PubMedの使い方

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1 PubMed 入門 接続先 岡山大学附属図書館鹿田分館 PubMed 講習会資料 (H25.5)

2 本日の内容 PubMedの概要 検索の基本 全文入手の方法 MeSHの利用 便利な検索 PubMed 入門 (2013.5) 2

3 文献入手までの流れ 文献が特定できている NO 文献データベースを検索して文献を特定する YES 図書館にあるかどうか検索する 図書館にある NO 電子ジャーナルで利用できるかどうか確認する 学外から取り寄せる YES 電子ジャーナルで利用できる YES NO 文献入手! PubMed 入門 (2013.5) 3

4 PubMed の概要 PubMed 入門 (2013.5) 4

5 PubMed とは NCBI( 国立生物科学情報センター ) が作成 世界 80 カ国以上で発行された医学関連分野の論文を検索できる無料データベース 収録範囲 1946 年 ~ 現在 ( ほぼ毎日更新 ) 収載雑誌 約 5,600 誌 収録件数 約 2,140 万件 データソースは MEDLINE( 有料の医学データベース ) と Non MEDLINE(MEDLINE 非採録のデータ 整備前のレコード等 ) 件数参照 : 図解 PubMed の使い方改訂第 5 版 / 岩下愛, 山下ユミ著 (H2403 発行 ) p3 PubMed 入門 (2013.5) 5

6 PubMed データの遷移 PubMed の論文レコードは 以下のように状態が変化 画面表示 1 [PubMed as supplied by publisher] データ作成手順 雑誌出版社からデータが送られてくる 2 [PubMed in process] 書誌事項の確認 索引付 (MeSH 用語の 付与 ) 等の整備中のレコード 3 [PubMed indexed for MEDLINE] MEDLINE 用のデータとして登録が完了したレコード (MeSH 用語の付与が完了 ) [PubMed] MEDLINE に登録されないレコード 後述の一部の Filter や MESH 用語を使った検索は 3 のデータしかヒットしません ( 全体の約 90 パーセント ) PubMed 入門 (2013.5) 6

7 検索の基本 PubMed 入門 (2013.5) 7

8 検索語の入力規則 検索語は 大文字 小文字の区別なし ギリシャ文字 ローマ数字は英語表記 α alpha Ⅲ iii ハイフンはスペース アポストロフィー(`) は省略 high risk high risk doctors` health doctors health 分子式 H₂O H2O またはh2o degrees C 自動マッピング機能がうまくいかない場合 (p8) 熟語で検索するには で囲む metabolic syndrome metabolic syndrome PubMed 入門 (2013.5) 8

9 論文を検索する 1 雑誌名や著者名で検索する場合 2 特定のテーマで検索する場合 PubMed 入門 (2013.5) 9

10 1 1 雑誌名で検索 フルタイトル 略誌名 ISSN( 雑誌固有の番号 ) のいずれからも検索できる 例 ) American journal of medicine 例 ) Am J Med 例 ) ( ハイフンも必要 ) 1 2 著者名で検索 姓 + 名 + ミドルネーム 名とミドルネームはイニシャルのみ 例 )Smith RM ただし 自動的に前方一致で検索されるので Smith R で検索をかけると Smith R だけでなく Smith RM や Smith RA なども検索される Smith R に限定したいなら Smith R@ と入力する (2002 年以降で原著に記載があれば フルネームでも検索可 ) PubMed 入門 (2013.5) 10

11 特定のテーマで検索する 1 検索欄にキーワードを入力 複数のキーワードを組みあわせて検索するには スペース もしくは 演算子(AND OR NOT) 2 Filter 機能を利用して絞り込み 年齢や性別 論文種類 主題等を指定する 3 MeSHを利用して絞り込み 4 関連情報検索を利用して絞り込み PubMed 入門 (2013.5) 11

12 演算子 (1) 両方の語を含む論文を探すとき スペースもしくは AND IPS cells AND Yamanaka S 1 つ目のキーワード 2 つ目のキーワード (2) どちらかの語を含む論文を探すとき OR vitamin OR zinc 1 つ目の キーワード 2 つ目の キーワード (3) 前者を含む論文で 後者を含まない論文を探す NOT allergy NOT hay fever 1 つ目のキーワード 2 つ目のキーワード PubMed 入門 (2013.5) 12

