KEGG.ppt

KEGG_PATHWAY.ppt

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

Microsoft PowerPoint - AJACS38_KEGG-GEnomeNet_tokimatsu v2.ppt [互換モード]

KEGG PATHWAY を中心とした KEGGおよびGenomeNetの使い方 京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター化学生命科学領域 時松敏明 統合データベース講習会 AJACS 筑波 3 KEGG とゲノムネットの概要 内容 KEGG, ゲノムネットの配列データ (GENES, ORTHOLOGY(KO), OC) KEGG, ゲノムネットの化合物情報 (LIGAND) KEGG

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

別紙

課題名 2 項関係に基づくゲノムと生命システムの機能解読 代表研究者京都大学化学研究所教授金久實 1. 代表研究者による成果概要報告 1-1. 研究開発のねらいヒトからバクテリアまで数多くの生物種において全ゲノム配列が続々と決定され ゲノム情報を基盤に細胞 個体 生態系といった高次生命システムの理解が進み 同時に創薬 医療をはじめとしたゲノム情報の有効利用が活発化している これまでに決定されたゲノムの配列情報は国際

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

AJACS_komachi.key

Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

研究成果報告書

様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

ゲノム解析で活躍するコンピューター

ゲノム解析で活躍するコンピューター ゲノム情報のためのデータベースと遺伝子機能の解析 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター五斗進 科学カフェ京都第 62 回定例会京都大学 2010/4/10 1 本日お話する内容 ゲノムとゲノムプロジェクトについて ゲノムデータとデータベースについて ゲノムデータを使った解析について 遺伝子の機能を調べる 2 ゲノムとは ゲノム (Genome) Gene(

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

事前アンケート 常的に使っている 使ったことがある 今後使いたい 使う予定はすぐにはないが使い は覚えたい 無回答 使ったことがある知っている聞いたことがある知らない無回答

奥 修 郎新潟 学 学院医 学総合研究科 AJACS 浜松 @ 浜松医科 学臨床講義棟 講義室 2018 年 1 16 事前アンケート 常的に使っている 使ったことがある 今後使いたい 使う予定はすぐにはないが使い は覚えたい 無回答 使ったことがある知っている聞いたことがある知らない無回答 パスウェイデータベースとは パスウェイとは 体内での遺伝 やタンパク質 その他の化合物等の分 間相互作 を

[Business Communication]

相互作用ネットワーク パスウェイが さくさく書けるフリーツールの紹介 バイオメディシナル情報統合チーム長井陽子 平成 23 年度第 4 回データベース講習会創薬研究における統合データベースの活用 2012/3/16 分子生物学的な知識の増加 1 つの分子でも様々な機能的役割を担っている 分子間の相互作用や因果関係は複雑で膨大である 大規模なデータの管理や知識の整理に視覚化ツールを活用することができる

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

Untitled

上原記念生命科学財団研究報告集, 25 (2011) 86. 線虫 C. elegans およびマウスをモデル動物とした体細胞レベルで生じる性差の解析 井上英樹 Key words: 性差, ストレス応答,DMRT 立命館大学生命科学部生命医科学科 緒言性差は雌雄の性に分かれた動物にみられ, 生殖能力の違いだけでなく形態, 行動などそれぞれの性の間でみられる様々な差異と定義される. 性差は, 形態や行動だけでなく疾患の発症リスクの男女差といった生理的なレベルの差異も含まれる.

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

Ligases の 分類クラス下に階層構造として表 検索機能を持つ 公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより 当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度から ることができるほか タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド 文献を参照できる

LSKB Version 4.3.0 リリースノート このリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能 問題点の修正などが記 載されています [ 新機能 ] 1. トップ画面の "Gene & Proteins" に以下のメニューの追加あるいは改良 Browser (Metabolizing) EC Classification GPCR SARfari

yakugaku-kot.ppt

2009 Masaaki Kotera kot@kuicr.kyoto-u.ac.jp 2 I II / A () B1 () B2 B12 C () D A D () () () () DNA 5- http://www.genome.jp/kegg/pathway.html KEGG PATHWAY Database Xenobiotics biodegradation http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

