7-1(DNA配列から遺伝子を探す).ppt

Size: px
Start display at page:

Download "7-1(DNA配列から遺伝子を探す).ppt"

Transcription

1 DNA 配列の中から遺伝子を探す

2 Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA---- M A - TATGGCTTA---- W L -

3 cdna 配列やアミノ酸配列があれば Blast 検索で有用な情報が得られるが 遺伝子があるかも分からない長い DNA 配列を検索しても有用な情報が得られない そこで 長い DNA 配列の中にどこに遺伝子が隠されているかをまず探し出す

4 DNA 配列の中から遺伝子を予測する 代表的な遺伝子予想ソフト 遺伝子予測.1 Softberry/FGENESH: GeneMark: GENSCAN :

5 遺伝子予測.1

6 遺伝子予測.1 ある遺伝子 Y の GenomicDNA

7 遺伝子予測.1 Monocot のモデルで解析 予想された ATG-TAG(CDS) 予想されたアミノ酸 Word に保存

8 Organism; Monocot 遺伝子予測.1 MATAGKVIKCKAAVAWEAGKPLSIEEVEVAPPQAMEVRVKILYTALCHTDVYFWEAKGQT PVFPRILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPVFTGECKECDHCKSEESNMCDLLRINV DRGVMIGDGKSRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTVIHVGCLAKINPEAPLDKVCILSCGFS TGFGATVNVAKPKKGQTVAIFGLGAVGLAAMEGARLSGASRIIGVDLNPAKFEQAKKFGC TDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTNGGLDRAVECTGNINAMISCFECVHDGWGVAVLVGVPTK DDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYKPRTDLPNVVELYMKKELELEKFITHSVPFSEINT AFDLMLKGESLRCVMRMDE

9 遺伝子予測.1 ある遺伝子 Y の GenomicDNA

10 遺伝子予測.1 Human のモデルで解析 予想された ATG-TAG 予想されたアミノ酸

11 Organism; Monocot MATAGKVIKCKAAVAWEAGKPLSIEEVEVAPPQAMEVRVKILYTALCHTDVYFWEAKGQT PVFPRILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPVFTGECKECDHCKSEESNMCDLLRINV 遺伝子予測.1 DRGVMIGDGKSRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTVIHVGCLAKINPEAPLDKVCILSCGFS TGFGATVNVAKPKKGQTVAIFGLGAVGLAAMEGARLSGASRIIGVDLNPAKFEQAKKFGC TDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTNGGLDRAVECTGNINAMISCFECVHDGWGVAVLVGVPTK DDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYKPRTDLPNVVELYMKKELELEKFITHSVPFSEINT AFDLMLKGESLRCVMRMDE Organism; 人間 MEVRVKILYTALCHTDVYFWEAKGQTPVFPRILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPV FTGECKECDHCKSEESNMCDLLRINVDRGVMIGDGKSRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTV IHVGCLAKINPEAPLDKVCILSCGFSTGFGATVNVAKPKKGQTVAIFGLGAVGLAAMEGA RLSGASRIIGVDLNPAKFEQAKKFGCTDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTNGGLDRAVECTGN INAMISCFECVHDGWGVAVLVGVPTKDDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYKPRTDLPNV VELYMKKELELEKFITHSVPFSEINTAFDLMLKGESLRCVMRMDE Organism; ショウジョウバエ Model によって予想される ORF は多少異なる MFCGEEKLIRSGFGVFAAAVAWEAGKPLSIEEVEVAPPQAMEVRVKILYTALCHTDVYFW EAKGQTPVFPRILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPVFTGECKECDHCKSEESNMCD LLRINVDRGVMIGDGKSRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTVIHVGCLAKINPEAPLDKVCI LSCGFSTGFGATVNVAKPKKGQTVAIFGLGAVGLAAMEGARLSGASRIIGVDLNPAKFEQ AKKFGCTDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTNGGLDRAVECTGNINAMISCFECVHDGWGVAVL VGVPTKDDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYKPRTDLPNVVELYMKKELELEKFITHSVP FSEINTAFDLMLKGESLRCVMRMDE

12 遺伝子予測.1

13 遺伝子予測.1

14 遺伝子予測.1

15 代表的な遺伝子予想ソフト 遺伝子予測.1 Softberry/FGENESH: GeneMark: GENSCAN :

16 遺伝子予測.1

17 遺伝子予測.1

18 遺伝子予測.1

19 遺伝子予測.1

20 遺伝子予測.1

21 予想ソフトによっても予想される ORF は多少異なる 遺伝子予測.1 Softberry による予想 Organism; Monocot MATAGKVIKCKAAVAWEAGKPLSIEEVEVAPPQAMEVRVKILYTALCHTDVYFWEAKGQT PVFPRILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPVFTGECKECDHCKSEESNMCDLLRINV DRGVMIGDGKSRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTVIHVGCLAKINPEAPLDKVCILSCGFS TGFGATVNVAKPKKGQTVAIFGLGAVGLAAMEGARLSGASRIIGVDLNPAKFEQAKKFGC TDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTNGGLDRAVECTGNINAMISCFECVHDGWGVAVLVGVPTK DDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYKPRTDLPNVVELYMKKELELEKFITHSVPFSEINT AFDLMLKGESLRCVMRMDE GeneMark による予想 Organism; イネ MATAGKVIKCKAAVAWEAGKPLSIEEVEVAPPQAMEVRVKILYTALCHTDVYFWEAKGQTPVFPR ILGHEAGGIVESVGEGVTELAPGDHVLPVFTGECKECDHCKSEESNMCDLLRINVDRGVMIGDGK SRFTIKGKPIFHFVGTSTFSEYTVIHVGCLAKINPEAPLDKVCILSCGFSTGFGATVNVAKPKKGQT VAIFGLGAVGLAAMEGARLSGASRIIGVDLNPAKFEQAKKFGCTDFVNPKDHSKPVHEVLIEMTN GGLDRAVECTGNINAMISCFECVHDGWGVAVLVGVPTKDDVFKTHPMNFLNEKTLKGTFFGNYK PRTDLPNVVELYMKKELELEKFITHSVPFSEINTAFDLMLKGESLRCVMRMDE

22 代表的な遺伝子予想ソフト 遺伝子予測.1 Softberry/FGENESH: GeneMark: GENSCAN:

23 遺伝子予測.1

24 遺伝子予測.1

25 遺伝子予測.1

26 遺伝子予測.1

27 予想された遺伝子配列 ( アミノ酸配列 ) を Blast 検索して遺伝子の機能を予測してみよう

28 DNA とアミノ酸の アラインメント DNA の突然変異と形質の違い

29 アルコールの代謝 アルコール脱水素酵素 ADH アセトアルデヒド脱水素酵素 (Aldehyde dehydrogenase2) ALDH CH3CH2OH CH3CHO CH3COOH エタノール アセトアルデヒド 酢酸 アラインメント解析 Z1 遺伝子.13 毒性 先週の授業で Blast 検索した遺伝子

30 アラインメント解析.1

31 遺伝子予測.1

32 Z1 の予想 CDS 配列 Z2 の予想 CDS 配列

33

34

35

36 Z1CDS Z2CDS GCATACACTGAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA GCATACACTAAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA ********* ******************************************** アラインメント解析.12

