者の法人番号が追加されました 1 分割等による移転試験研究費の額の計算方法の認定申請書 ( 措規 2012 一 ) 2 分割等による試験研究費の額の区分に関する届出書 ( 措規 2017 一 ) 3 現物分配により試験研究用資産の移転を受けていない旨の届出書 ( 措規 2018 一 一 ) 4 分割等による移転売上金額の計算方法の認定申請書 ( 措規 2019 一 ) 5 分割等による売上金額の区分に関する届出書 ( 措規 20 一 ) ( 注 1) 法人番号とは 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第 2 条第 15 項に規定する法人番号をいいます ( 措規 2012 一 ) 関係法令については 下記の ( 参考 7 ) をご参照ください ( 注 2) この改正に係る趣旨及び背景の詳細については 後掲の 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関す る法律の施行に伴う国税通則法等の改正 ( 平成 28 年 1 月マイナンバー利用開始 ) をご参照ください 連結納税制度の場合についても 同様の改正が行われています ( 措規 22の2312 一 17 一 18 一 19 一 一 一 ) ( 参考 1 ) 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律第二条第十五項に規定する指定薬物及び同法第七十六条の四に規定する医療等の用途を定める省令 ( 平成 19 年厚生労働省令第 14 号 ) ( 医療等の用途 ) 第 2 条法第 76 条の 4 に規定する医療等の用途は 次の各号に掲げる用途とする 一次に掲げる者における学術研究又は試験検査の用途イ国の機関ロ地方公共団体及びその機関ハ学校教育法 ( 昭和 22 年法律第 26 号 ) 第 1 条に規定する大学及び高等専門学校並びに国立大学法人法 ( 平成 15 年法律第 112 号 ) 第 2 条第 4 項に規定する大学共同利用機関ニ独立行政法人通則法 ( 平成 11 年法律第 103 号 ) 第 2 条第 1 項に規定する独立行政法人及び地方独立行政法人法 ( 平成 15 年法律第 118 号 ) 第 2 条第 1 項に規定する地方独立行政法人二 ~ 五省略 ( 参考 2 ) 知的財産基本法 ( 平成 14 年法律第 122 号 ) ( 定義 ) 第 2 条省略 2 この法律で 知的財産権 とは 特許権 実用新案権 育成者権 意匠権 著作権 商標権その他の知的財産に関して法令により定められた権利又は法律上保護される利益に係る権利をいう 3 省略 408

18 ( 参考 3 ) 難病の患者に対する医療等に関する法律 ( 平成 26 年法律第 50 号 ) ( 特定医療費の支給 ) 第 5 条都道府県は 支給認定 ( 第 7 条第 1 項に規定する支給認定をいう 以下この条及び次条において同じ ) を受けた指定難病 ( 難病のうち 当該難病の患者数が本邦において厚生労働省令で定める人数に達せず かつ 当該難病の診断に関し客観的な指標による一定の基準が定まっていることその他の厚生労働省令で定める要件を満たすものであって 当該難病の患者の置かれている状況からみて当該難病の患者に対する良質かつ適切な医療の確保を図る必要性が高いものとして 厚生労働大臣が厚生科学審議会の意見を聴いて指定するものをいう 以下同じ ) の患者が 支給認定の有効期間 ( 第 9 条に規定する支給認定の有効期間をいう 第 7 条第 4 項において同じ ) 内において 特定医療 ( 支給認定を受けた指定難病の患者に対し 都道府県知事が指定する医療機関 ( 以下 指定医療機関 という ) が行う医療であって 厚生労働省令で定めるものをいう 以下同じ ) のうち 同条第 3 項の規定により定められた指定医療機関から受けるものであって当該支給認定に係る指定難病に係るもの ( 以下 指定特定医療 という ) を受けたときは 厚生労働省令で定めるところにより 当該支給認定を受けた指定難病の患者又はその保護者 ( 児童福祉法 ( 昭和 22 年法律第 164 号 ) 第 6 条に規定する保護者をいう 以下同じ ) に対し 当該指定特定医療に要した費用について 特定医療費を支給する 2 3 省略 ( 参考 4 ) 難病の患者に対する医療等に関する法律施行規則 ( 平成 26 年厚生労働省令第 121 号 ) ( 法第 5 条第 1 項の厚生労働省令で定める 人数 ) 第 1 条難病の患者に対する医療等に関する法律 ( 以下 法 という ) 第 5 条第 1 項の厚生労働省令で定める人数は 人口 ( 官報で公示された最近の国勢調査又はこれに準ずる全国的な人口調査の結果による人口をいう ) のおおむね千分の一程度に相当する数とする ( 参考 5 ) 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律 ( 昭和 35 年法律第 145 号 ) ( 指定等 ) 第 77 条の 2 厚生労働大臣は 次の各号のいずれにも該当する医薬品 医療機器又は再生医療等製品につき 製造販売をしようとする者 ( 本邦に輸出されるものにつき 外国において製造等をする者を含む ) から申請があつたときは 薬事 食品衛生審議会の意見を聴いて 当該申請に係る医薬品 医療機器又は再生医療等製品を希少疾病用医薬品 希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品として指定することができる 一その用途に係る対象者の数が本邦において厚生労働省令で定める人数に達しないこと 二省略 2 省略 ( 参考 6 ) 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則 ( 昭和 36 年厚生省令第 1 号 ) ( 対象者数の上限 ) 第 251 条法第 77 条の 2 第 1 項第 1 号に規定する厚生労働省令で定める人数は 5 万人とする ただし 当該医薬品 医療機器又は再生医療等製品の用途が難病の患者に対する医療等に関する法律 ( 平成 26 年法律第 50 号 ) 第 5 条第 1 項に規定する指定難病である場合は 同項に規定する人数とする 409

