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1 My NCBI チュートリアル このミニコースでは NCBI サイトでの PubMed 検索利用時に利用者が自分で使用方法に合わせてカスタマイズできる My NCBI と呼ばれるツールの使い方を説明しています My NCBI へのアカウントの作り方から My NCBI を使った検索式の保存方法 メールによるアラート機能 検索時のフィルタ機能の使い方を紹介しています 1. My NCBI へのアカウントの作り方 1-1 My NCBI へのアカウントの作り方 まず My NCBI のページに移ってください My NCBI のページへは NCBI トップページの右にある My NCBI とかかれたリンクをクリックすることで移動できます My NCBI のページ

2 アカウントの新規作成には 上画面で赤四角で囲まれた "Register for an account" をクリックしてください すると下の画面のように新規ユーザ登録画面へと移ります 画面の指示に従い 登録したいユーザ名 (3 文字以上 ) パスワード ( 大文字小文字の区別があります 6 文字以上 ) 秘密の質問の選択 ( パスワードを忘れた時に使用されます 母親の旧姓は? ペットの名前は? から選択してください ) その質問への解答 画像に含まれる 5 文字 メールアドレス ( オプションですが 登録しないとアラートなどのサービスは受けられません ) を入力し Register ボタンを押してください

3 上のような画面になり 右上登録したユーザ名が表示され そのユーザ名でログインできていることが確認できます メールアドレスを入力すると そのアドレス宛に確認のメールが届きます そのメールに記載されているリンクをクリックすることでそのメールアドレスが有効なものになります 1-2 My NCBI へのログインの仕方 My NCBI へのログインは 上述した My NCBI へのリンクをたどるかあるいは PubMed 利用時などに画面右上部に表示される My NCBI [Sign In] をクリックすることで表示されるログインページから行います

4 上からユーザ名 パスワード パスワードを保持させるかのチェック ユーザ名をブラウザのクッキーに保存させるかのチェックを入力 / 選択するようになっていますので適切なものを入力後 Sign In をクリックしてください 画面右上にログイン名が表示されており ログインしている状態にあることが確認できます 1-3 My NCBI からのログアウトの仕方 My NCBI からのログアウトは PubMed 利用時などに画面右上部に表示される My NCBI [Sign Out] をクリックすることで行います ログアウトできたことは ユーザ名が消えていることから確認できます 2. My NCBIを利用したユーザ向けの各種設定 My NCBIを用いることにより NCBIサイトの利用に当たってユーザが自分で画面の各種設定をすることが可能です どのような設定が可能かを順に説明していきます 2-1 Common Preference の設定 My NCBI にログインします ログイン後の画面左にあるタブの上から二番目の Preferences をクリックしてください

5 現在のユーザ向け設定状況が表示されます 大きく分けて 全般的な設定 PubMed 利用時の設定 SNP に関する設定の 3 つを設定することができます まずは 全般的な設定について解説します

6 ここでは 上から順にログイン時のパスワードの設定 アドレスの設定 各種検索利用時の Link ページ表示フォーマットの設定 ハイライトの設定 他サイトとのログインアカウントの共通化設定 ( 他サイトとは NIH のサイトです 利用する方がほとんどいないと思われるのでここでは説明を割愛します ) が可能です 順に見ていきましょう まず パスワードの設定です Password と書かれた箇所をクリックしてください すると上画面のようにパスワード設定画面が開きますので 古いパスワードと新しいパスワード (2 回 ) を入力することでログイン時のパスワードを変更することが可能です 続いて アドレスの設定です 登録したい アドレスを入力し Save ボタンを押すと新規アカウント作成のところで説明した時と同様の方法で アドレスの再設定が可能です 次は 各種検索利用時の Link ページ表示フォーマットの設定になります NCBI では PubMed や配列など Entrez を用いた検索結果の表示画面において 関連するデータへの Link 情報を提供しています この時の Link 情報の表示方法を設定することが可能になります Link Display をクリックしてください

