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国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

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Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays インターネットオーダー方法 2010/06/14 TaqMan Gene Expression Assays の概要 世界最大規模のリアルタイム PCR アッセイ用デザイン済みプライマー &TaqMan プローブセット TaqMan Gene Expression Assays のプライマー & プローブセットは

■リアルタイムPCR実践編

リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

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NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

thermofisher.com Silencer Select pre-designed / validated siRNA 検索マニュアル

thermofisher.com Silencer Select pre-designed / validated sirna 検索マニュアル 2018 年 10 月版 The world leader in serving science Silencer Select sirna の保証内容 Silencer Select predesigned sirna: 同一ターゲット遺伝子に対する 2

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

Microsoft PowerPoint - プレシジョン創薬概論 P_ex_velvet.PPT

プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

プレゼンテーション3

ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

リアルタイムPCR実験のためのガイドライン

リアルタイム PCR 実践編 - プライマー設計ガイドライン - 効率的なリアルタイム PCR を行うためには 最適なプライマーを設計することがもっとも重要であり 増幅効率が良く 非特異的増幅が起こらないプライマーが設計できれば リアルタイム PCR は ほぼ確実に成功する ここでは プライマーを設計する際に考慮すべきパラメータについて個々に解説し 最後に 専用のソフトウェアを使用してプライマー設計をする方法について簡単に説明する

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

研究成果報告書

様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

プレゼンテーション2.ppt

ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

BLAST クイックスタート このミニコースでは 配列相同性検索プログラムである BLAST ファミリについて実用的な紹介をしていきます その課題は単純な探索から ある特別な目的の探索を BLAST の創造的な使い方で実現するといった幅の広いものになっています 課題.1 blastn の利用 課題.1-1 プライマーでの増幅領域の特定 下に示したプライマーを用いることで増幅できる GenBank に登録されているヒトゲノムの配列を

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

thermofisher.com mirVana miRNA mimics/inhibitors 検索マニュアル

thermofisher.com mirvana mirna mimics/inhibitors 検索マニュアル 2018 年 10 月版 The world leader in serving science mirna mimics/inhibitors 製品ラインナップ mirna mimics / inhibitors の製品ライナップ : Mimics : Gain-of-function

PowerPoint プレゼンテーション

機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay 検索 P30-39 Copy Number Assay 検索 P

New TaqMan Assay Search 検索ガイド Gene Expression/SNP Genotyping/Copy Number Assay 検索編 2016-12 月版 1 The world leader in serving science 内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーガイド Document Version: 3.1 Date from: 14 June 2010 The document is the property of K.K. DNAFORM and may not be disclosed, distributed, or replicated without the express written

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New TaqMan Assay Search 検索ガイド Gene Expression/SNP Genotyping/Copy Number Assay 検索編 2012-4 月版 1 The world leader in serving science 内容 検索及びアクセス方法 P3-6 Gene Expression Assay 検索 P8-30 SNP Genotyping Assay

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NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench

7-1（DNA配列から遺伝子を探す）.ppt

DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

核内受容体遺伝子の分子生物学

核内受容体遺伝子の分子生物学 佐賀大学農学部 助教授和田康彦 本講義のねらい 核内受容体を例として脊椎動物における分子生物学的な思考方法を体得する 核内受容体遺伝子を例として脊椎動物における遺伝子解析手法を概観する 脊椎動物における核内受容体遺伝子の役割について理解する ヒトや家畜における核内受容体遺伝子研究の応用について理解する セントラルドグマ ゲノム DNA から相補的な m RNA( メッセンシ

NGSハンズオン講習会

207.08.08 版 プラスアルファの内容です NGS 解析 ( 初 ~ 中級 ) ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料 ( プラスアルファ ) 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子 門田幸二 Aug 29-30 207 Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

Bioinformatics2

バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

機能ゲノム学（第6回）

トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ

PrimerArray® Analysis Tool Ver.2.2

研究用 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 説明書 v201801 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 は PrimerArray( 製品コード PH001 ~ PH007 PH009 ~ PH015 PN001 ~ PN015) で得られたデータを解析するためのツールで コントロールサンプルと 1 種類の未知サンプル間の比較が可能です

KEGG_PATHWAY.ppt

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

20140602-NBDC-DBCLS-共同研究計画.key

26 NBDC/DBCLS http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama 2014/6/2 @ NBDC (JST ) 26 NBDC RDF DB 国 内 外 に 散 在 しているライフサイエンス 分 野 のデータやデータベー スについて それらの 共 有 を 強 力 に 促 進 し 公 共 財 として 誰 でもが 自 由 に

