: Genome Analyzer.99 1 SNP Genome Analyzer 1 RNA ID mrna mrna mrna-seq 3 mrna-seqpcr mrna-seq mrna-seq 3: mrna-seq mrna-seq RNA 1 poly-a RNA RNA cdna
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- ゆりか にばし
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1 DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS mrna-seqsmall RNA RNA Genome Analyzer csnp mrna Genome Analyzer 1 mrna 1 mrna-seq poly-a 3 Small RNA Small RNA RNA 1: Application Technology Product MRNA-SEQ Discovery Sequencing mrna-seq Small RNA mrna-seq mrna mrna-seq poly-a RNA 1 csnp BeadArray Profiling DASL RNA FFPE / Blood mrna-seq Validation VeraCode DASL RNA mrna-seq
2 : Genome Analyzer.99 1 SNP Genome Analyzer 1 RNA ID mrna mrna mrna-seq 3 mrna-seqpcr mrna-seq mrna-seq 3: mrna-seq mrna-seq RNA 1 poly-a RNA RNA cdna cdna mrna-seq G e n o m e Analyzer 9.% % RefSeq 3,11 UHR 31,9
3 DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS オリゴが結合されています Cluster 図: 高い相関を示すmRNA-Seqと定量 PCRの結果 Stationではフローセル上に張り付いた 図: mrna-seqのサンプル調製 cdnaを定温増幅し 1分子を1,分 Total Time Hands-On Time 1. hr 1. hr RNA 断片化 1 hr min cdna 合成. hr min hr min ゲル精製 1. hr 3 min PCR 濃縮 1 hr 3 min 11. hr 3.7 hr 子程度にまで増やしてクラスターを形 qpcr Fold-Change (Brain/UHR) r =.9 成します フローセル上に高密度に並 Poly-A RNA 抽出 んだクラスターは 完全自動化された Genome Analyzerでシーケンスされま す イルミナシーケンステクノロジー は独自に開発した種類の蛍光標識さ れた可逆的塩基と特別なポリメラーゼ アダプター付加 を採用し 数千万のクラスターを同時 mrna-seq Fold-Change (Brain/UHR) 71遺伝子において mrna-seqの発現比 は定量PCRと高い相関を示しています 並行に1塩基ずつ迅速にシーケンスし ます タグプロファイリング よりシンプルなゲノムワイドmRNAの ます 低サイクルPCRを行い サンプ 探索には タグプロファイリングを用 ル内のアダプターが付加されなかった いることができます タグプロファイ cdnaやrnaのコンタミネーションを リングは転写産物全体ではなく 短い 最低限に抑えます タグをシーケンスすることによって転 サンプル調製合計時間 サンプルからデータまでの時間 < 1 week イルミナのmRNA-Seqサンプル調製 キットは標準的な分子生物学手法を用い ています 自動化されたシーケンステク ノロジーと併用することで 最小限のハン ズオン時間でデータを迅速に得ることが できます これらのmRNAテンプレートライ 写物の同定および定量を行います イ ブラリーを用い イルミナGenome ルミナのタグプロファイリングプロト AnalyzerシステムでDNAサンプルと同 コールは独自かつ位置がわかっている じようにシーケンスを行います ライ あるいは1塩基ペアのcDNAタグを ブラリーは完全自動化されたCluster 用いて転写産物を同定します これら Station上でフローセルに流します フ のタグは生物種のリファレンスゲノム タグプロファイリングも 感度 カ と比較することで 発現された遺伝子 バレッジ が調節可能なデジタルデー ローセルには アダプターに相補的な を同定することができます 図: 1塩基の解像度でスプライスジャンクションとcSNPを検出 イントロン エクソンジャンクションの的確な位置の検出は ギャップ 灰色の線 を伴う個々のリードのゲノムへのアライン結果で判定できます 1塩 基多型 SNP はリファレンスゲノムに対して異なる塩基をもつ複数のリードによって検出されます 図では期待されるGに対してAの多型が赤文字で 表示されています
4 図7: 低発現転写産物における優れた再現性を示すタグプロファイリングの結果 UHR UHR vs. Brain Brain (log) 1 Sample Counts (log) Sample Counts (log) Brain 1 1 Sample 1 Counts (log) Sample 1 Counts (log) UHR Counts (log) MAQCのヒト脳由来サンプルをタグプロファイリングプロトコールで調製し フローセルの1レーンでシーケンスを行った実験を繰り返し行い ました 結果はサンプル１とサンプル２で表示され タグプロファイリングの高い再現性を示しています 同様の結果がMAQCのUHRサンプ ルでも観察されています 異なるサンプル間の発現差は 脳およびUHRのレーンの結果を比較することで得られます 青点は量サンプルで発 現差がなかったデータポイント 赤点は２倍以上の発現差を示します p=.9 脳とUHRを比較したスキャッタープロットの灰色の四角で 囲まれた部分は 1細胞あたり1転写産物以下 万タグにつき3回のタグカウント のデータを示しています タ プローブ設計を必要としないバイ ます 研究者は目的に合わせてカバ シーケンスします 得られた結果は真 アスのない探索 そしてゲノムデータ レッジ深度を調節し ダイナミックレ 核生物ゲノムにおける新規転写産物同 ベースの更新に合わせて再度アノテー ンジを広げ 低発現転写産物の探索と 定などに用いることができます 理論 ションできるデータ といったmRNA 定量を達成することができます 的な計算では ヒトゲノムのサイズで -Seq同様の特長を有しています タグ またタグプロファイリングは ハイ 99.