Microsoft Word - GCOEキャリアパス支援テクニカルセミナー090709web.doc

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

KEGG_PATHWAY.ppt

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

プレゼンテーション2.ppt

ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

Microsoft PowerPoint - 3rd-jikken-vscreen [互換モード]

生命情報実験第一 ( 情報系 ) バイオインフォマティクスの道具箱 タンパク質化合物相互作用解析: バーチャルスクリーニング 慶應義塾大学生命情報学科榊原康文, 佐藤健吾 リード化合物探索とインフォマティクス High Throughput Screening 実験的検証 リード化合物 = 薬剤候補 薬剤標的タンパク質 初期候補 実験的検証 + インフォマティクス 1. 大量化合物の探索 2. 成功率向上

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

プレゼンテーション3

ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

研究成果報告書

様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク：DDBJ

DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

2013.11.29 統合データ解析トライアル 中間激励会 共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発 九州工業大学 情報工 生命情報 藤井聡 2013 藤井聡 ( 九州工業大学 )licensed under CC 表示 2.1 日本 1 背景 疾病関連遺伝子 ドメイン モチーフ ドラッグターゲット T/G Gefitinib LUNG CANCER OMIM NHGRI GWAS

AJACS_komachi.key

Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

2014.03.02 統合化推進プログラム統合データ解析トライアル研究成果報告会 共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発 九州工業大学 情報工 生命情報 藤井聡 2014 藤井聡 ( 九州工業大学 )licensed under CC 表示 2.1 日本 1 背景 疾病関連遺伝子 ドメイン モチーフ ドラッグターゲット T/G Gefitinib LUNG CANCER OMIM

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

本報告書は 文部科学省の科学技術試験研究委託事業による委託業務として 京都大学が実施した 平成 19 年度の ライフサイエンス知識の階層化 統合化事業 の成果を取りまとめたものです 従って 本報告書の著作権は 文部科学省に帰属しており 本報告書の全部または一部の無断複製等の行為は 法律で認められたと

ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業 ライフサイエンス知識の階層化 統合化事業 19 年度研究成果報告書 平成 20 年 3 月 国立大学法人京都大学化学研究所 金久實 本報告書は 文部科学省の科学技術試験研究委託事業による委託業務として 京都大学が実施した 平成 19 年度の ライフサイエンス知識の階層化 統合化事業 の成果を取りまとめたものです 従って 本報告書の著作権は 文部科学省に帰属しており

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

( 別添 ) 最終的に宿主に導入された DNA が 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物の DNA のみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準

生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS

生物物理 45(1),41-44(2005) 立体構造比較サーバ MATRAS の使い方 1. はじめに 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科川端猛 あるタンパク質と似ている他のタンパク質を探したいとき, まず最初に試みるべきはアミノ酸配列の相同性検索であろう. しかし, 同じファミリーのタンパク質の中でも, アミノ酸配列の一致度が低くなってくると, 配列の類似性だけで議論するのには限界が出てくる.

Gifu University Faculty of Engineering

Gifu University Faculty of Engineering Gifu University Faculty of Engineering the structure of the faculty of engineering DATA Gifu University Faculty of Engineering the aim of the university education

れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

Microsoft Word - web_service.doc

用者ebサーバの設定東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター Web サービス申請書 年月日 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター長殿 FV 52 _1.00 _02 申請区分貴センターのスーパーコンピュータシステムの利用をします 利用にあたっては利用規程 (https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/kitei.pdf) を熟読し

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

平成 23 年度第 3 回データベース講習会 @ つくば 創薬研究における統合データベースの活用 2012 年 3 月 9 日 ( 金 ) ヒト遺伝子統合データベース H-InvDB の活用 山崎千里 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム chisato-yamasaki@aist.go.jp 本日の講習 実習 1. ヒトゲノムデータの現状と H-Invitational

<4D F736F F D20838C837C815B836789DB91E890E096BE2E646F6378>

レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

Microsoft PowerPoint - AJACS38_KEGG-GEnomeNet_tokimatsu v2.ppt [互換モード]

