Microsoft PowerPoint - R-stat-intro_02.ppt [互換モード]

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1 Rで 統 計 解 析 入 門 (2) データの 読 み 込 み

2 本 日 のメニュー 1. パッケージについて 2. 作 業 ディレクトリについて 3. 種 々のデータの 読 み 込 み 4. データの 抽 出 2

3 パッケージとは R は 関 数 とデータを 機 能 別 に 分 類 して パッケージ という 形 で 用 意 どのようなパッケージがあるのかは 関 数 library() を 実 行 すると 表 示 パッケージ 名 解 説 boot ブートストラップに 関 するパッケージ foreign R 以 外 のデータファイルを 読 み 込 むためのパッケージ lattice ラティス グラフィックス 関 数 パッケージ nlme 線 形 & 非 線 形 混 合 効 果 モデル 用 のパッケージ nnet ニューラル ネットワーク 用 のパッケージ rpart CART に 関 するパッケージ splines スプライン 回 帰 用 のパッケージ survival 生 存 時 間 解 析 用 のパッケージ 3

4 パッケージの 呼 び 出 し コマンドでパッケージ foreign を 呼 び 出 す 場 合 : メニューからパッケージ foreign を 呼 び 出 す 場 合 : 4 1 メニュー パッケージ から パッケージの 読 み 込 み を 選 択 2 読 み 込 むパッケージ 名 を 選 択 して [OK] を 選 択

5 追 加 パッケージのインストール コマンドでパッケージ xlsx をインストールする: メニューからパッケージ xlsx をインストールする: l 1 メニュー パッケージ から パッケージのインストール を 選 択 2 Japan(Tsukuba) [OK] をクリック 3 インストールするパッケージを 選 択 して [OK] をクリック 5

6 本 日 のメニュー 1. パッケージについて 2. 作 業 ディレクトリについて 3. 種 々のデータの 読 み 込 み 4. データの 抽 出 6

7 作 業 ディレクトリの 変 更 と 確 認 Windows 版 R の 場 合 は, ファイル ディレクトリの 変 更... を 選 択 した 後,フォルダ work を 選 択 してください 7

8 本 日 のメニュー 1. パッケージについて 2. 作 業 ディレクトリについて 3. 種 々のデータの 読 み 込 み 4. データの 抽 出 8

9 データの 型 R には データの 型 という 概 念 があり, 数 値 文 字 日 付 因 子 (カテゴリ) などを 区 別 する 日 付 の 処 理 例 は 次 頁 外 部 ファイルを R に 読 み 込 むと 数 値 は 数 値 型, 9 文 字 は 因 子 型 (カテゴリ) に 自 動 変 換 される 文 字 を 文 字 型 としたい 場 合 は 要 変 換!

10 日 付 データのハンドリング 例 命 令 機 能 %A,%a%a %B,%b %d %m %Y,%y% 10

11 データフレームとは 統 計 解 析 を 行 うデータの 形 式 は 様 々 ( R 上 で)データを 手 で 入 力 して テキストファイル,EXCEL,ACCESS,SAS などの 形 式 R でデータ 解 析 を 行 う 際 は,データフレームという 形 式 にデータを 変 換 することが 多 い( 見 た 目 は 行 列 ) EXCEL:シート ACCESS:テーブル SAS:データセット 11

12 データフレームとは 数 値 や 文 字, 因 子 (カテゴリ)や データフレーム demo 日 付 などの 異 なる 型 のデータを まとめてもつ 変 数 外 見 は 行 列 と 同 じ 各 列 の 値 の 型 はバラバラでも 良 い データフレームの 各 行 各 列 はラベル を 必 ず 持 ち,ラベルによる 操 作 が 可 能 データは C:/ にあることを 仮 定 する 前 もって setwd("c:/") を 実 行 12 ID AGE GEND ER DATE /01/ /02/ /03/ /04/ /05/ /06/06 GENDER:1 が 男 性,2 が 女 性

