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1 MRMPROBS 説 明 書 2013 年 12 月 15 日 追 記 概 要 MRMPROBS は,Multiple reaction monitoring(selected reaction monitoring) 分 析 法 に 基 づい た 代 謝 物 分 析 データの 解 析 ツールです.MRM 分 析 では, 最 適 な precursor ion と product ion を 選 択 し, 目 的 代 謝 産 物 に 特 化 したトランジション(MRM transition) 条 件 を 設 定 することで, 目 的 代 謝 産 物 の 高 感 度, 高 選 択 性 の 分 析 が 可 能 となります.さらに 近 年, 質 量 分 析 装 置 の 発 展 により 感 度,ダイナミック レンジの 向 上 だけでなく,データ 取 得 速 度 も 向 上 してきました. 最 近 では,1 秒 間 に 500 以 上 の MRM transition を 設 定 することが 可 能 になってきており, 所 謂 large scale MRM transitions に 基 づいたメタ ボローム 解 析,プロテオーム 解 析 が 行 われるようになってきました. このように 分 析 装 置 で 一 度 に 取 得 できるデータ 量 が 増 えたことによって, 従 来 よりもデータ 解 析 の 重 要 度 が 増 してきました. 特 に,メタボローム 分 析 では 多 くの 異 性 体 同 重 体 が 存 在 するため 単 一 MRM で 複 数 のピークが 検 出 されるためクロマトグラムが 複 雑 となります.このようなデータの 中 から 正 確 に ターゲットの 代 謝 産 物 を 見 つけ 出 し,ユーザーが 簡 単 に 確 認 できるツールが 必 須 となってくるであろう という 考 えから, 今 回 MRMPROBS を 開 発 致 しました. MRMPROBS では 実 験 により 得 られたクロマトグラムのピークをスコアリングし,ライブラリーと 比 較 することで 独 自 のスコアを 算 出 することで 従 来 よりも 正 確 に 目 的 代 謝 物 を 抽 出 することが 可 能 です. また,データの 読 み 込 みから 統 計 解 析 に 必 要 な 代 謝 物 テーブル(データ 行 列 ) を 作 成 することはもち ろん,いくつかの 統 計 解 析 もサポートしています.MRMPROBS プロジェクトでは, 代 謝 物 のより 正 確 な 同 定 定 量 法,さらにはユーザーインターフェイスを 構 築 するためユーザーフィードバックを 希 望 し ます.もし 希 望 や 新 たな 提 案 等 ございましたら, 以 下 のメールアドレスにご 連 絡 頂 けましたら 幸 いです. よろしくお 願 い 致 します. 津 川 裕 司 独 立 行 政 法 人 理 化 学 研 究 所 MRMPROBS は 津 川 裕 司 ( 理 化 学 研 究 所 )とライフィクス 株 式 会 社 との 共 同 研 究 により 開 発 されました.

