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れんまさかど
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1 Integrated Biology Solutions

2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet.

p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009 Feb 1.

2 Nature, Science, Am. J. Human Genet mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n en 2Nat Biotechnol Feb;272: Epub2009 Feb mer 20 bp Deletion SNP InDel 57, mer crna DNA 1 5 crna DNA-DNA DNA-RNA PCR QC DNA 120 mer crna 1 2

3 HiSeq2000, HiSeq1000, GAIIx, GAII SOLiD4, SOLiD3 plus, SOLiD3 SOLiD5500, SOLiD5500xl 454GS FLX Titanium, GS Junior PE 1, Multiplexindex fragment, PE, Barcodeindex Barcodeindex Long Single Read 1 SE 2IonTorrent, PacBio, MiSeq 2. DNA RNA 3. DNA gdna DNA RNA RNA Non-coding DNA RNA DNA RNA 1 4. Index 1 Index Index 5. XT gdna DNA Index Herculase II, AMPureXP 3

4 DNA DNA Non-Index Index XT Index Human All Exon V4 (51 Mb) Agilent 51 Mb Coding Human All Exon V4+UTRs (71 Mb) V4 UTR Human All Exon 50 Mb Sanger ICGC 50 Mb V4 Human All Exon v2 Broad Human All Exon v CCDS Exons RefSeq V4 Human Kinome DNA 612 Kinase UTR Human Chr-X exon X X Mouse All Exon UCSC mm9 Reference Ensemble RefSeq Human All Exon V4+UTRs Human All Exon V4 Human All Exon 50 Mb Human All Exon v2 Mouse All Exon XT NEW NEW G7544 A-L G7542 A-L G7550 A-L G3370 A-L G3353 A-L G7500 A-L Developped with Agilent Agilent Sanger Broad RIKEN Number of genes covered 21, ,766 20,078 24,306 Number of exons 335, , , , ,784 CCDS March 2011 March 2011 Nov 2010 Nov 2010 RefSeq March 2011 March 2011 Nov 2010 Nov 2010 GENCODE v6 v6 v4 v4 mirna v17 v17 v14 v14 Total 71 Mb 51 Mb 50 Mb 46 Mb 49.6 Mb 4

5 DNA, RNA DNA Human All Exon V4 V4+UTRs 50 Mb Human All Exon v2 Human All Exon v1 Human Kinome DNA 6.8 Mb Non-Index Index HumanAll Exon V4 NEW HumanAll Exon V4+UTRs NEW HumanAll Exon 50 Mb G7545A-L HumanAll Exon v2 G7543A-L HumanAll Exon v1 G3363A-L Human Kinome DNA G7563A-L XT Index RNA RNA-Seq Read Depth RNA RNA Read Depth 10~100 gdna SNP InDel Fusion Gene RNA Enriched Library Unenriched Library Target Enriched transcripts Non-Target Unenriched transcripts Non-Index Index XT Index Human Kinome RNA DNA Capture Human Kinome 612 Kinase DNA RNA gdna 5

6 earray 1 WEB earray Mb 1 earray earray earray GeneSymbol GenBank ID Enrich DNA Target interval Bait Bait Group1 Library Bait Group2 ELIDEnrichment Library ID DNA RNA DNA DNA 34 Mb DNA Bait RNA 6.8 Mb 6

7 DNA 34 Mb DNA ELID Non-Index DNA Capture MP1 <200 kb 1 DNA Capture MP2 200 kb kb 1 DNA Capture MP3 500 kb Mb 1 DNA Capture MP4 1.5 Mb Mb 1 DNA Capture MP0 3.0 Mb- 6.8 Mb 1 Index DNA Capture 2ELID Blend 13.6 Mb 2 DNA Capture 3ELID Blend 20.4 Mb 3 DNA Capture 4ELID Blend 27.2 Mb 4 DNA Capture 5ELID Blend 34.0 Mb 5 RNA XT Index RNA ELID RNA Capture MP1 <200 kb 1 RNA Capture MP2 200 kb kb 1 RNA Capture MP3 500 kb Mb 1 RNA Capture MP4 1.5 Mb Mb 1 RNA Capture MP0 3.0 Mb- 6.8 Mb 1 Non-Index Index XT Index 7