13 検索画面 検索キーワード入力欄 >> 肺がん ( Lung cancer ) を検索してください PubMed 入門 (2013.5) 13

14 詳細表示画面 論文タイトルをクリックすると表示 NLM catalog より雑誌の詳細情報が参照可 フルテキストリンク アイテムの保存 (my NCBI) 関連情報検索 索引付けがされたデータは MeSH 用語等がそれぞれ参照できる PubMed 入門 (2013.5) 14

15 検索結果一覧画面 1 並び順等を指定 詳細検索 出版年による絞込み 検索語と関連する検索例 検索語をタイトルに含む論文 各種フィルター : 検索結果を絞り込む 全文が無料で公開されているものに絞り込む ( PubMed Central というサイトのみ PubMed と同じ作成機関による提供 ) PubMed 入門 (2013.5) 15

16 検索結果一覧画面 2 他のデータベースを再検索 Search details : 実際に実行した検索式 ( 自動マッピング機能 ) 最適な検索結果となるように 検索者が入力したキーワードを適切な検索語に自動変換 検索に慣れていない人でも適切な検索結果が得やすいようになっていますが 万能ではないため 検索のたびにきちんと検索が行えているかチェックします 検索履歴 PubMed 入門 (2013.5) 16

17 検索結果の絞込みー Filter ー Text availability Publication dates Species Article types Languages Sex Subjects Journal categories Ages Search Field フルテキスト 抄録雑誌発行年人間または動物論文の種類言語性別主題雑誌カテゴリー年齢検索フィールドの再検索 Filter は一度選択すると 以降の検索に常に維持される 不要な場合は解除を忘れず行う チェック中の filetr を再度クリックするか Clear all をクリックする この機能を使うと 整備されていないデータが漏れる可能性もあります PubMed 入門 (2013.5) 17

18 検索結果を一時保存 転送 File PC 上にテキストファイルで保存 Clipboard PubMed 上に一時保存 (500 件まで8 時間 ) E mail メール転送 ( 最大 200 件 ) Citation Manager 文献管理ソフト用のファイル形式で保存 Clipboardに一時保存後に その他の作業をするほうが効率的 PubMed 入門 (2013.5) 18

19 全文を入手する方法 PubMed 入門 (2013.5) 19

20 DB 検索結果から本文へリンク 1 直接リンクダイレクトに電子ジャーナルページにリンク 2 リンクリゾルバ経由 岡山大学で利用できる電子ジャーナル情報と 照合してリンク 3 別途検索該当するツールを別途検索する EJ 本文への到達経路は様々!! PubMed 入門 (2013.5) 20

21 1 直接リンク 2 リンクリゾルバ PubMed 入門 (2013.5) 21

22 リゾルバの利用 該当する文献の情報 1 無料の DB 等を再検索 2 岡山大学の蔵書を検索 3 全国の蔵書を検索して取り寄せる PubMed 入門 (2013.5) 22

23 基本 論文を検索し 全文を入手できる 演習 Filter 機能を使って検索してください IPS 細胞 (IPS cells) に関する レビュー論文を読みたい レビュー論文 は Filter 機能の Article types で指定します PubMed 入門 (2013.5) 23

24 MeSH の利用 PubMed 入門 (2013.5) 24

25 MeSH Medical Subject Headings( 医学主題見出し ) 様々な医学用語を統一して使えるようにまとめた用語集 例 ) がん 腫瘍 に関する論文について Cancer Neoplasm Tunor 文献内での表現 Neoplasms MeSH PubMedのデータ ( 論文 A) 雑誌名発行年巻号ページ論文名 ( cancer ~) MeSH ( neoplasms ) PubMed のデータ ( 論文 B) 雑誌名発行年巻号ページ論文名 ( tumor ~) MeSH (neoplasms ) MeSH 用語による統制 PubMed 入門 (2013.5) 25

26 MeSH のみで検索する 自動マッピング機能で多くの場合 MeSH が付与されるが 不要な検索結果も数多く含んでしまう "neoplasms"[mesh Terms] OR "neoplasms"[all Fields] OR "cancer"[all Fields] ここに必要ない内容の論文がヒット 自動マッピング機能に頼らず MeSH のみを指定して検索すれば 不要な論文がヒットしにくくなる PubMed 入門 (2013.5) 26