2 動 作 環 境 Microsoft Windows XP, Vista, 7 or 8.NET Framework 4.0 必 要 なソフトウェア ファイル Reifycs Analysis Base File Converter(ファイル 変 換 ツール:abf ファイルコンバーター) Download link: MRMPROBS.exe Download link: 化 合 物 同 定 用 ライブラリー(タブ 区 切 りテキスト.txt) MRMPROBS では,ライフィクス 株 式 会 社 が 提 供 する analysis base file (abf)フォーマットファイルを 解 析 することが 可 能 です.その 中 に 含 まれるクロマトグラムデータから,ユーザーが 用 意 した 化 合 物 同 定 用 ライブラリー( 化 合 物 名, 保 持 時 間, 強 度 比 情 報,Precursor ion,product ion の 情 報 )を 元 に 代 謝 産 物 情 報 を 抽 出 致 します.そこで MRMPROBS 使 用 者 はまず,ファイルコンバーターによりそれぞれの 装 置 メーカーにて 取 得 したデータをコンバートする 必 要 があります. 現 在 サポートしている 装 置 メーカ ーは 島 津 製 作 所 (.lcd),agilent Technology (.D),AB Sciex(.wiff)そして Thermo Fisher Scientific(.raw) となっております. 島 津 製 作 所 製 の 質 量 分 析 データを 正 常 にコンバートするための 条 件 は 下 記 を 参 照 ください その 他 のメーカーの 装 置 をお 使 いの 場 合 には 下 記 の 共 通 事 項 を 確 認 の 上 上 述 の Reifycs Analysis Base File Converter ダウンロードサイトの 条 件 を 御 確 認 ください 共 通 事 項 MRM 条 件 設 定 画 面 において 化 合 物 名 を 半 角 英 数 字 で 明 確 に 記 載 しておく. 島 津 製 作 所 の LabSolutions だと Event name,agilent,ab Sciex だと Compound name の 欄 がこれにあたりま す. 特 にスケジュール MRM で 分 析 する 場 合 は 必 須 項 目 になってきますのでご 注 意 ください. 同 一 化 合 物 欄 に, 全 く 同 一 の MRM 条 件 があるとコンバート 時 にエラーがでることがあるのでご 注 意 ください.( 整 数 質 量 単 位 で) 上 記 は 特 に,MRMPROBS にて 化 合 物 名 をキーとして( 第 1オプション) abf ファイルからデー タを 取 り 出 すときに 必 要 となります. MRMPROBS では,Transition をキーとして abf ファイルから 情 報 を 抽 出 することが 可 能 です( 第 2オプション).ですがその 場 合, 全 く 同 一 のトランジション 情 報 が 分 析 条 件 に 含 まれる 場 合,その 中 からランダムにデータが 取 得 されてしまいます. 特 にスケジュール MRM を 組 む 場 合 はご 注 意 く ださい. 島 津 製 作 所 LabSolutions がインストールされている 必 要 があります.また,LabSolutions のバージョンによっ ては 必 要 な DLL ファイルが 入 っていないことがあります.もし 正 常 にコンバートできない 場 合, 必 要 な DLL を 送 付 致 しますのでご 連 絡 ください.

3 正 常 にコンバートされるためには,.lcd ファイルの 代 謝 物 テーブル(Compound Table)に MRM transitions の 情 報 が 格 納 されている 必 要 があります. 設 定 方 法 は 付 録 A-1 に 掲 載 しておりますので ご 確 認 ください.

4 ファイルコンバートの 方 法 1. AnalysisBaseFileConverter.exe の 起 動 ( 付 属 のファイル,フォルダーは 同 じディレクトリにいれて おく) 2. 分 析 データをドラッグ&ドロップ 3. Convert ボタンをクリック 4. 分 析 データと 同 じディレクトリに,abf フォーマットファイルが 出 力 されます.

5 化 合 物 同 定 ライブラリー タブ 区 切 りテキストフォーマットとして, 以 下 の 5 つの 情 報 をライブラリーファイルの 中 に 格 納 する 必 要 があります. 一 行 目 の 列 ヘッダーの 名 前 はなんでも 良 いです.ただし, 列 の 順 番 は 必 ず 守 っ てください. 1 列 目 : 化 合 物 名 (MRMPROBS プロジェクトの 第 1オプションで 解 析 する 場 合,MRM 分 析 条 件 設 定 時 に 入 力 した 名 前 と 完 全 に 一 致 する 必 要 有 り.ただし,MRMPROBS プロジェクトオプションにお いてトランジションをキーとする 第 2オプションで 解 析 する 場 合, 完 全 一 致 は 不 要.) 2 列 目 : プリカーサ-m/z( 整 数 値 でも OK. 分 析 ファイルデータと 四 捨 五 入 した 結 果 で 照 合 される) 3 列 目 : プロダクト m/z 4 列 目 : 保 持 時 間 ( 分 単 位 で 記 載 される 必 要 有 り)