%の1塩基ペアタグは1回しか起 プロファイリングは発現している遺伝 ブリダイゼーションベースのマイクロ こりません 1 1,既知遺伝子から 子の全長をシーケンスしないため よ アレイ結果の検証法としても使うこと 得られた結果を解析した結果では ヒ り少ないリード数で高い感度を達成す ができます トゲノムにおいて7%の1塩基ペアタ ることができます 例えば サンプル グが1回起こることが予想される と あたり1万タグをシーケンスすれ 高品質データ いうことがわかりました 1 残りのタ ば 平均で細胞あたり1コピーの転写 タグプロファイリングでは位置が特定 グは重複遺伝子やリピート配列にマッ 産物が回カウントされることになり できるあるいは1塩基ペアタグを チするものです タグプロファイリングは多様な mrnaの特徴付けに適しています 図: 定量PCRと高い相関を示すタグプロファイリング結果 1 r =.93 slope = SAGE法の倍以上の感度をもつタグ プロファイリングは 圧倒的なカバ DpnII Tags vs. qpcr Data Fold Change Ratio (Brain/UHR) qpcr Fold Change Ratio (Brain/UHR) qpcr NlaIII Tags vs. qpcr Data Fold Change Ratio (Brain/UHR) DGE レッジ深度を誇ります フローセルの 1 r =.933 slope =.97 1レーンでサンプルあたり数百万のタ グを解析するため 効率的なダイナ ミックレンジと優れた再現性をもち 低発現転写産物も検証することができ ます 図 Fold Change Ratio (Brain/UHR) DGE MAQCサンプルを用いた実験では 定量PCRとタグプロファイリングの相関は.93以上の 結果を示しています 定量PCRで調べた9とのRefSeq遺伝子は NaIIIおよびDpnII プロトコールで定量化されました マイクロアレイデータとは異なり 発現比の圧縮は観 察されず 傾きは1に近い値となっています 一般に 細胞あたり1コピーの転写 産物は およそ3,ある転写産物 の1コピーに相当する と言われてい ます シーケンスデータを万単位 のテンプレート TPM: templates per million で表示させると Genome
5 DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS Analyzer 1 3TPM 1 1 MAQC PCR mrna 1 cdna NlaIII mrna NlaIII DpnII mrna-seq mrna-seq Genome Analyzer Pipeline Genome Analyzer Pipeline G e n o m e S t u d i o RNA-Sequence 9 3 csnp 9: GenomeStudio RNA-Sequence 1 Pipeline NCBI RefSeq UCSC GenomeStudio RNA-Sequence SNP
6 Small RNA Small RNA Small RNA - Small RNA Small RNA Small RNA PCR RNA RNA Genome Analyzer Small RNA Small RNA Genome Analyzer 1 Small RNA Small RNA Small RNA cdna Cluster Station RNA Small RNA 99.% Genome Analyzer 1 Small RNA : Small RNA SMALL RNA NAME Genome Analyzer Small RNA, 11 RNA Small RNA CONTENT hsa-let-7b 7,7 hsa-let-7f, hsa-let-7a,3 hsa-mir-rg- 1,931 has-mir-3 1,7 hsa-mir- hsa-mir-3a-3p RNASmall RNA Sanger mirna Small RNA 11: Small RNA mouse rat human dog RefSeq Genes Vertebrate Multi Alignment and Conservation G G G C T G C T A C G t c a t c g t c g t c a t c g t t a t c a t c a t G G G C T G C T A C G t c a t c g t c g t c a t c g t t a t c a t c a t G G G G T G C T A c g t c a t c g t t g t c a t c g t c a t c a t c a t G G G G T G C T G c g t c a t c a t t g t c a t c a t c a t c a t c a t Small RNA mirna 7 Small RNA (has-mir-9)
7 DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS mrna-seq Small RNA RNA Small RNA RNA (1) Saha S, Sparks AB, Rago C, Viatcheslav A, Wang CJ, et al. () Using the transcriptome to annotate the genome. Nat Biotech : -1. () Rodriguez A, Vigorito E, Clare S, Warren MV, Couttet P, et al. (7) Requirement of bic/microrna-1 for normal immune function. Science 31(): 3. (3) Campbell TN and Choy FY () RNA interference: past present and future. Curr Issues Mol Biol 7(1):1- () Marsit CJ, Eddy K, Kelsey KT () MicroRNA responses to cellular stress. Cancer Res ():3-. () Lu C, Tej SS, Luo S, Haudenschild CD, Meyers BC et al. () Elucidation of the Small RNA component of the transcriptome. Science 39: 17-19
8 DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS QUANTITY mrna-seq mrna-seq Sample Prep Kit RS--1 GAII Standard Cluster Generation Kit 3-Cycle Sequencing Kit 1 Tag Profiling Sample Prep Kit GAII Tag Profiling Cluster Generation Kit 1-Cycle Sequencing Kit 3-Cycle Sequencing Kit Small-RNA Small RNA Sample Prep Kit GAII Small RNA Cluster Generation Kit 1-Cycle Sequencing Kit 3-Cycle Sequencing Kit PhiX NlaIII DpnII NlaIII DpnII FC-- FC-- FC--7 FC FC--31 FC--3 FC--9 FC-- 1 PhiX v Control Kit CT-91-1 Genomic Sequencing Primer Kit CT-91- Genome Analyzer II IIx Genome Analyzer F Tel (3)7- Fax (3) Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina illuminadx Solexa Making Sense Out of Life Oligator Sentrix GoldenGate DASL BeadArray Array of Arrays Infinium BeadXpress VeraCode IntelliHyb iselect CSPro GenomeStudio Illumina Pub. No. 7-9-J9 11JUN9
