ThermoFisher

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1 Thermo Fisher Connect Relative Quantification 操作簡易資料 使用には事前登録が必要になります 画面は予告なく変わることがあります The world leader in serving science

2 Thermo Fisher Connect とは? キャピラリシーケンサ リアルタイム PCR などの解析アプリケーションを提供 10 GB までのストレージを無償提供 PC 機種 環境に関係なくアクセス可能 解析ソフトウェアを統合 Genotyping Relative Quantification Thermo Fisher Connect Mac ユーザーも安心 データのバックアップに Variant Analysis Thermo Fisher Connect 二次解析のフローが簡単に Quality Check 10 GB のストレージを提供 データはクラウド上で保管しているので PC が故障したときも安心 1 アカウントで 10 GB のストレージを提供データのシェアも簡単に 2

3 アカウント登録およびサインイン Web Browser Microsoft Internet Explorer Minimum version Latest verified version OS Compatibility 10.x 10.x Windows 7.1+ Google Chrome 25.x 36.x Windows XP+ OSX クリック Apple Safari (OSX) 5.x 7.x 6: OSX : OSX Mozilla Firefox 16.x 31.x Windows XP SP2+ OSX 最初にご登録が必要 メールアドレスのみの登録で利用可 ご登録後はユーザー名とパスワードを記入しサインインします 3

4 Thermo Fisher Connect のメイン画面 (Dashboard) Dashboard を表示するボタン アップロード / 作成したファイルの一覧の表示ボタン 利用可能なアプリケーション一覧 ファイルのアップロード プロジェクトの作成 ( ストレージを 10 GB まで無償で提供 ) 4

5 Relative Quantification 使用方法 Create project をクリックして新規プロジェクトを作成します Type a project name にプロジェクト名を記入します ( 日付など ) 必要に応じて プロジェクトを保存するフォルダを選択します My Apps 内のアイコンをクリックしても始まります Thermo Fisher Cloud は プロジェクト単位でデータが管理できるので Use Existing Project から過去のプロジェクトにデータを追加して閲覧することができます 5

6 .eds ファイルの読み込み 1Import from をクリックし コンピューターまたは Thermo Fisher Cloud に保存されているデータファイル (.eds ファイル ) を読み込みます 2 データを読み込んだら左側の RQ ボタンをクリックします 6

7 Orverview Overview で プロジェクト内のファイル ターゲット サンプルなどのリストを確認できます ( 各項目の + のマーク または Actions から追加や削除などの編集をすることができます ) インポートされた.eds ファイルのリスト 設定されているターゲットのリスト 設定されているサンプルのリスト 7

8 ( オプション )Biological Group( 生物学的反復の設定 ) 各サンプルの右側にある BioGroup 欄にグループ名を入力することで 生物学的反復を設定できます 入力された Biogroup 名が自動的に登録されます 8

9 Plate Setup( プレート設定の確認 ) 各ファイルをクリックすると編集画面になります 9

10 Data Review ( 増幅曲線の確認 ) ターゲットごとの他 サンプルごと プレートごとの表示も可能です 各ターゲットごとの増幅曲線を確認することができます ターゲットをクリックすると ターゲットごとに解析設定の編集が可能です 10

11 Analysis ( 結果解析 ) 解析設定画面を開きます 11

12 Endogenous Controls ( 内部標準設定 ) 特定の遺伝子を内部標準として使用する場合 2 内部標準遺伝子候補の Type を Candidate Control に設定 1Use specific endogenous controls にチェック 3 各遺伝子の Score を確認し 値の小さいも遺伝子の Type を Endogenous Control に設定 ( 複数遺伝子の選択可能 ) 12

13 Endogenous Controls ( 内部標準設定 ) その他の補正方法 Use global normalization : 各サンプルに共通して発現しているターゲット群の Ct( もしくは Crt) の中央値で補正 Skip target normalization : 特定の内部標準による補正を行わず reference sample との Ct( もしくは Crt ) の差だけで相対定量値を算出 13

14 RQ settings Single か Multiplex BH 法による False Discovery rate の調節の有無 基準サンプルの選択 基準グループの選択 許容する最大 Ct 値 上で設定した Ct 値を含めるか否か Min/Max を信頼区間で算出する場合のレベル選択 Min/Max を標準偏差で算出する場合のレベル選択 14

15 Cq Settings 解析方法の選択 Baseline Threshold Use CT Relative Threshold Use CRT 解析方法として Baseline Threshold を選択した場合 Threshold と Baseline 設定を自動で行うかどうかの設定 すべての設定が終了したら Finish を押して Analysis 画面に戻り 画面右上の Analyze を押して解析してください 15

16 Analysis>RQ プロット ( 相対定量グラフ ) View より RQ プロットの設定を変更できます Result Details に詳細な数値がリストされます 16

17 Analysis>RQ プロット ( 相対定量グラフ ) Sample ごとの表示と Biogroup ごとの表示を切り替えられます 17

18 Analysis> その他の表示 BOX plot 各サンプルの Ct 値の分布を確認 Biogroup 内の別サンプル間の Ct 値分布の比較などに使用 Correlation Plot 各サンプル ( 各 Biogroup) 間の相関のプロット 緑は高い相関 ( 変動が少ない ) を示し 赤は低い相関 ( 変動が大きい ) を示す Heatmap Plot 遺伝子発現のクラスタリング解析 Volcano Plot Biogroup 間の発現変動と p 値を表示 18

19 Export ファイル名 ファイルタイプ 必要な情報を選択してから Start Export を押します 19

20 Export Export History 画面に移行します Download を押してダウンロードを行います 20

21 Help 操作詳細は Help から確認できます 21

22 ご不明な点などがございましたら テクニカルサポートまでご連絡ください 電話 Thermo Fisher Connect Powered by Thermo Fisher Cloud 22

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