日本コンピュータ化学会論文誌のXML形式への変換ワークフローとWeb公開管理システムの開発

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1 J. Comput. Chem. Jpn., Vol. 10, No. 4, pp (2011) 2011 Society of Computer Chemistry, Japan XML Web 太 刀 川 達 也 a*, 佐 藤 博 b, 野 沢 孝 一 c, 中 村 恵 子 a, 中 野 英 彦 d, 蔵 内 伸 悟 e, 後 藤 仁 志 e e a 埼 玉 大 学 大 学 院 理 工 学 研 究 科, さいたま 市 桜 区 下 大 久 保 255 b 日 本 プリプレス 株 式 会 社, 東 京 都 新 宿 区 北 町 29 c アルテックエンジニア 株 式 会 社, 東 京 都 江 東 区 東 陽 d 兵 庫 県 立 大 学 名 誉 教 授, 姫 路 市 書 写 2167 豊 橋 技 術 科 学 大 学 大 学 院 工 学 研 究 科, 豊 橋 市 天 伯 町 雲 雀 ヶ 丘 1-1 * tachikaw@apc.saitama-u.ac.jp (Received: December 12, 2011; Accepted for publication: December 28, 2011; Advance publication: December 31, 2011) Journal of Computer Chemistry, Japan (JCCJ)では,J-STAGEの 投 稿 審 査 システム(J-STAGE2)を 利 用 し て 投 稿 から 公 開 までの 作 業 をWeb 上 で 行 っている.J-STAGE2での 論 文 公 開 は,PDF 形 式 で 行 われてき たが, 世 界 標 準 ではXMLでの 公 開 が 求 められるようになってきていることや,J-STAGE2の 後 継 である J-STAGE3ではXMLファイル 形 式 に 対 応 することから,JCCJ 誌 においても,XMLワークフローの 開 発 を 行 うこととした.その 結 果,eXtyles,InDesign,Typefi system 等 を 用 いることで, 日 本 語 論 文 でのXML 形 式 へのワークフローを 世 界 で 初 めて 実 現 することができた.また,XML 形 式 の 論 文 ファイルを 自 動 的 に HTML 形 式 に 変 換 し, 成 形 された 論 文 をWeb 公 開 するJCCJ 公 開 管 理 システムを 開 発 した. キーワード: XML,レンダリング,eXtyles,InDesign,Typefi,XSLT,Smarty 1 WEB 上 で 論 文 誌 の 公 開 を 行 うためには, 著 者 より 提 出 された 原 稿 を 元 にしてXMLに 代 表 されるメタデータ を 作 成 することが 必 要 である [1]. 日 本 コンピュータ 化 学 会 では, 前 身 の 化 学 ソフトウェア 学 会 からHTMLや SGML 文 書 を 用 いて 論 文 誌 である The Journal of Chemical Softwareのオンライン 配 信 を 行 ってきた [2]. 現 在 の 日 本 コンピュータ 化 学 会 の 論 文 誌 であるJournal of Computer Chemistry, Japan (JCCJ)では,J-STAGE の 投 稿 審 査 シス テムであるJ-STAGE2を 利 用 して, 投 稿 から 公 開 まで 全 てWEB 上 で 行 っている.その 公 開 形 式 はPDF 形 式 であ る.J-STAGE2では, 著 者 から 提 出 された 原 稿 をLaTeX (テキストベースの 組 版 処 理 システム)で 編 集 すること で 冊 子 体 出 版 用 のPDF ファイルを 作 成 し,さらにそこか らインターネット 公 開 時 に 必 要 な 書 誌 情 報 を 収 めたBIB ファイルを 作 成 することで, 公 開 用 の 原 稿 を 作 成 してい た. このワークフローには2つの 問 題 点 ある.1つはLaTeX での 編 集 を 続 けて 行 くためには, 継 続 的 にLaTeXに 熟 練 したオペレータが 必 要 であるという 点 である.LaTeXに 熟 練 したオペレータを 育 成 するには,1 年 から2 年 の 期 間 が 必 要 であると 予 見 される.そして,2つ 目 は,LaTeX ファイルから 人 の 手 作 業 によるコピー &ペースト 作 業 で BIBファイルを 作 成 しなければならない 点 である. 作 業 は 煩 雑 であり, 人 為 的 なミスが 生 じる 可 能 性 がある. これらの 問 題 点 から,JCCJ 掲 載 論 文 の 製 作 工 程 を 更 新 するために 新 しいワークフローを 探 索 していたとこ ろ,J-STAGEが2011 年 からJ-STAGE3にバージョンアッ プされ,XMLファイル 形 式 に 対 応 することが 発 表 され た. 世 界 標 準 形 式 となってきたXML 形 式 にすることで, データの 再 利 用 性 保 存 性 が 高 まることなどの 利 点 から, 日 本 コンピュータ 化 学 会 は,JCCJ の 掲 載 論 文 の 編 集 に おいて,XML 作 成 のワークフローを 確 立 させることに した.JCCJ 誌 は 邦 文 による 原 稿 を 受 け 付 けているため, 日 本 語 で 書 かれた 論 文 にも 対 応 しなければならない. 本 論 文 では, 日 本 語 論 文 にも 対 応 した 新 しいXMLワーク フローについて 検 討 したので,その 結 果 を 報 告 する. DOI: /jccj

