C 版 2008/06/28 初版 2008/04/30 杉本昌弘 (msugi@sfc.keio.ac.jp) メタボローム解析ソフトウェアインストールガイド (MasterHands / JDAMP / dotmz) 先端生命研究所 慶應義塾大学 1
目次 1 はじめに... 2 1.1 本書の対象とするソフトウェア... 2 1.2 本書の構成... 2 2 インストール前に... 3 2.1 CPU の bit 数の確認方法... 3 2.2 必要なライブラリの確認方法... 3 3 インストール... 4 3.1 インストール手順... 4 3.2 JAVA インストール... 5 3.3 Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール... 7 3.4 VC++2005 SP1 ライブラリのインストール... 9 4 dotmz のインストール... 10 4.1 はじめに... 10 4.1.1 AnalystQS インストール後の確認... 11 4.2 dotmz のインストール... 15 5 JDAMP のインストール... 16 6 MasterHands のインストール... 18 i
1 はじめに 1.2 本書の構成 1 はじめに 1.1 本書の対象とするソフトウェア本書では 慶応義塾大学先端生命研究所にて開発を行っている 以下の 3 つのメタボロームデータ解析ソフトのインストールソフトを記載します dotmz Analyst QS for Agilent TOF(CE:Agilent 社製 G1600AX, TOF-MS:Agilent 社製 LC/MS-TOF 6210 以下 AnalystQS と記述します ) の wiff ファイル csv ファイル および ChemStation の MS ファイルを入力し JDAMP と MasterHands で処理することが可能な ciff 輪いる形式に変換を行うソフトウェアです JDAMP (Java application for Differential Analysis of Metabolite Profiles) CE-MS で計測した複数のデータ間の差 ( ディフェレンス ) を検出し 表示するソフトウェアです 検出した差をグラフィカルなビューや CSV の形式で出力します 質量の精度を 1m/z まで落として計算するため 精度は若干悪くなりますが 素早く結果します MasterHands (Metabolome Analysis and Screening Tool for Easy and Rapid HANDling of Sample data) CE-MS で計測したデータを積分し 計測ごとにずれる移動時間の補正 ピークのタグ付け (isotope や ringing ピークの検出 ) 濃度計算 アノテーション ( ピークの物質特定 ) を行うソフトウェアです 各解析段階の結果 ( 例えば濃度計算した一覧など ) は csv 形式での出力となり 各画像 ( クロマトやマススペクトル ) は GUI での表示か HTML 形式で出力を行います 1.2 本書の構成このインストールマニュアルでは dotmz JDAMP および MasterHands のインストール 及びアンイントールの方法を紹介します 各ソフトの詳しい操作説明は dotmz ユーザーズガイド JDAMP ユーザーズガイド 又は MasterHands ユーザーズガイドをご覧ください 2
2 インストール前に dotmz JDAMP 及び MasterHands のインストールの前に パソコンの CPU 及び必要なライブラリがインストールされているかを本章の手順でご確認ください 2.1 CPU の bit 数の確認方法 1.[ スタートメニュー ]->[ マイコンピュータ ] を右クリックして プロパティ を表示させます 2. 全般 のタグから システムの情報を確認します ( 下図参照 ) 64bit の CPU の場合は x64 Edition と表示されています 表示がない場合は 32bitCPU となります 図 2-1 システムのプロパティ画面 ( 左 :32bit 右 64bit) 2.2 必要なライブラリの確認方法 1.[ スタートメニュー ]->[ コントロールパネル ] から プログラムの追加と削除 を起動します 2. 現在インストールされているプログラム一覧から 以下の 3 つを確認します Microsoft.Net Framework のバージョン (3.5 が必要です ) J2SE Development Kit 又は J2SE Runtime Environment のバージョンを確認します (6 が必要です ) Microsoft Visual C++ 2005 Redistributable 図 2-2 ライブラリのバージョン確認 3
3 インストール 3.1 インストール手順インストールの手順は下記のような流れになっております なお Windows Update が行われていない場合 本書で記載するライブラリのインストールが依存している古いバージョンのインストールが必要になる可能性があります JRE または J2SE のバージョンが 6.0 以上 Yes No(3.2 参照 P5) Java のインストール Microsoft.Net Framework のバージョンが 3.5 の以上 Yes No(3.3 参照 P7) Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール Microsoft Visual C++ 2005 Redistributable がインストールされている Yes No(3.4 参照 P9) Microsoft Visual C++ 2005 のインストール 分析を行うデータが Ciff ファイルに変換されている ( ファイルの拡張子.ciff となっている ) Yes No AnalystQS,G3300AATOF のインストール (4.1 参照 P10) dotm/z のインストール (4.2 参照 P15) JDAMP のインストール (5 章参照 P16) MasterHands のインストール (6 章参照 P18) 4
