OECD QSAR Toolbox活用マニュアルv1.0

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なごみまるこ
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1 OECD QSAR Toolbox 活用マニュアル ~ データのインポートと構造検索 ~ Ver.1.0 平成 26 年 9 月独立行政法人製品評価技術基盤機構免責事項本マニュアルを使用したことにより直接的間接的に発生した損害損失についてはいかなる責任も負いかねます

2 改訂履歴 Version 日付改訂内容 Ver.1.0 平成 26 年 9 月初版このマニュアルは OECD QSAR Toolbox 3.2 における操作について解説したものです他のバージョンでは同じ操作が行えない可能性があります 1

3 目次 1 データのインポートインポートするデータ表の作成 QSAR Toolboxへのインポート物質検索 - 指定した分子構造を含む物質を検索使用する DB の選択検索する構造の入力データの収集物質検索 - 類似の分子構造を持つ物質を検索使用する DB の選択検索する分子構造の入力類似物質の検索とデータの収集詳細データの確認

4 1 データのインポート 1.1 インポートするデータ表の作成 Microsoft Excel 等で表を作成します 1 行目にタイトル 2 行目以降にデータという形式の表にします今回は nite_newchemical_bcf_h16-19.xlsx というファイルから上部 4 行を削除し下図のような表を作成しますファイルを保存して閉じます 3

5 1.2 QSAR Toolbox へのインポート QSAR Toolbox を起動します Endpoint を選択します 2. Import を選択します 4

6 File import step 1 of 3 というウィンドウが表示されます 3 3. Open file を選択しますファイル選択ウィンドウが開きます ( ファイル選択ウィンドウは OS の種類バージョンによって見た目が異なる場合があります ) で作成したファイルを選択します 5. " 開く " を選択します 5

7 1 ファイル選択ウィンドウに 1.1 で作成したファイルが表示されない場合ファイルの種類を "Excel Files (*.xlsx)" 又は "All Files (*.*)" に変更します 1.1 で作成したファイルが表示されました 6

8 2 次のアラートが表示された場合 1.1 で作成したファイルがすでに他のソフトで開かれています該当するファイルを閉じて Open file からやり直してください 7

ファイルが正常に読み込まれると次のような画面が表示されます 6 7 8 6. Import to の項目に New file を選択します 7.

9 ファイルが正常に読み込まれると次のような画面が表示されます Import to の項目に New file を選択します 7. Database title にデータベース名を入力します今回は濃縮度試験の試験結果 ( 平成 16~19 年度判定分 ) と入力します 8. Next > を選択します 8

File import step 2 of 3 というウィンドウが表示されます 10 9 11 12 13 9. 読み込んだデータの CASの入力されている列を選択します 10. Define new region から CAS を選択します 11.

10 File import step 2 of 3 というウィンドウが表示されます読み込んだデータの CASの入力されている列を選択します 10. Define new region から CAS を選択します 11. 官報公示名称の列を選択し Define new region から Chemical name を選択します 12. SMILES の列を選択し Define new region から SMILES を選択します 13. Next > を選択します 9

File import step 3 of 3 というウィンドウが表示されます 15 14 14.

11 File import step 3 of 3 というウィンドウが表示されます BCF の値が入力されている値のセルを選択します 15. Set parameter metadata を選択します 10

Set parameter metadata というウィンドウが表示されます 16 17 18 19 20 16. Scale Data の Unit の欄からインポートする値の単位を選択します今回は L/kg wet を選択します最初の数文字を入力すると候補が表示され選択しやすくなります 17.

12 Set parameter metadata というウィンドウが表示されます Scale Data の Unit の欄からインポートする値の単位を選択します今回は L/kg wet を選択します最初の数文字を入力すると候補が表示され選択しやすくなります 17. Endpoint の欄からインポートするデータのエンドポイントを選択します今回は BCF を選択します最初の数文字を入力すると候補が表示され選択しやすくなります 18. Data tree position から今回登録するデータがデータツリー中のどこにあたるかを選択します今回は Environmental Fate and Transport の Bioaccumulation: Aquatic を選択します 19. Metadata fields に試験条件などを入力します今回は Test organisms (species) から Carp (Cyprinus Carpio) ( コイ ) を選択します最初の数文字を入力すると候補が表示され選択しやすくなります Duration は試験期間を入力しますが今回は試験期間の異なる結果が混ざっているため入力しません 20. OK を選択します 11

21 22 21. エンドポイントの値が正常に指定されると値のセルが緑色で表示されます 22.

