PMAL / Σ-alert matrix web アプリケーション版 (2DCM-web 実習サイト版 ) 操作手順書 2018 年 5 月 14 日初版

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みいかねぎたや
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2 目次 1. はじめに機能説明 PMAL とは基準分離率 (baseline rate,blr) 二項分布による確率警告 LEVEL Σ alert matrix とは各項目の内容システム要件起動操作方法画面構成基本操作初期設定画面メイン画面 - 警告一覧メイン画面 - 各操作メニュー Σ alert matrix 作成画面利用手順初期設定 BLR 計算 ( または取込 ) データ取得 PMAL 計算 Σ-alert matrix 作成改版履歴

3 1. はじめにこのシステムは菌の確率的異常集積警告機能の簡易集計 (PMAL) および警告スコア累積カラーマトリクス解析 (Σ-alert matrix) ツールです JANIS 検査部門で還元されている月報全データ (CSV) をもとに菌の確率的異常集積の集計を行います当システムでは下記の機能を含みます各菌の基準分離率 (baseline rate,blr) の集計菌の確率的異常集積の簡易集計機能 (PMAL) PMAL を使用した警告スコア累積カラーマトリクス (Σ alert matrix) の作成 - 3 -

4 2. 機能説明 2.1. PMAL とは菌の確率的異常集積の自動検出 (PMA: Probability-based Microbial Alert) を軽量化したものが PMAL (PMA-Light) です通常版では 7 日間 14 日間 30 日間の各期間で 1 日ずつずらして集計しますが PMAL では毎週木曜日を開始とする 14 日間のみで集計しています菌の確率的異常集積の警告は菌の分離が sporadic( 散発性 ) に起きたという帰無仮説にもとづいてその確率を二項分布を用いて直接算出し確率の値によってレベル分けして示します PMAL での処理は全て患者単位で行います指定の期間中に何人の患者さんからその菌が分離されたかを調べて処理をしています基準分離率 (baseline rate,blr) 自施設の検査データの指定期間等の菌の分離率を baseline rate ( 以下 BLR) として算出し二項分布で求める確率に使用しています分離率は分母を検査患者数分子を対象菌の陽性患者数で算出し同じ患者 ID の複数レコードはまとめて 1 件 (1 患者 ) とカウントしています二項分布による確率以下の条件を満たす場合菌の分離が起こる確率 ( ) を求めることができます菌の分離はその菌が陽性か陰性かのどちらかである分離が偶然だけに支配されている場合それぞれの分離は場所や時間順序にかかわらず分離率のみに支配され毎回の分離 ( 試行 ) は独立である二項分布による確率の計算ある菌の分離率 (baseline rate) が患者一人当たり p である場合細菌検査を行った n 人のうちちょうど m 人からその菌が分離される確率 P(n,m) P(n, m) = ncmp m (1-p) n-m 細菌検査を行った n 人のうち k 人以上からその菌が分離される確率 P(n,m k) n P(n, m k) = Σ ncmp m (1-p) n-m m=k 二項分布で求められる確率を当システムでは偶然発生する確率と表記しています - 4 -

5 警告 LEVEL 二項分布によって求められた偶然発生する確率を警告 LEVEL 1~3 の 3 段階で区分付けします確率がより低ければ偶然だけに支配されている可能性もより低いと考えます LEVEL3 の出現は要注意を意味します各 LEVEL は以下のように設定されます偶然発生する確率高低 LEVEL 二項分布確率 ( 偶然発生する確率 ) LEVEL < P(n, m k) 0.01 LEVEL < P(n, m k) LEVEL 3 0 < P(n, m k)

2.2. Σ alert matrix とは Σ alert matrix は菌の確率的異常集積による警告 ( 当システムでは PMAL) をもとに警告指数を集計しカラースコアで表現したものです当システムでは Excel で Σ alert matrix が作成されます 2.2.1.

