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1 イルミナテクニカルセミナー session3 Illumina Experiment Manager の使い方 サービス サポート部テクニカルサポートサイエンティスト渡辺真子 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, Eco, Genetic Energy, GAIIx, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iselect, MiSeq, Nextera, Sentrix, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners.

2 Outline Illumina Experiment Manager (IEM) とは IEM のインストール IEM のワークフロー サンプルプレートの作成と編集 サンプルシートの作成と編集 MiSeq からのサンプルシートの利用 2

3 Illumina Experiment Manager とは Illumina Experiment Manager (IEM) は サンプルシートを作成するためのツールです フリーソフトウェア (MyIllumina) ウィザードベースで作成 不適切なインデックスの組み合わせを通知 3

4 IEM のインストール ソフトウェアのダウンロード MyIllumina へのログイン Downloads >> software >> llumina Experiment Manager ソフトウェアのインストール Setup.exe ファイルを開けてインストール インストレーションウィザードに従って Next を選択 ソフトウェアの開始 デスクトップ上の IEM のアイコンをクリック 4

5 サンプルプレートとサンプルシートとは サンプルプレート : (.plt ) 解析のタイプ プレート名 インデックスサンプルシート : (.csv) ランの条件 データ解析の条件 マニフェスト ゲノム 作成はサンプル調製の前 5

6 ファイルの保存フォルダーのセッティング リポジトリ : サンプルプレート サンプルシート リポジトリ : サンプルプレート サンプルシート マニフェスト ゲノム 6

7 Illumina Experiment Manager の起動 v1.1 (for MCS1.1) v1.2 (for MCS1.2) 7

8 サンプルプレートの作成 8

9 サンプルプレートの作成 Assay Selection 9

10 サンプルプレートの作成 Assay Selection TruSeq Custom Amplicon (TSCA) 10

11 サンプルプレートの作成 Assay Parameters 11

12 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Apply Default Index Layout インデックス配列を自動的に追加 12

13 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載するサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンするとリストが表示されます または Apply Default Index Layout をクリックして下さい Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 の TSCA, Nextera では Manifest ファイルのアップロード v1.2 の Nextera, Nextera XT では Amplicon Manifest の作成が必要 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 13

14 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト Apply Default Index Layout をクリック Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 : TSCA, Nextera Manifest のアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 14

15 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト Apply Default Index Layout をクリック Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 : TSCA, Nextera Manifest のアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 15

16 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト Apply Default Index Layout をクリック Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 : TSCA, Nextera Manifest のアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 16

17 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト Apply Default Index Layout をクリック Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 : TSCA, Nextera Manifest のアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 17

18 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab) Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名 Sample Name- サンプル名 Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト Apply Default Index Layout をクリック Manifest (v1.1), Amplicon Manifest (v1.2) v1.1 : TSCA, Nextera Manifest のアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT Amplicon Manifest の作成 Sample Project- プロジェクト全体の説明 Description- 他に記載しておきたいこと等 ( 解析には使用しません ) 18

19 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab) 19

20 サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab) 20

21 2 つのインデックスを用いたサンプルプレートの例 (Plate Graphic tab) Copy to Clipboard: 他の書類へペースト Print: 印刷 PDF ファイルへの変換 21

22 サンプルプレートの保存 22

23 サンプルプレートの解析タイプと拡張子 解析タイプ TruSeq Custom Amplicon Nextera Nextera XT (v1.2 のみ ) TruSeq DNA/RNA Small RNA ファイル拡張子の例.amp28.plt.nex28.plt.next28.plt.tru16.plt.smr16.plt 23

24 サンプルシートの作成 24

25 サンプルシートの作成 Instrument Selection 1 2 MiSeq Reporter に準拠したサンプルシートの作成 データを CASAVA で解析するためのサンプルシートの作成 データ解析 : サーバーまたは BaseSpace で実行 25

26 MiSeq のサンプルシートの作成 26

27 サンプルシートの作成 MiSeq Workflow Selection 27

28 サンプルシートの作成時のフロー Targeted Resequencing Custom Amplicon Custom Enrichment PCR Amplicon Clone Checking Metagenomics 16S rrna Small Genome Sequencing Resequencing de novo (v1.1) Assembly (v1.2) Plasmids RNA Sequencing Small RNA RNA-Seq Other Library QC ChIP-Seq FASTQ Only v1.2 (new) 28

29 サンプルシートの作成 MiSeq Workflow Selection TSCA Targeted Resequencing >>> Custom Amplicon 29

30 サンプルシートの作成 Workflow Parameters 30

31 サンプルシートの設定項目 Parameter Reagent Cartridge Barcode Investigator Name Project Name Experiment Name Date Workflow Description 試薬カードリッジのバーコードにより MCS が自動的にサンプルシートを検出 MCS は カートリッジに印刷されているバーコードとは異なるフォーマットを要求 例えば バーコードが MS のとき MCS はファイル名が MS のサンプルシートを バーコードが MS のとき MCS はファイル名が MS のサンプルシートを探す 実施者名 プロジェクト名 実験名 実験日 必須 : Resequencing, Amplicon, DenovoAssembly, SmallRNA, Metagenomics, LibraryQC Genome Folder Only Generate FASTQ Output Files FASTA ファイルが入っているリファレンスゲノムフォルダー例 : C: Illumina MiSeq Reporter Genomes PhiX Illumina RTA Sequence Chromosomes MiSeq Reporter で FASTQ ファイルのみ作成し ワークフロー終了 Use Adapter Trimming MiSeq Reporter でアダプター配列をマスク ( 二次解析の精度とスピードが向上 ) Contaminants, RNA, mirna Contaminants, small RNA, mature mirna の FASTA ファイルを含むフォルダーのパス 31

32 サンプルシートの作成 Sample Selection Add Blank Row 行の追加 32

33 サンプルシートの作成 Sample Selection Sample ID, Manifest, Index 1&2, Genome Folder(v1.2) に入力 入力に不備 :Invalid 33

34 サンプルシートの作成 Sample Selection インデックスの選択 34

35 サンプルシートの作成 Sample Selection 入力完了 :Valid Finish 終了 35

36 サンプルシートの例 36

37 MiSeq からのサンプルシートの利用ランの準備 : サンプルシートをMiSeq のPC 上へ MiSeq Control Software (MCS) で指定 C: Illlumina MiSeq Control Software SampleSheet ランの開始 : ランフォルダーのルートへコピー ランの終了 : サンプルシートは MiSeq Reporter software による二次解析へ 37

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41 マニフェストファイルのダウンロード TruSeq Custom Amplicon (TSCA) 41

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43 Additional Information Documents: Illumina Experiment Manager Guide MiSeq Sample Sheet Quick Reference Guide MiSeq System User Guide 43

44 ご清聴ありがとうございました ご質問は でも承ります 44