User Manual 多 次 元 HPLC データベース Multi-dimensional HPLC Database インデックス:- 1. ウェブサイト 1.1 サイト 構 成 2. HPLC MAP Viewer 2.1 システム 起 動 2.2 画 面 配 置 2.3 グラフ 選 択 2.4 ユーザ 入 力 2.5 実 験 データの 表 示 2.6 マウスクリックについて 2.7 拡 大 縮 小 2.8 コードによる 検 索 2.9 Product の 結 果 表 示 2.10 カラーの 意 味
2.11 表 示 領 域 の 変 更 (グラフ 限 界 点 ) 2.12 ダブルクリック 処 理 2.13 右 クリックによるポップアップメニュー 2.14 簡 易 構 造 表 示 (TreeDraw) 3. 詳 細 ページについて
1. WEB サイトについて 1.1 サイト 構 成 URL http://hplc.glycoanalysis.info/ 図 1. ウェブサイト 本 サイトは 多 次 元 HPLC データベースと 様 々なデータベースとをリンクするために 構 築 されたサイトである メニュー(URL にアクセスすると 図 1 が 表 示 される ヘッダー 下 にメニューを 統 一 ) 多 次 元 HPLC について : 理 論 の 説 明 表 示 アプリ : HPLC MAP Viewer ( 項 目 2を 参 照 )にて 構 成 されており
また 外 部 からリンクされてきた 場 合 には 詳 細 ページ( 項 目 3を 参 照 )を 表 示 させデータ (XML,TXT)の 取 得 HPLC MAP Viewer 起 動 等 のサービスが 提 供 される 全 てのページが 日 本 語 英 語 の 表 記 に 対 応 している 2.HPLC MAP Viewer 2.1 システム 起 動 図 2 HPLC MAP Viewer 起 動 メニューの 表 示 アプリを 開 くと 図 2 のページが 表 示 される 本 システムを 起 動 するための 条 件 が 下 部 に 表 示 されているので その 環 境 が 整 っていることを 確 認 し Start Up と 表 示 されている 画 像 をクリックすると ビューワーが 表 示 される
2.2 画 面 配 置 図 3 基 本 画 面 図 3 は HPLC MAP VIEWER の 基 本 的 な 視 界 です 全 ての 解 析 はこのマッ プ 上 で 可 能 です この 画 面 には 様 々な 処 理 を 提 供 するために テキストフィ ールド チェックボックス ボタン チョイスボックスが 配 置 されています これらの GUI ツールを 使 って 各 処 理 を 行 うことができます 以 下 現 在 矢 印 で 示 されている 領 域 をグラフマップと 記 述 します グラフマップに 表 示 された 青 点 1つ1つがシステムに 登 録 されている 糖 鎖 構 造 を 示 します
2.3 グラフ 選 択 図 4 グラフタイプの 選 択 図 4 の 矢 印 で 示 したチョイスボックスを 変 更 し Sialic Acid を 操 作 することが 可 能 です Sialic Acid チョイスボックスは ALL,0,1,2,3,4 の 6 つから 1 つを 選 択 します ALL がデフォルトとして 設 定 されています Sialic Acid を 変 更 すると 選 択 したシアル 酸 数 に 反 映 してグラフマップに 配 置 されている 青 点 ( 各 糖 鎖 構 造 を 示 す)が 減 少 増 加 します
2.4 ユーザ 入 力 図 5 数 値 の 入 力 システムには 実 験 値 を 入 力 するために テキストフィールドが 用 意 されてい ます システム 上 の ODS, AMIDE がそれにあたります
2.5 実 験 データの 表 示 図 6 数 値 による 表 示 実 験 データを 対 応 したテキストフィールドに 入 れて PLOT DATA ボタンを 押 してください 入 力 された 値 に 対 応 し 様 々な 形 式 でデータ 表 示 が 行 われます テキストフィールドはそれぞれ 並 列 に2つ 一 組 で 配 置 されています ±の 記 号 の 右 側 は ODS, Amide 各 々の ERROR 成 分 を 表 します 表 示 方 法 について 例 : 上 図 ODS(X 軸 )-Amide(Y 軸 )のグラフ 1. ODS(X 値 )のみを 入 力 ODS(X 値 )のポイントに Y 軸 に 平 行 な 緑 線 が 表 示 される