_統合化推進プログラム_金久チーム_サイトビジット資料

ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合化推進プログラム ゲノム 疾患 医薬品のネットワークデータベース実施状況 京都大学化学研究所 金久 實 2018 年 8 月 22 日サイトビジット資料 KEGG NETWORK とは NAR DB Issue 2017 KEGG: new perspectives on genomes, pathways, diseases and drugs From

Sequence Read Archive 2013 年年 10 月 25 日 第 10 回シーケンサー利利 用技術講習会 ( 理理研横浜 ) 1

Sequence Read Archive 1 塩基配列列データベース アノテーション DDBJ アセンブリ DDBJ Center アライメント シークエンシングと サンプリング Sequence Read Archive 2 増 大する SRA データ 千兆塩基 目前 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra/ 3 SRA は INSDC の 一員 INSDC:

れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析

次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン

Microsoft Word - GCOEキャリアパス支援テクニカルセミナー090709web.doc

東京大学グローバル COE プログラム ゲノム情報に基づく先端医療の教育研究拠点 オーダーメイド医療の実現と感染症克服を目指して IMSUT & RCAST GCOE 特別セミナー < キャリアパス支援テクニカルセミナー > ゲノムデータ統合データベース利用演習 WEB サービス利用法講習会 開催のご案内 ( 医科研ヒトゲノム解析センター スーパーコンピュータ室主催 ) 日時 :7 月 9 日 (

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

の活性化が背景となるヒト悪性腫瘍の治療薬開発につながる 図4 研究である 研究内容 私たちは図3に示すようなyeast two hybrid 法を用いて AKT分子に結合する細胞内分子のスクリーニングを行った この結果 これまで機能の分からなかったプロトオンコジン TCL1がAKTと結合し多量体を形

AKT活性を抑制するペプチ ド阻害剤の開発 野口 昌幸 北海道大学遺伝子病制御研究所 教授 広村 信 北海道大学遺伝子病制御研究所 ポスドク 岡田 太 北海道大学遺伝子病制御研究所 助手 柳舘 拓也 株式会社ラボ 研究員 ナーゼAKTに結合するタンパク分子を検索し これまで機能の 分からなかったプロトオンコジンTCL1がAKTと結合し AKT の活性化を促す AKT活性補助因子 であることを見い出し

Microsoft PowerPoint - プレシジョン創薬概論 P_ex_velvet.PPT

プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

PrimerArray® Analysis Tool Ver.2.2

研究用 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 説明書 v201801 PrimerArray Analysis Tool Ver.2.2 は PrimerArray( 製品コード PH001 ~ PH007 PH009 ~ PH015 PN001 ~ PN015) で得られたデータを解析するためのツールで コントロールサンプルと 1 種類の未知サンプル間の比較が可能です

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バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム ゲノム情報に基づく疾患 医薬品 環境物質データの統合 自分の健康を守るデータベース 京都大学化学研究所 金久實 2013 年 10 月 5 日トーゴーの日シンポジウム 2013 金久實 ( 京都大学 ) licensed under CC 表示 2.1 日本 Where is the Life we have lost in living?

相同性配列検索ツール：GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析

並列配列相同性検索プログラム GHOST-MP 講習会 ( 講義編 ) 2015 年 3 月 20 日 東京工業大学大学院情報理工学研究科 角田将典 石田貴士 秋山泰 1 講師紹介 角田将典かくたまさのり 石田貴士いしだたかし 秋山泰あきやまゆたか 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 2 本日の予定 13:00-13:05 ごあいさつ 13:05-13:50 GHOST-MP 講習 13:50-14:00

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酵素 : タンパク質の触媒 タンパク質 Protein 酵素 Enzyme 触媒 Catalyst 触媒 Cataylst: 特定の化学反応の反応速度を速める物質 自身は反応の前後で変化しない 酵素 Enzyme: タンパク質の触媒 触媒作用を持つタンパク質 第 3 回 : タンパク質はアミノ酸からなるポリペプチドである 第 4 回 : タンパク質は様々な立体構造を持つ 第 5 回 : タンパク質の立体構造と酵素活性の関係