3.2 JAVA インストール以下の URL にアクセスします http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html (2008/05/01 時点で確認済 ) 上記サイトがリンク切れの場合 google で java download と検索してください Java Runtime Environment (JRE) 6.0 Update * をダウンロードします (* は 1 以上の数値でどの番号でも動作可能です ) 図 3-1 Java のダウンロード画面 Platform で使用する PC が 32bit の場合 Windows 64bit の場合 Windows x64 を選択します また Language は Multi-language を選択し I agree to the にチェックを入れたあと Continue を押します 図 3-2 プラットフォーム 言語の選択 Windows Offline Installation( ファイルサイズが大きい方 ) をクリックし インストーラを任意の場所 ( デスクトップなど ) にダウンロードします 図 3-3 Java のダウンロード画面 5
ダウンロードした JRE のアイコンをダブルクリックしインストーラを起動します 図 3-4 JRE のアイコン Java インストーラ画面中の 次へ ボタンをクリックします 図 3-5 カスタムセットアップ画面 再度 次へ ボタンをクリックすると Java がインストールされます 図 3-6 カスタムセットアップ画面 インストール終了後 Readme ファイルを表示 チェックボックスをはずし 完了 ボタン をクリックします 図 3-7 インストール完了画面 6
3.3 Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール 1. 下記サイトにアクセスします Microsoft.NET Framerork 3.5 http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=333325fd-ae52-4e35-b53 1-508d977d32a6&displaylang=ja (2008/05/01 時点で確認済 ) 上記のリンク先が切れている場合 Windows Update の画面で.Net Framework 3.5 を検索してください 検索結果で ダウンロードの詳細 :.NET Framework 3.5 と表示されるものが該当するものです 2. ダウンロードボタンを押して Microsoft.NET Framework 3.5 をダウンロードします 図 3-8 ダウンロード画面 3. 保存ボタンを押して 任意のディレクトリ ( デスクトップなど ) に保存します 図 3-9.Net Framework 3.5 インストーラの保存画面 4. 保存したファイルをダブルクリックして起動します 図 3-10.Net Framework 3.5 インストーラの起動 7
5. 実行ボタンを押して インストールを開始します 図 3-11.Net Framework インストーラ開始画面 6. ライセンスの確認で同意するにチェックを入れ インストールを押します 図 3-12.Net Framework インストール画面 (1) 7. インストール終了後に以下の画面が表示されるので 終了ボタン を押し 終了します 図 3-13.Net Framework インストール画面 (2) 8
3.4 VC++2005 SP1 ライブラリのインストール 1. 下記サイトにアクセスします 32bitCPU 用 Microsoft Visual C++ 2005 SP1 再頒布可能パッケージ (x86) http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=200b2fd9-ae1a-4a14-9 84D-389C36F85647&displaylang=ja 64bitCPU 用 Microsoft Visual C++ 2005 SP1 再頒布可能パッケージ (x64) http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=eb4ebe2d-33c0-4a47-9d d4-b9a6d7bd44da&displaylang=ja ( 補足 )Windows update の画面で上記キーワード (Visual C++ 2005 SP1 など ) を入れて検索すれば ダウンロードの詳細 : Visual C++ 2005 SP1 再頒布可能... と出てきます 検索結果の文章の中に X86 と X64 が記載されているので CPU に合わせて適切な方を選択します 2. ダウンロードボタンを押して インストーラをダウンロードします ダウンロード方法 インストール方法は 3.3 と同じです 9
