Bio-Mirror Project
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- こうしろう ふじた
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1 Bio-Mirror 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7, Juncai Ma8, Yoshihiro Ichiyanagi8, Der-Ming Liou9, Somnuk Keretho10, Suhaimi Napis11 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 1
2 Bio-Mirror 背景 遺伝情報 (DNA( 蛋白 ゲノム ) 大量の情報 大量の利用 日米欧の遺伝情報データバンク パブリックドメイン 転送不能な状況があった 生命科学研究のためのデータを安定供給 1999 DonGilbert bio.indiana.edu 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 2
3 日米欧のデータバンク 遺伝情報他生命関連データを集めるデータバンク 1980 年代からデータ収集 一部を除きパブリックドメイン 日本 米国 欧州 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 3
4 日米欧のデータバンクの伸び Jan 2006 現在 53,255,547 件 57,187,948,823 塩基対 バイオデータの伸び 3 年で 2 倍 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 4
5 DNA 配列 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 5
6 DNA 配列 相同性検索 の結果 データベースに登録されている配列と比べる 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 6
7 ミラーの必要性 細かった 大量高速な検索 研究の秘密 日本 米国 欧州 研究者によるダウンロード 研究者によるダウンロード 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 7
8 ミラー方法 日本 米国 欧州 研究者によるダウンロード 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 8
9 Bio-mirror 品揃え 計 379 GB Bio-Mirror USA at IUBio, Databank status 379 Gigabytes (compressed) Sunday, 15 January Section Size(Mb) Updated Databank source blast blocks/data-blocks Jan-2006 Biosequence databases for BLAST searches Jul-2005 Highly conserved regions of proteins blocks/data-prints Jun-2003 PRINTS from NCBI ddbj/daily_updates Jan-2006 daily from AFFRC/bio-mirror ddbj/regular_release Dec-2005 DNA Data Bank of Japan embl/new embl/release Jan-2006 daily from EBI Dec-2005 The Nucleotide Sequence Database ensembl Mar-2005 Automatic annotation on eukaryotic genomes enzyme 5 10-Jan-2006 Enzyme nomenclature database eugenes genbank Jan-2006 Eukaryote Genes Summary Databank Jan-2006 Sequence Database genbank/daily-nc Jan-2006 daily nc updates from NCBI geneontology Jan-2006 Vocabularies of gene functions and roles interpro Jan-2006 InterPro Protein databank ncbigenomes pdb Jan-2006 Whole genome sequence section of Jan-2006 Protein Data Bank of 3-D macromolecular str pfam Jan-2006 The Pfam database of protein domains and HM pir/release Dec-2004 Protein Information Resource prosite/release_with_updates 7 10-Jan-2006 Database of protein families and domains rebase srs-databanks 1 28-Nov-2005 The Restriction Enzyme Database 3 04-Feb-2000 List of active SRS databases around world swissprot Jan-2006 Annotated protein sequence database taxonomy Jan-2006 Species names taxonomy/ebi taxonomy/ncbi 9 14-Jan-2006 Taxonomy data Jan-2006 Species names trembl Jan-2006 A supplement to SWISS-PROT unigene Jan-2006 Unique Gene Sequence Collection for Human, 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 9
10 必要なネットワーク 時期 1999 から開始毎日すいている時で OK 帯域 < 800 Kbytes/s? < 700 GB/ 月 転送量 MBytes 時間 sec KB/s 1 月 2 日 月 3 日 月 4 日 1 月 5 日 月 6 日 月 7 日 1 月 8 日 月 9 日 月 10 日 月 11 日 1 月 12 日 月 13 日 月 14 日 1 月 15 日 月 16 日 /17/06 bio-mirror.jp.apan.net 10
11 必要なネットワーク 発生するトラフィックの概要 日米間転送ログ Jan 2005 開始時間 - 終了時間時間転送量 MB 01 19: :44 13: : :48 06: : :42 07: : :38 13: : :02 10: : :14 05: : :19 16: : :54 11: : :05 03: : :20 14: : :56 12: : :56 19: : :24 14: : :07 02: : :45 01: /17/06 bio-mirror.jp.apan.net 11
12 必要なネットワーク 日米間の増速の歴史 小西氏より ファイバ伝送容量の経験則ギルダーの法則 回線は 9 ヶ月で 2 倍 バイオデータは 3 年で 2 倍 Mbps Mbps Mbps Mbps ここまでは ATM ここより下ははPOS Mbps = 622Mbps x Mbps = 2488Mbps + 622Mbps Mbps = 2488Mbps x 2 以上は TransPACだけです Mbps = 9952Mbps(JGN2) Mbps(TransPAC) Mbps = 9952Mbps x 2(JGN2+SINET) Mbps(TransPAC) Mbps = 9952Mbps x 3(TransPAC2, JGN2, SINET) 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 12
13 必要なネットワーク 使用しているプロトコル IPv4, TCP 現在の準備状況等? Australian site joins Singapore site joins Korea site joins China site joins Thailand site joins Malaysia site joins New Zealand site joins Austria site Philippines site Taiwan site ネットワーク屋に対する要望 要求 特になし? 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 13
14 必要なネットワーク データの発生場所および消費場所 関連研究者の分布状況等 韓国 日本 米国 欧州 中国 日本 米国 オーストリア 台湾 タイ フィリピン マレーシア オーストラリアニュージーランド シンガポール 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 14
15 実績と今後? FTP サーバ利用状況 ~Dec.2005 固定客国内外 90 機関 まだ必要? 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 15
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