37 Z1 のアミノ酸配列 Z2 のアミノ酸配列

38

39

40

41 Z1CDS Z2CDS Z1Amionoacid Z2Amionoacid GCATACACTGAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA GCATACACTAAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA ********* ******************************************** アラインメント解析.12 グルタミン酸 PFGGYKMSGSGRELGEYGLQAYTEVKTVTVKVPQKNS PFGGYKMSGSGRELGEYGLQAYTKVKTVTVKVPQKNS ***********************:************* リジン

42 Z1 のゲノミック DNA 配列 Z2 の予想 CDS 酸配列

43

44

45 Z1CDS Z2CDS Z1Amionoacid Z2Amionoacid 第 12exon GCATACACTGAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA GCATACACTAAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAAGAACTCATAA ********* ******************************************** アラインメント解析.12 第 12exon 第 13exon グルタミン酸 PFGGYKMSGSGRELGEYGLQAYTEVKTVTVKVPQKNS PFGGYKMSGSGRELGEYGLQAYTKVKTVTVKVPQKNS ***********************:************* リジン 第 13exon

46 アルコールの代謝 アルコール脱水素酵素 ADH アセトアルデヒド脱水素酵素 (Aldehyde dehydrogenase2) ALDH CH3CH2OH CH3CHO CH3COOH エタノール アセトアルデヒド 酢酸 アラインメント解析.13 毒性 肝臓で働くアセトアルデヒド脱水素酵素には 2 種類ある ALDH1 と ALDH2 お酒に強い人 弱い人は ALDH2 遺伝子の 1 塩基の違いによる 1 塩基多型 :SNP(Single Nucleotide Polymorphism) と呼ぶ

47 アルコールの代謝 アラインメント解析.14 アルコール脱水素酵素 ADH CH3CH2OH CH3CHO CH3COOH エタノール アセトアルデヒド 酢酸 毒性 アセトアルデヒド脱水素酵素 X (Aldehyde dehydrogenase2) ALDH G 型 (1 型 ) CAG GCA TAC ACT GAA GAG AAA --- G A Y T E V K -- A 型 (2 型 ) CAG GCA TAC ACT AAA GAG AAA --- G A Y T K V K -- 酵素活性がない

48 アルコールの代謝 アラインメント解析.15 アルコール脱水素酵素 ADH CH3CH2OH CH3CHO CH3COOH エタノール アセトアルデヒド 酢酸 毒性 アセトアルデヒド脱水素酵素 X (Aldehyde dehydrogenase2) ALDH G 型 (1 型 ) CAG GCA TAC ACT GAA GAG AAA --- G A Y T E V K -- A 型 (2 型 ) 酸性アミノ酸 CAG GCA TAC ACT AAA GAG AAA --- G A Y T K V K -- 塩基性アミノ酸 酵素活性がない GGtype:G 型 (1 型 ) をホモにもつお酒に強い AGtype:G 型 A 型をヘテロにもつ お酒にほんの少し強い人 ( 強い人の 1/16) (4 量体を形成し A タイプが優性に活性を無力化するため ) AAtype:A 型 (2 型 ) をホモにもつお酒に弱い

2

2 2 3 4 TTT TCT TAT TGT TTC TCC TAC TGC TTA TCA TAA TGA TTG TCG TAG TGG CTT CCT CAT CGT CTC CCC CAC CGC CTA CCA CAA CGA CTG CCG CAG CGG ATT ACT AAT AGT ATC ACC AAC AGC ATA ACA AAA AGA ATG ACG AAG AGG GTT

More information

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日 生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション 酵素 : タンパク質の触媒 タンパク質 Protein 酵素 Enzyme 触媒 Catalyst 触媒 Cataylst: 特定の化学反応の反応速度を速める物質 自身は反応の前後で変化しない 酵素 Enzyme: タンパク質の触媒 触媒作用を持つタンパク質 第 3 回 : タンパク質はアミノ酸からなるポリペプチドである 第 4 回 : タンパク質は様々な立体構造を持つ 第 5 回 : タンパク質の立体構造と酵素活性の関係

More information

Slide 1

Slide 1 MEGA5 と Perl を用いた 分子進化解析の基礎 野澤昌文 2012 年 1 月 16 日基礎生物学研究所 ハンズオンセミナー 1 分子進化研究における一般的手法 相同な配列の比較 塩基配列 配列名塩基配列 A A T G G T A C A C B A T G A T A C A C C A T G G T A C A T アミノ酸配列 配列名 アミノ酸配列 A Met Val His B

More information

nagasaki_GMT2015_key09

nagasaki_GMT2015_key09 Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

More information

Perl + α. : DNA, mrna,,

Perl + α. : DNA, mrna,, 2009 Perl + α. : DNA, mrna,, DNA .. DNA A C G T DNA 2 A-T, C-G DNA NH 2 NH 2 O - O O N P O - O CH 2 O N N O - O P O CH 2 O N O - O O P O NH 2 O - O - N CH 2 O N O OH OH OH DNA or RNA (U) (A) (G) (C)

More information

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 そもそもどこの配列を使うべき? そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い 遺伝子重複が起きていない

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション 2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量

More information

<4D F736F F F696E74202D E4F315F348FACE05690E096BE8E9197BF976C8EAE5F8FACE DD788E E7C A CF68A4

<4D F736F F F696E74202D E4F315F348FACE05690E096BE8E9197BF976C8EAE5F8FACE DD788E E7C A CF68A4 1 アルデヒドデヒドロゲナーゼ活性を 増強する医薬組成物の開発 Elucidation of the drug activating aldehyde dehydrogenase 広島大学医歯薬保健学研究院 治療薬効学研究室 教授 小澤 孝一郎 広島大学医歯薬保健学研究院 治療薬効学研究室 講師 細井 徹 2 レプチンの生理作用 脂肪組織より循環血液中に分泌 脳 ( 視床下部 脳幹部 ) に作用 摂食量抑制

More information

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用] 遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

More information

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

More information

一塩基多型と個人差

一塩基多型と個人差 生物機能開発研究所紀要 13:69-74(2012) 69 解説 一塩基多型と個人差田島靖浩 1), 佐竹一紘 1), 塚本めぐみ 2), 村瀬隼人 1), 三谷勇仁 1) 2), 中川大 1) 中部大学応用生物学研究科, 2) 中部大学応用生物学部 要旨ヒトゲノムの全配列が解読され, ヒト個人間のゲノム上に 一塩基多型 と呼ばれる一塩基の差異が多数存在することが明らかになった. これに伴い, 外見から性格,

More information

LA PCR™i n vitro Cloning Kit

LA PCR™i n vitro Cloning Kit 研究用 LA PCR in vitro Cloning Kit 説明書 v201201da 本キットは Cassette および Cassette Primer を使用することにより cdna やゲノム上の未知領域を特異的に増幅させる従来の PCR in vitro Cloning Kit に 長鎖 DNA を効率良く増幅する LA PCR Technology を応用したシステムです これにより

More information

MB-lecture12.pptx

MB-lecture12.pptx タンパク質の発現精製方法 目的遺伝子 タンパク質発現に用いる生物種のプロモーター例 )Lac (E. coli) ADH1 (S. cerevisiae) Promoter STOP タンパク発現用プラスミド マーカー遺伝子 ( 薬事耐性など ) 複製開始点 198 培地中のラクトース E. coli lac promoter E. coli でのタンパク質発現の例 pet system T7 RNA

