Microsoft Word - appli_OpenMX_install.docx

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あまめちづ
5 years ago
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1 OpenMX version インストール手順書 (Linux 64 ビット版 )

2 目次 1. アプリケーション概要システム環境アプリケーションのインストール動作確認の実施... 4

3 本手順書は OpenMX の入手からインストールまでを説明した資料です 2018/3/7 1. アプリケーション概要本手順書が対象としているアプリケーションは以下の通りですアプリケーションの詳細につきましてはオフィシャルサイトをご参照くださいアプリケーション名 OpenMX バージョンオフィシャルサイトダウンロードサイト 2. システム環境本手順書が想定するシステム環境は以下の通りです実際のシステム環境に応じてパスやコマンド等を読み替えてご利用ください OS RedHat Enterprise Linux 7.2 コンパイラインテル Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux インストール先 /opt/intel/compilers_and_libraries_ MPI ライブラリインテル MPI ライブラリ for Linux 2017 Update 3 ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 数学ライブラリインテル Math Kernel Library for Linux ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) アプリケーションのインストールディレクトリ $HOME/package インストール用の作業ディレクトリ $HOME/src 3. アプリケーションのインストール OpenMX のインストールを実施します 1

4 環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C コンパイラおよびライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じてパスやコマンド等を読み替えてください 1 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) インストールディレクトリの作成インストールディレクトリ ($HOME/package/openmx) を作成します $ mkdir -p $HOME/package/openmx コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し移動します $ mkdir -p $HOME/src $ cd $HOME/src アプリケーションの入手アプリケーション本体および修正ソースファイルをダウンロードします $ wget $ wget アプリケーションファイルの展開アプリケーションの圧縮ファイル ($HOME/src/openmx3.8.tar.gz) を展開します $ tar xvf openmx3.8.tar.gz 展開されたディレクトリ ($HOME/src/openmx3.8) に移動します $ cd openmx3.8 コンパイル等を実施するディレクトリ ($HOME/src/openmx3.8/source) に移動します $ cd source 1 コンパイラおよびライブラリの設定については環境に応じて下記の通り実行してください名古屋大学環境の場合 $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64 $ source /center/local/apl/cx/intel/impi/ /bin64/mpivars.sh $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/mkl/bin/mklvars.sh intel64 九州大学環境の場合 $ module load intel/2017 2

5 修正ソースファイルの展開 2018/3/7 修正ソースファイルの圧縮ファイル ($HOME/src/patch3.8.3.tar.gz) をソースファイルのあるディレクトリ ($HOME/src/openmx3.8/source) 内で展開しソースファイルを上書きします $ tar xvf../../patch3.8.3.tar.gz コンパイルオプションの設定メイクファイル ($HOME/src/openmx3.8/source/makefile) のコンパイルオプションを変更します 2 ( インストール環境に応じて fftw がインストールされているディレクトリを読み替えてください 3 ) $ sed -i 's@cc = mpicc -O3 -xhost -ip -no-prec-div -openmp -I/opt/intel/mk l/include/fftw@cc = mpiicc -qopenmp -O3 -no-prec-div -fp-model fast=2 -x HOST -I/opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/mkl/include /fftw/@' makefile(1 行で入力してください ) $ sed -i 's@fc = mpif90 -O3 -xhost -ip -no-prec-div -openmp@fc = mpiifort -qopenmp -O3 -no-prec-div -fp-model fast=2 -xhost -I/opt/intel/compiler s_and_libraries_ /linux/mkl/include/fftw/@' makefile(1 行で入力してください ) $ sed -i 's@lib= -L/opt/intel/mkl/lib -mkl=parallel -lmkl_intel_lp64 -lmk l_intel_thread -lmkl_core -lpthread -lifcore -lmpi -lmpi_f90 -lmpi_f77@ LIB= -mkl -lifport -lifcore@' makefile(1 行で入力してください ) メイクファイル内でインストールディレクトリ ($HOME/package/openmx) を指定します $ sed -i 's@destdir =../work@destdir = $(HOME)/package/openmx@' makefile インストール実行コンパイルを実行します ( コンパイルに 30 分程度要します ) $ make all インストールを実行します $ make install 2 sed コマンドにより makefile 内の文字列を置換していますコマンドの意味 sed i s@ テキストファイル名 3 /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/mkl/include/fftw/ を下記の通り読み替えてください名古屋大学環境の場合 /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/mkl/include/fftw/ 九州大学環境の場合 /usr/local/intel2017_up4/compilers_and_libraries_ /linux/mkl/include/fftw/ 3