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NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

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生命情報実験第一 ( 情報系 ) バイオインフォマティクスの道具箱 タンパク質化合物相互作用解析: バーチャルスクリーニング 慶應義塾大学生命情報学科榊原康文, 佐藤健吾 リード化合物探索とインフォマティクス High Throughput Screening 実験的検証 リード化合物 = 薬剤候補 薬剤標的タンパク質 初期候補 実験的検証 + インフォマティクス 1. 大量化合物の探索 2. 成功率向上

スライド 1

平成 23 年度第 2 回データベース講習会 創薬研究における統合データベースの活用 比較ゲノムデータベース Evola, G-compass の活用法 http://hinv.jp/evola/ http://hinv.jp/g-compass/ 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター 原雄一郎 2012 年 1 月 20 日 ( 金 ) 於 : 産業技術総合研究所関西センター 本日の概要

GWB_RNA-Seq_

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq

Microsoft PowerPoint - T05_田畑先生【CC-BY】.pptx

H23 年度統合化推進プログラム進捗報告会 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 かずさ DNA 研究所植物ゲノム研究部田畑哲之平川英樹中村保一新潟大学 研究推進機構 超域学術院中谷明弘 背景 Crops Model plants 基礎研究 食料工業原材料創薬エネルギー 品種改良 http://www.genomesonline.org/ 日本の植物ゲノム研究 タバコ ゼニゴケ葉緑体 (1986

7-1（DNA配列から遺伝子を探す）.ppt

DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

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NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench

Microsoft PowerPoint - T07 豊田先生.pptx

命と環境のフェノーム統合データベース 統合化推進プログラム平成 24 年度進捗報告会 2013 年 1 21 ( ) ( 独 ) 理化学研究所豊 哲郎 桝屋啓志 1 フェノーム統合データベース 1 フェノタイプ情報からバイオリソースを検索できるようにする フェノタイプ ( 献 オントロジー ) 中間フェノタイプ (Linked Data) 3 推論検索ワークフロー 遺伝資源 ( バイオリソース )

機能ゲノム学（第6回）

トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ

報道発表資料 2006 年 4 月 13 日 独立行政法人理化学研究所 抗ウイルス免疫発動機構の解明 - 免疫 アレルギー制御のための新たな標的分子を発見 - ポイント 異物センサー TLR のシグナル伝達機構を解析 インターフェロン産生に必須な分子 IKK アルファ を発見 免疫 アレルギーの有効

60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 4 月 13 日 独立行政法人理化学研究所 抗ウイルス免疫発動機構の解明 - 免疫 アレルギー制御のための新たな標的分子を発見 - がんやウイルスなど身体を蝕む病原体から身を守る物質として インターフェロン が注目されています このインターフェロンのことは ご存知の方も多いと思いますが 私たちが生まれながらに持っている免疫をつかさどる物質です 免疫細胞の情報の交換やウイルス感染に強い防御を示す役割を担っています

BLAST クイックスタート このミニコースでは 配列相同性検索プログラムである BLAST ファミリについて実用的な紹介をしていきます その課題は単純な探索から ある特別な目的の探索を BLAST の創造的な使い方で実現するといった幅の広いものになっています 課題.1 blastn の利用 課題.1-1 プライマーでの増幅領域の特定 下に示したプライマーを用いることで増幅できる GenBank に登録されているヒトゲノムの配列を

PowerPoint プレゼンテーション

機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

2009 Aida et al. Caries Res 2006;40 2000 100 % 78.7 88.0 96.6 98.8 98.8 98.8 100.0 100.0 100 75 69.4 50 75.3 74.8 73.3 73.1 73.0 72.4 71.8 71.7 51.7 40.2 69.4 68.8 73.6 25 22.3 32.8 21.9 22.9 22.1

