目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足 RESP 電荷の割り当て 2017/10/01 Copy

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せぴあしまむね
5 years ago
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1 Winmostar チュートリアルシミュレーションセルの作成 V8.000 株式会社クロスアビリティ 2017/10/01

2 目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足 RESP 電荷の割り当て 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 2

プログラムパス > Cygwin を変更することで任意の場所にインストール可能ですこちらこちら

3 動作環境設定本機能を用いるためには Cygwin のセットアップが必要ですの 2. 計算エンジンのインストールから Cygwin の自己解凍書庫 (exe) を入手し実行してくださいこちらデフォルトでは C: 直下にインストールされますが Winmostar の環境設定のプログラムパス > Cygwin を変更することで任意の場所にインストール可能ですこちらこちら 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 3

4 I. 孤立系 ( 気相 ) 1. メイン画面で分子をモデリング 2. AM1-BCCまたはGasteiger 電荷以外を使いたい場合あるいはイオンの場合は以下の手順で電荷を割り当て I. AM1-BCC Gasteriger 電荷を取得 ( 補足:Acpypeによる電荷の割り当てを参照) II. RESP 電荷を取得 ( 補足:RESP 電荷の割り当てを参照 ) III. その他 QM バンド計算を実行して点電荷を取得 3. GromacsまたはLAMMPSキーワード設定の Force Field タブにて Generate Parameters の Force Field の (General) にて使いたい力場を選ぶ 2. で電荷を割り当てた場合は Charge の Use User-defined Charge を選択そのほかは従来通り条件指定 4. GromacsまたはLAMMPSを実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 4

5 II. 単成分液体電荷力場の設定は P.4 l. 孤立系を参照 1. メイン画面で分子をモデリングし mol2 形式で名前を付けて保存 ( 水の場合は省略 ) 2. MD> 溶媒を配置 / 系を作成にて Put the molecule on main window as solute のチェックを外し Add.mol2 File で 1. で保存したファイルを選択 ( 水の場合は Add Water をクリック ) 分子数を入力し Set Density を適切に入力して Build 3. Gromacs または LAMMPS キーワード設定 4. Gromacs または LAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 5

6 III. 混合液体 1 希薄水溶液電荷力場の設定は P.4 l. 孤立系を参照 1. メイン画面で溶質分子をモデリング 2. MD> 溶媒を配置 / 系を作成にて Add Water で投入する水分子の数を入力し Build 3. GromacsまたはLAMMPSキーワード設定 4. GromacsまたはLAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 6

7 III. 混合液体 2 任意の濃度の溶液電荷力場の設定は P.4 l. 孤立系を参照 1. 計算したいメイン画面で従来通りモデリングし mol2 形式で名前を付けて保存 ( 水を除く計算したいすべての分子種に対して実施 ) 2. MD> 溶媒を配置 / 系を作成にて Put the molecule on main window as solute のチェックを外し Add Water または Add.mol2 File で 1. で作成した分子を選択し投入したい分子数を入力し Set Density も適切に設定し Build 3. Gromacs または LAMMPS キーワード設定 4. Gromacs または LAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 7

8 IV. タンパク質 1 リガンドなし 1. 計算したいタンパク質のpdbを読み込み 2. 編集 > 分子種単位で選択を選択しタンパク以外を選択し編集 > 部分編集 > 部分削除する 3. 編集 > 水素付加 >pdb2gmxを使用を選択し Execute 4. MD> 溶媒を配置 / 系を作成にて Add Water で分子数を入力し Set Distance from solute を選択しその値を適切に設定し Build 5. MD> 水をイオンに置換にて Execute 6. GromacsまたはLAMMPSキーワード設定 7. GromacsまたはLAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 8

9 IV. タンパク質 2 リガンドあり 1. タンパク + リガンド複合体の pdb を読み込む 2. 編集 > 分子種単位で選択を選択しリガンド以外を選択し編集 > 部分編集 > 部分削除する 3. 編集 > 水素付加 >OpenBabel を使用にて Execute 4. mol2 形式で保存する 5. 再度複合体の pdb を読み込む 6. 編集 > 分子種単位で選択を選択しタンパク以外を選択し編集 > 部分編集 > 部分削除する 7. 編集 > 水素付加 >pdb2gmx を使用にて Execute 8. MD> 溶媒を配置 / 系を作成にて Add.mol2 File でリガンドの mol2 ファイルを選択し分子数に 1 を指定し Insert this molecule randomly? の問いにいいえとする次に Add Water で分子数を入力し Set Distance from solute を選択しその値を適切に設定し Build 9. MD> 水をイオンに置換にて Execute 10. Gromacs または LAMMPS キーワード設定 11. Gromacs または LAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 9

10 V. ポリマー 1. Winmostar LAMMPS チュートリアルポリマーモデリングを参考にポリマー系を作成 2. Gromacs または LAMMPS キーワード設定の Force Field タブにおいて Charge に Use User-defined Charge を指定 3. Gromacs または LAMMPS 実行 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 10

