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1 PubMed の 使 い 方 ( 基 礎 編 ) (http://pubmed.gov/) PubMed の 最 初 の 画 面 Advanced Search 色 々な 検 索 機 能 が 選 べ ます( 以 前 の Features Tab の 機 能 が 移 動 ) 検 索 ボックス キーワードを 入 力 する ところです 以 前 サイドバー に あった 各 種 機 能 は 画 面 下 方 に 移 動 しました PubMed とは 米 国 国 立 医 学 図 書 館 (NLM : では 1997 年 からPubMed(パ ブメド)を 公 開 しています PubMedでは 医 学 文 献 データベースMEDLINEを 中 心 とした 世 界 中 の 医 学 文 献 を 無 料 で 検 索 できます MEDLINEとは 世 界 約 80カ 国 5,200 誌 以 上 の 雑 誌 に 掲 載 された 文 献 情 報 を 検 索 できる 医 学 文 献 データベースです 日 本 で 出 版 された 雑 誌 は162 誌 がカレントな 収 録 対 象 誌 とな っています(2009 年 10 月 現 在 ) 医 学 用 語 や 著 者 雑 誌 名 等 のキーワードを 手 がかりに 文 献 の 書 誌 情 報 (タイトル 著 者 名 雑 誌 名 抄 録 )を 調 べることができます MEDLINEには 1948 年 以 降 に 登 録 された 約 1,880 万 件 の 文 献 データが 収 録 されています ただし 1948~1965 年 のデータは 索 引 誌 から 遡 及 入 力 されたものであり それ 以 降 のデー タに 比 べて 索 引 などが 異 なっていますので 検 索 の 際 には 注 意 が 必 要 です なお PubMed の 母 体 となった 冊 子 体 の 索 引 誌 を 使 えば 1879 年 まで 遡 って 調 べることができます PubMedの 詳 しい 利 用 法 は PubMedの 検 索 ボックス 右 上 のHelpから 参 照 できます( 英 文 ) URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp 1

2 PubMed の 検 索 の 方 法 ( 基 本 ) PubMedには 色 々な 検 索 方 法 がありますが 一 番 簡 単 な 方 法 を 説 明 します Internet Explorerなどのブラウザを 使 って を 開 くと 上 図 のよう な 画 面 が 現 れます 検 索 ボックスの 上 のプルダウンメニューは[PubMed]のままで 検 索 ボ ックスにキーワードを 入 れ さらに 右 横 の[Search] ボタンをクリックすると 検 索 を 実 行 し ます (Enterキーを 押 しても 実 行 します) 2つ 以 上 のキーワードを 掛 け 合 わせる 場 合 は スペースをはさんで 並 べて 入 力 すると 自 動 的 にそれらをすべて 含 む 文 献 を 検 索 します 例 えば メタボリックシンドロームの 危 険 因 子 に 関 する 文 献 の 場 合 キーワードと しては メタボリックシンドローム(metabolic syndrome) と 危 険 因 子 (risk factor) と なりますので 入 力 の 方 法 は 次 のようになります metabolic syndrome risk factor 大 文 字 小 文 字 どちらでも 構 いません キーワードを 入 力 するとその 語 を 含 む 最 近 頻 繁 に 行 われた 検 索 例 が 検 索 ボックス 下 方 に メニューで 表 示 されます これはオート サジ ェスト(Auto Suggest)と 呼 ばれる 機 能 です メニュー 中 に 適 当 なものがあればそれを 選 択 すると その 用 語 で 検 索 を 実 行 します このよ うな 機 能 を 無 効 にしたければ メニューの 最 下 部 にある Turn off を 選 択 します 2

