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- くにひと よしくに
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1 RIKEN AICS Summer School 3 4 MPI
2 6 MPI MPI 2
3 allocatable 2 Fox mpi_sendrecv 3
4 3 FFT mpi_alltoall MPI_PROC_NULL 4
5 FX10 /home/guest/guest07/school/ 5
6 1 A (i, j) i+j x i i y = Ax A x y y 1 y i A i x do i=1, n y(i)=zero do j=1, n y(i)=y(i)+a(i,j)*x(j) 6
7 mv.f90 program mv implicit none integer, parameter :: n=100 integer :: i,j integer, parameter :: SP = kind(1.0) integer, parameter :: DP = selected_real_kind(2*precision(1.0_sp)) real(dp), dimension(n,n) :: a real(dp), dimension(n) :: x,y real(dp) :: ans,err real(dp), parameter :: zero=0.0 do i=1, n x(i)=i do i=1, n do j=1, n A x a(i,j)=i+j do i=1, n y(i)=zero do j=1, n y = Ax y(i)=y(i)+a(i,j)*x(j) err=0.0d0 do i=1, n ans=dble(i*n*(n+1)/2+n*(n+1)*(2*n+1)/6) err=err+abs(y(i)-ans) print *, 'error =', err end program mv 7
8 1-1 mv.f90 cp /home/guest/guest07/school/mv.f90. cp /home/guest/guest07/school/sample1.sh. frtpx mv.f90 FORTRAN pjsub sample1.sh C fccpx -O1 -Klib mv.c more sample1.sh.oxxxx error =
9 A x PU A x mpi_reduce PU0 y A x y PU0 PU1 PU2 PU3 + 9
10 mpi_reduce root call mpi_reduce(sendbuff,recvbuff,count,datatype,op,root, comm,ierr) sendbuff recvbuff count datatype op root comm ierr root 10
11 mpi_reduce 1 mpi_sum mpi_prod, mpi_max, mpi_min x 1 x 2 x m n x = x 1 + x x m count n 11
12 Mpi_Reduce C root int MPI_Reduce(void *sendbuff, void *recvbuff, int count, MPI_Datatype datatype, MPI_Op op, int root, MPI_Comm comm) sendbuff recvbuff count datatype op root comm root 12
13 1-2 mv.f90 istart iend MPI istart=n*myrank/nprocs+1 iend=n*(myrank+1)/nprocs istart iend A x A : istart iend x : istart iend j=istart, iend y yp mpi_reduce yp PU0 y mpi_reduce 3 count n 13
14 MPI mpifrtpx xxx.f90 mpifccpx -O1 -Klib xxx.c FORTRAN C /home/guest/guest07/school/sample_mpi.sh 8 -n 4 pjsub sample_mpi.sh 14
15 A x A: istart iend x: istart iend allocatable allocate x istart 15
16 program mv_reduce2 use mpi implicit none integer, parameter :: n=100 integer :: i,j,istart,iend integer, parameter :: SP = kind(1.0) integer, parameter :: DP = selected_real_kind(2*precision(1.0_sp)) real(dp), dimension(:,:), allocatable :: a real(dp), dimension(:), allocatable :: x MPI istart iend allocate(a(n,istart:iend)) allocate(x(istart:iend)) A x mpi_reduce y 0 A x A x A x istart deallocate(a) deallocate(x) call mpi_finalize(ierr) end program mv_reduce2 A x 16
17 mpi_wtime mpi_reduce n=
18 2 n n A B C P n P A B C A B C Fox 18
19 Fox program fox MPI A,B,C,A TMP,B TMP I num,j num 0 I num, J num < P A,B C 0 do K = 1, P IF (J num = MOD(I num +K-1, P)) A A TMP A TMP IF (K > 1) THEN 1 B TMP 1 B END IF B B TMP C += A TMP B TMP C MPI stop end 19
20 Fox A TMP I num mpi_bcast B 0 B 1 B 2 B 3 = B 0 B 1 B 2 B 3 B TMP 1 PU 1 PU B 0 B 1 B 2 B 3 = B 0 B 1 B 2 B 3 20
21 2 0 1 a0 1 0 a1 0 1 program main parameter(n= ) double precision a0(n),a1(n) if (myrank.eq.0) then call mpi_send(a0,n,mpi_double,1,100,mpi_comm_world,ierr) call mpi_recv(a1,n,mpi_double,1,200,mpi_comm_world,istat,ierr) else call mpi_send(a1,n,mpi_double,0,200,mpi_comm_world,ierr) call mpi_recv(a0,n,mpi_double,0,100,mpi_comm_world,istat,ierr) end if stop end a0 a1 21
