Cygwinのインストール

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1 C 版 2008/06/28 初版 2008/04/30 杉本昌弘 メタボローム解析ソフトウェアインストールガイド (MasterHands / JDAMP / dotmz) 先端生命研究所 慶應義塾大学 1

2 目次 1 はじめに 本書の対象とするソフトウェア 本書の構成 インストール前に CPU の bit 数の確認方法 必要なライブラリの確認方法 インストール インストール手順 JAVA インストール Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール VC SP1 ライブラリのインストール dotmz のインストール はじめに AnalystQS インストール後の確認 dotmz のインストール JDAMP のインストール MasterHands のインストール i

3 1 はじめに 1.2 本書の構成 1 はじめに 1.1 本書の対象とするソフトウェア本書では 慶応義塾大学先端生命研究所にて開発を行っている 以下の 3 つのメタボロームデータ解析ソフトのインストールソフトを記載します dotmz Analyst QS for Agilent TOF(CE:Agilent 社製 G1600AX, TOF-MS:Agilent 社製 LC/MS-TOF 6210 以下 AnalystQS と記述します ) の wiff ファイル csv ファイル および ChemStation の MS ファイルを入力し JDAMP と MasterHands で処理することが可能な ciff 輪いる形式に変換を行うソフトウェアです JDAMP (Java application for Differential Analysis of Metabolite Profiles) CE-MS で計測した複数のデータ間の差 ( ディフェレンス ) を検出し 表示するソフトウェアです 検出した差をグラフィカルなビューや CSV の形式で出力します 質量の精度を 1m/z まで落として計算するため 精度は若干悪くなりますが 素早く結果します MasterHands (Metabolome Analysis and Screening Tool for Easy and Rapid HANDling of Sample data) CE-MS で計測したデータを積分し 計測ごとにずれる移動時間の補正 ピークのタグ付け (isotope や ringing ピークの検出 ) 濃度計算 アノテーション ( ピークの物質特定 ) を行うソフトウェアです 各解析段階の結果 ( 例えば濃度計算した一覧など ) は csv 形式での出力となり 各画像 ( クロマトやマススペクトル ) は GUI での表示か HTML 形式で出力を行います 1.2 本書の構成このインストールマニュアルでは dotmz JDAMP および MasterHands のインストール 及びアンイントールの方法を紹介します 各ソフトの詳しい操作説明は dotmz ユーザーズガイド JDAMP ユーザーズガイド 又は MasterHands ユーザーズガイドをご覧ください 2

4 2 インストール前に dotmz JDAMP 及び MasterHands のインストールの前に パソコンの CPU 及び必要なライブラリがインストールされているかを本章の手順でご確認ください 2.1 CPU の bit 数の確認方法 1.[ スタートメニュー ]->[ マイコンピュータ ] を右クリックして プロパティ を表示させます 2. 全般 のタグから システムの情報を確認します ( 下図参照 ) 64bit の CPU の場合は x64 Edition と表示されています 表示がない場合は 32bitCPU となります 図 2-1 システムのプロパティ画面 ( 左 :32bit 右 64bit) 2.2 必要なライブラリの確認方法 1.[ スタートメニュー ]->[ コントロールパネル ] から プログラムの追加と削除 を起動します 2. 現在インストールされているプログラム一覧から 以下の 3 つを確認します Microsoft.Net Framework のバージョン (3.5 が必要です ) J2SE Development Kit 又は J2SE Runtime Environment のバージョンを確認します (6 が必要です ) Microsoft Visual C Redistributable 図 2-2 ライブラリのバージョン確認 3

5 3 インストール 3.1 インストール手順インストールの手順は下記のような流れになっております なお Windows Update が行われていない場合 本書で記載するライブラリのインストールが依存している古いバージョンのインストールが必要になる可能性があります JRE または J2SE のバージョンが 6.0 以上 Yes No(3.2 参照 P5) Java のインストール Microsoft.Net Framework のバージョンが 3.5 の以上 Yes No(3.3 参照 P7) Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール Microsoft Visual C Redistributable がインストールされている Yes No(3.4 参照 P9) Microsoft Visual C のインストール 分析を行うデータが Ciff ファイルに変換されている ( ファイルの拡張子.ciff となっている ) Yes No AnalystQS,G3300AATOF のインストール (4.1 参照 P10) dotm/z のインストール (4.2 参照 P15) JDAMP のインストール (5 章参照 P16) MasterHands のインストール (6 章参照 P18) 4