GWAS GWAS GWAS 2 GWAS
GWAS GWAS GWAS GWAS 2 GWAS Chapter 1 05 HapMap 06 GWAS 07 The Missing Heritability 08 Chapter 2 1000 11 SNP 12 Chapter 3 GWAS Omni 15 GWAS 16 18 19 Chapter 4 21 22 23 3 Chapter 1 2000 6 10 Celera Genomics
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NGS をはじめよう!RNA-Seq 入門 ( キットの選び方 実験デザイン ) April 18, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by Synthesis SBS HiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCAC OCAC PR
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by SynthesisSBSHiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCACOCAC PRACTICALBRCA1/2 CIMBA www.illuminakk.co.jp DNA CE DNA DNA
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Dual Index を持つ Library のシーケンサーセットアップ 小林孝史テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx,
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響 インデックスのミスアサインメントの原因と インデックスホッピングの影響を軽減するベストプラクティス はじめに 次世代シーケンス (NGS) 技術の改良により シーケンススピードが大幅に向上し データ出力が飛躍的に増加したことで 現在のシーケンスプラットフォームにおいて大規模なサンプルの解析が可能になりました 10
Microsoft PowerPoint - 111513 TANAKA Optimizing Clusters passing filter2
Clusters Passing Filterを 最 適 化 するには イルミナ 株 式 会 社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 田 中 敦 成 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio,
mRNA-Seq_SamplePrep.book
mrna Sequencing Sample Preparation Guide Topics 3 Introduction 4 RNA Input Recommendations 6 mrna-seq Sample Preparation Kit Contents 8 User-Supplied Consumables and Equipment 9 Purify the mrna 12 Fragment
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NGS をはじめよう! これだけは知っておきたい MiSeq ~ 解析原理と必要な試薬キット 装置の使い方 ~ June 27, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress,
Troubleshooting Nextera Sample Preparation
Nextera/Nextera XT サンプル調製キットの使用法とトラブルシューティング 酒井名朋子 Sr. Technical Applications Scientist イルミナ株式会社 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
Microsoft PowerPoint - 社外資料_TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep.pptx
TruSeq Synthetic Long- Read DNA ライブラリー調製キット イルミナ株式会社マーケティング部 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadArray, BlueFish, BeadXpress, BlueFuse, cbot,
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Bioanalyzer と qpcr を使用したライブラリの定性 定量評価 酒井名朋子イルミナ株式会社テクニカルサポート 2010 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, Solexa, Making Sense Out of Life, Oligator, Sentrix, GoldenGate, GoldenGate Indexing,
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RNA-Seq ~ 研究に合わせたアプリケーションの選び方 ~ June 12, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio,
機能ゲノム学（第6回）
トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ
PowerPoint Presentation
Introduction to key concepts in Illumina sequencing data analysis イルミナシーケンスデータ解析入門その前に 癸生川絵里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx,
