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1 R で 学 ぶデータ 解 析 とシミュレーション 付 録 ~ R Commander の 概 要 ~

2 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 Graphic by (c)tomo.yun ( 2

3 R の 概 要 オープンソース&フリーの 統 計 解 析 用 ソフト 長 所 関 数 電 卓, 数 値 計 算,プログラミング, 統 計 解 析,グラフィックス の 機 能 があり,どの 機 能 も 充 実 している 機 能 拡 張 が 容 易 に 行 える 使 用 人 口 が 多 いので,バグが 少 なく 情 報 も 豊 富 3

4 R の 概 要 オープンソース&フリーの 統 計 解 析 用 ソフト 短 所 大 規 模 なデータを 扱 う 場 合 は 多 少 骨 が 折 れる EXCEL などの 表 計 算 ソフトに 比 べて GUI (マウス 操 作 )の 機 能 が 劣 っているので,R の 命 令 をひとつひとつ 覚 えなければいけない そこで 登 場 するのが GUI 版 Rである R Commander! 4

5 R Commander 5

6 R Commander とは? R Commander(アールコマンダー)は John Fox 教 授 (カナダ McMaster 大 学 )が 開 発 した GUI 版 R のこと マウス 操 作 で R を 使 うことが 出 来 る! (R の 命 令 を 覚 えなくても R の 出 力 が 得 られる!) 2005 年 頃 より 関 西 大 学 の 荒 木 孝 治 先 生 が 主 体 と なって R Commander のメッセージ 翻 訳 がなされ R Commander はバージョン より 本 格 的 に 日 本 語 化 された! 6

7 R Commander の 概 要 1 メニューから 機 能 を 選 択 2 スクリプトウィンドウには 実 行 した R のコマンドが 出 力 される 3 出 力 ウィンドウには, 実 行 結 果 が 出 力 される 4 メッセージにはエラーや 警 告 が 出 力 される 7

8 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 Graphic by (c)tomo.yun ( 8

9 使 用 するデータ iris Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species setosa setosa setosa setosa setosa setosa setosa フィッシャーが 判 別 分 析 法 を 紹 介 するために 利 用 したアヤメの 品 種 分 類 (Species:setosa,versicolor,virginica)に 関 するデータ 以 下 の4 変 数 を 説 明 変 数 としてアヤメの 種 類 を 判 別 しようとした アヤメのがくの 長 さ(Sepal.Length) アヤメのがくの 幅 (Sepal.Width) アヤメの 花 弁 の 長 さ(Petal.Length) アヤメの 花 弁 の 幅 (Petal.Width) まずは R Commander にデータを 読 み 込 ませる 方 法 をいくつか 紹 介 9

10 データ iris を 手 入 力 する 場 合 スプレッドシートに データを 入 力 する 10

11 データ iris がテキストファイルである 場 合 テキストファイルまたはクリップボードから... を 選 択 11

12 データ iris がテキストファイルである 場 合 データの 読 み 込 み データセット 名 を 入 力 する ファイル 内 に 変 数 名 ( 列 名 )がある 場 合 はチェック 欠 測 値 の 記 号 を 指 定 する( 通 常 は"NA") フィールドの 区 切 り 記 号 ( 空 白,カンマ,タブ,etc)を 指 定 する 小 数 点 の 記 号 (ピリオド or カンマ)を 指 定 する 読 み 込 むことが 出 来 るデータセットの 種 類 は 豊 富! 12

13 データ iris が Excel ファイルである 場 合 1 EXCELファイルのデータをコピーした 後, そのデータを R Commander に 読 み 込 ませる ことも 可 ( クリップボード )にチェック! 13

14 データ iris が Excel ファイルである 場 合 2 EXCELやAccessファイルの データを 読 み 込 むときは, 1 上 記 画 像 のメニューを 選 択 してデータセット 名 を 入 力 2 読 み 込 むファイル を 選 択 する 14

15 サンプルデータの 読 み 込 み パッケージ 内 のデータ R には,サンプルデータセットが 多 数 収 録 されている! このメニューでサンプルデータの 一 覧 を 表 示 したり, サンプルデータを 読 み 込 むことが 出 来 る 本 日 はサンプルデータ iris を 使 用 する 15

16 サンプルデータの 読 み 込 み 使 うことが 出 来 るサンプルデータ の 一 覧 (データの 簡 単 な 説 明 つき) が 表 示 される 16

17 サンプルデータの 読 み 込 み 1. パッケージを 選 択 ( 普 通 はdatasetsを 選 択 ) 2. 使 用 するデータセットの 名 前 (ここでは iris )をダブルクリック 3. データセット 名 を 変 更 する 場 合 はデー タセット 名 を 修 正 17