3 また Blood 誌 に2009 年 に 掲 載 された Sato 氏 の 論 文 を 探 している 場 合 は 次 のよ うに 入 力 します Blood 2009 sato 大 文 字 小 文 字 どちらでも 構 いません 雑 誌 名 や 著 者 名 と 思 われる 語 で 検 索 が 実 行 されると サイテーション センサー(Citation Sensor)と 呼 ばれる 機 能 が 起 動 し 通 常 の 検 索 の 前 に 書 誌 情 報 として 該 当 する 論 文 が 表 示 されます 検 索 の 結 果 下 図 のように はじめに Blood を 雑 誌 名 として 検 索 された4 件 が 表 示 され その 次 に Blood を 雑 誌 名 以 外 も 含 むキーワードとして 検 索 した 結 果 715 件 が 表 示 されます 前 方 一 致 検 索 (Truncation) キーワードの 最 後 にアスタリスク(*)を 付 けると その 後 にはどんな 文 字 が 続 いてもす べて 検 索 しなさい という 意 味 になります このような 検 索 を 前 方 一 致 検 索 あるいはトラ ンケーションといいます ただし 600 種 類 までの 検 索 となります なお 1 文 字 にアスタ リスクをつけて 検 索 することはできません (a*など) 特 殊 文 字 による 検 索 PubMedで 特 殊 文 字 を 使 ったキーワードで 検 索 する 場 合 は それぞれ 以 下 のように 入 力 し ます ギリシャ 文 字 : 読 みの 英 語 綴 りで 検 索 例 )α alpha ハイフン(-):スペース 例 )Evidence-based Evidence based アポストロフィー( ): 省 略 例 )Behcet s syndrome Behcets syndrome 分 子 式 : 大 文 字 例 )CO2 CO2 ウムラウト 等 : 省 略 3

4 Advanced Search 検 索 フィールドの 限 定 や 使 用 言 語 などを 指 定 して 検 索 するには Advanced Search 画 面 で 行 います PubMedのトップ 画 面 や 検 索 結 果 の 画 面 上 部 にある [Advanced Search] をクリ ックすると 以 下 のような 画 面 に 変 わり 様 々な 検 索 ができます Search History 旧 インターフェース History Search History では それまでに 検 索 した 過 程 ( 検 索 語 と 検 索 結 果 )を 見 ることができ 検 索 集 合 の 組 み 合 わせが 容 易 にできます 下 図 はブタインフルエンザとタミフルの 掛 け 合 わせを 行 っている 例 です なお 検 索 履 歴 は 新 しいものから 5 つ 表 示 されます 5 件 以 上 の 履 歴 がある 場 合 には 右 下 に More History ボタンが 現 れるので それをクリックすると 全 ての 履 歴 が 表 示 されます Search History では 検 索 番 号 を AND, OR, NOT で 組 み 合 わせて 検 索 することができま す 演 算 子 は 大 文 字 でも 小 文 字 (and or not)でも 検 索 できます なお 検 索 番 号 には 必 ず#を 付 けて 下 さい #を 付 けないとその 数 字 で 検 索 されます 例 )#8 AND #10 #7 OR #14 #1 AND interferon Search History が 記 憶 している 検 索 記 録 は 100 番 までです これを 超 えると 古 いもの から 順 番 に 消 去 されます また 何 もしないで 8 時 間 経 つと 検 索 記 録 は 自 動 的 に 削 除 さ れます 検 索 番 号 は MeSH Database など 他 のデータベースと 共 通 で 番 号 が 飛 んだりし ます 組 み 合 わせる 際 には 注 意 してください 検 索 記 録 を 消 去 したいときは すべて 削 除 するなら 画 面 右 下 の Clear History ボタンをクリックし 特 定 の 検 索 番 号 を 削 除 したいと きはその 番 号 をクリックして 表 示 されるメニューから Delete を 選 びます 4