6 5 列 目 : 強 度 比 情 報 : 以 下 の 詳 細 を 良 くお 読 みください. 強 度 比 情 報 のフォーマット 1 化 合 物 につき 1 つのトランジションのみを 設 定 する 場 合 強 度 比 情 報 に 100 と 入 力 してください. 例 ) Thymine 化 合 物 につき, 複 数 のトランジションを 設 定 する 場 合 定 量 用 のトランジションの 強 度 比 情 報 を 100 と 設 定 してください.(MRMPROBS では, 俗 に 言 う TIC で 定 量 は 行 いません. 設 定 した 複 数 トランジションのうち 1 つの EIC クロマトグラムピークを 用 いて 定 量 します.) 定 量 用 以 外 のトランジション, 俗 に 言 う 確 認 用 トランジションの 比 率 を 100 に 対 する% 基 準 で 格 納 してください.この 強 度 比 情 報 が, 代 謝 物 情 報 を 正 確 に 抽 出 するための 1 つの 基 準 となります. 例 ) G6P G6P G6P *ユーザーは MRMPROBS 内 の library editor 機 能 により 保 持 時 間, 強 度 比 情 報 を 後 で 設 定 することが 可 能 です.しかしながら 空 白 は 許 されませんので,もし 後 で editor において 修 正 する 場 合 でも, 適 当 な 数 値 はいれなければなりません.さらに, 化 合 物 同 定 用 トランジションのうち 必 ず 1 つは,100 と 入 力 しなければなりません.この 定 量 用 トランジションも library editor で 再 度 設 定 し 直 すことが 可 能 ですが, 最 初 読 み 込 む 際 に 必 ず 必 要 となる 情 報 となります. *ユーザーは 分 析 において 取 得 したすべての 化 合 物 情 報 をライブラリーに 格 納 する 必 要 はありません. 必 要 なものだけで 大 丈 夫 です.

7 MRMPROBS の 操 作 方 法 (データのインポートからデータ 処 理 まで) 1. File New project を 選 択 2. Project type を 選 択 ( 論 文 の 関 係 上, 今 は 2 つのみ 利 用 可 能 ) 各 分 析 データに 入 っている 化 合 物 名 と Precursor m/z と Product m/z の 3 つから 情 報 を 抽 出 する 場 合 は,MRMPROBS: key index:: metabolite name を 選 択 してください. 各 分 析 データに 入 っている Precursor m/z と Product m/z から 情 報 を 抽 出 する 場 合 は, MRMPROBS: key index:: MRM transition を 選 択 してください.このオプションは,たとえば 同 一 トランジションにおいて 複 数 のピークを 同 定 したい 場 合 や, 分 析 時 に 化 合 物 名 を 付 け 忘 れた 場 合 な どに 活 用 できるオプションです.ただし,この 2 つのキー 以 外 に(たとえばセグメント 情 報 やコリ ジョンエネルギーといった) 指 標 は 活 用 できないため, 分 析 データ 内 に 全 く 同 一 のトランジション 情 報 があった 場 合,どれが 選 ばれるかはランダムとなりますのでご 注 意 ください.

8 3. プロジェクトフォルダー, 及 び 解 析 する abf ファイルデータを 選 択 プロジェクトフォルダーは, 実 験 毎 に 作 成 することを 推 奨 します.MRMPROBS プロジェクトを 開 始 すると, raw フォルダー, processed フォルダー,そして MTH ファイルが 作 成 されます. 保 存 した 後, 新 たに 作 業 を 開 始 する 場 合 は,これら 3 つが 同 じディレクトリに 存 在 する 必 要 があり ます. ファイル 名 は 半 角 英 数 字 でお 願 いします. サンプルのタイプ Sample, Standard, QC を 選 択 してください. 解 析 全 体 でこれらの 選 択 は 今 の ところ 特 に 関 係 は 無 いのですが, 特 に QC サンプルを 用 いた LOESS 法 による 定 量 補 正 を 行 う 際 は QC 情 報 が 必 要 になってきます.また,クロマトグラムの 並 び 替 えにも 利 用 されます. Class ID を 設 定 してください.PCA やグラフなどの 出 力 などによる 色 分 け,クロマトグラムの 並 び 替 えに 利 用 します. QC と LOESS 法 による 定 量 補 正 を 行 う 際 には, 分 析 順 番 の 情 報 が 必 要 となりますので, 用 いる 場 合 は Analytical order を 設 定 しておいてください.( 現 バージョンはできませんので, 飛 ばしてく ださい) Check box で 解 析 するサンプルを 選 択 することができます.

