Microsoft Word - 添付資料final.doc

Transcription

1 添付資料

2 成果まとめ表 特許出願学会誌等 ([]; 海外出願 ) 査読有り総説 解説 ((); 投稿中 ) 学会等発表 新聞等 研究開発項目 1)BAC を用いた高精度全ゲノムアレイの開発研究開発項目 2) 染色体異常を解析する革新的要素技術の開発研究開発項目 3) 臨床診断用全自動染色体異常解析システムの開発 (1) 集計 18(1) 添 -1

3 研究開発項目毎成果一覧研究開発項目 1)BAC を用いた高精度全ゲノムアレイの開発研究開発項目 2) 染色体異常を解析する革新的要素技術の開発 1. 研究発表 講演 ( 口頭発表も含む ) 発表年月日発表媒体発表タイトル発表者 ( 文献発表 ; 関連文献も含む ) 平成 18 年 9 月 Annals of Surgery ( ) 平成 18 年 11 月 平成 18 年 11 月 Oncology Reports 誌 Oncology Reports 誌 Nov;16(5): AFP mrna Detected in Bone Marrow by Real-Time Quantitative RT-PCR Analysis Predicts Survival and Recruuence After Curative Hepatectomy for Hepatocellular Carcinoma The genetic differences between gallbladder and bile duct cancer cell lines Significance of cyclin E and p27 expression in malignant ovarian germ cell tumors: Correlation with the cell proliferation activity and clinicopathologic features. Kamiyama T, Takahashi M, Nagakawa T, Nakanishi K, Kamachi H, Suzuki T, Shimamura T, Taniguchi M, Ozaki M, Matsushita M, Furkawa H, Todo S( 北海道大学 ) Soichiro Saito 1,Mila Ghosh 2,Keiko Morita 1,Takashi Hirano 1,Masanao Miwa 3,Takeshi Todoroki 2 ( 1 独立行政法人産業技術総合研究所 2 筑波大学 3 長浜バイオ大学 ) Kawauchi S,Yamamoto Y, Uchida K, Chochi Y, Kondo T, Oga A, Sasaki K. 平成 18 年 12 月 Clinical Cancer Research Dec;12: Biological characteristics in bladder cancer depend on the type of genetic instability. Yamamoto Y,Matsuyama H, Kawauchi S, Furuya T, Liu X-P, Ikemoto K, Oga A, Naito K, Sasaki K. 平成 18 年 12 月 Oncology Reports 誌 Dec;16(6): Molecular features linked to the growth-ingibitory effects of gemcitabine on human pancreatic cancer cells Oncology Report Toshimitsu H, Iizuka N, Yamamoto K, Kawauchi S, Oga A, Furuya T, Oka M, Sasaki K. 添 -2

4 平成 18 年 12 月 Clin Cancer Res. Dec1;12(23) Chromosome 20q13.2 gain may predict intravesical recurrence after nephroureterectomy in upper urinary tract urothelial tumors. Akao J,Matsuyama H,Yamamoto Y, Sasaki K, Naito K. 平成 18 年 Bull Yamaguchi Med Sch 誌 2006;53.:37-43 The Development of a Novel Method for the Classification of the acgh Profiles Based on Genomic Alterations Nakao M, Okada T, Ikemoto K, Furuya T, Oga A, Kawauchi S, Sasaki K 平成 18 年 Oncol Rep. 誌 2006 Jun;15(6): Relation of DNA ploidy to genetic aberrations detected by chromosomal CGH and FISH in gastric adenocarcinomas. Furuya T, Uchiyama T, Adachi A, Chochi Y, Oga A, Kawauchi S, Ishiglo K, Sasaki K. 平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年 J Clin Pathol 誌 2006 Sep;59(9): Cancer Genet Cytogenet 誌 2006;167(2): Oncology 誌 2006;70: Br J Cancer;95: Ann Surg Oncol Cytogenetic analysis of myxoid liposarcoma and myxofibrosarcoma by array-based comparative genomic hybridization Molecular cytogenetic analysis of oral squamous cell carcinomas by comparative genomic hybridization, spectral karyotyping, and fluorescence in situhybridization. Overexpression of polo-like kinase 1(PLK1) and chromosomal instability in bladder cancer CEACAM6 gene expression in intrahepatic cholangiocarcinoma. Loss of MAL Expression in Precancerous Lesions of the Esophagus. Ohguri T, Hisaoka M, Kawauchi S, Sasaki K, Aoki T, Kanemitsu S, Matsuyama A, Korogi Y, Hashimoto H. Uchida K, Oga A, Okafuji M, Mihara M, Kawauchi S, Furuya T, Chochi Y, Ueyama Y, Sasaki K, Yamamoto Y, Matsuyama H, Kawauchi S, ;Matsumoto H, Nagao K, Ohmi C, Sakano S, Furuya T, Oga A, Naito K. Sasaki K. Ieta K, Tanaka F, Utsunomiya T, Kuwano H, Mori M Mimori K, Nishida K, Nak Y, Ieta K, Yoshikawa Y, Sa A, Ishii H, Alonso MA, M 平成 18 年 平成 18 年 Br J Cancer;94: Ann Surg Oncol Reduced tau expression in gastric cancer can identify candidates for successful Paclitaxel treatment. Opa Interacting Protein 5 (OIP5) Is a Novel Cancer-testis Specific Gene in Gastric Cancer. Mimori K, Sadanaga N, Yoshikawa Y, Ishikawa K, Hashimoto M, Tanaka F, S A, Inoue H, Sugimachi K, M Nakamura Y, Tanaka F, Nagahara H, Ieta K, Haraguchi N, Mimori K, Sasaki A, Inoue H, Yanaga K, Mori M 平成 18 年 Am Risk factors of abdominal surgery in Nakashima H, Karimine N 添 -3

5 Surg;72: patients with collagen disea ses. T, Ueo H, Kohnoe S, Mori 平成 18 年平成 18 年 Int J Oncol;28: Clin Cancer Res;12: Differential gene expression profiles of radioresistant pancreatic cancer cell lines established by fractionated irradiation. Fatty acid binding protein 6 is overexpressed in colorectal cancer. Ogawa K, Utsunomiya T, Mimori K, Tanaka F, Haraguchi N, Inoue H, Murayama S, Mori M Ohmachi T, Inoue H, Mim Tanaka F, Sasaki A, Kanda Fujii H, Yanaga K, Mori M 平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年平成 18 年 Clin Cancer Res;12: Oncol Rep;15: Ann Surg Oncol;13: Eur J Surg Oncol;32: Clin Cancer Res;12: Int J Oncol;29: J Natl Cancer Inst;98: Breast cancer research and treatment;98: Int J Oncol;29: Cancer Res;66: Clinical significance of TROP2 expression in colorectal cancer. Expression of the TRAG-3 gene in human esophageal cancer: The frequent synchronous expression of MAGE-3 gene. Specific gene-expression profiles of noncancerous liver tissue predict the risk for multicentric occurrence of hepatocellular carcinoma in hepatitis Cvirus-positive patients. Preoperative transcatheter arterial chemoembolization reduces long-term survival rate after hepatic resection for resectable hepatocellular carcinoma. Significance of skp2 expression in primary breast cancer. Efficient induction of specific cytotoxic T lymphocytes to tumor rejection peptide using functional matured 2 day-cultured dendritic cells derived from human monocytes. Specific peptide ligand for Grb7 signal transduction protein and pancreatic cancer metastasis. Angiopoietin 2 expression in invasive ductal carcinoma of the breast: its relationship to the VEGF expression and microvessel density. Gene expression profiling of lymph node metastasis by oligomicroarray analysis using laser microdissection in esophageal squamous cell carcinoma. PGP9.5 methylation in diffuse-type gastric cancer. Ohmachi T, Tanaka F, Mimori K, Inoue H, Yanaga K, MoriM Ohta M, Tanaka F, Sadana Yamaguchi H, Inoue H, M Okamoto M, Utsunomiya T, Wakiyama S, Hashimoto M, Fukuzawa K, Ezaki T, Hanai T, Inoue H, Mori M Sasaki A, Iwashita Y, Shibata K, Ohta M, Kitano S, Mori M Sonoda H, Inoue H, Ogawa K, Utsunomiya T, Masuda TA, Mori M Tanaka F, Yamaguchi H, Haraguchi N, Mashino K, Ohta M, Inoue H, Mori M Tanaka S, Pero SC, Taguchi K, Shimada M, Mori M, Krag DN, Arii S Tsutsui S, Inoue H, Yasuda K, Suzuki K, Takeuchi H, Nishizaki T, Higashi H, Era S, Mori M Uchikado Y, Inoue H, Haraguchi N, Mimori K, Natsugoe S, Okumura H, Aikou T, Mori M Yamashita K, Park HL, Kim MS, Osada M, Tokumaru Y, Inoue H, Mori M, Sidransky D 添 -4

