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アップロードするプローブリストのフォーマット この資料では お手持ちのプローブを使ってカスタムアレイを作成するために earray にプローブをアップ ロードするリストのフォーマットを説明します フォーマットは Complete および MINIMAL フォーマットがございます デザインファイルはアップロードされ たファイルを基に作成されますので より情報が多い Complete をお勧めいたします ファイル名は英数字 のみにしてください Complete フォーマット 以下の 7 項目からなるリストをタブ区切りのテキスト形式 または MS-EXCEL 形式のファイルで準備してく ださい 各項目には文字制限や表記フォーマットなどの注意点がありますので 以下をご参照ください ProbeID, Sequence, TargetID, Accessions, GeneSymbols, Description, ChromosomalLocation 例 ProbeID 各プローブ配列にユニークな ID で 15 文字以内になるようにつけてください 1 アップロードするプローブリストのフォーマット

Sequence プローブ配列は 5 3 の向きになるように準備してください アップロード可能なプローブは 20~60 mer の長さのプローブです 対応する配列は IUB/IUPAC の核酸コードの簡略版で記述します 配列は文字 A, T, C, G のみを含むようにします 20-60 mer のプローブをアップロードできますが 60 mer 以外は保証の対象外です TargetID 大元の配列にユニークな ID です 各転写産物をもっとも代表する Accession ID (Primary Accession) とし て参照する事も可能です TargetID がない場合には NA としてください Accessions 核酸の配列 またはタンパクの配列を参照する ID です < ソース > <ID> のフォーマットで準備してください < ソース > はデータベースのシンボル <ID> はそのデータベースでのアクセッション番号になります 例 ref NM_015752 Accessions は複数の ID を対応させる事も可能です 複数並べる場合には の文字で区切ってください 例 gi 7657630 ref NM_015752 Accessions がない場合には NA NA としてください NA だけではエラーになります GeneSymbols 表現型 遺伝子産物 遺伝子の機能などを表すユニークなシンボル GeneSymbols がない場合に は NA としてください Description 各プローブの詳細 アップロードできる最大字数は 80 文字です Description がない場合には NA として ください ChromosomalLocation 各プローブの染色体番号と位置になります 例 chr19:11392326-11391822 位置情報が分からない場合にはブランクとせず chr0:0-0 としてください アルファベットは全て小文字に します NA と入力した場合はエラーになり アップロードする事ができません Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要です 2 アップロードするプローブリストのフォーマット

MINIMAL(Simple) フォーマット MINIMAL フォーマットをアップロードする場合には ProbeID と Sequence の 2 項目からなるリストをタブ 区切りのテキスト形式 または MS-EXCEL 形式のファイルで準備してください 例 ProbeID 各プローブ配列にユニークな ID で 15 文字以内になるようにつけてください Sequence プローブ配列は 5 3 の向きになるように準備してください アップロード可能なプローブは 20~60 mer の長さのプローブです 対応する配列は IUB/IUPAC の核酸コードの簡略版で記述します 配列は文字 A, T, C, G のみを含むようにします 20-60 mer のプローブをアップロードできますが 60 mer 以外は保証の対象外です Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要ですので acgh あるいは ChIP-oh-chip のカスタムアレイは Complete フ ォーマットをお勧めいたします 3 アップロードするプローブリストのフォーマット

カスタムアレイ作成の流れ Probe x Probe D Probes Probe Groups Microarray Designs Probe 4 Probe 1 Probe C Probe A Probe w Probe 2 アップロード Probe 3 Probe y Probe B プローブ設計 プローブの検索 選択 プローブ設計あるいはを行います Step1 Probe Group Ⅰ Probe 1 Probe 2 Probe 3 Probe 4 Probe Group Ⅱ Probe A Probe B Probe C Probe D Probe Group Ⅲ その結果をプローブグループとして保存します 1x244K 2x105K 4x44K 8x15K Probe Group Ⅰ x 3 Probe Group Ⅲ x 2 アレイフォーマットを選択し アレイに載せるプローブグループおよび繰り返し数 を指定します プローブグループごとに繰り返し数を指定できます またStep1で異なる方法で結果を得たプローブグループでも同じアレイに搭載可能です Step2 Order Status を Submitted にする必要があります

カスタムアレイ作成の流れ Step1. Probe Group の作成下記いずれかの方法で収集したプローブをグループ化します - カタログアレイに搭載されている目的のプローブを検索 -HD-CGH あるいは HD-ChIP( アジレント設計済みのプローブ ) から 目的のプローブを検索 (CGH および ChIP のみ ) - 手持ちのプローブリストを earray に Upload - 遺伝子発現プローブを設計 グレー字の方法は別資料をご参照ください Step2. アレイデザインの作成フォーマットを選択し (1x244K, 2x105K, 4x44K, 8x15K) Step1 で作成したプローブグループを指定します 複数の Probe Group を指定できます Page 2 Group/Presentation Title Agilent Restricted Month ##, 200X