Microsoft PowerPoint _webinar_RNAExpress.erikibukawa_配布用.pptx
2014 年 10 月 17 日イルミナサポートウェビナー RNA Seq を始めよう! BaseSpace で行う かんたん NGS データ解析 < RNA Express > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2013 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure,
Design 1 – Title Slide
イルミナウェビナー NextSeq 500 シリーズ RNA Seq 時代到来 : NextSeq が実現する簡単 高速 安価なトランスクリプトーム解析 2014 年 9 月 16 日イルミナ株式会社シーケンシングスペシャリスト鈴木健介 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray,
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イルミナテクニカルセミナー session3 Illumina Experiment Manager の使い方 サービス サポート部テクニカルサポートサイエンティスト渡辺真子 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, Eco, Genetic
NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit
シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit
Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC
Microarray Agilent Microarray Total Solution Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC RNA / mirna total
Introduction to Illumina Next Generation Sequencing (NGS)
イルミナ Sequencing By Synthesis (SBS) ケミストリーのご紹介 小林孝史イルミナ株式会社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2013 Illumina, Inc. ll rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, Beadrray, BeadXpress, cbot, SPro, DSL, DesignStudio,
DNA DNA DNA DNA 0.1 1µg 2 2 PCR
2010 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, Solexa, Making Sense Out of Life, Oligator, Sentrix, GoldenGate, GoldenGate Indexing, DASL, BeadArray, Array of Arrays, Infinium, BeadXpress,
MiSeq Reporter Software Overview
MiSeq を使用した研究計画のご提案 小林孝史 (Takafumi KOBAYASHI, PhD) イルミナ株式会社テクニカルサポート Email:techsupport@illumina.com 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot,
■リアルタイムPCR実践編
リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する
Microsoft PowerPoint - kobayashi-SAV webinar
Sequence Analysis Viewer (SAV) で MiSeq の Run 結果を評価する 小林孝史イルミナ株式会社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
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ラン間のサンプル持ち込みを最大限に防ぐための MiSeq のメンテナンステンプレート洗浄のプロトコール August 22, 2014 崎川真里イルミナ株式会社アソシエイトテクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress,
論文題目 腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析
論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている
NGSデータ解析入門Webセミナー
NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing
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イルミナ NGS でロングリードを可能にする TruSeq Synthetic Long-Read ライブラリー調製キット : ワークフローのご紹介および注意点 November 28, 2014 崎川真里イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace,
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FFPE サンプルを用いたシーケンス November 6, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
PowerPoint プレゼンテーション
V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合
Microsoft PowerPoint - Final _LibraryQC_andTroubleshooting_August2013
BioAnayzer を使用した Library QC と トラブルシューティング 田中敦成イルミナ株式会社 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Iumina, Inc. A rights reserved. Iumina, iuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
PrimerArray® Analysis Tool Ver.2.2
