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1 MALDI-TOF-MS Cooking Book Ver. 1.0 Prepared by T.Nirasawa 2-May-03

2 Table matrix mono MW for size (g) Parts No. (Daltonics) -cyano-4-hydroxy-cinnamicacid # peptide (CCA) sinapinic acid (SA) ,5-dihydroxy-benzoic acid (2,5-DHB) Super DHB (SDHB) 3-Hydroxypicolinic acid (3-HPA) α-cyano-4-hydroxycinnamic acid methyl ester (CNME) 2,3,4 -Trihydroxyacetophenone (2,3,4-THAP) 2,4,6 Trihydroxyacetophenone (2,4,6-THAP) # peptide # protein # protein # glycopeptide # glycoprotein # oligosaccharide # polymer # glycopeptide # glycoprotein # oligosaccharid aza-2-thiothymine (ATT) trans-3-indole-acrylic acid (IAA) Dithranol (DIT) # # # # # # polymer # aromatic compound # polymer # aromatic compound

3 CCA in TA ( ) 4l (5pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F # MTP 384 target plate polished steel T F

4 Double Layer Preparation CCA in acetone ( ) CCA in TA ( ) 4l (5pmol/l) 1l l mix 1l # MTP 384 target plate polished steel T F

5 SA in TA ( ) 4l (10pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F # MTP 384 target plate polished steel T F

6 Double Layer Preparation SA in EtOH ( ) SA in TA ( ) 4l (10pmol/l) 1l l mix 1l # MTP 384 target plate polished steel T F

7 DHB in TA (10mg/ml) 4l (5pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F

8 DHB in TA (10mg/ml) 4l (10pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F

9 SDHB in TA (10mg/ml) 4l (10pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F

10 2,4,6-THAP in 50ACN (10mg/ml) 4l (10pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F # MTP 384 target plate polished steel T F

11 DHB in 30%EtOH (10mg/ml) 4l (5pmol/l) 1l mix 1l on target #26755 MTP 384 massive target T #26993 MTP 384 massive target gold plated T # MTP 384 target ground steel T F

12 AnchorChip STD ZipTip CCA stock 1mg/ml acetone CCA working( M ) 2:1= EtOH : acetone ( W ) 0.1%TFA in H 2 O ( R ) 6:3:1 EtOH : acetone : 0.1%TFA 0.53l 600m anchor Matrix ( M ) 1l 0.53l 600m anchor Matrix ( M ) 1l W 4l R 1l # MTP AnchorChip 600/384 T F

13 Thin Layer Affinity AnchorChip Preparation CCA ( M ) 2l 600m anchor 1 2 CCA stock 97% acetone : 0.1% TFA CCA working( M ) 1:1 CCA stock : 97% acetone + 0.1% TFA ( W ) 0.1%TFA in H 2 O ( R ) 6:3:1 EtOH : acetone : 0.1%TFA 14l 600m anchor 3 W 35l W 35l anchor Thin Layer PSD,LIFT R 1l # MTP AnchorChip 600/384 T F

14 DNA RNA oligo 3HPA(10 mg/ml)+ Diammonium hydrogen citrate (DAC 1 mg/ml) in H2O DNA(RNA) pmol/l 3HPA 1l 400m anchor NH4+ 1l 00m anchor MTP AnchorChip 400/384 T F

15 DNA RNA oligo 2,4,6 Trihydroxyacetophenone (2,4,6-THP) in 50% ACN (10mg/ml) 2,3,4 -Trihydroxyacetophenone (2,3,4-THP) in 50% ACN (10mg/ml) Diammonium hydrogen citrate (e.g. Fluka Part No ) in 50% ACN (DAC 1 mg/ml) THAP 2:1= 2,4,6-THP: 2,3,4-THP+DAC DNA(RNA) pmol/l NH4+ THAP mix 1 # MTP 384 target plate polished steel T F

16 Double stranded DNA 6-aza-2-thiothymine (ATT) DNA(DS) pmol/l NH4+ ATT 10mg/ml in 50% ACN 1 # MTP 384 target plate polished steel T F

17 Polymer DHB in TA (10mg/ml) 4l polymer (20pmol/l) 1l mix 1l on target N2 Table 2

18 Polymer matrix in THF(10mg/ml) 8l polymer (20pmol/l) 2l mix 3l on target Table 2

19 Table Polymer matrix mono MW for size (g) Parts No. (Daltonics) Salt α-cyano-4-hydroxy-cinnamicacid 1 # Tween 20 (CCA) 5 # # sinapinic acid (SA) Polyacrylic acid 5 # ,5-dihydroxy-benzoic acid PEG 1 # NaCl (DHB) PPG 5 # KCl 2,4,6 Trihydroxyacetophenone 1 # Poly(ethylene terephthalate) (2,4,6-THAP) 5 # PMMA PS silver trifluoroacetate trans-3-indole-acrylic acid 1 # Poly(butyl acrylate) silver nitrate (IAA) 5 # Dendrimer Silver (I) acetylacetonate Polybutadiene Polystyrene PPG Dithranol PMMA 1 # silver trifluoroacetate (DIT) Poly(methyl acrylate) 5 # silver nitrate Poly(ethylene terephthalate) Polycarbonate Fluka silver trifluoroacetate all-trans-retinoic acid PS ( > 60kDa ) silver nitrate 9-nitro-anthracene Fullerene Fluka (9NA) Dendrimer Chlorosalicylic acid Aldrich Si oil (5CSA) C7, (4-hydroxyphenylazo)benzoicacid Polycarbonate Nylon Fluka (HABA) Tween 85 1,4-Bis(5-phenyloxazol-2-yl)benzene Polyisoprene Fluka Silver (I) acetylacetonate (POPOP) Polybutadiene amino-quinoline Fluka basic compound (3AQ) ,6-Dihydroxyacetophenone Fluka (DHAP) 37468

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