6 平成 19 年 1 月 Oncology Reports 誌 Jan;17(1): Chromosomal aberrations Detected by comparative genomic hybridization predict outcome in patients with colorectal carcinoma. Oncol Rep. Liu XP, Kawauchi S, Oga A, Sato T, Ikemoto K, Ikeda E, Sasaki K. 平成 19 年 Cancer Genet Cytogenet Apr 1;174(1):42-7 Overexpression of BUBR1 is associated with chromosomal instability in bladder cancer Yamamoto Y, Matsuyama H, Chochi Y, Okuda M, Kawauchi S, Inoue R, Furuya T, Oga A, Naito K, Sasaki K. 平成 19 年 Cancer Genet Cytogenet Apr 1;174(1): Haploinsufficiency of 8p22 may influence cancer-specific survival in prostate cancer Matsuyama H, Oba K, Matsuda K, Yoshihiro S, Tsukamoto M, Kinjo M, Sagiyama K, Takei M, Yamaguchi A, Sasaki K, Naito K. 平成 19 年 Oncology 2007;72: Gain of 5p15.33 Is Associated with Progression of Bladder Cancer Yamamoto, Y. Chochi, Y. Matsuyama, H. Eguchi, S. Kawauchi, S. Furuya, T. Oga, A. Kang, J.J. Naito, K. Sasaki, K. 平成 19 年 Oncol Rep Nov;18(5): Influence of cytological stains on comparative genomic hybridization analysis for DNA extracted from cytological smears Kawauchi S, Sugimoto S, Liu XP, Ikemoto K, Furuya T, Takahashi M, Sasaki K. 平成 19 年 11 月 平成 19 年 Mol Cell Proteomics( ) Oncologist;12: BlotGlycoABCTM: An integrated glycoblotting technique for rapid and large-scale clinical glycomics. BAC clones related to prognosis in patients with esophageal squamous carcinoma: an array comparative genomic hybridization study. Yoshiaki Miura, Magumi Hato, Yasuro Shinohara, Hiromitsu Kuramoto, Jun-ichi Furukawa, Masaki Kurogochi, Hideyuki Shimaoka, Mitsuhiro Tada, Kazuaki Nakanishi, Michitaka Ozaki, Satoru Todo, and Shin-Ichiro Nishimura ( 北海道大学 ) Hirasaki S, Noguchi T, Mimori K, Onuki J, Morita K, Inoue H, Sugihara K, Mori M, Hirano T 平成 19 年 Int J Identification of overexpressed genes in Ieta K, Ojima E, Tanaka 添 -5

7 平成 19 年平成 19 年平成 19 年平成 19 年平成 19 年平成 19 年 Cancer;121:33-38 BMC molecular biology;8:37 Oncologist;12: Ann Surg Oncol;14: Br J Cancer;96: Int J Oncol;31: Esophagus;4: hepatocellular carcinoma, with special reference to ubiquitin-conjugating enzyme E2C gene expression. Rad9 modulates the P21WAF1 pathway by direct association with p53. A case of an alpha-fetoprotein-producing intrahepatic cholangiocarcinoma suggests probable cancer stem cell origin. Tripartite Motif-Containing 29 (TRIM29) Is a Novel Marker for Lymph Node Metastasis in Gastric Cancer. Identification of the high-risk group for metastasis of gastric cancer cases by vascular endothelial growth factor receptor-1 overexpression in peripheral blood. Clinical significance of the loss of MATS1 mrna expression in colorectal cancer. Disseminated isolated tumor cells in bone marrow of esophageal cancer cases. F, Nakamura Y, Haraguchi N, Mimori K, Inoue H, Kuwano H, Mori M Ishikawa K, Ishii H, Murakumo Y, Mimori K, Kobayashi M, Yamamoto K, Mori M, Nishino H, Furukawa Y, Ichimura K Ishikawa K, Sasaki A, Haraguchi N, Yoshikawa Y, Mori M Kosaka Y, Inoue H, Ohmachi T, Yokoe T, Matsumoto T, Mimori K, Tanaka F, Watanabe M, Mori M Kosaka Y, Mimori K, Fukagawa T, Ishikawa K, Etoh T, Katai H, Sano T, Watanabe M, Sasako M, Mori M Kosaka Y, Mimori K, Tanaka F, Inoue H, Watanabe M, Mori M Mimori K, Kosaka Y, Hirasaki S, Kita Y, Moriyama N, Mori M 平成 19 年平成 19 年平成 19 年平成 19 年 Ann Surg Oncol;14: Br J Cancer;97: Ann Surg Oncol;14: Internal medicine (Tokyo, Japan);46: Loss of MAL expression in precancerous lesions of the esophagus. Clinicopathological and biological significance of mitotic centromere-associated kinesin overexpression in human gastric cancer. Opa interacting protein 5 (OIP5) is a novel cancer-testis specific gene in gastric cancer. Cronkhite-Canada syndrome associated with schizophrenia. Mimori K, Nishida K, Nakamura Y, Ieta K, Yoshikawa Y, Sasaki A, Ishii H, Alonso MA, Mori M Nakamura Y, Tanaka F, Haraguchi N, Mimori K, Matsumoto T, Inoue H, Yanaga K, Mori M Nakamura Y, Tanaka F, Nagahara H, Ieta K, Haraguchi N, Mimori K, Sasaki A, Inoue H, Yanaga K, Mori M Nakayama M, Muta H, Somada S, Maeda T, Mutoh T, Shimizu K, Suehiro Y, Hisano T, Kurita R, Shiraishi T, Mori M, Yoshikawa Y, Tsunetomi N, Uchida A, 添 -6

8 平成 19 年 平成 19 年 平成 19 年 平成 19 年 平成 19 年 Ann Surg Oncol;14: Esophagus;4: Eur J Surg Oncol;33:44-48 Surg Today;37: World J Gastroenterol;13: 平成 19 年 Int J Oncol;31: 平成 20 年 Clinical Cancer Research 2008; Jun 1;14(11): 平成 20 年 BIOTECHNIC & HISTOCHEMISTR Y (In press) Receptor Activator of Nuclear Factor-kappaB Ligand (RANKL) Expression in Hepatocellular Carcinoma With Bone Metastasis. Clinical significance of immunohistochemically detected lymph node micrometastasis in patients with histologically node-negative esophageal carcinoma: a multi-institutional study. Identification of EGFR mutations in esophageal cancer. TIMP-3 and Phosphatidylinositol 3-kinase Genes Were Found to Be Related to the Progression of Colon Cancer in a Comparison of Pneumoperitoneum and Laparotomy in a Murine Model. A specific gene-expression signature quantifies the degree of hepatic fibrosis in patients with chronic liver disease. Clinical significance of growth differentiation factor 11 in colorectal cancer. Aneuploidy predicts outcome in patients with endometrial carcinoma and is related to lack of CDH13 hypermethylation A simple method for enhancing hybridization efficiency in chromosome and array comparative genomic hybridization. Tani K Sasaki A, Ishikawa K, Haraguchi N, Inoue H, Ishio T, Shibata K, Ohta M, Kitano S, Mori M Shiozaki H, Fujiwara Y, Hirai T, Matsubara H, Mori M, Nakamura T Sudo T, Mimori K, Nagahara H, Utsunomiya T, Fujita H, Tanaka Y, Shirouzu K, Inoue H, Mori M Tanaka F, Sonoda H, Okamoto M, Mimori K, Utsunomiya T, Inoue H, Hanai T, Mori M Utsunomiya T, Okamoto M, Wakiyama S, Hashimoto M, Fukuzawa K, Ezaki T, Aishima S, Yoshikawa Y, Hanai T, Inoue H, Barnard GF, Mori M Yokoe T, Ohmachi T, Inoue H, Mimori K, Tanaka F, Kusunoki M, Mori M Suehiro Y, Okada T, Okada T, Anno K, Okayama N, Ueno K, Hiura M, Nakamura M, Kondo T, Oga A, Kawauchi S, Hirabayashi K, Numa F, Ito T, Saito T, Sasaki K, Hinoda Y Kawauchi S, Tomoko Furuya T, Motonao Nakao M, Kenzo Ikemoto K, Atunori Oga, Sasaki K. 平成 20 年 Br J Cancer;98: EML4-ALK fusion transcript is not found in gastrointestinal and breast cancers. Inoue H, Fukuyoshi Y, Kita Y, Utsunomiya T, Ishida T, Mori M 添 -7

9 平成 20 年平成 20 年 Ann Surg Oncol;15: Br J Cancer;98: Biological and genetic characteristics of tumor-initiating cells in colon cancer. Mitotic centromere-associated kinesin is a novel marker for prognosis and lymph node metastasis in colorectal cancer. Ieta K, Tanaka F, Haraguchi N, Kita Y, Sakashita H, Mimori K, Matsumoto T, Inoue H, Kuwano H, Mori M Ishikawa K, Kamohara Y, Tanaka F, Haraguchi N, Mimori K, Inoue H, Mori M 平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年平成 20 年 Eur J Surg Onco l Clin Cancer Res;14: Clin Cancer Res;14: Ann Surg Oncol;15: Ann Surg Oncol Br J Cancer;98: Ann Surg Oncol Eur J Surg Oncol;34: Cancer Res;68: Ann Surg Oncol;15: Clinical significance of LAMB3 and COL7A1 mrna in esophageal squamous cell carcinoma. Hematogenous metastasis in gastric cancer requires isolated tumor cells and expression of vascular endothelial growth factor receptor-1. Clinical significance of high mobility group A2 in human gastric cancer and its relationship to let-7 microrna family. Clinical significance of BMP7 in human colorectal cancer. PDGF-BB is a Novel Prognostic Factor in Colorectal Cancer. Clinical significance of the reduced expression of G protein gamma 7 (GNG7) in oesophageal cancer. Clinical Significance of Loss of Fhl1 Expression in Human Gastric Cancer. Prognostic value of tumor-infiltrating FOXP3+ regulatory T cells in patients with hepatocellular carcinoma. Efficient identification of a novel cancer/testis antigen for immunotherapy using three-step microarray analysis. Activin a causes cancer cell aggressiveness in esophageal squamous Kita Y, Mimori K, Tanaka F, Matsumoto T, Haraguchi N, Ishikawa K, Matsuzaki S, Fukuyoshi Y, Inoue H, Natsugoe S, Aikou T, Mori M Mimori K, Fukagawa T, Kosaka Y, Kita Y, Ishikawa K, Etoh T, Iinuma H, Sasako M, Mori M Motoyama K, Inoue H, Nakamura Y, Uetake H, Sugihara K, Mori M Motoyama K, Tanaka F, Kosaka Y, Mimori K, Uetake H, Inoue H, Sugihara K, Mori M Nakamura Y, Tanaka F, Yoshikawa Y, Mimori K, Inoue H, Yanaga K, Mori M Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, Kita Y, Motoyama K, Yamashita K, Ishii H, Inoue H, Mori M Sakashita K, Mimori K, Tanaka F, Kamohara Y, Inoue H, Sawada T, Hirakawa K, Mori M Sasaki A, Tanaka F, Mimori K, Inoue H, Kai S, Shibata K, Ohta M, Kitano S, Mori M Yokoe T, Tanaka F, Mimori K, Inoue H, Ohmachi T, Kusunoki M, Mori M Yoshinaga K, Yamashita K, Mimori K, Tanaka F, 添 -8

