GeneChip 遺伝子発現解析

Size: px

Start display at page:

Download "GeneChip 遺伝子発現解析"

ひでよりしんまつ
6 years ago
Views:

1 GeneChip 遺伝子発現受託解析についての説明 I.Affymetrix 社 GeneChipシステムの特徴 1)GeneChipのアレイはフォトリソグラフィーとコンビナトリアルケミストリーを組み合わせたアフィメトリクス社独自の安定性の高い方法で製造 2) 合成ステップを最小限に抑えたGeneChipテクノロジーでは超高密度で数十万種類にわたる多種類のプローブを搭載したアレイを製造 3) この特長によって少量サンプルでも高品質でゲノムワイドのデータを得ることが可能 4)1 枚のアレイに1 種類のサンプルをハイブリダイズさせる1 色法 * を採用 5)GeneChip テクノロジーによる高品質アレイと十分に精緻されたターゲットラベル化試薬及びプロトコールのためにアレイ間のばらつきを最小限におさえることができ再現性のある遺伝子発現データを得ることが可能 Ⅱ. 受託解析概要実験項目施行者内容 1. サンプルとアレイの準備依頼者 Total RNA(DEPC 処理水は使用不可 ) サンプル量 :1.0μg 以上濃度 :1.0μg/μL 以上 A260/A280:1.8~2.1 Affymetrix Gene Array の購入 ( 下記参照 ) 申込み ( 総合分析実験センターホームページの学内受託の部屋からGeneChip 受託試験にアクセスしていただき申し込み票をダウンロードしメール添付にて申込み ) 2.RNA 品質検定研究推進支援センターバイオアナライザによる RNA 品質の確認 (RIN 値のチェック ) 3.GeneChip アレイ実験解析研究推進支援センター GeneChip アレイ実験ラベル化 crna の合成ラベル化 crna の濃度確認アレイとのハイブリダイゼーション洗浄/ 染色 / スキャニング解析数値化簡易解析( 変動遺伝子リスト作成 )

2 III. 料金 ( 実費, 受益者負担額 ) バイオアナライザによる RNA 品質の確認 3,000 (12 サンプルまで ) GeneChip アレイ実験 (1 サンプルあたり ) 15,000 例 1: 解析したいサンプル数が1でコントロールサンプル数が1の合計 2サンプルの場合 3, ,000 x 2 = 33,000 例 1: 解析したいサンプル数が5でコントロールサンプル数が1の合計 6サンプルの場合 3, ,000 x 6 = 93,000 注意点バイオアナライザによるRNA 品質の確認 (RIN 値のチェック ) の結果 RIN 値が8.0 未満の場合はアレイ解析に使用できませんこのような場合は RNAの再抽出や再精製が必要です再抽出や再精製したRNAの品質を再確認するには 1 回あたり (12 サンプルまで ) バイオアナライザの消耗品実費分として 3,000 が追加で必要となります但し RIN 値が規定ラインに届かない場合でもキットに含まれる LabChip は 1~12 サンプルを同時に解析する Chip で1 回使い切りですしたがって解析サンプル数が 12 以下の場合サンプル数に関係なく 1キット分の料金を徴収させていただきます Agilent RNA6000 Nano Kit について list 1 回分 1~12 サンプル解析費用備考 RNA6000 ナノキット円専用ラボチップ 25 枚電極洗浄用チップ 2 枚スピンフィルタ専用試薬マニュアル RNase Zep - 30 円 1 度の解析実験につき 2 回使用スピンフィルター 350 円 - Ambion Reagent kit アフィメトリクス Reagent kit について list 1 サンプル解析費用 2 サンプル解析費用備考 1 Ambion WT Expression Kit 4,750 円 9,500 円 10 反応分 2 WT Terminal Labeling and Controls Kit 7,885 円 15,770 円 10 反応分 3 Hybridization Wash and Stain Kit 2,185 円 4,371 円 30 反応分 4 RNase Free 水 16 円 32 円 500ml 5 100bp DNAladder 118 円 100 回分

2 nd cycle cdna の精製過程で中断した場合はサンプル数に応じた Ambion WT Expression kit 費用分を cdna の断片化で中断した場合 WT Terminal Labeling and Controls Kit までの費用分をラベリング及びハイブリダイゼーション反応 GeneChip

3 2 nd cycle cdna の精製過程で中断した場合はサンプル数に応じた Ambion WT Expression kit 費用分を cdna の断片化で中断した場合 WT Terminal Labeling and Controls Kit までの費用分をラベリング及びハイブリダイゼーション反応 GeneChip 本体による解析で中断した場合はサンプル数に応じた費用全額を負担していただきます支払い方法先端支援部門経費で購入したものに関しては受益者負担金として徴収させていただきます Affymetrix Gene Array 必要数を依頼者で購入してサンプル RNA 提出時にセンター担当者にお渡しください参考 :Affymetrix の HP 1_1 Gene Array は十分にアノテーションされた 28,869 個の遺伝子にフォーカスしたアレイで遺伝子全長にわたって 1 遺伝子あたり約 26 個のプローブを配置しています