7 設定画面にサンプルが出ていますが Link 情報を javascript によるポップアップ画面として表示するか テキストによるリンク情報で表示するかの設定が可能です 次は ハイライト表示の設定です PubMed や配列など Entrez を用いた検索結果の表示画面において ユーザが入力したキーワードと一致する単語を Summary のページでハイライト表示する機能の設定が可能です ハイライトに用いたい色を選択して Save します Hot Pink に設定した場合の検索結果をサンプルとして示します 設定が正しくされると Preferences の欄にハイライト色が表示されます

8 この設定で Entrez による塩基の検索と PubMed 検索を実行した結果です キーワードに該当する部分が Hot Pink で示されていることが確認できます

9 2-2 PubMed Preference の設定 PubMed Preference では PubMed 検索時の設定をすることが可能です 具体的には 各文献の表示方法 文献宅配サービスの設定 フィルタの設定 外部ツールの設定になります まず 文献の表示方法です PubMed 検索結果から各個別の文献を表示させるときの表示方法を設定させることができます Single Citation Display をクリックしてください

10 画面に示されているように 4 種類の表示方法を選ぶことができます それぞれを選択した場合の表示結果を見てみましょう Abstract Plus Abstract Plus では 文献のタイトル 著者 概要などとともに右側に関連文献へのリンクが表示されているのが特徴的になっています Abstract Abstract で表示されている情報は Abstract Plus を選択したときのものとほとんど変わりませんが 関連文献へのリンクがない点 文献のタイプに関する表示が下部にある点が異なります Citation

11 このフォーマットでは Abstract で表示されている項目に加え最下部に MeSH タームが表示されています (MeSH タームとは米国国立医学図書館が 索引誌 Index Medicus の見出し語として作成し MEDLINE データベースのシソーラスとして利用されるようになっている索引語のことです ) MEDLINE

12 このフォーマットでは コンピュータプログラムでの処理が容易になるように " タグ "-" 値 " という独特の形式で表示されます これら 4 フォーマットの中から好みのものを選択することで PubMed 文献情報の表示方法が選択できます 続いて文献の宅配サービス ( 有料 ) の設定です PubMed サービスでは各文献を注文できる画面へのリンクがついています Abstract Plus の画面からは画面上部の "Send To" と書かれたプルダウンメニューから "Order" を選択することで またそれ以外のフォーマットで表示した画面からは "Send To" からの選択に加えて画面左側の "Related Resources" から "Order Documents" をクリックすることで宅配サービスの利用が可能です なお こちらのサービスは有料となっております

13 デフォルトの設定では これらをクリックすると "LoansomeDoc" というサービスのページへとリンクされます その設定先を Preference 内の "Document Delivery" から設定することが可能になります クリックしてみてください

14 様々なサイトの一覧が表示されますので 利用したいサイトを選択して Save を押してください これにより文献から宅配サービスへのリンク先が変更されます 次に PubMed filters ですが これは後述する Filter の設定の中で PubMed に関するものへ直接リンクが張られています 最後に Outside Tools についてですが これは自分の所属する研究所などが独自に提供するツール群の設定をすることができるページへのリンクになります 具体的には PubMed 検索時に所属先が購入している文献だけに絞り込む機能などがあります 詳しい情報は自分の所属している機関の図書館などに問い合わせてください ここでは詳細は割愛します 2-3 SNP Preference の設定 SNP preference については今のところ Outside Tool の設定しか存在しません PubMed preference における Outside Tool と同様に各研究機関が独自に設定するものであるため ここでは割愛します 3. 文献情報や検索式の保存 My NCBIでは ユーザ向けに文献情報やEntrezの検索式などを保存する機能を有しています また検索式を定期的に自動実行し その結果をメールで受け取ることも可能です これらの文献情報や検索式の保存 / 設定は My NCBI にログイン後 "My Saved Data" タブをクリックした画面で操作することができます

