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1 1 CYTOSCAPEを 使 った データの 可 視 化 統 合 データベース 講 習 会 :AJACS 富 山 2013 年 8 月 30 日 ( 独 ) 科 学 技 術 振 興 機 構 バイオサイエンスデータベースセンター 櫛 田 達 矢

2 2 ライフサイエンスデータの 可 視 化 ゲノムの 位 置 情 報 (ゲノムブラウザー) 発 現 部 位 表 示 系 統 樹 ヒートマップ パスウェイ ネットワーク 代 謝 マップ シグナル 伝 達 マップ 遺 伝 学 的 相 互 作 用 タンパク 質 -タンパク 質 相 互 作 用 転 写 制 御 ネットワーク 可 視 化 とは? 人 間 が 直 接 見 る ことの できない 現 象 事 象 関 係 性 機 能 などを 画 像 グラ フ 図 などで 表 現 すること Cytoscapeが 取 り 扱 う 領 域 モノ と モノ コト と コト モ ノ と コト の 関 係 を 表 す

3 3 マウス インタラクトーム(UCSD 大 野 さん 作 成 )

4 この 資 料 の 概 略 Cytoscapeについて(スライド1~16) 特 徴 機 能 4 基 本 操 作 (スライド17~30) ファイルを 開 く ノード エッジの 書 式 編 集 パスウェイの 描 き 方 (スライド31~44) 既 存 パスウェイデータの 活 用 テキストエディタやExcelを 使 ったパスウェイデータ 作 成 レイアウト 機 能 (スライド45~50) データ 解 析 の 例 (スライド51~61) プラグイン 紹 介 (スライド62~68) TIPS(スライド69, 70) 参 考 資 料 (スライド71~73)

5 5 Cytoscapeについて

6 6 Cytoscapeとは? Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization 開 発 者 マニュアル 最 新 版 (2013 年 8 月 20 日 現 在 )

7 7 Cytoscapeの 特 徴 と 機 能 様 々な 標 準 化 データ(フォーマット)に 対 応 ウェブサービスへの 技 術 提 供 セッションファイルの 取 扱 データの 相 互 運 用 柔 軟 なデータ 可 視 化 機 能 (VizMapper ) 画 像 データ 出 力 豊 富 なグラフの 自 動 レイアウト パスウェイ 検 索 機 能 ブラウジング 機 能 フィルタリング 機 能 部 分 パスウェイ モジュール 構 造 の 発 見 Apps(プラグイン)による 機 能 追 加 (データ 分 析 機 能 など) 多 言 語 対 応

8 8 様 々な 標 準 化 データ(フォーマット)に 対 応 Open Biological Ontology SIF, XGMML, GML, SBML, PSI-MI, BioPAX, Excel, OBO, etc. グラフ 表 記 のフォーマット Systems Biology Markup Language Biological Pathway Exchange Proteomics Standard initiative Molecular Interaction 各 種 データの 再 利 用 を 容 易 にする

9 9 ウェブサービスへの 技 術 提 供 セッションファイルの 取 扱 グラフ(パスウェイ ネットワー ク)のノード エッジの 属 性 画 面 サイズ 解 析 結 果 を 一 括 保 存 データの 相 互 運 用 使 用 例 (Rのigraphパッケージを 利 用 した 複 雑 ネットワーク 解 析 の 紹 介 )

10 10 柔 軟 なデータ 可 視 化 機 能 (VizMapper ) Visual Style: 名 前 タイプ 度 数 頻 度 発 現 量 などの 属 性 デー タを ノードやエッジの 色 大 きさ 形 フォントタイプで 表 現 VizMapper はそのインターフェイス

11 11 画 像 データ 出 力 PDF, EPS, SVG, PNG, JPEG, BMP の 各 種 画 像 フォー マットで 出 力 可 能 豊 富 なグラフの 自 動 レイアウト Cytoscapeオリジナル yfiles などのレイアウトを 実 装 Circular Organic

12 12 パスウェイ 検 索 機 能 ノードやエッジ(の 属 性 )に 対 するキーワード 検 索 を 実 装 And/or 検 索 前 方 一 致 後 方 一 致 などにも 対 応

13 13 ブラウジング 機 能 パスウェイ 上 の 任 意 の 箇 所 の ズームイン/アウト ピック アップ パスウェイの 統 合 100,000 以 上 のノードとエッ ジからなるパスウェイに 対 す るスムーズなナビゲート

