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1 Microarray Data Analysis Tool データ 解 析 の 進 め 方 Vol.7 - 比 較 データファイルの 作 り 方 - 弊 社 マイクロアレイ 受 託 解 析 サービスで 単 色 法 での 実 験 を 選 択 された 場 合 お 客 様 が 指 定 されたサンプルの 比 較 データを 作 成 して 納 品 しています しかし 納 品 後 にお 客 様 の 方 で 指 定 の 組 み 合 わせ 以 外 の 比 較 データが 必 要 になった 場 合 本 ソフトウェアを 使 用 して 希 望 の 組 み 合 わせで 比 較 データを 作 成 することがで きます 作 成 した 比 較 データは 納 品 データファイルと 同 様 に Scatter PlotやGene Ontology 解 析 などの 機 能 を 使 用 することができます 申 し 込 み 時 に 比 較 を 指 定 した 組 み 合 わせ( 全 4サンプル) Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 この 組 み 合 わせの 比 較 データで 解 析 したい! 単 色 法 のマイクロアレイ 解 析 では 2 色 法 とは 違 い 1 実 験 分 のマイクロアレイデータには 1サンプル 分 の 実 験 データしかありません そのため 各 実 験 データ 同 士 の 比 較 を 容 易 に 行 うことができます 弊 社 マイクロアレイ 受 託 解 析 サービスでは 単 色 法 での 実 験 でお 申 し 込 みをいただいた 場 合 1 実 験 (サンプル)ずつの 実 験 データを 含 んだ Signal 比 較 解 析 用 実 験 データファイル を 納 品 しているので このファイルを 使 用 して 希 望 の 組 み 合 わせでサンプルの 比 較 を 行 うことができます また 比 較 の 際 に 正 規 化 の 手 法 を 選 択 できるので 納 品 データとは 違 う 手 法 で 正 規 化 されたデータを 作 成 することも 可 能 で す なお 比 較 を 行 えるのは 同 一 プラットフォームのマイクロアレイデータのみとなりま す 本 マニュアルでは 比 較 データの 作 成 の 手 順 を 紹 介 します なお 作 成 時 には ソフトウェ アの Signal 比 較 データ 解 析 機 能 を 使 用 しますが 本 マニュアルでは 機 能 の 詳 細 説 明 は 省 き 操 作 手 順 のみを 説 明 します 機 能 の 詳 細 は ソフトウェアの User Manual か データ 解 析 の 進 め 方 Vol.4 などをご 参 照 ください 1

2 ソフトウェアの 起 動 と 実 験 データの 読 み 込 み 手 順 1. ソフトウェアの 準 備 CDに 入 っている Microarray Data Analysis Tool のフォルダを 自 分 のコンピュータ にコピーしてください 手 順 2. ソフトウェアの 起 動 コピーしたフォルダを 開 き MAtool.exe の アイコンをダブルクリックしてください 右 図 のタイトル 画 面 が 表 示 され ソフトウェア が 起 動 します ソフトウェアが 起 動 後 は 右 図 のメイン 画 面 が 表 示 されます 手 順 3. Signal 比 較 解 析 実 験 データ 読 み 込 み アイコンをクリックすると 右 の 画 面 が 表 示 され ます Add ボタンをクリックし 対 象 となる 実 験 データの 選 択 読 み 込 みを 行 います なおSignal 比 較 解 析 用 の 実 験 データファイルは 1サンプル 分 の 実 験 データしかもっていません そのためファ イル 名 も Sample1 vs Sample2 ではなく Sample1 Sample2 のように1 サンプルずつ に 分 かれており サンプル 名 の 後 ろに Signal 比 較 解 析 用 と 入 力 されています 実 験 データ 選 択 画 面 実 験 データを 読 み 込 むと 右 図 のように 選 択 したファイルの 使 用 マイクロアレイ 名 サンプ ル 名 等 が 表 示 されます ここでは Sample1~4 の4つの 実 験 データ を 読 み 込 みます 表 示 の 確 認 が 終 わったら Next ボタンをクリックして 次 へ 進 みます 2