More information

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

More information

スライド 1

スライド 1 医学研究における 次世代シーケンサ技術の活用 大阪府立成人病センター研究所 久木田洋児 IBISW2011 医学研究における次世代シーケンサーの用途 個人ゲノム解読 (Personal Genomics) のための技術 human genome re-sequencer 研究 一般的な疾患の遺伝素因探索 全ゲノム相関解析の検出限界以下 ( 付近 ) の稀な疾患変異探索 単遺伝子疾患原因遺伝子探索 (>3000

More information

<4D F736F F D E95F14E565F838C D955F907D90E096BE5F8F4390B394C5816A2E646F63>

<4D F736F F D E95F14E565F838C D955F907D90E096BE5F8F4390B394C5816A2E646F63> 広島市におけるノロウイルス GⅡ/4 のカプシド蛋白質 P2 ドメインの解析 (2006~2010 年 ) 阿部勝彦山本美和子 田中寛子橋本和久 藤井慶樹野田 * 衛 井澤麻由 2006 年 ~2010 年に検出された Norovirus(NoV)GⅡ/4のカプシド蛋白質をコードする ORF2 の P2 ドメインの遺伝子解析を行い, 分子モデルによる検討を行った 調査期間中の NoV GⅡ/4 は大きく

More information

GWB

GWB NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

More information

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について ( 別添 ) 最終的に宿主に導入された DNA が 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物の DNA のみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準

More information

13FG-生物-問題_H1.indd

13FG-生物-問題_H1.indd 平成 25 年度次世代の科学技術を担う人材育成事業 福岡県 高校生科学技術コンテスト 総合問題 生物 注意事項 1 試験開始の合図があるまで, この問題冊子の中を見てはいけません 2 試験中に問題冊子の印刷不鮮明, ページの落丁 乱丁及び解答用紙の汚れなどに気付いた場合は, 挙手をして監督者に知らせなさい ただし, 問題内容にかかわる質問は, 受け付けません 3 解答用紙には, 解答欄以外に次の記入欄があるので,

More information

1. 背景 NAFLD は非飲酒者 ( エタノール換算で男性一日 30g 女性で 20g 以下 ) で肝炎ウイルス感染など他の要因がなく 肝臓に脂肪が蓄積する病気の総称であり 国内に約 1,000~1,500 万人の患者が存在すると推定されています NAFLD には良性の経過をたどる単純性脂肪肝と

1. 背景 NAFLD は非飲酒者 ( エタノール換算で男性一日 30g 女性で 20g 以下 ) で肝炎ウイルス感染など他の要因がなく 肝臓に脂肪が蓄積する病気の総称であり 国内に約 1,000~1,500 万人の患者が存在すると推定されています NAFLD には良性の経過をたどる単純性脂肪肝と 非アルコール性脂肪性肝疾患 (NAFLD) 関連疾患の 疾患感受性遺伝子を用いたリスク予測 全ゲノム関連解析によって 4 つの疾患感受性遺伝子を同定 概要 1. 非アルコール性脂肪性肝疾患 (NAFLD) は 現在先進国で最も頻度の高い肝疾患であり わが国には 1000 万人以上の患者がいると推定されています NAFLD は単純性脂肪肝と非アルコール性脂肪肝炎 (NASH) に分類され NASH の一部は肝硬変や肝がんに進展します

More information

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 そもそもどこの配列を使うべき? そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い 遺伝子重複が起きていない

More information

05-4_紹介_西谷氏.indd

05-4_紹介_西谷氏.indd 29 特集 交通事故と法医学 / 紹介 飲酒の人体への影響と交通事故 Effect of Alcohol on Traffic Accidents Yoko NISHITANI Alcohol causes many traffic accidents. Alcohol affects various bodily organs; the gastrointestinal system, cardiorespiratory

More information

AJACS_komachi.key

AJACS_komachi.key Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

More information

基礎遺伝学

基礎遺伝学 基礎遺伝学 講義資料パート 3 作成者 : 北大農学部 荒木仁志 1 次世代の Genotype frequency 推定 HWE が自然集団で成り立つ 5 条件 1. 集団のサイズが十分に大きい 2.Allele 頻度に性差がない 3. この遺伝子座 (locus) において任意交配 (random mating) 4. 移住がない 5. この遺伝子座において突然変異 自然選択が起きない 2 5.

More information

60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 1 月 18 日 独立行政法人理化学研究所 植物の形を自由に小さくする新しい酵素を発見 - 植物生長ホルモンの作用を止め ミニ植物を作る - 種無しブドウ と聞いて植物成長ホルモンの ジベレリン を思い浮かべるあなたは知識人といって良いでしょう このジベ

60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 1 月 18 日 独立行政法人理化学研究所 植物の形を自由に小さくする新しい酵素を発見 - 植物生長ホルモンの作用を止め ミニ植物を作る - 種無しブドウ と聞いて植物成長ホルモンの ジベレリン を思い浮かべるあなたは知識人といって良いでしょう このジベ 60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 1 月 18 日 独立行政法人理化学研究所 植物の形を自由に小さくする新しい酵素を発見 - 植物生長ホルモンの作用を止め ミニ植物を作る - 種無しブドウ と聞いて植物成長ホルモンの ジベレリン を思い浮かべるあなたは知識人といって良いでしょう このジベレリンをもう少し紹介すると ほうれん草やレタスなどの野菜や小麦などの穀物にも威力を発揮し 細胞を生長させる働きがあります

More information

筑波大学技術報告 33: 44-51, 2012 Agilent2100 バイオアナライザを用いた DNA 多型検出技術 1 中村貴子 筑波大学医学系技術室 茨城県つくば市天王台 概要 Agilent Technologies 社の 2100 バイオアナライザは主に次世

筑波大学技術報告 33: 44-51, 2012 Agilent2100 バイオアナライザを用いた DNA 多型検出技術 1 中村貴子 筑波大学医学系技術室 茨城県つくば市天王台 概要 Agilent Technologies 社の 2100 バイオアナライザは主に次世 Agilent2100 バイオアナライザを用いた DNA 多型検出技術 1 中村貴子 筑波大学医学系技術室 305-8575 茨城県つくば市天王台 1-1-1 概要 Agilent Technologies 社の 2100 バイオアナライザは主に次世代シーケンサーのサイジングや定量に使用され サンプルの注入 分離 検出等の分析をチップ上に組み込んだ分析装置である この機器のサイジング機能 微量サンプル検出機能またゲルイメージのプレゼンテーション性を利用し

More information

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について 食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

More information

EC No. 解糖系 エタノール発酵系酵素 基質 反応様式 反応 ph 生成物 反応温度 温度安定性 Alcohol dehydrogenase YK エナントアルデヒド ( アルデヒド ) 酸化還元反応 (NADPH) 1ヘプタノール ( アルコール ) ~85 85 で 1 時

