注 釈 4 a) first_process では 次 の peel の 為 の 体 表 認 識 という 作 業 を 行 っ ている 4 b) peel は 体 表 全 体 に 出 現 する BAT の background を 除 く 作 業 である Normal mice では 3peel 48

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1 CT によるマウス WAT~Beige/Brite~BAT, skeletal muscles の 画 像 解 析 法 ( 肥 満 代 謝 研 究 者 のためのオリジナルプログラム) 当 研 究 室 では マウスの 脂 肪 組 織 (WAT, BAT, Beige/Brite)とskeletal muscles をCT によって 定 性 的 かつ 定 量 的 に 画 像 解 析 することを 目 的 としてプログラム を 開 発 しました ( 但 し CT HUの 値 上 その 他 の 臓 器 もmuscle 同 様 CT HUsの 値 を 持 つので 我 々のプログラムで 作 成 されたCT 画 像 イメージ での muscle は 他 の 臓 器 をも 含 む ) このプログラムでは 1ボクセル 単 位 の 正 確 さ(WAT BAT において 1ボク セル 内 の 細 胞 数 は それぞれ 21 個 123 個 )で 分 析 可 能 な 2D 3D 解 析 画 像 を 作 成 することができ 広 く Wet Lab. 研 究 者 に 提 供 します 13 週 令 のC57BL/6N を 吸 入 麻 酔 し 測 定 結 果 の 妨 げにならない 発 砲 スチロ ールベッド 上 に 固 定 し 実 験 動 物 用 X 線 CTで 測 定 を 行 う 測 定 には LaTheta LCT 200 ( 日 立 アロカメディカル)を 用 い 測 定 時 の 設 定 は 48mm 視 野 512 画 素 ピクセルサイズ 96μm スライス 厚 192μm スライス 間 隔 1,080μm 回 転 角 度 360 X 線 管 電 圧 低 アーティファクト 除 去 対 象 軟 部 組 織 回 転 速 度 2 回 積 算 とし 呼 吸 同 期 を 行 っている このプログラムを 使 っての 2D 3D 解 析 に 使 用 できるパソコンは Mac OS 10.7 (Lion) 以 降 のみである

2 注 釈 4 a) first_process では 次 の peel の 為 の 体 表 認 識 という 作 業 を 行 っ ている 4 b) peel は 体 表 全 体 に 出 現 する BAT の background を 除 く 作 業 である Normal mice では 3peel 48-h fasted mice では 2peel である なお このプログラムの 著 作 権 の 一 部 は 新 潟 大 学 中 谷 明 弘 先 生 も 保 持 していま すので このプログラムを 使 って 学 会 発 表 論 文 発 表 を 行 うときは 新 潟 大 学 中 谷 明 弘 先 生 と 東 北 大 学 ( 加 齢 研 ) 小 椋 恵 子 を acknowledge してください 問 い 合 わせ: 小 椋 恵 子 keiko-o@idac.tohoku.ac.jp

3 CT 画 像 解 析 ツール(Automator 特 殊 ツール)のインストール 手 順 * 以 下 の 手 順 は Mac OS X Lion に 準 拠 したものである 1 以 下 のリンクへ 移 動 して Apple ID と password を 入 力 し サインイン 2 利 用 規 約 に 同 意 し 個 人 のステータスを 登 録 する primary role だけでよい 3 左 上 の 検 索 ウィンドウに xcode と 入 力 し 検 索 出 てきた Xcode を ダウンロードしてインストールする

4 4 Xcode を 立 ち 上 げ メニューから Xcode Preferences Downloads Command Line Tools を 選 択 し インストールする 5 Mac に 最 初 からインストールされているターミナルを 開 く 6 $の 後 ろに sudo passwd root と 入 力 し enter キー 7 ログイン 用 のパスワードを 入 力 ( 計 3 回 タイプしても 表 示 されない)

5 8 svn と 入 力 し enter さらに which svn と 入 力 して enter /opt/local/bin/svn と 表 示 されればよい 9 ターミナルに sudo emacs /opt/local/etc/macports/sources.conf と 入 力 し enter 10 表 示 された 文 字 列 の 文 末 にある rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar [default]の 先 頭 に#と 入 力 する さらに 改 行 して 以 下 の 行 を 追 加 する file:///opt/local/var/macports/sources/svn.macports.org/trunk/dports/ [default] 入 力 後 はコマンドキーを 押 しながら x キーと s キーを 順 番 に 押 し 保 存 する 保 存 されると 画 面 下 に Wrote と 表 示 される