9 4. 化 合 物 同 定 用 ライブラリーの 選 択, 及 び 解 析 パラメーターの 設 定 1 ライブラリーを 選 択 してください. 2 Analysis parameters の 詳 細 は 以 下 の 通 りです. Smoothing method: デフォルトの linear weighted moving average を 選 択 してください. 後 は 研 究 用 です. Smoothing level: 5-10 が 推 奨 です. Amplitude noise factor: 2-4 が 推 奨 です*. Slope noise factor: 2-4 が 推 奨 です*. Peaktop noise factor: 2-4 が 推 奨 です*. Minimum peak width: 5 以 上 は 設 定 してください. Minimum peak height: の 間 が 推 奨 です. Retention time tolerance: 化 合 物 同 定 を 正 確 に 行 うための 1 つの 指 標 となります.この 分 析 条 件 で 化 合 物 の 保 持 時 間 が 大 体 どれくらいずれるかを 入 力 してください. Amplitude tolerance: これも 同 定 の 指 標 となりますが, 大 体 5-10 を 設 定 してください. Minimum posterior: 得 られたピークが 目 的 代 謝 産 物 由 来 のものである 確 率 の 下 限 値 を 入 力 しま す. 入 力 した 確 率 以 下 のものに 関 しては,たとえピークが 検 出 されていたとしても 結 果 としては N.D. として 出 力 されます. 推 奨 は です. *MRMPROBS ではピーク 検 出 を 行 う 際,クロマトグラム 中 の ノイズ を 内 部 で 定 義 しております.

10 ノイズの 高 さ, 傾 き,ピークの 山 具 合 は, 実 際 にピークとして 認 識 されるべきものに 比 べて 非 常 に 小 さ い 値 を 取 ります.ですので, 最 低 でもノイズの 何 倍 の 高 さ, 傾 き, 丸 み 具 合 があればピークとして 認 識 するべきかを 入 力 していただければと 思 います.ノイズをどのように 定 義 しているかは 現 在 非 公 開 です. 論 文 が 公 開 され 次 第, 掲 載 致 します. 3 ライブラリー 中 の 保 持 時 間 や 強 度 比 情 報 を 新 たに 設 定 し 直 したい 場 合,Create new library チェッ クボックスにチェックしてください.そして, 指 標 となるサンプルデータ(たとえば 標 準 品 ミクス チャーのデータや QC)の abf ファイルを 選 択 してください.このオプションが 実 験 毎 に 行 われるこ とを 推 奨 しております. 研 究 者 としてのおすすめは,サンプルファイルとしては QC サンプル( 属 に 言 う 全 サンプルのごちゃ 混 ぜサンプル)を 選 択 してください.これは 試 料 のマトリックスによっ て 保 持 時 間 や 強 度 比 が 異 なるため,より 実 サンプルに 近 い 保 持 時 間 と 強 度 比 が 得 られると 考 えられ るからです. 解 析 をスタートすると, 最 初 のファイルの 読 み 込 みにしばらく 時 間 がかかります.1 サンプル 大 体 5-20 秒 ほど.しばらくお 待 ち 下 さい.

11 クロマトグラムのマウス 操 作 View モード 1. クロマトグラム ウィンドウ: 左 ドラッグ クロマトグラムスクロール, 右 ドラッグ 拡 大 2. 検 出 ウィンドウ: 下 三 角 を 左 ダブルクリック 選 択 ピークの 変 更, 右 ダブルクリック(どこでも 良 い) ピーク 非 選 択 3. 保 持 時 間 ウィンドウ: 右 ドラッグ 保 持 時 間 方 向 のワーピング 4. インテンシティ ウィンドウ: 右 ドラッグ インテンシティ 方 向 のワーピング Edit モード 1. ピークのエッジを 左 クリック&ドラッグ エッジ 位 置 の 変 更 2. 右 クリック&ドラッグ 未 検 出 ピークの 検 出