KEGG PATHWAY を中心とした KEGGおよびGenomeNetの使い方 京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター化学生命科学領域 時松敏明 統合データベース講習会 AJACS 筑波 3 KEGG とゲノムネットの概要 内容 KEGG, ゲノムネットの配列データ (GENES, ORTHOLOGY(KO), OC) KEGG, ゲノムネットの化合物情報 (LIGAND) KEGG

Ligases の 分類クラス下に階層構造として表 検索機能を持つ 公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより 当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度から ることができるほか タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド 文献を参照できる

LSKB Version 4.3.0 リリースノート このリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能 問題点の修正などが記 載されています [ 新機能 ] 1. トップ画面の "Gene & Proteins" に以下のメニューの追加あるいは改良 Browser (Metabolizing) EC Classification GPCR SARfari

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

Bio-Mirror Project

Bio-Mirror 鵜川義弘 @ 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ http://www.bio-mirror.net/ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7,

Microsoft Word - 実習テキスト.doc

バイオインフォマティクス実習テキスト リンク集 http://www.cbrc.jp/~hirokawa/toyama.html 産総研生命情報工学研究センター 広川貴次 目次 1. 遺伝子配列 アミノ酸配列を取得する... 3 2. ホモロジー検索... 8 3.PCR のプライマーを設計する... 12 4. インターネットを利用したタンパク質立体構造予測... 15 5. 複数配列のアラインメント...

-2-

-2- -3- 会場へのアクセス -4- -5- 11 月 21 日 ( 水 ) 9:25 9:30 細胞を創る 研究会 5.0 開会挨拶木賀大介 ( 東京工業大学 ) 9:30 10:30 基調講演 Chair: 木賀大介 ( 東工大 ) 大島泰郎先生 ( 共和化工 環境微生物学研究所 東京工業大学名誉教授 ) 生命の起源と Magic20 10:30 11:30 ポスター発表 ( 奇数番号 )

Read the following text messages. Study the names carefully. 次のメッセージを読みましょう 名前をしっかり覚えましょう Dear Jenny, Iʼm Kim Garcia. Iʼm your new classmate. These ar

LESSON GOAL: Can read a message. メッセージを読めるようになろう Complete the conversation using your own information. あなた自身のことを考えて 会話を完成させましょう 1. A: Whatʼs your name? B:. 2. A: Whatʼs your phone number, (tutor says studentʼs

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塩基配列データベースを中心とした生物学系研究の情報基盤について 国立遺伝学研究所 DDBJセンター助教小笠原理 国立遺伝学研究所 遺伝研スパコン : 目的 1. 国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Database : INSD) の構築 2. 大学共同利用機関として 主に生物学医学系研究者への計算機資源の提供 遺伝研スパコン : 構成概略

東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプ

東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプトーム解析など様々な解析に応用されており 本学の研究者にとってもその利用の要望が高まってきている 本学医歯学研究支援センターに設置された次世代型シークエンサー

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

Contents Logging in 3-14 Downloading files from e-ijlp 15 Submitting files on e-ijlp Sending messages to instructors Setting up automatic

e-ijlp(lms) の使い方 How to Use e-ijlp(lms) 学生用 / Guidance for Students (ver. 2.1) 2018.3.26 金沢大学総合日本語プログラム Integrated Japanese Language Program Kanazawa University Contents Logging in 3-14 Downloading files

Microsoft Word - 【広報課確認】 _プレス原稿(最終版)_東大医科研 河岡先生_miClear

インフルエンザウイルスの遺伝の仕組みを解明 1. 発表者 : 河岡義裕 ( 東京大学医科学研究所感染 免疫部門ウイルス感染分野教授 ) 野田岳志 ( 京都大学ウイルス 再生医科学研究所微細構造ウイルス学教授 ) 2. 発表のポイント : インフルエンザウイルスが子孫ウイルスにゲノム ( 遺伝情報 ) を伝える仕組みを解明した 子孫ウイルスにゲノムを伝えるとき 8 本のウイルス RNAを 1+7 という特徴的な配置

Microsoft PowerPoint - 遺伝統計学夏の学校2018_Webツール入門.pptx

2018 年 8 月 25-27 日遺伝統計学 夏の学校 @ 大阪大学講義実習資料 Web ツール入門 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学 http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/index.html 1 講義の概要 Web ツール入門 1 ゲノム 遺伝子情報のWebツール 2 遺伝子変異 SNP 情報のWebツール 3 疾患感受性遺伝子情報 解析結果のWebツール 4 エピゲノム情報のWebツール

ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST

PDBj のウェブサービス 金城 玲 大阪大学蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク PDBj ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST PDBjの提供するウェブサービス 大きく分けて２種類 PDBデータの取得 検索用のRESTfulウェブサービ

A4パンフ

Gifu University Faculty of Engineering Gifu University Faculty of Engineering the structure of the faculty of engineering DATA Gifu University Faculty of Engineering the aim of the university education

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24 10 迄 20 6 7 13 () 4 5-10 5-1 3-1 0.5 2-2 2-1 1-20 0.8 2-6 4-51 4-19 1.7 3-17 2-34 4-13 1.4 2-22 3-29 2-7 0.9 6-30 1-1 1-15 0.3 (%) (%) 13 12,418 12,599 98.6 11,886 12,599 94.3 50-16 - % db db 4 622

Nakamura

FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM 4-1 4-2 4-3 MEDSI (2003) 4-4 DOROTHYCROWFOOTHODGKIN DOROTHY--------HODGKIN MEDSI (2003) 4-5 4-6 !Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990)!

はじめに

IT 1 NPO (IPEC) 55.7 29.5 Web TOEIC Nice to meet you. How are you doing? 1 type (2002 5 )66 15 1 IT Java (IZUMA, Tsuyuki) James Robinson James James James Oh, YOU are Tsuyuki! Finally, huh? What's going

Microsoft PowerPoint - 資料6-1_高橋委員(公開用修正).pptx

第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

PowerPoint Presentation

DNA 87 ( ) Nucleic Acids ResearchDB RNA 29 94 58 29 18 43 153 : 511 Bio DB Catalog (DBCAT) http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/ 2 GenBank MB SRS) DAS) 3 4 5 A A A 6 OGSA-DAI 7 9 DB Medical Encyclopedia

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

<4D F736F F D AA96EC82CC837C815B835E838B C6782CC82BD82DF82CC92B28DB F18D908F912E646F63>

ライフサイエンス分野の ポータルサイト連携のための調査 報告書 目 次 はじめに... 1 1. Jabion... 2 1.1. 概要...2 1.2. 全体の構成...4 1.3. 用語辞書...5 1.4. コラム一覧...9 1.5. 遺伝子百科...14 1.6. 文献検索...20 1.7. ご意見箱...22 1.8. 道具箱...24 1.9. お役立ちリンク...36 1.10.

A Mess age from President Glen Show Rotary Cares Proud to be a Rotarian Glen W. Kinross http: / /www.hokuriku.or.jplkohrinbo/ .IAPA Volunteer Translators Wanted At its November

5_motif 公開版.ppt

配列モチーフ 機能ドメイン 機能部位 機能的 構造的に重要な部位 は進化の過程で保存 される傾向がある 進化的に保存された ドメイン 配列モチーフ 機能ドメイン中の特徴的な 保存配列パターン マルチプルアライメント から抽出 配列モチーフの表現方法 パターン プロファイル 2 n n n n n n n n ENCODE n PROSITE パターンの例 n C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H.

連続講演会 東京で学ぶ京大の知 シリーズ 16 社会に浸透する情報技術第 2 回 ゲノム情報のコンピュータ解析 高校数学 +α による先端的解析手法 京都大学が東京 品川の 京都大学東京オフィス で開く連続講演会 東京で学ぶ京大の知 のシリーズ 16 社会に浸透する情報技術 9 月 22 日の第 2

連続講演会 東京で学ぶ京大の知 シリーズ 16 社会に浸透する情報技術第 2 回 ゲノム情報のコンピュータ解析 高校数学 +α による先端的解析手法 京都大学が東京 品川の 京都大学東京オフィス で開く連続講演会 東京で学ぶ京大の知 のシリーズ 16 社会に浸透する情報技術 9 月 22 日の第 2 回講演では 化学研究所バイオインフォマティクスセンター長の阿久津達也教授が ゲノム情報のコンピュータ解析

PowerPoint プレゼンテーション

機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

報道機関各位 平成 27 年 8 月 18 日 東京工業大学広報センター長大谷清 鰭から四肢への進化はどうして起ったか サメの胸鰭を題材に謎を解き明かす 要点 四肢への進化過程で 位置価を持つ領域のバランスが後側寄りにシフト 前側と後側のバランスをシフトさせる原因となったゲノム配列を同定 サメ鰭の前

報道機関各位 平成 27 年 8 月 18 日 東京工業大学広報センター長大谷清 鰭から四肢への進化はどうして起ったか サメの胸鰭を題材に謎を解き明かす 要点 四肢への進化過程で 位置価を持つ領域のバランスが後側寄りにシフト 前側と後側のバランスをシフトさせる原因となったゲノム配列を同定 サメ鰭の前側と後側のバランスを後ろ寄りにすると鰭の付け根の骨は1 本に変化 概要 東京工業大学大学院生命理工学研究科の田中幹子准教授と鬼丸洸元大学院生

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

PowerPoint プレゼンテーション

2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量

別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目 1 ( ' ( 検索キー )''-- ( 検索キー ) and 'a'='a ( 検索キー ) and 1=1 は最低限 行うこと ) OS コマンドインジェクション 2 (../../../../../../../bin/sle

別添 1 ぜい弱性診断対象 Web アプリケーション 名称 画面遷移図 1 ヒト完全長 cdna データベース別添 3 みふぁっぷ 2 微生物遺伝子機能データベース ( MiFuP ) 別添 4 3 微生物有害性遺伝子機能データベース (MiFuP Safety) 別添 5 4 MiFuP Wiki 別添 6 5 ACM 別添 7 1 別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

相同性配列検索ツール：GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析

並列配列相同性検索プログラム GHOST-MP 講習会 ( 講義編 ) 2015 年 3 月 20 日 東京工業大学大学院情報理工学研究科 角田将典 石田貴士 秋山泰 1 講師紹介 角田将典かくたまさのり 石田貴士いしだたかし 秋山泰あきやまゆたか 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 2 本日の予定 13:00-13:05 ごあいさつ 13:05-13:50 GHOST-MP 講習 13:50-14:00

ゲノム解析で活躍するコンピューター

ゲノム解析で活躍するコンピューター ゲノム情報のためのデータベースと遺伝子機能の解析 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター五斗進 科学カフェ京都第 62 回定例会京都大学 2010/4/10 1 本日お話する内容 ゲノムとゲノムプロジェクトについて ゲノムデータとデータベースについて ゲノムデータを使った解析について 遺伝子の機能を調べる 2 ゲノムとは ゲノム (Genome) Gene(

Bioinformatics2

バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

Microsoft PowerPoint - PDBjing実習.ppt

DDBJing & PDBjing, 2006 年 2 月 2 日 PDBj ウェブサービスの利用法 (xpsss を中心に ) 伊藤暢聡 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部 構造情報研究室 http://www.pdbj.org/ 1.PDBID が既知の時の検索 ( 例 )PDBID = 9pap の場合 9pap ワイルドカード : * が利用できるので *pap, 9*, * でも検索可能

外部SQLソース入門

Introduction to External SQL Sources 外部 SQL ソース入門 3 ESS 3 ESS : 4 ESS : 4 5 ESS 5 Step 1:... 6 Step 2: DSN... 6 Step 3: FileMaker Pro... 6 Step 4: FileMaker Pro 1. 6 Step 5:... 6 Step 6: FileMaker Pro...

Sequence Read Archive 2013 年年 10 月 25 日 第 10 回シーケンサー利利 用技術講習会 ( 理理研横浜 ) 1

Sequence Read Archive 1 塩基配列列データベース アノテーション DDBJ アセンブリ DDBJ Center アライメント シークエンシングと サンプリング Sequence Read Archive 2 増 大する SRA データ 千兆塩基 目前 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra/ 3 SRA は INSDC の 一員 INSDC:

130712AJACS40

1 2 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 3 4 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 5 6 2013 Licensed Under CC 2.1 LOCUS AB091058 2109 bp DNA

大学院博士課程共通科目ベーシックプログラム

平成 30 年度医科学専攻共通科目 共通基礎科目実習 ( 旧コア実習 ) 概要 1 ). 大学院生が所属する教育研究分野における実習により単位認定可能な実習項目 ( コア実習項目 ) 1. 組換え DNA 技術実習 2. 生体物質の調製と解析実習 3. 薬理学実習 4. ウイルス学実習 5. 免疫学実習 6. 顕微鏡試料作成法実習 7. ゲノム医学実習 8. 共焦点レーザー顕微鏡実習 2 ). 実習を担当する教育研究分野においてのみ単位認定可能な実習項目

