基本的な利用法

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ともひろかわらい
5 years ago
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1 到達目標 : このスライドに書かれている程度のことは自在にできるようにしてエラーへの対処法を身につける. 必要なパッケージのインストールが正しくできているかどうかの自力での判定および個別のパッケージのインストール. 作業ディレクトリの変更 3. テキストエディタで自在に入出力ファイル名の変更 ( どんなファイル名のものがどこに生成されるかという全体像の把握 ) 4. ありがちなミスのところで示しているエラーメッセージとその原因をきっちり理解 Chrome( 推奨 ) で動作確認していますブラウザによっては若干挙動が異なります (R で ) 塩基配列解析基本的な利用法 Windows 版東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp

2 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ

3 前提条件の推奨手順通りにインストールができているつもりでも実際にはできていなかったという事例が散見されます実際の作業はと 3 ですがインストールが失敗しているパッケージについては 4 を参考にして個別対応しましょうパッケージ名や関数名のスペルミスだったというオチも散見されますので気を付けましょう 4 3 3

4 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 4

5 R の起動 R x64 3.X.Y をダブルクリックで起動 5

6 R の起動起動直後は画面いっぱいに開くので最大化を解除 6

7 R の起動私は通常こんな感じで利用します 7

8 R の起動赤枠で囲まれた部分が R コンソール画面 8

9 R の終了通常のソフトウェアと同様右上のボタンを押せばよい作業スペースを保存しますか? というダイアログが出るこの意味が不明な最初のうちは 3 いいえでよい間違ってはいを押してしまっても.Rdata と.Rhistory というつのファイルが作成されるだけなので特に問題はない 3 9

10 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 0

11 基本的な利用法数値計算ができます

12 (R で ) 塩基配列解析基本的な塩基配列解析から NGS データ取得マッピング統計解析作図などができますこのウェブページはサンプルデータと解析例を徹底的に充実させています項目数が非常に多いですが慣れです項目だけのものや古いものも多数あります

13 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 3

14 翻訳配列取得をクリックすると 4

15 翻訳配列取得をクリックするとのようなページに移動しますここは塩基配列を入力としてその翻訳されたアミノ酸配列を取得するための項目ですクリックする場所を間違えた場合は 3 トップページへ 3 5

16 hoge フォルダの作成デスクトップにある hoge フォルダ中のファイルを解析するやり方として説明しますよく hoge って何ですか? と質問されるのですが特別な意味はありません嫌なら uge でもなんでも好きな名前を自己責任でつけてください 6

17 翻訳配列取得項目名からもある程度わかるようになっていますがの部分にもう少し詳細な説明や解説があります 7

18 翻訳配列取得つの項目内には大抵複数の例題がありますここでは例題をやっていきます 8

19 入力ファイルの保存例題は sample.fasta というファイルを入力として利用します赤枠部分のみを拡大表示します 9

20 入力ファイルの保存 sample.fasta を先ほどデスクトップ上に作成した hoge フォルダ内に保存します 0

21 入力ファイルの保存 sample.fasta 上で右クリックでリンク先を保存保存先はもちろん 3 ここ 3

22 入力ファイルの保存大抵の場合デフォルトの保存先はダウンロードになっていますがデスクトップ上にある

23 入力ファイルの保存大抵の場合デフォルトの保存先はダウンロードになっていますがデスクトップ上にある 3hoge フォルダです! 3 3

24 入力ファイルの保存 hoge フォルダに保存 4

25 拡張子に注意ときどきファイルの種類欄がテキストファイルと自動判定され ( つまり.txtが付加されて) しまうことがあります sample.fasta.txtになるなどしたら sample.fastaに戻してから保存してください 5

26 入力ファイルの保存こんな感じに見えていれば無事ダウンロードができているはずです 6

27 入力ファイルの保存 hoge フォルダ内に sample.fasta が見えていれば OK の中身は 3 のような感じです 3 7

28 目的をおさらい hoge フォルダ内にある sample.fasta 中の 3 塩基配列に対応する翻訳配列 ( アミノ酸配列 ) を得るのが目的です 3 8