EC No. 解糖系 エタノール発酵系酵素 基質 反応様式 反応 ph 生成物 反応温度 温度安定性 Alcohol dehydrogenase YK エナントアルデヒド ( アルデヒド ) 酸化還元反応 (NADPH) 1ヘプタノール ( アルコール ) ~85 85 で 1 時 解糖系 エタノール発酵系酵素 EC No. 基質 反応様式 反応 ph 温度安定性 生成物 反応温度 Glucokinase YK1 グルコース 7.5~11.0 2.7.1.2 リン酸転移反応 80 で1 時間保温しても活性低下は認められない * エタノールキット使用酵素 グルコース6リン酸 ~80 Glucose phosphate isomerase YK1 グルコース6リン酸 6.0~9.0

More information

Title ヒト赤血球アルデヒド脱水素酵素に関する研究 Author(s) 井上, 和美 Citation Issue Date Text Version none URL DOI rights

Title ヒト赤血球アルデヒド脱水素酵素に関する研究 Author(s) 井上, 和美 Citation Issue Date Text Version none URL   DOI rights Title ヒト赤血球アルデヒド脱水素酵素に関する研究 Author(s) 井上, 和美 Citation Issue Date Text Version none URL http://hdl.handle.net/11094/33460 DOI rights 氏名 ( 本籍 ) 学位の種類 学位記番号 川井薬第上 和 美, 子 博 士 口可昭和 57 年 12 月 4 日 学位授与の日付 学位授与の要件

More information

研究成果報告書

研究成果報告書 様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

More information

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E MEGA 5 を用いた塩基配列解析法および分子系統樹作成法 Ver.1 Update: 2012.04.01 ウイルス 疫学研究領域井関博 < 内容 > 1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment Explorer の起動 2.2 シークエンスデータの入力 2.2.1 テキストファイルから読み込む場合 2.2.2 波形データから読み込む場合

More information

Bioinformatics2

Bioinformatics2 バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

More information

1. ゲノムとは、

1. ゲノムとは、 基礎ゼミ 125 さまざまな環境ストレス下の中で生 きる生物の遺伝子 生命科学研究科東谷篤志 モデル生物 線虫の染色体像 1 ゲノムとは 生物の体を構成する一つ一つの細胞には その身体を正確に作り 様々な環境変化 にも対応しながら 子孫を残し やがて死 に至る 全てのプログラム 遺伝情報 が 備わっている これをゲノムと呼ぶ gene + chromosome = genome gene: 遺伝子

More information

2. PQQ を利用する酵素 AAS 脱水素酵素 クローニングした遺伝子からタンパク質の一次構造を推測したところ AAS 脱水素酵素の前半部分 (N 末端側 ) にはアミノ酸を捕捉するための構造があり 後半部分 (C 末端側 ) には PQQ 結合配列 が 7 つ連続して存在していました ( 図 3

2. PQQ を利用する酵素 AAS 脱水素酵素 クローニングした遺伝子からタンパク質の一次構造を推測したところ AAS 脱水素酵素の前半部分 (N 末端側 ) にはアミノ酸を捕捉するための構造があり 後半部分 (C 末端側 ) には PQQ 結合配列 が 7 つ連続して存在していました ( 図 3 報道発表資料 2003 年 4 月 24 日 独立行政法人理化学研究所 半世紀ぶりの新種ビタミン PQQ( ピロロキノリンキノン ) 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は ピロロキノリンキノンと呼ばれる物質が新種のビタミンとして機能していることを世界で初めて解明しました 理研脳科学総合研究センター ( 甘利俊一センター長 ) 精神疾患動態研究チーム ( 加藤忠史チームリーダー ) の笠原和起基礎科学特別研究員らによる成果です

More information

syoku10_10.indd

syoku10_10.indd 690 64 10 2010 I Pythium Pythium Pythium 1 2 Qualitative and Quantitative Detection of Plant Pathogens. Pythium By Koji KAGEYAMA PCR Pythium Pythium 2006 II PCR PCRPolymerase Chain ReactionDNA PCR 2005PCR

More information

Microsoft PowerPoint - T05_田畑先生【CC-BY】.pptx

Microsoft PowerPoint - T05_田畑先生【CC-BY】.pptx H23 年度統合化推進プログラム進捗報告会 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 かずさ DNA 研究所植物ゲノム研究部田畑哲之平川英樹中村保一新潟大学 研究推進機構 超域学術院中谷明弘 背景 Crops Model plants 基礎研究 食料工業原材料創薬エネルギー 品種改良 http://www.genomesonline.org/ 日本の植物ゲノム研究 タバコ ゼニゴケ葉緑体 (1986

More information

KEGG.ppt

KEGG.ppt 1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

More information

cDNA cloning by PCR

cDNA cloning by PCR cdna cloning/subcloning by PCR 1. 概要 2014. 4 ver.1 by A. Goto & K. Takeda 一般的に 細胞または組織由来の RNA から作製した cdna(cdna pool) から 特定の cdna をベクターに組み込む操作を cdna cloning と呼ぶ その際 制限酵素認識配列を付与したオリゴ DNA primer を用いた PCR

More information

京都府中小企業技術センター技報 37(2009) 新規有用微生物の探索に関する研究 浅田 *1 聡 *2 上野義栄 [ 要旨 ] 産業的に有用な微生物を得ることを目的に 発酵食品である漬物と酢から微生物の分離を行った 漬物から分離した菌については 乳酸菌 酵母 その他のグループに分類ができた また

京都府中小企業技術センター技報 37(2009) 新規有用微生物の探索に関する研究 浅田 *1 聡 *2 上野義栄 [ 要旨 ] 産業的に有用な微生物を得ることを目的に 発酵食品である漬物と酢から微生物の分離を行った 漬物から分離した菌については 乳酸菌 酵母 その他のグループに分類ができた また 新規有用微生物の探索に関する研究 浅田 *1 聡 *2 上野義栄 [ 要旨 ] 産業的に有用な微生物を得ることを目的に 発酵食品である漬物と酢から微生物の分離を行った 漬物から分離した菌については 乳酸菌 酵母 その他のグループに分類ができた また 酵母については 酢酸 クエン酸 コハク酸等の有機酸を生成する菌株が確認できた 酢から分離した菌については 酢酸菌とバチルス菌に分類ができた また 酢酸菌

More information

体育学研究 , アルコール関連遺伝子多型を妥当基準としたエタノールパッチテストの信頼性 季節差や測定者間誤差の視点から 小宮秀明 1),2) 佐々木絵未 1) 黒川修行 3) Hideaki Komiya 1,2,EmiSasaki 1 and Naoyuki Kuro

体育学研究 , アルコール関連遺伝子多型を妥当基準としたエタノールパッチテストの信頼性 季節差や測定者間誤差の視点から 小宮秀明 1),2) 佐々木絵未 1) 黒川修行 3) Hideaki Komiya 1,2,EmiSasaki 1 and Naoyuki Kuro 体育学研究 61 29 42,2016 29 アルコール関連遺伝子多型を妥当基準としたエタノールパッチテストの信頼性 季節差や測定者間誤差の視点から 小宮秀明 1),2) 佐々木絵未 1) 黒川修行 3) Hideaki Komiya 1,2,EmiSasaki 1 and Naoyuki Kurokawa 3 : Reliability of ethanol patch tests for assessment

More information

Microsoft PowerPoint マクロ生物学9

Microsoft PowerPoint マクロ生物学9 マクロ生物学 9 生物は様々な化学反応で動いている 大阪大学工学研究科応用生物工学専攻細胞動態学領域 : 福井希一 1 生物の物質的基盤 Deleted based on copyright concern. カープ分子細胞生物学 より 2 8. 生物は様々な化学反応で動い ている 1. 生命の化学的基礎 2. 生命の物理法則 3 1. 生命の化学的基礎 1. 結合 2. 糖 脂質 3. 核酸 4.