14 14 フィルタリング 機 能 ノードやエッジの 属 性 情 報 に 対 して データの 閾 値 ( 発 現 量 p 値 など)に 基 づくノードやエッジの 抜 出 し( 新 規 ネットワークの 作 成 )が 可 能

15 15 部 分 パスウェイ モジュール 構 造 の 発 見 ( 特 定 のプラグインを 用 いる ことで ) 遺 伝 子 ネットワー ク 内 で 特 徴 的 に 発 現 している パスウェイの 部 分 構 造 (サブ パスウェイ)や PPIにおけ る 複 合 体 およびProtein similarity networkにおける プロテインファミリーのクラ スター 発 見 を 可 能 にする

16 16 Apps(プラグイン)による 機 能 追 加 (データ 分 析 機 能 など) 多 数 のデータ 解 析 インポート 可 視 化 のプラグインが 利 用 可 能 プラグインマネージャーにより 簡 単 に 導 入 可 能 最 新 の 解 析 アルゴリズムがプラグイン として 活 用 できることも! 多 言 語 対 応

17 17 基 本 操 作

18 18 使 用 メモリー 量 の 設 定 1 of 2 取 り 扱 うネットワークの 大 きさ(ノード 数 +エッジ 数 )によってメモリーの 設 定 を 調 整 したほうがよい ファイルCytoscape.vmoptions( 例 C: Program Files Cytoscape_v3.0.1 にあ る)をテキストエディタで 開 き 例 えば Xmx*** を Xmx1G に 修 正 する -Xmx1G nual.pdf の6ページ 参 照 追 加 実 習 1. Cytoscape.vmoptionsの 中 身 を 確 認 してみましょう

19 19 使 用 メモリー 量 の 設 定 2 of 2 ネットワークの 大 きさと 推 奨 されるメモリーサイズ(Xmx)の 目 安 オブジェクト 数 (ノード 数 +エッジ 数 ) 推 奨 される メモリーサイズ(Xmx) 0-20, M 20,000-70, M 70, ,000 1G レイアウト 機 能 を 使 った 際 に メモリーエラー が 起 こる 場 合 は Cytoscape.vmoptionsで ヒープサイズ(Xss)を 指 定 する -Xmx1GB -Xss10M Macの 場 合 の 対 応 は 以 下 を 参 照 or_cytoscape#

20 起 動 実 習 1.Cytoscape.exe( 例 C: Program Files Cytoscape_v3.0.1)を 選 択 (ダブルクリック)して 起 動 してみましょう 20 メニュー メインネット ワークビュー コントロールパネ ル(ノードやエッ ジのグラフィック 編 集 など) ネットワーク の 全 体 表 示 テーブルパネ ル( 属 性 値 表 示 編 集 ) * 図 はファイルを 開 いた 後 の 表 示

21 21 ファイル 別 のデータの 読 み 込 み.cysファイル メニュー File の Open から ネットワークデータ (.txt,.xls,.sif,.xgmml,.gmlファ イル ノードとエッジの 関 係 ) メニュー File の Import Network File から 属 性 値 データ(.txt,.xlsファイ ル ノードの 属 性 値 ) メニュー File の Import table File から 実 習 2.Cytoscapeフォルダにあるサンプルデータのフォルダ( 例 C: Program Files Cytoscape_v3.0.1 sampledata)の galfiltered.cys galfiltered.sif galfiltered.txt galfiltered.xls をテキストエディタ で 開 いて 中 身 を 確 認 してみましょう

22 22.cysファイルを 開 く ここから 実 習 メニュー File Open を 選 択 もしくは フォルダ アイコンを 選 択 2Open a Session Fileのウィンドウか ら galfiletered.cys を 選 択