4 Gene Array の種類製品コード包装価格 Human Gene 1.0 ST Array Mouse Gene 1.0 ST Array Rat Gene 1.0 ST Array アレイ 6 アレイ 30 アレイ 2 アレイ 6 アレイ 30 アレイ 2 アレイ 6 アレイ 30 アレイ 66, , ,000 66, , ,000 66, , ,000 Ⅳ. 受託申込み方法 1)GeneChip 受託試験については下記試験担当者までご連絡ください試験名担当者連絡先 GeneChip 遺伝子解析受託郷原内線 2414 PHS ) 担当職員と試験について打合せを行う日程を調整します 3) 医学部基礎研究棟 2F 2219 室 ( 先端医学研究推進支援部門管理室 ) にお越しいただき, 担当職員と試験内容, 実施日等の打合せを行いますその時に試験試料や試験に関する資料がございましたら, 一緒にお持ちください 4) 上記の打ち合わせの完了後受託試験を申し込み, 総合分析実験センター機器分析部門該当ページより Genechip 用申込票をダウンロードし GeneChip 用申込票に必要事項を記入の上 Genechip 受託担当者 ( 先端医学研究推進支援センター郷原 ) までメール添付で申込みます (2219 室内線 2693 メールアドレス goharar cc.saga-u.ac.jp はアットマーク ) 当方から受理の連絡をさせて頂きそれを持って正式な受託開始となります 5) 何も支障がなければ作業はおおよそ 1 週間で完了します試料に問題等ありましたら作業途中でご連絡させて頂き以降の進行についてご相談させていただきます 6) 得られたデータを基に担当職員と内容について協議し, データをお持ち帰りください V. 申し込み書の記載内容 1) 依頼者情報申込日所属氏名内線番号 mail address 2) 解析生物種 ( どれかを選ぶ ): ヒトマウスラット 3) サンプル情報サンプル名 RNA 濃度 (ng/ul) 容量 (ul) OD 比 (260/A280) )total RNA と Gene Array の受け渡し予定日

5 ⅤI. 報告書 1) 各サンプルRNA 品質報告バイオアナライザの解析画像 RIN 値などの数値データ RIN 値が低く解析できない場合は再抽出あるいは再精製が必要な旨を連絡しますもしここで中断する場合でもサンプル数に応じた費用を負担していただきます RIN 値が十分大きく解析できる場合はアレイ解析へ進む旨を連絡いたします 2) アレイ実験報告生データと数値化したデータ( エクセルファイル ) で依頼者へお渡しします ( 専用のUSBを用意しておりますので一度保存した状態でお渡ししますが最終的には返却していただきます ) 詳しい発現解析は依頼者自身がPartek Genomics Suiteを使用して行って下さい ( 予約制 ) VII. 参考情報 1 色法と2 色法について 1 色マイクロアレイ分析では 1つのサンプルを1 種類の標識物質で標識した後 1 個のマイクロアレイ上でハイブリダイズしますこのため実験サンプルと対照 ( コントロール ) の2 枚のマイクロアレイが必要となります 1 色法はシンプルでフレキシブルな実験のセットアップが可能でありあるアレイで測定した遺伝子発現をその他のアレイと比較することが出来ますまた比較したいサンプルを自由に組み合わせることもでき過去の実験データと比較させることが可能です解析数を増やすことによりデータの信頼度が増します 2 色法の場合には 2 個のサンプルをそれぞれ異なる色素たとえば Cyanine-3 (Cy3) と Cyanine-5 (Cy5) で標識しますそれらを同じマイクロアレイ上で競合的にハイブリダイズさせることにより対照群 ( コントロール ) と実験サンプルの直接的な比較を行うことが可能です RIN 値 total RNAの分解度をcheckする指標です (RIN :RNA Integrity Number) これはバイオアナライザのエレクトロフェログラム ( 電気泳動像 ) から試料 total RNAの分解度を自動的に一つの数値として表示するものですエレクトロフェログラムをrRNAやその分解物が出現する領域などの9つの領域に細分化それぞれの状態を数値化しますそれらの数値に領域毎の重み付けを行った後その totalrna 試料がRNAの分解過程を分類した10 段階の状態のいずれに属するかを総合的に計算し分解度を10 点満点で表示します RIN 値が8.0 未満の場合はアレイ解析に使用できませんので RNAの再抽出や再精製が必要です

その他有用な情報が Affymetrix のホームページに記載されています http://www.affymetrix.

6 その他有用な情報が Affymetrix のホームページに記載されています 1_1 Ⅷ. 担当者連絡先担当者連絡先郷原内線 2414 PHS 2693

Microsoft Word - 1 color Normalization Document _Agilent version_ .doc

Microsoft Word - 1 color Normalization Document _Agilent version_ .doc color 実験の Normalization color 実験で得られた複数のアレイデータを相互比較するためには Normalization( 正規化 ) が必要です 2 つのサンプルを異なる色素でラベル化し競合ハイブリダイゼーションさせる 2color 実験では基本的に Dye Normalization( 色素補正 ) が適用されますが color 実験ではデータの特徴と実験の目的 (