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1 1 / 6 Date: Mon, 07 Apr :35: To: Junji Torii Cc: Shunji KASAMA Subject: new-ver.-of-mcl-and-mhl とりいさま 産 総 研 の 中 野 司 です 最 近 になって slice シリーズ のプログラム 群 の 抜 本 的 な 改 造 を 始 めました まだほんの 少 ししか 手 を 付 けていませんが その 発 端 となった 新 版 のクラスタ ラベリング 用 プログラムの 説 明 を 記 した を 送 ります ただし この では3 次 元 画 像 用 のプログラム si_mcl と si_mhl だけを 説 明 していますが 今 回 はそれらに 加 え て2 次 元 画 像 用 のプログラム t_mcl と t_mhl も 書 きました これらの 起 動 法 は3 次 元 用 の ものとほぼ 同 じです(これらのコマンド 名 だけをキー 入 力 すれば 起 動 法 の 簡 単 な 説 明 が 表 示 されます) なお これら4 個 のプログラムのソースファイルと Windows 用 実 行 ファイルは 以 下 の 書 庫 ファイルに 入 っています( 説 明 の に 添 付 してあった 書 庫 ファイルは 除 去 しました) どうぞお 試 し 下 さい 連 絡 が 遅 れてすみません P.S. [1] 今 回 の 改 造 は 32 bit の 壁 を 越 えるためのものです とは 言 え slice シリーズ のユーザが 使 っている 計 算 機 は 32 bit 機 が 多 いので 64 bit 機 を 使 えば 32 bit の 壁 を 越 えることができ かつ 32 bit 機 でも 従 来 のプログラムの 不 備 による 31 bit の 壁 を 越 えることができるようにしました [2] 今 回 のプログラムでは 以 前 に 紹 介 した Hoshen & Koppleman のアルゴリズムを 少 しだけ 変 えたものを 使 っています このちょっとした 改 変 でクラスタラベリングの 処 理 がかなり 速 くなりました

2 2 / 6 添 付 した Date: Tue, 18 Mar :19: To: Satoshi Okumura CC: Kentaro Uesugi, Akira TSUCHIYAMA, Masayuki Uesugi,Michihiko NAKAMURA Subject: new-ver.-of-mcl-and-mhl おくむらさま なかのです 先 日 の に 書 いた3 次 元 画 像 の multiple cluster labeling や multiple hole labeling を 行 うためのプログラムの 抜 本 的 な 改 造 を 行 いました: 旧 版 新 版 処 理 内 容 slicemcl si_mcl multiple cluster labeling を 行 う slicemhl si_mhl multiple hole labeling を 行 う この に 添 付 した 書 庫 ファイル mcl.taz( 削 除 しました)を 適 当 なディレクトリにコ ピーした 後 (Cygwin 上 で) 以 下 を 入 力 すれば 実 行 ファイルをコンパイルできます: tar xzf mcl.taz cd mcl make こうして 得 られた 実 行 ファイル si_mcl.exe と si_mhl.exe を 実 行 パスに 登 録 されているディ レクトリにコピーすれば 準 備 は 完 了 です これらのプログラムの 起 動 法 は 従 来 の slice シリーズのものと 若 干 異 なります: multiple cluster labeler slicemcl orgdir namefile lower upper {newdir} si_mcl orgdir namefile rangelist {newdir} multiple hole labeler slicemhl orgdir namefile lower upper {newdir} si_mhl orgdir namefile rangelist {newdir} 新 版 のプログラムでは3 次 元 画 像 の 上 で 固 体 の 部 分 と 見 なす 画 素 値 の 範 囲 を 起 動 パラ メータ rangelist に 与 えた 文 字 列 で 以 下 のようにして 指 定 することができます( 文 字 列 の 中 に 空 白 を 挟 まないこと):

3 3 / 6 文 字 列 意 味 100 画 素 値 100 の 画 素 を 固 体 の 部 分 と 見 なす 100- 画 素 値 が 100 以 上 の 画 素 を 画 素 値 が 100~200 の 画 素 を ,200 画 素 値 が 100 もしくは 200 の 画 素 を ,200- 画 素 値 が 100 以 下 もしくは 200 以 上 の 画 素 を... なお 新 しいプログラムは 従 来 のものと 完 全 に 互 換 な 出 力 を 行 います これらのプログラムを 先 日 の に 書 いてあった 巨 大 画 像 で 試 してみて 下 さい(これら でもそれを 取 り 扱 えない 場 合 は 対 処 法 があります) とり 急 ぎ