19 ( 参考 7 ) 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律 ( 平成 25 年法律第 27 号 ) ( 定義 ) 第 2 条省略 2 ~14 省略 15 この法律において 法人番号 とは 第 58 条第 1 項又は第 2 項の規定により 特定の法人その他の団体を識別するための番号として指定されるものをいう 4 適用関係 ⑴ 上記 3⑴ ⑵(2ニを除きます ) 及び⑶1 の改正は 法人の平成 27 年 4 月 1 日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し 法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については なお従前の例によることとされています ( 改正法附則 72) 連結納税制度の場合については 連結法人の連結親法人事業年度が平成 27 年 4 月 1 日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し 連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度分の法人税 連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額 連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度における連結繰越税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額並びに連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度における税額控除額の上限については なお従前の 例によることとされています ( 改正法附則 841 ~36) ( 注 ) したがって 平成 27 年 4 月 1 日前に開始した事業年度において生じた税額控除限度超過額は 同日以後に開始する事業年度において繰越税額控除限度超過額として税額控除することはできません ⑵ 上記 3⑵2ニの改正は 平成 27 年 4 月 1 日から施行されています ( 医薬品 医療機器等の品質 有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 ( 平成 27 年厚生労働省令第 79 号 ) 附則 ) ⑶ 上記 3⑶2の改正は 連結子法人が連結納税の承認を取り消された場合におけるその連結子法人のその取消しの日前 5 年以内に開始した各連結事業年度のうち連結親法人事業年度が平成 27 年 4 月 1 日前に開始した連結事業年度において税額控除された金額については なお従前の例によることとされています ( 改正法附則 73 1) 連結納税制度の場合についても同様です ( 改正法附則 844) ⑷ 上記 3⑷の改正は 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律附則第 1 条第 4 号に掲げる規定の施行の日 ( 平成 28 年 1 月 1 日 ) 以後に提出する申請書等について適用し 同日前に提出した申請書等については なお従前の例によることとされています ( 平成 26 年 7 月改正措規等附則 451) 連結納税制度の場合についても同様です ( 平成 26 年 7 月改正措規等附則 457) 二 エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 環境関連投資促進税制 ) 1 改正前の制度の概要この制度は 青色申告書を提出する法人が 現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律 ( 平成 23 年法律第 82 号 ) の施行の日 ( 平成 23 年 6 月 30 日 ) から平成 28 年 3 月 31 日までの間にエネルギー環境負荷低減推進設備等でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものの取得又はエネルギー環境負荷低減推進設備等の製作若しくは建設をして これをその取得又は製作若しくは建設をした日から 1 年以内に国内にあ 410

20 るその法人の事業の用に供した場合には その事業の用に供した日を含む事業年度において そのエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額の 30% 相当額 ( 以下 特別償却限度額 といいます ) の特別償却ができるというものです ( 措法 42の 5 1) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません なお 平成 25 年 4 月 1 日から平成 27 年 3 月 31 日までの間に特定エネルギー環境負荷低減推進設備等でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものの取得又は特定エネルギー環境負荷低減推進設備等の製作若しくは建設をして これをその取得又は製作若しくは建設をした日から 1 年以内に国内にあるその法人の事業の用に供した場合における特別償却限度額は その取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額とされています ( 措法 42の 5 6) すなわち 特定エネルギー環境負荷低減推進設備等については 普通償却限度額に加え 取得価額まで特別償却 ( 即時償却 ) ができることとされています また 中小企業者等については その特別償却限度額の特別償却とそのエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額の 7 % 相当額 ( 以下 税額控除限度額 といいます ) の税額控除との選択適用ができることとされています ( 措法 42の ) この税額控除を適用する場合における税額控除限度額は その事業の用に供した日を含む事業年度の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし 税額控除限度超過額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 42の 5 2~4) ( 注 1) エネルギー環境負荷低減推進設備等とは 次の減価償却資産をいいます ( 措法 42の 5 1 措令 27の 5 1~6 平 23.6 財務告 219) ⑴ 電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法の認定発電設備 ( 以下 認定発電設備 といいます ) に該当する太陽光発電設備でその出力が10kW 以上であるもの及び認定発電設備に該当す る風力発電設備でその出力が 1 万 kw 以上であるもの ⑵ 新エネルギー利用設備等 ( 中小水力発電設備 水熱利用設備等 ) ⑶ 二酸化炭素排出抑制設備等 ( コンバインドサイクル発電ガスタービン プラグインハイブリッド自動車 電気自動車 電気自動車専用急速充電設備等 ) ⑷ エネルギー使用制御設備 ( 注 2) 特定エネルギー環境負荷低減推進設備等と は エネルギー環境負荷低減推進設備等のうち上記 ( 注 1 )⑴の減価償却資産をいいます ( 措法 42の 5 1 一イ6 措令 27の 5 1 平 23.6 財務告 219 別表 1 ) ( 注 3) 中小企業者等とは 租税特別措置法第 42 条 の 4 第 6 項に規定する中小企業者又は農業協同組合等で 青色申告書を提出するものをいいます ( 措法 42の 5 2) なお 連結納税制度の場合についても 同様の措置が講じられています ( 措法 68の10) 2 改正の内容 ⑴ 即時償却に係る措置の対象資産の見直し特定エネルギー環境負荷低減推進設備等の範囲から 太陽光発電設備が除外されました ( 措法 42の 5 1 一 6) ( 注 ) 太陽光発電設備は エネルギー環境負荷低減推進設備等からは除外されていませんので 30% の特別償却 ( 中小企業者等については 7 % の税額控除を含みます ) の適用は引き続き可能です ⑵ 即時償却に係る措置の適用期限の延長即時償却に係る措置の適用期限が 平成 28 年 3 月 31 日まで 1 年延長されました ( 措法 42の 5 6 ) なお 連結納税制度の場合についても 上記 ⑴ 及び⑵と同様の改正が行われています ( 措法 68の 101 一 6) 411

21 3 適用関係上記 2⑴の改正は 法人が平成 27 年 4 月 1 日以後に取得又は製作若しくは建設をする特定エネルギー環境負荷低減推進設備等について適用し 法 人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした特定エネルギー環境負荷低減推進設備等については なお従前の例によることとされています ( 改正法附則 74) 連結納税制度の場合についても同様です ( 改正法附則 85) 三 国家戦略特別区域において機械等を取得した場合の特別償却等又は法人税額の特別控除制度 1 改正前の制度の概要この制度は 青色申告書を提出する法人で国家戦略特別区域法の一定の特定事業の実施主体として同法の認定区域計画に定められたものが 平成 26 年 4 月 1 日から平成 28 年 3 月 31 日までの間に 国家戦略特別区域内において 同法の事業実施計画に記載された特定機械装置等の取得又は製作若しくは建設をして その特定事業の用に供した場合には その特定事業の用に供した日を含む事業年度において その特定機械装置等の次の区分に応じた次の特別償却とその取得価額の15%( 建物等及び構築物については 8 %) 相当額 ( 以下 税額控除限度額 といいます ) の税額控除との選択適用ができるというものです ( 措法 42の101 2) ただし 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度並びに国際戦略総合特別区域において機械等を取得した場合の特別償却若しくは法人税額の特別控除制度 ( 措法 42の111~3) 又は国際戦略総合特別区域における指定特定事業法人の課税の特例 ( 措法 60の 2 1) の適用を受ける事業年度は この制度の適用を受けることはできません ( 措法 42の101 42の の 2 2) ⑴ 中核的事業の用に供される機械及び装置並びに開発研究用の器具及び備品のうち一定の規模要件を満たすもの ( 以下 特定中核事業用設備 といいます ) その取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額の特別償却 ( 即時償却 ) ⑵ 機械及び装置並びに開発研究用の器具及び備 品のうち特定中核事業用設備以外のものその取得価額の50% 相当額の特別償却 ⑶ 建物等及び構築物その取得価額の25% 相当額の特別償却 ( 注 ) 特定事業の用に供した場合からは 貸付けの用に供した場合を除くこととされています なお 税額控除を適用する場合における税額控除限度額は 当期の法人税額の20% 相当額を上限とすることとし 税額控除限度超過額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 42の102~4) また 特定中核事業用設備のうち開発研究の用に供されるものについて 特別償却の適用を受ける場合には その開発研究の用に供した日を含む事業年度のその特定中核事業用設備に係る減価償却費の額は 特別試験研究税制 ( 措法 42の 4 2) における特別試験研究費の額に該当するものとみなして 研究開発税制 ( 措法 42の 4 ) 及び研究開発税制の特例 ( 措法 42の 4 の 2 ) の適用を受けることができることとされています ( 措法 42の106) 連結納税制度の場合についても 同様の措置が講じられています ( 措法 68の14) 2 改正の内容 ⑴ 対象資産の追加継続的に実施されることが確保される特定事業の用に供される建物及びその附属設備については 貸付けの用に供した場合にも本制度の適用ができることとされました ( 措法 42の101) ( 注 ) 継続的に実施されることが確保される特定事業は 具体的には 一定の要件を満たすイ 412