6 11 ターミナルに sudo emacs /opt/local/etc/macports/macports.conf と 入 力 し enter 12 文 中 の#binpath と 書 かれている 部 分 の#を 削 除 し 保 存 する 13 ターミナルで 以 下 の 行 を 入 力 し enter cd /opt/local/var/macports/sources/svn.macports.org/trunk/dports さらに sudo portindex と 入 力 し enter 最 後 に sudo port f install macports と 入 力 し enter インストールが 始 まる しばらくすると 以 下 の 画 面 が 表 示 される

7 14 プロキシサーバーの 設 定 が 必 要 な 場 合 には 以 下 17までの 操 作 を 行 う 必 要 がなければ18に 移 動 各 サーバーの 設 定 は 個 々のネットワーク 管 理 者 に 問 い 合 わせる ターミナルに sudo emacs ~/.subversion/servers と 入 力 し enter 15 文 中 の 下 部 にある[global]という 項 目 の #http-proxy-host および #http-proxy-port の#を 削 除 し 以 下 のように 変 更 保 存 する http-proxy-host= (http 以 下 は 個 々のサーバーで 異 なる これは 例 ) http-proxy-port=1080 (1080 は 個 々のサーバーで 異 なる これは 例 ) 16 ターミナルに emacs ~/.profile と 入 力 し enter

8 17 行 末 に 以 下 の 行 を 追 加 し 保 存 する (URL およびポート 番 号 は 例 ) export http_proxy= 18 ターミナルで sudo port install ImageMagick と 入 力 し enter 以 下 のような 画 面 が 出 れば 完 了 19 ターミナルで which convert と 入 力 し enter 上 のように /opt/local/bin/convert と 出 れば 完 了

9 CT 画 像 解 析 ツール 使 用 法 1 CT データのテキストファイルを 入 手 する 2 Automator の 各 ツールと 同 じフォルダに 入 れる CT 用 automator ツール 3 CT テキストデータをフォルダごとドラッグして 使 用 したいツールにドロップ

10 4 以 下 は 各 ツールの 説 明 a ) first_process CT テキストデータから CT 値 のヒストグラムを 生 成 する テキストデータを 入 手 したら 最 初 に 行 うべき 作 業 b ) peel CT テキストデータからマウスの 皮 膚 の 部 分 を 削 除 した CT テキストデータを 生 成 し ヒ ストグラムも 同 時 に 生 成 する 数 値 が 大 きくなるほど 皮 膚 の 削 除 範 囲 が 広 い なお この 作 業 が 完 了 すると (folder name)_ peel というフォルダが 作 成 される 以 下 の 操 作 はこのデータセットを 使 用 する c ) MakeColorSliceImages CT テキストデータから CT 値 に 色 付 けを 行 った 画 像 を 生 成 する

11 d ) MakeColor3D MakeColorSliceImages で 生 成 された 画 像 を 入 力 して ボリュームデータを 作 成 する e ) MakeBATWATmuscleSliceImages CT テキストデータから CT 値 が-350 ~ -120 を WAT (Light blue) -120 ~ 20 を BAT (Red) 20 ~ 400 の 領 域 を muscle (Green)として それぞれ 色 付 けした 画 像 を 生 成 する WAT BAT Muscle

12 f ) MakeBATWATmuscle3D MakeBATWATmuscleSliceImages の 画 像 を 入 力 して ボリュームデータを 作 成 する WAT BAT Muscle g ) MakeWATlowBeigeBriteSliceImages CT テキストデータから CT 値 が-350 ~ -190 を WATlow (Pink) -190 ~ -120 を BeigeBrite (Orange)として それぞれ 色 付 けした 画 像 を 生 成 する WAT low Beige / Brite

13 h ) MakeWATlowBeigeBrite3D MakeWATlowBeigeBriteSliceImages の 画 像 を 入 力 して ボリュームデータを 作 成 する 出 力 されるファイルは 3D (うつ 伏 せ) と 3Dr ( 仰 向 け) の 2 種 類 WAT low 3D WAT low 3Dr Beige / Brite 3D Beige / Brite 3Dr i ) 全 身 のヒストグラム 作 成 各 ツール 使 用 後 同 一 フォルダ 内 に CTVfreqprofile.dat ファイルが 作 成 される このファイルを Excel 等 の 表 計 算 ソフトで 開 いて 編 集 することで 全 身 のヒストグラムが 作 成 可 能 である