22 0 a0 a1 0 1 a0 a0 22
23 mpi_sendrecv mpi_send mpi_recv send recv call mpi_sendrecv(sendbuff,sendcount,sendtype,dest,sendtag, recvbuff,recvcount,recvtype,source,recvtag, comm,status,ierr) 23
24 MPI_Sendrecv C mpi_send mpi_recv send recv int Mpi_Sendrecv(void *sendbuff, int sendcount, MPI_Datatype sendtype, int dest, int sendtag, void *recvbuff, int recvcount, MPI_Datatype recvtype, int source, int recvtag, MPI_Comm comm, MPI_Status status) 24
25 Fox K>1 mpi_sendrecv B TMP 1 P B B 1 P 25
26 icolor mpi_comm_split key mpi_comm_split call mpi_comm_split(old_comm,icolor,key,new_comm,ierr) old_comm icolor key new_comm ierr 26
27 MPI_Comm_split C Int Mpi_Comm_split(MPI_Comm old_comm, int icolor, int key, MPI_Comm new_comm) old_comm icolor key new_comm 27
28 mpi_comm_world I num key myrank call mpi_comm_split(mpi_comm_world,inum,myrank,new_comm,ierr) J num new_comm J num mpi_comm_world myrank new_comm J num I num =0 I num =1 I num =2 I num = mpi_comm_world new_comm 28
29 Fox fox.f90 program fox use mpi implicit none integer, parameter :: n=100 integer :: i,j,k,kk,myrank,nprocs,nblock,nblock2,npsqrt integer :: inum,jnum,newcomm,idst,isrc,itag,ierr,ig,jg MPI dnprocs=nprocs npsqrt=sqrt(dnprocs) nblock=n/npsqrt npsqrt nblock nblock2=nblock*nblock inum=myrank/npsqrt jnum=mod(myrank,npsqrt) inum jnum new_comm a b c mpi_sendrecv idst isrc 29
30 Fox do kk=1,npsqrt if (jnum == mod(inum+kk-1,npsqrt)) atmp(:,:) = a(:,:) A ATMP new_comm ATMP if (kk > 1) then mpi_sendrecv BTMP end if btmp(:,:) = b(:,:) B BTMP do j=1,nblock do i=1,nblock do k=1,nblock c(i,j)=c(i,j)+atmp(i,k)*btmp(k,j) C += ATMP BTMP MPI end program fox 30
31 2-1 Fox 4 16 error 0 result OK n=
32 3 3 FFT u m P P 3 P u 2 m P 2 u 3 PU PU0 PU1 PU2 PU3 PU4 PU5 PU6 PU7 P m P 2 PU
33 mpi_alltoall sendbuf sendcount 0, 1,, nprocs-1 0, 1,, nprocs-1 recvcount recvbuf call mpi_alltoall(sendbuff,sendcount,sendtype,recvbuf, recvcount,recvtype,comm,ierr) sendbuff sendcount sendtype recvbuff recvcount recvtype comm ierr 33
34 Mpi_Alltoall C sendbuf sendcount 0, 1,, nprocs-1 0, 1,, nprocs-1 recvcount recvbuf int Mpi_Alltoall(void *sendbuff, int sendcount, MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcount, MPI_Datatype recvtype, MPI_Comm comm) sendbuff sendcount sendtype recvbuff recvcount recvtype comm 34
35 mpi_alltoall alltoall.f90 program alltoall use mpi implicit none integer, parameter :: m=99 integer :: j,k real(dp), dimension(:,:), allocatable :: u,un MPI u: un allocate(u(m,nprocs)) allocate(un(m,nprocs)) do k=1, nprocs do j=1, m u(j,k)=real(j+k-1,dp) u un u mpi_alltoall err=0.0_dp do k=1,nprocs do j=1,m err=err+(abs(un(j,k))-myrank-j) MPI end program alltoall 35
36 3-1 2 u(m,nprocs) 1 u(m*nprocs) m 0, 1,, nprocs-1 2 un(m,nprocs) 1 un(m*nprocs) 4 16 error 0 result OK 36
37 4 2 [0,1] [0,1] 0 u(0, y) = 0 u(1, y) = 0 u(x, 0) = 0 u(x, 1) = 0 y x 37
38 u/ t = 2 u + f u: f n (i, j) u ij (n) y 1 (i,j+1) (i-1,j) (i,j) (i+1,j) u ij (n+1) = (u i-1,j (n) + u i+1,j (n) + u i,j-1 (n) + u i,j+1 (n) ) / 4 + f ij 0 (i,j-1) 1 x 38