23 23 サンプルデータ( galfiltered.cys )の 概 要 生 物 種 は 出 芽 酵 母 転 写 因 子 Gal1, Gal4, Gal80などを 遺 伝 子 ノックアウトした 株 ( 遺 伝 子 摂 動 株 )を 対 象 にマイクロアレイ 遺 伝 子 発 現 量 解 析 を おこなった 各 遺 伝 子 の 遺 伝 子 発 現 量 を 既 知 のタンパク 質 -タンパク 質 相 互 作 用 および DNA-タンパク 質 相 互 作 用 のネットワークに 反 映 注 目 する 遺 伝 子 の 発 現 がどのような 制 御 を 受 けているかネット ワーク 上 で 確 認 する ノード( 接 点 )は 遺 伝 子 ノードの 色 は 遺 伝 子 発 現 量 エッジ ( 接 線 )はタンパク 質 -タンパク 質 相 互 作 用 (pp) もしくは タンパク 質 -DNA 相 互 作 用 (pd)の 関 係 を 表 している

24 ノード( 遺 伝 子 )の 情 報 を 確 認 する メインネット ワークビュー 24 1メインネットワー クビュー 上 で Shiftキーを 押 しな がら 複 数 のノード ( 接 点 )を 選 択 も しくはマウスで 範 囲 指 定 して 選 択 2テーブルパネルで ノード( 遺 伝 子 )の 属 性 情 報 を 確 認 テーブルパネル( 属 性 値 表 示 編 集 )

25 エッジ( 相 互 作 用 )の 情 報 を 確 認 する メインネット ワークビュー 上 で Shiftキーを 押 し ながら 複 数 の エッジ( 接 線 )を 選 択 もしくはマ ウスで 範 囲 指 定 し て 選 択 2テーブルパネル の Edge Attribute Browser を 選 択 3エッジ( 相 互 作 用 )の 属 性 情 報 を 確 認

26 メニューアイコンを 使 った 簡 単 操 作 ファイルを 開 く(.cysファイル) 2 ファイルを 保 存 する(.cysファイル) 3 ネットワーク テーブルをインポート エクスポートする 4 ネットワークをJPG, JPEG, PDF, PNG, PS, SVGで 保 存 5 ネットワークを 拡 大 縮 小 する 6 ネットワークを 力 学 モデルレイアウトにする(スライド49 参 照 ) 7 部 分 ネットワーク(サブネットワーク)を 抽 出 する(スライド54~61 参 照 ) 8 選 択 したノードと(エッジを 介 して) 直 結 するノードを 見 つける(スライド59 参 照 ) 9 選 択 したノード エッジを 非 表 示 にする 10 すべてのノード エッジを 表 示 する 11ノード エッジの 属 性 値 を 対 象 としたキーワード 検 索 を 行 う 12ヘルプファイル(マニュアル)を 開 く 11

27 VizMapper を 使 ったノード 色 の 編 集 1 of 3 1Control Panelで VizMapper を 選 択 2Visual Mapping VizMapper では ノード エッジの 色 形 大 きさ フォント 背 景 色 な ど 多 彩 に 設 定 が 可 能 27 Browserの Node Fill Color で gal1rgexp を 選 択 3 Mapping Type から Continuous Mapping を 選 択 4 Graphical View を 選 択 色 帯 をクリック Continuous Mapping Editor のウィンドウが 表 示 される

28 28 VizMapper を 使 ったノード 色 の 編 集 2 of 3

29 29 VizMapper を 使 ったノード 色 の 編 集 3 of Continuous Mapping Edit で 発 現 量 に 応 じた 色 の 指 定 を 行 う 色 帯 の 上 部 の 三 角 形 を 選 択 し スラ イドさせ 適 当 な 位 置 でダブルクリッ クして 色 選 択 の ウィンドウを 表 示 8 色 を 指 定 この 例 では 発 現 量 の 差 が 最 小 の 場 合 を 青 最 大 の 場 合 を 赤 発 現 量 に 差 が 見 られなかった 場 合 ( 発 現 量 0)を 黄 色 に 指 定 9 最 大 値 以 上 最 小 値 以 下 の 色 も 赤 青 に 指 定

30 VizMapper を 使 ったデフォルト 値 の 編 集 2 1 すべてのエッジの 終 点 を 矢 じり 形 に 変 更 する 例 Control Panel で VizMapper を 選 択 2Defaultsの 図 をクリック 3Default Appearance for defaultの Edge タブ を 選 択 4Default visual Propertiesの Edge Target Arrow a shape を 選 択 5Select New Valueの Delta を 選 択