5 Search by Author, Journal, Publication Date, and more 2 番 目 のエリア Search by Author, Journal, Publication Date, and more では 著 者 名 や 雑 誌 名 論 題 名 などフィールドを 指 定 して 検 索 することができます 初 期 設 定 は 各 行 で 指 定 した 項 目 の 掛 け 合 わせ(AND 検 索 )になっていますが OR 検 索 に 変 更 もできます 各 ボックスの 右 横 の Index ボタンをクリックすると そのキーワードを 含 む 候 補 語 がリ ストアップされます 入 力 したキーワードですぐに 検 索 を 実 行 する 場 合 は 右 下 の Search ボ タンをクリックします Publication Dateでは 論 文 の 出 版 日 で 絞 り 込 むことができ たとえば2009 年 1 月 1 日 以 降 に 指 定 するには 前 方 のボックスに 2009/1/1 や 2009/01/01 のように 入 力 します また 2009 のように 出 版 年 だけで 指 定 することもできます 出 版 期 間 の 指 定 は 検 索 を 実 行 すると 解 除 されます なお フィールドを Entrez Date にするとPubMedにデータを 収 録 した 日 で 限 定 できます Limit by Topics, Languages, and Journal Groups 旧 インターフェース Limits 各 種 の 絞 り 込 み 検 索 は Limit by Topics, Languages, and Journal Groups で 可 能 です ここでは 全 文 データへのリンクや 抄 録 の 有 無 本 文 で 使 用 された 言 語 性 別 年 齢 など が 指 定 できます 人 間 か 動 物 か 性 別 Gender 5

6 出 版 形 態 の 選 択 :Type of Article (Publication Types) Type of Article は Publication Type と 同 じもので 研 究 デザインや 論 文 の 種 類 について 絞 り 込 み 検 索 ができます 主 なものは 以 下 のとおりです Clinical Trial( 臨 床 試 験 ) Editorial( 社 説 ) Letter( 投 書 ) Meta-Analysis(メタアナリシス) Practice Guideline( 臨 床 ガイドライン) Randomized Controlled Trial( 無 作 為 抽 出 試 験 ) Review(レビュー 総 説 ) 論 文 の 種 類 Type of Article 本 文 の 言 語 サブセットの 選 択 :Subsets 収 載 誌 の 種 類 を 限 定 したり データの 範 囲 を 絞 ったり 広 げたりすることができます 収 載 誌 (Journal Groups)の 限 定 には 主 要 誌 (Core clinical journals) 歯 科 関 係 (Dental journals) 看 護 関 係 (Nursing journals)の3 種 類 があります データの 範 囲 (Topics)の 限 定 としては 主 題 の 限 定 はエイズ (AIDS) 生 命 倫 理 (Bioethics) 腫 瘍 (Cancer) 補 完 医 療 代 替 医 療 (Complementary Medicine) 医 学 史 (History of Medicine) 宇 宙 医 学 (Space Life Sciences) システマティックレビュー(Systematic Reviews) 毒 性 (Toxicology) の8 種 類 の 他 索 引 済 みのMEDLINEデータ(MEDLINE) 無 料 電 子 ジャーナルが 利 用 できるもの(PubMed Central)の2 種 類 の 指 定 ができます 各 サブセ ットの 詳 しい 説 明 はhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.htmlから 参 照 できます サブセット 年 齢 Ages 年 齢 の 選 択 :Ages 検 索 する 論 文 で 取 り 上 げられている 症 例 の 年 齢 を 指 定 できます 初 期 設 定 はAges( 全 部 ) になっています 以 下 のような 種 類 があります 幼 児 全 部 (23ヶ 月 以 下 ) 小 児 全 部 (0~18 歳 ) 成 人 全 部 (19 歳 以 上 ) 新 生 児 (1ヶ 月 以 下 ) 幼 児 (1-23ヶ 月 ) 未 就 学 児 (2-5 歳 ) 小 児 (6-12 歳 ) 青 年 (13-18 歳 ) 成 人 (19-44 歳 ) 中 年 (45-64 歳 ) 中 年 以 降 (45 歳 以 上 ) 老 人 (65 歳 以 上 ) 80 歳 以 上 6