18 読 み 込 んだデータの 表 示 読 み 込 んだデータセット を 表 示 するときは, データセットを 表 示 をクリック! 読 み 込 んだデータセット を 表 示 するときは, データセットの 編 集 をクリック 18

19 読 み 込 んだデータの 加 工 アクティブデータセット アクティブデータセット 内 の 変 数 の 管 理 解 析 に 使 うデータセットを 選 択 する 読 み 込 んだデータセットに 関 する 情 報 を 見 る データの 部 分 集 合 を 切 り 取 ったり, 欠 測 値 を 除 く 処 理 を 行 う データセットをファイルに 出 力 する 数 値 データをカテゴリデータに 変 換 する 変 数 名 を 変 更 したり, 変 数 を 削 除 する etc... 19

20 読 み 込 んだデータの 加 工 例 データを 加 工 するときは まず 使 用 するデータセットを 選 択 (ここでは iris をダブルクリック) 20

21 読 み 込 んだデータの 加 工 例 データセットから 部 分 集 合 を 切 り 出 す 1 切 り 出 す 変 数 を 選 択 する 2 部 分 集 合 の 表 現 に 条 件 式 を 入 力 する 3 切 り 出 した 後 のデータセット 名 を 入 力 する 21

22 データの 出 力 諸 設 定 をした 後... データセットをファイルに 出 力 する (テキストファイルのみ) 22

23 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 Graphic by (c)tomo.yun ( 23

24 グラフに 関 するメニュー グラフ 様 々な 種 類 のグラフを 描 くことが 出 来 る インデックスプロット,ヒストグラム, 幹 葉 表 示 ( 幹 葉 図 ), 箱 ひげ 図,QQプロット, 散 布 図, 散 布 図 行 列, 折 れ 線 グラフ, 条 件 付 き 散 布 図, 平 均 のプロット, 棒 グラフ, 円 グラフ,3Dグラフ グラフをファイルに 保 存 することも 出 来 る 作 成 することができるグラフの 一 覧 は 後 ほど 紹 介 24

25 グラフの 作 成 手 順 1 描 きたいグラフ ( 例 :ヒストグラム) のメニューを 選 択 2データの 変 数 や オプションを 指 定 25

26 グラフの 保 存 描 いたグラフを 保 存 することが 出 来 る (PNG,PDF,PS,EPS ) グラフの 形 式 やサイズを 指 定 して[OK]をクリック 26

27 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 Graphic by (c)tomo.yun ( 27

28 データの 表 示 データを 眺 めても よく 分 からない データを 要 約 する! 28

29 1 変 数 の 要 約 Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species setosa setosa setosa setosa setosa setosa setosa アヤメのがくの 長 さ(Sepal.Length)の 特 徴 をつかむには 1. 数 値 による 要 約 要 約 統 計 量 を 求 める 2. グラフによる 要 約 ヒストグラムを 作 成 する 3. 層 別 して 要 約 統 計 量 やヒストグラム 29

30 要 約 統 計 量 の 算 出 30

31 ヒストグラムの 作 成 ヒストグラムを 作 成 31

32 ヒストグラムの 作 成 一 番 小 さい 値 ( 最 小 値 ) 真 ん 中 の 値 ( 中 央 値 ) 一 番 大 きい 値 ( 最 大 値 ) 一 目 瞭 然! 32

33 層 別 にヒストグラムを 作 成 アヤメの 種 類 別 にヒストグラムを 描 く 1 データ iris からアヤメの 種 類 (Species)が setosa となっているものだけを 抽 出 2 先 ほど 紹 介 した 方 法 でヒストグラムを 描 く 3 versicolor,verginica についてもヒストグラム 作 成 33

34 層 別 にヒストグラムを 作 成 層 別 にヒストグラムを 作 成 一 Setosa :がくが 短 い 層 別 すると 特 徴 が 浮 き 出 る! Verginica:がくが 長 い 目 瞭 然! 34

35 2 変 数 の 関 係 Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species setosa setosa setosa setosa setosa setosa setosa アヤメの 花 弁 の 幅 (Petal.Width)と 花 弁 の 長 さ(Petal.Length)の 関 係 を 見 る 場 合 は 1. 数 値 による 要 約 相 関 係 数 を 求 める 2. グラフによる 要 約 散 布 図 を 描 く 3. 層 別 してグラフ( 散 布 図 )を 描 く 35

