Microsoft Word - 基礎編＜２０＞siRNA設計.doc
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- みいか みょうだに
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1 DNASIS Pro ワンペーパーマニュアルシリーズ ー 基 礎 編 <20>siRNA 設 計 - DNASIS Pro では 任 意 のシーケンスから お 客 様 自 身 の 手 によって 簡 単 に 特 異 性 の 高 い sirna 設 計 を 行 うことができ 今 回 は Local Blast と Internet Blast の 両 方 を 使 う 方 法 について ご 紹 介 し 本 マニュアルでは お 客 様 の PC に DNASIS ProV2.7 トライアル 版 がインストールされ ファ イルが 読 み 込 めることと インターネットに 接 続 できることを 前 提 としてご 説 明 しており ワンペーパーマニュアルシリーズ 入 門 編 <0>と<1>と<5>をご 参 照 下 さい 1.Local Blast 検 索 用 データベースの 構 築 sirna 設 計 機 能 では sirna ターゲット 領 域 の 特 異 性 を 高 めるため Blast 検 索 機 能 を 使 用 し この 際 に Local Blast を 実 行 するためには あら かじめ Blast 検 索 の 対 象 とするデータベースを 構 築 する 必 要 があり 今 回 は NCBI Reference Sequences(RefSeq)の Homo sapiens RNA のデータベースを 作 成 し 1お 手 持 ちのインターネット ブラウザを 開 い て 下 さい 本 マニュアルでは Internet Explorer を 利 用 しま す 2NCBI の RefSeq の FTP サイトにアクセスし て 下 さい ( 図 1) FTP サイト: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/ Homo sapiens(h_sapiens)の RNA のディレク トリ( 図 1)に 移 動 し rna.fa.gz というファイル 名 をクリックし 3 rna.fa.gz ファイルをダウンロードし PC の 適 当 なディレクトリに 保 存 し 4ダウンロードしたファイルを 解 凍 ソフトで 解 凍 し ファイルは gz 形 式 で 圧 縮 されていますので 解 凍 には 解 凍 レンジ ( html)や Lhaplus ( html)などをご 利 用 下 さい 5DNASIS Pro を 起 動 し 解 析 ボタンビューの 下 から2 番 目 データベース タブを 開 いて 下 さ い 図 2に 示 す 解 析 ボタンが 含 まれてい 図 2 解 析 ボタンビューの データベース タブ 上 から3 番 目 に シーケンス データベース ボタンがあり 図 1 NCBI の RefSeq の FTP サイト ヒトの 場 合 : ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/h_sapiens/h_sapie ns/rna/ 6 上 から3 番 目 にある シーケンスデータベー ス ボタンを 押 して 下 さい 図 3に 示 すダイアロ グが 表 示 され
2 10 OK ボタンを 押 して 下 さい Sequence Database Manager ダイアログに human_rna が 追 加 されていれば 成 功 です 図 3 Sequence Database Manager ダイアログ DNASIS Pro 内 にある 配 列 データベースを 管 理 するダイアログです 7 右 上 の New ボタンを 押 して 下 さい 8 表 示 されたダイアログの In-house タブを 選 択 して 下 さい 図 4のようになり 図 6 リストに human_rna が 追 加 11 OK ボタンを 押 して Sequence Database Manager ダイアログを 閉 じて 下 さい 12 登 録 したデータベースを Local Blast 検 索 用 に 変 換 し 解 析 ボタンビューの 下 から2 番 目 データベース タブを 開 いて 下 さい 図 7に 示 す 解 析 ボタンが 含 まれてい 図 7 解 析 ボタンビューの データベース タブ 図 4 New Database ダイアログ In-house タブを 表 示 した 状 態 9 Name に human_rna と 入 力 し Data Source は fasta file(nucleotide)を 選 択 し 右 の ボタンを 押 して 先 ほど 解 凍 した rna.fa ファイルを 指 定 し 上 から4 番 目 に Blast 検 索 専 用 データベース ボタンが あり 13 上 から4 番 目 にある Blast 検 索 専 用 データ ベース ボタンを 押 して 下 さい 図 8に 示 すダイ アログが 表 示 され 図 5 New Database ダイアログ rna.fa ファイルを 指 定 した 状 態 図 8 Blast Database Manager ダイアログ
