Nakamura

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1 FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM 4-1

2 4-2

3 4-3

4 MEDSI (2003) 4-4

5 DOROTHYCROWFOOTHODGKIN DOROTHY HODGKIN MEDSI (2003) 4-5

6 4-6

7 !Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990)! Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol., 215, !! A new approach to rapid sequence comparison, basic local alignment search tool (BLAST), directly approximates alignments that optimize a measure of local similarity... BLAST is an order of magnitude faster than existing sequence comparison tools of comparable sensitivity. Query Library 4-7

8 4-8

9 4-9

10 DDBJing 講習会 21 データベース検索実習2 BLAST PSI-BLAST ARSA getentry Mac: +c Win: Ctrl + c 配列をコピーします DDBJのホームページに戻って いよいよBLASTです 4-10

11 4-11

12 DDBJing 講習会 21 データベース検索実習2 BLAST PSI-BLAST BLASTの結果 しばらく待って 押す 終わっていれば 結果が表示される BLASTの結果 グラフィクス表示 似ている領域と その程度 4-12

13 !""#$%%&&&'()*+'(,-'(+!'./0%1+"21%

14 4-14

15 4-15

16 4-16

17 !""#$%%.2(/-2'4)1)'274% 4-17

18 4-18

19 4-19

20 DDBJing 講習会 21 データベース検索実習2 BLAST PSI-BLAST PSI-BLASTのフォーム Mac: +v Win: Ctrl + v で配列をペースト UniProt/Swiss-Prot を選択し 繰り返し回数 赤字は重要なパラメータで すが最適なパラメータは探 索する配列により異なるの で 試行錯誤が必要です 繰り返しに使う配列を選ぶ閾値 入力内容の送信を押す PSI-BLASTの結果 さらに繰り返す場合 はここで実行 2回まわした結果 4-20

21 4-21

22 !""#$%%"/./"0'7*),1'8#% 4-22

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

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