15 上から順に 文献情報の保存 Entrez 検索式の設定 収集したデータに関する設定へのリンクが示されています 順に見ていくこととしましょう 3-1 My NCBI を利用した文献情報の保存 上部の Bibliographies では ユーザの文献リストとそのほかの文献リストを保存することが可能です 初期状態では 文献リストはありません まずユーザの文献リストを作成してみましょう "My Bibliography" をクリックしてください "+" のアイコンあるいは下の "add items" をクリックすることで文献の追加ができます

16 文献の追加は基本的に 著者名の検索あるいは PubMed ID の直接入力により行うことができます ここではまず著者名による検索での追加を試してみましょう

17 Author Name 横のテキストボックスに 著者名を入力してください 著者名は途中まで入力すると補完機能が働くようになっています 必要があれば出版年数や雑誌のタイトルなどで絞込みを行うことができます また "Add Another Author Name" をクリックすると複数の Author を入力することができ Or 検索あるいは And 検索が実行できます 著者名の表記方法が異なっている場合などには Or 検索が有効ですし 同姓同名が多いような場合には共著者で絞り込むことが可能です 検索を実行してみましょう

18 上図のように該当する文献の一覧が得られます その中から登録したい文献の左横にチェックを入れ "Add to My Bibliography" をクリックして下さい 選択した文献がユーザの文献リストとして登録されました また 文献リストの登録は下図のように PubMed ID を空白区切りで入力することでも行えます

19 自分の文献リスト以外にそのほかの文献リストも "My Saved Data" "Other Citations" と移動することで同様に保存できます 3-2 Entrez 検索式の保存 アラート設定 次に Entrez 検索式の保存 アラート設定について解説します My NCBI では Entrez を用いた PubMed や配列検索の検索式 ( 検索条件 ) を保存し 呼び出して再利用したり 定期的に自動実行させて新しいデータが追加されていないかなどを容易に知るといった使い方ができます 今は検索式が何も保存されていません まずは 新規に検索式 (PubMed) を保存するところからはじめてみましょう My NCBI にログインして PubMed 検索を実行します NCBI トップページから PubMed へのリンクをクリックし 上述した内容に従ってログインします

20 ここでは例として 糖尿病性神経障害 [ ニューロパシー ] の光線療法についてを diabetic neuropathy phototherapy というキーワードを入力して実行することにします 上の画面のように 18 件の文献情報がヒットしたことが確認できます この画面で赤四角で示された "Save Result" をクリックすると この検索式を保存する際の名前を設定する画面に移動します ここで適切な名前をつけて "Save" ボタンを押すと My NCBI に今の検索式が保存されると共に 引き続いてアラート設定画面に移ります

21 アラートとは 検索式を自動的に実行し その結果をユーザに知らせる機能です 検索のタイミングを 1 週間に一回あるいは一ヶ月に一回などに設定することがこの画面中の赤四角の領域で可能です ( 上からメールを送らない 一月に一回 ( 何曜日にメールを送るか ) 毎週 ( 何曜日にメールを送るか ) 毎日の中から選択するようになっています その下の領域では メールのフォーマットを HTML, Text から選ぶと共に その形式を下の画面に示された 5 つから選ぶようになっています さらにその下の領域ではメールで送る件数を選択することと 新規検索結果がなくてもメールを送るかをチェックボックスで選択することが可能になっています

22 これらを設定し Save ボタンを押すとユーザ向けにカスタマイズされた検索式が保存されます 保存された検索式は "My Saved Data" の中から確認することができ クリックすることでメールを送る条件などを設定することが可能です 3-3 Entrez 検索結果保存 最後に Entrez による検索結果保存機能について紹介します My NCBI では Entrez を用いた PubMed や配列検索結果の保存が可能になっています ここでは Entrez を用いた配列検索結果の保存について解説します 今は検索結果が何も保存されていませんので 新規に検索結果を保存するところから始めましょう 例として ニワトリのゲノム上にアノテーションされているカドヘリン遺伝子を検索してみます まずは NCBI トップページ上部にある Entrez 検索画面のプルダウンメニューから "Gene" を選択し その右横の検索窓に "cadherin AND txid9031" と入力し 検索を実行してください (txid9031 は Taxonomy ID 9031( ニワトリ ) を指定する方法です )