10 平成 20 年 cell carcinoma cells. Inoue H, Mori M Oncol Mutations of epidermal growth factor Zhang X, Nagahara H, Rep;19: receptor in colon cancer indicate Mimori K, Inoue H, susceptibility or resistance to gefitinib. Sawada T, Ohira M, Hirakawa K, Mori M ( 学会発表 ) 平成 18 年 7 月 30 日 第 24 回ヒト細胞学会 ( 口頭発表 ) HeLa 細胞とその亜株を用いた長期培養における BAC array CGH 法による染色体構造変化の解析 平野隆 森田桂子 齋藤総一郎 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 小原有弘 水澤博 ( 医薬基盤研究所生物資源研究部 ) 平成 18 年 7 月 30 日 第 24 回ヒト細胞学会 ( ポスター発表 ) ヒト乳がん細胞株の BAC array CGH 解析 平野隆 齋藤総一郎 森田桂子 藤田聡史 三宅淳 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 平成 18 年 9 月 28 日 第 65 回日本癌学会学術総会 ( ポスター発表 ) ヒト臨床肺癌における BAC Array C GH 解析 平野隆 齋藤総一郎 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 鈴木貴 笹野公伸 ( 東北大学 ) 佐々木功典 ( 山口大学 ) 平成 18 年 9 月 28 日 第 65 回日本癌学会学術総会 ( ポスター発表 ) The genetic differences between gallbladder and bile duct cancer cell lines 齋藤総一郎 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 三輪正直 ( 長浜バイオ大学 ) 轟健 ( 本島総合病院 ) 平成 19 年 10 月 4 日 第 66 回日本癌学会学術総会 ( ポスター発表 ) 高解像度 array CGH による胃癌の生物学的特性および予後に関連するゲノム異常解析 冨岡伸元 1 齋藤総一郎 2 多田光宏 3 高橋典彦 1 片岡昭彦小林希 1 中西一彰高橋将人 1 尾崎倫孝 1 平野隆 2 1 藤堂省 1 1 平成 19 年 10 月 5 日 第 66 回日本癌学会学術総会 ( ポスター発表 ) アレイ CGH 法による胃癌解析 : 胃癌の悪性度評価に特化した診断アレイの開発を目指して 北海道大学大学院 2 独立行政法人産業技術総合研究所 3 北海道大学 ) ( 1 古屋智子 1 中尾素直 1 内山哲史 2 足立淳 2 小賀厚徳 1 河内茂人 1 平野隆 3 佐々木功典 1 ( 1 山口大学 2 岩国医療センター 3 独立行政法人産業技 添 -9

11 術総合研究所 ) 平成 19 年 10 月 5 日 第 66 回日本癌学会学術総会 ( ポスター発表 ) BAC アレイ CGH 法による食道癌の包括的ゲノム解析 平野隆 1 平崎重雄 2 井上裕 3 杉原健一 2 佐々木功典 4 森正樹 3 ( 1 独立行政法人産業 技術総合研究所 2 東 京医科歯科大学 3 九 州大学 4 山口大学 ) 平成 19 年 10 月 3-5 日 平成 19 年 12 月 11 日 平成 20 年 3 月 28 日 第 66 回日本癌学会学術総会 ( 口頭発表 ) 第 30 回日本分子生物学会年会 第 80 回日本生化学会大会合同大会 ( ポスター発表 ) 沖縄県研究者交流会 ( 講演 ) 高解像度 array CGH による胃癌の生物学的特性および予後に関連するゲノム異常解析 (BAG array CGH elucidates genetic aberrations associated with biological and clinical feature of primary gastric cancer) BAC array CGH による乳がん細胞株の網羅的解析 次世代シークエンサの産業インパクト 富岡伸元, 齋藤総一郎, 多田光宏, 高橋典彦, 片岡昭彦, 小林希, 中西一彰, 高橋將人, 尾崎倫孝, 藤堂省 ( 北海道大学 ) 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 齋藤総一郎 スニルカウル 森田桂子 藤田聡史 三宅淳 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 平成 20 年 5 月 15 日 ~17 日 平成 20 年 6 月 13 日 平成 20 年 6 月 20 日 平成 20 年 10 月 28 日 ~30 日 ( 指定 ) 第 108 回日本外科学会定期学術集会 ( 口頭発表 ) ゲノムルネッサンスシンポジウム ( 講演 ) 第 45 回薬剤学懇談会研究討論会 ( 講演 ) 第 67 回日本癌学会学術総会 ( シンポジウム ) BAC array CGH による胃癌の生物学的特性および予後に関連するゲノム異常領域と遺伝子発現解析 産総研のギガシークエンサに関する研究と今後の展開について 産学官連携について国プロジェクトの例から見た考え方 ギガゲノム時代に北海道大学における組織バンクの構築と解析の実際 富岡伸元 齋藤総一郎 多田光宏 高橋典彦 片岡昭彦 小林希 中西一彰 高橋將人 尾崎倫孝 藤堂省 ( 北海道大学 ) 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 平野隆 ( 独立行政法人産業技術総合研究所 ) 尾崎倫孝 高橋将人 藤堂省他 (( 北海道大学 ) 添 -10

12 2. 特許出願 出願日受付番号出願に係る特許等の標題出願人 平成 19 年 1 月 31 特願 ゲノム DNA 断片の増幅または欠失の 和光純薬工業株式会社 日 検出方法 平成 20 年 1 月 28 PCT ゲノム DNA 断片の増幅または欠失の 和光純薬工業株式会社 日 JP2008/ 検出方法 出願中特願 がん細胞を分類する方法山口大学 出願中特願 大腸癌の病態評価法山口大学 出願中特願 ACC 亜分類の検出方法山口大学 平成 20 年 3 月 6 日 特許公開 DNA コピー数多型を用いた癌発症 体質の判定方法 山口大学 3. 受賞実績特に無し 4. その他の特記事項 ( 新聞報道 雑誌等への投稿など ) 特に無し 添 -11

13 研究開発項目毎成果一覧研究開発項目 3) 臨床診断用全自動染色体異常解析システムの開発 1. 研究発表 講演 ( 口頭発表も含む ) 発表年月日発表媒体発表タイトル発表者 ( 文献発表 ) 2008 年 4 月 Cancer Res., 68(7), , 年 5 月 Cancer Sci.,99(5), , 年 7 月 Cancer Sci., 99(7), , 年 Am J Med Genet,in press, 年 Cancer Res.,68, , 年 Am J Med Genet,in press, 年 Cancer Sci., in press, 2008 ( 関連文献発表 ) Exploration of tumor-suppressive micrornas silenced by DNA methylation in oral cancer Identification of SMURF1 as a possible target for 7q amplification detected in a pancreatic cancer cell line by in-house array-based comparative genomic hybridization Frequent silencing of a putative tumor suppressor gene melatonin receptor 1A (MTNR1A) in oral squamous-cell carcinoma The CASK gene harbored in a deletion detected by Array-CGH as a potential candidate for a gene causative of X-linked dominant mental retardation Frequent inactivation of a putative conditional tumor-suppressor gene, angiopoietin-like protein 2, in ovarian cancer Heterozygous Deletion at 14q22.1-q22.3 including the BMP4 gene in a patient with psychomotor retardation, congenital corneal opacity and feet polysyndactyly ITCH is a putative target for a novel 20q11.22 amplification detected in anaplastic thyroid carcinoma cells by array-based comparative genomic hybridization Kozaki K, Imoto I, Mogi S, Omura K, Inazawa J Suzuki A, Shibata T, Shimada Y, Murakami Y, Horii A, Shiratori K, Hirohashi S, Inazawa J, Imoto I Nakamura E, Kozaki K, Tsuda H, Suzuki, E, Pimkhaokham A, Yamamoto G, Irie T, Tachikawa T, Amagasa T, Inazawa J, Imoto I Hayashi S, Mizuno S, Migita O, Okuyama T, Imoto I, Inazawa J Kikuchi R, Tsuda H, Kozaki K, Kanai Y, Kasamatsu T, Sengoku K, Hirohashi S, Inazawa J, Imoto I Hayashi S, Okamoto N, Makita Y, Hata A, Imoto I, Inazawa J Ishihara T.et.al. 添 -12

