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みりあみつだ
5 years ago
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1 MINAKA Nobuhiro

2 解説篇

3 系統学は世界観である

4 系統学的にものごとを見るマニュエルリマ [ 三中信宏訳 ] THE BOOK OF TREES 系統樹大全 : 知の世界を可視化するインフォグラフィクス 2015 年 3 月 10 日発売, ビーエヌエヌ新社, 東京.

5 系統学的にものごとを見る Konrad Lorenz The Russian Manuscript

6 系統学的にものごとを見る Konrad Lorenz Avicultural Magazine

7 pre-wwii post-wwii J. S. L. Gilmour ASSGB SA OldSyst R. E. Blackwelder J. Huxley "NewSyst" 1940 "Synthesis" 1942 EvolTax 1930s W. B. Turrill J. Clausen G. L. Stebbins LSL 進化分類学 G. Wharton W. L. Schmitt 1947 X SSZ ExpTax E. Mayr (1969) The Systematics 体系学論争 War Th. Dobzhansky (1937) E. Mayr E. Mayr (1942) G. G. Simpson (1944) G. L. Stebbins (1950) G. G. Simpson (1953) E. Mayr et al. (1953) B. Rensch (1959) CBS The Evolutionary Synthesis Cladistics E. Mayr (1974) W. Hennig (1974) R. R. Sokal (1975) A Taxonomy-Evolution Chart X Edgar Anderson 進化的綜合 APS G. G. Simpson (1961) 1946 Gareth Nelson Colin Patterson SSE R. A. Fisher John Tukey Sewall Wright J. B. S. Haldane The New York Circle SSS "Systematic Zoology" "Evolution" CCPGPS Darwin Centenary [1959] Sol Tax (1960) Lars Brundin X W. Hennig (1966) James S. Farris Arnold G. Kluge Biometry A. E. Emerson Glen Jepsen ASN 分岐分類学 NRC Jepsen, Mayr, & Simpson (1949) A. W. F. Edwards L. Cavalli-Sforza E. Zuckerkandl W. M. Fitch J. Neyman J. Felsenstein Adolf Naef W. Hennig (1950) R. R. Sokal and P. H. A. Sneath (1963) Phenetics Othenio Abel GermanPhyl W. Zimmermann (1931) Konrad Lorenz Adolf Remane G. G. Simpson and Anne Roe (1939) StatTax R. C. Lewontin G. G. Simpson et al.(1960) 数量表形学 X 1945 R. R. Sokal and F. J. Rohlf (1969) P. H. A. Sneath and R. R. Sokal (1973) 29 May 2005, Nobuhiro Minaka Copyright 2005, 2014 Nobuhiro Minaka, All rights reserved.

8 生態学もまた系統学の束縛から逃れることはできない

9 系統学的にものごとを見る種間比較法の時代が到来 (1980 年代 ~)

10 系統学はなぜ種間比較に必要か? Joseph Felsenstein Phylogenies and the comparative method. The American Naturalist, 125(1): 1-15.

11 系統学はなぜ種間比較に必要か? 系統発生は比較生物学の根幹である. 系統発生を考慮しないで比較生物学を行なうことは不可能である (Felsenstein 1985: 14)

12 系統学はなぜ種間比較に必要か? 系統的独立系統的非独立

13 系統学はなぜ種間比較に必要か? 大部分の統計的手法は, データ点が同一の確率分布から独立に得られることを前提にしている. しかし, 系統樹から複数の種を取ったとき, それらの種は明らかに独立ではない (Felsenstein 1985)

14 系統学はなぜ種間比較に必要か? 系統的独立が欠如すると擬似反復になる

15 だから

16 統計的データ解析に系統関係が及ぼす影響は適切に制御補正除去されねばならない.

17 系統学はなぜ種間比較に必要か? Harvey and Pagel 1996 三中信宏 1997

18 今世紀に入って種間比較法はさらに発展し続け, ユーザーの数を増しつつある.

19 押し寄せる種間比較の大波 Paradis 2012 Swenson 2014

20 押し寄せる種間比較の大波 Garamszegi (ed.)

21 発展し続ける系統解析ソフトウェア

22 いつやるか? いまでしょ!

23 実習篇

24 実例 : 宮脇 & 鷲谷 (2010)

25 実例 : 宮脇 & 鷲谷 (2010) サンプルデータの内容種数 83 OTU rbcl 塩基配列データ 1038 bp 生態データ: 侵入段階を分布範囲雑草ステータス湿地選好性人為的導入の 4 変数によって説明する.

26 実例 : 宮脇 & 鷲谷 (2010) 種間比較の準備と手順 1) 塩基配列データファイル (fasta 形式 ) を NEXUS 形式データファイルに変換 [Mesquite 使用 ] 2) 最尤法に基づく系統推定と NEXUS 形式での保存 [PAUP* 使用 ] 3) 生態データファイル (Excel 形式 ) を多値 / 二値コード化して NEXUS 形式データファイルに変換 [Mesquite 使用 ]

27 実例 : 宮脇 & 鷲谷 (2010) 種間比較の準備と手順 4) 多値コード化された生態データ ( 侵入段階 ) を最尤系統樹の上にマッピングし, 仮想祖先形質状態を復元する [Mesquite 使用 ] 5) 統計言語 R の系統推定パッケージ ape および系統学的一般化線形モデル (pglm) のためのパッケージ phylolm を用いて, 二値化された侵入段階の説明モデルを構築する.

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生態学会自由集会2013表紙.indd 形態測定学と系統推定論連続変量のもつ系統学的情報について三中信宏 MINAKA Nobuhiro 独立行政法人農業環境技術研究所生態系計測研究領域東京大学大学院農学生命科学研究科生物環境工学専攻 mailto:minaka@affrc.go.jp http://twitter.com/leeswijzer/ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/ http://d.hatena.ne.jp/leeswijzer/