基本的な利用法

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ありさつちかね
5 years ago
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1 到達目標 : このスライドに書かれている程度のことは自在にできるようにしてエラーへの対処法を身につける. 必要なパッケージのインストールが正しくできているかどうかの自力での判定および個別のパッケージのインストール. 作業ディレクトリの変更 3. テキストエディタで自在に入出力ファイル名の変更 ( どんなファイル名のものがどこに生成されるかという全体像の把握 ) 4. ありがちなミスのところで示しているエラーメッセージとその原因をきっちり理解 Chrome で動作確認していますブラウザによっては若干挙動が異なります (R で ) 塩基配列解析基本的な利用法 Macintosh 版東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子門田幸二 kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp

2 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ

3 前提条件の推奨手順通りにインストールができているつもりでも実際にはできていなかったという事例が散見されます実際の作業はと 3 ですがインストールが失敗しているパッケージについては 4 を参考にして個別対応しましょうパッケージ名や関数名のスペルミスだったというオチも散見されますので気を付けましょう 3 4 3

4 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 4

5 R の起動 R アイコンをクリックして起動 Dock に登録していない場合は Macintosh HD ーアプリケーションー R.app を起動します 5

6 R の起動起動した R コンソールのウィンドウサイズを適当なサイズ位置にします 6

7 R の起動赤枠で囲まれた部分が R コンソール画面このウィンドウ名が表示されない場合はウィンドウメニューでタブバーを表示を選択する 7

8 R の終了通常のソフトウェア同様左上の赤丸ボタンを押せばよい 8

9 R の終了ワークスペースのイメージファイルを保存しますか? というダイアログが出るこの意味が不明な最初のうちは保存しないでよい保存を押してしまっても.Rapp.history と.Rhistory というつのファイルが初期作業ディレクトリに作成されるだけなので特に問題はない前者のファイルは保存しないを選んだ場合でも保存されるなおこれらは. で始まるいわゆる隠しファイルなので通常は表示されないこれらを表示させるにはどこかのフォルダで command + shift +. を押します 9

10 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 0

11 基本的な利用法数値計算ができます

12 (R で ) 塩基配列解析基本的な塩基配列解析から NGS データ取得マッピング統計解析作図などができますこのウェブページはサンプルデータと解析例を徹底的に充実させています項目数が非常に多いですが慣れです項目だけのものや古いものも多数あります

13 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 3

14 解析基礎 : 翻訳配列取得をクリックすると 4

15 解析基礎 : 翻訳配列取得をクリックするとのようなページに移動しますここは塩基配列を入力としてその翻訳されたアミノ酸配列を取得するための項目ですクリックする場所を間違えた場合は 3トップページへ 3 5

16 hoge フォルダの作成デスクトップに作成した hoge フォルダ中のファイルを解析するやり方として説明しますよく hoge って何ですか? と質問されるのですが特別な意味はありません別の名前をつけた場合は以後読み替えてくださいその場合フォルダ名に日本語は使用しない方が無難かと思います 6

17 解析基礎 : 翻訳配列取得項目名からもある程度わかるようになっていますがの部分にもう少し詳細な説明や解説があります 7

18 解析基礎 : 翻訳配列取得つの項目内には大抵複数の例題がありますここでは例題をやっていきます 8

19 解析基礎 : 翻訳配列取得例題は sample.fasta というファイルを入力として利用します赤枠部分のみを拡大表示します 9

20 解析基礎 : 翻訳配列取得 sample.fasta をデスクトップ上に作成した hoge フォルダ内に保存します詳しい手順は 0

21 解析基礎 : 翻訳配列取得 sample.fasta 上で右クリックしリンク先を別名で保存を選択保存先はもちろん 3 ここ 3

22 解析基礎 : 翻訳配列取得大抵の場合デフォルトの保存先は Chrome のから設定を開いて詳細設定を確認すると

23 解析基礎 : 翻訳配列取得大抵の場合デフォルトの保存先は Chrome の詳細設定を確認するとダウンロードフォルダになっていますが 3

24 解析基礎 : 翻訳配列取得大抵の場合デフォルトの保存先はダウンロードフォルダになっていますが今回のダウンロード先はデスクトップ上に作成したhogeフォルダです! 4

25 解析基礎 : 翻訳配列取得 hoge フォルダに保存 5

26 解析基礎 : 翻訳配列取得ときどきファイルの形式欄がテキストファイルと自動判定され ( つまり.txtが付加されて) しまうことがあります sample.fasta.txtになるなどしたら sample.fastaに戻してから保存してください 6

27 解析基礎 : 翻訳配列取得こんな感じに見えていれば無事ダウンロードができているはずです 7

28 解析基礎 : 翻訳配列取得 hogeフォルダ内に sample.fastaが見えていればok の中身は3のような感じです 3 8

29 目的をおさらい hoge フォルダ内にある sample.fasta 中の 3 塩基配列に対応する翻訳配列 ( アミノ酸配列 ) を得るのが目的です 3 9

