共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

2013.11.29 統合データ解析トライアル 中間激励会 共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発 九州工業大学 情報工 生命情報 藤井聡 2013 藤井聡 ( 九州工業大学 )licensed under CC 表示 2.1 日本 1 背景 疾病関連遺伝子 ドメイン モチーフ ドラッグターゲット T/G Gefitinib LUNG CANCER OMIM NHGRI GWAS

Microsoft PowerPoint - 3rd-jikken-vscreen [互換モード]

生命情報実験第一 ( 情報系 ) バイオインフォマティクスの道具箱 タンパク質化合物相互作用解析: バーチャルスクリーニング 慶應義塾大学生命情報学科榊原康文, 佐藤健吾 リード化合物探索とインフォマティクス High Throughput Screening 実験的検証 リード化合物 = 薬剤候補 薬剤標的タンパク質 初期候補 実験的検証 + インフォマティクス 1. 大量化合物の探索 2. 成功率向上

Ligases の 分類クラス下に階層構造として表 検索機能を持つ 公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより 当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度から ることができるほか タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド 文献を参照できる

LSKB Version 4.3.0 リリースノート このリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能 問題点の修正などが記 載されています [ 新機能 ] 1. トップ画面の "Gene & Proteins" に以下のメニューの追加あるいは改良 Browser (Metabolizing) EC Classification GPCR SARfari

研究成果報告書

様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

Microsoft Word - GCOEキャリアパス支援テクニカルセミナー090709web.doc

東京大学グローバル COE プログラム ゲノム情報に基づく先端医療の教育研究拠点 オーダーメイド医療の実現と感染症克服を目指して IMSUT & RCAST GCOE 特別セミナー < キャリアパス支援テクニカルセミナー > ゲノムデータ統合データベース利用演習 WEB サービス利用法講習会 開催のご案内 ( 医科研ヒトゲノム解析センター スーパーコンピュータ室主催 ) 日時 :7 月 9 日 (

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MOE 2018.01 トレーニングコース説明 MOE の基本操作... 1 タンパク質の基本操作... 1 抗体設計... 2 タンパク質設計... 2 LBDD と SAR 解析... 3 SBDD とリガンド設計... 3 ファーマコフォア... 3 FBDD... 4 ケモインフォマティクスと QSAR... 4 SVL 基礎... 4 アドバンスト SBDD... 5 X 線結晶構造解析者向けツール...

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レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

生命情報学

生命情報学 5 隠れマルコフモデル 阿久津達也 京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 内容 配列モチーフ 最尤推定 ベイズ推定 M 推定 隠れマルコフモデル HMM Verアルゴリズム EMアルゴリズム Baum-Welchアルゴリズム 前向きアルゴリズム 後向きアルゴリズム プロファイル HMM 配列モチーフ モチーフ発見 配列モチーフ : 同じ機能を持つ遺伝子配列などに見られる共通の文字列パターン

NL11

information September, 2007 1 2 Japanese Association for Molecular Target Therapy of Cancer News Letter No.11 September, 2007 3 2007 4 Japanese Association for Molecular Target Therapy of Cancer News Letter

untitled

コンピュータ応用・演習 情報処理システム

2010 年 12 月 15 日 データエンジニアリング 演習 情報処理システム データマイニング ~ データからの自動知識獲得手法 ~ 1. 演習の目的 (1) 多種多様な膨大な量のデータを解析し, 企業の経営活動などに活用することが望まれている. 大規模データベースを有効に活用する, データマイニング技術の研究が脚光を浴びている 1 1. 演習の目的 (2) POS データを用いて顧客の購買パターンを分析する.

次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析

次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン

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ChIP-seq

ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため

thermofisher.com mirVana miRNA mimics/inhibitors 検索マニュアル

thermofisher.com mirvana mirna mimics/inhibitors 検索マニュアル 2018 年 10 月版 The world leader in serving science mirna mimics/inhibitors 製品ラインナップ mirna mimics / inhibitors の製品ライナップ : Mimics : Gain-of-function

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

bioinfo ppt

IT バイオインフォマティクス第 8 回 BIO 藤博幸 Outline (1) 立体構造解析の背景 (2) 立体構造データベース PDB (3) 可視化ツール (4) 構造比較と構造分類 (5) 立体構造予測 (6) 立体構造を用いた分子機能解析 構造を比較することの意味 アミノ酸配列に比べ 立体構造は保存しやすい アミノ酸配列は類似していない つまり配列レベル の検索で検出できないような類似性

KASEAA 52(1) (2014)

解説 TRP チャネルがさまざまな 刺激に応答できる仕組み * 1 * 2 * * 48 1 1 1 1 49 図 2 哺乳類 TRP チャネルの構造 情報 A TRPA1 の電子顕微鏡単粒子解析 像, 図中破線部分は構造から予測した 細 胞 膜 の 界 面 の 位 置 を 示 す B TRPV1 のアンキリンリピート C TRPM7 の α-キナーゼドメイン D TRPM7 のコイルドコイルドメイン

データ科学2.pptx

データ科学 多重検定 2 mul%ple test False Discovery Rate 藤博幸 前回の復習 1 多くの検定を繰り返す時には 単純に個々の検定を繰り返すだけでは不十分 5% 有意水準ということは, 1000 回検定を繰り返すと, 50 回くらいは帰無仮説が正しいのに 間違って棄却されてすまうじちがあるということ ex) 1 万個の遺伝子について 正常細胞とガン細胞で それぞれの遺伝子の発現に差があるかどうかを検定

生物物理夏学・計算ハンズオン.docx

ハンズオンセミナー別添資料 タンパク質間ドッキングによる複合体構造予測 Protein Quaternary Structure Prediction with Protein-Protein Docking 大上雅史 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻秋山研究室博士課程 3 年 Masahito Ohue Depertment of Computer Science, Graduate

1 研究開発のねらい 糖鎖は 細胞表面のタンパク質や脂質に結合し 血液型の決定 細胞接着 抗原抗体反応 ウイルス感染などの生体反応で重要な役割を果たす生体分子である 糖鎖による多様な生物学的機能のうち 糖鎖結合タンパク質による糖鎖の特異的認識があり 糖鎖 - タンパク質間の相互作用の解析に糖鎖アレイ

ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合データ解析トライアル研究開発課題 タンパク質 - 糖鎖間の糖鎖結合部位の解明のためのツール改良及び解析 研究開発終了報告書 研究開発期間 : 平成 25 年 9 月 ~ 平成 26 年 1 月 研究代表者 : 細田正恵 ( 創価大学大学院工学研究科生命情報工学専攻 大学院生 ) - 1-2014 細田正恵 ( 創価大学大学院 )licensed under

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

5_motif 公開版.ppt

配列モチーフ 機能ドメイン 機能部位 機能的 構造的に重要な部位 は進化の過程で保存 される傾向がある 進化的に保存された ドメイン 配列モチーフ 機能ドメイン中の特徴的な 保存配列パターン マルチプルアライメント から抽出 配列モチーフの表現方法 パターン プロファイル 2 n n n n n n n n ENCODE n PROSITE パターンの例 n C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H.

の活性化が背景となるヒト悪性腫瘍の治療薬開発につながる 図4 研究である 研究内容 私たちは図3に示すようなyeast two hybrid 法を用いて AKT分子に結合する細胞内分子のスクリーニングを行った この結果 これまで機能の分からなかったプロトオンコジン TCL1がAKTと結合し多量体を形

AKT活性を抑制するペプチ ド阻害剤の開発 野口 昌幸 北海道大学遺伝子病制御研究所 教授 広村 信 北海道大学遺伝子病制御研究所 ポスドク 岡田 太 北海道大学遺伝子病制御研究所 助手 柳舘 拓也 株式会社ラボ 研究員 ナーゼAKTに結合するタンパク分子を検索し これまで機能の 分からなかったプロトオンコジンTCL1がAKTと結合し AKT の活性化を促す AKT活性補助因子 であることを見い出し

Microsoft PowerPoint - T07 豊田先生.pptx

命と環境のフェノーム統合データベース 統合化推進プログラム平成 24 年度進捗報告会 2013 年 1 21 ( ) ( 独 ) 理化学研究所豊 哲郎 桝屋啓志 1 フェノーム統合データベース 1 フェノタイプ情報からバイオリソースを検索できるようにする フェノタイプ ( 献 オントロジー ) 中間フェノタイプ (Linked Data) 3 推論検索ワークフロー 遺伝資源 ( バイオリソース )

論文の内容の要旨

1. 2. 3. 4. 5. 6. WASP-interacting protein(wip) CR16 7. 8..pdf Adobe Acrobat WINDOWS2000 論文の内容の要旨 論文題目 WASP-interacting protein(wip) ファミリー遺伝子 CR16 の機能解析 氏名坂西義史 序 WASP(Wiskott-Aldrich syndrome protein)

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サンプル条件および固定化分子の選択 Biacoreの実験ではセンサーチップに固定化する分子をリガンド それに対して結合を測定する分子をアナライトと呼びます いずれの分子をリガンドとし アナライトとするかは 実験系を構築する上で重要です 以下にサンプルに適したリガンド アナライトの設計方法やサンプルの必要条件などをご紹介します アナライト リガンド センサーチップ (1) タンパク質リガンドとしてもアナライトとしても用いることができます

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P 1. 2. R H C H, etc. R' n R' R C R'' R R H R R' R C C R R C R' R C R' R C C R 1-1 1-2 3. 1-3 1-4 4. 5. 1-5 5. 1-6 6. 10 1-7 7. 1-8 8. 2-1 2-2 2-3 9. 2-4 2-5 2-6 2-7 10. 2-8 10. 2-9 10. 2-10 10. 11. C

Structure クイックスタート このミニコースでは NCBI から提供されている Cn3D を用いてどのようにタンパク質の立体構造を可視化や注釈付けを行うか さらにはタンパク質内で保存されているドメインの確認の方法 同様のドメインを持っている他のタンパク質の探索方法 3D モデリングのテンプレートとなるタンパク質の見つけ方 BLAST では認識できないような非常に離れたホモログの検出方法について学びます

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広島市におけるノロウイルス GⅡ/4 のカプシド蛋白質 P2 ドメインの解析 (2006~2010 年 ) 阿部勝彦山本美和子 田中寛子橋本和久 藤井慶樹野田 * 衛 井澤麻由 2006 年 ~2010 年に検出された Norovirus(NoV)GⅡ/4のカプシド蛋白質をコードする ORF2 の P2 ドメインの遺伝子解析を行い, 分子モデルによる検討を行った 調査期間中の NoV GⅡ/4 は大きく

取扱説明書 ［F-05E］

F-05E 12.11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 a b 22 c d e 23 24 a o c d a b p q b o r s e f h i j k l m g f n a b c d e f g h 25 i j k l m n o p q r s a X b SD 26 27 28 X 29 a b c

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン 薬剤の標的分子別構成 核内受容体 2% DNA 2% ホルモン 成長因子 11% 酵素 28% イオンチャンネル 5% その他 7% 受容体 45% Drews J,Science 287,1960-1964(2000) G 蛋白質共役受容体 (GPCR)

中期目標期間の業務実績報告書

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------

全地連"次世代CALS"対応研究会　報告書

4. GIS アプリケーションソフト 4.1 入手可能なソフト GIS アプリケーションソフトは, 大きく 2 区分することができる 1) 汎用 GIS ソフト 2) 管理 支援ソフト汎用 GIS ソフトは, ある目的に対して拡張機能を利用して GIS システムを開発することができる 一方管理 支援ソフトは, ある1つの目的に対して開発されたソフトであり, ユーザーがデータを入力することによりすぐに使用できる反面拡張性が少ない

1. 背景血小板上の受容体 CLEC-2 と ある種のがん細胞の表面に発現するタンパク質 ポドプラニン やマムシ毒 ロドサイチン が結合すると 血小板が活性化され 血液が凝固します ( 図 1) ポドプラニンは O- 結合型糖鎖が結合した糖タンパク質であり CLEC-2 受容体との結合にはその糖鎖が

参考資料配布 2014 年 11 月 10 日 独立行政法人理化学研究所 国立大学法人東北大学 血小板上の受容体 CLEC-2 は糖鎖とペプチド鎖の両方を認識 - マムシ毒は糖鎖に依存せず受容体と結合 - 本研究成果のポイント レクチンは糖鎖とのみ結合する というこれまでの考え方を覆す CLEC-2 受容体は同じ領域でマムシ毒とがんに関わる糖タンパク質に結合 糖鎖を模倣したペプチド性薬剤の設計への応用に期待

PDB の 新 フォーマット 金城玲 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) 大阪大学蛋白質研究所 1

PDB の 新 フォーマット 金城玲 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) 大阪大学蛋白質研究所 1 概要 PDB の 新 フォーマットとは? PDBx/mmCIF なぜ 新 フォーマットに移行するのか? PDB format の限界 対応済みソフトウェア 自作のソフトはどうする? 2 新 フォーマットとは? 3 PDBx/mmCIF のことです! PDBx (PDB exchange dictionary)

Microsoft Word - 実習テキスト.doc

バイオインフォマティクス実習テキスト リンク集 http://www.cbrc.jp/~hirokawa/toyama.html 産総研生命情報工学研究センター 広川貴次 目次 1. 遺伝子配列 アミノ酸配列を取得する... 3 2. ホモロジー検索... 8 3.PCR のプライマーを設計する... 12 4. インターネットを利用したタンパク質立体構造予測... 15 5. 複数配列のアラインメント...

Microsoft Word - ランチョンプレゼンテーション詳細.doc

PS1-1-1 PS1-1-2 PS1-1-3 PS1-1-4 PS1-1-5 PS1-1-6 PS1-1-7 PS1-1-8 PS1-1-9 1 25 12:4514:18 25 12:4513:15 B PS1-1-10 PS1-2-1 PS1-2-2 PS1-2-3 PS1-2-4 PS1-2-5 PS1-2-6 25 13:1513:36 B PS1-2-7 PS1-3-1 PS1-3-2

yakugaku-kot.ppt

2009 Masaaki Kotera kot@kuicr.kyoto-u.ac.jp 2 I II / A () B1 () B2 B12 C () D A D () () () () DNA 5- http://www.genome.jp/kegg/pathway.html KEGG PATHWAY Database Xenobiotics biodegradation http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

計算機生命科学の基礎II_

Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/

目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足 RESP 電荷の割り当て 2017/10/01 Copy

Winmostar チュートリアルシミュレーションセルの作成 V8.000 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2017/10/01 目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足

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[ 博士論文概要 ] 平成 25 年度 金多賢 筑波大学大学院人間総合科学研究科 感性認知脳科学専攻 1. 背景と目的映像メディアは, 情報伝達における効果的なメディアの一つでありながら, 容易に感情喚起が可能な媒体である. 誰でも簡単に映像を配信できるメディア社会への変化にともない, 見る人の状態が配慮されていない映像が氾濫することで見る人の不快な感情を生起させる問題が生じている. したがって,

< 提供を開始するソリューション例 > Scorpion Scorpion は DesertSci 社がスイス Roche 社との共同研究に基づいて開発したものです Scorpion で用いられるネットワーク モデルは 分子間相互作用をネットワークとして記述し タンパク質 リガンド相互作用が周りの環

各位 News Release 平成 24 年 4 月 18 日 インフォコム株式会社東京都渋谷区神宮前 2-34-17 (JASDAQ コード番号 :4348) インフォコム ヘルスケア事業領域の展開を加速 ~ 創薬研究 開発者向けにタンパク質 リガンド複合体解析ツールの販売を開始 ~ ヘルスケア事業のライフサイエンス領域 において創薬研究を支援する IT ソリューション / サービスを提供するインフォコム株式会社は

2008 年度下期未踏 IT 人材発掘 育成事業採択案件評価書 1. 担当 PM 田中二郎 PM ( 筑波大学大学院システム情報工学研究科教授 ) 2. 採択者氏名チーフクリエータ : 矢口裕明 ( 東京大学大学院情報理工学系研究科創造情報学専攻博士課程三年次学生 ) コクリエータ : なし 3.

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第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2.2. タンパク質立体構造解析ツールの利用 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - タンパク質の機能を理解するためにはタンパク質の立体構造を正しく理解する必要がある. タンパク質の立体構造は主に X 線結晶構造解析により決定されている. 決定された構造情報はタンパク質データバンク

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DNA 87 ( ) Nucleic Acids ResearchDB RNA 29 94 58 29 18 43 153 : 511 Bio DB Catalog (DBCAT) http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/ 2 GenBank MB SRS) DAS) 3 4 5 A A A 6 OGSA-DAI 7 9 DB Medical Encyclopedia

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ICT IoT やビッグデータ時代の ケモメトリックス / 人工知能を知って 新たなチャレンジを 株式会社インシリコデータ 湯田浩太郎 http://www.insilicodata.com 時代の新しい三大潮流 ICT : Information and Communication Technology ( 情報通信技術 ) 情報技術に通信コミュニケーションの重要性を加味した言葉 IoT : Internet

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大規模災害時における、DNSサービスの継続性確保のために

報道関係者各位 2017 年 10 月 31 日発表 株式会社日本レジストリサービス (JPRS) 大規模災害時におけるの継続性確保のために - 電力系通信事業者 8 社との共同研究の背景と成果 - 株式会社日本レジストリサービス ( 以下 JPRS 本社: 東京都千代田区 代表取締役社長 : 東田幸樹 ) と電力系通信事業者 8 社 1 は 2016 年 2 月より大規模災害時のサービスの継続提供に関する共同研究を実施してきました

[ 演習 3-6AA] ウェブページの検索結果の表示順序 ( 重要 ) 10D H 坂田侑亮 10D F 岩附彰人 10D D 財津宏明 1.1 ページランクとは ページランクとは グーグルが開発した検索エンジンのウェブページの重要度を判定する技術である サーチエ

1.1 ページランクとは ページランクとは グーグルが開発した検索エンジンのウェブページの重要度を判定する技術である サーチエンジンは質の高いウェブページをどれだけ上位に並べられるかということが重要です 従来の検索エンジンでは検索された単語とそのページの関連性を元に評価をしていましたが ここに どれだけ注目されているか という指標を盛り込んだことが特筆すべきポイントです 具体的には 質の良い ( ページランクの高い

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KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

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NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

ナノの技術をバイオに応用

本日まで お試し期間 なので 出席は取りません 現代生物学概論 2 遺伝子 ( プログラム ) と蛋白質 ( ナノマシン ) 先進理工学科 化学生物学研究室 准教授 生体機能システムコース 瀧真清 1 本日の概要 : 蛋白質生合成の全スキーム D から蛋白質への情報の流れ アミノ酸から蛋白質への物質の流れ 転写 D 本日は詳細は省略 アミノアシル tr 合成酵素 (RS) 翻訳 mr コドンーアンチコドンの対合

バイオインフォマティクスⅠ

バイオインフォマティクス ( 第 5 回 ) 慶應義塾大学生命情報学科 榊原康文 多重アライメントの解 0 2 3 4 5 6 7 j Q T S Y T R Y Q T - Y T R K 0 0-9 -20-44 -52-63 -72-90 Q -6 2 0-6 -4-25 -34-52 2 S -32 5 30 4 6-5 -4-32 3 Y -48-4 2 38 27 8 0 4 P -64-27

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Molecular Targeted Therapy for Lung Cancer from a Pharmaceutical Point of Viewe Naho SASAKI epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor :EGFR-TKI vascular endothelial growth factor:vegf

核内受容体遺伝子の分子生物学

核内受容体遺伝子の分子生物学 佐賀大学農学部 助教授和田康彦 本講義のねらい 核内受容体を例として脊椎動物における分子生物学的な思考方法を体得する 核内受容体遺伝子を例として脊椎動物における遺伝子解析手法を概観する 脊椎動物における核内受容体遺伝子の役割について理解する ヒトや家畜における核内受容体遺伝子研究の応用について理解する セントラルドグマ ゲノム DNA から相補的な m RNA( メッセンシ

Microsoft PowerPoint - Ion Reporter?ソフトウェアを用いた変異解析4.6.pptx

Ion Reporter ソフトウェアデモンストレーション Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を用いたがん部および非がん部の体細胞変異比較解析 1 Ion Torrent システムを用いた実験例 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を 2 サンプル実施 ランレポート ランレポート サンプル 1 サンプル 2 2

040402．ユニットテスト

2. ユニットテスト ユニットテスト ( 単体テスト ) ユニットテストとはユニットテストはプログラムの最小単位であるモジュールの品質をテストすることであり その目的は結合テスト前にモジュール内のエラーを発見することである テストは機能テストと構造テストの2つの観点から行う モジュールはプログラムを構成する要素であるから 単体では動作しない ドライバとスタブというテスト支援ツールを使用してテストを行う