3 14 右 上 の New ボタンを 押 して 下 さい 15Select Sequence Database ダイアログ( 図 9)が 開 くので 先 ほど 登 録 した human_rna データベースを 選 択 し 18 Close ボタンを 押 して Blast Database Manager ダイアログを 閉 じて 下 さい 以 上 で Local Blast 検 索 用 データベースの 構 築 は 完 了 です 他 の 生 物 種 のシーケンスに 対 して Local Blast 検 索 を 行 いたい 場 合 は 対 象 となる 配 列 ファイルをダウンロードし 上 記 の 1~18の 手 順 を 繰 り 返 して 下 さい 図 9 Select Sequence Database ダイアログ 2.siRNA 設 計 19DNASIS Pro を 起 動 し Tutorial Data ディレ クトリから Tutorial4.fsa ファイルを 開 いて 下 さ い 図 12に 示 す 表 示 となり 16 右 下 の Make ボタンを 押 して 下 さい Blast Database Manager ダイアログ( 図 10)に human_rna が 追 加 されてい 図 12 DNASISPro メイン 画 面 DNA 配 列 データを 読 み 込 んだ 状 態 図 10 Blast Database Manager ダイアログ リストに human_rna が 追 加 された 状 態 17 右 の Update ボタンを 押 して 下 さい Blast Database Manager ダイアログの human_rna の Status が Empty から Updated に 更 新 されていれば 成 功 です 20 解 析 ボタンビューの 1 番 下 の DNA- 検 索 タブを 開 いて 下 さい 図 13に 示 す 解 析 ボタン が 含 まれてい 図 13 解 析 ボタンビュー の DNA- 検 索 タブ 1 番 下 に sirna 設 計 ボ タンがあり 図 11 human_rna の Status が Updated に 更 新
4 21 sirna 設 計 のボタンを 押 して 下 さい 図 14のようなダイアログが 表 示 され 今 回 は Local Blast 検 索 を 実 行 するため Use the Local Blast を 選 択 し 24 Use the Local Blast の 右 の Setting ボ タンを 押 して 下 さい 図 16に 示 すダイアログ ボックスが 表 示 され 図 14 Analysis ダイアログ 22 Parameter ボタンを 押 して 下 さい 図 15に 示 すダイアログボックスが 表 示 され パラメータ 設 定 領 域 図 16 Blast Parameters ダイアログ 25 Nucleotide Database で17で 作 成 した human_rna を 選 択 して 下 さい 26 設 定 が 終 了 しましたら OK ボタンを 押 し て Blast Parameters ダイアログを 閉 じて 下 さ い 設 定 を 破 棄 する 場 合 は Cancel ボタンを 押 して 下 さい 1つ 前 の Analysis ダイアログに 戻 り 23 Blast 検 索 設 定 領 域 図 15 sirna Design Parameter ダイアログ パラメータ 設 定 領 域 の Pick up top results チェックボックスをオンにし 取 得 したい 配 列 数 に10を 入 力 しまた Pick up all results with same score のチェッ クボックスをオフにし さらに Blast 検 索 設 定 領 域 の Blast Search(Optional) チェックボックスをオンにし の Analysis ダイアログで Execute ボ タンを 押 して 下 さい 解 析 が 実 行 され 結 果 が 図 17のように 別 ウィンドウで 表 示 され 解 析 に 利 用 する 配 列 の 長 さや 設 定 したパラメ ータによって 解 析 に 非 常 に 時 間 がかかるこ とがあり 27 21