2 2 XML 3 XML Extensible Markup Language (XML)と は, タ グ に 独 自 の 意 味 や 構 造 をもたせたマークアップ 言 語 である. 従 来 使 わ れ て い た 煩 雑 な マ ー ク ア ッ プ 言 語 のStandard Generalized Markup Language (SGML) に 比 べ,データの 変 換 が 容 易 であり,タグに 独 自 の 意 味 をもたせることが できるので,タグを 新 たに 追 加 したり 修 正 したりするこ とも 可 能 である.XMLファイル 形 式 で 原 稿 を 保 有 して いることで, 他 のシステムとのデータ 交 換 などの 連 携 が 可 能 になる. 本 研 究 では, 著 者 原 稿 をXML 形 式 に 変 換 するために extyles [3]を 用 いることとした.eXtylesはアメリカの Inera 社 が 開 発 したWordのプラグインソフトで,Word からXMLファイルを 書 き 出 すことができる. 国 内 でも WordファイルからXMLファイルを 作 成 するソフトウェ アは 多 種 存 在 するが, 海 外 での 学 術 出 版 については, extyles に 特 化 している 点 にも 注 視 した.また,eXtyles はUnicode 対 応 ということで 日 本 語 論 文 への 対 応 という 言 語 の 問 題 もクリアできると 考 えた. extyles はWordからXMLファイルを 書 き 出 すだけで なく, 学 術 雑 誌 の 編 集 に 便 利 な 機 能 を 持 っている. 一 つ は, 引 用 文 献 の 自 動 解 析 ならびに 自 動 修 正 で,PubMed ( 生 物 医 学 文 献 検 索 用 のデータベース)とCrossRef の データベースと 照 合 して, 引 用 文 献 のPMID (PubMed ID) やDOI (Digital Object Identifier)を 参 照 することが 可 能 で ある.そこで,さらに 我 々は, 日 本 語 で 書 かれた 引 用 文 献 とそのローマ 字 表 記 との 対 応 表 を 作 成 することによっ て, 日 本 語 で 書 かれた 引 用 文 献 でもCrossRefに 登 録 され ていればそのDOIを 参 照 することも 可 能 にした.また, extyles では, 本 文 中 の 引 用 の 数 と 引 用 文 献 の 引 用 数 を チェックすることも 可 能 であり,さらには,AutoRedact という 機 能 があり,XMLのタグを 元 にパターンマッチ ングによる 校 正 と 修 正 も 可 能 である.すなわち, 編 集 作 業 を 削 減 できる. 当 初,eXtyles で 日 英 言 語 混 在 XMLファイルをエクス ポートすることを 考 えていたが,NLM-DTD ( 米 国 医 学 図 書 館 (NLM)が 提 唱 する 学 術 出 版 の 電 子 化 向 け 文 書 型 定 義 (DTD)) [4]がなかなか 多 言 語 対 応 にバージョンアッ プされないことや,XML 作 成 のeXtyles 依 存 度 を 低 くす ること 等 の 理 由 で, 日 本 語 と 英 語 を 別 ファイルでエクス ポートすることにし, 日 英 別 XMLファイルを1ファイル にマージするという 工 夫 により 日 本 語 論 文 のXML 化 が 実 現 した.この 手 法 を 開 発 したことから, 様 々なバリ エーションに 富 んだXMLファイルを 作 成 することがで きるようになった. XMLファイルからレンダリング( 組 版 )する 手 法 につ いても, 様 々な 手 法 が 存 在 する. 学 術 誌 で 実 績 がある Arbotext Advanced Print Publisher ( 旧 3B2; PTC 社 の 自 動 組 版 ソフト)を 利 用 することを 考 えたが,LaTeX 同 様 にソ フトに 熟 練 したオペレータが 必 要 であり,オペレータ の 育 成 などを 考 えるとトータルのランニングコストが 高 いものになると 考 えられる.また, 日 本 語 のテンプ レートを 開 発 しなければならないことなども 考 えて, 本 研 究 では,InDesignを 選 択 することとした.InDesignと は,アドビシステムズが 販 売 するDTPソフトウェアで ある.DTPとは, 書 籍, 新 聞 などの 編 集 に 際 して 行 う 割 り 付 けなどの 作 業 をコンピュータ 上 で 行 い,プリンター で 出 力 を 行 う こ と で,InDesignは,Adobe Illustratorや Adobe Photoshopとの 強 力 な 連 携 性 を 持 ち,Illustratorや Photoshopのネイティブデータをそのまま 表 示, 出 力 す ることができる.InDesignには, 日 本 語 の 文 字 組 み 機 能, 合 成 フォント 作 成 機 能 があり, 既 に 日 本 語 の 文 字 組 み 機 能 があることも,InDesignを 選 択 した 理 由 の 一 つである. し か し な が ら,InDesignで 文 字 組 み し た も の か ら NLM-DTDに 準 拠 したXMLファイルにエクスポートす ることは 海 外 でも 例 が 少 ない.