糖鎖の新しい機能を発見：補体系をコントロールして健康な脳神経を維持する

糖鎖の新しい機能を発見 : 補体系をコントロールして健康な脳神経を維持する ポイント 神経細胞上の糖脂質の糖鎖構造が正常パターンになっていないと 細胞膜の構造や機能が障害されて 外界からのシグナルに対する反応や攻撃に対する防御反応が異常になることが示された 細胞膜のタンパク質や脂質に結合している糖鎖の役割として 補体の活性のコントロールという新規の重要な機能が明らかになった 糖脂質の糖鎖が欠損すると

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

Bioinformatics2

バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

バイオインフォマティクスⅠ

バイオインフォマティクス ( 第 5 回 ) 慶應義塾大学生命情報学科 榊原康文 多重アライメントの解 0 2 3 4 5 6 7 j Q T S Y T R Y Q T - Y T R K 0 0-9 -20-44 -52-63 -72-90 Q -6 2 0-6 -4-25 -34-52 2 S -32 5 30 4 6-5 -4-32 3 Y -48-4 2 38 27 8 0 4 P -64-27

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日 生物情報工学 (Bioinfomatics) ってなに? > 生物が持っている物質 (DNA タンパク質 その他代謝産物など ) の情報を分析する学問分野 あるタンパク質 A があります アミノ酸配列コードする遺伝子の DNA 配列生体内でのタンパク質の量コードする遺伝子の転写産物の量 > 情報をもとにその物質の機能や構造を推定 > ただし

Slide 1

HLA/MICA imputation 法による MHC 領域内遺伝リスクの fine-mapping 岡田随象 Paul IW de Bakker Soumya Raychaudhuri SNP2HLA working group 東京医科歯科大学疾患多様性遺伝学分野テニュアトラック講師 MHC 領域における疾患罹患リスク 関節リウマチ (RA) におけるゲノムワイド関連解析結果 (19,234

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

( 別添 ) 最終的に宿主に導入された DNA が 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物の DNA のみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準

PowerPoint プレゼンテーション

統 合 化 推 進 プログラム ゲノムとフェノタイプ 疾 患 医 薬 品 の 統 合 データベース 実 施 状 況 京 都 大 学 化 学 研 究 所 金 久 實 2015 年 7 月 7 日 サイトビジット 資 料 2015 金 久 實 ( 京 都 大 学 )licensed under CC 表 示 2.1 日 本 研 究 開 発 の 目 標 ねらい ゲノム 情 報 を 有 効 利 用 するためのトランスレーショナルバイオインフォマティ

Microsoft PowerPoint - プレゼンテーション1

A A RNA からタンパク質へ mrna の塩基配列は 遺伝暗号を介してタンパク質のアミノ酸の配列へと翻訳される trna とアミノ酸の結合 RNA 分子は 3 通りの読み枠で翻訳できる trnaは アミノ酸とコドンを結びつけるアダプター分子である (Ψ; プソイドウリジン D; ジヒドロウリジンどちらもウラシルが化学修飾したもの ) アミノアシル trna 合成酵素によって アミノ酸と trna

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

図 B 細胞受容体を介した NF-κB 活性化モデル

60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 12 月 17 日 独立行政法人理化学研究所 免疫の要 NF-κB の活性化シグナルを増幅する機構を発見 - リン酸化酵素 IKK が正のフィーッドバックを担当 - 身体に病原菌などの異物 ( 抗原 ) が侵入すると 誰にでも備わっている免疫システムが働いて 異物を認識し 排除するために さまざまな反応を起こします その一つに 免疫細胞である B 細胞が

Microsoft PowerPoint - Ion Reporter?ソフトウェアを用いた変異解析4.6.pptx

Ion Reporter ソフトウェアデモンストレーション Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を用いたがん部および非がん部の体細胞変異比較解析 1 Ion Torrent システムを用いた実験例 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を 2 サンプル実施 ランレポート ランレポート サンプル 1 サンプル 2 2

RNA-seq

RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーガイド Document Version: 3.1 Date from: 14 June 2010 The document is the property of K.K. DNAFORM and may not be disclosed, distributed, or replicated without the express written