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1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

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Elementary Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Activity Bank Number Challenge Time:

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

Microsoft Word - 1 color Normalization Document _Agilent version_ .doc

color 実験の Normalization color 実験で得られた複数のアレイデータを相互比較するためには Normalization( 正規化 ) が必要です 2 つのサンプルを異なる色素でラベル化し 競合ハイブリダイゼーションさせる 2color 実験では 基本的に Dye Normalization( 色素補正 ) が適用されますが color 実験では データの特徴と実験の目的 (

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1 2 2 3 Web Web A product recommender system based on knowledge on situations, functions, and series of products: Implementation and evaluation of the prototype system Abstract: The aim of this study is

[Business Communication]

相互作用ネットワーク パスウェイが さくさく書けるフリーツールの紹介 バイオメディシナル情報統合チーム長井陽子 平成 23 年度第 4 回データベース講習会創薬研究における統合データベースの活用 2012/3/16 分子生物学的な知識の増加 1 つの分子でも様々な機能的役割を担っている 分子間の相互作用や因果関係は複雑で膨大である 大規模なデータの管理や知識の整理に視覚化ツールを活用することができる

PDBj : : 1

PDB (PDBj) http://www.pdbj.org Mar. 3, 2008 PDBj : : 1 PDBj PDB ID / / XML (xpsss) (Sequence-Navigator) (Structure-Navigator) (ASH) (ProMode) (ef-site) (EM-Navigator) New! GUI (Protein Globe) New! (eprots)

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上原記念生命科学財団研究報告集, 25 (2011) 86. 線虫 C. elegans およびマウスをモデル動物とした体細胞レベルで生じる性差の解析 井上英樹 Key words: 性差, ストレス応答,DMRT 立命館大学生命科学部生命医科学科 緒言性差は雌雄の性に分かれた動物にみられ, 生殖能力の違いだけでなく形態, 行動などそれぞれの性の間でみられる様々な差異と定義される. 性差は, 形態や行動だけでなく疾患の発症リスクの男女差といった生理的なレベルの差異も含まれる.

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ニュースリリース 平成 20 年 8 月 1 日千葉大学大学院園芸学研究科 新たな基盤転写 (RNA 合成 ) 系の発見 原始生物シゾンで解明されたリボゾーム RNA 合成系進化のミッシングリンク < 研究成果の概要 > 本学園芸学研究科の田中寛教授 今村壮輔 JSPS 特別研究員 華岡光正東京大学研究員は 植物に残されていた始原的なリボゾーム RNA 合成系を発見し これまで不明だったリボゾーム

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ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン 薬剤の標的分子別構成 核内受容体 2% DNA 2% ホルモン 成長因子 11% 酵素 28% イオンチャンネル 5% その他 7% 受容体 45% Drews J,Science 287,1960-1964(2000) G 蛋白質共役受容体 (GPCR)

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics

配列アラインメント (I): 大域アラインメント http://www.lab.tohou.ac.jp/sci/is/nacher/eaching/bioinformatics/ week.pdf 08/4/0 08/4/0 基本的な考え方 バイオインフォマティクスにはさまざまなアルゴリズムがありますが その多くにおいて基本的な考え方は 配列が類似していれば 機能も類似している というものである 例えば

<4D F736F F F696E74202D205B979D8CA C5D20836F CA48B868ED28CFC82AF8E B F72312E B8CD

理研シンポジウム 2008 独立行政法人理化学研究所和光本所鈴木梅太郎ホール 2008 年 3 月 13 日 バイオ研究者向け支援サービス 独立行政法人理化学研究所情報基盤センター横浜チーム スパコン利用者から見るバイオインフォマティクス概要 工学 12% 脳科学 3% 情報工学 7% 化学 7% 物理学 35% ライフサイエンス 36% RSCC( スパコン ) 利用のユーザ比率 工学情報工学 2%