そこで,XMLファイル のInDesignへの 入 出 力 には,InDesign のXMLエクスポー ト 機 能 を 使 うのではなく,TypefiのXMLエクスポート 機 能 を 使 用 することにした.Typefiはオーストラリアの Typefi 社 で 開 発 されたInDesignをAPI ( 簡 単 にプログラム 化 できるインターフェース) 経 由 で 制 御 するXML 入 力 の 全 自 動 組 版 システムである.eXtyles との 相 性 が 非 常 に 良 く,eXtyles から 書 き 出 したXMLファイルをInDesign へ の 取 り 込 んだ 実 績 が 数 多 くあり,WHO ( 世 界 保 健 機 関 ) 等 で 論 文 の 全 自 動 組 版 システムとして 稼 動 中 である. 単 にXMLファイルをInDesign へ 入 出 力 するだけではなく, テキストはもちろん, 画 像 や 表 の 全 自 動 組 版 まで 可 能 に したソフトである. 数 式 については, 著 者 が 作 成 した 数 式 を,MathTypeを 用 いてWMF (Windows Meta File)にエクスポートするこ とで, 数 式 を 一 から 入 力 する 必 要 がないようにすること ができた.またMathTypeはファイル 名 を 一 定 のルール でエクスポートすることから,XMLファイル 内 に 関 連 付 けのパスを 書 くことで, 本 文 中 に 数 式 WMFファイル が 自 動 的 に 位 置 付 けされる. 画 像 ファイルも 同 様 で, 著 者 が 作 成 した 画 像 ファイルを, 他 のメディアに 埋 め 込 む 際 に 必 要 な 情 報 を 補 った 画 像 ファイルフォーマットをも つポストスクリプトである EPS (Encapsulated PostScript) ファイルとして 準 備 しておき,ルールに 従 ったファイル 名 で 保 存 しておくことで, 本 文 中 に 出 現 する 画 像 参 照 の あるページの 上 部, 下 部 のどちらかに 自 動 的 に 配 置 され 142 J. Comput. Chem. Jpn. Vol. 10, No. 4 (2011)

3 の 校 正 を 受 け,InDesignで 修 正 作 業 を 行 う. 修 正 された XMLファイルは,J-STAGE2ではPDFファイルに 変 換 す ることで 早 期 公 開 や 本 公 開 に 利 用 でき,さらには,Ondemand 印 刷 に 用 いることができる.J-STAGE3では,そ のまま,J-STAGE3における 早 期 公 開 や 本 公 開 に 利 用 さ れる 予 定 である. こ の ワ ー ク フ ロ ー の 特 徴 はeXtyles やTypefiか ら エ ク ス ポ ー ト さ れ たXMLファイルが,XSLT (extensible Stylesheet Language Transformations)で 変 換 することを 考 慮 したシンプルな 構 成 のXMLファイルとなっているこ とである. 5 XSLT XML HTML Figure 1. Workflow into XML format using InDesign. るようにした. 製 作 のワークフローではXMLの 入 出 力 だけをTypefi で 行 い,タッチアップ( 修 正 )はTypefiから 出 力 される InDesignファイルを 通 常 のInDesignで 作 業 し, 修 正 後, Typefiへ 戻 すことが 可 能 である.こうすることで 手 間 が かかるタッチアップ 作 業 をTypefi のインストールされて いないInDesignで 行 うことができ, 導 入 コストが 高 価 に ならずに 済 むという 利 点 がある. 4 XML 以 上 をまとめると,JCCJ の 日 本 語 論 文 をXML 形 式 に 変 換 し, 論 文 のレンダリングを 行 うためのワークフロー は,Figure 1に 示 すようになる.Word 形 式 で 提 出 された 日 本 語 論 文 は,eXtylesを 用 いて,XML 形 式 に 変 換 され る. 表 の 原 稿 はeXtylesからCALS 形 式 (XMLで 表 を 表 現 するための 規 格 )に 変 換 される. 構 造 式 や 図 版 の 原 稿 は,EPS (Encapsulated PostScript)ファイルとして 準 備 し ておく.XML 形 式 の 論 文 ファイルは,Typefiを 用 いて InDesignに 入 力 され,InDesignによる 組 版 が 行 われた 後, Typefiを 経 由 して,XMLファイルに 出 力 される. 組 版 されたXMLファイルはPDF ファイルにして, 著 者 から こうして 出 来 上 がったXML 形 式 の 論 文 ファイルを ウェブブラウザで 閲 覧 できるようHTML 形 式 に 変 換 する ためにXSLTを 利 用 する.XSLTはXML 形 式 で 記 述 され た 文 書 をHTMLやプレーンテキストなど 様 々な 形 式 に 変 換 することが 可 能 な 簡 易 変 換 言 語 である.XSLTの 実 行 環 境 はXSLTプロセッサと 呼 ばれ, 通 常 Webブラウザ に 内 蔵 されている. 