ChIP-seq

ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

<4D F736F F D20838C837C815B836789DB91E890E096BE2E646F6378>

レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

Ensembl チュートリアル Ensembl はゲノム解読された真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している EMBL-EBI と Sanger Centre が共同で進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

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ゲノム編集の医学への応 田中光一 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム編集とは? 遺伝子の配列を自在に改変する技術 A と T C と G がペア ( 相補性 ) 染色体と DNA 遺伝子から形質までの過程 ゲノム編集は 相同組換えを利用する 外来遺伝子 標的遺伝子非標的遺伝子 相同組み換え ランダムな挿入 外来遺伝子の分解 標的遺伝子の改変 非標的遺伝子の改変 遺伝子の改変無し DNA の 2

210-0004 TEL 200-3298,3300 FAX 222-1442 14 ( ) 14 ( ) 7 ( ) 16 ( ) 16 ( ) 23 ( ) (%) 1 ( ) 1 ( ) 2 ( ) 7 ( ) 7 ( ) 22 ( ) 8 ( ) 22 ( ) 30 ( ) or 31( )

210-0004 TEL 200-3298,3300 FAX 222-1442 10:00 14:00 210-0004 TEL 200-3298,3300 FAX 222-1442 14 ( ) 14 ( ) 7 ( ) 16 ( ) 16 ( ) 23 ( ) (%) 1 ( ) 1 ( ) 2 ( ) 7 ( ) 7 ( ) 22 ( ) 8 ( ) 22 ( ) 30 ( ) or 31(

Microsoft PowerPoint - PDBjing実習.ppt

DDBJing & PDBjing, 2006 年 2 月 2 日 PDBj ウェブサービスの利用法 (xpsss を中心に ) 伊藤暢聡 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部 構造情報研究室 http://www.pdbj.org/ 1.PDBID が既知の時の検索 ( 例 )PDBID = 9pap の場合 9pap ワイルドカード : * が利用できるので *pap, 9*, * でも検索可能

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

PowerPoint プレゼンテーション

V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

V1 ゲノム R e s e q 変異解析 Copyright Amelieff Corporation All Rights Reserved.

V1 ゲノム R e s e q 変異解析 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーし て実行してください マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてくだ さい 2 本講義の内容 Reseq解析 RNA-seq解析 公開データ取得

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------

今後の展開現在でも 自己免疫疾患の発症機構については不明な点が多くあります 今回の発見により 今後自己免疫疾患の発症機構の理解が大きく前進すると共に 今まで見過ごされてきたイントロン残存の重要性が 生体反応の様々な局面で明らかにされることが期待されます 図 1 Jmjd6 欠損型の胸腺をヌードマウス

PRESS RELEASE(2015/11/05) 九州大学広報室 819-0395 福岡市西区元岡 744 TEL:092-802-2130 FAX:092-802-2139 MAIL:koho@jimu.kyushu-u.ac.jp URL:http://www.kyushu-u.ac.jp 免疫細胞が自分自身を攻撃しないために必要な新たな仕組みを発見 - 自己免疫疾患の発症機構の解明に期待 -

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第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

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平成 29 年 6 月 23 日市民公開講座文京シビックセンター がん遺伝子とがん免疫との関係 講師 : 東京医科歯科大学難治疾患研究所ゲノム病理学分野石川俊平 はじめに用語解説 : 遺伝子 ゲノム DNA の関係 ゲノム : 細胞に含まれるすべての遺伝する DNA の情報全体でヒトでは約 30 億塩基 (30 億文字 ) の DNA よりなる 細胞 ゲノム 染色体 : ゲノムの DNA が分割されて折りたたまれた構造で

生物工学会誌 第95巻 第5号　バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます！【第5回】

生物工学会誌第 95 巻第 5 号 Cytoscape Cytoscape Cytoscape 1) 15 Cytoscape Web 2) Mac Windows Linux OS Cytoscape GML BioPAX PSI-MI KGML SBML Pathway Commons IntAct BioMart Igraph Bioconductor PDF PS SVG PNG JPEG