22 ンターナショナルスクールの整備に関する事業 ( 下記 ⑵1) が定められる予定です なお 連結納税制度の場合についても 同様の改正が行われています ( 措法 68の141) ⑵ 特定事業の追加本制度の適用対象となる特定事業の範囲に 次の事業が追加される予定です 1 一定の要件を満たすインターナショナルスクールの整備に関する事業 ( 中核的事業以外の特定事業 ) 2 革新的な情報サービスを活用した農業の生産性向上に係る研究開発に関する事業 ( 中核的事業 ) ( 注 ) 上記の改正は 国家戦略特別区域法及び構造改革特別区域法の一部を改正する法律の施 行に合わせて 内閣府令で定められる予定です なお 国家戦略特別区域法及び構造改革特別区域法の一部を改正する法律案については 平成 27 年 6 月 26 日現在 国会において審議中です 3 適用関係上記 2⑴の改正は 法人が国家戦略特別区域法及び構造改革特別区域法の一部を改正する法律附則第 1 条第 1 号に掲げる規定の施行の日 ( 同法の公布の日 ) 以後に取得又は製作若しくは建設をする特定機械装置等について適用し 法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした特定機械装置等については なお従前の例によることとされています ( 改正法附則 751) 連結納税制度の場合についても同様です ( 改正法附則 86) 四 地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の 特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 創設 ) 1 制度創設の経緯及び趣旨我が国における急速な少子高齢化の進展に的確に対応し 人口の減少に歯止めをかけるとともに 東京圏への人口の過度の集中を是正し それぞれの地域で住みよい環境を確保して 将来にわたって活力ある日本社会を維持していくためには 国民一人一人が夢や希望を持ち 潤いのある豊かな生活を安心して営むことができる地域社会の形成 地域社会を担う個性豊かで多様な人材の確保及び地域における魅力ある多様な就業の機会の創出 ( まち ひと しごと創生 ) を一体的に推進することが重要とされ ( まち ひと しごと創生法 1 ) まち ひと しごと創生について 基本理念 国等の責務 まち ひと しごと創生総合戦略の作成等について定めるとともに まち ひと しごと創生本部を設置するための まち ひと しごと創生法案 が 第 187 回臨時国会に提出され 同法案は平成 26 年 11 月 21 日に可決 成立し 同月 28 日に公布され 同日から施行されてい ます まち ひと しごと創生法に基づき まち ひと しごと創生に関する施策を総合的かつ計画的に実施するための計画として まち ひと しごと創生総合戦略 ( 平成 26 年 12 月 27 日閣議決定 ) が策定されました ここでは 政策パッケージとして 地方にしごとをつくり 安心して働けるようにする 地方への新しいひとの流れをつくる 若い世代の結婚 出産 子育ての希望をかなえる 時代に合った地域をつくり 安心なくらしを守るとともに 地域と地域を連携する の 4 類型が掲げられており そのうち 地方への新しいひとの流れをつくる ための施策として 企業の地方拠点強化等 が掲げられており 具体的には 地域再生法 ( 平成 17 年法律第 24 号 ) の改正法案を次期通常国会に提出し 地方公共団体が作成する地域再生計画に企業等の地方拠点強化に係る事業を新たに位置付けるとともに 事務所 研修施設等の本社機能の移転 新増設を行う事業者に対して支援措置 ( 税制措置等 ) を講じる 413

23 こうした取組を効率的に進めるため 経済団体にも働きかけを行っていく こととされています 地域再生計画に企業等の地方拠点強化に係る事業を新たに位置付けるための 地域再生法の一部を改正する法律案 は 第 189 回国会に提出され 同法案は平成 27 年 6 月 19 日に可決 成立し 同月 26 日に公布され 公布の日から起算して 3 月を超えない範囲内において政令で定める日から施行することとされています 改正後の地域再生法では 地域再生計画に 産業及び人口の過度の集中を防止する必要がある地域及びその周辺の一定の地域 ( 集中地域 ) 以外の地域であり かつ その地域の活力の向上を図ることが特に必要な地域 ( 地方活力向上地域 ) において 本店又は主たる事務所その他の地域における就業の機会の創出又は経済基盤の強化に資する業務施設 ( 特定業務施設 ) を整備する事業 ( 地方活力向上地域特定業務施設整備事業 ) に関する事項を定めることができることとされました ( 地域再生法 5 4 四 ) 都道府県が作成した地方活力向上地域特定業務施設整備事業が記載された地域再生計画が内閣総理大臣の認定を受けたときは その認定の日以後は 地方活力向上地域特定業務施設整備事業であって次のものを実施する個人事業者又は法人は その地方活力向上地域特定業務施設整備事業の実施に関する計画 ( 地方活力向上地域特定業務施設整備計画 ) を作成し その計画が適当である旨の都道府県の知事の認定を受けることができることとされています ( 地域再生法 17の 2 ) ⑴ 集中地域のうち特定業務施設の集積の程度が著しく高い一定の地域から特定業務施設を認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域に移転して整備する事業 ⑵ 認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域 ( 産業基盤が整備されていることその他の一定の要件に該当するものに限ります ) において特定業務施設を整備する事業 (⑴の事業を除きます ) この地域再生法の改正に伴い 企業の地方拠点 の強化について 積極的に税制で支援する観点から 地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度が創設されました 2 制度の概要この制度は 青色申告書を提出する法人で地域再生法の一部を改正する法律の施行の日から平成 30 年 3 月 31 日までの間に地方活力向上地域特定業務施設整備計画について地域再生法の認定を受けたものが その認定を受けた日から同日の翌日以後 2 年を経過する日までの間に その認定をした都道府県知事が作成した同法の認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域内において その地方活力向上地域特定業務施設整備計画に記載された特定業務施設に該当する建物及びその附属設備並びに構築物 ( 以下 特定建物等 といいます ) の取得又は建設 ( 以下 取得等 といいます ) をして その法人の営む事業の用に供した場合には その事業の用に供した事業年度において その特定建物等の取得価額の15%( その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が移転型計画である場合には 25%) 相当額の特別償却と 2 %( その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が移転型計画である場合には 4 %) 相当額の税額控除 ( 特別控除税額は 当期の法人税額の20% 相当額を限度とします ) との選択適用ができるというものです ( 措法 42の1212) なお 地域再生法の一部を改正する法律の施行の日から平成 29 年 3 月 31 日までの間に地方活力向上地域特定業務施設整備計画について地域再生法の認定を受けた法人が取得等をした特定建物等については その特別償却とその取得価額の 4 % ( その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が移転型計画である場合には 7 %) 相当額の税額控除との選択適用ができることとされています ( 措法 42の122) 連結納税制度の場合についても 同様の措置が講じられています ( 措法 68の15の 2 ) 414