実験プロトコルわかりやすい実験プロトコル DNA 断片化からアダプタ付きライブラリ調製

実験プロトコル QC ステップバイオアナライザ DNA1000 キット断片化DNAの

バイオアナライザ DNA1000 キットアダプタ付きDNA ライブラリのサイズ確認と定量

ハイブリダイゼーションストレプトアビジン磁性ビーズバイオアナライザバイオアナライザ

8 実験プロトコルわかりやすい実験プロトコル DNA 断片化からアダプタ付きライブラリ調製によるハイブリダイゼーションキャプチャされた DNA の回収増幅精製までの全ステップがわかりやすい日本語プロトコルで提供されています詳細はにアクセスしてください断片化ライブラリ調製およびキャプチャ後のステップにバイオアナライザと定量 PCR による QC ステップが入り安心して実験を進めることができます実験プロトコル QC ステップバイオアナライザ DNA1000 キット断片化DNAのサイズ確認 gdnaもしくは mrnaを目的サイズに断片化 xt キットまたはNGSキットバイオアナライザ DNA1000 キットアダプタ付きDNA ライブラリのサイズ確認と定量アダプタ付き DNA断片ビオチン化 crna ベイトライブラリ溶液中で24時間ハイブリダイゼーションストレプトアビジン磁性ビーズバイオアナライザバイオアナライザ高感度DNAキットキャプチャされたDNA のサイズ確認と定量キャプチャされたDNA だけを回収濃縮サイズ確認と定量後シーケンシングへ 8 リアルタイム定量PCR QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリのハイスループット定量

抜きん出たキャプチャ性能 SNP, InDel を高精度高感度に検出右図は Human All Exon シリーズの性能比較データです V4 および V4+UTRs のキットではベイトデザインアルゴリズムの改良によりキャプチャの基本性能が大幅に向上しておりより少ないシーケンス量でこれまでと同等のカバレッジを得ることが可能ですのキャプチャベイトは 120 mer の長

高いキャプチャ性能を示すは次世代シーケンサによる多数の臨床検体の変異解析に威力を発揮します Excellent allelic balance Delection up to 19dp Allele 2 10bp deletetion Allele 1 "#$#%&'! 0.5 Allelic Balance post-capture 0.

9 抜きん出たキャプチャ性能 SNP, InDel を高精度高感度に検出右図は Human All Exon シリーズの性能比較データです V4 および V4+UTRs のキットではベイトデザインアルゴリズムの改良によりキャプチャの基本性能が大幅に向上しておりより少ないシーケンス量でこれまでと同等のカバレッジを得ることが可能ですのキャプチャベイトは 120 mer の長さの高品質ビオチン化 crna を使用しています DNA ではなく長い RNA オリゴを使用しているためターゲットの gdna に 20 bp 近くの Deletion が存在しても良好なアレルバランスでキャプチャすることができます PNAS に報告された乳がんサンプル中の BRCA 遺伝子のさまざまな変異の検出例を下図に示します SNP や InDel があっても高いキャプチャ性能を示すは次世代シーケンサによる多数の臨床検体の変異解析に威力を発揮します Excellent allelic balance Delection up to 19dp Allele 2 10bp deletetion Allele 1 "#$#%&'! 0.5 Allelic Balance post-capture 0.5 Reference: Detection of inherited mutations for breast and ovarian cancer using genomic capture and massively parallel sequencing. Proc Natl Acad Sci USA Jul 13; : 最新のデータ英文プロトコル論文や Webcast は下記のアジレント社英語 WEB サイトにてご覧いただくことができます 9

PCR QC DNA RNA DNA-Seq, RNA-Seq, ChIP-Seq QC DNA

1-50 ng/µl High Sensitivity DNA dsdna 50-7000

250-5000 pg/µl QPCR NGS Mutant Taq Brilliant III

10 PCR QC DNA RNA DNA-Seq, RNA-Seq, ChIP-Seq QC DNA DNA1000 dsdna bp, ng/µl High Sensitivity DNA dsdna bp, pg/µl RNA ng/µl RNA pg/µl QPCR NGS Mutant Taq Brilliant III Ultra-Fast NGS DNA Standard Primer 1 84 PCR G4880AQPCR NGS G4881AQPCR NGS 10

96 Bravo DNA 96 6 192 NGS AVADIS-NGS GUI NGS GUI

SNP/InDel Variation Large Structural Variation RNA-Seq

11 96 Bravo DNA NGS AVADIS-NGS GUI NGS GUI GeneSpring AVADIS-NGS GeneSpring GO Pathway DNA-Seq SNP/InDel Variation Large Structural Variation RNA-Seq Exon SNP/InDel ChIP-Seq PICSMACS GeneSpring NGS AVADIS-NGS 11

アジレントテクノロジー株式会社本社 / 192-8510 東京都八王子市高倉町 9-1 カストマコンタクトセンター 0120-477-111 仕様および価格は予告なく変更する場合があります www.chem-agilent.

12 アジレントテクノロジー株式会社本社 / 東京都八王子市高倉町 9-1 カストマコンタクトセンター仕様および価格は予告なく変更する場合があります copyright 2011 Agilent Technologies All Rights Reserved. 本書の一部または全部を書面による事前の許可なしに複製改変翻訳することは著作権法で認められている場合を除き法律で禁止されています Printed in Japan. Nov. 10, JAJP

Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue

Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介次世代シーケンシングの問題点を解決次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする大量の不要データ例えば DNA-Seq