2. Amide(Y 値 )のみを 入 力 Amide(Y 値 ) のポイントに X 軸 に 平 行 な 緑 線 が 表 示 される 3. ODS(X 値 )と Amide(Y 値 )を 入 力 ODS(X 値 )と Amide(Y 値 )のポイントに 緑 十 字 が 表 示 される もし こ のポイントが 既 知 糖 鎖 構 造 と 一 致 する 場 合 は その 構 造 を 選 択 状 態 ( 本 マ ニュアル 2.6)にする 4. ODS(X 値 )と ODS_error を 入 力 ODS(X 値 )のポイントに Y 軸 に 平 行 な 緑 線 が 表 示 される 更 に ODS(X 値 )から(+)ODS_error (-)ODS_error の 位 置 に 範 囲 を 示 す 緑 線 が 表 示 さ れる 5. Amide(Y 値 )と Amide_error を 入 力 Amide(Y 値 )のポイントに X 軸 に 平 行 な 緑 線 が 表 示 される 更 に Amide(Y 値 )から(+)Amide_error (-)Amide_error の 位 置 に 範 囲 を 示 す 緑 線 が 表 示 される 6. ODS(X 値 )と Amide(Y 値 )と Amide_error を 入 力 ODS(X 値 )を 基 準 として Amide(Y 値 )+Amide_error から Amide(Y 値 )- Amide_error まで 緑 線 が 表 示 される 7. ODS(X 値 )と Amide(Y 値 )と ODS_error を 入 力 Amide(Y 値 )を 基 準 として ODS(X 値 )+ODS_error から ODS(X 値 )- ODS_error まで 緑 線 が 表 示 される 8. ODS(X 値 ) Amide(Y 値 ) Amide_error ODS_error を 入 力 ODS(X 値 )±ODS_error と Amide(Y 値 )±Amide_error の4 点 を 利 用 して 緑 四 角 が 表 示 される ( 例 : 上 図 グラフマップ 上 に 配 置 された 四 角 ) ODS(X 値 )-MW(Y 値 ) Amide(X 値 )-MW(Y 値 )のグラフでも 上 記 の1~8のル ールによって 処 理 されます 1~8の 入 力 に 一 致 しない 場 合 の 処 理 は 無 効 となります
2.6 マウスクリックについて 図 7 マウスクリックによる 表 示 グラフマップ 上 でマウスの 左 ボタンをクリックすると そのポイントにある 糖 鎖 構 造 を 選 択 することができます クリックすると 印 が 表 示 されますが 赤 点 : クリックしたポイントの 構 造 が 選 択 された 赤 十 字 : クリックしたポイントに 構 造 が 存 在 しない を 意 味 しています クリックするポイントによっては 2つ 以 上 の 糖 鎖 が 重 複 して 存 在 します その 場 合 図 7 のような 選 択 画 面 が 起 動 しますので 矢 印 で 示 したボタンを 変 更 して 選 択 する 糖 鎖 構 造 を 決 定 してください
グラフマップ 上 に 赤 点 が 存 在 する 場 合 右 側 の 構 造 表 示 パネル( 本 マニュア ル 2.14)に 現 在 選 択 している 糖 鎖 構 造 が 表 示 されます 2.7 拡 大 縮 小 図 8 拡 大 縮 小 グラフを 拡 大 縮 小 するには ZOOM++ ZOOM-- ボタンをクリ ックします 拡 大 縮 小 処 理 は 常 にグラフの 中 心 点 を 基 準 に 処 理 されます 例 : 図 8 の 赤 点 はユーザが 選 択 したポイントです ZOOMボタンをクリックするとXは14.0 Yは10.0のポイントを 中 心 として 拡 大 ( 縮 小 )されます
選 択 したポイントを 中 心 に 拡 大 するためには センターボタン( : 選 択 ポイントを 中 心 に 移 動 )をクリックして 中 心 点 を 変 更 後 ZOOM++ボタン (ZOOM--ボタン)を 押 してください 拡 大 の 限 界 は8 倍 縮 小 の 限 界 は1 倍 に 設 定 されています 2.8 コードによる 検 索 図 9 コードナンバーによる 検 索 Code No. Search ボタンはコード 番 号 によって 糖 鎖 構 造 を 検 索 するために 利 用 します このボタンをクリックすると 図 9 のように Code No. 入 力 用 のダ イアログが 表 示 されます ダイアログに 検 索 したい Code No. を 入 力 して Submit ボタンをクリックしてください
入 力 された Code No.に 対 応 したデータが 存 在 する 場 合 はその 糖 鎖 が 選 択 状 態 ( 赤 点 で 表 示 )となります 検 索 処 理 は 大 文 字 小 文 字 に 関 係 なく 検 索 されます 上 図 のように ダイアログが 表 示 されている 場 合 は Code No. Search ボタンは クリックできないようになります 2.9 Product の 結 果 表 示 図 10 Product 処 理
Product 処 理 とは 消 化 酵 素 による 通 常 消 化 です Show Product のボタンをクリックすると 消 化 酵 素 チェックボックスにて 選 択 されている 酵 素 での Product 処 理 の 結 果 が 図 10 のように 表 示 されます 結 果 はボタンの 下 部 に 配 置 されているカラーに 対 応 した 矢 印 となります Product 処 理 : 消 化 酵 素 チョイスボックスには ALL 項 目 が 配 置 されています ALL を 選 択 し Product ボタンをクリックすると 現 在 登 録 されている 消 化 酵 素 に 対 応 する 全 ての 矢 印 が 描 かれます ALL の 場 合 でも 登 録 されていない 糖 鎖 構 造 の 表 示 非 表 示 確 認 ダイアログが 表 示 されることがあります
2.10 カラーの 意 味 図 11 消 化 酵 素 とカラー 消 化 酵 素 によって 表 示 される 矢 印 のカラーは 変 化 します カラーと 消 化 酵 素 の 関 係 を 以 下 に 示 します Red α-galactosidase Green α-fucsidase Magenta β-galactosidase Black β-hexnacase Orange β-xylosidase Cyan α-sialidase
2.11 表 示 領 域 の 変 更 (グラフ 限 界 点 ) 図 12 マップの 座 標 制 御 図 12 のボタンはグラフを 移 動 するために 利 用 します グラフの 中 心 点 を 各 矢 印 ボタンによって 変 更 し 再 表 示 します センターボタン( )は 選 択 したポイントをグラフの 中 心 に 移 動 させるため のものです 初 期 状 態 でセンターボタンは 利 用 できませんが グラフマップ 上 に 赤 点 赤 十 字 が 存 在 する 場 合 そのポイントを 中 心 に 変 更 することができます マウスクリックによって 赤 十 字 赤 点 を 表 示 した 後 センターボタンをクリ ックしてください グラフマップの 移 動 範 囲 には 上 限 が 設 定 されています ある 一 定 のポイント まで 移 動 した 場 合 それ 以 上 の 移 動 が 制 限 されます
2.12 ダブルクリック 処 理 ポイントに 対 応 した 糖 鎖 構 造 の 詳 細 情 報 HTML を 開 くためには グラフマッ プに 配 置 されている 各 糖 鎖 を 示 すポイントをダブルクリックしてください 新 規 のブラウザが 起 動 し その 糖 鎖 に 関 するより 詳 しい 情 報 が Link として 表 示 さ れます 注 意 : 選 択 したポイントに 糖 鎖 の 重 複 があればダブルクリックして 詳 細 ペ ージを 開 くことができません 重 複 している 場 合 は 起 動 される Dialog で HTML Link ボタンをクリックするか ポイント 上 で 本 マニュアル 2.13 に 記 述 するように ポップアップメニューから HTML Link をクリックしてください 詳 細 ページについては 本 マニュアル 3 にて 説 明 します
2.13 マウス 右 クリックによるポップアップメニュー 図 13 ポップアップメニュー グラフ 表 示 領 域 でマウスを 右 クリックするとポップアップメニューが 表 示 さ れます メニューバーには 3 つの 項 目 があり ZOOM については 本 マニュアル 2.7 に て 説 明 した 動 作 をマウスにより 実 現 できます HTML Link についても 本 マニュアル 2.12 にて 説 明 したダブルクリックと ほぼ 同 様 の 動 作 をします ダブルクリックとの 相 違 点 は マップ 上 のポイントが 重 複 したポイントであ っても そのポイントに 対 応 した 詳 細 情 報 HTML を Link として 全 て 表 示 する ことです
2.14 簡 易 構 造 表 示 (TreeDraw) 図 14 Tree Viewer グラフマップ 上 の 右 側 には 常 に 図 14 のような 簡 易 糖 鎖 構 造 表 示 パネルが 配 置 されています 本 マニュアル 2.5 2.6 によって 1 つの 糖 鎖 構 造 ポイントが 選 択 された 場 合 選 択 された 構 造 式 がパネル 上 に 表 示 されます
3. 詳 細 ページ 図 15 詳 細 ページ HPLC MAP Viewer のグラフマップ 上 でダブルクリック もしくは HTML Link ボタンをクリックすると 図 15 のような 新 たなブラウザが 開 き 詳 細 ペ ージが 表 示 されます ( 他 のデータベースからリンクして 場 合 も このページが 表 示 されます)
ここではデータベースに 登 録 されている 情 報 を 表 示 する 他 に Data access の 項 目 にて To Viewer : データを HPLC MAP Viewer で 座 標 を 指 定 して 起 動 To XML : データを XML 形 式 で 所 得 To TEXT : データを TEXT 形 式 で 取 得 の 機 能 が 提 供 されています また JCGGDB にて 対 応 する ID があれば JCGGDB の 項 目 が 増 え データベースに 直 接 リンクすることが 可 能 です ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- supervised by : Department of Structural Biology and Biomolecular Engineering, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Nagoya City University Noriko Takahashi Koichi Kato ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Version 1.0.0