24 3 制度の内容 ⑴ 適用対象法人適用対象となる法人は 青色申告書を提出する法人で地域再生法の一部を改正する法律の施行の日から平成 30 年 3 月 31 日までの間に地域再生法第 17 条の 2 第 1 項に規定する地方活力向上地域特定業務施設整備計画について同条第 3 項の認定を受けたものとされています ( 措法 42の 1212) ( 注 ) 関係法令については 下記の ( 参考 1 ) をご参照ください ⑵ 適用対象区域適用対象となる区域は 上記 ⑴の認定をした都道府県知事が作成した地域再生法第 8 条第 1 項に規定する認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域とされています ( 措法 42の 1212) 地方活力向上地域とは その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が地域再生法第 17 条の 2 第 1 項第 1 号に掲げる事業に関する計画 ( 以下 移転型計画 といいます ) である場合には同法第 5 条第 4 項第 4 号に規定する地方活力向上地域をいうこととされ その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が同法第 17 条の 2 第 1 項第 2 号に掲げる事業に関する計画 ( 以下 拡充型計画 といいます ) である場合には同号に規定する地方活力向上地域をいうこととされています ( 措法 42の1212 一 ) ( 注 1) 地域再生法第 17 条の 2 第 1 項第 1 号に掲げる事業とは 集中地域のうち特定業務施設の集積の程度が著しく高い地域として政令で定めるものから特定業務施設を認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域に移転して整備する事業をいいます ( 注 2) 集中地域とは 産業及び人口の過度の集中を防止する必要がある地域及びその周辺の地域であって政令で定めるものをいい ( 地域再生法 5 4 四 ) 具体的には 首都圏整備 法の既成市街地及び近郊整備地帯 近畿圏整備法の既成都市区域並びに首都圏 近畿圏及び中部圏の近郊整備地帯等の整備のための国の財政上の特別措置に関する法律施行令別表に掲げる区域が定められる予定です 特定業務施設の集積の程度が著しく高い地域としては 東京 23 区が定められる予定です このような地域設定となっている趣旨については 下記の ( 参考 2 ) をご参照ください ( 注 3) 地域再生法第 17 条の 2 第 1 項第 2 号に掲げる事業とは 認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域 ( 産業基盤が整備されていることその他の内閣府令で定める要件に該当するものに限ります ) において特定業務施設を整備する事業をいい ( 注 1 ) に掲げる事業を除くこととされています ( 注 4) 関係法令については 下記の ( 参考 1 ) をご参照ください ⑶ 適用対象事業適用対象となる事業は 特に業種は限定されていません ( 措法 42の121) なお 事業の用に供した場合 からは 貸付けの用に供した場合 を除くこととされているため 貸付けに係る事業は 適用対象となりません ( 措法 42の121) ⑷ 適用対象資産適用対象となる資産は 特定建物等 すなわち 認定地方活力向上地域特定業務施設整備計画に記載された特定業務施設に該当する建物及びその附属設備並びに構築物で 一定の規模のものとされています ( 措法 42の121) 一定の規模のものは 一の建物及びその附属設備並びに構築物の取得価額の合計額が2,000 万円以上のものとされています ( 措令 27の12) ただし 中小企業者にあっては 一の建物及びその附属設備並びに構築物の取得価額の合計額が1,000 万円以上のものとされています ( 措令 415

25 27の12) ( 注 1) 認定地方活力向上地域特定業務施設整備計画とは 地域再生法第 17 条の 2 第 3 項の認定を受けた地方活力向上地域特定業務施設整備計画をいい 同条第 4 項の規定による変更の認定があったときは その変更後のものをいいます ( 措法 42の121) ( 注 2) 特定業務施設とは 地域再生法第 5 条第 4 項第 4 号に規定する特定業務施設をいいます ( 措法 42の121) 具体的には 本店又は主たる事務所その他の地域における就業の機会の創出又は経済基盤の強化に資するものとして内閣府令で定める業務施設をいい 工場を除くこととされ いわゆる本社機能 研究所や研修所が定められる予定です ( 注 3) 中小企業者とは 租税特別措置法第 42 条の 4 第 2 項に規定する中小企業者をいいます ( 措令 27の12) ( 注 4) 関係法令については 下記の ( 参考 1 ) をご参照ください ⑸ 取得等及び事業供用に係る要件 1 適用期間等この制度は 法人が 地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を受けた日から同日の翌日以後 2 年を経過する日までの間に 地方活力向上地域内において 認定地方活力向上地域特定業務施設整備計画に記載された特定建物等でその建設の後事業の用に供されたことのないものの取得をし 又は認定地方活力向上地域特定業務施設整備計画に記載された特定建物等を建設して これをその法人の営む事業の用に供した場合に適用できることとされています ( 措法 42の1212) ( 注 1) 認定を受けた日の翌日以後 2 年を経過する日までに地域再生法第 17 条の 2 第 6 項の規定により地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を取り消されたときは その取り消された日の前日までが適用期間とされています ( 措法 42の121 2 ) ( 注 2) 関係法令については 下記の ( 参考 1 ) をご参照ください 2 事業の範囲この制度は 法人が特定建物等をその営む事業の用に供した場合に適用されますが 特定建物等を貸付けの用に供した場合には 他の特別償却等と同様に 事業の用に供した場合から除かれます ( 措法 42の121) ⑹ 適用対象事業年度法人が特別償却又は税額控除の適用を受けることができる事業年度は 特定建物等をその法人の営む事業の用に供した日を含む事業年度 ( 以下 供用年度 といいます ) とされています ( 措法 42の121) ただし 解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除くこととされています ( 措法 42の121) ( 注 ) 解散からは 合併による解散を除くこととされています ( 措法 42の121) ⑺ 特別償却の適用を受ける場合 1 特別償却限度額法人が特別償却の適用を受ける場合における特別償却限度額は 次の地方活力向上地域特定業務施設整備計画の区分に応じ次のとおりとされています ( 措法 42の121) イ移転型計画特定建物等の取得価額の25 % 相当額ロ拡充型計画特定建物等の取得価額の15 % 相当額 2 適用除外資産他の特別償却と同様に 法人が所有権移転外リース取引により取得した特定建物等については 特別償却は適用しないこととされています ( 措法 42の123) ( 注 ) 所有権移転外リース取引とは 法人税法施行令第 48 条の 2 第 5 項第 5 号に規定する所有権移転外リース取引をいいます 416