36 相 関 係 数 の 算 出 1 相 関 係 数 を 求 める 変 数 を 指 定 する 2 相 関 係 数 の 種 類 にチェックを 入 れる 相 関 係 数 が 求 まる 36

37 散 布 図 の 作 成 散 布 図 を 描 く 37

38 散 布 図 の 作 成 Petal.Width と Petal.Length の 関 係 は 右 肩 上 がり ひと 目 で 分 かる! 一 目 瞭 然! 38

39 層 別 散 布 図 の 作 成 層 別 変 数 にアヤメの 種 類 Species を 指 定 する 39

40 層 別 散 布 図 の 作 成 Versicolor Virginica 一 目 Setosa 瞭 Setosa : 左 下 に 分 布 層 別 すると 特 徴 が 浮 き 出 る! Verginica: 右 上 に 分 布 然! 40

41 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 41

42 インデックスプロット 42 変 数 を1つ 指 定 する

43 ヒストグラム 変 数 を1つ 指 定 する 43

44 幹 葉 表 示 変 数 を1つ 指 定 する 44

45 箱 ひげ 図 45 変 数 を1つ 指 定 する

46 箱 ひげ 図 ( 層 別 ) 前 のページの 画 面 で 層 別 のプロット を 選 択 することで カテゴリ 変 数 で 層 別 したグラフを 出 力 46

47 QQプロット 47 変 数 を1つ 指 定 する

48 散 布 図 48 X 軸 の 変 数 を1つ Y 軸 の 変 数 を1つ 指 定 する

49 散 布 図 ( 層 別 ) 前 のページの 画 面 で 層 別 のプロット を 選 択 することで カテゴリ 変 数 で 層 別 したグラフを 出 力 49

50 散 布 図 行 列 変 数 を3つ 以 上 指 定 する 50

51 散 布 図 行 列 ( 層 別 ) 前 のページの 画 面 で 層 別 のプロット を 選 択 することで カテゴリ 変 数 で 層 別 したグラフを 出 力 51

52 折 れ 線 グラフ に 観 測 値 番 号 を 追 加 したデータセット Nile について 折 れ 線 グラフを 作 成 する 52

53 条 件 付 き 散 布 図 X 軸 変 数 を1つ Y 軸 変 数 を1つ 層 別 変 数 を1つ 指 定 する 53

54 平 均 のプロット カテゴリ( 因 子 ) 変 数 と 目 的 変 数 を 指 定 する 54

55 棒 グラフ 変 数 を1つ 指 定 する 55

56 円 グラフ 変 数 を1つ 指 定 する 56

57 3Dプロット 目 的 変 数 を1つ, 説 明 変 数 を2つ 指 定 する マウスでグラフを 動 かすことが 出 来 る! 57

58 3Dプロット( 層 別 ) 前 のページの 画 面 で 層 別 のプロット を 選 択 することで カテゴリ 変 数 で 層 別 したグラフを 出 力 マウスでグラフを 動 かすことが 出 来 る! 58

59 メニュー R Commander の 概 要 データ iris の 読 み 込 み 方 法 グラフの 作 成 方 法 R Commander でのデータ 解 析 例 グラフのカタログ 各 メニューの 概 要 Graphic by (c)tomo.yun ( 59

60 メニュー ファイル スクリプトファイルを 開 く:R のプログラムファイルを 開 く スクリプトを 保 存,スクリプトに 名 前 をつけて 保 存 :スクリプトウィンドウの 内 容 をファイルに 保 存 出 力 を 保 存, 出 力 をファイルに 保 存 :ログウィンドウの 内 容 をファイルに 保 存 R ワークプレースの 保 存, R ワークプレースに 名 前 をつけて 保 存 :R の 現 在 の 作 業 内 容 (データ, 関 数 など)をファイルに 保 存 終 了 :R Commander を 終 了 する(R 本 体 は 終 了 しない) 60

61 メニュー 編 集 ウィンドウをクリア:スクリプトウィンドウまたはログウィンドウの 内 容 を 消 去 する(カーソルがある 方 のウィンドウが 対 象 となる) 切 り 取 り,コピー, 貼 り 付 け, 削 除, 全 てを 選 択 :( 普 通 の 編 集 機 能 ) 検 索 :カーソルがある 方 のウィンドウを 対 象 として, 文 字 列 の 検 索 を 行 う 61

62 メニュー データ のおさらい Data 新 しいデータセット:セル 形 式 のウィンドウにデータを 手 入 力 する データセットのロード:R 上 で 作 成 したデータ(.rda)を 読 み 込 み データのインポート:txt,SPSS,Minitab,STATA,EXCEL, Access,dBase 形 式 のデータファイルを 読 み 込 む パッケージ 内 のデータ:R に 用 意 されているサンプルデータを 読 み 込 む アクティブデータセット: 解 析 用 データの 選 択 やデータの 加 工 を 行 う アクティブデータセット 内 の 変 数 の 管 理 :データの 加 工 を 行 う 62