More information

2 5 28 4 1 47 2

2 5 28 4 1 47 2 4 4 5 28 1 2 5 28 4 1 47 2 10 10 22 78 10 28 2 2 10% NHK 30% 32% 3 4 5 1 150 1 5 1 20 2 3 1 2008 2 2 2009 2009 3 3 4 DNA 1 3 2 1 3 3 1 5 3 5 8 18 8 30 5 3 2 60 1 5 2 3 60 2 2 2 60 1 1 5 150 6 3 1 2 150

More information

CiRA ニュースリリース News Release 2014 年 11 月 20 日京都大学 ips 細胞研究所 (CiRA) 京都大学細胞 物質システム統合拠点 (icems) 科学技術振興機構 (JST) ips 細胞を使った遺伝子修復に成功 デュシェンヌ型筋ジストロフィーの変異遺伝子を修復

CiRA ニュースリリース News Release 2014 年 11 月 20 日京都大学 ips 細胞研究所 (CiRA) 京都大学細胞 物質システム統合拠点 (icems) 科学技術振興機構 (JST) ips 細胞を使った遺伝子修復に成功 デュシェンヌ型筋ジストロフィーの変異遺伝子を修復 News Release 2014 年 11 月 20 日京都大学 ips 細胞研究所 (CiRA) 京都大学細胞 物質システム統合拠点 (icems) 科学技術振興機構 (JST) ips 細胞を使った遺伝子修復に成功 デュシェンヌ型筋ジストロフィーの変異遺伝子を修復 ポイント ヒトゲノムの中で 1 カ所しかない塩基配列のデータベースを構築した注 TALEN および CRISPR 1) を用いてデュシェンヌ型筋ジストロフィー

More information

第2章 生物有機化学実験及び実験法

第2章 生物有機化学実験及び実験法 1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション 2016 年 10 月 19 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

More information

02

02 54 163116831 02 1 168 54 158 53 162 53 148 52 152 52 10,000 0 40,000 30,000 20,000 50,000 70,000 60,000 1,000 500 1,500 2,000 0 2,500 3,000 4,000 3,500 4,500 168 54 158 53 162 53 148 52 152 52 03 52148

More information

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

More information

ZERO の助太刀 vol 年 7 月号 メイン情報 1) 社員実験シリーズ第 1 弾! 飲んだアルコールが抜ける速さはどのくらい? 飲んだアルコールは 肝臓で分解される とよく聞くけれど 体からアルコールが抜けるには どのくらいの時間が必要なんだろう? そもそも アルコールってどう

ZERO の助太刀 vol 年 7 月号 メイン情報 1) 社員実験シリーズ第 1 弾! 飲んだアルコールが抜ける速さはどのくらい? 飲んだアルコールは 肝臓で分解される とよく聞くけれど 体からアルコールが抜けるには どのくらいの時間が必要なんだろう? そもそも アルコールってどう ZERO の助太刀 vol. 2 2016 年 7 月号 メイン情報 1) 社員実験シリーズ第 1 弾! 飲んだアルコールが抜ける速さはどのくらい? 飲んだアルコールは 肝臓で分解される とよく聞くけれど 体からアルコールが抜けるには どのくらいの時間が必要なんだろう? そもそも アルコールってどうやって分解されるのかな? アルコール吸収の流れ : イメージ図 胃 小腸 肝臓 体中 脳 20% 吸収

More information

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics 配列アラインメント (I): 大域アラインメント http://www.lab.tohou.ac.jp/sci/is/nacher/eaching/bioinformatics/ week.pdf 08/4/0 08/4/0 基本的な考え方 バイオインフォマティクスにはさまざまなアルゴリズムがありますが その多くにおいて基本的な考え方は 配列が類似していれば 機能も類似している というものである 例えば

More information

第4回バイオインフォマティクスアルゴリズム実習

第4回バイオインフォマティクスアルゴリズム実習 第 5 回バイオインフォマティクスアルゴリズム アラインメントアルゴリズム (3) 慶應義塾大学先端生命科学研究所 アラインメント 置換 挿入 欠損を考慮して塩基配列あるいは アミノ酸配列の似た部分をそろえることギャップ - を挿入する CAAGACATTTTAC CATACACTTTAC CA-AGACATTTTAC CATACAC--TTTAC ** * ** ***** アラインメントはグラフで表現できる

More information

学習内容と日常生活との関連性の研究-第1部-第3章

学習内容と日常生活との関連性の研究-第1部-第3章 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 366 96 96 66 26 56 57 1 2 58 3 4 5 2004 59 6 70 7 60 9 10 61 366 23 23 15 GPS GPS 62 DNA DNA 63 1 GPS GPS 2004

More information

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース(H-InvDB)の概要と進展

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース(H-InvDB)の概要と進展 個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション 薬の効果と副作用 - 個特異的医療の推進 - 東京大学大学院薬学系研究科分子薬物動態学教室特任教授 池田敏彦 2009.04.11 薬物動態学とは 薬物動態 : 薬物が体内に吸収され 各臓器組織に分布し 肝臓で代謝を受けて代謝物に変化し 最終的に胆汁中あるいは尿中に排泄されるまでの過程を詳細に調べる学問分野 ADME とも称される Absorption, Distribution, Metabolism

More information

2 ZERO07 11 4 DNA

2 ZERO07 11 4 DNA 1 2 ZERO07 11 4 DNA http://www7a.biglobe.ne.jp/~hakatabay/tvsyoukai353.pdf 3 4 5 5 6 7 8 http://ja.wikipedia.org/wiki/%e5%85%ab%e5%8d%a6 http://ryugen.exblog.jp/12094785 9 10 11 23-1 1-3 3-5 5-7 7-9 9-11

More information

分子系統樹作成方法

分子系統樹作成方法 実習 1: MEGA7 のダウンロードとインストール MEGA の Web サイトは http://www.megasoftware.net/( 下図 ) 正式には 黄緑色の [DOWNLOAD] ボタンをクリ ックし 次の画面でもう一度 [DOWNLOAD] をクリックすると ダウンロードできる 実習 2: 配列データのダウンロードとアライメント 例題データ (data): Actin gene

More information

核内受容体遺伝子の分子生物学

核内受容体遺伝子の分子生物学 核内受容体遺伝子の分子生物学 佐賀大学農学部 助教授和田康彦 本講義のねらい 核内受容体を例として脊椎動物における分子生物学的な思考方法を体得する 核内受容体遺伝子を例として脊椎動物における遺伝子解析手法を概観する 脊椎動物における核内受容体遺伝子の役割について理解する ヒトや家畜における核内受容体遺伝子研究の応用について理解する セントラルドグマ ゲノム DNA から相補的な m RNA( メッセンシ