5 図 17 sirna Design Results Viewer sirna Design Results Viewer は 4 つのフィー ルドに 分 かれており 上 からコメントビュー マ ップビュー グラフビュー リストビューと 呼 び コメントビューには 解 析 に 利 用 した 配 列 の 名 前 やヒットした sirna 数 が 表 示 され マップビューには 解 析 に 利 用 した 配 列 に 対 する 得 られた sirna のターゲット 領 域 の 位 置 が 表 示 され グラフビューには sirna ターゲット 領 域 の GC%および Tm 値 がグラフで 表 示 され リストビューには 得 られた sirna 設 計 結 果 が リストで 表 示 されBlast 検 索 を 実 行 した 場 合 は sirna ターゲット 領 域 の Blast 検 索 結 果 がリストの 右 側 に 表 示 され sirna Design Results Viewer のツールバーよ り View メニューから Show Blast Search Result を 選 択 すると リストビューで 選 択 され ている 全 ての sirna ターゲット 領 域 の Blast 検 索 結 果 が Homology Search Results Viewer で 表 示 され 3.siRNA 設 計 結 果 のエクスポート 注 意 :Trial 版 では 結 果 のエクスポートは 行 えません 28 sirna 設 計 の 結 果 は tab 区 切 りの text 形 式 のファイルでエクスポートすることができ sirna Design Results Viewer のツールバーよ り File メニューから Export list を 選 択 し すると 名 前 をつけて 保 存 ウィンドウが 開 き sirna 設 計 結 果 をエクスポートすることができ
6 ここまでは Local Blast を 用 いた sirna 設 計 の 方 法 を 紹 介 しましたが Local Blast 検 索 用 デ ータベースを 構 築 せず Internet Blast を 使 用 して sirna 設 計 を 行 うことも 可 能 です ただし 回 線 の 状 況 や 解 析 に 利 用 する 配 列 の 長 さに よって 解 析 に 非 常 に 時 間 がかかることがあり このマニュアルについてご 不 明 の 点 やご 要 望 に つきましては 下 記 までご 連 絡 下 さい 株 式 会 社 日 立 ソリューションズ ライフサイエンス 本 部 パラメータ 設 定 の 手 順 は[2.siRNA 設 計 ]19~ 23 をご 覧 下 さい Copyright(C)2010 Hitachi Solutions, Ltd. All Right Reserved. Ver.02-B20-00 手 順 23 において sirna Design Parameter 領 域 の 設 定 後 Blast 検 索 設 定 領 域 の Blast Search(Optional) チェックボックスをオンにし Use the Internet Blast を 選 択 し 図 18 sirna Design Results Viewer 設 定 が 終 了 しましたら OK ボタンを 押 して Blast Parameters ダイアログを 閉 じて 下 さい 解 析 実 行 手 順 は[2.siRNA 設 計 ] 26 ~ 27 をご 覧 下 さい
![siRNA 設 計 ]19~ 23 をご 覧 下 さい Copyright(C)2010 Hitachi Solutions, Ltd. All Right Reserved. Ver.](/docs-images/58/20057212/images/page_6.jpg "02-B20-00 手 順 23 において sirna Design Parameter 領 域 の 設 定 後 Blast 検 索 設 定 領 域 の Blast Search(Optional) チェックボックスをオンにし Use the Internet Blast を 選 択 し 図 18 sirna Design Results Viewer")
4.5. < 参 加 表 明 書 を 提 出 する> 調 達 案 件 一 覧 の 表 示 対 象 となる 案 件 を 検 索 し 調 達 案 件 一 覧 に 表 示 させます 参 加 したい 案 件 の 調 達 案 件 名 称 行 - 入 札 参 加 資 格 確 認 申 請 / 技 術 資 料 /
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目 次 1 環 境 確 認...2 2 目 的...2 3 必 要 な 物...2 4 データ 移 行 の 流 れ...2 5 移 行 準 備...3 5.1 圧 縮 解 凍 ソフトのダウンロードとインストール...3 5.2 作 業 フォルダの 作 成 とファイル 変 換 ツールのダウンロード..