次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析

次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン

スライド 1

INIS International Nuclear Information System Repository Search クイックマニュアル (2017 年 6 月 ) 1 2 INIS は 130 ヶ国 24 国際機関の協力により作成している原子力分野の文献情報データベースです 論文 書籍の他 テクニカルレポート 会議論文集 (Proceedings) 等の文献情報を収録しており 個々の掲載論文単位で検索できます

1 2. Nippon Cataloging Rules NCR [6] (1) 5 (2) 4 3 (3) 4 (4) 3 (5) ISSN 7 International Standard Serial Number ISSN (6) (7) 7 16 (8) ISBN ISSN I

Development of Digital Archive System of Comics Satoshi Tsutsui Kojima Kazuya The comic published in Japan is liked to read from of old by a lot of people, and builds our life and implications now. The

Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx

1 古細菌 真正細菌 3 4 多くの生物にはDNA修復を行う機 構が備わっており これらをDNA 突然変異 修復系と呼ぶ アルビノのカラス １つのDNAに生じた突然変異によって鎌状赤血球貧血症になる 5 進化の総合説 現在 進化を説明する理論 として最も支持されている のは進化の総合説と呼ばれ るもので 自然選択説や突 然変異説 隔離説 メンデ ルの遺伝子の理論 集団遺 伝学の理論や中立進化説な どを統合したものである

2017 年 12 月 15 日 報道機関各位 国立大学法人東北大学大学院医学系研究科国立大学法人九州大学生体防御医学研究所国立研究開発法人日本医療研究開発機構 ヒト胎盤幹細胞の樹立に世界で初めて成功 - 生殖医療 再生医療への貢献が期待 - 研究のポイント 注 胎盤幹細胞 (TS 細胞 ) 1 は

2017 年 12 月 15 日 報道機関各位 国立大学法人東北大学大学院医学系研究科国立大学法人九州大学生体防御医学研究所国立研究開発法人日本医療研究開発機構 ヒト胎盤幹細胞の樹立に世界で初めて成功 - 生殖医療 再生医療への貢献が期待 - 研究のポイント 注 胎盤幹細胞 (TS 細胞 ) 1 は 自己複製能と胎盤の細胞に分化する能力を持った胎盤由来の特殊な細胞である 本研究において ヒト胎盤の細胞

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ggg ようこそ Avid オーディオ フォーラム (DUC) へ このドキュメントでは Avid オーディオ フォーラム ( 以下 DUC) をご利用頂く上で必要となる DUC アカウントの登録方法をご説明いたします アカウントの登録には有効な E メールアドレスが必要です 1. ホームページへアクセスする 先ずは DUC ホームページ (http://duc.avid.com/) へアクセスしてください

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プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

< 提供を開始するソリューション例 > Scorpion Scorpion は DesertSci 社がスイス Roche 社との共同研究に基づいて開発したものです Scorpion で用いられるネットワーク モデルは 分子間相互作用をネットワークとして記述し タンパク質 リガンド相互作用が周りの環

各位 News Release 平成 24 年 4 月 18 日 インフォコム株式会社東京都渋谷区神宮前 2-34-17 (JASDAQ コード番号 :4348) インフォコム ヘルスケア事業領域の展開を加速 ~ 創薬研究 開発者向けにタンパク質 リガンド複合体解析ツールの販売を開始 ~ ヘルスケア事業のライフサイエンス領域 において創薬研究を支援する IT ソリューション / サービスを提供するインフォコム株式会社は

Microsoft Word - PCM TL-Ed.4.4(特定電気用品適合性検査申込のご案内)

(2017.04 29 36 234 9 1 1. (1) 3 (2) 9 1 2 2. (1) 9 1 1 2 1 2 (2) 1 2 ( PSE-RE-101/205/306/405 2 PSE-RE-201 PSE-RE-301 PSE-RE-401 PSE-RE-302 PSE-RE-202 PSE-RE-303 PSE-RE-402 PSE-RE-203 PSE-RE-304 PSE-RE-403

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フェノーム統合 ( 独 ) 理化学研究所豊田哲郎 フェノーム情報統合は最重要課題フェノーム = 我々にとって重要な生命現象 フェノーム ( 現象の集合 ) 分野ごとに研究コミュ メタボローム ( 物質の集合 ) ニティが分かれやすい プロテオーム ( 物質の集合 ) トランスクリプトーム ( 物質の集合 ) ゲノム ( 物質の集合 ) 分野横断的にまとまりやすい 現状 情報やコミュニティは分断されている