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション バイオインフォマティクスにおける ゲノム情報の基礎知識 Database of Pathogenic Variants もくじ 1. ゲノム 1-1 DNAの構造 1-2 DNAの複製 1-3 RNA 1-4 セントラルドグマ 1-5 構造遺伝子 1-6 コドン 3. 変異 3-1 遺伝子の変異 3-2 病的変異の種類 2. 転写と翻訳 2-1 転写 (DNA mrna) 2-2 転写に関わる領域

More information

問 1. 次の文章を読み 以下の設問 (1)~(3) に答えよ タンパク質 X の N 末端にヒスチジンタグを付加し これを大腸菌で大量発現して精製する実験を計画している (1) その準備として 遺伝子 x を PCR で増幅し T7 プロモーターを持つベクター (pet28a) の NdeI と

問 1. 次の文章を読み 以下の設問 (1)~(3) に答えよ タンパク質 X の N 末端にヒスチジンタグを付加し これを大腸菌で大量発現して精製する実験を計画している (1) その準備として 遺伝子 x を PCR で増幅し T7 プロモーターを持つベクター (pet28a) の NdeI と 2016 年 7 月 17 日実施 2017 年度 ( 夏季 ) 理学研究科博士課程前期課程生命理学専攻入学試験問題 ( 生命理学 ) [ 注意 ] 合図があるまでこのページをめくらないこと すべての解答用紙に受験番号を記入すること 解答はすべて解答用紙に記入し 問題 1 問につき解答用紙 1 枚を使用すること 解答用紙の裏面を使用してもよいが その場合には裏面にも解答が記入されていることを 表面の下部に

More information

アセトアルデヒドと ALDH2 とは? 前回のおさらい アルコール C2H5OH 分解 アセトアルデヒド CH3CHO 顔面紅潮吐き気頭痛 分解 ALDH2 ( アセトアルデヒド脱水素酵素 2 型 ) 酢酸 CH3COOH 分解 水 & 二酸化炭素 H2O+CO2 排出 体外へ アルコール分解につい

アセトアルデヒドと ALDH2 とは? 前回のおさらい アルコール C2H5OH 分解 アセトアルデヒド CH3CHO 顔面紅潮吐き気頭痛 分解 ALDH2 ( アセトアルデヒド脱水素酵素 2 型 ) 酢酸 CH3COOH 分解 水 & 二酸化炭素 H2O+CO2 排出 体外へ アルコール分解につい ZERO の助太刀 vol. 3 2016 年 11 月号 メイン情報 1) 社員実験シリーズ第 2 弾! 体質によって分解速度は変化する? よく お酒に強い 弱い などという言葉を聞くけれど それって何のことを言ってるんだろう 少しでもお酒を口にすると 真っ赤になったり 吐き気がするなどの症状がすぐに出る人や お酒をいくら飲んでも顔色が変わらず 二日酔いなどの症状も出にくい人がいます 同じ量のお酒を飲んでも

More information

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド DNAFORM Clone Search Engine ユーザーガイド Document Version: 3.1 Date from: 14 June 2010 The document is the property of K.K. DNAFORM and may not be disclosed, distributed, or replicated without the express written

More information

相同性配列検索ツール:GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析

相同性配列検索ツール:GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析 並列配列相同性検索プログラム GHOST-MP 講習会 ( 講義編 ) 2015 年 3 月 20 日 東京工業大学大学院情報理工学研究科 角田将典 石田貴士 秋山泰 1 講師紹介 角田将典かくたまさのり 石田貴士いしだたかし 秋山泰あきやまゆたか 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 2 本日の予定 13:00-13:05 ごあいさつ 13:05-13:50 GHOST-MP 講習 13:50-14:00

More information

Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx

Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx 1 古細菌 真正細菌 3 4 多くの生物にはDNA修復を行う機 構が備わっており これらをDNA 突然変異 修復系と呼ぶ アルビノのカラス 1つのDNAに生じた突然変異によって鎌状赤血球貧血症になる 5 進化の総合説 現在 進化を説明する理論 として最も支持されている のは進化の総合説と呼ばれ るもので 自然選択説や突 然変異説 隔離説 メンデ ルの遺伝子の理論 集団遺 伝学の理論や中立進化説な どを統合したものである

More information

Microsoft PowerPoint - 基礎生物学A-6-メンデル遺伝.pptx

Microsoft PowerPoint - 基礎生物学A-6-メンデル遺伝.pptx 前成説 子供が親と似るのは? 卵 ( 生殖細胞 ) のなかに あらかじめ子供の縮小版 ( 構造 ) が入っている 後成説 構造は 発生 成長に従って後から作られる どちらかと言い切れるほど, 単純ではない 設計図核と核外の遺伝子 初期条件遺伝子の修飾 細胞質 環境条件や偶然 遺伝子の修飾 ( エピジェネティクス ) 用語 ゲノム (genome): ある生物をその生物たらしめるに必須な遺伝情報 生物の個体にある一組分の遺伝子

More information

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

More information

Essential Health.indd

Essential Health.indd ❻アルコール 昔から酒は百薬の長と言われているが ただし Jカーブ効果 様々な問題が多いの もまた周知の事実である 飲み過ぎは肝臓病になるといった単純なことではない 一気 飲みによる大学生の死亡 未成年飲酒 アルコール依存症 飲酒運転など深い社会問題 も多い まずはアルコールの薬理作用をよく知ることが肝心である アルコール消費量 日本には大量飲酒者が 230 万人いる 酒の歴史は紀元前四千年のエジプトでビールが作られたことに始まり

More information

論文内容の要旨 学位論文題名 アルコール代謝酵素 ALDH2 および ADH1B 遺伝子型の迅速かつ正確な SNP タイピング法の研究および遺伝子検査を用いた教育への応用 High performance and straightforward SNP typing methods for alco

論文内容の要旨 学位論文題名 アルコール代謝酵素 ALDH2 および ADH1B 遺伝子型の迅速かつ正確な SNP タイピング法の研究および遺伝子検査を用いた教育への応用 High performance and straightforward SNP typing methods for alco 論文内容の要旨 学位論文題名 アルコール代謝酵素 ALDH2 および ADH1B 遺伝子型の迅速かつ正確な SNP タイピング法の研究および遺伝子検査を用いた教育への応用 High performance and straightforward SNP typing methods for alcohol metabolic enzyme genes, ALDH2 and ADH1B, and appreciation

More information

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン 薬剤の標的分子別構成 核内受容体 2% DNA 2% ホルモン 成長因子 11% 酵素 28% イオンチャンネル 5% その他 7% 受容体 45% Drews J,Science 287,1960-1964(2000) G 蛋白質共役受容体 (GPCR)

More information

表紙/151708H

表紙/151708H ! " # $ % & ' ( ) ! #! $! " % & " ' " # * + $ %, &! & ', '! " # $ (! " # $ )! " # $ !!$ "! " # $ #! " # $ $! " # $ %! " # $ ! " # " 1 $ 2 " $ % 3 & % ' ( 4 ( ) * ' + 5, -. 6 / 0 0 +, 1 -. 2 3 /! /!%!!