研究用 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 説明書 v201801 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 は PrimerArray( 製品コード PH001 ~ PH007 PH009 ~ PH015 PN001 ~ PN015) で得られたデータを解析するためのツールで コントロールサンプルと 1 種類の未知サンプル間の比較が可能です
My Document
MiSeq Sample Sheet Quick Reference Guide (MiSeq サンプルシートクイックリファレンスガイド ) FOR RESEARCH USE ONLY Introduction ( はじめに ) 3 Setting Up the Sample Sheet ( サンプルシートのセットアップ ) 5 Sample Sheet Parameters ( サンプルシート )
リアルタイムPCR実験のためのガイドライン
リアルタイム PCR 実践編 - プライマー設計ガイドライン - 効率的なリアルタイム PCR を行うためには 最適なプライマーを設計することがもっとも重要であり 増幅効率が良く 非特異的増幅が起こらないプライマーが設計できれば リアルタイム PCR は ほぼ確実に成功する ここでは プライマーを設計する際に考慮すべきパラメータについて個々に解説し 最後に 専用のソフトウェアを使用してプライマー設計をする方法について簡単に説明する
thermofisher.com mirVana miRNA mimics/inhibitors 検索マニュアル
thermofisher.com mirvana mirna mimics/inhibitors 検索マニュアル 2018 年 10 月版 The world leader in serving science mirna mimics/inhibitors 製品ラインナップ mirna mimics / inhibitors の製品ライナップ : Mimics : Gain-of-function
111031_Sure Selectカタログ_改訂_最終.indd
Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq
Microsoft PowerPoint - LongRangePCR+Nextera webinar (with cover) RevC (本番)
狙った領域を高カバレッジにカバーする Long Range PCR + Nextera 法のご紹介 : ヒトミトコンドリアゲノム解析を例に Oct 3, 2014 ( 注意 ) 一部動画ファイル (http://www.illuminakk.co.jp/events/webinar_japan.ilmn?ws=ss) に修正を入れさせていただきアップロードいたします 小林孝史イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト
リアルタイムRT-PCR実験法
1. 逆転写反応 ツーステップ RT-PCR とワンステップ RT-PCR RT-PCR による遺伝子発現解析では まず 逆転写反応により RNA から cdna を合成し この cdna を鋳型として PCR を行う これらの反応は ツーステップまたはワンステップで行う ツーステップ RT-PCR では ランダムプライマー オリゴ dt プライマーまたは遺伝子特異的プライマーを用いて逆転写反応を行い
国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日
生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営
PowerPoint プレゼンテーション
NGS 超入門 MiSeq システムのご紹介 イルミナ株式会社サービス サポート部仲健太 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre,
Untitled
上原記念生命科学財団研究報告集, 25 (2011) 129. 外傷 炎症性疾患の解明と新規治療法の確立 森亮一 Key words:mirna, 組織修復, 炎症, 線維化 * 大阪歯科大学歯学部歯学科薬理学講座 緒言皮膚創傷治癒過程は, 炎症細胞浸潤主体の炎症期, 再上皮化, 肉芽形成, 血管新生の増殖期, 過剰に生産された細胞外基質が分解される成熟期からなる生体防御反応で, 一連の過程は細胞表面やサイトカインを介した細胞間相互作用で制御されている.
シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会
シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
機能ゲノム学（第6回）
RNA-Seqデータ解析における正規化法の選択 :RPKM 値でサンプル間比較は危険?! 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 よりよい正規化法とは? その正規化法によって得られたデータを用いて発現変動の度合いでランキングしたときに
手順 ) 1) プライマーの設計 発注変異導入部位がプライマーのほぼ中央になるようにする 可能であれば 制限酵素サイトができるようにすると確認が容易になる プライマーは 25-45mer で TM 値が 78 以上になるようにする Tm= (%GC)-675/N-%mismatch
Mutagenesis 目的 ) 既存の遺伝子に PCR を利用して変異を導入する 1 点変異導入方法 ) Quik Change Site-Directed Mutagenesis Kit(Stratagene) のプロトコールを流用 http://www.stratagene.com/products/showproduct.aspx?pid=131 Kit 中では DNA polymerase
リアルタイムPCRの基礎知識
1. リアルタイム PCR の用途リアルタイム PCR 法は 遺伝子発現解析の他に SNPs タイピング 遺伝子組み換え食品の検査 ウイルスや病原菌の検出 導入遺伝子のコピー数の解析などさまざまな用途に応用されている 遺伝子発現解析のような定量解析は まさにリアルタイム PCR の得意とするところであるが プラス / マイナス判定だけの定性的な解析にもその威力を発揮する これは リアルタイム PCR
untitled
PCR Enzymes & Instruments PCR Stratagene Gradient Cycler Problem PCRDNA Polymerase Solution Stratagene Gradient Cycler PCRQuikChange 3 Stratagene Gradient Cycler 96 96 Fast 384 3 3 0.4 0.1 12 96 Fast 384
計画研究 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシン
計画研究 2005 2009 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシング時代のゲノム科学研究では 多因子性 遺伝性疾患の関連解析による原因遺伝子探索が最重要課題であ 1.