6 3.2 JAVA インストール以下の URL にアクセスします (2008/05/01 時点で確認済 ) 上記サイトがリンク切れの場合 google で java download と検索してください Java Runtime Environment (JRE) 6.0 Update * をダウンロードします (* は 1 以上の数値でどの番号でも動作可能です ) 図 3-1 Java のダウンロード画面 Platform で使用する PC が 32bit の場合 Windows 64bit の場合 Windows x64 を選択します また Language は Multi-language を選択し I agree to the にチェックを入れたあと Continue を押します 図 3-2 プラットフォーム 言語の選択 Windows Offline Installation( ファイルサイズが大きい方 ) をクリックし インストーラを任意の場所 ( デスクトップなど ) にダウンロードします 図 3-3 Java のダウンロード画面 5

7 ダウンロードした JRE のアイコンをダブルクリックしインストーラを起動します 図 3-4 JRE のアイコン Java インストーラ画面中の 次へ ボタンをクリックします 図 3-5 カスタムセットアップ画面 再度 次へ ボタンをクリックすると Java がインストールされます 図 3-6 カスタムセットアップ画面 インストール終了後 Readme ファイルを表示 チェックボックスをはずし 完了 ボタン をクリックします 図 3-7 インストール完了画面 6

8 3.3 Microsoft.Net Framework 3.5 のインストール 1. 下記サイトにアクセスします Microsoft.NET Framerork d977d32a6&displaylang=ja (2008/05/01 時点で確認済 ) 上記のリンク先が切れている場合 Windows Update の画面で.Net Framework 3.5 を検索してください 検索結果で ダウンロードの詳細 :.NET Framework 3.5 と表示されるものが該当するものです 2. ダウンロードボタンを押して Microsoft.NET Framework 3.5 をダウンロードします 図 3-8 ダウンロード画面 3. 保存ボタンを押して 任意のディレクトリ ( デスクトップなど ) に保存します 図 3-9.Net Framework 3.5 インストーラの保存画面 4. 保存したファイルをダブルクリックして起動します 図 3-10.Net Framework 3.5 インストーラの起動 7

9 5. 実行ボタンを押して インストールを開始します 図 3-11.Net Framework インストーラ開始画面 6. ライセンスの確認で同意するにチェックを入れ インストールを押します 図 3-12.Net Framework インストール画面 (1) 7. インストール終了後に以下の画面が表示されるので 終了ボタン を押し 終了します 図 3-13.Net Framework インストール画面 (2) 8

10 3.4 VC SP1 ライブラリのインストール 1. 下記サイトにアクセスします 32bitCPU 用 Microsoft Visual C SP1 再頒布可能パッケージ (x86) 84D-389C36F85647&displaylang=ja 64bitCPU 用 Microsoft Visual C SP1 再頒布可能パッケージ (x64) d4-b9a6d7bd44da&displaylang=ja ( 補足 )Windows update の画面で上記キーワード (Visual C SP1 など ) を入れて検索すれば ダウンロードの詳細 : Visual C SP1 再頒布可能... と出てきます 検索結果の文章の中に X86 と X64 が記載されているので CPU に合わせて適切な方を選択します 2. ダウンロードボタンを押して インストーラをダウンロードします ダウンロード方法 インストール方法は 3.3 と同じです 9