27 MeSH のみで検索する 1 肺がん について調べたい場合 肺がん の意味を持つ英語表現で検索 2 肺がん の MeSH のボックスにチェックを付ける 用語をクリックするとより細かく言葉の意味を限定できる 3 Add to search builder で検索フィールドに MeSH を入力 4 Search PubMed で検索実行 PubMed 入門 (2013.5) 27

28 MeSH サブヘディング Mesh をさらに細かく限定することができる 例 )drug Therapy にチェックを付けて検索すると 肺がんの薬物療法 について書かれた論文を探せる 選んだ MeSH を論文の中心的主題にしている論文だけに絞って検索できる PubMed 入門 (2013.5) 28

29 上下の概念 上位概念 下位概念 該当の MeSH の上位概念 ( より意味の広い言葉 ) と下位概念 ( より狭い概念の言葉 ) の MeSH が表示される MeSH をクリックすると その用語の詳細画面に行くことができる 通常は MeSH で検索するとき 下位概念も含んだ検索になる PubMed 入門 (2013.5) 29

30 補足 サブヘディング ( 副題 ) 一覧対訳 abnormalities 奇形 isolation & purification 分離と精製 administration & dosage 薬物投与と投与量 legislation & jurisprudence 法律学 法制と法学 adverse effects 有害作用 副作用 manpower 人的資源 agonists アゴニスト metabolism 代謝 analogs & derivatives 類似体と誘導体 methods 方法 analysis 分析 microbiology 微生物学 anatomy & histology 解剖学と組織学 mortality 死亡率 antagonists & inhibitors 拮抗物質と阻害物質 nursing 看護 biosynthesis 生合成 organization & administration 組織と管理 blood 血液 parasitology 寄生虫学 blood supply 血液供給 血液循環 pathogenicity 病原性 cerebrospinal fluid 脳脊髄液 pathology 病理学 chemical synthesis 化学合成 pharmacokinetics 薬物動態学 薬物速度論 chemically induced 化学的誘発 pharmacology 薬理学 chemistry 化学 physiology 生理学 classification 分類 physiopathology 生態生理学 complications 合併症 poisoning 中毒 congenital 先天性 prevention & control 予防と抑制 contraindications 禁忌 psychology 心理学 cytology 細胞学 radiation effects 放射線作用 放射線効果 deficiency 欠乏 radiography X 線撮影 diagnosis 診断 radionuclide imaging 放射性核種イメージング diagnostic use 診断用 診断への利用 radiotherapy 放射線療法 diet therapy 食事療法 rehabilitation リハビリテーション drug effects 薬物作用 secondary 二次性 続発性 drug therapy 薬物療法 secretion 分泌 economics 経済学 standards 標準 education 教育 statistics & numerical data 統計と数値データ embryology 発生学 supply & distribution 供給と配分 enzymology 酵素学 surgery 外科学 epidemiology 疫学 therapeutic use 治療用 治療への利用 ethics 倫理学 therapy 治療 ethnology 民俗学 toxicity 毒性 etiology 病因 transmission 伝播 genetics 遺伝学 transplantation 移植 growth & development 成長と発育 trends 傾向 history 歴史 ultrasonography 超音波検査 超音波画像 immunology 免疫学 ultrastructure 超微細構造 injuries 損傷 urine 尿 innervation 神経支配 utilization 利用 instrumentation 機器 veterinary 獣医学 Virology ウイルス学

31 MeSH のみでの検索のメリット デメリット メリット 内容に関係のない論文が避けられる 表記のブレによる検索もれが起きにくい デメリット MeSHが付与される前の最新データや 付与されないデータは MeSHでは検索できない (p6 参照 ) 必要に応じて 自動マッピング機能を活かした通常検索と MeSH 用語での検索を掛け合わせる必要がある PubMed 入門 (2013.5) 31

32 演習 アトピー性皮膚炎 ( 例 :atopic dermatitis) の食事療法 (diet therapy) に関する文献を調べたい アトピー性皮膚炎を MeSH 用語で検索します diet therapy は サブヘディング で指定します (p28 30) PubMed 入門 (2013.5) 32