公 開 する 論 文 にスタイルシートを 適 用 するだけであれば,XMLファイルとXSLTファイルを Webブラウザに 渡 すことで 論 文 を 整 形 して 表 示 すること が 可 能 であるが, 本 会 ホームページなどのWebページ 内 で 成 形 した 論 文 を 表 示 する 場 合,このプロセッサの 使 用 は 難 しくなる.そこで, 動 的 なWebページを 作 成 するこ とを 主 な 目 的 として 開 発 されたプログラム 言 語 PHP [5] のXSLTプロセッサを 使 用 して,XML 形 式 からHTML 形 式 に 変 換 し,その 結 果 をJCCJ 専 用 のWebページ 内 に 埋 め 込 むこととした(Figure 2). また,JCCJ サイトのメンテナンス 性 を 高 めるためにテ ンプレートエンジンを 利 用 した.テンプレートエンジン を 利 用 することによってPHPによるプログラムの 部 分 と HTMLによるデザインの 部 分 を 分 離 することが 可 能 とな る.これによって,プログラマはデザインを 気 にするこ となくPHPのソースのみ 修 正 することが 可 能 となり,デ ザイナはプログラムを 気 にすることなくHTMLで 記 述 さ れたテンプレートのみ 修 正 可 能 となる.よって,JCCJ のサイトデザインを 変 更 したいような 場 合 には,テンプ レートのみに 手 を 加 えることで 実 現 できる. 今 回 は,い くつもあるPHPのテンプレートエンジンの 中 からSmarty [6] を 採 用 した.Smartyはテンプレートを 一 旦 コンパイ ルするというユニークな 特 徴 を 持 つためテンプレートを パースするオーバーヘッドが 存 在 せず, 動 作 が 非 常 に 高 速 である. さらに, 新 しいジャーナルが 追 加 された 際 にJCCJサ イトの 更 新 を 簡 単 化 するため,Apache Webサーバ [7] DOI: /jccj

4 Figure 2. Sample texts of a JCCJ article formatted in (a) XML and (b) HTML. の RewriteEngine 機能と上記 PHP プログラムを連動させ Number] というクエリ付きの URL に変換される そし た Web 発行管理システムを開発した これにより 論 て PHP で書かれた index.php によりこのクエリに合致 文の XML ファイルを階層化された適切なリソースフォ する論文の XML ファイルから成形された HTML 形式の ル ダ に 設 置 す る だ け で 自 動 的 に 論 文 の Web ペ ー ジ 論文ページを作成するわけである 一度生成されたペー が作成され. 閲覧可能になった. 具体的には 例えば ジは Smarty のキャッシュ機能によって保持することで リ ソ ー ス フ ォ ル ダ Home/[Journal Name]/[Vol No]/[DOI サーバの負担を軽減するなど パフォーマンスの向上を Number] に論文の XML ファイルや画像ファイルなどを 行っている 置 く と Web ブ ラ ウ ザ で Name]/[Vol 上記のシステム生成された HTML に対して Web デザ No]/[DOI Number]/ の URL にアクセスできるようになる インを調整する CSS (Cascading Style Sheets) の定義ファ が ここで RewriteEngine によって自動的に イルを適用し 最終的な Web ページとなる (Figure 3) [Journal Name]/index.php?j = [Vol No]&c = general&n = [DOI 144 J. Comput. Chem. Jpn. Vol. 10, No. 4 (2011)

5 Figure 3. Sample styles of a JCCJ article displayed on a Web browser. 6 従 来,PDFで 行 ってきた 電 子 ジャーナルの 公 開 をXML ファイルで 行 うためのワークフローの 検 討 を 行 った.そ の 結 果, 著 者 から 提 出 されたWordファイルをXMLファ イルに 変 換 するためにeXtylesを 用 いること,および, 組 版 にはInDesign+Typefiを 用 いることで, 熟 練 されたオペ レータなしに, 日 本 語 論 文 をXML 形 式 に 変 換 するワー クフローを 世 界 で 初 めて 実 現 することができた. また,PHP/XSLTプロセッサ,Apache/RewriteEngine 機 能,JCCJ 専 用 CCS 定 義 を 用 いて, 新 たに 作 成 したXML 形 式 の 論 文 ファイルをサーバにアップするだけで, 自 動 的 にHTML 形 式 に 変 換 し,Webデザインされた 論 文 をWeb 上 に 公 開 するJCCJ 公 開 管 理 システムを 開 発 した. このシステムを 使 った 新 しいJCCJは 間 もなく 公 開 され る 予 定 である [8]. 