26 3 特別償却不足額がある場合の償却限度額の計算の特例他の特別償却と同様に 特別償却不足額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 52の 2 ) ( 注 ) 特別償却不足額には 合併等特別償却不足額を含むこととされています 4 準備金方式による特別償却 ( 特別償却準備金の積立て ) 他の特別償却と同様に 特別償却の方法として 特別償却の適用を受けることに代えて 準備金方式による特別償却 ( 特別償却準備金の積立て ) ができるとともに 特別償却準備金積立不足額については 1 年間の繰越しができることとされています ( 措法 52の 3 ) ( 注 ) 特別償却準備金積立不足額には 合併等特別償却準備金積立不足額を含むこととされています ⑻ 税額控除の適用を受ける場合 1 税額控除限度額法人が税額控除の適用を受ける場合における税額控除限度額は 次の地方活力向上地域特定業務施設整備計画の区分に応じ次のとおりとされています ( 措法 42の122) イ地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を受けた日が地域再生法の一部を改正する法律の施行の日から平成 29 年 3 月 31 日までの期間内に含まれる場合イ移転型計画特定建物等の取得価額の 7 % 相当額ロ拡充型計画特定建物等の取得価額の 4 % 相当額ロ地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を受けた日が平成 29 年 4 月 1 日から平成 30 年 3 月 31 日までの期間内に含まれる場合イ移転型計画特定建物等の取得価額の 4 % 相当額ロ拡充型計画特定建物等の取得価額の 2 % 相当額この税額控除限度額が供用年度の調整前法人税額の20% 相当額を超える場合には 税額控除限度額は その供用年度の調整前法人税額の20% 相当額を上限とすることとされています ( 措法 42の122 後段 ) また この場合の調整前法人税額は 次の規定を適用しないで計算した場合の法人税の額をいい 附帯税の額を除くこととされています ( 措法 42の 4 6 二 震災税特法 17の の 2 の の 2 の の の 3 の の 3 の 3 5 措令 27の 4 4) ( 注 ) 附帯税の額とは 国税通則法第 2 条第 4 号に規定する附帯税の額をいいます ( 措法 42の 4 6 二 ) イ租税特別措置法第 42 条の 4 ( 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除 ) ロ租税特別措置法第 42 条の 5 第 2 項及び第 3 項 ( エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ハ租税特別措置法第 42 条の 6 第 7 項から第 9 項まで ( 中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ニ租税特別措置法第 42 条の 9 第 1 項及び第 2 項 ( 沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ホ租税特別措置法第 42 条の10 第 2 項及び第 3 項 ( 国家戦略特別区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ヘ租税特別措置法第 42 条の11 第 2 項及び第 3 項 ( 国際戦略総合特別区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ト租税特別措置法第 42 条の12 第 2 項 ( 地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) チ租税特別措置法第 42 条の12の 2 ( 雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除 ) リ租税特別措置法第 42 条の12の 3 第 2 項及び第 3 項 ( 特定中小企業者等が経営改善設 417

27 備を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ヌ租税特別措置法第 42 条の12の 4 ( 雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除 ) ル租税特別措置法第 42 条の12の 5 第 7 項及び第 8 項 ( 生産性向上設備等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ヲ租税特別措置法等の一部を改正する法律 ( 平成 24 年法律第 16 号 ) 附則第 22 条第 1 項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第 1 条の規定による改正前の租税特別措置法第 42 条の10 第 3 項 ( 沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ワ租税特別措置法第 62 条第 1 項 ( 使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例 ) カ租税特別措置法第 62 条の 3 第 1 項及び第 8 項 ( 土地の譲渡等がある場合の特別税率 ) ヨ租税特別措置法第 63 条第 1 項 ( 短期所有に係る土地の譲渡等がある場合の特別税率 ) タ法人税法第 67 条 ( 特定同族会社の特別税率 ) レ法人税法第 68 条 ( 所得税額の控除 ) ソ法人税法第 69 条 ( 外国税額の控除 ) ツ法人税法第 70 条 ( 仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除 ) ネ法人税法第 70 条の 2 ( 税額控除の順序 ) ナ法人税法第 144 条 ( 外国法人に係る所得税額の控除 ) ラ法人税法第 144 条の 2 ( 外国法人に係る外国税額の控除 ) ム震災税特法第 17 条の 2 第 2 項及び第 3 項 ( 復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ウ震災税特法第 17 条の 2 の 2 第 2 項及び第 3 項 ( 企業立地促進区域において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ヰ震災税特法第 17 条の 2 の 3 第 2 項及び第 3 項 ( 避難解除区域等において機械等を取得した場合の法人税額の特別控除 ) ノ震災税特法第 17 条の 3 ( 復興産業集積区 域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) オ震災税特法第 17 条の 3 の 2 ( 企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) ク震災税特法第 17 条の 3 の 3 ( 避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) 2 法人税法の規定との調整この制度の税額控除の適用がある場合における次のイからチまでの法人税法の規定の適用については それぞれ次のイからチまでとすることとされています ( 措法 42の126) イ法人税法第 67 条 ( 特定同族会社の特別税率 ) 特定同族会社の特別税率の規定の適用については その留保金額を計算する場合に控除される法人税額から この制度の税額控除により控除する金額を控除することとされています ( 法法 673 措法 42の126) ロ法人税法第 70 条の 2 ( 税額控除の順序 ) 法人税法の規定による税額控除は 法人税法において まず仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除 ( 法法 70) による控除をした後に 所得税額の控除 ( 法法 68) 及び外国税額の控除 ( 法法 69) による控除をすることとされていますが この制度の税額控除は これらの法人税法の規定による税額控除より先に控除をすることとされています ( 法法 70の 2 措法 42の126) すなわち 供用年度においては まずこの制度の税額控除による控除をし 次に仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除 ( 法法 70) による控除をした後に 所得税額の控除 ( 法法 68) 及び外国税額の控除 ( 法法 69) による控除をすることとされています ハ法人税法第 72 条 ( 仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等 ) 418