7 PubMedのデータ 構 造 PMID PMID: 各 論 文 の 固 OWN - NLM 有 の PubMed 番 号 STAT- MEDLINE DA DCOM LR IS (Electronic) IS (Linking) TI:タイトル VI - 97 DP: 出 版 年 例 )qualitative analysis [TI] IP - 3 例 )2009 [DP] DP Jul TI - Evaluation of PubMed filters used for evidence-based searching: validation using relative recall. PG AB - OBJECTIVES: The research sought to determine the value of PubMed filters and combinations of filters in literature selected for systematic reviews on therapy-related clinical questions... AD - Internal Medicine, Department of General Internal Medicine and Department of Medical Informatics, Radboud University Nijmegen Medical Centre, P.O. Box 9101, Nijmegen, The Netherlands. FAU - Hoogendam, Arjen AU - Hoogendam A AU: 著 者 名 FAU - de Vries Robbe, Pieter F 例 )McKibbon KA [AU] FAU はフルスペルでの 著 者 AU - de Vries Robbe PF FAU - Stalenhoef, Anton F H AU - Stalenhoef AF FAU - Overbeke, A John P M AU - Overbeke AJ LA - eng TA: 雑 誌 名 ( 省 略 形 ) PT - Journal Article 例 )Phys Ther [TA] JT は 雑 誌 の 正 式 名 TA - J Med Libr Assoc JT - Journal of the Medical Library Association : JMLA JID SB - IM MH - Abstracting and Indexing as Topic/*methods PMC - PMC OID - NLM: PMC MH:MeSH 用 語 EDAT- 2009/07/25 09:00 例 )Physical Therapy Techniques [MH] MHDA- 2009/10/23 06:00 CRDT- 2009/07/24 09:00 AID / [doi] SO - J Med Libr Assoc Jul;97(3):

8 検 索 結 果 の 表 示 見 つかった 件 数 ここでは 72,963 件 タイトルをクリックすると 詳 細 情 報 を 表 示 検 索 を 実 行 すると 新 しいものから 順 に 文 献 リストが 表 示 され 先 頭 に 検 索 された 件 数 が 表 示 されます( 上 図 では72,963 件 ) この 数 が 多 い 場 合 は 入 力 したキーワードの 後 ろ にスペースを 空 けてキーワードを 追 加 し 再 度 検 索 を 実 行 します 文 献 リストの 表 示 形 式 の 初 期 設 定 は Summary 形 式 になっていて タイトル 著 者 名 雑 誌 名 ( 略 誌 名 ) 出 版 年 月 巻 号 ページが 表 示 されます このときに マウスで 矢 印 を 雑 誌 名 ( 略 誌 名 )のところに 合 わせるとそれぞれの 正 式 な 雑 誌 名 が 表 示 されます PubMedのデータは 出 版 社 から 送 られてくる 生 データを 基 にして 索 引 付 け 等 の 作 業 が 行 われます 文 献 リスト 中 でPMIDの 右 横 には 各 データの 状 態 が 表 示 されます [データ 作 成 手 順 ] [ 画 面 表 示 ] 1 雑 誌 出 版 社 からデータが 送 られてくる [PubMed as supplied by publisher] 2 書 誌 事 項 の 確 認 や 索 引 付 けなどを 行 う [PubMed in process] 3 MEDLINEデータとして 登 録 する [PubMed indexed for MEDLINE] 4 PubMedデータとして 残 す(3 以 外 のもの)[PubMed] Related articles は MeSH タイトル 抄 録 中 のキーワードをPubMedが 自 動 的 に 分 析 した 関 連 性 の 高 い 文 献 へリンクする 機 能 です すでに 手 元 にある キーペーパー や 検 索 結 果 の 中 の よい 論 文 を 手 がかりに 関 連 文 献 を 検 索 するときに 便 利 です 検 索 結 果 のリストの 各 文 献 には チェックボックスがあります ここにチェックを 付 け てから 再 表 示 すると チェックしたものだけが 表 示 されます その 後 印 刷 を 実 行 すると 必 要 な 文 献 のみを 印 刷 することができます 8