31 31 パスウェイの 描 き 方

32 32 1. 既 存 のパスウェイデータを 活 用 ( 例 ) Cytoscapeのインポート 機 能 を 使 って 公 的 データベースに 収 録 されている パスウェイデータをダウンロードする Pathguide ( 探 す メモ:BioPAX, SBML(L2V1), PSI-MI(2.5.3)は 可 WikiPathway ( 探 す WkiPathways アプリをダウンロードすることでgpmlファイルがインポート 可 能 もしくはBioPAX level3 (owl) 形 式 のデータを 利 用 する(ただし ノードの 配 置 は 崩 れる) 2. テキストエディタやExcelを 使 ってパスウェイデータを 作 成 する 3. メインネットワークビューにお 絵 描 きする

33 インポート 機 能 を 使 ったデータの 取 り 込 み1/3 33 1メインメ ニュー File Import Network Public Databases を 選 択

34 インポート 機 能 を 使 ったデータの 取 り 込 み2/ Import Networkのウィ ンドウで Data Source を 選 択 3 遺 伝 子 名 (ID) 等 を 入 力 4 Search ボ タンを 押 す 5データベース を 選 択 して 6 Import ボ タンを 押 す 6

35 インポート 機 能 を 使 ったデータの 取 り 込 み3/ メニューアイ コンもしくは メインメ ニュー Layout か ら 適 当 なもの を 選 択 8 代 表 的 なレイ アウトをスラ イド42~46で 紹 介

36 36 テキストエディタ Excelを 使 ってパス ウェイデータを 作 成 する ステップ1 ノードとエッジのつながりを 三 項 関 係 で 記 述 する エッジの 属 性 値 を 記 述 する 例 エッジの 種 類 ( 例 pp, pd phosphorylate) PubmedID 例 galfiltered.csv ステップ2 別 ファイルに ノードの 属 性 値 を 記 述 する 例 Symbol 名, GeneID, 実 験 データ( 例 発 現 値 統 計 値 ) 例 galexpdata.csv YDR309C YLR229C Source Edge Target YDR309C pp YLR229C GeneID Symbol Expression YDR309C GIC YLR229C CDC

37 テキストエディタ Excelを 使 って 作 成 したパ スウェイデータを 読 み 込 む 37

38 38 ノードとエッジの 繋 がり(ネットワークデータ)を 読 み 込 む 1メインメニュー File Import Network File から galfiltered.csv を 選 択 2 Show Text File Import Options に Comma に 3Sourceを Column1 Targetを Column3 Type を Column2 4 Column4,5,6 を 選 択 5 OK をクリック

39 39 ステップ2: 属 性 値 を 読 み 込 む 1メインメニュー File Import Table File から galexpdata.csv を 選 択 2Key Column for networkで shared name を 選 択 3Network Collectionで galfiltered.csv を 選 択 4Advancedの Show Mapping Options Show Text Import Options に を 入 れる 5Text File Import Optionsの Delimiterで Comma に 6Column Namesの Transfer first line as attribute names Star Import Row に 7Select the primary key column in table:で GENE を 選 択 8Previewでカラム GENE が 青 色 (プライマリーキー)に なっていることを 確 認 9 OK をクリック

40 追 加 実 習 3. Cytoscapeフォルダにあるサンプルデータ galfiltered.*** や 自 分 で 作 成 したテキスト Excelファイルを 使 ってCytoscapeでパスウェイを 表 示 編 集 してみましょう 作 成 したネットワークを 見 やすくする 1.Visual Styleの 変 更 1Control Panelの VizMapperタブを 選 択 2Current Visual Stypeから 適 当 なもの を 選 択 2.Layoutの 変 更 3メインメニューの Layout もしくはア イコンメニューの Layoutを 選 択

41 ノード エッジの 属 性 の 確 認 メインメニュー Select Select all nodes and edges やメイン ネットワークビュー 上 でノードやエッジ を 選 択 2Table Panelでノー ド エッジの 属 性 を 確 認 3ノードとエッジ 属 性 の 切 り 替 えはタブ で 行 う 4 表 示 する 属 性 を 選 択

42 42 VizMapper を 使 ったラベルの 編 集 1 2 ノードの 表 示 を 属 性 の COMMON に 変 更 1Control Panelで VizMapper を 選 択 2Visual Mapping Browserの Node Label で COMMON を 選 択