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08:50 からこの部屋は バイオインフォマティクスで使用します 2016 年度バイオインフォマティクス 2017 年度バイオインフォマティクス 座席順 1 2 教卓 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 まず端末にログインしましょう 15 16 17 18 31 32 33 34 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 まず端末にログインしましょう

研究から医療へ より医療への実利用が近いもの ゲノム医療研究推進ワーキンググループ報告書 (AMED) 臨床ゲノム情報統合データベース公募 対象疾患の考え方の方向性 第 1 グループ ( 主に を目指す ) 医療への実利用が近い疾患 領域の着実な推進 単一遺伝子疾患 希少疾患 難病 ( 生殖細胞系列

ゲノム医療実現に向けた対象疾患の考え方 ( 案 ) 資料 3-1 1. これまでの整理について において 比較的エビデンスが蓄積されており 医療への実利用が近い疾患 領域であり 着実に推進する必要がある 第 1 グループと ( 医療への実利用は近くないが ) 多くの国民が罹患する一般的な疾患への対応にゲノム情報等を応用する 第 2 グループに整理された なお 医療分野研究開発推進計画 ( 健康 医療戦略推進本部決定

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析法やフォーマットが混在し 発足から数年たった現在でも 統一されたデータは発表されていません また 2014 年 5 月に この HPP とは無関係に ヒトプロテオームドラフトマップ注 7 が Nature 誌で発表されました しかし このドラフトマップは 網羅性を上げるためにデータをひたすら寄せ集

プロテオーム統合データベース jpost を開発 - アジア オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート - 概要注 jpost(japan ProteOme STandard Repository/Database, http://jpost.org/) 1 は 京都大学を中心とした 2 オールジャパン体制で開発が進められているプロテオーム注統合データベースです 国内外に散在している種々のプロテオームデータを標準化

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デザイン ID の確認法 SureDesign version 3.0 2015/4/15 予告無くソフトウェアのアップデートを行う場合があります そのため 本資料とソフトウェア画面が異なる場合があります ご了承ください 最新資料ダウンロードサイト ;http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1002474 Page1 目次 ファイルダウンロード方法 1

核内受容体遺伝子の分子生物学

核内受容体遺伝子の分子生物学 佐賀大学農学部 助教授和田康彦 本講義のねらい 核内受容体を例として脊椎動物における分子生物学的な思考方法を体得する 核内受容体遺伝子を例として脊椎動物における遺伝子解析手法を概観する 脊椎動物における核内受容体遺伝子の役割について理解する ヒトや家畜における核内受容体遺伝子研究の応用について理解する セントラルドグマ ゲノム DNA から相補的な m RNA( メッセンシ

Microsoft Word - 【広報課確認】 _プレス原稿(最終版)_東大医科研 河岡先生_miClear

インフルエンザウイルスの遺伝の仕組みを解明 1. 発表者 : 河岡義裕 ( 東京大学医科学研究所感染 免疫部門ウイルス感染分野教授 ) 野田岳志 ( 京都大学ウイルス 再生医科学研究所微細構造ウイルス学教授 ) 2. 発表のポイント : インフルエンザウイルスが子孫ウイルスにゲノム ( 遺伝情報 ) を伝える仕組みを解明した 子孫ウイルスにゲノムを伝えるとき 8 本のウイルス RNAを 1+7 という特徴的な配置

2. 看護に必要な栄養と代謝について説明できる 栄養素としての糖質 脂質 蛋白質 核酸 ビタミンなどの性質と役割 およびこれらの栄養素に関連する生命活動について具体例を挙げて説明できる 生体内では常に物質が交代していることを説明できる 代謝とは エネルギーを生み出し 生体成分を作り出す反応であること

生化学 責任者 コーディネーター 看護専門基礎講座塚本恭正准教授 担当講座 学科 ( 分野 ) 看護専門基礎講座 対象学年 1 期間後期 区分 時間数 講義 22.5 時間 単位数 2 単位 学習方針 ( 講義概要等 ) 生化学反応の場となる細胞と細胞小器官の構造と機能を理解する エネルギー ATP を産生し 生体成分を作り出す代謝反応が生命活動で果たす役割を理解し 代謝反応での酵素の働きを学ぶ からだを構成する蛋白質