33 便利な検索 PubMed 入門 (2013.5) 33

34 関連文献の検索 1 ー Related citations ー 検索結果一覧 もしくは詳細表示中の Related citations をクリックする MeSH タイトル 抄録中のキーワードを自動的に分析し 関連性の高い文献へのリンクを提供する機能 PubMed 入門 (2013.5) 34

35 関連文献の検索 2 ー MeSH の指定ー MeSH が付与された文献は 詳細表示の Publication Types, MeSH Terms~ から該当文献に付与された MeSH を参照できる 自分のテーマに一致する文献がある場合は その文献に付与されている MeSH を参考にして関連文献を検索する方法もある 35 PubMed 入門 (2013.5) 35

36 関連文献の検索 3 ー Cited in PMC ー 詳細表示へ PubMedCentral 間で引用関係がある場合 該当する論文を引用している他の論文が表示される PubMedCetral 以外から引用されている場合は 表示されません PubMed 入門 (2013.5) 36

37 関連文献の検索 4 ー Web of Science を利用するー Web of Science を使うとより詳しい引用関係を調べることができます Times Cited: 表示している文献を引用している別の文献の数 Cited References: 表示している文献が引用している別の文献の数 37 PubMed 入門 (2013.5) 37

38 Single Citation Matcher 論文の情報が部分的にわかっている時に 断片的な情報から該当するものが探せます 38 PubMed 入門 (2013.5) 38

39 忙しい方のための臨床に関する論文検索 Clinical Queries 臨床研究論文を短時間で検索する 39 PubMed 入門 (2013.5) 39

40 3 つの検索フィルター Clinical Queries 研究デザインに着目したキーワードのまとまりであるフィルターが 自動的に付与されて検索される 検索内容を確認するには Filter をクリックする 40 PubMed 入門 (2013.5) 40

41 Clinical Queries 1 Clinical Study Category 左図のように 5 種類の研究カテゴリーと 2 種類の Scope を設定する Category( 臨床研究カテゴリー ) etiology( 病因 ) diagnosis( 診断 ) therapy( 治療 ) prognosis( 予後 ) clinical prediction guides( 臨床予測指針 ) Scope( 検索の範囲 ) narrow : 適切でない文献は少なくなるが 適切な文献が漏れる可能性が高まる broad : 適切な文献を数多く検索するが あまり適切でない文献も含まれる 41 PubMed 入門 (2013.5) 41

42 Clinical Queries 2 Find Systematic Reviews Systematic Review に関連ある論文を探す システマティック レビューとは 同一のテーマに関する複数のランダム化比較試験 (RCT) などを統計的に処理して総合評価した結果をまとめた論文 コクラン共同体システマティックビューについて PubMed では抄録まで 全文は岡山大学契約データベースの EBM Reviews に収録 42 PubMed 入門 (2013.5) 42

43 3 Medical Genetics Clinical Queries 遺伝子学関係の論文に絞って検索できます Topic による絞込みは Diagnosis( 診断 ) Differential Diagnosis( 鑑別診断 ) Clinical Description( 臨床記述 ) Management( マネジメント ) GeneticCounseling( 遺伝カウンセリング ) Molecular Genetics( 分子遺伝学 ) Genetic Testing( 遺伝学的検査 ) から選べます 43 PubMed 入門 (2013.5) 43

44 ありがとうございました 和英 英和辞典のご紹介 PubMed 検索でキーワードを選ぶ時にご活用ください 京都大学の教員の方の科研費事業 ライフサイエンス辞書 WebLSD u.ac.jp/ja/service/weblsd/ 44 PubMed 入門 (2013.5) 44

45 参考文献 図解 PubMed の使い方 : インターネットで医学文献を探す 改訂 5 版岩下愛, 山下ユミ共著日本医学図書館協会 (1 階閲覧室あり 490.7/AB ) 上手な情報検索のための PubMed 活用マニュアル 改訂第 2 版縣俊彦編著南江堂 (1F 閲覧室あり 490.7/AG) 東京大学医学図書館 PubMed の使い方 tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 慶應大学信濃町メディアセンター PubMed の使い方 東邦大学医学メディアセンター PubMed の使い方 u.ac.jp/mmc/handout/pubmed pdf 45 PubMed 入門 (2013.5) 45