11 VI. 固液界面 (1/3) 1. 液体分子をモデリングし点電荷を設定した上で mol2 形式で保存する ( 水の場合は不要 ) 2. Winmostar の結晶ビルダの表面切り出しチュートリアルを参考に固体を作成する結晶ビルダの [Edit]-[Repeat] を用いて計算したいサイズのシステムを作成する作成した固体は cif 形式で保存する 3. 結晶ビルダを終了し Winmostar メイン画面にて 1. で作成した cif ファイルを開く 4. [MD]-[ 溶媒を配置 / セルを作成 ] を選択し [Put the molecule on main window as solute] のチェックを外し [Simulation Cell] タブの [Set Box Size] をチェックしその右の [Import] ボタンを押す次に [Import] ボタンの左の界面垂直方向のシステムサイズを想定している液相のサイズに設定する 5. 想定している液相の組成に合うよう [Add Water] または [Add.mol2 File] ボタンを押し分子を追加し [Build] ボタンを押す 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 11

12 VI. 固液界面 (2/3) 6. 必要に応じてシステムサイズが変化しないよう Gromacs または LAMMPS を用いて系を平衡化する 7. 固体 ( 固相 ) と貼り合わせたい液相の構造を mol2 形式で保存する 8. [MD]-[ 界面ビルダ ] の [Cell] タブにて Cell 1 および Cell 2 にそれぞれ液相の mol2 ファイルと固相の cif ファイルを指定する必要に応じて [Direction] および [Repeat] タブで設定し [Build] する固相に電荷を設定したい場合は固相も mol2 ファイルで準備しその mol2 ファイルを指定する電荷は Quantum ESPRESSO 等で計算するか文献値を mol2 ファイルに与える 9. Gromacs または LAMMPS キーワード設定の [Force Field] タブにおいて Add [Position_restraints] section for selected atoms をチェックする開いた [Restraint] ウインドウにて固相の項目にチェックを入れ [Set] する現状では Gromacs の場合は原子が harmonic ポテンシャルで拘束され LAMMPS の場合は原子が完全に静止される形で拘束される 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 12

13 VI. 固液界面 (3/3) 10. [Force Field]-[General] の右の [Exception] ボタンをクリックする次に右のリスト内の固相の項目にチェックを入れその項目名をクリックし選択された状態にすると左のリストに固相を構成する原子の LJ パラメータのリストが表示されるそこでパラメータを入力し [Set] する ( デフォルト値は原子種に依らず一定値なのでそのまま使用しないこと ) 11. [Force Field]-[Charge]-[Use user-defined charges] にチェックを入れる 12. Gromacs の場合は続けて [Parameters (2)] タブの [Misc.]-[define]-[- DPOSRES] にチェックを入れる 13. その他の分子の力場の設定やシミュレーション条件を設定したらキーワード設定画面を閉じ Gromacs または LAMMPS を実行する 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 13

14 補足 Acpype による電荷の割り当てここではエタノール分子の電荷割り付けを例に操作方法を示すメイン画面でエタノールをモデリングし MD > 電荷を割り当て > Acpype を使用画面を開くイオンの場合は Total charge 欄に電荷を入力するその後 Execute をクリックする 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 14

補足 RESP 電荷の割り当て (1/4) ここではエタノール分子の RESP 電荷割り付けを例に操作方法を示すメイン画面でエタノールをモデリングし QM > GAMESS > GAMESS

17 補足 RESP 電荷の割り当て (3/4) QM1 > GAMESS 実行を選択しジョブ終了後 QM > GAMESS > インポート > RESP Charge from punch を選択するデフォルトで直前に得られた punch ファイルが選択されるためそのまま開く 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 17

補足 RESP 電荷の割り当て (4/4) 左図のようにスピン多重度を 1 として RESP 電荷が計算されることが確認される OK として処理を進めるとメイン画面上に RESP 電荷が表示されるこの状態でファイル > 名前を付けて保存から mol2 形式で保存する保存した mol2

18 補足 RESP 電荷の割り当て (4/4) 左図のようにスピン多重度を 1 として RESP 電荷が計算されることが確認される OK として処理を進めるとメイン画面上に RESP 電荷が表示されるこの状態でファイル > 名前を付けて保存から mol2 形式で保存する保存した mol2 ファイルを MD> 溶媒を追加 / セルを作成の Add.mol2 File ボタンで追加することで RESP 電荷を保持したままセルを作成できる 2017/10/01 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 18

概要水中のエタノール分子の溶媒和自由エネルギーをエネルギー表示 (ER) 法を用いて計算します溶質 + 溶媒溶媒のみ溶質のみそれぞれの MD 計算を実施した後エネルギー分布関数と自由エネルギーを計算します溶液の MD ( 溶媒 + 溶質 ) 溶媒の MD

概要水中のエタノール分子の溶媒和自由エネルギーをエネルギー表示 (ER) 法を用いて計算します溶質 + 溶媒溶媒のみ溶質のみそれぞれの MD 計算を実施した後エネルギー分布関数と自由エネルギーを計算します溶液の MD ( 溶媒 + 溶質 ) 溶媒の MD Winmostar チュートリアル Gromacs 溶媒和自由エネルギー ( エネルギー表示法 ) V8.000 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2017/10/18 概要水中のエタノール分子の溶媒和自由エネルギーをエネルギー表示 (ER) 法を用いて計算します溶質 + 溶媒溶媒のみ溶質のみそれぞれの MD 計算を実施した後エネルギー分布関数と自由エネルギーを計算します