14 2008 年 Br J Surg.95: , 年 Blood.111: , 年 Oncogene.27:63-75, 年 Int J Hematol.86:233-7, 年 Gastroenterology.133: , 年 Am J Med Genet A.143:2804-9, 年 Genet Test.11:241-8, 年 Mod Pathol.20: , 年 Mod Pathol.20: , 年 Clin Gastroenterol Hepatol.5: , 2007 Aurora kinase B is a predictive factor for the aggressive recurrence of hepatocellular carcinoma after curative hepatectomy Overexpressed NF-{kappa}B inducing kinase contributes to the tumorigenesis of adult T-cell leukemia and Hodgkin Reed-Sternberg cells POU2AF1, an amplification target at 11q23, promotes growth of multiple myeloma cells by directly regulating expression of a B-cell maturation factor, TNFRSF17 Successful imatinib treatment of cardiac involvement of FIP1L1-PDGFRA-Positive chronic eosinophilic leukemia followed by severe hepatotoxicity Genetically distinct and clinically relevant classification of hepatocellular carcinoma: putative therapeutic targets 22q13 microduplication in two patients with common clinical manifestations: A recognizable syndrome? Multiplex PCR/Liquid chromatography assay for screening of subtelomeric rearrangements Actinin-4 expression in ovarian cancer: a novel prognostic indicator independent of clinical stage and histological type Non-incidental coamplification of Myc and ERBB2,and Myc and EGFR,in gastric adenocarcinomas Analysis of sentinel node involvement in gastric cancer Tanaka S, Arii S, Yasen M, Moqushi K, Su NT, Zhao C, Imoto I, Eishi Y, Inazawa J, Miki Y, Tanaka H Saitoh Y, Yamamoto N, Dewan MZ, Sugimoto H, Martinez BVJ, Iwasaki Y, Matsubara K, Qi X, Saitoh T, Imoto I, Inazawa J, Utsunomiya A, Watanabe T, Masuda T, Yamamoto N, Yamaoka S Zhao C, Inoue J, Imoto I, Otsuki T, Iidab S, Ueda R, Inazawa J Arai A, Yan W, Wakabayashi S, Hayashi S, Inazawa J, Miura O Katoh H, Ojima H, Kokubu A, Saito S, Kondo T, Kosuge T, Hosoda F, Imoto I, Inazawa J, Hirohashi S, Shibata T Okamoto N, Kubota T, Nakamura Y, Murakami R, Nishikubo T, Tanaka I, Takahashi Y, Hayashi S, Imoto I, Inazawa J, Hosokai N, Kohsaka S, Uchino S Udaka T, Imoto I, Aizu Y, Torii C, Izumi K, Kosaki R, Takahashi T, Hayashi S, Inazawa J, Kosaki K Yamamoto S, Tsuda H, Honda K, Kita T, Takano M, Tamai S, Inazawa J, Yamada T, Matsubara O Mitsui F, Dobashi Y, Imoto I, Inazawa J, Kono K, Fujii H, Ooi A Morita D, Tsuda H, Ichikura T, Kimura M, Aida S, Kosuda S, Inazawa J, Mochizuki H, Matsubara O 添 -13

15 2007 年 J Hum Genet.52:643-9, 年 Virchows Arch.451:27-35, 年 Br J Cancer.97:260-6, 年 Am J Med Genet A. 143:1448-5, 年 Cancer Res. 67: , 年 Oncogene.26: , 年 Oncogene.26: , 年 Oncogene.26: , 年 Cancer Sci.98: , 年 Cancer Sci.98:1070-7, 2007 Redefining the disease locus of 16q22.1-linked autosomal dominant cerebellar ataxia Clinicopathological significance of WT1 expression in ovarian cancer: a possible accelerator of tumor progression in serous adenocarcinoma Genetic analysis of multifocal superficial urothelial cancers by array-based comparative genomic hybridisation Partial tandem duplication of GRIA3 in a male with mental retardation Promoter hypermethylation contributes to frequent inactivation of a putative conditional tumor suppressor gene connective tissue growth factor in ovarian cancer PRTFDC1, a possible tumor-suppressor gene, is frequently silenced in oral squamous-cell carcinomas by aberrant promoter hypermethylation Epigenetic silencing of prostaglandin E receptor 2 (PTGER2) is associated with progression of neuroblastomas Frequent methylation-associated silencing of a candidate tumor-suppressor, CRABP1, in esophageal squamous-cell carcinoma Association of KLK5-overexpression with invasiveness of urinary bladder carcinoma cells BCL2L2 is a probable target for novel 14q11.2 amplification detected in a non-small cell lung cancer cell line Amino T, Ishikawa K, Toru S, Ishiguro T, Sato N, Tsunemi T, Murata M, Kobayashi K, Inazawa J, Toda T, Mizusawa H Yamamoto S, Tsuda H, Kita T, Maekawa K, Fujii K, Kudoh K, Furuya K, Tamai S, Inazawa J, Matsubara O Kawanishi H, Takahashi T, Ito M, Matsui Y, Watanabe J, Ito N, Kamoto T, Kadowaki T, Tsujimoto G, Imoto I, Inazawa J, Nishiyama H, Ogawa O Chiyonobu T, Hayashi S, Kobayashi K, Morimoto M, Miyanomae Y, Nishimura A, Nishimoto A, Ito C, Imoto I, Sugimoto T, Jia Z, Inazawa J, Toda T Kikuchi R, Tsuda H, Kanai Y, Kasamatsu T, Sengoku K, Hirohashi S, Inazawa J, Imoto I Suzuki E, Imoto I, Pimkhaokham A, Nakagawa T, Kamata N, Kozaki K,Amagasa T, Inazawa J Sugino Y, Misawa A, Inoue J, Kitagawa M, Hosoi H, Sugimoto T, Imoto I, Inazawa J Tanaka K, Imoto I, Inoue J, Kozaki K, Tsuda H, Shimada Y, Aiko S, Yoshizumi Y, Iwai T, Kawano T, Inazawa J Shinoda Y, Kozaki K, Imoto I, Obara W, Tsuda H, Mizutani Y, Shuin T, Fujioka T, Miki T, Inazawa J Kawasaki T, Yokoi S, Tsuda H, Izumi H, Kozaki k, Aida S, Ozeki Y, Yoshizawa Y, Imoto I, Inazawa J 添 -14

16 2007 年 Am J Med Genet A.143:1191-7, 年 J Hum Genet. 52: , 年 Am J Med Genet A.143:1334-7, 年 Am J Med Genet.143:687-93, 年 Clin Cancer Res.13: , 年 Cancer Sci. 98: , 年 Mol Cell Biol.27: , 年 Oncogene.26: , 年 Cancer Sci.97:1351-8,2006 ( 総説 解説 ) Fortuitous detection of a submicroscopic deletion at 1q25 in a girl with cornelia-de lange syndrome carrying t(5;13)(p13.1;q12.1) by array-based comparative genomic hybridization Construction of a high-density and high-resolution human chromosome x array for comparative genomic hybridization analysis Dup(8p)/del(8q) recombinant chromosome in a girl with hepatic focal nodular hyperplasia Clinical and molecular cytogenetic characterization od two patients with non-mutational aberrations of the FMR2 gene The suppression of aurora-a/stk15/btak expression enhances chemosensitivity to docetaxel in human esophageal squamous cell carcinoma Genome-wide array-based comparative genomic hybridization analysis of pancreatic adenocarcinoma: identification of genetic indicators that predict patient outcome Reduced Levels of ATF-2 Predispose Mice to Mammary Tumors RGC32, a novel p53-inducible gene, is located on centrosomes during mitosis and results in G2/M arrest PIK3CA mutation is an oncogenic aberration at advanced stages of oral squamous cell carcinoma Hayashi S, Ono M, Makita Y, Imoto I, Mizutani S, Inazawa J Hayashi S, Honda S, Minaguchi M, Makita Y, Okamoto N, Kosaki R, Okuyama T, Imoto I, Mizutani S, Inazawa J Tokutomi T, Hayashi S, Imai K, Chida A, Ishiwata T, Asano Y, Inazawa J, Nonoyama S Honda S, Hayashi S, Kato M, Niida Y, Hayasaka K, Okuyama T, Imoto I, Mizutani S, Inazawa J Tanaka E, Hashimoto Y, Ito T, Kondo K, Higashiyama M, Tsunoda S, Ortiz C, Sakai Y, Inazawa J, Shimada Y Loukopoulos P, Shibata T, Katoh H, Kokubu A, Sakamoto M, Yamazaki K, Kosuge T, Kanai Y, Hosoda F, Imoto I, Ohki M, Inazawa J, Hirohashi S Maekawa T, Shinagawa T, Sano Y, Sakuma T, Nomura S, Nagasaki K, Miki Y, Saito-Ohara F, Inazawa J, Kohno T, Yokota J, Ishii S Saigusa K, Imoto I, Tanikawa C, Aoyagi M, Ohno K, Nakamura Y, Inazawa J Kozaki K, Imoto I, Pimkhaokham A, Hasegawa S, Tsuda H, Omura K, Inazawa J 添 -15

17 2008 年 2 月発行所 : 株式会社医薬ジャーナル社 2006 年蛋白質核酸酵素 51: , 年 Surgery Frontier 13: , 年ライフサイエンスレポート 7: , 年 Cancer Frontier 9:43-49, 年 Cancer Frontier 9: , 年細胞工学 26: , 年最新医学 62 巻増刊号臨床遺伝学 , 年 Sugery Frontier 14: , 年別冊医学のあゆみ 225: , 2008 ( 学会発表 ) 2006 年 9 月 The 8th International Meeting on Human Genome Variation and Complex Genome Analysis (Hong Kong, China) 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 アレイCGH 診断活用ガイドブック- 知っておきたい染色体微細構造異常症 - 癌化ジェネティックな異常とエピジェネティックな修飾異常 DNA メチル化の網羅的解析と新規癌関連遺伝子の同定ゲノムアレイの作製と応用. ヒトゲノムのコピー数変化 (Copy number variation:cnv) と疾患ミーティングレポート AACR(2007 年米国癌学会年次総会 ) 癌のゲノム一次構造異常解析とトランスレーショナルゲノミクスがん全ゲノム解析のインパクト 転移とゲノム構造変化 アレイ CGH による先天異常症の潜在的染色体異常診断と解析 Array-CGH detecting Human Genome Variation in Japan ChIP on BAC array 法を用いた新規 E2F1 標的遺伝子の解析胃癌におけるc-mycの c-erbb-2, あるいは EGFRとの同時遺伝子増幅について高精度ゲノムアレイを用いた甲状腺未分化癌関連遺伝子の解析神経芽腫の自然退縮におけるLAPTM5 遺伝子活性化の意義 稲澤譲治 蒔田芳男 羽田明 井上純 稲澤譲治 中川貴之 稲澤譲治 井本逸勢 稲澤譲治 稲澤譲治 井本逸勢 井本逸勢 稲澤譲治 井本逸勢 稲澤譲治 小松周平 田波秀朗 井本逸勢 稲澤譲治林深 井本逸勢 稲澤譲治 Imoto I, Hayashi S, Honda S, Inazawa J 横井左奈 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 大井章史 土橋洋 三井文彦 井本逸勢 稲澤譲治 河野浩二 藤井秀樹 石原孝也 于衛 井本逸勢 音田正光 江見充 稲澤譲治 井上純 三沢あき子 杉野由里子 細井創 杉本徹 井本逸勢 稲澤譲治 添 -16