GraceMail から Gmail へのアップロード 手 順 書 (メール 編 ) 2013 年 11 月 18 日 第 1 版 目 次 1 環 境 確 認...2 2 目 的...2 3 必 要 な 物...2 4 データ 移 行 の 流 れ...2 5 移 行 準 備...3 5.1 圧 縮 解 凍 ソフトのダウンロードとインストール...3 5.2 作 業 フォルダの 作 成 とファイル 変
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PowerPoint プレゼンテーション
1 履 修 履 歴 データベースの 仕 組 み 学 生 が 履 修 履 歴 を 登 録 して 企 業 へデータを 送 信 すると 企 業 担 当 者 が 履 修 履 歴 データを 見 られるようになります 不 特 定 の 企 業 に 履 修 履 歴 データが 閲 覧 されるわけではありません < 基 本 的 な 流 れ> A 社 データ ベース 応 募 企 業 へ データを 送 信 学 生 A 専
「１ 所得税及び復興特別所得税の確定申告書データをお持ちの方」からの更正の請求書・修正申告書作成編
既 に 提 出 した 所 得 税 及 び 復 興 特 別 所 得 税 の 確 定 申 告 の 申 告 額 に 誤 り があった 場 合 で 納 める 税 金 が 多 すぎた 場 合 や 還 付 される 税 金 が 少 なす ぎた 場 合 に 提 出 する 更 正 の 請 求 書 や 申 告 をした 税 額 等 が 実 際 より 少 な すぎた 場 合 や 還 付 される 税 金 が 多 すぎた 場
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<4D6963726F736F667420576F7264202D20819C8140928692B78AFA95DB91538C7689E68DEC90AC289
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WaWaOfficeシリーズ バージョン8.2リビジョンアップ 2013 年 6 月 18 日 リリース 予 定 株 式 会 社 アイアットOEC ローカル 機 能 の 改 善 プレビュー 表 追 加 の 覧 表 にプレビュー 表 を 設 定 可 能 にしました 1 表 2 表 1 +プレビュー 表 から 選 択 設 定 法 個 設 定 個 設 定 基 本 設 定 PC 専 パラメータの 覧 表 時
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健康食品データベース入力操作説明書
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TIPS - 棚 割 りを 開 始 するまで Liteを 起 動 し 企 業 情 報 の 追 加 を 行 い 棚 割 を 行 う 企 業 の 追 加 をして 下 さい 企 業 情 報 の 追 加 時 に エラーメッセージが 表 示 された 場 合 別 途 TIPS トラブルが 発 生 した 場 合
TIPS 目 次 TIPS 項 目 棚 割 りを 開 始 するまで 商 品 画 像 の 追 加 方 法 商 品 情 報 の 一 括 更 新 登 録 方 法 棚 割 情 報 の 連 携 方 法 小 売 様 棚 割 ソフトとの 棚 割 情 報 連 携 について 他 棚 割 ソフトとの 棚 割 情 報 連 携 について 棚 割 情 報 のExcel 取 込 について 棚 板 設 定 の 詳 細 商 品 設
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クライアント 管 理 マニュアル 2009.04.30 2009.05.25 2009.06.02 2010.06.22 2011.03.25 2011.11.10 2013.01.15 fancrew 管 理 マニュアル 1 ログインする ( 1 ) 管 理 ページ( 以 下 のURL)にログインしてください http://newadmin.fancrew.jp/managers/login/ (
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１-１ 一覧画面からの印刷