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GIS Theory and Applications of GIS, 2010, Vol. 18, No.1, pp.79-85 電子タグによる屋内測位を利用した携帯電話からの通報システム 細川直史 * 高梨健一 ** 滝澤修 *** Emergency Call System by Cellular-phone equipped with RFID Positioning Masafumi HOSOKAWA*,

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米国における意匠を対象にした侵害防止調査 Q 自社で開発した商品を米国で販売したい 意匠侵害で訴えられ ることは避けたいが どうしたら良いか? 1) 調査ツールの選択米国における意匠は 米国特許商標庁 ( 以下 USPTO) に直接出願するルートとハーグ協定を経由するルートが存在する

6.6.2.9 米国における意匠を対象にした侵害防止調査 Q 自社で開発した商品を米国で販売したい 意匠侵害で訴えられ ることは避けたいが どうしたら良いか? 1) 調査ツールの選択米国における意匠は 米国特許商標庁 ( 以下 USPTO) に直接出願するルートとハーグ協定を経由するルートが存在する 上記いずれのルートを経由しても米国国内における審査を経て登録となった意匠については USPTO が提供する

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2.2. タンパク質立体構造解析ツールの利用 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - タンパク質の機能を理解するためにはタンパク質の立体構造を正しく理解する必要がある. タンパク質の立体構造は主に X 線結晶構造解析により決定されている. 決定された構造情報はタンパク質データバンク

の感染が阻止されるという いわゆる 二度なし現象 の原理であり 予防接種 ( ワクチン ) を行う根拠でもあります 特定の抗原を認識する記憶 B 細胞は体内を循環していますがその数は非常に少なく その中で抗原に遭遇した僅かな記憶 B 細胞が著しく増殖し 効率良く形質細胞に分化することが 大量の抗体産

TOKYO UNIVERSITY OF SCIENCE 1-3 KAGURAZAKA, SHINJUKU-KU, TOKYO 162-8601, JAPAN Phone: +81-3-5228-8107 報道関係各位 2018 年 8 月 6 日 免疫細胞が記憶した病原体を効果的に排除する機構の解明 ~ 記憶 B 細胞の二次抗体産生応答は IL-9 シグナルによって促進される ~ 東京理科大学 研究の要旨東京理科大学生命医科学研究所

() 25 () () 27 () 28 () 29 31 () 32 () 13 34 () 15 35 () 16 70 () 18 78 () 23 79 Climb ev ry mountain, Search high and low. Follow ev ry by-way,ev ry path you know. Climb ev ry mountain,ford ev ry steam,

WASEDA University Internship Guide http://www.waseda.jp/career/internship/ 1 2 3 For International Students International students who are interested in internships with Japanese corporations must be

Microsoft Word - Win-Outlook.docx

Microsoft Office Outlook での設定方法 (IMAP および POP 編 ) How to set up with Microsoft Office Outlook (IMAP and POP) 0. 事前に https://office365.iii.kyushu-u.ac.jp/login からサインインし 以下の手順で自分の基本アドレスをメモしておいてください Sign

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーガイド Document Version: 3.1 Date from: 14 June 2010 The document is the property of K.K. DNAFORM and may not be disclosed, distributed, or replicated without the express written

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情報処理装置 生命 の 設計図を読み解く 大林武 ( 東北大 情報 ) obayashi@ecei.tohoku.ac.jp 自己紹介 ( 大林武 ) 11 年 4 年 7 年 東工大 生命 ( 千葉大 薬 ) 東大 医科研 東北大 情報 生物学 バイオインフォマティクス 情報科学 Bioinformatics / Computational Biology Biology Bioinformatics

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サンプル条件および固定化分子の選択 Biacoreの実験ではセンサーチップに固定化する分子をリガンド それに対して結合を測定する分子をアナライトと呼びます いずれの分子をリガンドとし アナライトとするかは 実験系を構築する上で重要です 以下にサンプルに適したリガンド アナライトの設計方法やサンプルの必要条件などをご紹介します アナライト リガンド センサーチップ (1) タンパク質リガンドとしてもアナライトとしても用いることができます