12 Library editor の 起 動 (オプションですが, 推 奨 です) ダブルクリック ライブラリー 中 の 化 合 物 の 保 持 時 間 や 強 度 比 情 報 を, 分 析 毎 に 設 定 し 直 したい 場 合 に 利 用 します. デフォルトの 同 定 はクロマトグラム 中 で 一 番 インテンシティが 高 いものを 基 準 として 選 択 しますの で,もし 同 定 が 間 違 っていたら, 下 三 角 印 をダブルクリックして 赤 マークに 変 えてください. 定 量 用 トランジションを 変 更 したい 場 合, 右 の Target MRM コンボボックスから 選 択 し 直 してくだ さい. 出 したい 化 合 物 情 報 は, 左 のリストボックス 内 の 化 合 物 名 をダブルクリックすることによっ て 得 られます.クロマトグラム 中 のピークをダブルクリックすることによっても 可 能 です. もし, 格 納 したい 化 合 物 情 報 がピークとして 検 出 されていなかった 場 合, 左 上 の View ボタンを クリックし, Edit モードに 切 り 替 えてください.そして, 右 クリックを 押 しながら 検 出 したいピ ーク 範 囲 をドラッグすることによりピークとして 認 識 されます. 手 作 業 で 保 持 時 間 や 強 度 比 情 報 を 入 力 したい 場 合, 入 力 後, Update ボタンを 押 してください. 作 業 が 終 われば,この 情 報 を 新 たにライブラリーとして 保 存 しておきたい 場 合, Save ボタンを 押 してください. 解 析 を 続 行 する 場 合 は, Finish ボタンを 押 してください.

13 MRMPROBS のツール メイン 画 面 ツールボタン File:プロジェクトファイルの 保 存 や, 新 たにプロジェクトを 立 ち 上 げるときに 使 います. Data processing: 解 析 し 直 したい 場 合 や, 化 合 物 ごと,ファイルごとにパラメーターを 設 定 し 直 し たい 場 合 に 用 います. Statistical analysis: 定 量 値 の 標 準 化 や 統 計 解 析 に 用 います. Window:クロマトグラム 画 面 のタイルセットを 行 います.デフォルトは 4 行 2 列 のクロマトグラム 出 力 ですが,1 行 1 列 から 5 行 3 列 まで 設 定 することが 可 能 です. View:クロマトグラムの 並 べ 替 えを 行 います. Option:Class ID や Analytical order などの 設 定 し 直 し,さらには 各 ファイル, 代 謝 産 物 を 統 計 解 析 データとして 含 めるかどうかの 設 定 をここで 行 います. Export: 結 果 をテキスト 形 式 で 出 力 します.

14 タブ Chromatogram:クロマトグラムが 見 られます. 基 本 的 にすべての 操 作 はこのタブで 行 います. Raw data matrix:クロマトグラムの 定 量 値 が 格 納 されます. Processed data matrix: 定 量 値 補 正 後 のデータが 格 納 されます. Statistical result: 統 計 解 析 の 画 面 です. ボタン Reset:クロマトグラムの 拡 大 縮 小 をデフォルトにもどします. View:ボタンを 押 すと Edit モードに 切 り 替 わり,クロマトグラムのエッジ 修 正 や, 未 検 出 ピークの 手 作 業 によるピークピッキングが 可 能 となります. None: 検 出 されたピークのプロパティを 表 示 させることができます.ほぼ 研 究 用 ですが,ユーザーとし ては Total score(そのピークが 目 的 代 謝 物 由 来 である 確 率 )や Rt similarity(ライブラリーとの 保 持 時 間 類 似 度 ),エリア 値 やインテンシティをこれで 確 認 することができます.また,Reference rt ではライ ブラリーの 保 持 時 間 を 一 目 で 比 較 できます. Height: 定 量 モードを 設 定 できます.デフォルトでは 高 さ 値 出 力 となっていますが,エリア 値 出 力 にも 設 定 することが 可 能 です. All オプションでは, 全 ファイル, 全 化 合 物 をその 定 量 モードで 出 力 します.