第 7 章 公 報 の 印 刷 7-1 一 覧 画 面 からの 印 刷 検 索 された 公 報 は 印 刷 することができます 目 次 印 刷 や 公 報 全 文 複 数 件 の 公 報 印 刷 も 可 能 です はじめに 検 索 画 面 から 結 果 一 覧 ボタンを 押 して 検 索 結 果 一 覧 画 面 を 表 示 させます 印 刷 方 法 をご 確 認 ください 一 括 選 択 ( 反 転
7.4.2 お 知 らせ 利 用 者 機 能 利 用 者 TOP 画 面 バックナンバータブ を バックナンバー 検 索 画 面 お 知 らせタブを お 知 らせタブを 検 索 ボタンを バックナンバータブ を バックナンバー 検 索 結 果 画 面 7.4.3 お 知 らせ 利 用 者 機 能 (
7.4 画 面 遷 移 図 (Web 画 面 ) 7.4.1 お 知 らせ 管 理 機 能 TOP お 知 らせ 一 覧 画 面 (1.8) 参 照 人 数 を お 知 らせリストタブ を 参 照 人 数 画 面 (1.8) 削 除 ボタンを 新 規 作 成 ボタンを お 知 らせリストタブ を 新 規 作 成 画 面 (1.7) 修 正 ボタンを お 知 らせリストタブ を 編 集 画 面 (1.9)
研究者情報データベース
研 究 者 情 報 管 理 システム 研 究 者 向 けデータ 一 括 登 録 機 能 操 作 マニュアル 2013 年 6 月 4 日 目 次 1. はじめに... 1 1.1 本 マニュアルの 注 意 事 項... 1 2. 操 作 手 順... 2 2.1 データ 登 録 手 順... 2 2.2 データ 読 み 込 みエラー 時 の 対 応 手 順... 13 3. 登 録 データ 一 覧...
eol 操 作 マニュアル 目 次 基 本 機 能 トップページとナビゲーション 構 成 基 本 機 能 タブメニュー と プルダウンメニュー について 基 本 機 能 ダイレクト 企 業 検 索 について 企 業 検 索 企 業 基 本 情 報 企 業 情 報 の 閲 覧 ダウンロード 有 報 メ
0 年 月 Z 操 作 マニュアル 株 式 会 社 プロネクサス eol 操 作 マニュアル 目 次 基 本 機 能 トップページとナビゲーション 構 成 基 本 機 能 タブメニュー と プルダウンメニュー について 基 本 機 能 ダイレクト 企 業 検 索 について 企 業 検 索 企 業 基 本 情 報 企 業 情 報 の 閲 覧 ダウンロード 有 報 メニュー( 有 価 証 券 報 告 書
文書管理
目 次. の 利 用 シーン (P P). の 画 面 構 成 / 文 書 を 閲 覧 する (P). フォルダを 作 成 する (P4) 4. フォルダにアクセス 権 を 設 定 する (P5) 5. 文 書 を 登 録 する (P6) 6. フォルダを 変 更 削 除 する (P7) 7. フォルダ 文 書 を 移 動 する (P8) 8. 文 書 を 変 更 削 除 ( 更 新 )する (P9)
ご 利 用 の 前 に 手 順 初 回 ご 利 用 時 に 必 ずご 確 認 ください ご 利 用 の 前 に (ご 利 用 環 境 の 確 認 ) P アクセス 方 法 (IMAGE WORKSサイトへアクセス) P 初 期 設 定 (JREのインストール) P
大 容 量 ファイル 共 有 送 受 信 サービス 簡 易 操 作 マニュアル - スタンダードモード 用 - ご 利 用 の 前 に ご 利 用 前 に 必 ずご 確 認 ください 手 順 ご 利 用 の 前 に (ご 利 用 環 境 の 確 認 ) P アクセス 方 法 (IMAGE WORKSサイトへアクセス) P 初 期 設 定 (JREのインストール) P 基 本 操 作 ( 各 種 操
UCV ウェブメール利用マニュアル
UCVNET 株 式 会 社 上 田 ケーブルビジョン Ver. 1.30 内 容 ウェブメールを 開 く 閉 じる... 2 1. ログイン(ウェブメールを 使 用 できる 状 態 にする)... 2 1.1. ログイン 画 面 の 表 示... 2 1.2. ログイン 画 面 にメールアドレスとパスワードを 入 力 する... 6 2. ログアウト(ウェブメールを 終 了 する)... 8 2.1.