More information

PowerPoint Presentation

PowerPoint Presentation パターン認識入門 パターン認識 音や画像に中に隠れたパターンを認識する 音素 音節 単語 文 基本図形 文字 指紋 物体 人物 顔 パターン は唯一のデータではなく 似通ったデータの集まりを表している 多様性 ノイズ 等しい から 似ている へ ~ だ から ~ らしい へ 等しい から 似ている へ 完全に等しいかどうかではなく 似ているか どうかを判定する パターンを代表する模範的データとどのくらい似ているか

More information

分子進化モデルと最尤系統推定法 東北大 院 生命科学田邉晶史

分子進化モデルと最尤系統推定法 東北大 院 生命科学田邉晶史 分子進化モデルと最尤系統推定法 東北大 院 生命科学田邉晶史 まずはじめに, 最尤系統推定とは 多重モデル選択 である. 最尤系統推定の手順 1. 樹形を固定しての 2. 分子進化モデルの選択 1. 分子進化モデルを固定しての 2. 系統モデル ( 樹形 ) の選択 = 多重モデル選択 分子進化モデル超入門 とりあえず塩基置換モデルで 塩基置換モデルの 3 大要素 塩基置換確率行列 (nucleotide

More information

BLAST クイックスタート このミニコースでは 配列相同性検索プログラムである BLAST ファミリについて実用的な紹介をしていきます その課題は単純な探索から ある特別な目的の探索を BLAST の創造的な使い方で実現するといった幅の広いものになっています 課題.1 blastn の利用 課題.1-1 プライマーでの増幅領域の特定 下に示したプライマーを用いることで増幅できる GenBank に登録されているヒトゲノムの配列を

More information

*.....J.....S.q..2013B_....

*.....J.....S.q..2013B_.... 1 1 2 2 3 3 4 4 5 6 5 7 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66

More information

PowerPoint プレゼンテーション

PowerPoint プレゼンテーション 機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

More information

Microsoft Word - レポート模範例.docx

Microsoft Word - レポート模範例.docx 生物学レポート ヒトとウシのヘモグロビン α 鎖と酵素タンパク質 trypsin について 一次構造と高次構造を調べ比較する 畜産学科 1 年学籍番号 00000000 氏名藍愛子 提出日 :2012 年 6 月 27 日 1 はじめに レポートの課題説明に記述されていた このレポートの課題は以下のように要約される 大学でそれぞれの科目を学習する大きな目的と意義は ある学問体系の中で 何がわかっていて

More information

第4回独立行政法人評価委員会技術基盤分科会製品評価技術基盤機構部会 参考資料N2-1 平成15年度NITE業務実績表参考資料集 表紙~P19

第4回独立行政法人評価委員会技術基盤分科会製品評価技術基盤機構部会 参考資料N2-1 平成15年度NITE業務実績表参考資料集 表紙~P19 参考資料 N2-1 平成 15 年度 NITE 業務実績表 参考資料集 A-1-(4) インドネシアにおける新規微生物資源に関する共同研究プロジェクト (2003 年 ) の結果 インドネシアと日本の真菌と放線菌の分類学および生態学の共同研究プロジェクト 独立行政法人製品評価技術基盤機構 (NITE) は 平成 15 年 4 月 インドネシア科学研究所 (LIPI) との間で標記プロジェクトの実施内容に関する合意書

More information

タンパク質の合成と 構造 機能 7 章 +24 頁 転写と翻訳リボソーム遺伝子の調節タンパク質の構造弱い結合とタンパク質の機能

タンパク質の合成と 構造 機能 7 章 +24 頁 転写と翻訳リボソーム遺伝子の調節タンパク質の構造弱い結合とタンパク質の機能 タンパク質の合成と 構造 機能 7 章 +24 頁 転写と翻訳リボソーム遺伝子の調節タンパク質の構造弱い結合とタンパク質の機能 タンパク質の合成 セントラル ドグマによると 遺伝子が持つ情報は タンパク質を合成することで発現 (Expression) される それは 2 段階の反応で進行する DNA 転写 (Transcription) DNA の塩基配列から mrna の塩基配列へ染色体の

More information

<4D F736F F D20838C837C815B836789DB91E890E096BE2E646F6378>

<4D F736F F D20838C837C815B836789DB91E890E096BE2E646F6378> レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

More information

みどりの葉緑体で新しいタンパク質合成の分子機構を発見ー遺伝子の中央から合成が始まるー

みどりの葉緑体で新しいタンパク質合成の分子機構を発見ー遺伝子の中央から合成が始まるー みどりの葉緑体で新しいタンパク質合成の分子機構を発見 遺伝子の中央から合成が始まる 葉緑体で医薬品製造と植物育種の基盤 名古屋大学の杉浦昌弘特別教授と名古屋市立大学大学院システム自然科学研究科の湯川眞希研究員は 植物の細胞の中にあるみどりの 葉緑体 がタンパク質を合成するときに 今まで知られていなかった全く新しい合成機構が働いていることを発見し その分子機構を明らかにしました タンパク質は 遺伝子から合成されたメッセンジャー

More information

解糖系でへ 解糖系でへ - リン酸 - リン酸 1,-2 リン酸 ジヒドロキシアセトンリン酸 - リン酸 - リン酸 1,-2 リン酸 ジヒドロキシアセトンリン酸 AT AT リン酸化で細胞外に AT 出られなくなる 異性化して炭素数 AT の分子に分解される AT 2 ホスホエノール AT 2 1

解糖系でへ 解糖系でへ - リン酸 - リン酸 1,-2 リン酸 ジヒドロキシアセトンリン酸 - リン酸 - リン酸 1,-2 リン酸 ジヒドロキシアセトンリン酸 AT AT リン酸化で細胞外に AT 出られなくなる 異性化して炭素数 AT の分子に分解される AT 2 ホスホエノール AT 2 1 糖質の代謝 消化管 デンプン 小腸 肝門脈 AT 中性脂肪コレステロール アミノ酸 血管 各組織 筋肉 ムコ多糖プリンヌクレオチド AT 糖質の代謝 糖質からの AT 合成 の分解 : 解糖系 と酸化的リン酸化嫌気条件下の糖質の分解 : 発酵の合成 : 糖新生 糖質からの物質の合成 の合成プリンヌクレオチドの合成 : ペントースリン酸回路グルクロン酸の合成 : ウロン酸回路 糖質の代謝 体内のエネルギー源

More information

Microsoft PowerPoint - 阿部貴志.ppt

Microsoft PowerPoint - 阿部貴志.ppt 微生物ゲノムの共通プロトコルによる 遺伝子配列情報の提供 国立遺伝学研究所生命情報 DDBJ 研究センター阿部貴志 http://gtps.ddbj.nig.ac.jp/ DNA Data Bank of Japan International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (DDBJ) Growth of the International

More information

Microsoft Word - 雑誌会101117酢酸耐性.docx

Microsoft Word - 雑誌会101117酢酸耐性.docx 五十嵐研雑誌会 No.1078 2010/11/17 M1 山崎翔子 酢酸菌の酢酸耐性 はじめに酢酸菌は 酸耐性をもつ偏性好気性菌であり アルコール脱水素酵素 (ADH) とアルデヒド脱水素酵素 (ALDH) を用いて エタノールを酢酸に部分酸化する能力をもつ 酸耐性菌の多くは膜不透過の酸にのみ耐性を示す ( 細胞内の酸性化を防いでいる ) が 酢酸菌は膜透過性である酢酸やエタノール存在下でも生育可能である