13 エンドポイントの値が正常に指定されると値のセルが緑色で表示されます 22. Finish を選択しますデータがインポートされるまで少々お待ちください CAS が入力されていなかった物質等についてのレポートが表示されます OK はそのデータは正しくインポートされたことを示しています ( NG が表示された場合はその行のデータが正しく読み込まれずその行がスキップされたことを示します ) 24. Close を選択しウィンドウを閉じます 12

14 25. Endpoint の Databases の欄に濃縮度試験の試験結果 ( 平成 16~19 年度判定分 ) が追加されたことが確認できます 25 13

15 2 物質検索 - 指定した分子構造を含む物質を検索 2.1 使用する DB の選択 "Endpoint" を選択します 2. "Databases" の中から使用するデータベースを選択します今回は "Environmental Fate and Transport" の下にある "Bioconcentration NITE" と " 濃縮度試験の試験結果 ( 平成 16~19 年度判定分 )"( 1 データのインポートでインポートした DB) を選択します "Bioconcentration NITE" は NITE から OECD に提供した化審法既存化学物質の蓄積性データです 14

16 2.2 検索する構造の入力 "Input" を選択します 4. "Query" を選択します "Query tool" というポップアップが表示され選択したデータベースとインベントリのみから検索しますがよろしいですかという意味のメッセージが表示されます 5 5. "OK" を選択します 15

"Select search results" というポップアップが表示されます 6 7 6. "Structures"( 構造 ) を選択します 7.

17 "Select search results" というポップアップが表示されます "Structures"( 構造 ) を選択します 7. "OK" を選択します "Search" というウィンドウが表示されます "SubFragment" を選択します 9. "Edit" を選択します 16

18 "2D Editor" というウィンドウが表示されます I II 10 検索する部分構造を次のいずれかの方法で入力します I. 構造式を描くことができます II. SMILESで入力することができます 10. "OK" を選択します 17

19 入力した構造が表示されます 12. "Add" を選択します 13. "Execute" を選択します 18

20 14. 検索結果が表示されます 14 19

2.3 データの収集 15 17 16 15. "Endpoint" を選択します 16.

21 2.3 データの収集 "Endpoint" を選択します 16. "Databases" から使用する DBが選択されていることを確認します今回は "Environmental Fate and Transport" の下にある "Bioconcentration NITE" と " 濃縮度試験の試験結果 ( 平成 16~19 年度判定分 )"( 1 データのインポートでインポートした DB) を選択します 17. "Gather" を選択します "Data" というポップアップが表示され選択したデータベースからのみデータを引用しますという意味のメッセージが表示されます "OK" を選択します 20

22 I II 19 引用するデータの範囲を選択します I. 今回は "All endpoints" を選択します II. 今回は "from Tautomers" にチェックを入れます 19. "OK" を選択します "QSAR Toolbox" というポップアップが表示されます "OK" を選択します 21. データが表示されます 21 21

23 3 物質検索 - 類似の分子構造を持つ物質を検索 3.1 使用する DB の選択 "Endpoint" を選択します 2. "Databases" の中から使用するデータベースを選択します今回は "Environmental Fate and Transport" の下にある "Bioconcentration NITE" と " 濃縮度試験の試験結果 ( 平成 16~19 年度判定分 )"( 1 データのインポートでインポートした DB) を選択します "Bioconcentration NITE" は NITE から OECD に提供した化審法既存化学物質の蓄積性データです 22

24 3.2 検索する分子構造の入力 "Input" を選択します類似物質を検索する物質の構造を入力します今回は構造式エディタから入力します 4. "Structure" を選択します 23

25 "2D Editor" というウィンドウが表示されます I II 5 検索する部分構造を次のいずれかの方法で入力します I. 構造式を描くことができます II. SMILES で入力することができます 5. "OK" を選択します 24

入力した構造が既にデータベースに登録されている場合 "Select chemicals" というウィンドウが表示されます 6 7 6.