9 検 索 結 果 の 表 示 形 式 の 設 定 検 索 結 果 の 表 示 形 式 を 変 更 したいときは 画 面 左 上 Display Settings をクリックすると 表 示 形 式 (Format)や1 画 面 の 表 示 件 数 (Items per page) 表 示 順 (Sort by)が 選 択 で きます 主 な 表 示 内 容 は 以 下 の 通 りです Summary タイトル 著 者 名 雑 誌 名 PubMed 番 号 ( 初 期 設 定 ) Abstract タイトル 使 用 言 語 著 者 名 雑 誌 名 所 属 出 版 形 態 訂 正 記 事 コメント 抄 録 MeSH 化 学 物 質 名 電 子 ジャーナルリンク PubMed 番 号 MEDLINE フィールド 名 のタグ 付 き 全 データ 表 示 形 式 などの 選 択 が 終 わったら Apply ボタンをクリックすると 指 定 した 形 式 で 再 表 示 されます 各 論 文 に 索 引 されたMeSH 用 語 やPublication Type 化 学 物 質 名 等 の 情 報 がある 場 合 は Abstract 形 式 で 表 示 すると 下 図 のように 抄 録 の 下 にある+ボタンが 表 示 されていますの で このボタンをクリックすると 参 照 できます 9

10 検 索 結 果 の 出 力 設 定 出 力 に 関 する 指 定 は 画 面 右 上 の Send to で 選 択 できます クリックすると 下 図 のように チェックのためのラジオボタン 付 でメニューが 表 示 されます File は 検 索 結 果 をファイルとして 保 存 するときに 選 択 します チェックボタンを 選 択 すると 自 動 的 に 下 図 のような 保 存 形 式 と 保 存 順 を 選 択 するポップアップメニューが 表 示 されます それぞれ 選 択 し Create File ボタンをクリックすると 保 存 先 のドライブとフ ァイル 名 を 指 定 する 画 面 になり 保 存 できます 一 度 に 保 存 できるのは5,000 件 までです ダウンロードしたデータを EndNote 等 の 文 献 管 理 ソフトに 取 り 込 む 場 合 は Format で MEDLINE を 選 びます 文 献 管 理 ソフトでの 設 定 では 取 り 込 む 形 式 として PubMed を 指 定 します Collections は 検 索 結 果 を 後 述 の My NCBI に 保 存 する ときに 選 択 します Add to Collections ボタンをクリック すると My NCBI への Sign in 画 面 になります 10

11 Clipboard は 検 索 結 果 を 一 時 的 に 保 存 するときに 選 択 します 様 々な 検 索 を 行 い 最 後 にまとめて 印 刷 やダウンロードなど を 行 う 場 合 に 検 索 結 果 をClipboardに 保 存 しておくと 便 利 で す Clipboardには 最 大 500 件 までデータが 記 憶 できます な お 複 数 の 検 索 結 果 から 文 献 データを 保 存 したときに 同 じデ ータが 含 まれていると 自 動 的 に 片 方 が 削 除 されます 何 も しないで8 時 間 経 つと 保 存 したデータは 自 動 的 に 削 除 されま す では 検 索 結 果 を 電 子 メールで 送 信 することがで きます チェックボタンを 選 択 すると 自 動 的 に 右 図 のよ うに 送 信 形 式 と 送 信 データの 順 番 送 信 件 数 を 選 択 するポ ップアップメニューと 送 信 先 の 電 子 メール アドレスと コメントを 入 力 するボックスが 表 示 されます 一 度 に 送 信 できるのは 500 件 までです HTML 形 式 で 送 信 するとリ ンクボタン 付 きで 送 信 することができます Orderは 文 献 コピーを 取 り 寄 せるための 機 能 ですが 主 に 米 国 の 図 書 館 が 参 加 しているサービスで 時 間 費 用 共 に 多 くかかってしまうことが 多 いと 思 われますので 図 書 館 をご 利 用 ください 京 都 府 立 医 科 大 学 のPubMedユーザのための 関 連 サービス PubMed 京 都 府 立 医 科 大 学 専 用 入 口 PubMedの 検 索 結 果 (Abstract 形 式 で 表 示 時 )に 京 府 医 大 アイコンを 表 示 させて 文 献 申 込 画 面 やOPACにリンクできるPubMedの 京 都 府 立 医 科 大 学 専 用 入 口 を 用 意 し ています 図 書 館 ホームページからもアクセスできます URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijpkpumlib 図 書 館 Webサービス 登 録 ( 学 内 者 のみ) Web 上 から 文 献 取 り 寄 せを 申 し 込 むことができます 上 記 の 専 用 入 口 と 組 み 合 わ せると PubMedの 検 索 結 果 から そのまま 申 込 画 面 に 移 行 できます アカウントの 申 込 は 随 時 受 け 付 けています 図 書 館 ホームページの 図 書 館 Webサービス 登 録 からもアクセスできます URL:http://www.f.kpu-m.ac.jp/k/library/web/index.html 11