More information

Microsoft PowerPoint - lecture a.pptx

Microsoft PowerPoint - lecture a.pptx 応用生命科学 情報生命学第 3 回配列解析入門 7 月 14 日 ( 木 ) 3 時限目加藤有己大阪大学大学院医学系研究科講義資料 http://www.med.osakau.ac.p/pub/rna/ykato/lecture/bonfo16/ 授業目的 情報科学と生命科学の融合領域である情報生命科学の基本的な手法を理解することを目的とする 日程 3 時限目 4 時限目 6 月 30 日 ( 木

More information

KASEAA 52(1) (2014)

KASEAA 52(1) (2014) 解説 TRP チャネルがさまざまな 刺激に応答できる仕組み * 1 * 2 * * 48 1 1 1 1 49 図 2 哺乳類 TRP チャネルの構造 情報 A TRPA1 の電子顕微鏡単粒子解析 像, 図中破線部分は構造から予測した 細 胞 膜 の 界 面 の 位 置 を 示 す B TRPV1 のアンキリンリピート C TRPM7 の α-キナーゼドメイン D TRPM7 のコイルドコイルドメイン

More information

Human Cell-Free Protein Expression System

Human Cell-Free Protein Expression System 研究用 Human Cell-Free Protein Expression System 説明書 v201807da Human Cell-Free Protein Expression System は ヒト細胞株由来の細胞抽出液を利用した無細胞タンパク質合成システムです 本システムの Cell Lysate には in vitro でのタンパク質合成反応に必要な各種因子 ( リボソーム 翻訳開始

More information

Alcian blue染色 Elastica Van Gieson染色

Alcian blue染色 Elastica Van Gieson染色 Alcian blue 染色 平成 19 年度基礎講座 目的 Alcian blue 染色 生体に存在する酸性ムコ物質を検出する方法として広く用いられている 酸性ムコ物質はカルボキシル基を有するヒアルロン酸 硫酸基を有するコンドロイチン硫酸 ムコイチン硫酸 ケラト硫酸 ヘパリンなどの 2 つのグループに分類される Alcian blue 染色液の ph 値を調節することにより その 2 種類の酸性ムコ物質を染め分けることができる

More information

1 2 3 4 5 6 140,000 70,000 116,797 120,000 111,322 114,180 60,000 103,204 114,395 115,479 100,000 91,713 106,508 50,000 98,664 40,691 37,846 38,941 80,000 40,000 85,214 34,974 32,328 (29,256 60,000 27,383

More information

Microsoft PowerPoint - 601 群馬大学 原田先生.ppt

Microsoft PowerPoint - 601 群馬大学 原田先生.ppt 2008 年 11 月 6 日新技術説明会 細胞の未知の遺伝子を発見するため のウイルスの開発と応用 群馬大学生体調節研究所細胞構造分野原田彰宏 細胞の未知の遺伝子を発見するためウイルスの開発と応用 ( これまでの歴史 ) 培養細胞に変異を生じさせた後 異常な表現型を持つ細胞から原因遺伝子を同定するという方法によって 数々の重要な遺伝子が同定されてきた しかしその手法は 細胞を化学物質処理して点突然変異を導入した後に

More information

遺伝子発現データの クラスタリングの理論的背景

遺伝子発現データの クラスタリングの理論的背景 自己組織化マップ Self-Organization Map (SOM) 自己組織化マップとは? K 平均アルゴリズムは あらかじめクラスター数 K を設定し 互いに近い値を持った各要素が同一クラスターに所属するように所属クラスターを決めてゆく 自己組織化マップは互いに近い値を持った各要素が近くなるように低い次元上にマップする 自己組織化マップは 1988 年に Kohonen が提案した (Kohonen

More information

の活性化が背景となるヒト悪性腫瘍の治療薬開発につながる 図4 研究である 研究内容 私たちは図3に示すようなyeast two hybrid 法を用いて AKT分子に結合する細胞内分子のスクリーニングを行った この結果 これまで機能の分からなかったプロトオンコジン TCL1がAKTと結合し多量体を形

の活性化が背景となるヒト悪性腫瘍の治療薬開発につながる 図4 研究である 研究内容 私たちは図3に示すようなyeast two hybrid 法を用いて AKT分子に結合する細胞内分子のスクリーニングを行った この結果 これまで機能の分からなかったプロトオンコジン TCL1がAKTと結合し多量体を形 AKT活性を抑制するペプチ ド阻害剤の開発 野口 昌幸 北海道大学遺伝子病制御研究所 教授 広村 信 北海道大学遺伝子病制御研究所 ポスドク 岡田 太 北海道大学遺伝子病制御研究所 助手 柳舘 拓也 株式会社ラボ 研究員 ナーゼAKTに結合するタンパク分子を検索し これまで機能の 分からなかったプロトオンコジンTCL1がAKTと結合し AKT の活性化を促す AKT活性補助因子 であることを見い出し

More information

トヨパール ( アフィニティークロマトグラフィー ) TOYOPEARL/ TSKgel PW 抗体特異的 AFC 用充塡剤 TOYOPEARL AF-rProtein A HC-650F( 高吸着型 ) TOYOPEARL AF-rProtein A-650F( 高流速型 ) TOYOPEARL

トヨパール ( アフィニティークロマトグラフィー ) TOYOPEARL/ TSKgel PW 抗体特異的 AFC 用充塡剤 TOYOPEARL AF-rProtein A HC-650F( 高吸着型 ) TOYOPEARL AF-rProtein A-650F( 高流速型 ) TOYOPEARL トヨパール ( アフィニティークロマトグラフィー ) / TSKgel PW 抗体特異的 AFC 用充塡剤 AF-rProtein A HC-6F( 高吸着型 ) AF-rProtein A-6F( 高流速型 ) AF-rProtein A HC- 6F 及び AF-rProtein A-6F は 抗 体精製用の耐アルカリ性の高吸着型及 び高流速型 ( ハイスループット型 ) のプ ロテイン A 固定化アフィニティークロマ

More information

大学院博士課程共通科目ベーシックプログラム

大学院博士課程共通科目ベーシックプログラム 平成 30 年度医科学専攻共通科目 共通基礎科目実習 ( 旧コア実習 ) 概要 1 ). 大学院生が所属する教育研究分野における実習により単位認定可能な実習項目 ( コア実習項目 ) 1. 組換え DNA 技術実習 2. 生体物質の調製と解析実習 3. 薬理学実習 4. ウイルス学実習 5. 免疫学実習 6. 顕微鏡試料作成法実習 7. ゲノム医学実習 8. 共焦点レーザー顕微鏡実習 2 ). 実習を担当する教育研究分野においてのみ単位認定可能な実習項目

More information

イネは日の長さを測るための正確な体内時計を持っていた! - イネの精密な開花制御につながる成果 -

イネは日の長さを測るための正確な体内時計を持っていた! - イネの精密な開花制御につながる成果 - 参考資料 研究の背景作物の開花期が早いか遅いかは 収量性に大きな影響を与える農業形質のひとつです 多くの植物は 季節変化に応じて変化する日の長さを認識することで 適切な時期に開花することが百年ほど前に発見されています 中には 日の出から日の入りまでの日の時間が特定の長さを超えると花が咲く ( もしくは特定の長さより短いと咲く ) といった日の長さの認識が非常に正確な植物も存在します ( この特定の日の長さを限界日長

More information