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2013 年 10 月 30 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

機能ゲノム学（第6回）

RNA-Seqデータ解析における正規化法の選択 :RPKM 値でサンプル間比較は危険?! 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 よりよい正規化法とは? その正規化法によって得られたデータを用いて発現変動の度合いでランキングしたときに

記載例 : ウイルス マウス ( 感染実験 ) ( 注 )Web システム上で承認された実験計画の変更申請については 様式 A 中央の これまでの変更 申請を選択し 承認番号を入力すると過去の申請内容が反映されます さきに内容を呼び出してから入力を始めてください 加齢医学研究所 分野東北太郎教授 組

記載例 : ウイルス マウス ( 感染実験 ) ( 注 )Web システム上で承認された実験計画の変更申請については 様式 A 中央の これまでの変更 申請を選択し 承認番号を入力すると過去の申請内容が反映されます さきに内容を呼び出してから入力を始めてください 加齢医学研究所 分野東北太郎教授 組換えマウスを用いたヒト HSP90 遺伝子の機能解析 2012 5 2015 3 部分一致で検索可能です

報道発表資料 2006 年 8 月 7 日 独立行政法人理化学研究所 国立大学法人大阪大学 栄養素 亜鉛 は免疫のシグナル - 免疫系の活性化に細胞内亜鉛濃度が関与 - ポイント 亜鉛が免疫応答を制御 亜鉛がシグナル伝達分子として作用する 免疫の新領域を開拓独立行政法人理化学研究所 ( 野依良治理事

60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 8 月 7 日 独立行政法人理化学研究所 国立大学法人大阪大学 栄養素 亜鉛 は免疫のシグナル - 免疫系の活性化に細胞内亜鉛濃度が関与 - 私たちの生命維持を行うのに重要な役割を担う微量金属元素の一つとして知られていた 亜鉛 この亜鉛が欠乏すると 味覚障害や成長障害 免疫不全 神経系の異常などをきたします 理研免疫アレルギー科学総合研究センターサイトカイン制御研究グループと大阪大学の研究グループは

NEXT外部評価書

課題番号 LS102 最先端 次世代研究開発支援プログラム 事後評価書 研究課題名 研究機関 部局 職名 氏名 筋収縮によって骨格筋から分泌される生理活性因子の探索と運動調節性筋内分泌の概念の確立首都大学東京 人間健康科学研究科 教授藤井宣晴 研究目的 本研究は 運動がもたらす多様な健康効果は 収縮中の筋細胞から分泌される生理活性因子 ( 総称してマイオカインと呼ばれる myo = 筋 kine =

RF_1

RF_1 10/04/16 10:32 http://rftechno.web.infoseek.co.jp/rf_1.html 1/12 RF_1 10/04/16 10:32 http://rftechno.web.infoseek.co.jp/rf_1.html 2/12 RF_1 10/04/16 10:32 http://rftechno.web.infoseek.co.jp/rf_1.html

１　はじめに

ver

MacVector 基本操作 ( マルチプルアラインメント ) MacVector でマルチプルアラインメントをするために必要な操作の一部を紹介いたしす マルチプルアラインメントに関しての主要な操作は下記のものです A. 配列情報のファイルの入手 B. 配列情報ファイルの作成 ( 新規 ) C. マルチプルアラインメント D. 系統樹の作成 まず MacVector を起動してください ( 注意!MacVector

ゲノム情報解析基礎 ～ Rで塩基配列解析 ～

ネット接続できないヒトも ダブルクリックでローカルに r_seq.html を起動可能です 実習は デスクトップ上にある hoge フォルダの中身が以下の状態を想定して行います (R で ) 塩基配列解析の利用法 : GC 含量計算から発現変動解析まで東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp

130712AJACS40

1 2 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 3 4 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 5 6 2013 Licensed Under CC 2.1 LOCUS AB091058 2109 bp DNA