新 しいJCCJ 専 用 のWebデザインのためのCSS 定 義 は ( 有 )クリスティの 鍋 島 丈 敏 氏 のご 協 力 を 得 て 作 成 するこ とができた. [1] K. Hayashi, T. Nakatani, T. Ohta, Journal of Information Processing and Management,2009, 51 (12), [CrossRef] [2] H. Nakano, S. Tokita, Y. Nakata, T. Yoshimura, H. Yoshida, M. Ito, K. Isshiki, Y. Iihashi, J. Chem. Software, 6, 145 (2000). [CrossRef] [3] L. R. Adam, C. Perera, Proceedings of the Journal Article Tag Suite Conference gov/books/nbk47080/. [4] NLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite. dtd.nlm/nih.gov/. [5] PHP, Hypertext Preprocessor, [6] Smarty PHP Template Engine, [7] Apache web server, The Apache Software Foundation, [8] New style sheets for Journal of Computer Chemistry, Japan will be published as soon as possible, sccj.net/jccj2/. DOI: /jccj

6 Journal of Computer Chemistry, Japan: Conversion of Japanese Word Manuscript into the XML Format and Web Publication Management System Tatsuya TACHIKAWA a*, Hiroshi SATO b, Kouichi NOZAWA c, Keiko NAKAMURA a, Hidehiko NAKANO d, Shingo KURAUCHI e and Hitoshi GOTO e a SAITAMA University, Graduate School of Science and Engineering 255 Shimo-Ohkubo, Sakura-ku, Saitama City, Saitama , Japan b Japan Prepress Co., Ltd., 29 Kita-machi, Shinjyuku-ku, Tokyo , Japan c Altech Engineering Co., Ltd., Toyo, Koto-ku, Tokyo , Japan d University of Hyogo, Graduate School of Engineering, 2167 Shosha, Himeji-shi, Hyogo , Japan e Toyohashi University of Technology, Graduate School of Engineering 1-1 Hibarigaoka, Tempaku-cho, Toyohashi, Aichi, Japan * tachikaw@apc.saitama-u.ac.jp The online manuscript submission and peer-reviewing system at J-STAGE2 has been used for the editorial management from the submission of a manuscript to its publication of the Journal of Computer Chemistry, Japan (JCCJ) on Web. Recently, because the publication in XML format has been demanded in the world and because the XML format will be supported on J-STAGE3, the XML workflow must be developed for the journal publication by JCCJ. Japanese XML workflow was realized for the first time in the world by utilizing extyles, InDesign, and Typefi for the rendering and conversion software. Web publication management system for JCCJ is also developed by using PHP/XSLT processor, Apache/RewriteEngine directive, and CCS definition. Keywords: XML, Rendering, extyles, InDesign, Typefi, XSLT, Smarty 146 J. Comput. Chem. Jpn. Vol. 10, No. 4 (2011)

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