26 入力した構造が既にデータベースに登録されている場合 "Select chemicals" というウィンドウが表示されます複数表示された場合は数字をクリックすることで "Yes" と "No" を切り替え対象にするデータを選択します 7. "OK" を選択します 8. 入力した物質が表示されました 8 25

3.3 類似物質の検索とデータの収集 9 11 10 9. "Category Definition" を選択します 10.

27 3.3 類似物質の検索とデータの収集 "Category Definition" を選択します 10. "Grouping methods" の中の "Empiric" の下にある "Structure similarity" を選択します 11. "Define" を選択します "Grouping" というポップアップが表示され選択したデータベースとインベントリのみから収集しますという意味のメッセージが表示されます "OK" を選択します 26

"Topologic torsions" "Atom centered fragments" "Path" "Cudes" を選択しますこれらの条件の詳細は Help

28 検索条件を入力します今回は "Measure" は "Tanimoto(Jaccard)" を "Molecular features" は "Atom pairs" "Topologic torsions" "Atom centered fragments" "Path" "Cudes" を選択しますこれらの条件の詳細は Help を御覧ください 14. 類似度のしきい値を入力します今回は 50% としました 15. "OK" を選択します検索されます少々お待ちください "Define category name" というポップアップが表示されますカテゴリー名を入力します今回は表示されたカテゴリー名を変更せずに使用しました 17. "OK" を入力します 27

29 "Data" というポップアップが表示され選択したデータベースからのみデータを引用しますという意味のメッセージが表示されます "OK" を選択します I II 19 引用するデータの範囲を選択します I. 今回は "All endpoints" を選択します II. 今回は "from Tautomers" にチェックを入れます 19. "OK" を選択します "QSAR Toolbox" というポップアップが表示されます "OK" を選択します 28

30 21. データが表示されました 21 29

31 4 詳細データの確認お使いのパソコンがインターネットに接続されている場合 OECD の echempotal のページを表示させ詳細データを確認することができます "Substance Identity" の左の "+" を選択し詳細項目を表示させます 2. 詳細を見たい物質の CAS 番号の上で右クリックします 3 3. "Search by CAS in echempotal" を選択します 30

32 ブラウザが開き echempotal のページが表示されます I II III 31

33 I. echemportal に登録されているデータのうち CAS 番号物質名称が一致する 9 物質数が表示されますいずれかの行の数字を選択すると選択した行の CAS 番号物質名称で登録されている物質のリストのページが表示されます II. echemportal に登録されている CAS 番号が表示されます選択すると選択した CAS 番号で登録されている物質のリストのページが表示されます III. echemportal に登録されている名称が表示されます選択すると選択した名称で登録されている物質のリストのページが表示されます今回は CAS 番号 " " を選択します登録されている物質のリストのページが表示されます 4 4. "J-CHECK" の行にある "Result" のマークを選択します 32

34 J-CHECK のページが表示されました 5 5. "Japanese" を選択すると日本語で表示することができます 33

35 日本語のページが表示されます 6 6. " 詳細情報 " の中から " 濃縮度試験 " を選択します 34

36 濃縮度試験報告書の PDF が表示されました 35

PRTR 排出量等届出の作成手順 1NITE のホームページ ( 化管法に基づく届出に関する情報 ) にアクセスして PRTR 届出作成支援システムをクリックしますへアクセスします P.1 燃料小売業の方で排

Web 版 PRTR 届出作成支援システム簡易操作マニュアル 2017 年度版 ( 平成 29 年度 ) 独立行政法人製品評価技術基盤機構 PRTR 排出量等届出の作成手順 1NITE のホームページ ( 化管法に基づく届出に関する情報 ) にアクセスして PRTR 届出作成支援システムをクリックします http://www.nite.go.jp/chem/prtr/notify.html へアクセスします