スライド 1

平成 23 年度第 2 回データベース講習会 創薬研究における統合データベースの活用 比較ゲノムデータベース Evola, G-compass の活用法 http://hinv.jp/evola/ http://hinv.jp/g-compass/ 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター 原雄一郎 2012 年 1 月 20 日 ( 金 ) 於 : 産業技術総合研究所関西センター 本日の概要

手順 ) 1) プライマーの設計 発注変異導入部位がプライマーのほぼ中央になるようにする 可能であれば 制限酵素サイトができるようにすると確認が容易になる プライマーは 25-45mer で TM 値が 78 以上になるようにする Tm= (%GC)-675/N-%mismatch

Mutagenesis 目的 ) 既存の遺伝子に PCR を利用して変異を導入する 1 点変異導入方法 ) Quik Change Site-Directed Mutagenesis Kit(Stratagene) のプロトコールを流用 http://www.stratagene.com/products/showproduct.aspx?pid=131 Kit 中では DNA polymerase

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NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

Microsoft PowerPoint - 新アッセイ検索(ambion) 月版 (2).pptx[読み取り専用]

New TaqMan Assay Search 検索ガイド ambion sirna/microrna 機能解析製品検索編 2016 年 12 月版 1 The world leader in serving science 内容 概要 P3-4 sirna 検索 P6-24 microrna 関連製品検索 P26-37 2 概要 TaqMan アッセイ及び ambion sirna 及び microrna

Ensembl チュートリアル Ensembl はゲノム解読された真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している EMBL-EBI と Sanger Centre が共同で進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

PowerPoint プレゼンテーション

ブレインアトラスアイデアソン 2015 2015 年 7 月 16 日 Brain Transcriptome Database (BrainTx) - マウス脳の遺伝子発現アトラス - 東京理科大 BrainTx PF 委員会佐藤明 Brain Transcriptome Database (BrainTx) 2015 年 4 月よりデータベース名を変更 Cerebellar Development

Untitled

上原記念生命科学財団研究報告集, 25 (2011) 86. 線虫 C. elegans およびマウスをモデル動物とした体細胞レベルで生じる性差の解析 井上英樹 Key words: 性差, ストレス応答,DMRT 立命館大学生命科学部生命医科学科 緒言性差は雌雄の性に分かれた動物にみられ, 生殖能力の違いだけでなく形態, 行動などそれぞれの性の間でみられる様々な差異と定義される. 性差は, 形態や行動だけでなく疾患の発症リスクの男女差といった生理的なレベルの差異も含まれる.

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1 2013 10 11 google maps engine : : : : : : : : : : 1 4.6.1 2: 1: 3: 4: 6: 5: 7: 2 2.1 2.1.1 2.1.2 2.2 2.2.1 2.2.2 2.2.3 2.2.4 2.2.5 2.3 2.3.1 18 2.3.2 2.3.3 2.3.4 2.3.5 2000 SA 2.3.6 2.4 2.4.1 2.4.2 2.4.3

れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

Human Housekeeping Gene Primer Set, Mouse Housekeeping Gene Primer Set, Rat Housekeeping Gene Primer Set

研究用 Human Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3790) Mouse Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3791) Rat Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3792) 説明書 v201710da 通常 リアルタイム RT-PCR による遺伝子発現解析は相対定量により行われ

:010_ :3/24/2005 3:27 PM :05/03/28 14:39

:010_896300101703 :3/24/2005 3:27 PM :05/03/28 14:39 :010_896300101703 :3/24/2005 3:27 PM :05/03/28 14:39 :010_896300101703 :3/24/2005 3:27 PM :05/03/28 14:39 :010_896300101703 :3/24/2005 3:27 PM :05/03/28

井上先生　報告書　清水

派遣研究室 : ボン大学 Life and Medical Sciences(LIMES) Institute, Prof.Michael Hoch 研究室 研究 交流概要近年 TAL effector nuclease (TALEN) や CRISPR/Cas9 システムが効率的で簡便なゲノム編集技術として注目されている 派遣者は TALEN を用いてゼブラフィッシュに遺伝子変異を導入する実験を行った