15 リストボックス 化 合 物,もしくはファイル 名 をダブルクリックすると,そのクロマトグラムを 見 ることができます.

16 MRMPROBS 機 能 の 詳 細 File メニュー New project から, 新 たなプロジェクトを 作 成 することができます. Open project では, 既 存 のプロジェクトの 再 解 析 が 可 能 です.MTH ファイル,raw フォルダー, processed フォルダーが 同 一 ディレクトリに 存 在 しなければなりませんのでご 注 意 ください. Save as で 名 前 を 付 けて 保 存 ができます. Save では, 上 書 き 保 存 ができます. Data processing メニュー Data re-processing でパラメーターを 設 定 し 直 し, 再 解 析 することが 可 能 です. 再 解 析 は 代 謝 産 物 ごと,ファイルごとにも 可 能 です.また,ここでターゲットトランジションの 設 定 を 変 更 すること も 可 能 です.このオプションでは, 各 々の 代 謝 物 ごと,ファイルごとにパラメーターを 設 定 することが 可 能 となります.すでにファイルをインポートした 後 ですので, 再 解 析 は 一 瞬 で 終 わります.

17 Statistical analysis メニュー 現 バージョンでは, 内 部 標 準 物 質 による 除 算 処 理 や 欠 損 値 に 対 する 処 理 (つまり N.D.に 対 して 無 理 やり 数 値 を 入 れること)を 行 うことが 可 能 です. 内 部 標 準 物 質 による 除 算 処 理 を 行 うためには, 後 に 記 述 される Option メニューから 内 部 標 準 物 質 を 設 定 しておく 必 要 があります.また, 現 バージョンで は 統 計 解 析 ツールでは 主 成 分 分 析 のみが 可 能 です. Missing value approach Zero value:このオプションは, N.D. のデータに 対 して, 0 が 与 えられます. Data point value of retention time average:このオプションでは, N.D. のデータに 対 して, 以 下 のプロセスで 値 が 格 納 されます. 1. 処 理 は,Raw data matrix の 列 ごと,つまり 代 謝 産 物 ごとに 独 立 して 行 われる. 2. 代 謝 産 物 列 のすべてが N.D.である 場 合,0 が 入 力 される. 3. N.D. 以 外 に,なんらかのピーク 値 が 格 納 されている 場 合, 値 が 入 っている 各 ピークの 保 持 時 間 を 取 得 し,その 平 均 値 を 算 出 する. 4. N.D.であるクロマトグラムの 生 データ(Smoothing 処 理 を 終 えたもの)に 対 し, 算 出 された 保 持 時 間 位 置 に 該 当 するデータポイントのインテンシティを 定 量 値 として 取 得 する. Normalization approach None:missing value approach で 設 定 されたものを 反 映 し,raw data matrix の 値 がそのまま 格 納 されます. Internal standard:missing value approach で 設 定 されたものを 反 映 し,option メニューで 設 定 さ れた 内 部 標 準 物 質 のインテンシティで 除 算 した 値 を Processed data matrix に 反 映 します. Done をクリックすると, 次 に Statistical analysis setting ボタンが 利 用 できるようになります.

18 今 はまだ 主 成 分 分 析 のみが 可 能 です. 計 算 する 主 成 分 空 間 の 数,スケーリング 法, 変 数 変 換 法 を 選 び Finish ボタンを 押 してください. マウスホイールで 拡 大 縮 小,X axis と Y axis で 好 きな PC 軸 を 選 択 し, 閲 覧 することができます.

19 Window メニュー Chromatogram view におけるタイルをセッティングし 直 すことができます.お 使 いの PC の 画 面 サイズや 解 像 度 により, 適 切 なもので 解 析 していただければと 思 います. View メニュー Chromatogram view におけるクロマトグラムの 並 び 替 えを 行 うことができます. 現 在 では,File ID( 読 み 込 んだときのファイル 順 番 ), 分 析 順 番,Class ID,ファイル タイプで 昇 順, 降 順 ソートを 行 うことができます.