28 仮決算をした場合の中間申告書に記載される法人税額は 法人税法第 2 編第 1 章第 2 節の規定及びこの制度の税額控除の適用後の法人税額とすることとされています ( 法法 721 二 措法 42の126) ニ法人税法第 74 条 ( 確定申告 ) 確定申告書に記載される法人税額は 法人税法第 2 編第 1 章第 2 節の規定及びこの制度の税額控除の適用後の法人税額とすることとされています ( 法法 741 二 措法 42 の126) ホ法人税法第 144 条 ( 外国法人に係る所得税額の控除 ) この制度の税額控除は 外国法人に係る所得税額の控除 ( 法法 144) より先に控除をすることとされています ( 法法 144 措法 42の126) すなわち 供用年度においては まずこの制度の税額控除による控除をし 次に外国法人に係る所得税額の控除 ( 法法 144) による控除をすることとされています ヘ法人税法第 144 条の 2 ( 外国法人に係る外国税額の控除 ) この制度の税額控除は 外国法人に係る外国税額の控除 ( 法法 144の 2 ) より先に控除をすることとされています ( 法法 144 の 2 1 措法 42の126) すなわち 供用年度においては まずこの制度の税額控除による控除をし 次に外国法人に係る外国税額の控除 ( 法法 144の 2 ) による控除をすることとされています ト法人税法第 144 条の 4 ( 仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等 ) 仮決算をした場合の中間申告書に記載される法人税額は 法人税法第 3 編第 2 章第 2 節の規定及びこの制度の税額控除の適用後の法人税額とすることとされています ( 法法 144の 4 1 三 措法 42の126) チ法人税法第 144 条の 6 ( 確定申告 ) 確定申告書に記載される法人税額は 法 人税法第 3 編第 2 章第 2 節の規定及びこの制度の税額控除の適用後の法人税額とすることとされています ( 法法 144の 6 1 三 措法 42の126) ⑼ 他の特別償却制度等との重複適用の排除法人の有する減価償却資産が供用年度において租税特別措置法の規定による特別償却又は税額控除制度等及び震災税特法の規定による特別償却又は税額控除制度等のうち 2 以上の規定の適用を受けることができるものである場合には その減価償却資産については これらの特別償却又は税額控除制度等のうちいずれか一の規定のみを適用することとされています ( 措法 53 61の の の の の の 5 1 震災税特法 18 の 措令 32 震災税特令 18の 6 ) すなわち 他の特別償却又は税額控除制度等と同様に 租税特別措置法の規定による本制度以外の特別償却若しくは税額控除制度等又は震災税特法の規定による特別償却若しくは税額控除制度等の適用を受ける減価償却資産については 本制度の適用対象資産から除くこととされています ⑽ 申告要件この制度の適用を受ける場合の申告要件は 次のとおりです 1 特別償却特別償却は 確定申告書等に特定建物等の償却限度額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り 適用することとされています ( 措法 42の124) ( 注 ) 確定申告書等とは 法人税法第 2 条第 30 号に規定する中間申告書で同法第 72 条第 1 項各号に掲げる事項を記載したもの及び同法第 144 条の 4 第 1 項各号又は第 2 項各号に掲げる事項を記載したもの並びに同法第 2 条第 31 号に規定する確定申告書をいいます ( 措法 2 2 二十七 ) 419

29 すなわち 仮決算をした場合の中間申告書及び確定申告書をいい 確定申告書には その確定申告書に係る期限後申告書を含むこととされています 2 税額控除税額控除は 確定申告書等 修正申告書又は更正請求書に 控除の対象となる特定建物等の取得価額 控除を受ける金額及びその金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り 適用することとされています ( 措法 42の125) ただし この場合における控除される金額は その確定申告書等に添付された書類に記載された特定建物等の取得価額を基礎として計算した金額に限るものとされています ( 措法 42の125) ( 注 ) 修正申告書とは 国税通則法第 19 条第 3 項に規定する修正申告書をいい 更正請求書とは 同法第 23 条第 3 項に規定する更正請求書をいいます ( 措法 2 2 三十 三十一 ) ⑾ 連結納税制度連結納税制度の場合についても おおむね上記 ⑴から⑽までと同様の措置が講じられていますが 税額控除限度額及び法人税額基準額の計算並びに連結法人税及び連結地方法人税の個別帰属額の計算は 他の連結納税制度における投資税額控除と同様に その適用を受ける連結親法人又はその適用を受ける各連結子法人ごとに行うこと等とされています ( 措法 68の15の 2 措令 39の45の 2 ) ( 参考 1 ) 地域再生法 ( 平成 17 年法律第 24 号 )( 地域再生法の一部を改正する法律 ( 平成 27 年法律第 49 号 ) による改正後 ) ( 地域再生計画の認定 ) 第 5 条省略 2 3 省略 4 第 2 項第 2 号に掲げる事項には 次に掲げる事項を記載することができる 一 ~ 三省略 四地方活力向上地域 ( 産業及び人口の過度の集中を防止する必要がある地域及びその周辺の地域であって政令で定めるもの ( 第 17 条の 2 第 1 項第 1 号において 集中地域 という ) 以外の地域であり かつ 当該地域の活力の向上を図ることが特に必要な地域をいう 以下同じ ) において 本店又は主たる事務所その他の地域における就業の機会の創出又は経済基盤の強化に資するものとして内閣府令で定める業務施設 ( 工場を除く 以下 特定業務施設 という ) を整備する事業 ( 以下 地方活力向上地域特定業務施設整備事業 という ) に関する事項五 ~ 十二省略 ( 報告の徴収 ) 第 8 条内閣総理大臣は 第 5 条第 16 項の認定 ( 前条第 1 項の変更の認定を含む 以下同じ ) を受けた地方公共団体 ( 以下 認定地方公共団体 という ) に対し 認定地域再生計画 ( 認定地域再生計画の変更があったときは その変更後のもの 以下同じ ) の実施の状況について報告を求めることができる 2 省略 ( 地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定 ) 第 17 条の 2 都道府県が作成した地域再生計画 ( 地方活力向上地域特定業務施設整備事業が記載されたものに限る ) が第 5 条第 16 項の認定を受けたときは 当該認定の日以後は 地方活力向上地域特定業務施設整備事業であって次に掲げるものを実施する個人事業者又は法人は 内閣府令で定めるところにより 当該地方活力向上地域特定業務施設整備事業の実施に関する計画 ( 以下この条において 地方活力向上地域特定業務施設整備計画 という ) を作成し 当該地方活力向上地 420