Microsoft Word - 基礎編＜２０＞siRNA設計.doc

DNASIS Pro ワンペーパーマニュアルシリーズ ー 基 礎 編 siRNA 設 計 - DNASIS Pro では 任 意 のシーケンスから お 客 様 自 身 の 手 によって 簡 単 に 特 異 性 の 高 い sirna 設 計 を 行 うことができ 今 回 は Local Blast と Internet Blast の 両 方 を 使 う 方 法 について ご 紹 介 し 本

Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2

研究用 Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2 説明書 v201510da マルチプレックス PCR は 一つの PCR 反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで 複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法です マルチプレックス PCR を行うことで 試薬や機材の節約による経済性 同時検出による迅速性でのメリットに加え 貴重なサンプルの有効利用も可能です 本キットは高速にプライミングする酵素とプライマーのアニーリングの特異性を極限まで高めた反応液組成とを組み合わせたマルチプレックス

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Custom TaqMan Assay Design Tool インターネットオーダー方法 20010/06/01 Custom TaqMan Assay Design Tool 1. Custom TaqMan SNP Genotyping Assays P.5 2. Custom TaqMan Gene Expression Assays P.21 3. カスタムデザインでのオーダー P.30

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東京大学グローバル COE プログラム ゲノム情報に基づく先端医療の教育研究拠点 オーダーメイド医療の実現と感染症克服を目指して IMSUT & RCAST GCOE 特別セミナー < キャリアパス支援テクニカルセミナー > ゲノムデータ統合データベース利用演習 WEB サービス利用法講習会 開催のご案内 ( 医科研ヒトゲノム解析センター スーパーコンピュータ室主催 ) 日時 :7 月 9 日 (

Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC

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リアルタイムRT-PCR実験法

1. 逆転写反応 ツーステップ RT-PCR とワンステップ RT-PCR RT-PCR による遺伝子発現解析では まず 逆転写反応により RNA から cdna を合成し この cdna を鋳型として PCR を行う これらの反応は ツーステップまたはワンステップで行う ツーステップ RT-PCR では ランダムプライマー オリゴ dt プライマーまたは遺伝子特異的プライマーを用いて逆転写反応を行い

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研究用 Multiplex PCR Assay Kit 説明書 v201510da マルチプレックス PCR は 一つの PCR 反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで 複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法です マルチプレックス PCR を行うことで 試薬や機材の節約による経済性 同時検出による迅速性でのメリットに加え 貴重なサンプルの有効利用も可能です しかし マルチプレックス PCR

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

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H23 年度統合化推進プログラム進捗報告会 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 かずさ DNA 研究所植物ゲノム研究部田畑哲之平川英樹中村保一新潟大学 研究推進機構 超域学術院中谷明弘 背景 Crops Model plants 基礎研究 食料工業原材料創薬エネルギー 品種改良 http://www.genomesonline.org/ 日本の植物ゲノム研究 タバコ ゼニゴケ葉緑体 (1986

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Library Pocket Guide 2017.4 PubMed PubMed は アメリカの国立医学図書館 (NLM:National Library of Medicine) の National Center for Biotechnology Information(NCBI) が 作成公開している世界最大級の医学文献データベースです MEDLINE の文献情報の他 関連分野の文献情報も探せます

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分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 そもそもどこの配列を使うべき? そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い 遺伝子重複が起きていない

カスタムアレイ作成の流れ Probe x Probe D Probes Probe Groups Microarray Designs Probe 4 Probe 1 Probe C Probe A Probe w Probe 2 アップロード Probe 3 Probe y Probe B プロー

カスタムアレイ作成の流れ Probe x Probe D Probes Probe Groups Microarray Designs Probe 4 Probe 1 Probe C Probe A Probe w Probe 2 アップロード Probe 3 Probe y Probe B プローブ設計 プローブの検索 選択 プローブ設計あるいはプローブのアップロードを行います Step1 Probe

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Dharmacon 製品検索 WEB 注文マニュアル 製品検索 WEB 注文の流れ STEP 1: 製品検索 注文ページへのアクセスからユーザー認証まで ホームページ (dharmacon.horizondiscovery.com) へアクセス (2 ページ ) ユーザー認証 (2-3 ページ ) E-mail アドレスおよびパスワードを入力 STEP 2: 製品の検索 選択からカートへの移動まで

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BIOVIEW 47 35 Microsoft Access Access Gene.xls Gene_ID DNA ID Gene_name RefSeq_ID NCBI Reference Sequences (RefSeq) LocusLink_ID NCBI LocusLink Ratio.xls Gene_ID DNA ID LogRatio1 Log LogRatio2 2 Log Primer.xls