29 目的をおさらい実際にはプログラム実行結果としてで指定した名前の翻訳配列を含む出力ファイルが hoge フォルダ中に保存されます 9

30 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 30

31 R の起動 getwd() と打ち込んでリターンキーを押す 3

32 R の起動こういうことです R 起動直後のデフォルトの作業ディレクトリはユーザ名 kadota の環境では C:/Users/kadota/Documents です 3

33 Tips: 文字サイズ変更文字サイズを変更したい場合は編集 GUI プリファレンス 33

34 Tips: 文字サイズ変更文字サイズを変更したい場合は編集 GUI プリファレンス 3size のところを 4 とかにしてご利用ください 3 34

35 getwd() getwd() は現在の作業ディレクトリを表示させるコマンドですその一方で今解析したいファイルは 3 デスクトップ上にある hoge なので作業ディレクトリをそこに変更する必要があります 3 35

36 作業ディレクトリの変更ファイルディレクトリの変更 36

37 作業ディレクトリの変更ユーザ kadota の環境ではこのように見えているデフォルトはドキュメントなのでの位置がハイライトされているすぐ上の 3 デスクトップを選択すると 3 37

38 作業ディレクトリの変更の部分が Desktop に切り替わる目的の hoge フォルダを選択 38

39 作業ディレクトリの変更の部分が hoge に切り替わる OK 39

40 もう一度 getwd() 一見すると何も変わってなさそうですがもう一度 getwd() を実行すれば作業ディレクトリが変更されていることが確認できます 40

41 もう一度 getwd() さきほどと同様に getwd() とベタ打ちしてもよいがキーボードの上矢印キーを一回押すと直前に打ち込んだコマンド ( この場合は getwd()) が表示されるこれは打ち込んだのと同じ意味なのでそのままリターンキーを押せばよいいくつか入力したコマンドがあれば上矢印キーを押していけば見られます行き過ぎたら下矢印キーを押していけば戻れます 4

42 確認こんな感じで作業ディレクトリが /Desktop/hoge であれば OK 当たり前ですが解析したいディレクトリ ( またはフォルダ ) を正しく指定できていなければエラーに遭遇しますまた解析したいファイルが存在しない状態でもエラーが出ます 4

43 list.files() でフォルダ内を見る list.files() は作業ディレクトリの中身を表示するコマンドです 43

44 list.files() でフォルダ内を見る hogeフォルダの中身が対応づいているのがわかりますね 44

45 list.files() でフォルダ内を見るもしフォルダの中身が何もないときはのように見えるので覚えておきましょう character(0) は何もないという意味 45

46 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 46

47 基本はコピペ一連のコマンド群をコピーして R Console 画面上でペースト 47

48 基本はコピペエラーなく実行できた場合の全貌多少見栄えが異なっていてもエラーという文字が見えていなければ OK 48

49 実行結果出力ファイル名として指定した hoge.fasta が生成されていることが分かります実行前の hoge フォルダ実行後の hoge フォルダ 49

50 実行結果 list.files() で表示される結果と実行後の hoge フォルダの中身は当然同じ実行前の hoge フォルダ実行後の hoge フォルダ 50

51 実行結果入力ファイル中の塩基配列は 3 の倍数の塩基長 ACGT のみからなるので何のエラーも出ない入力 : 塩基配列ファイル (sample.fasta) 出力 : アミノ酸配列ファイル (hoge.fasta) 5

52 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 5

53 解析基礎目的 : アノテーションファイル (annotation.txt) 中の第列目に対してリストファイル (genelist.txt) 中の文字列と一致する行を抜き出して hoge.txt というファイル名で出力したい入力 : アノテーションファイル (annotation.txt) 出力 :hoge.txt 入力 : リストファイル (genelist.txt) 53

54 解析基礎目的 : アノテーションファイル (annotation.txt) 中の第列目に対してリストファイル (genelist.txt) 中の文字列と一致する行を抜き出して hoge.txt というファイル名で出力したいの例題をやります 54

55 解析基礎作業ディレクトリはデスクトップ hoge hoge フォルダ中に annotation.txt と 3 genelist.txt が存在するという前提 3 55

56 基本はコピペ一連のコマンド群をコピーして R Console 画面上でペースト 56

57 実行結果 list.files() で表示される結果と実行後の hoge フォルダの中身は当然同じ実行前の hoge フォルダ実行後のhogeフォルダ 57

58 Tips:R コンソール画面で 3 出力ファイル (hoge.txt) の中身これは out というオブジェクトの中身を 3write.table という関数を用いてファイルに出力したもの実行後の hoge フォルダ 58

59 Tips:R コンソール画面でそれゆえ出力ファイル (hoge.txt) の中身は Rコンソール画面中で3outと打ち込むことで確認できる早く慣れてRコンソール画面のみ動作確認できるようになっていこう 3 実行後の hoge フォルダ 59