30 域特定業務施設整備計画が適当である旨の認定地方公共団体である都道府県の知事 ( 以下この条において 認定都道府県知事 という ) の認定を申請することができる 一集中地域のうち特定業務施設の集積の程度が著しく高い地域として政令で定めるものから特定業務施設を認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域に移転して整備する事業二認定地域再生計画に記載されている地方活力向上地域 ( 産業基盤が整備されていることその他の内閣府令で定める要件に該当するものに限る ) において特定業務施設を整備する事業 ( 前号に掲げるものを除く ) 2 省略 3 認定都道府県知事は 第 1 項の規定による認定の申請があった場合において その地方活力向上地域特定業務施設整備計画が次に掲げる基準に適合すると認めるときは その認定をするものとする 一認定地域再生計画に適合するものであること 二常時雇用する従業員の数が内閣府令で定める数以上であることその他従業員に関し内閣府令で定める要件に適合するものであること 三円滑かつ確実に実施されると見込まれるものであること 4 5 省略 6 認定都道府県知事は 認定事業者が認定地方活力向上地域特定業務施設整備計画 ( 第 4 項の規定による変更の認定があったときは その変更後のもの 以下同じ ) に従って地方活力向上地域特定業務施設整備事業を実施していないと認めるときは その認定を取り消すことができる ( 参考 2 ) 衆議院予算委員会 ( 平成 27 年 2 月 25 日 ) における足立康史委員の質問に対する石 破大臣の答弁 ( 抄 ) これは 東京圏というものが 東京 23 区が過度に集中をしている それはもう多くの人が認めるところであります そうすると 今委員御指摘の名古屋あるいは大阪の地域 ここもかなり集積をしている 言葉の遊びをするつもりはないのですが そういうところも相当に集積をしていると認識をいたしております 今回この支援対象から外れる地域というのは 三大都市圏整備法 そういう名前の法律があるわけではなくて 首都圏整備法 近畿圏整備法 中部圏開発整備法でございますが ここで定めております政策区域などのうち 例えば首都圏整備法の 産業及び人口の過度の集中を防止する必要があるとされている既成市街地 及び 既成市街地の近郊において その無秩序な市街地化を防止する必要があるとされております近郊整備地帯というものを外しておるわけでございます 言いかえれば 現在でもほかの地域と比べて突出して人口や事業所が集中しているというような地域と認識をしておりまして 東京 23 区のようにそこから出ていった場合にはということを申し上げているわけではありませんが そこへ行かれたときに優遇が施されるかというと そうではない地域も存在するという考えでございます ( 中略 ) インセンティブを引かないと そういうような優遇税制をしかないと戻ってくれないところと それをしかなくてもその気になれば戻れるところとあるのではないだろうか 大阪とそれ以外の 例えば山陰とかあるいは東北とか九州とか これを同列に論じるというのは やはりそこは無理があるのではないかと思います 421

31 4 適用関係 上記 3 の制度は 地域再生法の一部を改正する 法律の施行の日から施行することとされています ( 改正法附則 1 十一 ) 五 雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除制度 ( 雇用促進税制 ) 1 改正前の制度の概要この制度は 青色申告書を提出する法人のうち離職者に係る要件を満たすものが 平成 23 年 4 月 1 日から平成 28 年 3 月 31 日までの間に開始する各事業年度において 雇用の増加に係る要件を満たす場合で かつ 雇用保険法の適用事業を行っている場合には その事業年度の所得に対する法人税額から40 万円にその法人の基準雇用者数を乗じて計算した金額 ( 以下 税額控除限度額 といいます ) を控除することができるというものです ( 措法 42の121) ただし 合併 分割又は現物出資による設立以外の設立の日を含む事業年度 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度は この制度の適用を受けることはできません ( 措法 42の1212 一 ) この税額控除限度額は 当期の法人税額の10% ( その法人が中小企業者等である場合には 20 %) 相当額を上限とすることとされています ( 措法 42の121ただし書 ) なお 連結納税制度の場合についても おおむね同様の措置が講じられていますが 離職者に係る要件の判定 雇用の増加に係る要件における基準雇用者数 基準雇用者割合 給与等支給額及び比較給与等支給額の計算並びに税額控除限度額の計算は 連結グループ全体で行うこととされています ( 措法 68の15の 2 ) ( 注 1) 離職者に係る要件とは 平成 23 年 4 月 1 日から平成 28 年 3 月 31 日までの間に開始する各事業年度のうち本制度の適用を受けようとする各事業年度 ( 以下 適用年度 といいます ) 及びその適用年度開始の日前 1 年以内に開始した各事業年度において離職者がいない ことをいい 離職者とは その法人の都合による雇用対策法施行規則附則第 8 条第 2 項第 4 号に規定する労働者の解雇によって離職をした雇用者及び高年齢雇用者をいい 離職とは 雇用保険法第 4 条第 2 項に規定する離職をいいます ( 措法 42の121 一 措規 20の 7 2) ( 注 2) 雇用の増加に係る要件とは 次の要件の全てを満たしていることをいいます ( 措法 42の 121 二 ) ただし その適用年度開始の日の前日における雇用者の数が零である場合には 1 及び3の要件を満たしていることをいいます 1 基準雇用者数が 5 人以上 ( その法人が中小企業者等である場合には 2 人以上 ) であること 2 基準雇用者割合が10% 以上であること 3 給与等支給額が比較給与等支給額以上であること ( 注 3) 基準雇用者数とは 適用年度終了の日における雇用者の数からその適用年度開始の日の前日における雇用者のうちその適用年度終了の日において高年齢雇用者に該当する者以外の者の数を減算した数をいい 雇用者とは 法人の使用人のうち一般被保険者に該当するものをいい 一般被保険者とは 雇用保険法第 60 条の 2 第 1 項第 1 号に規定する一般被保険者をいい 高年齢雇用者とは 法人の使用人のうち同法第 37 条の 2 第 1 項に規定する高年齢継続被保険者に該当するものをいいます ( 措法 42の122 二 ~ 四 ) ( 注 4) 基準雇用者割合とは 基準雇用者数の適用年度開始の日の前日における雇用者のうちその適用年度終了の日において高年齢雇用者に該当する者以外の者の数に対する割合をいい 422

32 ます ( 措法 42の122 五 ) ( 注 5) 給与等支給額とは 法人の給与等の支給額のうち適用年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額をいい この給与等の支給額は その給与等に充てるため他の者から支払を受ける金額がある場合には その金額を控除した金額とするとともに 他の者には その法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人を含むこととし 給与等とは 所得税法第 28 条第 1 項に規定する給与等のうち雇用者に対して支給するものをいいます ( 措法 42の122 六 七 ) この場合の損金の額に算入される金額からは その適用年度終了の日において高年齢雇用者に該当する者に係る金額を除きます ( 注 6) 比較給与等支給額とは 法人の給与等の支給額のうち適用年度開始の日前 1 年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額の合計額をその 1 年以内に開始した各事業年度の数で除して計算した金額 ( 以下 適用年度前 1 年以内事業年度における給与等の支給額 といいます ) に その適用年度前 1 年以内事業年度における給与等の支給額に基準雇用者割合を乗じて計算した金額の30% を加算した金額をいいます ( 措法 42の122 八 ) この場合の損金の額に算入される金額からは その適用年度終了の日において高年齢雇用者に該当する者に係る金額を除きます ( 注 7) 中小企業者等とは 租税特別措置法第 42 条の 4 第 6 項に規定する中小企業者又は農業協同組合等をいいます ( 措法 42の121) 2 改正の概要企業の地方拠点の強化について 積極的に税制で支援する観点から 本制度に次の措置が追加されました その趣旨については 前述の 四地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度 ( 創設 ) をご参照ください ⑴ 地方事業所基準雇用者数に係る措置この措置は 青色申告書を提出する法人で地域再生法の認定事業者であるものが 同法の地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を受けた日から同日の翌日以後 2 年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度において 雇用の増加に係る要件のうち基準雇用者割合が 10% 以上又は当該事業年度開始の日の前日における雇用者の数が零であることとの要件以外の要件を満たす場合で かつ 雇用保険法の適用事業を行っている場合には その事業年度の所得に対する法人税額から20 万円 ( 基準雇用者割合が10% 以上又は当該事業年度開始の日の前日における雇用者の数が零である場合には 50 万円 ) にその法人の地方事業所基準雇用者数 ( 基準雇用者数を上限とします ) を乗じて計算した金額 ( 地方事業所税額控除限度額 ) を控除することができるというものです ( 措法 42の12の 2 2 ) 地方事業所基準雇用者数とは 地方活力向上地域特定業務施設整備計画について認定を受けた法人がその地方活力向上地域特定業務施設整備計画に従って地域再生法の地方活力向上地域において整備した同法の特定業務施設のみをその法人の事業所とみなした場合における基準雇用者数として証明された数をいうこととされています ( 措法 42の12の 2 5 五 ) この地方事業所税額控除限度額が当期の調整前法人税額の30% 相当額を超える場合には 地方事業所税額控除限度額は 当期の調整前法人税額の30% 相当額を上限とすることとされています この場合において 従前からの基準雇用者数に係る措置により調整前法人税額から控除される金額又は地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の法人税額の特別控除制度により調整前法人税額から控除される金額がある場合には 調整前法人税額の30% 相当額からこれらの控除される金額を控除した残額を上限とすることとされています ( 措法 42の12の 2 2 後段 ) 423