23 全部で 125 件のヒットがあったことが確認できます 画面上部のタブの中から右から二番目を見てください "Genes Genomes:63" と書かれていることからゲノム上にアノテートされている遺伝子が 63 個あることがわかります このタブをクリックしてみてください これにより ニワトリゲノム上にアノテートされている 63 個の遺伝子が表示されています この中から情報を保存したい遺伝子について左前のチェックボックスにチェックを入れてください ( 例として 2, 3, 5, 6, 7 の 5 つの遺伝子を選択しています )

24 続いて右上の "Send To" のプルダウンメニューから "Clipboard" を選択し 保存したい遺伝子情報を一旦クリップボードに保存してください すると 5 つのアイテムがクリップボードに保存されたことがメッセージで示されます クリップボードは 500 個のアイテムまでを最大 8 時間保持してくれる機能です またクリップボードにデータがあるか否かは 画面上部の "Clipboard" タブの右肩に * がついているかで区別できます

25 この "Clipboard" タブをクリックして中身を確認してみましょう 先ほど選択した 5 件がクリップボードに入っていることが確認できます 続いて このクリップボードに入っているデータを My NCBI に保存しましょう

26 そのためには 右上の "Send To" から "My NCBI Collections" を選びます この時デフォルトではクリップボードに含まれる全件が自動的に選択されます クリップボード内の一部分のデータのみを My NCBI に保存したい場合には 保存したいエントリの左前にあるチェックボックスをチェック後 "My NCBI Collections" をプルダウンしてください するとポップアップ画面が立ち上がり 新規のデータセットとして保存するかあるいは既存のデータセットに追加するかをラジオボタンで選択するようになっています 選択後 適切な名前をつけて保存することができます すると下図のように遺伝子データが保存されたことが確認できます 保存されたコレクションは "My NCBI" "My Saved Data" から確認することができ コレクションをクリックすることで含まれるデータを表示することができます

27 また "My Saved Data" から "Manage my Collections" をクリックすることで 保存されたデータ ( コレクション ) の管理ができます 管理画面では 保存されたコレクションの編集 ( データの削除など ) コレクションの結合 削除ができます

28 保存されたコレクションの編集は 編集したいコレクションの右に書かれている "Edit" をクリックすることで表示される画面を通じて行います この画面からは エントリの選択後削除アイコンをクリックすることによるエントリの削除 ( 赤 ) および編集アイコンをクリックすることによるコレクション名の編集 ( 青 ) が可能です また 結合したいコレクションを選択後 "Merge Collections" をクリックすることでコレクションの結合が可能となります クリックすると 結合後のコレクションに関する設定の画面に移ります この画面では 結合後のコレクション名の設定 結合後に元のコレクションを残すか否かの設定が可能です

29 設定後 "Merge Collections" ボタンをクリックすることで コレクションの結合が実行されます また 削除したいコレクションを選択し "Delete Collections" ボタンをクリックすると コレクションの削除が実行されます 下図のように削除されたことが確認できます 4. フィルタの設定 My NCBIでは Entrezの検索結果に対する様々な絞込み方法をフィルタとして提供しています フィルタはEntrezの検索結果画面上部のタブとして提供されます

30 例えば 上図のように PubMed の検索結果では 通常 "All" の右横に "Review" というタブがあり これをクリックすることで Review のみに絞り込むことができます このような絞込み機能を各検索結果に対して 5 つまでタブとして表示させることが My NCBI では可能です My NCBI では非常に多数のフィルタが用意されています ここでは そのうちのいくつかを紹介していくことにしましょう 4-1 PubMed 検索へのフィルタ追加 まずは PubMed 検索へのフィルタ追加を見ていきましょう 追加の際は 先ほどの PubMed 検索結果のタブの右横にある かなづちとスパナのアイコンをクリックすることでその設定画面へと移動します この画面には "My NCBI" "Search Filters" で表示される以下の画面から PubMed を選択することでも移動できます