20 Option メニュー ここでは,ファイルと 代 謝 産 物 のプロパティを 設 定 することが 可 能 です. 特 に, 統 計 解 析 に 最 終 的 に 用 いられるデータ 行 列 を 作 成 するために 用 います. ファイルプロパティでは,ファイル 名 以 外 の File type,class ID, Analytical Order プロパテ ィをここで 設 定 し 直 すことができます.また,Included プロパティのチェックボックスのチェックを 外 すと, 最 終 的 なデータ 行 列 の Processed data matrix タブに 含 まれなくなり, 統 計 解 析 の 対 象 外 とな ります. 代 謝 産 物 プロパティでは, 内 部 標 準 物 質 の 設 定 をすることができます. 各 々の 代 謝 産 物 に 対 し て 独 立 に 設 定 することが 可 能 です.しかしながら,Internal standard に 設 定 する 代 謝 産 物 名 は, Metabolite name に 格 納 されている 文 字 列 と 完 全 に 一 致 しなければなりませんのでご 注 意 ください.で すので,コピー&ペーストにて 入 力 することをおすすめします.この Window では,キーボード 機 能 に よるコピー&ペーストにしか 対 応 していませんが,マルチコピーに 対 応 しておりますので,たとえば Metabolite name の1つを Ctrl + C でコピーし,Internal standard の 行 を 複 数 選 択 した 後,Ctrl + V を 押 すことですべての 行 に 値 が 反 映 されます. *この Window のドラッグによる 複 数 選 択 には 少 しコツがいります.セルの 境 界 線 あたりをクリック& ドラッグするとうまくいきます.また, 複 数 選 択 はドラッグでないとなぜか 反 映 されませんので,た とえば Shift キーなどを 用 いて 複 数 選 択 してもペーストが 反 映 されませんのでご 注 意 ください.

21 Export メニュー Raw data matrix,processed data matrix のデータ 行 列 を,テキストタブ 区 切 りで 出 力 するこ とができます.また,library editor や Data re-processing で 構 築 し 直 した 新 たな 化 合 物 同 定 ライブラリ ーを 出 力 することができます.

22 付 録 A-1:LabSolutions の.lcd ファイルを 正 常 にコンバートする 方 法 Suitable method file (.lcm) Although you can do the content change of.lcd file after LC-QqQ/MS (MRM) analysis, it is very useful to construct the suitable method file (.lcm format file) for the successful file convert for MRMPROBS software. 1. Event name and channel (MRM transitions) rule For stable convert of Reifycs file convert software, the compound name should be made just by ASCII format. MRM transitions should be constructed for one metabolite. The completely same precursor and product m/z pair cannot be acceptable in the file converter. 2. Update compound table After the method construction of MRM transitions, you should update compound table m/z by MRM event. If you can analyze the samples by using the updated method file, you don t have to do any other tasks for the stable file convert.

23 You can check the updated table by Method->Data Processing Parameters->Compound tab.

24 3. If the your data (.lcd) was not collected by the suitable method described above, you can improve the.lcd file by using the method file modified by the above way. After the construction of the modified method file, please open Postrun Analysis of LabSolutions. After selection of the analysis files (.lcd), please push the Apply to Method button. Please select the modified method file and improve your.lcd file including the compound table m/z. If you can do it, the file (.lcd) is successfully converted by Reifycs Inc. software.

25 Reifycs Inc. software refers to this compound table for the file convert from.lcd file to.abf file. 4.File convert Conditions: You can convert from.lcd files to.abf files at the PC installing LabSolutions software. Moreover, TTFLDataExportVer5.dll of LabSolutions ver SP4 or later is required for the file convert. Please check TTFLDataExportVer5.dll (Program Files (or *86)>LabSolutions) file property. If the file size is less than 577,536 bites, please contact Shimadzu Inc. for the file change. After AnalysisBaseFileConverter.exe is opened, drag and drop the.lcd files to this converter. Push the Convert button. The ABF format files will be generated in the same folder as.lcd files.

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