13 データフレームの 作 成 方 法 1. R でベクトルデータを 作 成 した 後,データフレームを 作 成 ( 手 入 力 ) ID 年 齢 性 別 検 査 日 などのデータをベクトルで 用 意 した 後, 関 数 data.frame() で1つのデータフレームに 変 換 2. ファイルからデータを 読 み 込 んで,データフレームを 作 成 テキストファイルから 読 み 込 み 関 数 read.table() や 関 数 read.csv() EXCEL ファイルから 読 み 込 み CSV ファイルに 変 換 した 後, 関 数 read.csv() パッケージ xlsx の 関 数 read.xlsx() EXCEL のセルを 直 接 コピー cf. パッケージ RODBC の 関 数 odbcconnectxxxxx() でファイルに アクセスした 後, 関 数 sql.query() でデータを 読 み 込 む 13

14 データの 型 手 入 力 でデータフレームを 作 成 する 場 合 は, 以 下 の 書 式 に 従 う 以 下 に 例 を 挙 げる 14

15 データフレームの 作 成 方 法 1. R でベクトルデータを 作 成 した 後,データフレームを 作 成 ( 手 入 力 ) ID 年 齢 性 別 検 査 日 などのデータをベクトルで 用 意 した 後, 関 数 data.frame() で1つのデータフレームに 変 換 2. ファイルからデータを 読 み 込 んで,データフレームを 作 成 テキストファイルから 読 み 込 み 関 数 read.table() や 関 数 read.csv() EXCEL ファイルから 読 み 込 み CSV ファイルに 変 換 した 後, 関 数 read.csv() パッケージ xlsx の 関 数 read.xlsx() EXCEL のセルを 直 接 コピー cf. パッケージ RODBC の 関 数 odbcconnectxxxxx() でファイルに アクセスした 後, 関 数 sql.query() でデータを 読 み 込 む 15

16 データフレームの 作 成 (.txt ) 1. 列 名 がなく,データ 間 がスペースで 区 切 られている 場 合 R が 勝 手 に 列 名 を 決 める demo1.txt 16

17 データフレームの 作 成 (.txt ) 2. 列 名 があり,データ 間 がスペースで 区 切 られている 場 合 demo2.txt 17

18 データフレームの 作 成 (.txt ) 3. 1 行 目 にコメント,2 行 目 に 列 名 があり,データ 間 がスペースで 区 切 られている 場 合 1 行 目 を 読 み 飛 ばす demo3.txt 18

19 データフレームの 作 成 (.txt ) 4. 列 名 があり,データ 間 がコンマで 区 切 られている 場 合 demo4.txt 19

20 データフレームの 作 成 (.xls/xlsx ) EXCEL ファイル(.xls/.xlsx)を R に 読 み 込 ませる 場 合 :.csv ファイルに 変 換 して 読 み 込 ませる EXCEL EL ファイルをそのまま 読 み 込 ませる パッケージ xlsx s.csv ファイルに 変 換 して 読 み 込 ませる 場 合, 前 もって 関 数 read.csv() で 読 み 込 める 形 式 にすること( 前 節 の demo4.txt の 状 態 ) 1. まず,EXCEL E EL ファイルを 開 き,メニューの [ファイル] の [ 開 く] から,[ 名 前 をつけて 保 存 ] を 選 択 する 2. 保 存 する 名 前 をつけた 後, 次 に [ファイルの 種 類 ] から [CSV カンマ 区 切 り] を 選 択 して 保 存 する 20

21 データフレームの 作 成 (.xls/xlsx ) EXCEL を 別 名 で 保 存 (.csv ファイルとして 保 存 ) 21 別 名 で 保 存 CSV(カンマ 区 切 り)で 保 存

22 データフレームの 作 成 (.txt ) 4'. 列 名 があり,データ 間 がコンマで 区 切 られている 場 合 demo4.csv 22

23 データフレームの 作 成 (.txt ) 5. 列 名 がなく,データ 間 がコンマで 区 切 られている 場 合 先 に 列 名 を 表 す 変 数 を 作 成 した 後, 関 数 read.csv() で 読 み 込 み demo5.csv 23

24 データフレームの 作 成 (.xlsx ) パッケージ xlsx の 関 数 read.xlsx() で EXCEL ファイルを 読 み 込 む c:/mydata.xlsx 24