スライド 1

P.1 NUMO の確率論的評価手法の開発 原子力学会バックエンド部会第 30 回 バックエンド 夏期セミナー 2014 年 8 月 7 日 ( 木 ) ビッグパレットふくしま 原子力発電環境整備機構技術部後藤淳一 確率論的アプローチの検討の背景 P.2 プレート運動の安定性を前提に, 過去 ~ 現在の自然現象の変動傾向を将来に外挿し, 地層の著しい変動を回避 ( 決定論的アプローチ ) 回避してもなお残る不確実性が存在

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

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ネットショップ・オーナー２ ユーザーマニュアル

1 1-1 1-2 1-3 1-4 1 1-5 2 2-1 A C 2-2 A 2 C D E F G H I 2-3 2-4 2 C D E E A 3 3-1 A 3 A A 3 3 3 3-2 3-3 3-4 3 C 4 4-1 A A 4 B B C D C D E F G 4 H I J K L 4-2 4 C D E B D C A C B D 4 E F B E C 4-3 4

/9/ ) 1) 1 2 2) 4) ) ) 2x + y 42x + y + 1) 4) : 6 = x 5) : x 2) x ) x 2 8x + 10 = 0

1. 2018/9/ ) 1) 8 9) 2) 6 14) + 14 ) 1 4 8a 8b) 2 a + b) 4) 2 : 7 = x 8) : x ) x ) + 1 2 ) + 2 6) x + 1)x + ) 15 2. 2018/9/ ) 1) 1 2 2) 4) 2 + 6 5) ) 2x + y 42x + y + 1) 4) : 6 = x 5) : x 2) x 2 15 12

EPSON エプソンプリンタ共通 取扱説明書 ネットワーク編

K L N K N N N N N N N N N N N N L A B C N N N A AB B C L D N N N N N L N N N A L B N N A B C N L N N N N L N A B C D N N A L N A L B C D N L N A L N B C N N D E F N K G H N A B C A L N N N N D D

ありがとうございました

- 1 - - 2 - - 3 - - 4 - - 5 - 1 2 AB C A B C - 6 - - 7 - - 8 - 10 1 3 1 10 400 8 9-9 - 2600 1 119 26.44 63 50 15 325.37 131.99 457.36-10 - 5 977 1688 1805 200 7 80-11 - - 12 - - 13 - - 14 - 2-1 - 15 -

EPSON エプソンプリンタ共通 取扱説明書 ネットワーク編

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公務員人件費のシミュレーション分析

47 50 (a) (b) (c) (7) 11 10 2018 20 2028 16 17 18 19 20 21 22 20 90.1 9.9 20 87.2 12.8 2018 10 17 6.916.0 7.87.4 40.511.6 23 0.0% 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2.0% 4.0% 6.0% 8.0%

Q1 Q2 Q3 Q4 Q1 Q2 Q3 Q4 A B (A/B) 1 1,185 17,801 6.66% 2 943 26,598 3.55% 3 3,779 112,231 3.37% 4 8,174 246,350 3.32% 5 671 22,775 2.95% 6 2,606 89,705 2.91% 7 738 25,700 2.87% 8 1,134

橡hashik-f.PDF

1 1 1 11 12 13 2 2 21 22 3 3 3 4 4 8 22 10 23 10 11 11 24 12 12 13 25 14 15 16 18 19 20 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 144 142 140 140 29.7 70.0 0.7 22.1 16.4 13.6 9.3 5.0 2.9 0.0

198

197 198 199 200 201 202 A B C D E F G H I J K L 203 204 205 A B 206 A B C D E F 207 208 209 210 211 212 213 214 215 A B 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 A B C D 230 231 232 233 A

1

1 2 3 4 5 (2,433 ) 4,026 2710 243.3 2728 402.6 6 402.6 402.6 243.3 7 8 20.5 11.5 1.51 0.50.5 1.5 9 10 11 12 13 100 99 4 97 14 A AB A 12 14.615/100 1.096/1000 B B 1.096/1000 300 A1.5 B1.25 24 4,182,500

新婚世帯家賃あらまし

05[ ]戸田(責)村.indd

147 2 62 4 3.2.1.16 3.2.1.17 148 63 1 3.2.1.F 3.2.1.H 3.1.1.77 1.5.13 1 3.1.1.05 2 3 4 3.2.1.20 3.2.1.22 3.2.1.24 3.2.1.D 3.2.1.E 3.2.1.18 3.2.1.19 2 149 3.2.1.23 3.2.1.G 3.1.1.77 3.2.1.16 570 565 1 2

生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS

生物物理 45(1),41-44(2005) 立体構造比較サーバ MATRAS の使い方 1. はじめに 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科川端猛 あるタンパク質と似ている他のタンパク質を探したいとき, まず最初に試みるべきはアミノ酸配列の相同性検索であろう. しかし, 同じファミリーのタンパク質の中でも, アミノ酸配列の一致度が低くなってくると, 配列の類似性だけで議論するのには限界が出てくる.