6 2.2. Σ alert matrix とは Σ alert matrix は菌の確率的異常集積による警告 ( 当システムでは PMAL) をもとに警告指数を集計しカラースコアで表現したものです当システムでは Excel で Σ alert matrix が作成されます各項目の内容検査材料割合対象菌の分離検体の割合を表示します割合が高いものはセルの表示が濃い青になります各年月各警告の偶然発生する確率から下記の計算式で警告指数を求め月毎に合計された警告指数をセルに色を付けて表示します警告指数は確率的異常集積の頻度が高いほどまた sporadic である確率が低いほど大きな値になりますこれを黒 ( 低 )~ 黄 ~ 赤 ( 高 ) のカラーコードで表示します -log 10 p -1 ( 警告指数合計 ) 並べ替え期間設定した並べ替え優先期間の合計警告指数を表示します ( 警告指数合計 ) 全期間全表示期間の合計警告指数を表示します ( 注 :PMAL にもとづくΣ-alert matrix では上記の式によって警告指数を求めているが PMA によるΣ-alert matrix では警告レベルの値をそのまま警告指数に用いている ) - 6 -

7 3. システム要件当システムの動作要件は以下のとおりですディスプレイ : XGA(1024x768) の表示可能なディスプレイ CPU:1GHz 以上のプロセッサメモリ :256MB 以上 OS:Windows 7, Windows 8.1, Windows 10 ブラウザ :Internet Explorer 11, Microsoft Edge その他必要システム : インターネット接続.NET Framework のいずれか Microsoft Excel 2010 以上 - 7 -

8 4. 起動インターネットブラウザで 2DCM-web 実習システムサイトにアクセスします 2DCM-web 実習システムサイト : 画面下部の PMAL/Σ-alert matrix 起動ボタンを押してくださいソフトのダウンロードが始まりシステムが起動すると初期設定画面が表示されます - 8 -

9 5. 操作方法 5.1. 画面構成基本操作実際の操作は 5.2 利用手順に従ってください < 初期設定画面 > < メイン画面 > 警告一覧各操作メニュー - 9 -

10 <Σ alert matrix 作成画面 >

11 初期設定画面 CSV ファイル格納フォルダ入力欄 CSV ファイル格納フォルダ入力欄当システムで解析する CSV ファイルが格納されているフォルダを設定します JANIS 検査部門の還元情報月報全データ (CSV) ファイルを格納しているフォルダを指定してください入力欄のを押すとフォルダ参照ダイアログから指定できます設定情報を保存するチェックボックスここにチェックを入れると CSV ファイル格納フォルダ入力欄の設定が保存され次回の起動時に格納フォルダが入力された状態で初期設定画面が表示されます表示ボタン当システムのメイン画面が表示されます

12 メイン画面 - 警告一覧ここには PMAL での計算結果が表示されます表示切替タブ一覧に表示する内容を切り替えます通常タブ通常はこちらで内容を確認しますまれ菌新出菌を除いた警告を表示しますまれ菌タブ基準分離率 (baseline rate) が低いため陽性数が 1 件のみで警告となっているものを表示します新出菌タブ基準分離率 (baseline rate) が 0 のため陽性数が少なくても警告となっているものを表示します全表示タブ通常はこちらで内容を確認します通常まれ菌新出菌すべての警告を表示します

13 警告一覧 PMAL の警告が一覧で表示されます各項目をクリックするとその項目で並び替えができます表示される項目は以下の通りです項目内容集計期間集計期間 ( 日数 ) を表示します PMAL では 14 日間のみです病棟名集計対象の病棟名を表示します病棟名が入力されていないデータは病棟未入力病棟に関わらずすべて集計したものは病院全体と表示されます対象期間集計対象期間が表示されます菌菌コードが表示されます菌名菌名が表示されます BLR 基準分離率 (baseline rate) が表示されます対象数対象期間中の検査患者数 ( 分母 ) が表示されます陽性数対象期間中の対象菌の陽性患者数 ( 分子 ) が表示されます偶然発生する確率二項分布で求めた確率が表示されます LEVEL 偶然発生する確率によって分類された LEVEL を 1~3 の三段階で表示します