Microsoft Word - 第3章.doc
第 3 章 グラフの 作 成 この 章 では 表 のデータを 基 にグラフを 作 成 する 方 法 グラフの 移 動 やサイズの 変 更 方 法 グラフの 種 類 の 変 更 方 法 など グラフ 機 能 を 中 心 に 学 習 します グラフは 作 成 したデータを 視 覚 的 にわかりやすく 表 現 し データ 全 体 の 傾 向 を 把 握 するのに 役 立 ちます STEP 1:グラフの 作
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クライアント 接 続 設 定 Windows7 用 グループ 経 営 管 理 システム 2010/11/19 版 はじめに 本 書 は SUPER COMPACT Pathfinder DFS のご 利 用 に 際 して クライアント 端 末 の 設 定 方 法 について 説 明 して います なお 本 書 内 で 使 用 している 図 は 標 準 的 な 設 定 によって 表 示 されるものを 使
確 定 申 告 書 作 成 システム 操 作 手 順 書 ~ 個 人 利 用 者 向 け 操 作 説 明 書 ~ 平 成 27 年 1 月 JA 長 野 県 営 農 センター ( 株 ) 長 野 県 協 同 電 算 目 次 1.システムの 起 動... 1 ... 1 ... 2 2.ログインとログアウト... 2 ... 3 ...
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迷 惑 メールフィルタリングサービス コントロールパネル 利 用 者 マニュアル( 一 般 ユーザ 向 け) 第 1.6 版 目 次 1. 本 マニュアルについて... 1 2. はじめに... 1 3. 使 用 方 法... 2 3.1. ご 使 用 の 前 に... 2 3.2. ログイン / ログアウト 操 作... 2 3.2.1. ログイン 操 作... 2 3.2.2. ログアウト 操
請 求 データを 作 成 しましょう 操 作 手 順 1 トップページ 画 面 で [ 口 座 振 替 請 求 ]をクリックして 口 座 振 替 請 求 サービスのメインメニュー 画 面 を 表 示 し [ 請 求 データ 作 成 ]をクリックします 請 求 データは 最 大 10 個 作 成 する
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請 求 データの 作 成 グループマスタ 登 録 で 登 録 したグループ 情 報 を 参 照 して 請 求 データのひな 形 を 作 成 し 請 求 資 金 入 金 口 座 請 求 金 額 請 求 日 を 入 力 して 今 回 の 請 求 用 の 請 求 データを 作 成 します 請 求 資 金 入 金 口 座 請 求 日 請 求 金 額 新 規 コード( 通 常 新 規 口 座 変 更 ) 貴
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新 ユーザー 専 用 ページ 機 能 詳 細 マニュアル 平 成 25 年 2 月 6 日 ( 木 ) 以 降 にご 確 認 ください 1/24 目 次 ユーザー 専 用 ページ... 3 メールサービス... 4 メールサービス 画 面 構 成... 5 アカウント 詳 細 / 設 定... 5 高 機 能 フィルター... 6 ユーザーフィルター 設 定... 7 新 規 フィルターの 追 加...
ネットワークストレージ (mystorage)
ネットワーク ストレージ [mystorage] [R ドライブ] 利 用 の 手 引 き 法 政 大 学 多 摩 情 報 センター ネットワークストレージとは データをネットワーク 上 に 保 存 するための 個 人 用 フォ ルダ(データの 置 き 場 )です USB メモリ 等 の 持 ち 運 びの 手 間 も 不 要 で インターネッ トができる 環 境 なら どこからでもデータにアクセスする
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