25 データフレームの 作 成 (.xlsx ) パッケージ XLConnect の 関 数 loadworkbook() 等 で EXCEL ファイルを 読 み 込 む PC に EXCEL がインストールされてなくても 使 用 可! c:/mydata.xlsx 25

26 EXCEL のセルをコピーして 作 成 EXCEL のセルをコピーして,そのまま R に 貼 り 付 けることも 出 来 る コピー Mac OS X の 場 合 Windowsの 場 合 26

27 データフレームの 閲 覧 データフレームの 中 身 を 確 認 したいときは R のコンソール 画 面 で R 標 準 のデータエディタで(データを 見 ながらの 作 業 不 可 ) relimp パッケージのテキストウインドウで 27 コンソール 上 データエディタ テキストウインドウ

28 参 考 データファイルの 読 み 込 み Windows 版 R では, 関 数 file.choose() を 使 用 すると,ファイル 名 を 指 定 するダイアログが 表 示 される 直 接 ファイル 名 を 指 定 せずに マウスでファイルを 指 定 する ことが 出 来 るようになる! 28

29 参 考 データフレームの 作 成 (RODBC) パッケージ RODBC の 中 の 関 数 odbcconnectxxxxx でファイルに アクセスした 後, 関 数 sql.queryでデータを 読 み 込 むことが 出 来 る 他 にも ORACLE のデータベースや,その 他 のデータ 形 式 ファイル (DBASE,MySQL,PostgreSQL)からデータを 読 み 込 むことも 可 29

30 参 考 SAS データの 読 み 込 み パッケージ sas7bdat の 中 の 関 数 read.sas7bdat で SAS データを 読 み 込 むことが 出 来 る 30

31 おまけ Windows 版 R の 場 合 Rprofile.site ( 拡 張 子 は.site です) data zip をダウロードして 解 凍 し,[C: Program Files R R etc] にある 同 名 ファイルに 上 書 き メニュー 画 面 からデータが 読 み 込 める! その 後, 以 下 を 実 行 して 使 用 するパッケージをインストールする 31

32 おまけ EXCEL のセルをコピーして 作 成 EXCEL のセルをコピーして,そのまま R に 貼 り 付 けることも 出 来 る コピー EXCEL のセルをコピーした 後,メニュー コピー から EXCEL からデータコピー( ) を 選 択 変 数 名 をコピーした 場 合 は ( 変 数 名 あり) の 方 を 選 択 変 数 tmp にデータが 読 み 込 まれる 32

33 本 日 のメニュー 1. パッケージについて 2. 作 業 ディレクトリについて 3. 種 々のデータの 読 み 込 み 4. データの 抽 出 33

34 使 用 するデータ C:/demo4.txt を 変 数 x に 格 納 する(データフレーム x が 出 来 上 がる) CSV ファイルの 読 み 込 み 方 法 を 参 照 demo4.txt 34

35 データフレームの 中 身 を 見 る 場 合 データフレーム x の 中 身 を 見 る 場 合 変 数 名 を 入 力, 又 は 関 数 head(データフレーム 名, n=xx) を 使 用 する 35

36 データフレームの 中 身 を 見 る 場 合 パッケージ relimp の 中 の 関 数 showdataでも 可 36

37 データフレームの 中 身 を 見 る 場 合 1. メニュー コピー データを 表 示 を 選 択 する 2. データ 名 というメッセージが 出 るので, 表 示 したい データ 名 を 入 力 する データが 表 示 される 37

38 1 つの 変 数 を 取 り 出 す 場 合 データフレーム x の 変 数 AGE を 取 り 出 す 場 合 $ 又 は 関 数 subset(データフレーム 名, select= 変 数 名 ) を 使 用 する 38

39 2 つの 変 数 を 取 り 出 す 場 合 データフレーム x の 変 数 ID と 変 数 AGE を 取 り 出 す 場 合 関 数 subset(データフレーム 名, select= 変 数 のリスト) を 使 用 する 39

40 ある 条 件 に 合 致 したレコードを 取 り 出 す 場 合 データフレーム x について,GENDER が 1 であるレコードの 変 数 ID と 変 数 AGE を 取 り 出 す 場 合 関 数 subset(データフレーム 名, 条 件 式, 変 数 のリスト) を 使 用 する 等 しい 時 は == と = を 重 ねる 比 較 のための 演 算 子 記 号 意 味 等 しい > < 40

