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1 2009

2 Perl + α. : DNA, mrna,,

3

4 DNA

5

6 ..

7 DNA A C G T DNA 2 A-T, C-G

8 DNA NH 2 NH 2 O - O O N P O - O CH 2 O N N O - O P O CH 2 O N O - O O P O NH 2 O - O - N CH 2 O N O OH OH OH

9 DNA or RNA (U) (A) (G) (C) (T)

10 (A) (G) AGTC (T) (C) AGTC TCAG

11 ggagctgcagcccgaccgcggggaggacgccatcgccgcctgcttcctcatcaactgcct ctacgagcagaacttcgtgtgcaagttcgcgcccagggagggcttcatcaactacctcac gagggaagtgtaccgctcctaccgccagctgcggacccagggctttggagggtctgggat ccccaaggcctgggcaggcatagacttgaaggtacaaccccaggaacccctggtgctgaa ggatgtggaaaacacagattggcgcctactgcggggtgacacggatgtcagggtagagag gaaagacccaaaccaggtggaactgtggggactcaaggaaggcacctacctgttccagct gacagtgactagctcagaccacccagaggacacggccaacgtcacagtcactgtgctgtc caccaagcagacagaagactactgcctcgcatccaacaaggtgggtcgctgccggggctc tttcccacgctggtactatgaccccacggagcagatctgcaagagtttcgtttatggagg ctgcttgggcaacaagaacaactaccttcgggaagaagagtgcattctagcctgtcgggg tgtgcaaggcccctccatggaaaggcgccatccagtgtgctctggcacctgtcagcccac ccagttccgctgcagcaatggctgctgcatcgacagtttcctggagtgtgacgacacccc caactgccccgacgcctccgacgaggctgcctgtgaaaaatacacgagtggctttgacga gctccagcgcatccatttccccagtgacaaagggcactgcgtggacctgccagacacagg actctgcaaggagagcatcccgcgctggtactacaaccccttcagcgaacactgcgcccg ctttacctatggtggttgttatggcaacaagaacaactttgaggaagagcagcagtgcct cgagtcttgtcgcggcatctccaagaaggatgtgtttggcctgaggcgggaaatccccat

12 DNA ( etc.)

13 .? (%) DNA 0.5 RNA 6 2 2

14 α

15 DNA

16 TAA mrna UG UAA

17 trna mrna ACC ACGAGUACA UGCUCAUGUUGG

18 UUU Phe (F) UCU Ser (S) UAU Tyr (Y) UGU Cys (C) UUC Phe (F) UCC Ser (S) UAC Tyr (Y) UGC Cys (C) UUA Leu (L) UCA Ser (S) UAA * UGA * UUG Leu (L) UCG Ser (S) UAG * UGG Trp (W) CUU Leu (L) CCU Pro (P) CAU His (H) CGU Arg (R) CUC Leu (L) CCC Pro (P) CAC His (H) CGC Arg (R) CUA Leu (L) CCA Pro (P) CAA Gln (Q) CGA Arg (R) CUG Leu (L) CCG Pro (P) CAG Gln (Q) CGG Arg (R) AUU Ile (I) ACU Thr (T) AAU Asn (N) AGU Ser (S) AUC Ile (I) ACC Thr (T) AAC Asn (N) AGC Ser (S) AUA Ile (I) ACA Thr (T) AAA Lys (K) AGA Arg (R) AUG Met (M) ACG Thr (T) AAG Lys (K) AGG Arg (R) GUU Val (V) GCU Ala (A) GAU Asp (D) GGU Gly (G) GUC Val (V) GCC Ala (A) GAC Asp (D) GGC Gly (G) GUA Val (V) GCA Ala (A) GAA Glu (E) GGA Gly (G) GUG Val (V) GCG Ala (A) GAG Glu (E) GGG Gly (G)

19

20

21 DNA

22 (DNA) (DNA) 4.6M 4,000 15M 6, M 14, M 12,000 3,000M 25,000

23 22

24 Nature Feb.15, 2001

25

26 ATTCCTACGA..

27

28 ( )

29 A C C B A B B A C B A C DNA RNA A B C

30 97% 97% < 3 DNA? 50% ) LINE1 ALU LINE1 ALU LINE1 LINE1

31

32 RNA? RNA

33 RNA?

34 RNA RNA 62.5% RNA RNA

35 cdna 8,331

36

37 AAAAA # # # # AAAAA >12,000 >5,000 (Zhang et al. 2004)

38 ? # # # ## AAAAA...

39 (1) mrna Makorin1-p1 ( ) mrna mrna Makorin1 mrna (Hirotsune et al. 2003) Makorin1

40 (2) No Makorin1-p1 Makorin1 mrna mrna mrna mrna is degraded (Hirotsune et al. 2003) Makorin1-p1 RNA

41 RNA # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # 7.8% 6.2%

42

43 GenBank, etc. ATTCCTACGA..

44 GenBank exon, intron NCBI

45 GenBank LOCUS DEFINITION E.coli peptide SOURCE ORGANISM E.coli CDS ORIGIN 1 catgatgtac atctaataga 21 acgagtgagg //

46 Perl

47 GC

48

49 Perl (1 6 ) Perl WEB (7 12 ) TA/SA (13

50 WEB page

51 A (30%) (30%) (40%) 20% B (30%) (30%) (40%) B C

52 (0-7) etc. (0-4) etc. (0-3) etc. (0-3) (0-3) α etc.

53 TA SA

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