報道発表資料 2007 年 8 月 1 日 独立行政法人理化学研究所 マイクロ RNA によるタンパク質合成阻害の仕組みを解明 - mrna の翻訳が抑制される過程を試験管内で再現することに成功 - ポイント マイクロ RNA が翻訳の開始段階を阻害 標的 mrna の尻尾 ポリ A テール を短縮

60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 8 月 1 日 独立行政法人理化学研究所 マイクロ RNA によるタンパク質合成阻害の仕組みを解明 - mrna の翻訳が抑制される過程を試験管内で再現することに成功 - 生命は 遺伝子の設計図をもとにつくられるタンパク質によって 営まれています タンパク質合成は まず DNA 情報がいったん mrna に転写され 次に mrna がタンパク質の合成工場である

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2018 年 8 月 25-27 日遺伝統計学 夏の学校 @ 大阪大学講義実習資料 Web ツール入門 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学 http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/index.html 1 講義の概要 Web ツール入門 1 ゲノム 遺伝子情報のWebツール 2 遺伝子変異 SNP 情報のWebツール 3 疾患感受性遺伝子情報 解析結果のWebツール 4 エピゲノム情報のWebツール

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Dharmacon sirna 製品についてよくある質問 Q 製品ラインアップ (sigenome ON-TARGETplus Accell sirna Lincode sirna) の違いを教えてほしい A 製品の特徴を以下にまとめました sigenome sirna: スタンダードな sirna です タンパク質をコードするターゲット遺伝子を低コストでノックダウンしたい場合に最適です ON-TARGETplus

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GeneArt Primer and Construct Design Tool: GeneArt Seamless Cloning and Assembly Kit 編 released 11//01 1 The world leader in serving science 目次 キットの種類と特徴 GeneArt Primer and Construct Design Tool のご使用方法

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RITSUMEIKAN 1 立命館大学新技術説明会 7 インターフェロン -α を制御する 分子医薬の開発 立命館大学薬学部薬学科 教授木村富紀 RITSUMEIKAN 2 従来技術 核酸を用いた遺伝子発現の制御方法 : リボザイム法 RNA 干渉法 アンチセンス DNA オリゴヌクレオチド法 デコイ核酸法並びに RNA アプタマー法がある これらの方法は 発現の抑制 ( 低下 ) のみを可能にする

住まい・まちづくり活動事例集

3 H15 1982 1988 5 H16.31 1 1 1 246 26 3 2003 11 21,417/ 65 17.91% 16.62%1.29 246 2 1 12 1246 5008026 30080 3 200803 120060 2 20013 1 1 21 11 19821988 199112003 13 1988 1 1991 28 3 1991 1993 1992 1 1995

NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit

シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit

Microsoft PowerPoint - T07 豊田先生.pptx

命と環境のフェノーム統合データベース 統合化推進プログラム平成 24 年度進捗報告会 2013 年 1 21 ( ) ( 独 ) 理化学研究所豊 哲郎 桝屋啓志 1 フェノーム統合データベース 1 フェノタイプ情報からバイオリソースを検索できるようにする フェノタイプ ( 献 オントロジー ) 中間フェノタイプ (Linked Data) 3 推論検索ワークフロー 遺伝資源 ( バイオリソース )

Microsoft PowerPoint - Ion Reporter?ソフトウェアを用いた変異解析4.6.pptx

Ion Reporter ソフトウェアデモンストレーション Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を用いたがん部および非がん部の体細胞変異比較解析 1 Ion Torrent システムを用いた実験例 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を 2 サンプル実施 ランレポート ランレポート サンプル 1 サンプル 2 2

Microsoft PowerPoint - 資料6-1_高橋委員(公開用修正).pptx

第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

[pdf] [word] 福島県立医科大学附属学術情報センター図書館 PubMed= アメリカ国立医学図

[pdf] http://www-lib.fmu.ac.jp/lib/database/pubmed.pdf [word] http://www-lib.fmu.ac.jp/lib/database/pubmed.doc 福島県立医科大学附属学術情報センター図書館 PubMed= アメリカ国立医学図書館が作成している MEDLINE を インターネット上で世界中に無料で提供しているものです 医学分野の代表的なデータベースといえます

