計画研究年度定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用田平知子 1) 久木田洋児 2) 堀内孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所林健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所研究の目的と進め方 3) 九州大学病院研究期間の成果ポストシークエンシン

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かずしみおか
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1 計画研究年度定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用田平知子 1) 久木田洋児 2) 堀内孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所林健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所研究の目的と進め方 3) 九州大学病院研究期間の成果ポストシークエンシング時代のゲノム科学研究では多因子性遺伝性疾患の関連解析による原因遺伝子探索が最重要課題であ 1. DNAプールの定量的SSCP解析によるアレル頻度計測のためのソフトウエア開発るこの探索にはゲノムワイドなハプロタイプ構造情報に基づ DNA プールの定量的 SSCP 解析を広く関連解析研究に応用すいた膨大な数の SNP について極めて多数の被検試料を用いたるために dbqsnp の機能を取り入れて Windows 上で独立に頻度解析が要求されるこのためには従来の各個的散発的な作動する SNP 同定アレル頻度定量解析ソフトウェア QSNP 研究とは異なりシステマティックな実験設定とデータ管理が要 lite を開発したこれは SSCP 解析による SNP タイピング及求される本研究の目的は１既に我々が確立した自動化さびアレル頻度決定とシークエンシングによる SNP 配列の同定れた一塩基多型 (SNP) アレル頻度高効率高精度決定法である確認を統合して行うものであるまた 96 ウェルプレート単位 pooled DNA の PLACE-SSCP 解析法を発展させ多数の多で多数サンプルの解析を行うことを可能とするための実験手順の因子性遺伝性疾患の原因遺伝子を大規模に探索することを現実的設定キャピラリーアレイシークエンサーからのデータ管理等をなものとする方法論を確立するとともに２関連解析に必要行う機能を有しているこのソフトウェアは SSCP 解析におけな日本人ゲノムの多様性地域差を解明し３ハプロタイプる波形解析にはこれまでの研究で独自開発した QUISCA モ多様性に関する情報基盤を確立するまた４これらの方法ジュール (Higasa et al. 2002) を用いるがさらに各アレルのピー論及び情報基盤を利用して自己免疫疾患をはじめとする多因子クが重なっている場合に幾何学的に分離してアレル頻度を算出す性遺伝性疾患の候補遺伝子の大規模な関連解析を行い疾患の要る機能も有するシークエンシング解析は Windows 内に因となる遺伝的背景を解明するこれによって多因子性遺伝性 CoLinux の仮想ディスクを組み込みその上でベースコール整疾患の適切な診断新治療法の開発及び予防に寄与することを列目標とする phredphrapconsed.html) 及び配列変化検出のための PolyPhred のための PhredPhrap ( ( を実行することによるまた挿入欠失変異を高い確度で判定する独自開発の機能も研究開始時の研究計画これまで我々は PCR 産物をポストラベルし蛍光キャピラリー組み込んでいるアレイ自動シークエンサーを用いて SSCP 解析する手法このソフトウェアを利用して多数の SNP についてプール DNA PLACE-SSCP 法を確立しさらに DNA プールを対象にしの PLACE-SSCP 解析によりアレル頻度を推定しそのプールた PLACE-SSCP 解析による SNP アレル頻度算出法を開発してを構成する各検体のタイピングから得られたアレル頻度と比較すきたまたこの方法を利用して遺伝子転写開始点領域の SNP ることにより推定の精度を検討し両者が極めて高い相関を示す約 10,000 個を網羅的に解析し dbqsnp データベースとして公開ことを確認した Tahira et al., 2006 またこのシステムを用いしてきたこの成果は pooled DNA の PLACE-SSCP 解析 ( 定てプール DNA の定量的 SSCP 解析により SNP アレル頻度を決量的 SSCP 解析 ) による SNP アレル頻度決定法が極めて信頼定するプロトコールを総説として発表した (Tahira et al. 2009) 度が高くほとんどの SNP についてこの方法が適用可能であることを証明するものである従って患者群対照群での SNP ア 2. 定量的SNP解析技術を利用した病因遺伝子解析レル頻度を比較する関連解析にこの方法は有用であると考えられ 1) DNAプールの定量的SSCP解析を利用した候補遺伝子解析るこれまでの研究で高度にシステム化された実験データ管自己免疫疾患である全身性エリテマトーデスの発症機構は未だ理システム dbqsnp を開発したこれは UNIX サーバー上で不明で環境要因とともに遺伝的要因の関与が考えられるこの稼動するリレーショナルデータベースを用いた大規模なシステム遺伝的要因を解明するために関連解析を行った先行研究としてであるこれを関連解析の手法として一般に普及させるのは不適 dbqsnp システムを用いて免疫系のシグナル伝達やアポトー当であるので広く疾患の関連解析にこのシステムを適用してシスに関連する 53 候補遺伝子の全エクソンおよびプロモーター多数の多因子疾患の原因遺伝子探索を効率よく行うために領域の SNP を患者検体から探索し患者群および対照群の DNA Windows 上で稼動する上記システムの軽量版の開発を行う一プールのアレル頻度を定量し関連解析を行ったこれにより補体方日本人での SNP アレル頻度の多様性を検討し関連解析に C3 をコードする遺伝子内に疾患との関連の強い SNP を検出しおける対照群選択のための情報基盤を整えるまたゲノムワイドたこの関連を個別サンプルのシークエンスによるタイピングに関連解析の効率化に必要な情報基盤として日本人ハプロタイプよっても確認しこの SNP のリスクアレルの数と血中 C3 濃度構造に関する情報を整備するさらに先行研究として典型的なの間の相関を検出しこの SNP を含むハプロタイプが C3 の発多因子性自己免疫疾患である全身性エリテマトーデス SLE 等現あるいは安定性にかかわっている可能性を示した (Miyagawa et の関連解析を多数の候補遺伝子領域にある SNP を用いて行い al. 2008) 疾患原因遺伝子を追究する次に欧米での先行研究で SLE との関連が示唆された遺伝子について同様にプール DNA を用いた関連解析を行い転写因子 78

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4 < 国内外での成果の位置づけ> < 達成できなかったこと, 予想外の困難, その理由 > < 今後の課題, 展望 > 81

5 < 研究期間の全成果公表リスト> 82

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論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析論文題目腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されておりこれら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている