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そうすけこしの
5 years ago
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1 NAREGI(version beta 1.0.1) 環境の構築名古屋大学情報連携基盤センター永井亨 1. はじめに名古屋大学情報連携基盤センターでは PC クラスタ上に NAREGI ミドルウェア (version beta 1.0.1) によるグリッド環境を構築した以下でシステムの概要を報告する 2. システム構築システム構築は年 5 月に開始し 8 月に終了した構築にあたって発生した障害等を付表に示す 3. システム構成 NAREGI システムの構成を表 1 に示す機種はすべて Fujitsu PRIMERGY RX200S2 (Xeon 動作周波数 3.2GHz 主記憶 2GB) で OS は RedHat Linux 9.0 である計算ノードは現在 naregi4 と grid1 の 2 台であるが今後追加していく予定である表 1 ホスト名ノードタイプ役割 naregi1.cc.nagoya-u.ac.jp IS InformationService naregi2.cc.nagoya-u.ac.jp SS SuperScheduler SS server MyProxy + naregi3.cc.nagoya-u.ac.jp Authority / Portal NAREGI-CA Portal PSE GVS Service Provider WorkFlowTools SuperScheduler SS client MyProxy naregi4.cc.nagoya-u.ac.jp Grid VM Server Grid VM GridVMScheduler, GridVM Engine GVS parallel visualizer InformationService LRPS naregi5.cc.nagoya-u.ac.jp User Management Server User management server (VOMS) grid1.hpc.itc.nagoya-u.ac.jp Grid VM Client Grid VM GridVM Engine

4. 動作確認 4-1 NAREGI Portal への接続 (1) NAREGI Portal のトップ画面で [User Management Server] へログインする (2) [Proxy Certificate Registration] 画面で Private Key Passphrase New Proxy Certificate Passphrase を入力して

2 4. 動作確認 4-1 NAREGI Portal への接続 (1) NAREGI Portal のトップ画面で [User Management Server] へログインする (2) [Proxy Certificate Registration] 画面で Private Key Passphrase New Proxy Certificate Passphrase を入力して [Register] ボタンをおす (3) Succeeded in the proxy certificate registration. と表示されれば接続完了 ( 図 1) ( 個人的には赤字はやめてほしいエラーがおこったかとおもってしまう ) 図 NAREGI Portal へのログイン (1) [NAREGI Portal] の [Sign On] ボタンをおす (2) User Name Registered Proxy Certificate Passphrase を入力し [Sign On] ボタンをおす (3) [Grid Tools] 画面が表示される ( 図 2)

3 図 2 図 3

4-3 各ツールの利用図 2 に示されている Grid Tools の中で Information Service Grid PSE Grid Workflow Tool Grid Visualization System (GVM) が正常に動作することを確認したたとえば Grid Workflow Tool をもちいて /bin/hostname を実行した結果は図 3 のようになる

4 4-3 各ツールの利用図 2 に示されている Grid Tools の中で Information Service Grid PSE Grid Workflow Tool Grid Visualization System (GVM) が正常に動作することを確認したたとえば Grid Workflow Tool をもちいて /bin/hostname を実行した結果は図 3 のようになる画面の最後の行にホスト名 (naregi4.cc.nagoya-u.ac.jp) が表示されているまた指定したファイルにもホスト名が出力される GVM により可視化した例を図 4 に示す図 4 5. おわりにここでは NAREGI 環境を構築しその動作を検証した今後はより実用的プログラムをもちいて検証するまた別のサイトに構築された NAREGI 環境との連携もテストする予定である本報告を作成するにあたって名古屋大学担当の SE 特に加藤正芳氏には大変お世話になった名古屋大学独自の NAREGI Grid Middleware version beta 1.0 簡易操作マニュアルを作成いただき初心者には非常にありがたかった厚く感謝したい

5 付表発生日ノード障害内容原因処置内容対処日 1 5/29 VOMS VO ノード構築時に "voms-admin" コマンドにて "voms" ユーザの登録を実施したところ "SSL negotiation failed" と表示され登録ができない 2 6/14 VOMS "voms-myproxy-init" コマンドを実行すると "ERR_NOSOCKET Failed" のエラー発生が発生する 3 6/16 GridVM GridVM スケジューラデーモン起動時にエラーが発生するマニュアルの不備のため正式な証明書を配置する方法により登録ができることを確認 1. 証明書に問題があるとの指摘を受け Naregi-CA の再構築を実施して証明書を再配置したが問題は改善されず 2. "/opt/glite/etc/vomses" ファイルに "VO" 情報を設定する箇所でホスト証明書の "Subject" 部分に記述ミスがあったため正しく直してエラーが発生しなくなったことを確認 "jwsdp" の設定が不足していたため不足していた設定を正しく行うことで正常にサービスが起動することを確認 ( マニュアル記載もれ ) 6/14 6/28 6/19 4 6/16 IS "PostgreSQL" のデータベースの TCP/IP 接続に失敗する設定ファイルの記述漏れがあったため設定ファイルを正しく入力することで TCP/IP 接続ができることを確認 6/19 5 6/19 GridVM "catalina.out" に [Fatal Error] LRPSConfig.xml:112:73: Element type "ProviderConfig" must be followed by either attribute といったエラーが表示される LRPSConfig.xml ファイル 112 行目の "interval" という文字列の前にスペースが入っていないためスペースを入力してエラーが表示されなくなったことを確認 6/21

6 発生日ノード障害内容原因処置内容対処日 6 6/19 IS "tomcat" のログに以下のエラーが表示される :06:00 StandardContext[/wsrf] サーブレット /wsrf が load() 例外を投げました javax.servlet.servletexception: Failed to read'/naregi-beta/tomcat/weba pps/wsrf/webinf/etc/ogsadai_ wsrf/jndiconfig.xml' JNDI configuration file : 7 7/3 Portal "Proxy Certificate Registration" にて "VO Name" が表示されない 8 7/04 WFT WFT のインストールが失敗する "/naregi-beta/tomcat/webapps/wsrf/web-inf/etc/ogsadai_wsrf/ jndi-config.xml" において <service name="ogsadai/wsrf/celldomain"> <service name="ogsadai/wsrf/node"> の項目が複数回記述されていたため "ant deploytomcat" を複数回実行してしまうことによって発生する余分な行を削除してエラーが表示されなくなったことを確認 "UserManagementServer" のユーザのホームディレクトリ下に作成する "~/.glite/vomses" ファイルにおいて設定行の末尾に改行があったため改行を取り除いて "VomsName" が表示されることを確認ドキュメント不備のため再作成されたドキュメントにてインストール作業を進めることで正常にインストールが行えたことを確認 6/28 7/03 7/04 9 7/04 Portal(IS Portal 画面より IS の画面を表示 Portal ノードから IS ノードへのデータベースの接続時に認証エ 7/12 ) させようとすると "Sorry, ラーが発生していたため "grid-mapfile" ファイルにテスト用ユ Server Connection Error ーザ "voms-test" のサブジェクトを追加してサービスを再起動す Occured." といったエラーが表示ることで正常な画面が表示されることを確認される 10 7/05 WFT WFT にてワークフローを作成し GridVM ノードの "/etc/sudoers" ファイルの設定のミスのため 7/24 てジョブを実行させてもエラーが出てジョブの実行ができない 11 7/07 IS Portal ノードにて IS 関連のログ (infoservice.log) が表示されない 12 7/14 IS WFT の IS ノード確認画面にて Administrator 用の画面を見るにはどうしたらよいか "Log4j.properties" ファイルを修正することでログが表示されることを確認 "/naregi-beta/tomcat/webapps/wsrf/web-inf/etc/lrps/provid er-bin/cimperson.csv" ファイルを修正することで Administrator 権限でしか見ることができない画面が表示されることご確認 7/12 7/19

7 発生日ノード障害内容原因処置内容対処日 13 7/25 PSE PSE の画面にて "Status" で現在の状況を確認するとエラーが表示されてしまう 14 7/25 PSE PSE にて Compile 実行時にホスト名が表示されない Portal ノードの Portal ユーザの Myproxy の証明書の有効期限が切れていたため Input the following にて設定する "OS Version" を "9.0" ではなく "9" と設定する必要があるためマニュアルの記載ミス 7/25 7/ /25 PSE PSE にて Deploy を行うと "Status" が "Exception" となってしまう /26 GVS GVS にて "GVSClient.gvp" ファイルを指定しても可視化が表示されない 17 8/01 MyProxy WFT にてジョブを実行すると SS ノードの myproxy サービスにて認証エラーが発せする 18 8/09 WFT WFT でのジョブの実行時にデータアイコンを使用して出力結果を指定して実行するとジョブが終了しない 19 8/25 GVS "mpirun" コマンドを一般ユーザ実行するとエラーが表示されて実行できない CompileDeploySystemInfo.properties ファイルを下記のように修正したが改善されず修正前 : COMPILE_DEPLOY_SERVICE_TEMP_BASEDIR=/naregi-be ta/pse/compiledeploytemp 修正後 : COMPILE_DEPLOY_SERVICE_TEMP_BASEDIR=/naregi-be ta/pse/compiledeploytemp/ 修正一覧表の "SERVICE_USERNAME=portal" の部分を "SERVICE_USERNAME=globus" へ変更を行っていなかったため "SERVICE_USERNAME" の値を "globus" に変更することで "PSE" の "Deploy" 時に正常に実行できることを確認指定するファイルに誤りがあったため ("GVSClient.gvp" ではなく "GVSClient.gvp") 8 月 1 日にラック内の電源の消費電力がオーバーしたため Naregi の全サーバが突然シャットダウンされたのが原因の可能性あり詳細については不明現在は正常に使用可 "/naregi-beta/ss/etc/config-ss2.xml" ファイルにおいて "FileTransferServiceContainer2_skel.so" モジュールの指定が無かったためこのファイルの修正後データアイコンを使用したテストを実行したところ正常に実行できる事を確認 Naregi 担当者が確認したときは正常に動作したため原因不明名大側でも一般ユーザにて "mpirun" が正常に起動することを確認 8/04 7/27 8/11 9/04 9/04

スライド 1

スライド 1 NAREGI2006 NAREGI NAREGI (VO) Multi-Grid GGF Open Source Sustainable) e-science NAREGI 10-6 10-9 m HPC... - Mediator) ) - PC AIX NAREGI PSE WFT DataGrid CA VOMS MyProxy Super Info. Info. Network Info.