18 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 高密度 高精度ゲノムアレイにより発見された新規膀胱癌関連遺伝子の解析 BAMCA(BAC array-based methylated CpG island amplification) 法による食道扁平上皮癌新規癌抑制遺伝子候補 TSEC1の同定高密度ゲノムアレイにより発見された肺癌関連遺伝子候補の解析 X-tilingアレイを用いたX 染色体上の癌関連遺伝子群 の探索口腔癌におけるBAC-array を用いたDNAメチル化領域の網羅的探索 ゲノムアレイプラットフォームで展開するがんのゲノム エピゲノム解析 BAMCA(BAC array-based MCA) 法による神経芽細胞腫抑制遺伝子 PTGDRおよ びPTGER2の同定多発性骨髄腫細胞株で検出された11q23 増幅の標的遺伝子候補 POU2AF1の TNFRSF17 転写制御を介する腫瘍細胞増殖促進作用 アレイCGH 法による卵巣癌の潜在的ゲノムコピー数異常解析と癌関連遺伝子の同定 胃癌に認められる超低密度リポタンパク質受容体 VLDLR 発現抑制機序と意義 口腔癌のアレイCGH 解析により検出した新規ホモ欠失領域の標的癌関連遺伝子候補の解析 DNAメチル化により発現制御をうける新規口腔癌関連遺伝子候補 TSOC10の解析 口腔扁平上皮癌における PIK3CA 遺伝子変異 In-house BAC アレイを用いた癌のゲノム構造 機能異常解析からの分子標的探索 篠田康夫 小崎健一 井本逸勢 藤岡知昭 執印太郎 三木恒治 稲澤譲治田中浩司 井本逸勢 井上純 津田均 嶋田裕 河野辰幸 岩井武尚 稲澤譲治 河崎勉 横井左奈 和泉宏幸 井本逸勢 吉澤靖之 稲澤譲治坂本宙子 横井左奈 井本逸勢 稲澤譲治 中川貴之 横井左奈 井上純 鈴木江美奈 Atiphan Pimkhaokham 鎌田伸之 小村健 井本逸勢 稲澤譲治稲澤譲治 杉野由里子 井上純 降旗あき子 北川昌伸 細井創 井本逸勢 杉本徹 稲澤譲治 趙晨 井上純 大槻剛巳 井本逸勢 稲澤譲治 菊池良子 井本逸勢 津田均 千石一雄 石川睦男 金井弥栄 広橋説雄 稲澤譲治 高田久 井本逸勢 津田均 中西幸浩 阪倉長平 光藤章二 岡上武 広橋説雄 稲澤譲治中村恵理奈 鈴木江美奈 中川貴之 山本剛 入江太郎 小崎健一 井本逸勢 立川哲彦 天笠光雄 稲澤譲治鈴木江美奈 井本逸勢 井上純 中川貴之 Atiphan Pimkhaokham 細田文恵 大木操 天笠光雄 稲澤譲治小崎健一 長谷川正午 津田均 Atiphan Pimkhaokham 井本逸勢 小村健 稲澤譲治井本逸勢 稲澤譲治 添 -17

19 2006 年 9 月第 65 回日本癌学会学術総会 2006 年 10 月第 39 回遺伝医学研究会 2006 年 10 月 56 th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (New Orleans, USA) 2006 年 10 月 56 th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (New Orleans, USA) 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月日本人類遺伝学会第 51 回大会 2006 年 10 月第 39 回遺伝医学研究会 2006 年 10 月 The Strategic Meeting of the Cancer Edition of H-Invitational 東京 2006 年 10 月第 44 回日本癌治療学会総会 分子細胞遺伝学的アプローチによるがん関連遺伝子の探索.JCA-Mauvernay Award 受賞講演 (Clinical) In-house BACアレイを用いた癌のゲノム構造 機能異常解析からの分子標的探索 Exploring cryptic genomic aberrations responsible for multiple congenital anomaly with mental retardation using in-house CGH-arrays. Partial tandem duplication of GRIA3 in a male with mental retardation Freeman Sheldon 症候群におけるMYH3 遺伝子の変異解析 X-tiling arrayを用いたx 連鎖性精神発達遅滞 (XLMR) の原因遺伝子探索 高密度ゲノムアレイを用いた先天異常疾患の解析とゲノム多型の検出 BAC array を用いたエピゲノム解析 Genome Disorder Arrayによる微細染色体異常の解析とその臨床応用 In-house BACアレイを用いたゲノム一次構造解析によるがんと遺伝疾患の個別医療実現へのアプロー チ In-house BACアレイを用いた癌のゲノム構造 機能異常解析からの分子標的探索 Exploration of molecular targets based on the genomic and epigenomic characterization of human cancers using in-house BAC array system ゲノムアレイプラットフォームで展開する癌のゲノム エピゲノム解析 稲澤譲治 井本逸勢 稲澤譲治 Hayashi S, Honda S, Imoto I, Inazawa J Chiyonobu T, Hayashi S, Morimoto M, Miyanomae Y, Nishimura A, Nishimoto A, Ito C, Imoto I, Sugimoto T, Jia Z, Inazawa J, Toda T 井上奈都子 林深 井本逸勢 岡本伸彦 水野誠司 大山紀美栄 稲澤譲治 本田尚三 林深 井本逸勢 中川栄二 後藤雄一 水谷修紀 稲澤譲治林深 本田尚三 井本逸勢 中川栄二 水谷修紀 稲澤譲治井上純 三沢あき子 中川貴之 横井左奈 杉野由里子 細井創 杉本徹 井本逸勢 稲澤譲治会津善紀 井本逸勢 林深 山口敏和 宮本力 稲澤譲治井本逸勢 井本逸勢 稲澤譲治 井本逸勢 稲澤譲治 稲澤譲治 添 -18

20 2006 年 10 月 The strategic Meeting for Frontier Project ( 東京 ) 2006 年 11 月インフォマティクス研究者と医学研究者の交流会 2006 年 12 月第 4 回 COE 国際ワークショップ遺伝子 染色体病の診断治療の最前線 2006 年 12 月 International Symposium on Applied Genomics 2006 ( 東京 ) 2007 年 4 月 98th annual meeting of American Association for Cancer Research 2007( LosAngeles, USA) 2007 年 4 月 98th annual meeting of American Association for Cancer Research 2007( LosAngeles, USA) 2007 年 4 月 98th annual meeting of American Association for Cancer Research 2007( LosAngeles, USA) 2007 年 4 月 98th annual meeting of American Association for Cancer Research 2007( LosAngeles, USA) 2007 年 4 月 98th annual meeting of American Association for Cancer Research 2007( LosAngeles, USA) 2007 年 4 月第 30 回日本小児遺伝学会学術集会 2007 年 4 月第 110 回日本小児科学会学術集会 Exploration of molecular targets based on genomic copy-number aberrations in human cancers ゲノムアレイ解析から得られるゲノム構造変化の意義. 染色体異常症の最新の知見 Detecting copy-number variation in the human genome using BAC-array based comparative genomic hybridization RGC32, a novel p53-inducible tumor-suppressor gene, is located on centrosomes during mitosis and results in G2/M arrest. TSOVC2 is a putative conditional tumor-suppressor gene frequently inactivated by promoter hypermethylation in ovarian cancer Epigenetic silencing of TSOC25 by hypermethylation of the CpG island in oral cancer MicoroRNA expression profiles in oral squamous cell carcinoma cell lines A novel amplification target, DUSP26, promotes anaplastic thyroid cancer cell growth by inhibiting p38 MAPK activity 高密度かつ高精度なヒト X 染色体ゲノムアレイの構築 原因不明の多発奇形精神発達遅滞患児の診断における Genome Disorder Array の有用性 井本逸勢 稲澤譲治 井本逸勢 稲澤譲治 井本逸勢 林深 本田尚三 稲澤譲治 Imoto I, Saigusa K, Tanikawa C, Aoyagi M, Ohno K, Nakamura Y, Inazawa J Kikuchi R, Tsuda H, Kanai Y, Kasamatsu T, Sengoku K, Hirohashi S, Inazawa J, Imoto I Nakamura E,Suzuki E, Nakagawa T, Tsuda H,Yamamoto G, Kozaki K, Irie T, Tachikawa T, Amagasa T, Imoto I, Inazawa J Kozaki K, Imoto I, Inazawa J Ishihara T, Yu W, Inoue J, Onda M, Emi M, Imoto I, Inazawa J 林深 本田尚三 水口真紀 蒔田芳男 岡本伸彦 小崎里華 奥山虎之 井本逸勢 水谷修紀 稲澤譲治蒔田芳男 藤枝憲二 斉藤伸治 羽田明 石井拓磨 吉橋博史 黒澤健司 小崎里華 小野正恵 沼部博直 水野誠司 古庄知己 福嶋義光 岡本伸彦 三渕浩 知念安紹 林深 井本逸勢 稲澤譲治 添 -19