31 この画面からもわかるように非常に多くの検索に対してフィルタが用意されています さて PubMed 検索へのフィルタを設定することにしましょう 画面では今現在設定されているフィルタが表示されています ( 何もない状態です ) この画面上部のタブをクリックすると順に よく使われるフィルタ フィルタの閲覧 フィルタの検索になっています よく使われるフィルタ "Frequently Requested Filters" タブをクリックしてください

32 様々なフィルタが表示されているので もし用いたいフィルタがあれば選択して見ましょう 例えば上から 5 番目のフィルタは 全文が無料で入手可能な文献に関するフィルタです これをクリックしてみてください 上図のようにフィルタに追加した旨のメッセージが表示されます "My filters" タブをクリックして追加されていることを確認してみましょう 保存されているフィルタの前のチェックボックスをクリックするとそのフィルタが削除されます 続いて フィルタの閲覧 "Browse Filters" のタブをクリックしてみてください

33 LinkOut, Link, Properties と 3 つのサブカテゴリに分けられています さらにこれらを順にクリックしていくと 深い階層に分けられたサブカテゴリが出現し 最終的にフィルタが表示されチェックボックスをクリックすることでフィルタの追加が可能になります 次にフィルタの検索 "Search for Filters" のタブをクリックしてみてください

34 検索窓に検索したいキーワードを入力し 検索範囲を下のチェックボックスから選択後 Search ボタンをクリックすることで検索が実行されます ここでは J-STAGE(JST の文献データベース ) に含まれる文献に関するフィルタを探してみることにします 検索窓に "J-STAGE" と入力して 検索を実行して下さい 下の画面のように検索結果が表示されます J-STAGE フィルタのタブへの追加と該当文献にアイコンをつける設定両方にチェックを入れてみましょう

35 "My filters" タブをクリックして設定を確認してみます 全文が無料で閲覧できる文献に関するフィルタと J-STAGE に収録されている文献に関するフィルタ さらには J- STAGE に収録されている文献にアイコンをつける機能のフィルタが設定されていることが確認できます では続いて実際に文献を検索して これらのフィルタがうまく働くことを確認してみましょう まず PubMed のトップページへと移動し 適当なキーワードで検索してみましょう ここでは例として "Human Genome" と入力して検索してみます 以下のような結果が得られます

36 "Free Full Text", "J-STAGE" のタブがあり それぞれ 19,817 件 153 件に絞り込まれていることが分かります 続いて "J-STAGE" のタブをクリックしてみてください J-STAGE を通して閲覧できる 153 件の文献が表示されます 一番目の文献をクリックして詳細を表示させて見ましょう アブストラクトの表示と共に 画面右上に J-STAGE のアイコンが表示されています これをクリックすると J-STAGE の該当文献のページへと移動します 4-2 Protein 配列検索へのフィルタ追加 では 続いて Protein 配列検索に SGD データベース ( 酵母データベース ) へのリンクがあるものに限るというフィルタを設定してみましょう まずは "My NCBI" "Search Filters" から "Protein" を選択します

37 次に "Search for Filters" タブをクリックし 検索窓に SGD と入力して検索を実行します SGD にリンクが張られているエントリに関するフィルタが見つかりました

38 タブの設定をクリックして Protein 配列検索結果に SGD へのリンクが含まれるものに絞り込むフィルタを設定しましょう "My Filters" をクリックして追加されていることを確認します 続いて 実際に Protein データベースに対して検索を実行してみましょう ここでは ribosomal というキーワードで検索します Entrez 検索の画面から Protein をデータベースとして選択して ribosomal をキーワードとして検索してみましょう

39 下のような結果が得られます SGD にリンクが張られている結果だけに絞り込むフィルタが追加されていることがわかります このタブをクリックしてみましょう 例として一番目のエントリをクリックして 本当に SGD へのリンクが存在するか調べてみましょう そのエントリの下のほうに SGD へのリンクが含まれていることがわかります

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