PCR 3 Mature mirna PCR 7 miscript mirna PCR Array C T 12 Mature mirna cdna 15 miscript mirna QC PCR Array miscript mirna PCR Array 10/2011
October 2011 miscript mirna PCR Array miscript II RT Kit miscript SYBR Green PCR Kit miscript mirna PCR Arrays miscript mirna QC PCR Array Pathway-Focused mirna PCR Array mirnome miscript mirna PCR Array
Microsoft PowerPoint - 3_TS-705(TaqMan_GeneExpressionAssays_製品情報及び検索方法修整10.pptx
Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays インターネットオーダー方法 2010/06/14 TaqMan Gene Expression Assays の概要 世界最大規模のリアルタイム PCR アッセイ用デザイン済みプライマー &TaqMan プローブセット TaqMan Gene Expression Assays のプライマー & プローブセットは
GWB_RNA-Seq_
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq
RT-PCR プロトコール.PDF
Real -Time RT-PCR icycler iq Bio Rad RT-PCR RT-PCR 1 icycler iq Bio Rad icycler iq 30 2 Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit (amersham pharmacia biotech) Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit QuantiTect
解析法
1.Ct 値の算出方法 Ct 値の算出方法には 閾値と増幅曲線の交点を Ct 値とする方法 (Crossing Point 法 ) の他に 増幅曲線の 2 次導関数を求めてそれが最大となる点を Ct 値とする方法がある (2nd Derivative Maximum 法 ) 前者では 閾値を指数関数的増幅域の任意の位置に設定して解析するが その位置により Ct 値が変化するので実験間の誤差が大きくなりやすい
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上原記念生命科学財団研究報告集, 24(2010) 164. 消化器癌におけるエピジェネティックな microrna 異常の解析 鈴木拓 Key words: 胃癌, 大腸癌,microRNA, DNA メチル化, 癌抑制遺伝子 札幌医科大学医学部内科学第一講座 緒言 microrna( 以下 mirna) は 18 ~ 22 塩基程度の短い non-coding RNA であり, 分化 増殖 アポトーシスなど細胞内の様々なプロセスに重要な役割を担っている
GeneChip 遺伝子発現解析
GeneChip 遺伝子発現受託解析についての説明 I.Affymetrix 社 GeneChipシステムの特徴 1)GeneChipのアレイは フォトリソグラフィーとコンビナトリアル ケミストリーを組み合わせた アフィメトリクス社独自の安定性の高い方法で製造 2) 合成ステップを最小限に抑えたGeneChipテクノロジーでは 超高密度で数十万種類にわたる多種類のプローブを搭載したアレイを製造 3)
れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを
報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約
プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展
個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と
はじめてのリアルタイムPCR
はじめてのリアルタイム PCR 1. はじめにリアルタイム PCR 法は PCR 増幅産物の増加をリアルタイムでモニタリングし 解析する技術です エンドポイントで PCR 増幅産物を確認する従来の PCR 法に比べて 1DNA や RNA の正確な定量ができること 2 電気泳動が不要なので迅速かつ簡便に解析できコンタミネーションの危険性も小さいことなど多くの利点があります 今や 遺伝子発現解析や SNP
CycleavePCR™ Library Quantification Kit (for Illumina)
研究用 CycleavePCR Library Quantification Kit (for Illumina) 説明書 v201811da イルミナ社の次世代シーケンサー (MiSeq Genome Analyzer IIx HiScanSQ HiSeq 1000 HiSeq 2000) は 一度に多量の DNA 分子の塩基配列を超並列に決定します 通常 解析に必要なライブラリーは DNA 断片の両端に指定のアダプターを連結することにより調製されます
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < Enrichment アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサ
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2014 Illumina, Inc. All rights
予算申請ウェビナー ウイルス、微生物編
予算申請ウェビナーウイルス 微生物編 イルミナ株式会社マーケティング本部 プロダクトマーケティング部 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre,
Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue
Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介 次世代シーケンシングの問題点を解決 次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする 大量の不要データ 例えば DNA-Seq
プレゼント キャンペーン 1 ステップ 2 分で高効率にリボソーム RNA やグロビン mrna を除去できる製品を試してみませんか? QIAseq FastSelect RNA Removal Kits 今だけ QIAseq FastSelect RNA Removal Kit をご購入されたお客
QIAGEN QIAseq キャンペーン特集 プレゼントキャンペーン QIAseq FastSelect RNA Removal Kit % オフ プロモーションコード JP19UNNL1 QIAseq UPX 3 Targeted RNA Panels QIAseq 16S/ITS Panels QIAseq mirna Library Kit キャンペーン期間 : 219 年 3 月 15 日
るため RNA ウイルス遺伝子や mrna などの RNA を検出する場合には予め逆転写酵素 (RNA 依存性 DNA ポリメラーゼ ) により DNA に置換する逆転写反応を行う必要がある これを Reverse Transcription-PCR(RT-PCR) という PCR 法によれば 検査
病性鑑定において PCR を利用する際の注意事項 家畜衛生分野においても疾病診断 検査に PCR 技術が応用可能となり 本病性鑑定指針の改訂においても各診断指針の各論において PCR 検査の利用について参考資料が組み込まれている PCRは便利な技術だが 疾病の診断に応用する場合 その取扱いについては慎重にせねばならない点が多い そこで本項では PCR 検査の原理に次いでその利点 欠点と限界 留意点を理解するための解説をまとめ
MiSeq Reporter Software Overview
MiSeq Reporter (MSR) をはじめよう 癸 生 川 絵 里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています
機能ゲノム学（第6回）
トランスクリプトーム 解析手法の開発 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット門田幸二 2008/12/08 トランスクリプトーム (transcrptome) とは 細胞中に存在する転写物全体 (transcrpt + ome) トランスクリプトーム解析技術 DNA マイクロアレイ Affymetrx GeneChp, cdna アレイ, 電気泳動に基づく方法
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 遺伝子発現解析編 12 th Feb., 2016 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Feb., 2016_V2 1 遺伝子発現解析概要 本日のセミナーにおける解析の流れ及び使用するツール名 ( 図中赤枠部分 ) Case Control インポート インポート インポート
PCR & PCR QuantStudio
PCR & PCR QuantStudio QuantStudio d PCR igital q uantitative PCR 1 PCR PCR SNP Genotyping PCR 1 1 DNA PCR PCR PCR PCR Applied Biosystems QuantStudio PCR PCR PCR PCR 20,000 5 log 1.1 NGS PCR / 10 log SNP
Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx
Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------
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NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント
血漿エクソソーム由来microRNAを用いたグリオブラストーマ診断バイオマーカーの探索 [全文の要約]
![血漿エクソソーム由来microRNAを用いたグリオブラストーマ診断バイオマーカーの探索 [全文の要約]](/thumbs/90/104293558.jpg "血漿エクソソーム由来microRNAを用いたグリオブラストーマ診断バイオマーカーの探索 [全文の要約]")
Title 血漿エクソソーム由来 microrna を用いたグリオブラストーマ診断バイオマーカーの探索 [ 全文の要約 ] Author(s) 山口, 響子 Issue Date 2017-03-23 Doc URL http://hdl.handle.net/2115/66158 Type theses (doctoral - abstract of entire text) Note この博士論文全文の閲覧方法については
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Ion PGM Heterogeneity * 1 * 1 * 2 * 2 * 2 * 2 * 2 * 1 *1 * 2 DNA DNA DNA ArcturusXT LCM Laser Capture Microdissection LCM A Workflow for Cancer Profiling Applied Biosystems ViiA7 PCR qpcr QC Assay Ion
計算機生命科学の基礎II_
Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K - 18 - [1] 1 [2] 2 [3] 3 [4] 5 [5] : RNA cdna 13 [6] 14 [7] 17 LightCycler TM Idaho
AJACS_komachi.key
Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:
初心者にもできるアメブロカスタマイズ新2016.pages
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NGS をはじめよう! NextSeq500 で何ができるのか? April 10, 2015 崎川真里イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,
大学院博士課程共通科目ベーシックプログラム
平成 30 年度医科学専攻共通科目 共通基礎科目実習 ( 旧コア実習 ) 概要 1 ). 大学院生が所属する教育研究分野における実習により単位認定可能な実習項目 ( コア実習項目 ) 1. 組換え DNA 技術実習 2. 生体物質の調製と解析実習 3. 薬理学実習 4. ウイルス学実習 5. 免疫学実習 6. 顕微鏡試料作成法実習 7. ゲノム医学実習 8. 共焦点レーザー顕微鏡実習 2 ). 実習を担当する教育研究分野においてのみ単位認定可能な実習項目
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Vol.7November 216 3 DNA QIAamp DNA Mini Kit QIAcube QIAamp DNA Mini Kit 2 M Lung Kidney Liver Skin and muscle Whole blood Buffy coat Lymphocytes M QIAcube DNA 48.5 kb QIAamp DNA Mini Kit (5) 5134 25, QIAamp
RNA-seq
RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます
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トラブルシューティング編 Nextera ライブラリー調製キットシリーズで期待通りのライブラリーを得るためのヒント March 6, 2015 150511 RevB: 一部修正 小林孝史イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.illumina, 24sure, BaseSpace,
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上原記念生命科学財団研究報告集, 22(2008) 113. アテローム動脈硬化に関与する単球 / マクロファージ特異的 microrna 群の同定 深尾太郎 Key words: 動脈硬化,microRNA, マクロファージ, 炎症, マウス * 東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 緒言動脈硬化は, 先進国における死因群の主たる原因となる重大な疾患である. 加齢や生活習慣がその発症や程度に大きく関わることから,
BaseSpaceで達成するSmall RNA発現解析
BaseSpace で達成する Small RNA 発現解析 March 28, 2016 寺倉伸治イルミナ株式会社アプリケーションコンサルタント 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip,