21 2007 年 4 月第 110 回日本小児科学会学術集会 2007 年 6 月 Genetics and Epigenetics Seminar in Akita 2007 年 6 月 Genetics and Epigenetics Seminar in Sendai 2007 年 7 月第 49 回日本小児神経学会 2007 年 7 月第 49 回日本小児神経学会 2007 年 8 月第 32 回組織細胞化学講習会 2007 年 8 月第 14 回臨床細胞遺伝学セミナー 2007 年 8 月北海道医療大学新川教授着任記念特別講演会 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 CGH アレイ解析 58 例の検討 アレイプラットフォームで展開する癌のゲノム エピゲノム解析アレイプラットフォームで展開する癌のゲノム エ ピゲノム解析難治性てんかん 重度精神遅滞をきたす1q44 欠失症候群の責任領域 原因不明の多発奇形精神遅滞患児の診断における Genome Disorder Arrayの有用性 FISH 法の基礎と応用 アレイCGH 法による多発性奇形精神遅滞へのアプローチ ゲノムの変化から知るがんの個性 オンコジーンアディクションとがんの分子標的治療薬 Connective Tissue Growth Factor is a putative conditional tumor-suppressor gene frequently inactivated by promoter hypermethylation in ovarian cancer MCG X-tiling arrayを用いたx 連鎖性精神発達遅滞 (XLMR) の原因遺伝子探索 神経芽腫の自然退縮における LAPTM5 遺伝子の活性化 Construction of a High-density and High-resolution Human Chromosome X Array for Comparative Genomic Hybridization Analysis 鮫島希代子 吉橋博史 蒔田芳男 林深 井本逸勢 稲澤譲治 黒澤健司稲澤譲治 稲澤譲治 黒澤健司 小坂仁 井合瑞江 蒔田芳男 林深 井本逸勢 稲澤譲治 山下純正蒔田芳男 藤枝憲二 斉藤伸治 黒澤健司 水野誠司 福嶋義光 岡本伸彦 沼部博直 林深 井本逸勢 稲澤譲治稲澤譲治 蒔田芳男 稲澤譲治 菊池良子 井本逸勢 津田均 金井弥栄 笠松高弘 千石一雄 広橋説雄 稲澤譲治 本田尚三 林深 井本逸勢 中川栄二 後藤雄一 稲澤譲治 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 林深 本田尚三 水口真希 蒔田芳男 岡本伸彦 小崎里華 奥山虎之 井本逸勢 水谷修紀 稲澤譲治 添 -20

22 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 8 月科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業第 3 回公開シンポジウム テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術 2007 年 9 月福知山市民病院セミナー 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 9 月日本人類遺伝学会第 52 回大会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 45 回日本癌治療学会総会教育講演 2007 年 10 月 57th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (San Giego, USA) ChIP on BAC-array により見出した E2F1 標的遺伝子のクロマチン構造による転写制御 口腔扁平上皮癌において DNA メチル化により発現抑制される癌抑制 microrna の単離 新規 p53 誘導遺伝子 RGC32 の分裂期での中心体への局在と G2/M 期停止への関与 ゲノムの成果がもたらす癌と遺伝疾患の診断と治療 アレイCGH 法による微細染色体異常症解析の評価アレイCGHによる先天異常症の潜在的染色体異常診断とその解析 X-tilling arrayを用いたx 連鎖性精神発達遅滞 (XLMR) の原因遺伝子探索 ChiP on BAC-arrayにより見出したE2F1 標的遺伝子のクロマチン構造による転写制御 BAMCA(BAC-array based MCA) 法による多発性骨髄腫 DNAメチル化領域の網羅的探索 口腔扁平上皮癌において DNAメチル化により発現抑制される癌抑制 micrornaの単離 Cancer genomic and epigenomic analyses on BAC-array platform がんのトランスレーショナルゲノミクス Copy number variation(cnv) と疾患 - Exploration of genes related to X-linked mental retardation (XLMR) by MCGX-tiling array 横井左奈 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 小崎健一 井本逸勢 茂木世紀 小村健 稲澤譲治 井本逸勢 三枝邦康 谷川千津 青柳傑 大野喜久郎 中村祐輔 稲澤譲治 稲澤譲治 会津善紀 井本逸勢 林深 山口敏和 宮本力 稲澤譲治林深 本田尚三 井本逸勢 稲澤譲治 本田尚三 林深 井本逸勢 中川栄二 後藤雄一 稲澤譲治横井左奈 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 中村紋子 横井左奈 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 小崎健一 井本逸勢 茂木世紀 小村健 稲澤譲治 井本逸勢 小崎健一 稲澤譲治 稲澤譲治 Honda S, Hayashi S, Imoto I, Nakagawa E, Goto Y, Inazawa J 添 -21

23 2007 年 10 月 57th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (San Giego, USA) 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 Exploring cryptic genomic aberrations related to multiple congenital anomaly with mental retardation using in-house CGH-arrays Epigenetic silencing of TSOC25 by hypermethylation of the CpG island in oral cancer Association of KLK5-overexpression with invasiveness of urinary bladder carcinoma cells Identification of novel amplification-taeget genes in oral squamous cell carcinoma using array-cgh-assisted strategy In-house BAC array-based copy-number analysis revealed novel cancer-related genes in Anaplastic thyroid cancer BCL2L2 is a probable target for novel 14q11.2 amplification detected in a non-small cell lung cancer cell line Long-range chromosomal interactions regulate the expression of novel E2F1 target gene CTGF is a tumorsuppressor gene frequently inactivated by promoter hypermethylation in ovarian cancer Epigenetic silenciong of prostaglandin E receptor 2 is associated with progression of neuroblastmas Identigication of tumor suppressor microrna silenced by DNA methylation in oral squamous cell carcinoma Exploration of cancer-related genes on X chromosome using X-tilling array-based copy-number analysis in human cancer Hayashi S, Honda S, Imoto I, Inazawa J 中村恵理奈 鈴木江美奈 中川貴之 津田均 山本剛 入江太朗 小崎健一 井本逸勢 立川哲彦 天笠光雄 稲澤譲治篠田康夫 小崎健一 井本逸勢 執印太郎 藤岡知昭 三木恒治 稲澤譲治 Begum Asma 鈴木江美奈 中村恵理奈 井本逸勢 小崎健一 津田均 天笠光雄 稲澤譲治 石原孝也 于衛 井上純 音田正光 江見充 井本逸勢 稲澤譲治 河崎勉 横井左奈 和泉宏幸 井本逸勢 吉澤靖之 稲澤譲治 横井左奈 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 菊池良子 井本逸勢 津田均 金井弥栄 笠松高弘 千石一雄 広橋説雄 稲澤譲治 杉野由里子 三沢あき子 井上純 北川正信 細井創 井本逸勢 杉本徹 稲澤譲治 小崎健一 井本逸勢 茂木世紀 小村健 稲澤譲治 坂本宙子 横井左奈 井本逸勢 稲澤譲治 添 -22

24 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 10 月第 66 回日本癌学会学術総会 2007 年 11 月第 4 回北海道大学病院臨床遺伝子診療部講演会 2007 年 11 月第 58 回日本電気泳動学会教育講演 2007 年 11 月第 5 回全国遺伝子医療部門連絡会議 2007 年 11 月乳癌研究会 Kyoto Report to Update Conference 2007 年 11 月 Oral Cancer Symposium 120 th Anniversary between Japan-Thailand Diplomatic Relations. (Bangkok, Thailand) 2007 年 11 月 Oral Cancer Symposium 120 th Anniversary between Japan-Thailand Diplomatic Relations. (Bangkok, Thailand) 2007 年 12 月 The 2007 EAUHGS Symposium & the 7 th EAUHGS Annual Meeting Identification of candidate target genes at genomic loci with high copy number increase in gastric cancer Frequent methylation -associated silencing of candidate tumor -suppressor, CRABP1 in esophageal squamous-cell carcinoma Detection of aberrantly methylated genes in hepatocellulara carcinoma by BAC-array based MCA(BAMCA)strategy Inactivation of LC3A gene in human cancers Genetic classification of renal cell carcinoma associated with DNA methylation alteration and prognosis of patients Homozygous deletion mapping in gastric cancer 染色体検査の新しい流れ ~ 染色体検査の解像度の変遷とアレイCGH 法 ~ ゲノムアレイプラットフォームで展開する癌と遺伝疾患のゲノム エピゲノム解析遺伝医療におけるアレイ CGH 解析ゲノムアレイプラットフォームで展開するがんと遺伝疾患のゲノム エピゲノム解析 Identification of tumor suppressor microrna silenced by DNA methylation in oral squamous cell carcinoma. Expression of ciap-1 Correlates with Nodal Metastasis in Squamous Cell Carcinoma of the Tongue A case of 12q interstitial partial trisomy diagnosed by MCG whole genome array 細田文恵 新井康仁 安田純 中西幸浩 井本逸勢 稲澤譲治 広橋説雄 大木操 柴田龍弘田中浩司 井本逸勢 井上純 小崎健一 津田均 嶋田裕 河野辰幸 岩井武尚 稲澤譲治 趙晨 井本逸勢 井上純 田中信治 有井滋樹 田中博 稲澤譲治 井上純 井本逸勢 稲澤譲治 新井恵吏 金井弥栄 牛島抄織 藤元博行 細田文恵 柴田龍弘 近藤格 井本逸勢 稲澤譲治 広橋説雄 新井康仁 細田文恵 中西幸浩 市川仁 柳原五吉 井本逸勢 稲澤譲治 広橋説雄 大木操 柴田龍弘蒔田芳男 稲澤譲治 蒔田芳男 稲澤譲治 Kozaki K, Imoto I, Mogi S, Omura K, Inazawa J. Mogi S, Qi S, Tsuda H, Kozaki K, Imoto I, Inazawa J, Omura K. Numabe H, Ochiai Y, Hayashi S, Imoto I, Inazawa J, Kosugi S 添 -23