30 目的をおさらい実際にはプログラム実行結果としてで指定した名前の翻訳配列を含む出力ファイルが hoge フォルダ中に保存されます 30

31 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 3

32 R の起動 getwd() と打ち込んでリターンキーを押す 3

33 R の起動こういうことです R 起動直後のデフォルトの作業ディレクトリはユーザ名 kadota の環境では /Users/kadota です 33

34 Tips:R の環境設定 R を起動したときの作業ディレクトリの場所は環境設定起動 3 初期作業ディレクトリで設定されています 4~ はホームディレクトリこの場合 /Users/kadota ということになります

35 Tips: 文字サイズ変更文字サイズを変更したい場合はフォーマットフォント 3 大きく小さくまたは 4 フォントパネルを表示

36 Tips: 文字サイズ変更フォントの種類を変更したい場合やサイズを数字で指定したい場合はフォントパネルを表示を選びフォントパネルを表示させて 3 サイズのところを適当なサイズにしてご利用ください 3 36

37 getwd() getwd() は現在の作業ディレクトリを表示させるコマンドです一方今解析したいファイル sample.fasta は 3 デスクトップ上にある hoge フォルダにあるので作業ディレクトリをそこに変更する必要があります 3 37

38 作業ディレクトリの変更その他作業ディレクトリの変更 38

39 作業ディレクトリの変更ユーザ kadota の環境ではこのように見えているデフォルトは /Users/kadota なのでの位置がハイライトされているその右の 3 デスクトップを選択すると 3 39

40 作業ディレクトリの変更の部分がデスクトップに切り替わる目的の hoge フォルダを選択 40

41 作業ディレクトリの変更の部分が hoge に切り替わる開く 4

42 もう一度 getwd() 一見すると何も変わってなさそうですがもう一度 getwd() を実行すれば作業ディレクトリが変更されていることが確認できます 4

43 もう一度 getwd() さきほどと同様に getwd() とベタ打ちしてもよいがキーボードの上矢印キーを一回押すと直前に打ち込んだコマンド ( この場合は getwd()) が表示されるこれは打ち込んだのと同じ意味なのでそのままリターンキーを押せばよいいくつか入力したコマンドがあれば上矢印キーを押していけば見られます行き過ぎたら下矢印キーを押していけば戻れます 43

44 確認こんな感じで作業ディレクトリが /Desktop/hoge であれば OK 当たり前ですが解析したいディレクトリ ( またはフォルダ ) を正しく指定できていなければエラーに遭遇しますまた解析したいファイルが存在しない状態でもエラーが出ます 44

45 list.files() でフォルダ内を見る list.files() は作業ディレクトリの中身を表示するコマンドです 45

46 list.files() でフォルダ内を見る hogeフォルダの中身が対応づいているのがわかりますね 46

47 list.files() でフォルダ内を見るもしフォルダの中身が何もないときはのように見えるので覚えておきましょう character(0) は何もないという意味 47

48 Tips: 初期作業ディレクトリ R 起動時の作業ディレクトリを hoge に設定するなど変更する場合は環境設定起動 3 初期作業ディレクトリの変更から設定します 3 48

49 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 49

50 基本はコピペ一連のコマンド群をコピーして R Console 画面上でペースト 50

51 基本はコピペ R Console 画面上でペーストした直後 Macintosh ではこの状態 ( ペーストしただけ ) では実行されないようですペースト後に必ず Enter キーを押す 5

52 基本はコピペエラーなく実行できた場合の全貌多少見栄えが異なっていてもエラーという文字が見えていなければ OK 5

53 実行結果出力ファイル名として指定したhoge.fasta が生成されていることが分かります実行前のhogeフォルダ実行後の hoge フォルダ 53

54 実行結果 list.files() で表示される結果と実行後のhogeフォルダの中身は当然同じ実行前のhogeフォルダ実行後の hoge フォルダ 54

55 実行結果入力 : 塩基配列ファイル (sample.fasta) ファイルをテキストエディタで開くかまたは R のファイルメニューから文書を開くを選びそれぞれのファイルを開く入力ファイル中の塩基配列は 3 の倍数の塩基長 ACGT のみからなるので何のエラーも出ない出力 : アミノ酸配列ファイル (hoge.fasta) 55

56 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 56

57 解析基礎目的 : アノテーションファイル (annotation.txt) 中の第列目に対してリストファイル (genelist.txt) 中の文字列と一致する行を抜き出して hoge.txt というファイル名で出力したい入力 : アノテーションファイル (annotation.txt) 出力 :hoge.txt 入力 : リストファイル (genelist.txt) 57

58 解析基礎目的 : アノテーションファイル (annotation.txt) 中の第列目に対してリストファイル (genelist.txt) 中の文字列と一致する行を抜き出して hoge.txt というファイル名で出力したいの例題をやります 58

59 解析基礎作業ディレクトリはデスクトップ hoge hoge フォルダ中に annotation.txt と 3 genelist.txt が存在するという前提