33 ⑵ 地方事業所特別基準雇用者数に係る措置この措置は 青色申告書を提出する法人で地域再生法の認定事業者であるもののうち上記 ⑴ の措置の適用を受ける又は受けたものが その適用を受ける事業年度以後の事業年度で同法の地方活力向上地域特定業務施設整備計画 ( 移転型計画に限ります ) の認定を受けた日から同日の翌日以後 2 年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度において 雇用保険法の適用事業を行っている場合には その事業年度の所得に対する法人税額から30 万円にその法人の地方事業所特別基準雇用者数を乗じて計算した金額 ( 地方事業所特別税額控除限度額 ) を控除することができるというものです ( 措法 42の12 の23) 地方事業所特別基準雇用者数とは 地方活力向上地域特定業務施設整備計画について認定を受けた法人の当該事業年度及び当該事業年度前の各事業年度のうち その認定を受けた日以後に終了する事業年度のその法人がその認定に係る地方活力向上地域特定業務施設整備計画に従って地域再生法の地方活力向上地域において整備した同法の特定業務施設のみをその法人の事業所とみなした場合における基準雇用者数として証明された数の合計数をいうこととされてい ます ( 措法 42の12の 2 5 十 ) この地方事業所特別税額控除限度額が当期の調整前法人税額の30% 相当額を超える場合には 地方事業所特別税額控除限度額は 当期の調整前法人税額の30% 相当額を上限とすることとされています この場合において 従前からの基準雇用者数に係る措置若しくは上記 ⑴の措置により調整前法人税額から控除される金額又は地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の法人税額の特別控除制度により調整前法人税額から控除される金額がある場合には 調整前法人税額の30% 相当額からこれらの控除される金額を控除した残額を上限とすることとされています ( 措法 42の12の 2 3 後段 ) すなわち 地方活力向上地域特定業務施設整備計画の認定を受けた日を含む事業年度から 3 事業年度にわたって その認定を受けた日を含む事業年度以後の特定業務施設の雇用者の増加数の累計 30 万円の税額控除が受けられるというものであり 認定を受けた日を含む事業年度における特定業務施設の雇用者の増加数については 適用対象事業年度全てにおいてこの措置の適用を受ければ 増加雇用者一人当たり計 90 万円の税額控除を受けることができることになります 〇改正後の制度の適用イメージ 地方活力向上地域の特定業務施設 : 前期比 +50 人 ⑵ 30 万円 ⑴ 50 万円 (10% 以上雇用増要件を満たさない場合 20 万円 ) 従前からの雇用促進税制 40 万円 法人全体 : 前期比 +25 人 424

34 3 改正の内容 ⑴ 地方事業所基準雇用者数に係る措置 1 適用対象法人適用対象となる法人は 青色申告書を提出する法人で地域再生法第 17 条の 2 第 4 項に規定する認定事業者であるものとされています ( 措法 42の12の 2 2) 地域再生法の認定事業者は 地方活力向上地域特定業務施設整備計画について同法第 17 条の 2 第 3 項の認定を受けた者をいうこととされています ( 地域再生法 17の 2 4) なお 認定を取り消された法人はこの措置の適用を受けることはできません ( 注 1) 地方活力向上地域特定業務施設整備計画とは 地域再生法第 17 条の 2 第 1 項に規定する地方活力向上地域特定業務施設整備計画をいいます ( 注 2) 関係法令については 下記の ( 参考 ) をご参照ください 2 適用対象事業年度地域再生法の一部を改正する法律の施行の日から平成 30 年 3 月 31 日までの間に地方活力向上地域特定業務施設整備計画について認定を受けた法人のその認定を受けた日から同日の翌日以後 2 年を経過する日までの期間内の日を含む事業年度が この措置の適用対象となる事業年度とされています ( 措法 42の12の 2 5 一 ) ( 注 ) 適用年度 ( 措法 42の12の 2 5 一 ) は従前からの基準雇用者数に係る措置と共通で定義されているため 平成 23 年 4 月 1 日から平成 28 年 3 月 31 日までの間に開始する事業年度及び上記の事業年度が適用年度と定義されていますが この措置に関連する適用年度は専ら上記の事業年度となります ただし 従前からの基準雇用者数に係る措置と同様に 合併 分割又は現物出資による設立以外の設立の日を含む事業年度 合併による解散以外の解散の日を含む事業年度及び 清算中の各事業年度は この措置の適用を受けることはできません ( 措法 42の12の 2 5 一 ) また この措置の適用を受けた事業年度は 次の制度の適用を受けることができないこととされています ( 措法 42の12の 4 1 震災税特法 17の 3 2 四 17の 3 の 2 2 五 17の 3 の 3 2 五 ) イ租税特別措置法第 42 条の12の 4 ( 雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除 ) ロ震災税特法第 17 条の 3 ( 復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) ハ震災税特法第 17 条の 3 の 2 ( 企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) ニ震災税特法第 17 条の 3 の 3 ( 避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除 ) 3 雇用者及び事業に係る適用要件この措置の適用を受けるためには 次の要件を満たす必要があります これらの要件は 従前からの基準雇用者数に係る措置と同様です イ基準雇用者数が 5 人以上 ( その法人が中小企業者等である場合には 2 人以上 ) であることにつき 証明がされたこと ( 措法 42の12の 2 1 一 2 一 ) この証明は 法人の事業所 ( その法人が 2 以上の事業所を有する場合には その 2 以上の事業所のうち主たる事業所 ) の所在地を管轄する都道府県労働局又は公共職業安定所の長がその法人に対して交付する雇用対策法施行規則附則第 8 条第 3 項に規定する雇用促進計画の達成状況を確認した旨を記載した書類の写しを確定申告書等に添付することにより行うこととされています ( 措令 27の12の 2 1 措規 20の 7 1) ( 注 1) 雇用促進計画の達成状況を確認した旨を記載した書類は その法人の雇用 425

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