PowerPoint プレゼンテーション

機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

Biotinylated Kinases BTNABL(ABL1) Tyrosineprotein kinase ABL1 Biotinylated N 2 Nterminal DYKDDDDK カルタヘナ 80 BTNACTR2B(ACVR2B) Activin r

2. ビオチン化キナーゼタンパク質 Biotinylated Kinases 表面プラズモン共鳴 (SPR) やバイオレイヤー干渉法 (BLI) といった物質間の相互作用を評価する系 ( 解析機器 ) でご利用いただけるビオチン化キナーゼタンパク質を販売しております これらの解析機器で低分子化合物の創薬研究 開発を行なう際 リガンドとする標的分子蛋白質を活性 構造を保持したままセンサー表面に固定化

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12 回パターン検出と画像特徴 テンプレートマッチング 領域分割 画像特徴 テンプレート マッチング 1 テンプレートマッチング ( 図形 画像などの ) 型照合 Template Matching テンプレートと呼ばれる小さな一部の画像領域と同じパターンが画像全体の中に存在するかどうかを調べる方法 画像内にある対象物体の位置検出 物体数のカウント 物体移動の検出などに使われる テンプレートマッチングの計算

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- ピタゴラス数の代数と幾何学 津山工業高等専門学校 菅原孝慈 ( 情報工学科 年 ) 野山由貴 ( 情報工学科 年 ) 草地弘幸 ( 電子制御工学科 年 ) もくじ * 第 章ピタゴラス数の幾何学 * 第 章ピタゴラス数の代数学 * 第 3 章代数的極小元の幾何学の考察 * 第 章ピタゴラス数の幾何学的研究の動機 交点に注目すると, つの曲線が直交しているようにみえる. これらは本当に直交しているのだろうか.

参考１ 第２回自動車ワーキンググループ議事録（未定稿）

19 9 25 15 30 17 30 10 1012 2 WG 9 10 1 WG 1 CO2 CO2 CO2 WG 1 CO2 CO2 CO2 1/2 1/2 CO2 2 2 CO2 2 WG CO2 1 2 3 7 3 3 3 WG CO CO 10 1.5 50 50 2 1 1 CO 2 CO 4 CO CO 2 2 p.4 7 7 1 7 1 1 5 p.7 2 1 1 1.5 2 1

PowerPoint プレゼンテーション

酵素 : タンパク質の触媒 タンパク質 Protein 酵素 Enzyme 触媒 Catalyst 触媒 Cataylst: 特定の化学反応の反応速度を速める物質 自身は反応の前後で変化しない 酵素 Enzyme: タンパク質の触媒 触媒作用を持つタンパク質 第 3 回 : タンパク質はアミノ酸からなるポリペプチドである 第 4 回 : タンパク質は様々な立体構造を持つ 第 5 回 : タンパク質の立体構造と酵素活性の関係

Taro13-第６章（まとめ）.PDF

% % % % % % % % 31 NO 1 52,422 10,431 19.9 10,431 19.9 1,380 2.6 1,039 2.0 33,859 64.6 5,713 10.9 2 8,292 1,591 19.2 1,591 19.2 1,827 22.0 1,782 21.5 1,431 17.3 1,661 20.0 3 1,948 1,541 79.1 1,541 79.1

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

人芯経営論 ･･･リーダーシップ考②

2009/12/15 2009/11/17 2009/11/16 2009/10/19 2009/10/15 2009/10/1 2009/9/17 2009/9/1 2009/8/17 2009/8/17 2009/8/14 2009/8/12 2009/7/28 2009/7/17 2009/7/15 2009/6/24 2009/6/18 2009/6/15 2009/5/20 2009/5/15

平成１３年度 地域工業活性化支援事業報告書（多摩全域）

はたらく若者ハンドブック

本文／扉１

プログラム