60 基本はコピペ一連のコマンド群をコピーして R コンソール画面上でペースト 60

61 実行結果 list.files() で表示される結果と実行後の hoge フォルダの中身は当然同じ実行前の hoge フォルダ実行後のhogeフォルダ 6

62 Tips:R コンソール画面で出力ファイル (hoge.txt) の中身これは out というオブジェクトの中身を 3write.table という関数を用いてファイルに出力したもの 3 実行後の hoge フォルダ 6

63 Tips:R コンソール画面でそれゆえ出力ファイル (hoge.txt) の中身は Rコンソール画面中で 3outと打ち込むことで確認できる早く慣れて Rコンソール画面だけで動作確認できるようになっていこう 3 実行後の hoge フォルダ 63

64 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 64

65 色の説明 R コード中の色の使い分けについて説明しますはじめにに書いているの内容が全て 65

66 応用例題は列目でキーワード検索するやり方でしたつまり 3 の列が対象でした 3 66

67 応用応用として別のリストファイルを読み込んで 4 列目で検索したい場合のやり方を示します 67

68 リストファイルの作成おさらい例題のリストファイル (genelist.txt) 中のキーワードリストはのように書かれていた 68

69 リストファイルの作成今回はのような nuclear と membrane を含む行を抽出したいのでのようなリストファイルを作成し list.txt というファイル名で保存しておく当然ながら保存場所は annotation.txt と同じ場所です 69

70 R エディタを起動ファイル - 新規文書で R エディタを起動もちろん他のエディタをどうしても使いたければ二重クォーテーション問題などに遭遇する可能性を踏まえ自己責任でご利用ください 70

71 Tips:R エディタ新規文書と新規 Rd 文書の違い新規文書で作成した方は自動的に色付けがされわかりやすい保存する場合拡張子.R となる一方 Rd 文書の方は R パッケージを作成するためのエディタで一色のみの表示保存する場合拡張子.Rd となるどちらも編集ー実行とすることは可能だが前者がオススメだろう 7

72 テンプレートコードをコピペ例題の赤枠内のコードを起動した R エディタ上でコピペ 7

73 必要最小限の箇所を変更リストファイルの名前と列番号情報を変更 73

74 必要最小限の箇所を変更 list.txt 中のキーワードで 4 列目で探すからでした 74

75 Tips:command + return 変更後のコードを全選択 (command+a) したのち右クリックでコピー R コンソールでペーストをしなくても編集メニュー実行 (command+return) を選択すると選択部分をコピー R コンソールにペースト実行まで行われます R エディタ以外のエディタの場合は R コンソール上にコピー & ペースト後 return キーを入力して実行する必要があります 75

76 Tips:command + return 実行後はこんな感じになります一見何も変わっていないように見えて Rコンソール上で実行されています出力ファイル名は変更していないので hoge.txtファイルに上書きされるはずもし Excelなどでhoge.txtを開いたまま実行した場合は一度閉じてからhoge.txtを開き直してください 76

77 list.files() で確認確かに出力ファイルに相当する名前は hoge.txt しかないですね 77

78 out の中身を確認 out と打ち込んで確認確かに list.txt ファイル中に書き込まれたキーワードを含む行のみが抽出できていますね 78

79 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得イントロダクション : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 79

80 ありがちなミス作業ディレクトリの変更を忘れているため in_f で指定した最初のファイルの読み込み段階でエラーが出るつまり実際に解析を行ったフォルダ中には annotation.txt というファイルが存在しないということ 80

81 ありがちなミス必要な入力ファイルが作業ディレクトリ中に存在しないこの場合 in_f で指定した genelist.txt が存在しないためそれの読み込み段階でエラーが出ているそれゆえその情報を用いているコマンド部分でエラーが出ている 8

82 ありがちなミス 3 実行スクリプトを R コンソール画面上にコピー & ペーストしただけでリターンキーが押されていないためコマンドが実行されない ( 出力ファイルが生成されない ) コピペ後に無意識にリターンキーを押すことを心がけるだけでもよいでしょう 8

83 警告メッセージ list.txt ファイル作成時に membrane と打った後に改行を入れた場合 ( 左 ) と入れない場合 ( 右 ) の挙動の違いを把握し後学のために警告メッセージの意味を理解しておくとよいこの場合は結果には影響していないことがわかる R は警告メッセージ後の記述内容が比較的分かりやすいのでよく読むべし 83

84 メッセージ作業ディレクトリの変更を行った時にのようなメッセージが表示されることがあるが基本的に気にしなくてよいこれは Class FIFindeerSyncExtensionHost が箇所で実装されておりそのどちらかが使われると言っているのですがおそらく R の使用上には問題無いでしょう 84

基本的な利用法

(R で ) 塩基配列解析基本的な利用法 Macintosh 版到達目標 : このスライドに書かれている程度のことは自在にできるようにしてエラーへの対処法を身につける 1. 必要なパッケージのインストールが正しくできているかどうかの自力での判定および個別のパッケージのインストール 2. 作業ディレクトリの変更 3. テキストエディタで自在に入出力ファイル名の変更 ( どんなファイル名のものがどこに生成されるかという全体像の把握