25 2008 年 1 月第 3 回近畿血液疾患治療研究会 ゲノムの多様性からみる病気と日常 稲澤譲治 2. 特許出願 出願日 受付番号 出願に係る特許等の標題 出願人 2007 年 12 月 14 日 流体収容カートリッジ及びその利用 日本ガイシ株式会社 2007 年 10 月 22 日 ハイブリダイゼーション方法及びマ イクロアレイ用カバー部材 富士フイルム株式会社 2008 年 1 月 23 日 癌の検出方法および癌抑制剤 富士フイルム株式会社 / 東京医科歯科大学 2008 年 5 月 27 日 核酸アレイを用いた検出方法 富士フイルム株式会社 / 東京医科歯科大学 2008 年 5 月 27 日 ハイブリダイゼーション用溶液の調富士フイルム株式会 製方法 社 / 東京医科歯科大学 2008 年 5 月 27 日 核酸抽出法 富士フイルム株式会社 / 東京医科歯科大学 2008 年 5 月 27 日 核酸マイクロアレイのデータ補正方富士フイルム株式会 法 社 / 東京医科歯科大学 2008 年 5 月 28 日 核酸マイクロアレイを用いた核酸計富士フイルム株式会 量方法 社 / 東京医科歯科大学 2008 年 7 月 1 日 DNA アレイ ( ミニアレイチップ ) 日本ガイシ株式会社 2008 年 7 月 1 日 流体収容カートリッジ 流体反応ユニ 日本ガイシ株式会社 ット及びその流体収容カートリッジを用いる反応装置 出願準備中 先天性異常症の染色体欠失の検出方法 東京医科歯科大学 / 株式会社ビー エム エル / 富士フイルム株式会社 3. 受賞実績 2008 年 3 月賞の名前 : 平成 20 年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術省 ( 研究部門 ) 対象の研究 ; 高精度ゲノムアレイの開発と疾患遺伝子の同定に関する研究 受賞者名 : 稲澤譲治 4. その他の特記事項 ( 新聞報道 雑誌等への投稿など ) 2008 年 2 月 [ 雑誌出版 ] アレイ CGH 診断活用ガイドブック- 知っておきたい染色体微細構造異常症 添 -24

26 稲澤譲治 蒔田芳男 羽田明編出版社 : 医薬ジャーナル社 2008 年 3 月 [DB 公開 ] CGH Database(ver.3) 公開 ( 平成 20 年 3 月 27 日 ) 年 12 月 [ 雑誌の表紙に掲載 ] Cancer Science Vol.97, No.12 の表紙に口腔扁平上皮癌の 3q23 増幅遺伝子のゲノム解析論文 * がハイライト論文として紹介される *Kozaki K, Imoto I, Pimkhaokham A, Hasegawa S, Tsuda H, Omura K, Inazawa J: PIK3CA mutation is an oncogenic aberration at advanced stages of oral squamous cell carcinoma, Cancer Sci., 97 (12), , 年 7 月 [ 雑誌の表紙に掲載 ] Cancer Science Vol.98, No.7 の表紙に東京医科歯科大学稲澤研究室自作 CGH アレイによる膀胱癌の解析と新規 19q 番染色体増幅の標的遺伝子 KLK の発見に関する論文 * の図の一つが掲載される *Shinoda Y, Kozaki K, Imoto I, Obara W, Tsuda H, Mizutani Y, Shuin T, Fujioka T, Miki T, Inazawa J: Association of KLK5-overexpression with invasiveness of urinary bladder carcinoma cells, Cancer Sci., 98 (7), , 年 7 月 [ 雑誌の表紙に掲載 ] 米国癌学会雑誌 Cancer Research Vol.68, No.13 の表紙に卵巣がんの癌抑制遺伝子候補の同定に関する論文がハイライト論文 * として紹介される *Kikuchi R, Tsuda H, Kozaki K, Kanai Y, Kasamatsu T, Sengoku K, Hirohashi S, Inazawa J: Frequent inactivation of a putative conditional tumor-suppressor gene, angiopoietin-like protein 2, in ovarian cancer, Cancer Res., 68 (13), , 年 10 月 [ 新聞報道 ] 東京医科歯科大学稲澤研究室自作の BAC アレイを用いて同定した肺がん抑制遺伝子 添 -25

27 PCDH20 の悪性度バイオマーカーとしての有用性が日経新聞 ( 平成 18 年 10 月 16 日朝刊 ) で紹介された 2006 年 11 月 [ 新聞報道 ] 東京医科歯科大学稲澤研究室自作の BAC アレイ (Genome Disorder Array) を用いて染色体微細異常を診断できることが日経新聞 ( 平成 18 年 11 月 6 日朝刊 ) で紹介された 2008 年 7 月 [ 展示 ] 日本ガイシ株式会社第 7 回国際バイオEXPOに NEDO 成果展示 (2008 年 7 月 2 日 ~4 日 ) 添 -26

28 用語集研究開発項目 1)BAC を用いた高精度全ゲノムアレイの開発研究開発項目 2) 染色体異常を解析する革新的要素技術の開発 ( アルファベット あいうえお順に記載 ) 用語 B BAC Bioanalyzer BLAST C CGH D dbsnp DyeTerminater 法 E EB ウイルス EMBL F FISH H 説明 Bacterial Artificial Chromosome の略 大腸菌にヒトゲノム等 数千から数十万塩基の分子量の大きな DNA 断片が挿入されたもの アジレント社製の核酸品質を正確に定性する技術 あるいは機器 アレイ研究には 通常分子生物学レベルをはるかに越えた核酸品質精度 Basic Local Alignment Search Tool の略 塩基配列解析で最も一般的に用いられるツールであり 塩基配列のホモロジー検索を行うプログラム Comparative Genomic Hybridization の略 ゲノム全体にわたる DNA の増幅や欠失を 1 度の処理で解析できる分子生物学的手法のこと Single Nucleotide Polymorphism database のこと NCBI が提供する SNP のデータベース DNA シークエンスで用いられる蛍光物質を結合したジデオキシヌクレオチド 通常の DNA は デオキシヌクレオチドであるが ジデオキシヌクレオチドを使用することで DNA の伸長反応が止まる 止まった場所に蛍光物質が結合しているため 電気泳動を行い 蛍光を測定する事で DNA の塩基配列を知る事が出来る Epstein-Barr ウイルス このウイルスに感染した B 細胞は不死化する これを用いることで正常細胞の培養が容易となり 大量培養によるヒトゲノムライブラリー作製に貢献した European Molecular Biology Laboratory の略 ドイツのハイデルベルグに本部を構える非営利団体で 公的研究資金を受けた多種多様な分子生物学における基礎研究機関 DNA や RNA の配列情報を提供している Fluorescent in situ Hybridization の略 特定の遺伝子配列や DNA 配列の一部をプローブとして 染色体上における該当領域の位置や 増幅や欠失などの変化を検出する手法 添 -27

29 HLA I IC L LMD log rank test M MEMS MNP MTP N Nanodrop 法 NCBI NHS-エステル O OTC コンパウンド Human Leukocyte Antigen の略 組織適合性抗原として重要な意味を持つ ヒト 6 番染色体短腕領域に座位 それぞれの個体は 同領域に座位する遺伝子群の多用な組み合わせから固有の組み合わせを持ち その解析によって民族の起源が推察可能である Informed consent 医療行為 ( 投薬 手術 検査など ) や治験などの対象者 ( 患者や被験者 ) が 治療や臨床試験 / 治験の内容についてよく説明を受け理解した上で (informed) 方針に合意する (consent) 事である レーザーマイクロ ダイゼクション病理凍結標本を顕微鏡下に観察し 腫瘍組織 細胞のみをレーザー光線で焼き取り去る技術 腫瘍特異的な蛋白 RNA DNA を抽出するための技術 2 群の生存曲線などの因子間に有意差があるかどうか検定する手法のひとつ Micro Electro Mechanical System の略称で 半導体の微細加工技術などを利用して作製された微小な部品から構成される電気機械システム マイクロマシンまたは MST(Microsystem technology) とも呼ばれている Minimal Number Path の略 タイリングアレイ作製法における設計方法のひとつ 選択された BAC の数が最小となるように設計すること アレイ設計に際して BAC のスポット数は最小となるが 選択された BAC の合計長は必ずしも最小にはならない Minimal Tiling Path の略 タイリングアレイ作製法における設計方法のひとつ 選択された BAC の領域の重複が最小となるように設計すること アレイ設計に際して BAC の合計長は最小となるが 選択された BAC の数は必ずしも最小にはならない 核酸濃度を正確に定量する技術 あるいは機器 アレイ研究には 通常分子生物学レベル以上の定量技術が要求される National Center for Biotechnology Information の略 米国 National Institutes of Health(NIH) が提供するデータベース N-ヒドロキシスクシンイミジルエステルの略である このエステルは ヒドロキシコハク酸イミドが非常に良い脱離基であるため アミンにより容易に求核攻撃され アミド結合を形成する事が出来る 凍結切片作成のための組織包埋用コンパウンド 添 -28