41 ある 条 件 に 合 致 したレコードを 取 り 出 す 場 合 データフレーム x について,AGE が 65 歳 以 上 であるレコードの 変 数 ID と 変 数 GENDER を 取 り 出 す 場 合 関 数 subset(データフレーム 名, 条 件 式, 変 数 のリスト) を 使 用 する ( 条 件 式 の 表 は 前 頁 参 照 ) 41

42 ある 条 件 に 合 致 したレコードを 取 り 出 す 場 合 比 較 演 算 子 記 号 意 味 等 しい > < 42

43 複 数 の 条 件 に 合 致 したレコードを 取 り 出 す 場 合 複 数 の 条 件 を 重 ねるときの 演 算 子 記 号 意 味 否 定 かつ または 43

44 参 考 データへのアクセス 方 法 データフレーム x に 対 する 命 令 機 能 x$ 列 名,x[ 列 名 ],x[[" 列 名 "]] 指 定 した 列 データを 表 示 x[2], x[[2]] 2 番 目 の 列 データを 表 示 x[3, 2], x[[3, 2]] 3 行 2 列 目 のデータを 表 示 x[[3," 列 名 "]], x[[3," 列 名 "]] 指 定 した 列 の 3 行 目 のデータを 表 示 x[c(1, 2)] 1 列 目 と 2 列 目 のデータを 表 示 x[c(3, 4), ] x[,c(t,f,t)] T)] x[gender==2, ] x[,gender==2 & AGE>60 ] 3 行 目 と 4 行 目 のデータを 表 示 論 理 ベクトル c(t,f,t), が TRUE となっている 列 を 表 示 性 別 が 2( 女 性 )である 行 を 表 示 性 別 が 2( 女 性 )かつ 年 齢 が 60 歳 より 大 きい 行 を 表 示 subset(x, gender==2 & age>60) x[,gender==2 & AGE>60 ] と 同 様 の 機 能 44

45 参 考 データへのアクセス 方 法 データフレーム x に 対 する 命 令 head(xn=a) tail(xn=b) na.omit(x) 機 能 先 頭 から a 行 だけ 抽 出 する 末 尾 から b 行 だけ 抽 出 する NA を 含 む 行 を 削 除 する transform(xy=ベクトル) データフレーム x に 新 たな 列 y を 追 加 する subset(x 条 件 式 ) subset(x 条 件 式 ベクトル) reshape(x,...) apply(x[, 範 囲 ], 1, 関 数 ) 条 件 式 に 合 う 行 のみを 抽 出 する ベクトルで 指 定 した 列 に 対 し, 条 件 式 に 合 う 行 のみを 抽 出 する データフレーム x を 横 展 開 / 縦 展 開 する データフレーム x の 指 定 した 範 囲 について, 各 行 ごとに 関 数 を 適 用 する ( 各 列 ごと: apply(x[, 範 囲 ], 2, 関 数 ) とする) 45

46 参 考 データへのアクセス 方 法 データフレーム x に 対 する 命 令 ncolx nrowx namesx rbindxy cbindxy data.framexy mergexy 機 能 x の 列 数 ( 変 数 の 数 )を 求 める x の 行 数 (データ 数 )を 求 める x の 列 名 を 表 示 する x と y を 縦 に 並 べて 結 合 する x と y を 横 に 並 べて 結 合 する x と y を 横 に 並 べて 結 合 する x と y をくっつける(マージする) all=t を 指 定 するとデータを 全 て 残 す all=t を 指 定 しなければデータの 共 通 部 分 が 結 果 として 返 される たまに 関 数 attach() や detach() を 使 用 している 資 料 が 見 受 けられるが 使 わない 方 が 良 いです( 実 際 にデータ 解 析 を 行 う 場 合 ではまず 使 わないです) 46

47 本 日 のメニュー 1. パッケージについて 2. 作 業 ディレクトリについて 3. 種 々のデータの 読 み 込 み 4. データの 抽 出 47

48 Rで 統 計 解 析 入 門 終

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