43 VizMapper を 使 ったエッジ 形 状 の 編 集 Control Panel で VizMapper を 選 択 2Visual Mapping Browserの Edge Line Type を 選 択 3 Mapping Type で Discrete Mapping を 選 択 4 pd (タン パク 質 -DNA 結 合 )を Dash pp (タンパ ク 質 -タンパク 質 結 合 )を Solid に 指 定

44 44 その 他 の 書 式 変 更 の 方 法 ノード 色 の 編 集 スライド27~29 VizMapper を 使 ったノード 色 の 編 集 を 参 照 デフォルト 値 の(ノード エッジ 書 式 の 一 括 ) 編 集 スライド30 VizMapper を 使 ったデフォルト 値 の 編 集 を 参 照

45 45 レイアウト 機 能 サンプルデータ: galfiltered.cys

46 46 Attribute Circle Layout ノードの 属 性 値 の 順 に 環 状 グラフの 下 部 から 時 計 回 りに 配 置 するレイアウト 1メインメ ニュー Layout Attribute Circle Layout gal4rgex p ( 使 用 す る 属 性 値 )を 選 択

47 Degree Sorted Circle Layout ノードが 持 つエッジ 数 の 多 いものからの 環 状 グラフの 下 部 から 反 時 計 回 りに 配 置 するレイアウト 1メインメ ニュー Layout Degree Sorted Circle Layout を 選 択 47

48 48 Group Attribution Layout ノードの 属 性 値 (Attribute)で 同 値 のものを 同 じ 環 状 グラフに 配 置 するレイアウト 1メインメ ニュー Layout Group Attribution Layout Degree を 選 択

49 49 Prefuse Force Directed Layout グラフの 詳 細 な 構 造 を 表 すのに 適 したレイアウト 1メニュー Layout Cytoscape Layouts Prefuse Force Directed Layout を 選 択 メニューアイコンで 初 期 設 定 されているLayoutが Prefuse Force Directed Layout

50 50 Hierarchical Layout パスウェイを 階 層 的 に 表 現 するレイアウト 1メインメ ニュー Layout Hierarchic al Layout を 選 択

51 51 データ 解 析 の 例 ( 参 照 :Basic Expression Analysis - Yeast ) サンプルデータ: galfiltered.cys

52 52 Gal4をノックアウトしたときの 遺 伝 子 発 現 ネットワークを 表 示 1 2 1Visual Mapping Browserの Node Fill Color で gal1rgex p を 選 択 2スライド27 ~29を 参 考 に 低 発 現 を 赤 高 発 現 を 緑 に 設 定

53 フィルタ 機 能 を 使 った 絞 り 込 み タンパク 質 -DNA 相 互 作 用 (pd)のエッジを 抽 出 53 1Control Panel の Filters を 選 択 2 Filter Definition Column/Filter で edge:interact ion を 選 択 次 いで Add を 押 す 3Advancedのク エリー 欄 に pd を 入 力 4 Apply Filter を 押 す 5タンパク 質 - DNA 相 互 作 用 (pd)を 表 す 破 線 が 赤 く 選 択 さ れていることを 確 認

54 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 1 of メインメ ニュー Select Nodes Nodes connected by selected edges を 選 択 タンパク 質 -DNA 相 互 作 用 (pd)のエッジと 繋 がっているノードの 抽 出

55 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 2 of メインメ ニュー File New Network From selected nodes, selected edges を 選 択 タンパク 質 -DNA 相 互 作 用 (pd)のエッジとそれと 繋 がっているノードを 構 成 要 素 とするネットワークを 抽 出

56 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 3 of Control Panelの Network で 元 のパス ウェイ (galfilteder.s if)の 下 位 に 部 分 パスウェ イ (galfilteder.s if(1))が 作 成 されたことを 確 認 4メニューアイ コンでレイア ウトを 変 更

57 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 4 of エッジの 一 端 が 矢 じり 形 であることを 確 認 4Control Panel の VizMapper で Edge Target Arrow Shape を Interaction Mapping Type を Discrete Mapping pd を Delta に 設 定 5もし Edge Target Arrow Shape の 表 示 が 見 当 たらない 場 合 は Show All をクリック

58 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 5 of メインネット ワークビューも しくは 画 面 左 下 のネットワー ク 全 体 図 から 黒 および 赤 色 の ノード( 低 発 現 遺 伝 子 GAL1, GAL7, GAL10)に 注 目 し その 近 辺 を 拡 大

