R 本体は最新のリリース版 R パッケージは 必要最小限プラスアルファ の推奨インストール手順を示します スライドは Windows0 環境でのスクリーンショットです ウェブブラウザによって挙動が多少異なるのでご注意ください 私は Chrome を使っています R 本体とパッケージのインストール Windows 版 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
Contents 事前準備 : 古い R 本体とパッケージ群の削除 R 本体のインストール PC 環境設定 ( 登録されている拡張子も表示する ) R の起動と終了 パッケージ群のインストール インストール確認 エラーへの対処
事前準備 現在進行中の論文でバージョンを変更したくない場合などを除き たとえ以前インストールした R 本体のバージョンがそれほど古くなくても ( あるいは全く同じ最新版だったとしても ) 自己責任で手順通りに真っさらな状態にしておくことが肝要です ( もちろん全て自己責任のもとで ) 3
事前準備 まずは R 本体の削除 プログラムのアンインストール 4
事前準備 削除したい R 本体を選択して アンインストール 5
事前準備 次は 以前にインストール済みの R パッケージ群の削除 以前インストールした場所が ドキュメントの場合は に見えている R フォルダごと削除 6
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R 本体のインストール R 本体は 最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 8
R 本体のインストール R のインストーラ 9
R 本体のインストール ここでは ダウンロードフォルダになっていますが どこでもよいのでダウンロードして exe ファイルを実行 0
R 本体のインストール OK 次へ
R 本体のインストール ここに R 本体がインストールされます このときは ver. 3.5. でした 次へ 3 次へ 3
R 本体のインストール 次へ 次へ 3
R 本体のインストール ここにチェックを入れて 次へ もしチェックし忘れても 単にインストール後にデスクトップ上に 3 のようなアイコンが作成されないだけなので問題ありません 4
R 本体のインストール インストール進行中 完了 5
R 本体のインストール つのアイコンが作成されます R i386 3.X.Y のほうは 3 bit 版で私は通常使わないのでゴミ箱行きにします R x64 3.X.Y のほうを使います 6
R 本体のインストール つまりこういうこと 7
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PC 環境設定 ファイルの拡張子を明示させる作業です 9
PC 環境設定 Windows0 の場合は こんな感じに見えるので 設定 のような画面になる 3 設定の検索のところで 3 0
PC 環境設定 拡張子と打つと すぐに直下に候補が見られるので を選択
PC 環境設定 エクスプローラーのオプションの表示タブが開く 下にスクロールすると 3 登録されている拡張子は表示しないの項目が見つかるので 3
PC 環境設定 チェックを外して 適用 3OK 3 3
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R の起動 R x64 3.X.Y をダブルクリックで起動 5
R の起動 起動直後は画面いっぱいに開くので 最大化を解除 6
R の起動 私は 通常こんな感じで利用します 7
R の起動 赤枠で囲まれた部分が R コンソール画面 8
R の終了 通常のソフトウェアと同様 右上の ボタンを押せばよい 作業スペースを保存しますか? というダイアログが出る この意味が不明な最初のうちは 3 いいえでよい 間違って はい を押してしまっても.Rdata と.Rhistory という つのファイルが作成されるだけなので特に問題はない 3 9
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パッケージ群のインストール 必要最小限プラスアルファ の推奨インストール手順を示します 3
. R 本体を起動 R 本体を起動 3
. R 本体を起動 起動完了 33
. パッケージ群のインストール は 赤枠部分を全て反転させてコピー 具体的には 34
. パッケージ群のインストール こんな感じで 左上から 35
. パッケージ群のインストール ず ~ っと 一番下まで選択して ( 反転させて ) 36
. パッケージ群のインストール 右クリックで コピー 37
. パッケージ群のインストール 右クリックで コピー R Console 画面上で 右クリックで 3 ペースト 3 38
. パッケージ群のインストール 大抵の場合 で示されているようなの場所への書き込み権限がないというメッセージが表示されて 3のメッセージが出ます 4はい 経験上 0 台に 台程度はの場所にそのままインストールされます 4 3 39
. パッケージ群のインストール ちなみに a personal libraryは ドキュメントに相当します 40
. パッケージ群のインストール を押すと 今度は の質問を受けます 4
. パッケージ群のインストール これは ( ユーザ名 kadotaの ) ドキュメントの正式な場所名であるC: Users kadota Documents 上に 4
. パッケージ群のインストール こんな感じでフォルダを作成し その中にパッケージ群をインストールしていいですか? と聞かれていることに相当します はい 43
. パッケージ群のインストール この段階で Rのフォルダが新規作成されます どこからダウンロードするかを聞かれているので ここではデフォルト (Cloud) で 3OKとします 4 下にスクロールして 日本国内の近い場所を直接指定するほうが早いかも 4 3 44
. パッケージ群のインストール インストールがはじまったところ 基本的にアルファベット順に並べてあるので ( この場合 ) 最初はape のパッケージからです インターネット環境にも大きく依存するが 東大有線 LAN 環境で概ね30 分程度 45
. パッケージ群のインストール 途中経過 46
. パッケージ群のインストール 途中経過 47
. パッケージ群のインストール 無事最後まで終了したところ 起動直後と同じコマンド入力待ち状態 (>) になったら終了です 一番最後のパッケージが一番ダウンロードに時間がかかります 理由は3677.8MBもあるからです 3 48
. パッケージ群のインストール は ヒトゲノム配列を丸々含むパッケージです 本来は 3GBですが 圧縮しているので677.8MBで収まっています この段階で一区切りなので 疲れたら一旦終了でもよい 49
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3. 確認 パッケージ群が無事インストールできているかを確認します の文字がページ上部に来る程度まで画面をスクロール 5
3. 確認 これくらいで OK 作業自体は さきほどと同じくコピペです ここではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に読み込む ( ロードする ) 作業を行っています 回目とか 回目とか書いていますが 中身は同じです 回目はごちゃごちゃ様々なメッセージが出ます 回目はエラーが出て読み込めなかったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています 5
3. 確認 赤枠内のコード全体を コピーして 53
3. 確認 赤枠内のコード全体を コピーして R Console 画面上で 右クリックで 3 ペースト インストール完了直後の状態でも 一旦終了して R を再び起動させたあとの状態でもどちらでもよい 3 54
3. 確認 途中経過 こんな感じで画面がどんどん遷移します 分程度で終了します 55
3. 確認 終了後の状態 R Console 画面上に見えている範囲のパッケージ群は エラーなくロード ( 読み込み ) できていると解釈します 上にスクロールさせていって エラーメッセージが出ているものがないかを確認 56
3. 確認 上方向に クリックした段階で 早速発見! 57
3. 確認 のあたりを少しずつクリックしていって /3 ページほどさらに上部に移動させたところ ロードできなかったのは EBSeq というパッケージであるが その原因は 3 blockmodeling というパッケージであると解釈します 3 58
3. 確認 のあたりを少しずつクリックしていって さらに /3 ページほどさらに上部に移動させたところ ここが 回目の確認用コードの最初なので 今回の場合は 3blockmodeling のみに対応すればよい 4EBSeq を使わないのであれば このまま放置でもよい 4 3 59
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エラーへの対処 ここでは EBSeq を読み込めるようにすることを目的として blockmodeling のエラーへの対処を行います このエラーメッセージは非常に分かりにくく 私も最初に遭遇したときは試行錯誤しながら対処しました この問題への対処は中上級レベルですが 誰かがブログなどに記載しているかもしれませんのでググるのが基本です 私のウェブページ上にも対処法を記載してあるので それを見せます 6
エラーへの対処 このウェブページ上で 以前に認識して掲載した blockmodeling のエラーへの対処法を ページ内検索 (CTRL + F キー ) で探します 6
エラーへの対処 blockmode ぐらいまで打ち込んだ段階で 以前記載した対処法の部分に飛びます 63
エラーへの対処 対処法です 64
エラーへの対処 ドキュメント ( 今回インストールされた場所 ) R 3win-library 3 65
エラーへの対処 3.5( 今回インストールした R 本体のバージョン 3.5. と対応 ) この中にインストールされた R パッケージがアルファベット順に並んでいるので blockmodeling を探す 66
エラーへの対処 blockmodeling を発見 CITATION というファイルを削除 67
エラーへの対処 ファイルを削除し終えたら R Console 画面上で もう一度 library(ebseq) と打ち込んで確認 68
エラーへの対処 つまりこういうことです リターンキーを押すと 69
エラーへの対処 画面がば ~ っと流れてよくわかりません を少しずつ押していって エラーが出ていないかを確認してもよいですが ここではやらずに ( 小技の伝授を兼ねて ) もう一度 library(ebseq) を実行します 70
エラーへの対処 キーボードの上矢印キーを 回押すと 直前に打ち込んだコマンドが表示される この状態でもう一度リターンキーを押す 7
エラーへの対処 無事エラーが出なくなりました 7
エラーへの対処 blockmodeling の例は特殊です 通常のエラーメッセージは パッケージがインストールされていないことに起因するものがほとんどです XXX というパッケージがない と言われ インストールする場合は を参考にしてください どのように対処すればいいか不明なヒトは エラーメッセージを添えて私までメールしてください 73