12 検 索 結 果 表 示 画 面 の 右 側 で 表 示 される 各 種 機 能 検 索 結 果 の 表 示 画 面 の 右 側 には 検 索 結 果 に 関 連 したフィルターや 各 種 センサーが 自 動 的 に 表 示 されます 右 上 には 検 索 フィルターとして 検 索 結 果 の 中 からレビュー 論 文 の 件 数 と 無 料 全 文 記 事 が 参 照 可 能 な 論 文 の 件 数 がそれぞれ 表 示 されます どのような 検 索 がされたのかを 確 認 できるSearch detailsも 表 示 されます また 検 索 ボックスでのオート サジェスト 機 能 のように 検 索 語 に 関 する 各 種 センサ ーも 自 動 的 に 検 索 表 示 されます Also try では 検 索 語 を 含 む 最 近 頻 回 に 行 われている 検 索 が 推 奨 され Titles with your search terms では 検 索 語 がタイトルに 含 まれる 論 文 が 表 示 されます 他 にも 薬 や 遺 伝 子 等 他 のデータベースから 関 連 情 報 が 表 示 される 場 合 もあります 12

13 Journals Database 雑 誌 の 情 報 を 調 べたいときは PubMedのトップページにあるJournals Databaseをクリ ックします 検 索 ボックスに 雑 誌 名 ( 一 部 でも 良 い)を 入 力 して 検 索 すると ISSNや 略 称 等 の 雑 誌 情 報 が 検 索 されます 雑 誌 名 をクリックすると 詳 細 情 報 を 参 照 できます 詳 細 表 示 画 面 では 雑 誌 の 出 版 開 始 年 MEDLINE 収 録 の 有 無 本 文 の 言 語 出 版 国 等 を 確 認 できます NLM IDをクリックすると NLM( 米 国 国 立 医 学 図 書 館 )の 所 蔵 情 報 を 調 べることができます 13

14 Clinical Queries Clinical Queriesは 臨 床 医 学 関 連 の 文 献 を 手 早 く 探 したい 場 合 に 使 用 するフィルターです 検 索 ボックスに 疾 患 名 などのキーワードを 入 れ Category( 臨 床 研 究 カテゴリー)とScope ( 検 索 の 範 囲 と 性 格 )を 選 択 して Goボタンをクリックします Category( 臨 床 研 究 カテゴリー) etiology( 病 因 ) diagnosis( 診 断 ) therapy( 治 療 ) prognosis( 予 後 ) clinical prediction guides( 臨 床 予 測 指 針 ) Scope( 検 索 の 範 囲 と 性 格 ) narrow: specific search( 狭 い) broad: sensitive search( 広 い) キーワードを 入 力 して 検 索 すると 研 究 デザインに 関 連 した 検 索 式 を 自 動 的 に 付 加 して 検 索 します 例 えばCategoryがtherapy Scopeがnarrowの 場 合 だと 入 力 したキーワード に 次 のような 検 索 式 を 付 加 して 検 索 しています (randomized controlled trial[publication Type] OR(randomized[Title/Abstract] AND controlled[title/abstract] AND trial[title/abstract])) それぞれのカテゴリーでどのような 検 索 式 を 使 っているかは 以 下 のURLで 確 認 できま す ubmedhelp.clinical_queries_filters 14

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