4 4 / 6 Date: Tue, 08 Apr :29: To: Junji Torii Cc: Shunji KASAMA Subject: Re: new-ver.-of-mcl-and-mhl とりいさま なかのです ありがとうございます 昨 日 の に 書 き 忘 れていました si_mcl と si_mhl を 大 メモリの 64 bit 機 でコンパイルする 場 合 は gcc -DIOM... のようにして 定 数 "IOM" を define して 下 さい("Makefile"の 先 頭 の 所 で comment out し てあるコンパイラの 設 定 をご 覧 下 さい) si_mcl や si_mhl は3 次 元 画 像 を5 回 スキャンし て 処 理 を 行 います 定 数 IOM(Image On Memory)を define しておくと3 次 元 画 像 すべ てをメモリに 読 み 込 んだ 後 に 処 理 を 行 いますが そうでない 場 合 にはスライス 画 像 のファ イルを 合 計 5 回 アクセスします(ディスクキャッシュが 大 きければ 問 題 ないですが そう でないと...) とり 急 ぎ Date: Tue, 08 Apr :41: To: Junji Torii Cc: Shunji KASAMA Subject: Re: new-ver.-of-mcl-and-mhl とりいさま なかのです すみません 先 程 の 補 足 です 定 数 IOM を define した 場 合 は2 値 化 後 の3 次 元 画 像 をメモリに 保 持 します つまり 3 次 元 画 像 の 画 素 の 総 数 の 1/8 のバイト 数 のメモリ が 余 分 に 必 要 になります 画 素 の 画 像 128 MB が 余 分 に 必 要 画 素 の 画 像 1 GB と 言 うことで 32 bit 機 用 の 実 行 ファイルでも IOM をオンにしてコンパイルすればよいの かもしれません(Win32 機 で 使 用 可 能 なメモリの 最 大 値 は2GB?) とり 急 ぎ

5 5 / 6 Date: Fri, 17 Jun :58: To: TSUCHIYAMA, Akira Cc: Masayuki Uesugi, Kentaro UESUGI, Ryo Noguchi, 松 本 徹, Junya Matsuno, Takashi Nagano, Yuta Imai Subject: peak-cluster-search つちやまさま なかのです 先 程 の に 書 いた 画 素 値 ペアのヒストグラムの2 次 元 画 像 に 関 すること ですが そのピークサーチをしたい 場 合 はプログラム t_pcs(pcs == peak cluster search) が 利 用 可 能 です これは 隣 接 する 周 囲 の 画 素 の 値 よりも 高 い 画 素 値 を 持 つ 画 素 ( 同 じ 値 の 画 素 群 が 隣 接 している 場 合 はそれらのクラスタ)を 識 別 して それらそれぞれの( 重 心 の) 座 標 値 などを 出 力 するプログラムです t_pcs(および3 次 元 画 像 用 プログラム si_pcs)のソースコードなどは 以 下 の 書 庫 ファイル に 入 っています(もちろん HSL にもインストール 済 み): また t_pcs の 起 動 法 は 以 下 の 通 りです: t_pcs orgtiff > pc2.txt t_pcs orgtiff newtiff > pc2.txt ただし orgtiff: 画 素 値 のピークサーチを 行 いたい TIFF 画 像 ファイルの 名 前 newtiff: orgtiff の 画 素 値 のうちピークの 画 素 (のクラスタ) 以 外 のものを 画 素 値 0に 置 換 した 画 像 を 入 れるファイルの 名 前 pc2.txt: 画 像 上 のピーク(のクラスタ)の 情 報 を 書 き 込 んだテキストファイル 1 行 目 (1 個 の 整 数 値 が 書 き 込 まれている) 画 像 上 に 出 現 したピーク(のクラスタ)の 総 数 2 行 目 以 降 (8 個 の 数 値 がタブコード 区 切 りで 並 んでいる) [1] そのピーククラスタの 画 素 値 [2] そのピーククラスタのサイズ( 画 素 数 ) [3,4] そのピーククラスタの 重 心 の x および y 座 標 値

6 6 / 6 [5,6,7,8] そのピーククラスタの bounding box の 情 報 ( 座 標 値 ) とりあえず 以 上 です P.S. t_pcs に 相 当 する3 次 元 画 像 用 の 画 素 値 のピーククラスタサーチプログラムは si_pcs で その 起 動 法 は 以 下 の 通 りです si_pcs orgdir namefile > pc3.txt si_pcs orgdir namefile newdir > pc3.txt ただし orgdir と namefile および newdir: 意 味 はわかりますよね? pc3.txt: 画 像 上 のピーククラスタの 情 報 を 書 き 込 んだテキストファイル 1 行 目 (1 個 の 整 数 値 ) ピーククラスタの 総 数 2 行 目 以 降 (タブコード 区 切 りの 11 個 の 値 ) [1] そのピーククラスタの 画 素 値 [2] そのピーククラスタのサイズ [3,4,5] そのピーククラスタの 重 心 の 座 標 値 [6,7,8,9,10,11] そのピーククラスタの bounding box の 情 報

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