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ncounter Analysis System とは ncounter Analysis System は 米 国 NanoString Technologies 社 が 開 発 した 新 しい 発 想 に 基 づいた 遺 伝 子 解 析 システム です 特 殊 な 分 子 バーコードを 配 列 特 異 的 に 付 加 することで 最 大 800 種 類 の 標 的 配 列 をデジタル 検 出 カウントを
PowerPoint プレゼンテーション
2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量
Microsoft Word - FMB_Text(PCR) _ver3.doc
2.PCR 法による DNA の増幅 現代の分子生物学において その進歩に最も貢献した実験法の1つが PCR(Polymerase chain reaction) 法である PCR 法は極めて微量の DNA サンプルから特定の DNA 断片を短時間に大量に増幅することができる方法であり 多大な時間と労力を要した遺伝子クローニングを過去のものとしてしまった また その操作の簡便さから 現在では基礎研究のみならず臨床遺伝子診断から食品衛生検査
Human Housekeeping Gene Primer Set, Mouse Housekeeping Gene Primer Set, Rat Housekeeping Gene Primer Set
研究用 Human Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3790) Mouse Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3791) Rat Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3792) 説明書 v201710da 通常 リアルタイム RT-PCR による遺伝子発現解析は相対定量により行われ
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タンパク質の発現精製方法 目的遺伝子 タンパク質発現に用いる生物種のプロモーター例 )Lac (E. coli) ADH1 (S. cerevisiae) Promoter STOP タンパク発現用プラスミド マーカー遺伝子 ( 薬事耐性など ) 複製開始点 198 培地中のラクトース E. coli lac promoter E. coli でのタンパク質発現の例 pet system T7 RNA
cDNA cloning by PCR
cdna cloning/subcloning by PCR 1. 概要 2014. 4 ver.1 by A. Goto & K. Takeda 一般的に 細胞または組織由来の RNA から作製した cdna(cdna pool) から 特定の cdna をベクターに組み込む操作を cdna cloning と呼ぶ その際 制限酵素認識配列を付与したオリゴ DNA primer を用いた PCR
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はじめよう microrna 解析 効率的な精製方法と機能解析手法の最新技術を学ぼう 2014 年 11 月 21 日 ( 金 ) ライフテクノロジーズジャパン株式会社 サーモフィッシャーサイエンティフィックグループ The world leader in serving science 1 本日の内容 micrornaの基礎 microrna の発現解析と機能解析 さまざまなサンプルからの RNA
ChIP-seq
ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため
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1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ
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Custom TaqMan Assay Design Tool インターネットオーダー方法 20010/06/01 Custom TaqMan Assay Design Tool 1. Custom TaqMan SNP Genotyping Assays P.5 2. Custom TaqMan Gene Expression Assays P.21 3. カスタムデザインでのオーダー P.30
iSeq™100 シーケンスシステムのご紹介
iseq 100 シーケンスシステムのご紹介あらゆるラボにフィットする迅速で効率的な低スループットシーケンスを実現するイルミナの最新ソリューション イルミナ株式会社技術営業部小林孝史イルミナ株式会社セグメントマーケティング部藤原鈴子 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. 本日の内容 ラボの課題において iseq 100 システムが提供する解決法 iseq
16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS
研究用 16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS 説明書 v201705da 本製品は イルミナ社 MiSeq で 16S rrna 細菌叢解析を行うための PCR 増幅キットです 細菌 16S rrna 遺伝子の V3-V4 領域を対象とし PCR 酵素に 多様な配列を効率よく増幅可能な Tks Gflex DNA Polymerase
会報36号表紙
36 No. ( 2017 9 ) RNA 2017 RNA 19 7 19 21 7 8 JR RNA RNA 20 RNA RNA RNA RNA 10 50 13 26% 40 RNA RNA-SEQRNAiCRISPRCLIP RNA RNA - 1 - 3 29 8-2 - ips - 3 - - 4 - - 5 - RNA 29 RNA RNA 5 microrna trna? RNA
Hi-level 生物 II( 国公立二次私大対応 ) DNA 1.DNA の構造, 半保存的複製 1.DNA の構造, 半保存的複製 1.DNA の構造 ア.DNA の二重らせんモデル ( ワトソンとクリック,1953 年 ) 塩基 A: アデニン T: チミン G: グアニン C: シトシン U
1.DNA の構造, 半保存的複製 1.DNA の構造 ア.DNA の二重らせんモデル ( ワトソンとクリック,1953 年 ) 塩基 A: アデニン T: チミン G: グアニン C: シトシン U: ウラシル (RNA に含まれている塩基 DNA にはない ) イ. シャルガフの規則 二本鎖の DNA に含まれる A,T,G,C の割合は,A=T,G=C となる 2.DNA の半保存的複製 ア.
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NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索
サンプルシート作成ツール： Illumina Experimental Manager（IEM）の使用方法 －最新バージョンIEMv1.15のご紹介－
サンプルシート作成ツール : Illumina Experimental Manager (IEM) の使用方法 - 最新バージョン v1.15.1 のご紹介 - 上利佳弘フィールドアプリケーションスーパーバイザー 25-Jul-2018 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. For Research Use Only. Not for use in diagnostic