14 メイン画面 - 各操作メニュー <BLR 計算 > 基準分離率 (baseline rate) の算出に使用します対象期間選択リスト( 開始 ~ 終了年月 ) BLR を算出する対象期間を選択します BLR 計算ボタン対象期間選択リストに設定した期間で BLR を求めシステムに反映させます計算後算出した BLR を外部ファイルに保存することができます BLR ファイル取込ボタン以前算出し保存した BLR ファイルを取り込みます BLR ファイルを取り込むことで BLR の算出処理を省略することができます < データ取得 > PMAL で解析する期間のデータを取得しますこちらは BLR の算出または取込後有効になります対象期間選択リスト( 開始 ~ 終了年月 ) 取得するデータの対象期間を選択しますデータ取得ボタン対象期間選択リストに設定した期間のデータを取得します < 抽出条件の設定 > PMAL で解析する条件を設定しますこちらはデータの取得後有効になります (LEVEL) LEVEL1 LEVEL2 LEVEL3 チェックボックス一覧に表示する LEVEL を選択しますすべてのチェックを外すと警告 LEVEL1 未満 (LEVEL0) を含むすべての計算結果が表示されます

15 ( 対象期間 ) 開始日終了日入力欄一覧に表示する対象期間を開始日 ~ 終了日で設定します次の対象日付選択リストでどの日付項目を対象とするかを選択します ( 対象期間 ) 対象日付選択リスト抽出対象とする日付項目を以下から選択します集計開始日集計対象期間の開始日が抽出条件で設定した開始日 ~ 終了日範囲にあるデータを表示します集計終了日集計対象期間の終了日が抽出条件で設定した開始日 ~ 終了日範囲にあるデータを表示します対象期間集計対象期間の開始日 ~ 終了日が抽出条件で設定した開始日 ~ 終了日範囲にあるデータを表示します病棟名選択リスト一覧に表示する対象病棟名を選択します選択していない場合はすべての病棟が対象となります < 各操作ボタン > PMAL 計算 / 再表示ボタン抽出条件に設定した内容で PMAL を計算し結果を一覧に表示します CSV 出力ボタン警告一覧を CSV ファイルとして出力します Σ-alert matrix ボタン Σ alert matrix 作成画面を表示します

16 Σ alert matrix 作成画面こちらでは Σ alert matrix を作成するための条件を設定します < 対象条件 > 対象とする警告の条件を設定します期間 ( 開始 ~ 終了年 ) 選択リスト表示させる対象年を選択します病棟選択リスト表示させる対象病棟を選択します除外菌チェックボックス Σ alert matrix の対象外とする菌を選択します < 表示設定 > Σ alert matrix の表示内容を設定します並べ替え期間 ( 開始 ~ 終了年月 ) 選択リスト設定した期間で警告指数が高い順に菌を並べΣ alert matrix を表示します < 対象条件 > の期間で指定した範囲内で選択できます表示色選択ボタンカラーを選択した場合は警告指数が低いものから黒黄赤で表示します単色を選択した場合は黒灰白で表示します

17 カラースケール設定選択ボタン警告指数によるカラースケールを選択します自動を選択した場合は最大値 :60 中間値 :12 最小値 :0 で Σ-alert matrix を表示しますこのスケールを変更する場合は手動を選択し各値を設定してください集計ボタン設定した条件でΣ-alert matrix を表示します Σ-alert matrix は Excel で表示されます

初期設定システムを起動し初期設定画面にて解析対象の CSV ファイルが格納されているフォルダを設定し表示ボタンを押します 5.

18 5.2. 利用手順当システムの基本的な利用手順は初期設定 BLR 計算 ( または取込 ) データ取得 PMAL 計算 Σ-alert matrix 作成となります初期設定システムを起動し初期設定画面にて解析対象の CSV ファイルが格納されているフォルダを設定し表示ボタンを押します BLR 計算 ( または取込 ) BLR を計算します新規で算出する場合は対象期間を選択し BLR 計算ボタン以前算出した BLR を使用する場合は BLR ファイル取込ボタンを押します

19 データ取得 PMAL で解析する期間のデータを取得します PMAL 計算各条件を設定し PMAL 計算 / 再表示ボタンを押します対象期間はデータを取得した期間内で設定してください

5.2.5. Σ-alert matrix 作成 PMAL にて算出した警告をもとに Σ-alert matrix を作成する場合は Σ-alert matrix ボタンを押した後 Σ-alert

20 Σ-alert matrix 作成 PMAL にて算出した警告をもとに Σ-alert matrix を作成する場合は Σ-alert matrix ボタンを押した後 Σ-alert matrix 作成画面にて条件を設定し集計ボタンを押します Σ-alert matrix は Excel で表示されます必要に応じて Excel にて印刷や保存を行ってください

21 6. 改版履歴初版 (2018/5/14)

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