6 擬ポテンシャルファイルをコピーします $ cd.. $ cp -pr DFT_DATA13 $HOME/package/openmx 4. 動作確認の実施テストデータルを用いた計算による動作確認を実施します計算実行の際はインストール環境の方針に応じてジョブスケジューラを使用してください計算の実行テストデータのディレクトリ ($HOME/src/openmx3.8/work) に移動します $ cd $HOME/src/openmx3.8/work スタックサイズを変更します $ ulimit -s unlimited MPI ライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じてパスやコマンド等を読み替えてください 1 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) OpenMP 用の環境変数を設定します $ export OMP_NUM_THREADS=2 ランテストを二種類 (-runtest および-runtestL) 実行します ( 合わせて 2 時間程度要します ) $ mpirun -np 8 $HOME/package/openmx/openmx -runtest -nt 2 > log.openmx_run test 2>&1(1 行で入力してください ) $ mpirun -np 8 $HOME/package/openmx/openmx -runtestl -nt 2 > log.openmx_ru ntestl 2>&1(1 行で入力してください ) 計算結果の確認出力結果 ( ここでは log.openmx_runtest および log.openmx_runtestl) に The calculation was normally finished. が出力されている事を確認してください $ tail log.openmx_runtest Others = The calculation was normally finished. 4

7 The comparison can be found in a file 'runtest.result'. また計算結果とリファレンスとの比較結果 ( ここでは runtest.result および runtestl.result) も出力されます計算結果をリファレンスとの差異の値 (diff Utot および diff Force) が小数点以下 7 桁まで 0 が並んでいれば計算精度として妥当とされていますので問題ないか確認してください $ cat runtest.result 1 input_example/benzene.dat Elapsed time(s)= diff Utot= diff Force= input_example/c60.dat Elapsed time(s)= diff Utot= diff Force= input_example/co.dat Elapsed time(s)= 6.04 diff Utot= diff Force= input_example/cr2.dat Elapsed time(s)= 5.64 diff Utot= diff Force= input_example/crys-mno.dat Elapsed time(s)= diff Utot= diff Force= input_example/gaas.dat Elapsed time(s)= diff Utot= diff Force= input_example/glycine.dat Elapsed time(s)= 2.81 diff Utot= diff Force= input_example/graphite4.dat Elapsed time(s)= 2.52 diff Utot= diff Force= input_example/h2o-ef.dat Elapsed time(s)= 2.18 diff Utot= diff Force= input_example/h2o.dat Elapsed time(s)= 2.28 diff Utot= diff Force= input_example/hmn.dat Elapsed time(s)= 8.24 diff Utot= diff Force= input_example/methane.dat Elapsed time(s)= 1.70 diff Utot= diff Force= input_example/mol_mno.dat Elapsed time(s)= 5.23 diff Utot= diff Force= input_example/ndia2.dat Elapsed time(s)= 3.04 diff Utot= diff Force=

8 Total elapsed time (s) 以上 6

appli_HPhi_install

appli_HPhi_install 2018/3/7 HΦ version 3.0.0 インストール手順書 (Linux 64 ビット版 ) 目次 1. アプリケーション概要...- 1-2. システム環境...- 1-3. 必要なツールライブラリのインストール...- 1-1 cmake...- 2-2 numpy...- 3-4. アプリケーションのインストール...- 4-5. 動作確認の実施...- 5 - 本手順書は HΦ