Upload とは お持ちのプローブを earrayのworkspaceに登録することです Uploadしプローブグループとして登録することで アレイに搭載することが可能です Expression Workspace CGH ChIP AgilentCatalog AgilentCatalog AgilentCatalog ユーザースペース ユーザースペース ユーザースペース Your Probe 001 Probes Your Probe 004 Your Probe 002 Your Probe 005 Your Probe 003 Your Probe 006 Expression, CGH および ChIP のうち選択したアプリケーションのユーザースペースに保存されます 25-60mer の配列を upload できます

Step1_Upload するファイルの準備 アップロードするプローブリストのフォーマット の資料を参照し Complete フォーマットまたは Minimal フォーマットでプローブリストを準備します Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要ですので acgh あるいは ChIP-oh-chip のカスタムアレイは Complete フォーマットをお勧めいたします 注 : ファイル名は英数字のみにしてください またファイルを保存するフォルダーのパスも英数字のみを含むようにしてください ( 例 C ドライブ > earray) ファイルはデスクトップ上には保存しないでください 1.eArray のログイン後画面の右上で 該当するアプリケーションタイプ (Expression CGH あるいは ChIP) になっていることを確認します アプリケーションタイプを変更するには Switch Application Type をクリックし 該当するアプリケーションを選択し Save をクリックします

Step1_Upload の設定 2. Probes タブをクリックし Upload を選択します 選択した項目は白抜き文字に変わります 3.Upload する際の設定を入力 選択します Species: 生物種を選択します Remove replicate probes from upload アップロードするファイル中に重複があった場合 チェックが入っていると重複したプローブは除かれ 別のプローブグループとして保存されます

Step1_Upload の設定 Probe Precedence 3 種から選択します Overwite matching probes ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合 その他の項目の情報を上書きします Skip matching probes ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合 それ以外のプローブをアップロードします Cancel upload if any probes already exist ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合 アップロードをキャンセルします

Step1_Upload の設定 Upload Type: 2 種から選択します Upload Probes Only プローブをアップロードしますが プローブグループは作られません Create New Probe Group アップロードとともに プローブグループ化します Upload File Browse をクリックし 準備したファイルを指定します ファイルは 名前に全角を含めないフォルダに保存をしてください C: 以下に全角が含まれると 認識されません File Format:COMPLETE あるいは MINIMAL から ファイルのフォーマットを 選択します File Type:MS-EXCEL あるいは TDT から ファイルタイプを選択します

Step1_Upload の設定 4. すべて選択 指定したら Next をクリックします 5. 各ヘッダーをプルダウンから選択します この 2 つをあわせます 準備したファイルにヘッダーを含んでいる場合は My upload file contains Column Headings にチェックを入れます Upload をクリックします

Step1_Upload したファイルの確認 6. Close をクリックします プローブ数やご使用環境により アップロードに必要な時間は異なります 数時間あるいは数日かかることもあります ( その間 earray からログアウトしても問題ありません ) 終了あるいは何らかの理由で Upload できなかった場合 その旨を知らせるメールが届きます Upload の状態をモニターする必要はございません Status は目安として参照してください

Step1_Upload したファイルの確認 7. アップロードの状態は Home タブで確認できます アップロードの場合は Job Type が ProbeUpload となっています Status :Upload pending アップロード待ち Status :Complete アップロード終了 Status :Error 何らかの理由でアップロードがキャンセルされた Job Position :Job X of Y Jobs アップロード待ち アップロードが問題なく終わると Pending Jobs からなくなります Failure の記録は Delete するまで残ります Upload が問題なく終了したかどうかは メールあるいは Probe Group タブから確認してください

Step1_ エラーメッセージの見方 何らかの理由でプローブ設計が完了しなかった場合 その旨伝えるメッセージメールおよび原因を簡単に記載したファイルが届きます 添付ファイル エラーメッセージメールに添付されているファイル (html) を開くと エラーの原因となったカラムが赤く表示されます マウスを持っていくあるいはクリックするとエラー理由が表示されます ファイル内容を確認 変更後 再度操作を行ってください

Step1_Upload したプローブグループの確認 作成したプローブグループは Probe Group タブから確認できます Search で検索あるいは Browse ProbeGroup でブラウズし 表示させます ブラウズして表示させる場合 Workspace 名 プローブグループが作成できたら Step2. アレイデザインの作成に進みます * デザイン途中で 6 ヶ月経ったもの あるいはデザイン終了後 6 ヶ月間オーダーされなかったデザインは自動的に Probe Group ごと削除されますのでご注意ください

Step1_Upload したファイルの確認 Actions 欄内の 青いリンクをクリックすると各種操作ができます Copy: プローブグループを複製し 同じ内容のプローブグループを作ります Edit: プローブの削除 プローブグループ名の変更等ができます View: プローブグループの内容を閲覧します Delete: プローブグループを削除します Download: 各種フォーマットでプローブのリストをダウンロードします Workspace 名 Probe Group の作成が終了したら Step2. アレイデザインの作成をしてください