報道発表資料 2007 年 8 月 1 日 独立行政法人理化学研究所 マイクロ RNA によるタンパク質合成阻害の仕組みを解明 - mrna の翻訳が抑制される過程を試験管内で再現することに成功 - ポイント マイクロ RNA が翻訳の開始段階を阻害 標的 mrna の尻尾 ポリ A テール を短縮

60 秒でわかるプレスリリース 2007 年 8 月 1 日 独立行政法人理化学研究所 マイクロ RNA によるタンパク質合成阻害の仕組みを解明 - mrna の翻訳が抑制される過程を試験管内で再現することに成功 - 生命は 遺伝子の設計図をもとにつくられるタンパク質によって 営まれています タンパク質合成は まず DNA 情報がいったん mrna に転写され 次に mrna がタンパク質の合成工場である

Microsoft PowerPoint - 理研豊田_JST統合DB資料

フェノーム統合 ( 独 ) 理化学研究所豊田哲郎 フェノーム情報統合は最重要課題フェノーム = 我々にとって重要な生命現象 フェノーム ( 現象の集合 ) 分野ごとに研究コミュ メタボローム ( 物質の集合 ) ニティが分かれやすい プロテオーム ( 物質の集合 ) トランスクリプトーム ( 物質の集合 ) ゲノム ( 物質の集合 ) 分野横断的にまとまりやすい 現状 情報やコミュニティは分断されている

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

リード・ゲノム・アノテーションインポート

リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です

Microsoft Word - MacVector_Align_OP.doc

MacVector 基本操作 ( マルチプルアラインメント ) MacVector でマルチプルアラインメントをするために必要な操作の一部を紹介いたしす マルチプルアラインメントに関しての主要な操作は下記のものです A. 配列情報のファイルの入手 B. 配列情報ファイルの作成 ( 新規 ) C. マルチプルアラインメント D. 系統樹の作成 まず MacVector を起動してください ( 注意!MacVector

研究最前線 HAL QCD Collaboration ダイオメガから始まる新粒子を予言する時代 Qantm Chromodynamics QCD 1970 QCD Keiko Mrano QCD QCD QCD 3 2

ISSN 1349-1229 No. 446 2018 8 Keiko Mrano 02 06 15 TOPICS 16 10 FANTOM 研究最前線 2018 5 6 1 HAL QCD Collaboration ダイオメガから始まる新粒子を予言する時代 3 1960 Qantm Chromodynamics QCD 1970 QCD Keiko Mrano 1 3 2 QCD 1 1 1974

生物時計の安定性の秘密を解明

平成 25 年 12 月 13 日 生物時計の安定性の秘密を解明 概要 名古屋大学理学研究科の北山陽子助教 近藤孝男特任教授らの研究グループは 光合 成をおこなうシアノバクテリアの生物時計機構を解析し 時計タンパク質 KaiC が 安定な 24 時 間周期のリズムを形成する分子機構を明らかにしました 生物は, 生物時計 ( 概日時計 ) を利用して様々な生理現象を 時間的に コントロールし 効 率的に生活しています

難病 です これまでの研究により この病気の原因には免疫を担当する細胞 腸内細菌などに加えて 腸上皮 が密接に関わり 腸上皮 が本来持つ機能や炎症への応答が大事な役割を担っていることが分かっています また 腸上皮 が適切な再生を全うすることが治療を行う上で極めて重要であることも分かっています しかし

解禁日時 :2018 年 12 月 12 日 ( 水 ) 午後 6 時 ( 日本時間 ) プレス通知資料 ( 研究成果 ) 報道関係各位 2018 年 12 月 11 日国立大学法人東京医科歯科大学国立研究開発法人日本医療研究開発機構 炎症性腸疾患の腸上皮における新たな炎症 再生応答の協調機構を解明 早期の治療効果予測に期待 ポイント 炎症性腸疾患 ( 潰瘍性大腸炎 クローン病 ) は消化管に原因不明の炎症と腸上皮の傷害

取扱説明書 [d-01H]

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