59 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 6 of 低 発 現 遺 伝 子 ( 黒 赤 色 ノード)の 周 辺 に あるGAL4, 11に 注 目 し それらと 直 接 相 互 作 用 する 遺 伝 子 (タンパク 質 )を 検 索 する メインネッ トワーク ビューで Shiftキーを 押 しながらGAL4, 11を 複 数 選 択 8アイコンメ ニュー First Neighbors of Selected Nodes をク リック

60 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 7 of アイコンメ ニュー New Network From Selection を クリック

61 サブパスウェイ( 部 分 パスウェイ)の 抽 出 8 of GAL4, 11と 相 互 作 用 する 遺 伝 子 (タンパク 質 )を 抽 出

62 62 プラグインの 紹 介

63 63 Manage Plugins 1メインメニュー Apps App Manager を 選 択 エンリッチメント 解 析 データ 解 析 ネットワーク 解 析 等 の 拡 張 機 能 は App Manage で 導 入 実 行 管 理 する グラフ 解 析 オントロジー 解 析 データインポー ト クラスタリング 遺 伝 子 発 現 GOアノテーショ ン 相 互 作 用 DB

64 64 Agilent Literature Search Pubmed OMIM USPTO( 米 国 特 許 商 標 庁 )を 情 報 元 として 検 索 キーワード と 関 係 のある 相 互 作 用 情 報 をマイニングし ネットワーク 表 示 するツール

65 ClueGO 過 剰 発 現 遺 伝 子 群 など 遺 伝 子 っクラスターを 対 象 に GeneOntology, Keggなどを 使 って 機 能 予 測 するツール 65 類 似 のツール:BiNGO

66 66 jactivemodules 遺 伝 子 発 現 量 などの 情 報 をもとに 大 規 模 なネット ワークの 中 からクラスターを 発 見 するツール

67 67 MCODE ネットワーク 分 析 により 大 規 模 なネットワーク の 中 からクラスターを 発 見 するツール

68 68 clustermarker (Cytoscape 2.x) 階 層 クラスタリングやk-means 法 による 遺 伝 子 クラスタリングを 行 うツール

69 69 TIPS 知 っていると 便 利 なよく 使 う 操 作 方 法

70 70 1. 作 成 したパスウェイを 削 除 する 1. Controlパネルの Network で 対 象 のパスウェイを 選 択 2. 右 クリックで Destroy Network を 選 択 2. 作 業 (パスウェイの 編 集 作 成 )の 内 容 をすべて 消 去 して 最 初 から 作 業 し 直 す 1. メインメニュー File の New Session を 選 択 3. 複 数 のネットワークを 結 合 (マージ)する 1. メインメニュー Tools の Merge Networks を 選 択 2. Advanced Network Mergeのウィンドウで union を 選 択 し マージしたいネットワークを 選 択 右 向 き 矢 印 を 押 し Merge ボタンを 押 す

71 71 参 考

72 72 情 報 提 供 共 有 サイト 1 of 2 Cytoscape 3.x のチュートリアル 集 Cytoscape 2.x のチュートリアル 集 Basic Expression Analysis Yeast alysis_in_cytoscape Cytoscape Japanese Documentation Project Cytoscapeに 関 する 日 本 語 情 報 のポータルサイト ( 新 )Cytoscape J ( 旧 )Cytoscape Info

73 73 情 報 提 供 共 有 サイト 2 of 2 統 合 TV Cytoscape を 使 い 倒 す!~ 基 本 操 作 編 ~ ( Cytoscape 2.x ) Cytoscape を 使 い 倒 す!~ 応 用 発 展 編 ~ ( Cytoscape 2.x ) ボランティアによる 日 本 語 チュートリアル ( 日 本 語 ) ネットワーク 解 析 リンク 集 ( 少 し 古 め)

74 74 謝 辞 本 資 料 を 作 成 するに 当 たり Cytoscape 開 発 者 の 大 野 圭 一 朗 氏 (UCSD)からご 助 言 最 新 の 情 報 をいただきました 感 謝 申 し 上 げます また 本 資 料 は National Resource for Network Biology (NRNB) Showcaseの Introduction to Cytoscape ( Basic Expression Analysis in Cytoscape ( 他 を 参 考 に 作 成 しました