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てるえたもん
5 years ago
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1 2018/3/7 HΦ version インストール手順書 (Linux 64 ビット版 )

2 目次 1. アプリケーション概要システム環境必要なツールライブラリのインストール cmake numpy アプリケーションのインストール動作確認の実施

3 本手順書は HΦ の入手からインストールまでを説明した資料です 2018/3/7 1. アプリケーション概要本手順書が対象としているアプリケーションは以下の通りですアプリケーションの詳細につきましてはオフィシャルサイトをご参照下さいアプリケーション名 HΦ バージョンオフィシャルサイトダウンロードサイト 2. システム環境本手順書が想定するシステム環境は以下の通りです実際のシステム環境に応じてパスやコマンド等を読み替えてご利用下さい OS RedHat Enterprise Linux 7.2 コンパイラインテル Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux インストール先 /opt/intel/compilers_and_libraries_ MPI ライブラリインテル MPI ライブラリ for Linux 2017 Update 3 ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 数学ライブラリインテル Math Kernel Library for Linux ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 各種アプリケーションプログラムのインストールディレクトリ $HOME/package インストール用の作業ディレクトリ $HOME/src 3. 必要なツールライブラリのインストール HΦ をインストールするにあたって必要となるツールライブラリ等のプログラムをインストールします - 1 -

4 2018/3/7 1 cmake 環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C インストールディレクトリの作成インストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) を作成します $ mkdir -p $HOME/package/cmake コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し移動します $ mkdir -p $HOME/src $ cd $HOME/src プログラムの入手プログラムをダウンロードします (2018/2/1 時点の最新版 ) $ wget プログラムファイルの展開プログラムの圧縮ファイル ($HOME/src/cmake tar.gz) を展開します $ tar xvf cmake tar.gz 展開されたディレクトリ ($HOME/src/cmake ) に移動します $ cd cmake コンパイルオプションの設定インストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) を指定します 1 $./bootstrap --prefix=$home/package/cmake --parallel=8 インストール実行 8 並列にてコンパイルを実行しインストールします $ make -j8 $ make install 1 名古屋大学環境の場合初期状態で利用可能な GCC のバージョンが古いため失敗します新しいバージョンの GCC を使用するため以下を設定してから bootstrap を実施してください $ PATH=/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/bin:$PATH $ LD_LIBRARY_PATH=/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/lib64:/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/lib: $LD_LIBRARY_PATH(1 行で入力してください ) - 2 -

5 2018/3/7 動作確認の実施環境変数 PATH にインストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) にある bin ディレクトリのパスを追加しどのディレクトリからでも cmake コマンドを実行できるようにします $ PATH=$HOME/package/cmake/bin:$PATH プログラムを起動しバージョンを表示させます $ cmake -version 下記の通り表示されればインストール完了です cmake version CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake). 2 numpy 環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し移動します $ mkdir -p $HOME/src $ cd $HOME/src 数学ライブラリの設定数学ライブラリの環境設定を行います ( インストール環境に応じてパスやコマンド等を読み替えて下さい 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) プログラムの入手プログラムをダウンロードします (2018/2/1 時点の最新版 ) 2 コンパイラおよびライブラリの設定については環境に応じて下記の通り実行してください名古屋大学環境の場合 $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64 $ source /center/local/apl/cx/intel/impi/ /bin64/mpivars.sh $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/mkl/bin/mklvars.sh intel64 九州大学環境の場合 $ module load intel/

6 2018/3/7 $ wget a768f421b0b50683b7bbcd88ef51f33170/numpy zip#md5=c12d4bf380ac92 5fcdc8a59ada6c3298(1 行で入力してください ) プログラムファイルの展開プログラムの圧縮ファイル ($HOME/src/numpy zip) を展開します $ unzip numpy zip 展開されたディレクトリ ($HOME/src/numpy ) に移動します $ cd numpy インストール実行 setup.py を使用してインストールします 3 $ python setup.py build $ python setup.py install --user インストールの際に--user を指定する事で $HOME/.local に numpy がインストールされます 4. アプリケーションのインストール HΦ のインストールを実施します環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C コンパイラおよびライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じてパスやコマンド等を読み替えて下さい 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) インストールディレクトリの作成インストールディレクトリ ($HOME/package/hphi) を作成します $ mkdir -p $HOME/package/hphi コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し移動します $ mkdir -p $HOME/src 3 名古屋大学環境の場合初期状態で利用可能な python のバージョンが古いため失敗します新しいバージョンの python を使用するため以下を設定してから python setup.py を実施してください $ export PATH=/center/local/apl/cx/amber/16.0/miniconda/bin:$PATH - 4 -

7 $ cd $HOME/src 2018/3/7 アプリケーションの入手アプリケーションをダウンロードします $ wget HPhi tar.gz(1 行で入力してください ) アプリケーションファイルの展開アプリケーションの圧縮ファイル ($HOME/src/HPhi tar.gz) を展開します $ tar xvf HPhi tar.gz 展開されたディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0) に移動します $ cd HPhi コンパイルオプションの設定コンパイルを実施するディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0/build) を作成し移動します $ mkdir build $ cd build インストールディレクトリ ($HOME/package/hphi) を指定します 1 3 $ cmake.. -DCONFIG=intel -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/package/hphi >& CO NFIGURE.LOG(1 行で入力してください ) 他のオプションは,HPhi-3.0.0/config ディレクトリの下のファイル名を参照して下さい例えば gcc.cmake(gcc 使用 ) を選択する場合は,-DCONFIG=gcc を指定しますインストール実行 8 並列でコンパイルを実行します ( コンパイルに数分要します ) $ make -j8 >& MAKE.LOG インストールを実行します $ make install 5. 動作確認の実施テストデータを用いた 4 並列および 16 並列計算による動作確認を実施します ( 合わせて 30 分程度要します ) 計算実行の際はインストール環境の方針に応じてジョブスケジューラを使用してください計算の実行展開されたディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0) に移動します - 5 -

8 $ cd $HOME/src/HPhi /3/7 MPI ライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じてパスやコマンド等を読み替えてください 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) 4 並列および 16 並列でテストを実行します $ make test MPIRUN="mpiexec.hydra -np 4" >& TEST.LOG.4 $ make test MPIRUN="mpiexec.hydra -np 16" >& TEST.LOG.16 出力結果 ( ここでは TEST.LOG.4 および TEST.LOG.16) に 100% tests passed, 0 tests failed out of 47 が出力されている事を確認して下さい $ tail TEST.LOG.16 Start 45: te_hubbard_chain_interall_diagonal 45/47 Test #45: te_hubbard_chain_interall_diagonal... Passed 0.91 sec Start 46: te_spin_chain_interall 46/47 Test #46: te_spin_chain_interall... Passed 2.56 sec Start 47: te_kondo_chain_interall 47/47 Test #47: te_kondo_chain_interall... Passed sec 100% tests passed, 0 tests failed out of 47 Total Test time (real) = sec 以上 - 6 -

Microsoft Word - appli_OpenMX_install.docx

Microsoft Word - appli_OpenMX_install.docx OpenMX version 3.8.3 インストール手順書 (Linux 64 ビット版 ) 目次 1. アプリケーション概要... 1 2. システム環境... 1 3. アプリケーションのインストール... 1 4. 動作確認の実施... 4 本手順書は OpenMX の入手からインストールまでを説明した資料です 2018/3/7 1. アプリケーション概要本手順書が対象としているアプリケーションは以下の通りです