63 メニュー データ 参 考 R では 以 下 の 外 部 データを 読 み 込 む 機 能 が 用 意 されている data.restore read.dbf read.dta read.epiinfo read.mtp read.octave read.spss read.ssd read.systat read.xport odbcconnect() はパッケージ RODBC の 関 数,その 他 はパッケージ foreign の 関 数 63

64 メニュー 統 計 量 統 計 量 様 々な 統 計 量 の 算 出 や 検 定 の 実 行,モデルの 作 成 が 出 来 る 要 約 統 計 量, 頻 度 集 計, 相 関 係 数 の 算 出 分 割 表 の 作 成, 分 割 表 に 対 する 検 定 平 均 値 に 対 する 検 定 (t 検 定, 分 散 分 析 ), 比 率 データに 対 する 検 定 分 散 についての 検 定 ( F 検 定,バートレットの 検 定 ) ノンパラ 検 定 (ウィルコクソン 検 定,クラスカル ウォリス 検 定 ) 次 元 解 析 ( 測 定 の 信 頼 性, 主 成 分 分 析, 因 子 分 析,クラスター 分 析 ) モデルの 作 成 統 計 量 のメニュー 選 択 データの 変 数 等 を 指 定 という 手 順 64

65 メニュー グラフ グラフ 様 々な 種 類 のグラフを 描 くことが 出 来 る インデックスプロット,ヒストグラム, 幹 葉 表 示 ( 幹 葉 図 ), 箱 ひげ 図,QQプロット, 散 布 図, 散 布 図 行 列, 折 れ 線 グラフ, 条 件 付 き 散 布 図, 平 均 のプロット, 棒 グラフ, 円 グラフ,3Dグラフ グラフをファイルに 保 存 することも 出 来 る 65

66 メニュー モデル モデル メニューの 統 計 量 モデル で 作 成 したモデルに ついて 詳 細 な 検 討 を 加 えることが 出 来 る モデルの 要 約 信 頼 区 間 の 算 出 仮 説 検 定 モデルの 診 断 モデルに 関 するグラフ 描 画 66

67 メニュー 分 布 連 続 分 布 正 規 分 布,t 分 布,χ2 分 布,F 分 布, 指 数 分 布, 一 様 分 布, ベータ 分 布,コーシー 分 布,ロジスティック 分 布, 対 数 正 規 分 布, ガンマ 分 布,ワイブル 分 布,ガンベル 分 布 ( 二 重 指 数 分 布 ) について 累 積 分 布 の 算 出, 確 率 点 の 算 出, 乱 数 の 算 出,グラフの 描 画 を 行 う 67

68 メニュー 分 布 離 散 分 布 2 項 分 布,ポアソン 分 布, 幾 何 分 布, 超 幾 何 分 布, 負 の2 項 分 布 について 累 積 分 布 の 算 出, 確 率 点 の 算 出, 確 率, 乱 数 の 算 出,グラフの 描 画 を 行 う 68

69 メニュー 分 布 例 :2 項 分 布 のグラフ 描 画 69

70 メニュー ツール パッケージのロード: R のパッケージを 呼 び 出 す Rcmdr プラグインのロード: R Commander 用 のプラグイン ( 追 加 機 能 )を 呼 び 出 す オプション:R Commander のウィンドウの 表 示 設 定 を 変 更 する 70

71 メニュー ヘルプ Commander のヘルプ:R Commander のヘルプを 表 示 R Commander:R Commander の 作 者 John Fox 氏 の 解 説 文 書 Getting Started With the R Commander. を 表 示 アクティブデータセットのヘルプ:データセットのヘルプを 表 示 (Rに 用 意 されているデータセットを 開 いている 場 合 ) Rcmdr について: R Commander の 概 要 を 表 示 71

72 参 考 文 献 R Commander 関 係 フリーソフトウェア R による 統 計 的 品 質 管 理 入 門 ( 荒 木 孝 治 編 著, 日 科 技 連 ) R と R コマンダーではじめる 多 変 量 解 析 ( 荒 木 孝 治 編 著, 日 科 技 連 ) Getting Started With the R Commander(John Fox) R with Rcmdr: BASIC INSTRUCTIONS (Murray Logan) R Commander ハンドブック( 舟 尾 暢 男 著, 九 天 社 ) 72

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