60 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 60

61 色の説明 R コード中の色の使い分けについて説明しますに書いているの内容が全て 6

62 応用例題は列目でキーワード検索するやり方でしたつまり 3 の列が対象でした 3 6

63 応用応用として別のリストファイルを読み込んで 4 列目で検索したい場合のやり方を示します 63

64 リストファイルの作成おさらい例題のリストファイル (genelist.txt) 中のキーワードリストはのように書かれていた 64

65 リストファイルの作成今回はのような nuclear と membrane を含む行を抽出したいのでのようなリストファイルを作成し list.txt というファイル名で保存しておく当然ながら保存場所は annotation.txt と同じ場所です 65

66 R エディタを起動ファイル - 新しいスクリプトで R エディタを起動もちろん他のエディタをどうしても使いたければ二重クォーテーション問題などに遭遇する可能性を踏まえ自己責任でご利用ください 66

67 テンプレートコードをコピペ例題の赤枠内のコードを R エディタ上でコピペ 67

68 必要最小限の箇所を変更リストファイルの名前と列番号情報を変更 68

69 必要最小限の箇所を変更 list.txt 中のキーワードで 4 列目で探すからでした 69

70 Tips:CTRL + R 変更後のコードを全選択したのち右クリックでコピー (CTRL + C)& ペースト (CTRL + V) とやらなくても CTRL + R でイケます 70

71 Tips:CTRL + R 実行後はこんな感じになります出力ファイル名は変更していないので hoge.txt ファイルに上書きされるはずもし Excel などで hoge.txt を開いていると Permission denied( 書き込み権限がない ) みたいなエラーが出ます ( 後述するありがちなミス 3) 7

72 list.files() で確認確かに出力ファイルに相当する名前は hoge.txt しかないですね 7

73 out の中身を確認 out と打ち込んで確認確かに list.txt ファイル中に書き込まれたキーワードを含む行のみが抽出できてますね 73

74 Contents 前提条件 R の起動と終了基本的な利用法解析基礎 : 翻訳配列取得準備 : フォルダの作成から入力ファイルの保存まで作業ディレクトリの変更と確認 :getwd() と list.files() コピペ実行と結果の確認解析基礎 : 任意のキーワードを含む行を抽出 ( 基礎 ) 色の説明と応用ありがちなミスや警告メッセージ 74

75 ありがちなミス作業ディレクトリの変更を忘れているため in_f で指定した最初のファイルの読み込み段階でエラーが出るつまり実際に行ったフォルダ中には annotation.txt というファイルは存在しないということ 75

76 ありがちなミス必要な入力ファイルが作業ディレクトリ中に存在しないこの場合 in_f で指定した genelist.txt が存在しないためそれの読み込み段階でエラーが出ているそれゆえその情報を用いているコマンド部分でエラーが出ている 76

77 ありがちなミス 3 出力予定のファイル名と同じものをエクセルなど別のプログラムで開いているため最後の write.table 関数のところでエラーが出る対処法は出力ファイル名を変更するか開いている別のプログラムを閉じる 77

78 ありがちなミス 4 実行スクリプトをコピーする際最後の行のところで改行を含ませずに R Console 画面上でペーストしたため最後のコマンドが実行されない ( 出力ファイルが生成されない ) これも比較的ありがちなパターンですコピペ後に無意識にリターンキーを押すことを心がけるだけでもよいでしょう 78

79 警告メッセージ list.txt ファイル作成時に membrane と打った後に改行を入れた場合 ( 左 ) と入れない場合 ( 右 ) の挙動の違いを把握し後学のために警告メッセージの意味を理解しておくとよいこの場合は結果には影響していないことがわかる R は警告メッセージ後の記述内容が比較的分かりやすいのでよく読むべし 79

基本的な利用法

(R で ) 塩基配列解析基本的な利用法 Macintosh 版到達目標 : このスライドに書かれている程度のことは自在にできるようにしてエラーへの対処法を身につける 1. 必要なパッケージのインストールが正しくできているかどうかの自力での判定および個別のパッケージのインストール 2. 作業ディレクトリの変更 3. テキストエディタで自在に入出力ファイル名の変更 ( どんなファイル名のものがどこに生成されるかという全体像の把握