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TaqMan MGB 遺伝子発現検出のご注文について 注文書の記入方法 2 ページ目が注文書になっています 注文書にと FAX 番号をご記入下さい * 注文書が複数になる場合は 記入したものをコピーしてご使用下さい 注文するプローブについての情報をご記入下さい : 下の表で確認し にチェック : 英字または数字 15ケタ以内で記入リポーター色素 : ご希望の仕様を にチェック注文本数の合計 : 注文書が複数になる場合は1

北アルプス_燕岳～穂高_－2.doc

1 ( )22 2001 2226 30 1300m 27kg 2 JR 1000 22 10 3 500-400 au 300 N 2763m 4 N N 10 N 500m PM9:00 5 ( 2 ) 7 23 2001 2226 10 N N 40 10 30 6 5m N N N 12 3 49 30 20 2922m 7 K ( ) U S N ( ) 50 15 N 35 (2758m)

090825_Sakate_for_dist.pptx

21 子 比 Evola 用 http://www.h-invitational.jp/evola/ 手龍一 2009 8 月 25 日 火 心 H-InvDBEvola 子 子 子 子 子 日 比 Evola 用 比 子 Evola 方 比 子 Evola 子 H-InvDB 6 子 比 子 生 子 生 生 片 方 比 長 大 子 生 長 生 22,496 子 13 生 長 魚 比 http://www.h-invitational.jp/g-compass/

ProQuest PPT Styles

筑波大学様向け RefWorks 講習会 2017 年 5 月 31 日 &6 月 10 日 本日のセッションの内容 RefWorks のご紹介 1. RefWorks とは 2. RefWorks のコンセプト 3. ログイン方法 4. データを取り込む Tulips Searchから ProQuestから CiNiiから 5. 取り込んだデータを編集する 6. フォルダに分類する 7. フォルダを共有する

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Silencer sirna カスタムデザイン / 合成ご注文マニュアル 既製品の sirna 製品で ターゲット配列から sirna をデザイン及び合成をご要望の場合 または既に sirna 配列をお持ちで化学修飾を変更した sirna のカスタム合成をご要望の場合 ( Silencer Select Ambion In Vivo 及び無修飾から選択可能) GeneAssist sirna Workflow

1. はじめに 1. はじめに 1-1. KaPPA-Average とは KaPPA-Average は KaPPA-View( でマイクロアレイデータを解析する際に便利なデータ変換ソフトウェアです 一般のマイクロアレイでは 一つのプロー

KaPPA-Average 1.0 マニュアル 第 1.0 版 制作者 : かずさ DNA 研究所櫻井望 制作日 : 2010 年 1 月 12 日 目次 1. はじめに 2 1-1. KaPPA-Average とは 2 1-2. 動作環境 3 1-3. インストールと起動 3 2. 操作説明 4 2-1. メイン機能 - Calc. Average 4 2-1-1. データの準備 4 2-1-2.

Microsoft PowerPoint - 04 池袋 一典 教授

1 アプタマーの ヒトゲノム情報からの探索 及びコンピューター内進化 東京農工大学 大学院工学研究院 生命機能科学部門 教授 池袋一典 研究の背景 3 叉路型アプタマー 高い結合能を示すアプタマーの例 Target Library K d (nm) HIV-1 integrase RNA 10 FIV reverse transcriptase RNA 4.2 HIV-1 reverse transcriptase

図 1 マイクロ RNA の標的遺伝 への結合の仕 antimir はマイクロ RNA に対するデコイ! antimirとは マイクロRNAと相補的なオリゴヌクレオチドである マイクロRNAに対するデコイとして働くことにより 標的遺伝 とマイクロRNAの結合を競合的に阻害する このためには 標的遺伝

新たな遺伝 治療 マイクロ RNA 標的核酸医療 の可能性 2013/12/4 マイクロRNAは 約 22 塩基からなるタンパク質をコードしない さなRNAである 1993 年植物シロイヌナズナで発 されて以来 その数は右肩上がりに増えて今では1600を超えている 様々な疾患の発症と関わることが明らかとなったことから マイクロRNAを標的とする新しいタイプの核酸医療に期待が寄せられている 実際 C

bioinfo pptx

IT BIO バイオインフォマティクス第 9 回 藤博幸 本日の講義内容と目標 講義内容 ヒトゲノムの構成についておさらい 実習 目的 ヒトゲノムの特徴的な構造を理解し UCSC Genome Browserを利用して観察する ヒトゲノム 75% spacer 25% genes in which exons (=protein coding region)occupy about 1.5 % 98.5%

