FX10利用準備

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しげのぶゆのもと
4 years ago
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1 π-computer(fx10) 利用準備 2018 年 3 月 14 日理化学研究所計算科学研究機構八木学 1 KOBE HPC Spring School /3/14

2 内容本スクールの実習で利用するスーパーコンピュータ神戸大学 π-computer (FX10) についてシステム概要ログイン準備 2

2TFLOPS 総主記憶容量 :3TByte 1 ノード諸元表 ( 京との比較 ) FX10 (SPARC64 TM IXfx ) 京 (SPARC64

3 神戸大学 π-computer: システム概要富士通 PRIMEHPC FX10: シングルラックモデル SPARC64 TM IXfx プロセッサ x 96 ノード総理論演算性能 :20.2TFLOPS 総主記憶容量 :3TByte 1 ノード諸元表 ( 京との比較 ) FX10 (SPARC64 TM IXfx ) 京 (SPARC64 TM VIIIfx ) コア数 16 8 L1 キャッシュ ( コア ) 32KB(D)/32KB(I) 共有 L2 キャッシュ 12MB 6MB 動作周波数 1.65GHz 2.0GHz 理論演算性能 211.2GFlops 128GFlops メモリ容量 32GB 16GB 3

4 π-computer の利用についてログイン ID は 2018 年 3 月 23 日まで有効それ以降はログインできなくなりますデータのバックアップ等が必要な方はご注意くださいリソースグループ利用可能ノード数最大経過時間スケジュール small 1~12 10 分常時 medium 1~48 24 時間 * 常時 *2017 年 11 月 1 日より large キューは廃止土日も含めて medium キューでの運用に変更となりました 4

5 ログイン準備公開鍵認証によりログインログインサーバ : pi.ircpi.kobe-u.ac.jp 手順の概要 1. 自身の鍵ペア ( 公開鍵秘密鍵 ) の作成 2. 仮の鍵ペアでログイン 3. を登録 4. 自身の鍵ペアでログイン出来ることを確認 5. 仮の公開鍵を削除 5

6 手順 1. 自身の鍵ペアの作成各自のパソコン自身の秘密鍵 1. 作成 π-computer 2. 仮の鍵ペアでログイン仮の秘密鍵 2. ログイン仮の公開鍵指定の場所より DL 登録済み 3. を登録 3. 登録 ( コピー ) 4. 自身の鍵ペアでログイン自身の秘密鍵 4. ログイン 5. 確認後仮の鍵は削除仮の秘密鍵 5. 削除仮の公開鍵 6

7 準備 PuTTY の使用を推奨使い方は後半の補足を参照 Xming( もインストール慣れている場合は MobaXterm や Cygwin 等を使用しても構いません Cygwin を使用する場合は上記の Xming をインストールするインストールされていない場合 PuTTY をダウンロードしてください 7

8 PuTTY 1. 自身の鍵ペアの作成スタートメニューより PuTTYgen を起動以下の手順で鍵ペアを作成 i) 生成をクリック ii) マウスを動かし乱数生成 iii) 自身で決めたパスフレーズを入力 8

9 PuTTY 1. 自身の鍵ペアの作成 iv) 鍵ペアを保存公開鍵後にコピー & ペーストで登録を行う ( ウィンドウは開いたままにする ) 秘密鍵秘密鍵の保存をクリックしてファイルに保存 ( 拡張子 :.ppk) 次に公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン 9

10 PuTTY 2. 仮の鍵ペアでログイン指定の場所より秘密鍵をダウンロードしておく PuTTY を起動 I) ホスト名を入力 pi.ircpi.kobe-u.ac.jp II) 左メニューの [ 接続 ]-[SSH]-[ 認証 ] を選択 III) DL した秘密鍵を指定 IV) 開くでログイン画面へ 10

11 PuTTY 2. 仮の鍵ペアでログインログイン画面注 ) 初回のみセキュリティの警告が出るのではいをクリック V) 各自のログインIDを入力 VI) 配布した初期パスフレーズを入力注 ) 入力文字は画面に表示されない次にの登録を行う 11

12 PuTTY 3. を登録 authorized_keys の編集 ~/.ssh/authorized_keys をエディタ (vi, emacs 等 ) で開く二行目にを追記しファイルを保存 (PuTTYgen からコピー & ペースト ) π-computer 仮の公開鍵 4. 別にターミナル (PuTTY) を開き自身の秘密鍵パスフレーズでログインできることを確認コピペ注 ) 2. を参考にし仮の鍵パスではなく自身の鍵パスでログイン 5. 確認後仮の公開鍵を削除 12

13 PuTTY 4. X11 フォワーディングの設定再度設定画面を開く (PuTTY を起動 ) 接続 SSH X11 X11 フォワーディングを有効にする (E) にチェックを入れる * サーバー上で直接出力データのプロットを確認するための設定 13

14 Cygwin / MobaXterm 1. 自身の鍵ペアの作成鍵ペアの作成コマンド $ ssh-keygen 各自のパソコン自身の秘密鍵 1. 作成 π-computer 鍵の保存先を聞かれるが何も入力しなければデフォルトで以下に作成される秘密鍵 : ~/.ssh/id_rsa 公開鍵 : ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp ~/.ssh/id_rsa.pub 設定するパスフレーズを聞かれるので自身で決めたパスフレーズを入力する次に公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン仮の公開鍵登録済み 14

15 Cygwin / MobaXterm 2. 仮の鍵ペアでログイン指定の場所より仮の鍵を DL 保存先 : ~/.ssh/id_rsa_tmp DL した仮の秘密鍵のアクセス権限を 600 に設定 $ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa_tmp SSH コマンドでログイン $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa_tmp ログイン ID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp -i オプションで秘密鍵を指定初回のみ警告が出るので yes と入力各自のパソコン自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp ~/.ssh/id_rsa.pub 2. ログインパスフレーズを聞かれるので配布した初期パスフレーズを入力次にの登録を行う π-computer 仮の公開鍵登録済み配布した各自のログイン ID 15

16 Cygwin / MobaXterm 3. を登録 authorized_keys の編集 (π-computer 内で ) ~/.ssh/authorized_keys をエディタ (vi, emacs 等 ) で開く π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵を追記コピー & ペースト各自のパソコン自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp 各自の PC 3. 登録 ( コピー ) ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa.pub の中身 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵登録済み二行目にを追記しファイルを保存 ( 各自の PC の ~/.ssh/id_rsa.pub の中身をコピー & ペースト ) 16

17 Cygwin / MobaXterm 4. 自身の鍵ペアでログイン SSH コマンドでログイン $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa ログイン ID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp 自身の鍵パスフレーズでログインできることを確認する 5. 仮の鍵ペアを削除 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵を削除各自のパソコン自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp 4. ログイン ~/.ssh/id_rsa.pub 5. 削除 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵登録済み確認後仮の鍵ペアを削除各自の PC $ rm ~/.ssh/id_rsa_tmp 17

東大センターにおけるスーパーコンピューター利用入門

東大センターにおけるスーパーコンピューター利用入門 SR11000 システムへのログイン方法の変更について ( 再掲 ) システム運用係 1. 概要 2009 年 4 月以降, これまでとは異なり, ログイン自体にはパスワードを使用せず SSH 鍵による認証を行いますまた,SSHはVersion2 のみを有効としますそのため, 初回ログイン時にのみ鍵の生成とシステムへの登録作業が必要となりますおおまかな流れは次のようになります (1) Windows