30 P PCR RPCI S SNP SN 比 SP6 T T7 Y yamato-2 あ行アジレント社アフィメトリクス社インクジェット法か行カットオフ値肝細胞癌間質 Polymerase Chain Reaction の略 特定の DNA 配列を指数関数的に増幅させる手法 Roswell Park Cancer Institute の略 米国ニューヨーク州バッファローを拠点とする National Cancer Institute(NCI) の研究施設 ヒトゲノム計画で用いられた RPCI-11 は この施設が管理している Single Nucleotide Polymorphism の略 1 塩基多型 DNA 配列中に見られる多型のひとつ 現在までに十数万以上の SNP が報告されている この多型と薬剤感受性や遺伝子発現などに相関が見られることから SNP 解析の結果を基に個々に適した治療法を選択する という個別化医療が注目されている シグナルとノイズの比率この SN 比が大きい方が測定値の信頼性が高いシークエンス反応に用いられるプライマー領域のひとつ シークエンス反応に用いられるプライマー領域のひとつ 独立行政法人産業技術総合研究所が構築した日本人 BAC ライブラリーの名称 成人に比べ DNA 損傷の少ない臍帯血由来の細胞を用い 培養することなく DNA を抽出し ライブラリー化に成功した 米国カリフォルニア州サンタクララを拠点とする 合成オリゴ DNA244 K フォーマットの DNA マイクロアレイ等を販売している 米国カリフォルニア州サンタクララを拠点とする アレイ製造 販売の先駆け的な会社であり 合成オリゴ DNA500 k フォーマットの DNA マイクロアレイ等を販売している アレイ作製時におけるスポッティングの手法のひとつ 各スポットを定量的にスポット ( 吹き付け ) 可能であるが スポット溶液が大量に必要であり またその装置作製のために大規模な設備投資が必要 各検査項目の特性を考慮したうえで正常とみなす範囲を決め 正常範囲と異常範囲を区切る値肝臓には大きくは胆管の癌と肝細胞の癌が発生するが ここでは後者を対象とする 肝炎患者 肝硬変患者に発生する癌は肝細胞癌である腫瘍を構成する細胞群には大きく分けて 2 つある 腫瘍細胞群とそれを支え 添 -29

31 る ( 酸素や栄養を補給する ) 細胞群であり 後者を腫瘍間質細胞という 間質細胞は通常宿主側 ( 癌細胞由来ではないということ ) から供給されるというのが定説であったが 近年一部癌細胞が分化した細胞も混入しているという報告もあり 現在癌研究における最も関心が高い領域のひとつとなっている 共焦点顕微鏡通常の光学顕微鏡は 面光源と面受光のため コントラストや分解能に限界がある 共焦点顕微鏡はピンホールを使い 点光源と点受光を採用することで 試料の断面像を得ることが可能になり 立体的な映像をハイコントラスト 高分解能で観察できる キャピラリーシー従来のゲル電気泳動法から 特殊なゲルで充填されたキャピラリー内にてクエンサー DNA を泳動させ シークエンス解析を行う DNA 配列読取装置 1000 塩基以上を 1 時間程度で解読できる高速シークエンサー クラスター解析アレイ解析の手段のひとつ 五年生存率や転移などの臨床情報を全く無視して 純粋にゲノムの変異パターンのみで解析症例を分類化する解析法 予断無く解析した結果が 臨床情報に相関していることがわかった場合 そのゲノム変異が患者予後や転移と関連していることになる クレノーフラグメ大腸菌 DNA ポリメラーゼ I のラージフラグメントの事 DNA 依存性 DNA ポントリメラーゼであり 5' 3' ポリメラーゼ 3' 5' エキソヌクレアーゼ活性を持つが, 天然酵素と異なり 5' 3' エキソヌクレアーゼ活性は欠いている クロストーク励起波長 蛍光波長の重複の事 励起波長に重複が見られる場合に意図しない蛍光物質が蛍光発し ノイズになる 蛍光測定特殊な化学物質 ( 蛍光物質 ) に ある波長の光 ( 励起光 ) を照射すると それより長い波長の光 ( 蛍光 ) を発する これが蛍光である 検出したい物質に あらかじめ蛍光物質を結合させておけば 励起光を照射することにより 物質の有無や 物質の動きが分かる ゲノム遺伝子領域や非遺伝子領域を含めた DNA 配列のすべて ゲノムアレイ今日において ヒトの遺伝子領域だけでなく 非遺伝子領域にも重要な意味があることが示唆されている これまでの遺伝子領域のみのアレイ解析では不完全と考えられ 特定の遺伝子領域 発現解析では不可能であった全ゲノムを対象としたアレイのこと 個別化医療個々で異なる多型を含めた遺伝情報 その個人における疾患の特徴や薬剤の応答性に関与する分子情報などによって 患者個人に最適化された医療のこと根治度手術の根治性の度合い (A から C に従って根治性が低下する ) さ行疾患別アレイハイ日本人 BACを用いた高精度ゲノムアレイによるCGHスクリーニング解析 添 -30

32 ブリシステムの成果を 実際の臨床検体で検証するための解析検証システム染色体部位 20q11.21 染色体の部位を表す すなわち 20 番染色体の長腕 (q) の の部位の意味組織学的ステージ手術標本の病理学的解析による病期 進行度 (I から IV に従って進行する ) 大腸癌一般的には大腸と直腸とを含めた臓器に発生した悪性腫瘍の総称として使われることが多いが ここでは 大腸と直腸に発生した腺癌 ( 最も一般的な癌 ) を対象としているタイリング隙間なく並べることから転じ ゲノム全体を隙間なく網羅 ( カバー ) すること 転写シークエンス通常 DNA のシークエンスを行う場合 DNA ポリメラーゼを用いた方法を法用いるが RNA ポリメラーゼを用いシークエンスを行う方法 DNA ポリメラーゼを用いた方法では解読が困難なヘアピン構造を形成する塩基配列や GC 含量の高い塩基配列の解読が可能な方法 な行ニンブルジェン社米国ウィスコンシン州を拠点とする独自開発の高密度 DNA マイクロアレイ (385 K フォーマット ) 等を作製 販売している 2007 年にロシュ社の傘下となり 現在はロシュ ニンブルジェン社となっている は行発現プロファイリ RNA レベルでのアレイ解析結果のこと ある個人の癌で発現している遺伝子ングの発現量を包括的に調べた結果 ( 多くは 種類以上の遺伝子について同時に検索する ) を示す 100 人の大腸癌では 100 通りのプロファイリングが得られるが それらの遺伝子の中には共通して発現が増減する遺伝子群が見出されてくる これを大腸癌に特徴的な発現プロファイリングという バブルジェット法アレイ作製時におけるスポッティングの手法のひとつ 各スポットを定量的にスポット ( 吹き付け ) 可能であるが スポット溶液が大量に必要であり またその装置作製のために大規模な設備投資が必要 病期原発癌の種類ごとに分類基準が異なる 普通は 0 或いは I IV のローマ数字で表され 数が大きいほど進行癌である ローマ数字に英小文字を付け ("IVa", "IVb" 等 ) 亜分類される ピン法アレイ作製時におけるスポッティングの手法のひとつ スポット溶液をピン先に浸け そのピンをアレイ基盤に接触させることによってスポットする バブルジェット法やインクジェット法に比べ定量性に欠けるが スポット溶液は少量で済み 簡便である 深い焦点深度ピントの合った状態からピントをずらした際 受光量が急激に減少する 受光光量が 90% 以内の範囲を焦点深度としている チップの歪み等により ピントがずれると誤差が拡大するが 焦点震度が深いと チップの歪み等の影 添 -31

33 物理的ハイブリシステムホットスポットホルマリン固定ら行ライブラリーリンパ節転移連結可能匿名化 響を受けにくくなる 強制攪拌により乱流を生成し DNAの会合確率を向上させたハイブリシステムゲノムや遺伝子配列のなかで 特に病気の原因の関連が深いことがわかっている場所のこと 通常複数あり その場所は近接していることが多いため 特にホットスポットと呼ばれる 蛋白構造上 その機能の中心にあたる場所であることが多い パラフィン切片作成のための組織固定液全ゲノムの塩基配列を図書館のように整理して保管 利用できるようにすること 腫瘍細胞がリンパ節に到達し そこで再び増殖し 同一種類の腫瘍を二次的に生じること 転移は悪性腫瘍の特徴である 必要な場合に人を識別できるよう その人と新たに付された符号又は番号の対応表を残す方法による匿名化 添 -32

34 用語集研究開発項目 3) 臨床診断用全自動染色体異常解析システムの開発 染色体異常 : 性細胞の減数分裂時の異常により 受精後 体細胞の染色体数の異常が起こることがある 性染色体 (X,Y) および常染色体のそれぞれに 数の増加 減少の起こる場合が知られている 常染色体の場合 トリソミー (3 本に増加 )) が多い 染色体全体ではなく その一部のみの変化の起こる場合もあり この場合には モノソミー (1 本に減少 ) も多く起こる 染色体検査では3 百万塩基対以上の異常を検出することができる 染色体異常症候群 : 染色体異常により誘起される精神発達遅滞 多発奇形 成長障害 神経症状等を伴う疾患 BAC DNA:BAC DNA とは Bacterial Artificial Chromosome DNA の略で ゲノム DNA の断片を大腸菌内で自立複製するベクター DNA と繋ぎ 大腸菌に入れる事により 大腸菌を培養することにより増幅できる DNA である BAC DNA は 5 千塩基 ~ 数万塩基のサイズのゲノムを有しており プラスミドと比較すると非常に大きいサイズの DNA を大腸菌内で自立 複製できる事が特徴で それが染色体の解析に使用される大きい理由である 癌遺伝子 : 高発現することにより癌を誘起する一因となる遺伝子である 癌抑制遺伝子 : 普通のレベルで発現する事により癌化を抑制している遺伝子である セルサイクル関連遺伝子 : 細胞の分裂は G1 期 S 期 G2 期 M 期のサイクルを経て 2 倍に増えていく このサイクルをセルサイクルと言い その各プロセスに関与する遺伝子をセルサイクル関連遺伝子と呼ぶ ハイブリダイゼーション :DNA は 2 重ラセンからできており 相補的な 2 本の DNA が対になっている それは塩基のシトシンとグアニン アデニンとチミンが水素結合により対を作るためであり DNA 同士が相補的な配列を有する事により対を作る事をハイブリッドを形成すると言う この現象をハイブリダイゼーション ( 略してハイブリ或いはハイブリダイズとも言う ) と呼ぶ 二色蛍光法 :2 重ラセンから成る対の DNA の一方を基板に固定し もう一方の DNA を健常者と患者より調製し 異なった蛍光試薬で標識する この 2 色の蛍光色素で標識 添 -33