3 手 順 4. 正 規 化 と 比 較 の 組 み 合 わせの 指 定 Next ボタンをクリックすると Data Edit ( 下 図 )の 画 面 が 現 れます この 画 面 では 正 規 化 の 手 法 や 比 較 の 組 み 合 わせの 選 択 を 行 います の 項 目 では 弱 いシグナル 強 度 のスポットに 対 して 一 定 の 値 に 数 値 を 引 き 上 げる 処 理 の 設 定 を 行 います 何 も 設 定 を 行 わなかった 場 合 でも シグナル 強 度 が 以 下 のスポットは 自 動 的 に に 変 換 されますので ここでは 設 定 を 行 わずに 処 理 を 進 めていきます 次 に2の 項 目 で 正 規 化 の 設 定 を 行 います 正 規 化 には Per Array Normalization と Per Gene Normalization の2 種 類 がありますが 比 較 データの 作 成 を 行 う 場 合 は Per Gene Normalizationの 設 定 を 行 う 必 要 はなく Per Array Normalizationのみを 設 定 しま す 本 ソフトウェアでは Per Array Normalizationの 手 法 として 4 種 類 の 計 算 手 法 が 選 択 できますが 本 解 析 では Quantile ( 数 値 指 定 なし) を 選 択 します 最 後 に3の 項 目 で 比 較 するサンプルの 組 み 合 わせを 指 定 します チェックボックスに チェックを 入 れた 後 比 較 の 組 み 合 わせを 指 定 する という 青 色 の 文 章 をクリックする と 次 ページのような 比 較 の 組 み 合 わせ 一 覧 画 面 が 表 示 されます 3

4 この 画 面 では 読 み 込 んだ 全 ての 実 験 データの 組 み 合 わせ(テスト コントロールの 入 れ 替 え 含 む)が 表 示 されます 各 組 み 合 わせの Select 列 をダブルクリックすると が 入 力 されるので このようにして 比 較 したい 組 み 合 わせを 選 択 してください ここで 指 定 した 組 み 合 わせに 基 づいて Ratioデータの 計 算 と 実 験 データファイルの 作 成 を 行 います なお1ページ 目 で 示 したとおり 本 解 析 では Sample4 vs Sample1 と Sample3 vs Sample2 (テスト コントロールの 指 定 は 任 意 )の 比 較 データを 作 成 することが 目 的 なの で 選 択 する 組 み 合 わせは 上 図 のようになります 選 択 終 了 後 OK ボタンをクリック するとData Editの 画 面 に 戻 るので Next ボタンをクリックして 先 に 進 んでください 手 順 5. 様 々なデータのグループ 化 Data Edit 画 面 から 進 むと 2 種 類 の Group Edit 画 面 が 現 れます ここは 実 験 データや 手 順 4で 指 定 したRatioデータのグループ 編 集 を 行 う 画 面 なので 何 も 設 定 せず Next ボタンをクリックし 次 に 進 みます 4

5 手 順 6. 出 力 するデータの 選 択 2つ 目 のGroup Editから 進 むと 表 示 するフィールドの 選 択 画 面 が 現 れます 最 大 6 項 目 まで 選 択 でき ここで 選 択 された 項 目 のみがメイン 画 面 に 表 示 され その 後 の 検 索 に 使 用 できます 実 験 データファイルの 作 成 が 目 的 の 場 合 は どの 項 目 を 選 択 してもかまいません 本 解 析 では 例 として Per Array Normalized intensity を 選 択 しました 手 順 7. メイン 画 面 の 表 示 手 順 6の 画 面 で OK ボタンをクリックすると メイン 画 面 が 表 示 されます ここで 手 順 4の3で 指 定 した 比 較 の 組 み 合 わせのRatioとLog2Ratioが 表 示 されていることを 確 認 してください 本 解 析 では Sample4 vs Sample1 と Sample3 vs Sample2 の2つの 比 較 を 指 定 したため この2つの 組 み 合 わせで 計 算 したデータが 表 示 されています Sample3 vs Sample2 Sample4 vs Sample1 5

6 手 順 8. 比 較 データファイルの 作 成 メイン 画 面 で 指 定 の 組 み 合 わせのRatioデータが 表 示 されていることを 確 認 したら 比 較 データファイルの 作 成 を 行 います まず 画 面 上 部 のメニューバーから ファイル をクリックし そこからさらに Signal 比 較 解 析 から 実 験 データ 作 成 をクリックします するとファイルを 作 成 するための フォルダ (ディレクトリ)の 指 定 を 求 められるので ここで 実 験 データ フォルダを 選 択 し OK ボ タンをクリックします 手 順 9. ファイル 作 成 の 終 了 手 順 8で OK ボタンをクリックすると 数 秒 後 に 指 定 のフォルダに 比 較 データファイル が 出 力 されます ここで 作 成 したファイルは 予 め 弊 社 で 作 成 して 納 品 した 1 比 較 用 の 比 較 データファイルと 同 じフォーマットになっているので 1 比 較 または 複 数 比 較 データ 解 析 機 能 で 読 み 込 み 解 析 を 行 うことが 可 能 です なお この 方 法 で 作 成 できる 比 較 データファイルは Summarization を 行 う 前 のデータ のみとなっています 複 数 スポットのデータをまとめた Summarized data の 解 析 を 行 いたい 場 合 は ここで 作 成 した 比 較 データを 読 み 込 んだ 後 Summarization を 実 行 し てください 6

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