Microsoft Word - appli_SMASH_tutorial_2.docx

Size: px

Start display at page:

Download "Microsoft Word - appli_SMASH_tutorial_2.docx"

ひろじめいこ
4 years ago
Views:

1 チュートリアル SMASH version (Linux 64 ビット版 )

2 本チュートリアルでは量子化学計算ソフトウェア SMASH バージョンについてソフトウェアの入手 / 実行モジュール作成 / 計算実行 / 可視化処理までを例示します 1. ソフトウェアの入手以下の URL よりダウンロードします Linux のコマンドラインでは例えば wget コマンドにより $ wget z/download -O smash tgz(1 行で入力してください ) のようにダウンロードします 2. システム環境本チュートリアルでは以下のシステム環境を仮定します 1 OS:RedHat Enterprise Linux コンパイラ : インテル Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux MPI: インテル MPI ライブラリ for Linux 2017 Update 3 ( 上記コンパイラに同梱のバージョンコマンド :mpiifort) 4 数学ライブラリ : インテル Math Kernel Library for Linux ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 3. ログイン TeraTerm などの端末エミュレータによって上記システムにログインします以降同ウィンドウにて操作します 4. 実行モジュール作成詳細は SMASH version2.2.0 インストール手順書の 3. アプリケーションのインストールをご参照ください Intel コンパイラ及び MPI ライブラリの環境変数を設定 $. /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortvar s.sh intel64(1 行で入力してください ) アプリケーションファイルの展開ダウンロードした圧縮ファイルを展開します $ tar xvf smash tgz コンパイル圧縮ファイルの展開により smash ディレクトリが出来るので移動します $ cd smash Makefile.mpiifort のコンパイルオプションを変更しコンパイルリンクを実行します $ sed -i 's/opt = -openmp -i8 -xhost -ilp64/opt = -qopenmp -i8 -xhost - ilp64/' Makefile.mpiifort(1 行で入力してください ) $ make -f Makefile.mpiifort 以下のように bin ディレクトリの下に実行モジュール smash が生成されます bin/smash 5. 計算実行実行方法の詳細は SMASH version2.2.0 インストール手順書の 4. 動作確認の実施をご参照ください入力データの内容についてはユーザーマニュアル ver の 7. キーワード内容をご参照くださいユーザーマニュアルは以下の URL からダウンロードできます

3 複数の例題が smash/example ディレクトリ下にあります example ディレクトリに移動 ( 現在 smash ディレクトリにいるものとします ) $ cd example 入力データ変更 ( チェックポイントファイル出力 ) 入力データ A.inp ファイルにおいて job runtype 行と geom 行の間に control check=a.chk を挿入しますここで A は識別可能なファイル名とします (check-generation.inp には既にチェックポイントファイル出力指示が入っています ) 実行シェルスクリプト SLURM での実行用シェルスクリプトの例 (run.sh) を以下に示します $ cat run.sh #!/bin/bash #SBATCH -p knl #SBATCH -N ノード数 #SBATCH -t 3:00:00 #SBATCH -J ジョブ名 ulimit -s unlimited export OMP_STACKSIZE=1G export SLURM_TASKS_PER_NODE=64 export OMP_NUM_THREADS= スレッド数. /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortvars.sh intel64 mpirun -np プロセス数インストールディレクトリ /bin/smash < input ファイル名 > output ログファイル名 2>&1 バッチ実行上記 run.sh を計算ノードに投入しバッチ実行します $ sbatch run.sh 実行状況は squeue コマンドで確認また実行を取り消す場合は scancel コマンドを使います計算結果の確認計算が正常終了していれば output ログファイルにおいて $ tail output ログファイル名 ( 略 ) Your calculation finished with 0 warning(s). が記されています 6. 可視化処理計算が正常終了すると example ディレクトリには output ログファイル及びチェックポイントファイル (anthracene.chk) が出力されます visual/ ディレクトリにはチェックポイントファイルから cube ファイル vtk ファイルを生成するためのユーティリティ (cube-generator, vtk-generator) のソースが置かれています以下のようにユーティリティの実行モジュールを作成できますディレクトリ移動 ( 現在 example ディレクトリにいるものとします ) $ cd../visual コンパイル Makefile のコンパイルオプションを変更しコンパイルリンクを実行します $ sed -i 's/opt = -openmp -i8 -xhost/opt = -qopenmp -i8 -xhost/' Makefile(1 行で入力してください ) $ make 同ディレクトリに cube-generator, vtk-generator が生成されます

4 これらユーティリティは実行モジュール smash と同じディレクトリ (bin) に置くものとします $ cp -p *-generator../bin/ cube, vtk ファイルの生成詳細は visual ディレクトリにある cube-generator_manual 及び vtk-generator_manual をご参照くださいファイル生成ジョブは計算ノードにてバッチ実行します実行シェルスクリプト実行用のシェルスクリプトの例 (run_cube-vtk.sh) を以下に示します $ cat run_cube-vtk.sh #!/bin/bash #SBATCH -p knl #SBATCH -N ノード数 #SBATCH -t 3:00:00 #SBATCH -J ジョブ名 ulimit -s unlimited export OMP_STACKSIZE=1G export SLURM_TASKS_PER_NODE=64 export OMP_NUM_THREADS= スレッド数. /opt/intel/compilers_and_libraries_ /linux/bin/ifortvars.sh intel64 インストールディレクトリ /bin/cube-generator A.chk A-homo.cube MO HOMO 2>&1 インストールディレクトリ /bin/vtk-generator A.chk A-homo.vtk MO HOMO 2>&1 バッチ実行上記 run_cube-vtk.sh を計算ノードに投入しバッチ実行します $ sbatch run_cube-vtk.sh 正常終了すると上記例では A-homo.cube, A-homo.vtk が出力されます ParaView による可視化詳細は visual/ ディレクトリにある vtk-generator_manual をご参照ください ParaView は手元の PC にて稼動しているものとします上記 vtk ファイルと visual/ ディレクトリ下の mo-view.pvsm を winscp 等を用いて PC に転送します可視化手順 ) 1 PC 側にフォルダ smash vtk を作成し上記 vtk ファイル, mo-view.pvsm を格納 2 ParaView 起動 3 File/Load State にて smash vtk フォルダに格納した mo-view.pvsm を読込み 4 smash vtk フォルダに格納した vtk ファイルを指定

5 Fig.1 example/check-generation のチェックポイントファイル anthracene.chk から vtk ファイルを生成し ParaView にて可視化以上

Microsoft Word - appli_OpenMX_install.docx

Microsoft Word - appli_OpenMX_install.docx OpenMX version 3.8.3 インストール手順書 (Linux 64 ビット版 ) 目次 1. アプリケーション概要... 1 2. システム環境... 1 3. アプリケーションのインストール... 1 4. 動作確認の実施... 4 本手順書は OpenMX の入手からインストールまでを説明した資料です 2018/3/7 1. アプリケーション概要本手順書が対象としているアプリケーションは以下の通りです