11 4 dotmz のインストール 4.1 はじめに 1.dotM/Z を起動する場合 下記のソフト 2 つを インストールする必要があります AnalystQS G3300AA TOF 上記のソフトの入手に関しましては 日本 Agilent 社へお問い合わせください Agilent Tecnologies (JDAMP 又は MasterHands を使用する場合 上記のソフトは必要ありません ) AnalystQS はバージョンによって対応する G3300AA TOF Software が異なります 下記の組み合わせでなければ 正常に動作いたしません 各ソフトのバージョンをご確認の上 インストールをお願いいたします AnalystQS 1.1 G3300AA TOF Software B AnalystQS for Agilent G3300AA TOF Software A

12 4.1.1 AnalystQS インストール後の確認 AnalystQS を起動したとき 下記のエラーメッセージがでることがあります その場合は 下記の方法により AnalystQS の設定を変更してください 図 4-1 エラーメッセージ画面 1.AnalystQS を右クリックして 別ユーザーとして実行 を選択します ユーザー名で Administrator を選択 パスワードを入力して OK ボタンを押します 図 4-2 別ユーザー指定画面 11

13 2.Navigation Bar の Configure から Security Configuration を選択します Navigation Bar が表示されていなければ Tools から Security Configuration を選択することができます 図 4-3 Navigation Bar 画面 12

14 3. Add User ボタンをクリックします Add New Account 画面が立ち上がるので Accounts からユーザー名を選択して OK ボタンを押します 図 4-4 Security Configuration 画面 (1) 13

15 4.User Name にユーザー名が記入されたことを確認します さらに Not Member of から Administrator を選択して Add ボタンをクリックします Member of に Administrator が移動したことを確認して OK ボタンをクリックします 図 4-5 Security Configuration 画面 (2) これで User 登録作業は終了しました 一度 AnalystQS を終了してから 再度起動できるかどうかを確認してください 14

16 4.2 dotmz のインストール dotmz の解凍したディレクトリを インストールするコンピュータの任意の箇所にコピーします ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\dotMZ というディレクトリができるようにしています ) dotmz は Windows XP(SP2)32 ビット版と 64 ビット版上 2000 Server (64bit) Vista(32bit) で動作確認しております 図 4-6 dotmz 解凍後ディレクトリ 15

17 5 JDAMP のインストール JDAMP のディレクトリを 使用するコンピュータの任意の箇所にコピーします ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\JDAMP というディレクトリができるようにしています ) JDAMP は Windows XP(SP2)32 ビット版と 64 ビット版上 2000 Server (64bit) Vista(32bit) で動作確認しております 下記サイトにアクセスし Download をクリックします ( 下図参照 ) 図 5-1 JDAMP インストール画面 JDAMP{zip} をクリックしてダウンロードします ( 下図参照 ) 図 5-2 JDAMP Download 画面 (1) 16

18 保存 をクリックして 保存先 ファイル名を指定して 保存 を再度クリックします 図 5-3 JDAMP Download 画面 (2) 圧縮フォルダを選択して 左クリックまたは 解凍ソフトなどを使って JDAMP の圧縮ファイルを解凍します 解凍後のディレクトリを任意の場所 (C:\ の直下など ) に移動させてください 図 5-4 JDAMP の解凍後ディレクトリ 17

19 6 MasterHands のインストール 下記サイトにアクセスし Download をクリックします 図 6-1 MasterHands の Web 画面 MasterHands の最新バージョンをクリックしてダウンロードします ( 下図参照 ) 図 6-2 MasterHands Download 画面 (1) 18

20 保存 をクリックして 保存先 ファイル名を指定して 保存 を再度クリックする 図 6-3 MasterHands Download 画面 (2) 圧縮フォルダを選択して 左クリック後 すべて展開 をクリックして MasterHands を解凍する 解凍後のディレクトリを任意の場所 (C:\ の直下など ) に移動させてください ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\MasterHands というディレクトリができるようにしています ) 図 6-4 MasterHands の解凍後ディレクトリ 19

21 改訂履歴 版 内容 改訂者 A 版 初版作成 阿部しのぶ杉本昌弘 B 版 AnalystQS のセットアップ追記 阿部しのぶ杉本昌弘 C 版 AnalystQS G3300AA のインストール削除 AnalystQS の動作確認追記 阿部しのぶ杉本昌弘 20