137

136 137 16 12 16 17 3 18 138 8 125 144 269 9 125 144 269 10 125 144 269 11 125 144 269 12 125 143 268 13 124 146 270 14 124 147 271 15 124 149 273 16 124 149 273 17 124 152 276 4 1 3 3 3 3 3 3 8 2,641

2 目次 1 はじめに 2 システム 3 ユーザインタフェース 4 評価 5 まとめと課題 参考文献

1 検索エンジンにおける 表示順位監視システムの試作 工学部第二部経営工学科沼田研究室 5309048 鳥井慎太郎 2 目次 1 はじめに 2 システム 3 ユーザインタフェース 4 評価 5 まとめと課題 参考文献 3 1-1 背景 (1) 1 はじめに インターネットユーザーの多くが Yahoo や Google などの検索エンジンで必要とする ( 興味のある ) 情報の存在場所を探している.

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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

リアルタイムPCRの基礎知識

1. リアルタイム PCR の用途リアルタイム PCR 法は 遺伝子発現解析の他に SNPs タイピング 遺伝子組み換え食品の検査 ウイルスや病原菌の検出 導入遺伝子のコピー数の解析などさまざまな用途に応用されている 遺伝子発現解析のような定量解析は まさにリアルタイム PCR の得意とするところであるが プラス / マイナス判定だけの定性的な解析にもその威力を発揮する これは リアルタイム PCR

はじめてのリアルタイムPCR

はじめてのリアルタイム PCR 1. はじめにリアルタイム PCR 法は PCR 増幅産物の増加をリアルタイムでモニタリングし 解析する技術です エンドポイントで PCR 増幅産物を確認する従来の PCR 法に比べて 1DNA や RNA の正確な定量ができること 2 電気泳動が不要なので迅速かつ簡便に解析できコンタミネーションの危険性も小さいことなど多くの利点があります 今や 遺伝子発現解析や SNP

るが AML 細胞における Notch シグナルの正確な役割はまだわかっていない mtor シグナル伝達系も白血病細胞の増殖に関与しており Palomero らのグループが Notch と mtor のクロストークについて報告している その報告によると 活性型 Notch が HES1 の発現を誘導

学位論文の内容の要旨 論文提出者氏名 奥橋佑基 論文審査担当者 主査三浦修副査水谷修紀 清水重臣 論文題目 NOTCH knockdown affects the proliferation and mtor signaling of leukemia cells ( 論文内容の要旨 ) < 要旨 > 目的 : sirna を用いた NOTCH1 と NOTCH2 の遺伝子発現の抑制の 白血病細胞の細胞増殖と下流のシグナル伝達系に対する効果を解析した

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

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2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量

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アップロードするプローブリストのフォーマット この資料では お手持ちのプローブを使ってカスタムアレイを作成するために earray にプローブをアップ ロードするリストのフォーマットを説明します フォーマットは Complete および MINIMAL フォーマットがございます デザインファイルはアップロードされ たファイルを基に作成されますので より情報が多い Complete をお勧めいたします

2009 Aida et al. Caries Res 2006;40 2000 100 % 78.7 88.0 96.6 98.8 98.8 98.8 100.0 100.0 100 75 69.4 50 75.3 74.8 73.3 73.1 73.0 72.4 71.8 71.7 51.7 40.2 69.4 68.8 73.6 25 22.3 32.8 21.9 22.9 22.1

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics

配列アラインメント (I): 大域アラインメント http://www.lab.tohou.ac.jp/sci/is/nacher/eaching/bioinformatics/ week.pdf 08/4/0 08/4/0 基本的な考え方 バイオインフォマティクスにはさまざまなアルゴリズムがありますが その多くにおいて基本的な考え方は 配列が類似していれば 機能も類似している というものである 例えば

<4D F736F F F696E74202D2095B68B9E8BE68E7396AF8CF68A4A8D758DC D18F4390B3816A2E B8CDD8AB B83685D>

ゲノム編集の医学への応 田中光一 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム編集とは? 遺伝子の配列を自在に改変する技術 A と T C と G がペア ( 相補性 ) 染色体と DNA 遺伝子から形質までの過程 ゲノム編集は 相同組換えを利用する 外来遺伝子 標的遺伝子非標的遺伝子 相同組み換え ランダムな挿入 外来遺伝子の分解 標的遺伝子の改変 非標的遺伝子の改変 遺伝子の改変無し DNA の 2

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,