4 dotmz のインストール 4.1 はじめに 1.dotM/Z を起動する場合 下記のソフト 2 つを インストールする必要があります AnalystQS G3300AA TOF 上記のソフトの入手に関しましては 日本 Agilent 社へお問い合わせください Agilent Tecnologies http://www.chem-agilent.com/ (JDAMP 又は MasterHands を使用する場合 上記のソフトは必要ありません ) AnalystQS はバージョンによって対応する G3300AA TOF Software が異なります 下記の組み合わせでなければ 正常に動作いたしません 各ソフトのバージョンをご確認の上 インストールをお願いいたします AnalystQS 1.1 G3300AA TOF Software B.02.02 AnalystQS for Agilent G3300AA TOF Software A.01.01 10
4.1.1 AnalystQS インストール後の確認 AnalystQS を起動したとき 下記のエラーメッセージがでることがあります その場合は 下記の方法により AnalystQS の設定を変更してください 図 4-1 エラーメッセージ画面 1.AnalystQS を右クリックして 別ユーザーとして実行 を選択します ユーザー名で Administrator を選択 パスワードを入力して OK ボタンを押します 図 4-2 別ユーザー指定画面 11
2.Navigation Bar の Configure から Security Configuration を選択します Navigation Bar が表示されていなければ Tools から Security Configuration を選択することができます 図 4-3 Navigation Bar 画面 12
3. Add User ボタンをクリックします Add New Account 画面が立ち上がるので Accounts からユーザー名を選択して OK ボタンを押します 図 4-4 Security Configuration 画面 (1) 13
4.User Name にユーザー名が記入されたことを確認します さらに Not Member of から Administrator を選択して Add ボタンをクリックします Member of に Administrator が移動したことを確認して OK ボタンをクリックします 図 4-5 Security Configuration 画面 (2) これで User 登録作業は終了しました 一度 AnalystQS を終了してから 再度起動できるかどうかを確認してください 14
4.2 dotmz のインストール dotmz の解凍したディレクトリを インストールするコンピュータの任意の箇所にコピーします ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\dotMZ というディレクトリができるようにしています ) dotmz は Windows XP(SP2)32 ビット版と 64 ビット版上 2000 Server (64bit) Vista(32bit) で動作確認しております 図 4-6 dotmz 解凍後ディレクトリ 15
5 JDAMP のインストール JDAMP のディレクトリを 使用するコンピュータの任意の箇所にコピーします ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\JDAMP というディレクトリができるようにしています ) JDAMP は Windows XP(SP2)32 ビット版と 64 ビット版上 2000 Server (64bit) Vista(32bit) で動作確認しております 下記サイトにアクセスし Download をクリックします ( 下図参照 ) http://software.iab.keio.ac.jp/jdamp/ 図 5-1 JDAMP インストール画面 JDAMP{zip} をクリックしてダウンロードします ( 下図参照 ) 図 5-2 JDAMP Download 画面 (1) 16
保存 をクリックして 保存先 ファイル名を指定して 保存 を再度クリックします 図 5-3 JDAMP Download 画面 (2) 圧縮フォルダを選択して 左クリックまたは 解凍ソフトなどを使って JDAMP の圧縮ファイルを解凍します 解凍後のディレクトリを任意の場所 (C:\ の直下など ) に移動させてください 図 5-4 JDAMP の解凍後ディレクトリ 17
6 MasterHands のインストール 下記サイトにアクセスし Download をクリックします http://software.iab.keio.ac.jp/mh/ 図 6-1 MasterHands の Web 画面 MasterHands の最新バージョンをクリックしてダウンロードします ( 下図参照 ) 図 6-2 MasterHands Download 画面 (1) 18
保存 をクリックして 保存先 ファイル名を指定して 保存 を再度クリックする 図 6-3 MasterHands Download 画面 (2) 圧縮フォルダを選択して 左クリック後 すべて展開 をクリックして MasterHands を解凍する 解凍後のディレクトリを任意の場所 (C:\ の直下など ) に移動させてください ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\MasterHands というディレクトリができるようにしています ) 図 6-4 MasterHands の解凍後ディレクトリ 19
改訂履歴 版 内容 改訂者 A 版 初版作成 阿部しのぶ杉本昌弘 B 版 AnalystQS のセットアップ追記 阿部しのぶ杉本昌弘 C 版 AnalystQS G3300AA のインストール削除 AnalystQS の動作確認追記 阿部しのぶ杉本昌弘 20