39 do j=1, m do i=1, m u ij (n+1) = (u i-1,j (n) + u i+1,j (n) + u i,j-1 (n) + u i,j+1 (n) ) / 4 + f ij y 1 y 1 (i,j+1) (i,j+1) (i-1,j) (i,j) (i+1,j) (i-1,j) (i,j) (i+1,j) (i,j-1) (i,j-1) 0 n 1 x 0 n+1 1 x 39
40 heat1.f90 program heat1 implicit none integer, parameter :: m=49, nmax=20000 integer :: i,j,n integer, parameter :: SP = kind(1.0) integer, parameter :: DP = selected_real_kind(2*precision(1.0_sp)) real(dp), dimension(:,:), allocatable :: u, un real(dp) :: h, heat=1.0_dp allocate(u(0:m+1,0:m+1)) allocate(un(m,m)) h=1.0_dp/(m+1) u=0.0_dp do n=1, nmax do j=1, m do i=1, m un(i,j)=(u(i-1,j)+u(i+1,j)+u(i,j-1)+u(i,j+1))/4.0_dp+heat*h*h u(1:m,1:m) = un(1:m,1:m) if (mod(n,100)==0) print *, n, u((m+1)/2,(m+1)/2) end program heat ,000 u: 1 un: un u 40
41 4-1 heat1.f90 ((m+1)/2, (m+1)/2)
42 PU0 PU1 PU2 PU3 u PU 1 42
43 jstart jend jstart-1 jend+1 mpi_sendrecv jend jstart-1 jstart jend+1 MPI_PROC_NULL 1 sendrecv 2 sendrecv 43
44 sendrecv.f90 program sendrecv use mpi implicit none integer, parameter :: m=99 integer :: i,j,jstart,jend integer, parameter :: SP = kind(1.0) integer, parameter :: DP = selected_real_kind(2*precision(1.0_sp)) real(dp), dimension(:,:), allocatable :: u real(dp) :: err integer :: nprocs,myrank,ierr,left,right integer, dimension(mpi_status_size) :: istat call mpi_init(ierr) call mpi_comm_size(mpi_comm_world,nprocs,ierr) call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,myrank,ierr) jstart=m*myrank/nprocs+1 jend=m*(myrank+1)/nprocs allocate(u(m,jstart-1:jend+1)) do i=1, m do j=jstart, jend u(i,j)=real(i+j,dp) jstart-1 jend+1 44
45 left=myrank-1 if (myrank==0) left=mpi_proc_null right=myrank+1 if (myrank==nprocs-1) MPI_PROC_NULL call mpi_sendrecv(u(1,jend),m,mpi_double_precision,right,100, & & u(1,jstart-1),m,mpi_double_precision,left,100, & & MPI_COMM_WORLD,istat,ierr) call mpi_sendrecv(u(1,jstart),m,mpi_double_precision,left,100, & & u(1,jend+1),m,mpi_double_precision,right,100, & & MPI_COMM_WORLD,istat,ierr) err=0.0_dp if (myrank/=0) then do i=1, m err=err+abs(u(i,jstart-1)-real(i+mod(jstart+m-2,m)+1,dp)) end if if (myrank/=nprocs-1) then do i=1, m err=err+abs(u(i,jend+1)-real(i+mod(jend,m)+1,dp)) end if print *, 'myrank =', myrank, 'error =', err call mpi_finalize(ierr) end program sendrecv MPI_PROC_NULL mpi_sendrecv 45
46 4-2 sendrecv.f error =
47 heat1.f90 2 u un un jstart jend u jstart-1 jend+1 un u jstart-1 u jend+1 sendrecv.f90 mpi_sendrecv un jstart jend 1 47
48 heat1.f90 I jstart jend sendrecvf.90 allocate(u(0:m+1,jstart-1:jend+1)) allocate(un(m,jstart:jend)) u jstart jend 0 left right MPI_PROC_NULL 48
49 heat1.f90 II u jstart-1 jend+1 sendrecv.f90 mpi_sendrecv 2 0 u jstart-1 0 nprocs-1 u jend+1 0 jstart jend un jstart jend un u (m/2,m/2) 100 if (jstart <= m/2.and. jend >= m/2) 49
50 4-3 heat1.f90 MPI 4 8 heat1.f m
51 4-4 MPI un i j 2 OpenMP FORTRAN compile_heat2_hybridf.sh heat2_hybrid.f90 sample_heat2_hybridf.sh C compile_heat2_hybridc.sh heat2_hybrid.c sample_heat2_hybridc.sh MPI 51
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