Maser 3 Cell Innovation User Operation Manual 2013.4.1 1
目次 1. はじめに... 3 1.1. 推奨動作環境... 3 2. データの登録... 4 2.1. プロジェクトの作成... 4 2.2. Projectへのデータのアップロード... 8 2.2.1. HTTPSでのアップロード... 8 2.2.2. SFTPでのアップロード... 14 3. 解析の実行... 21 4. 解析結果の閲覧... 26 4.1. 結果レポートの閲覧... 26 4.2. 実行ログの参照... 30 5. データの編集... 34 5.1. プロジェクト情報の編集... 34 6. データの共有... 36 6.1. プロジェクトの共有... 36 7. データのコピー... 38 7.1. プロジェクトのコピー... 38 7.2. 解析フロー ( モジュールやデータ ) 図のコピー... 39 8. データの削除... 44 8.1. プロジェクトの削除... 44 8.2. 解析フロー図の削除... 45 8.2.1. パイプラインの削除... 45 8.2.2. モジュール履歴の削除... 47 8.2.3. データの削除... 50 9. 補足 :SFTP:WinSCP/Cyberduckの利用方法... 52 9.1. WinSCPによるSFTPアップロード方法 (Windows)... 52 9.2. CyberduckによるSFTPアップロード方法 (Mac OS X /Windows)... 56 2
1. はじめに 1.1. 推奨動作環境 CPU Intel Core2Duo 以降のマルチコア CPU で 動作周波数 3GHz 以上を推奨 メモリ 2GB 以上を推奨 ウェブブラウザ Windows PC の場合 Google Chrome 20.0 以降の利用を推奨 Macintosh PC の場合 Safari 5.1 以降 もしくは Google Chrome 20.0 以降の利用を推奨 プラグイン Genome Explorer において Adobe Flash Player 11 以降の利用を推奨 (Adobe Flash Player 10 以降の利用は必須 ) 3
2. データの登録 2.1. プロジェクトの作成 (1) 画面上部メニューより [ Project ] をクリックします 4
(2)[ Create New Project ] ボタンをクリックします 5
(3) プロジェクトの各種情報を入力します 入力を終えたら [ OK ] ボタンをクリックします 6
(4) プロジェクトが作成されました [ Close ] ボタンをクリックします 7
2.2.Project へのデータのアップロード 2.2.1. HTTPS でのアップロード (1) [ Project ID ] をクリックします (2) [ Upload Data Here ] ボタンをクリックします 8
(3)[ Upload via HTTPS ] ボタンをクリックします (4) アップロードするデータの名前を入力します 9
(5) アップロードするデータの種別を選択します 注意 ここで選択されたデータの種別に応じて実行可能な解析パイプラインの種類が変わります 正確に選択してください ここに選択内容が反映されます 10
(6) アップロードするファイルを指定します [ 参照 ] ボタンをクリックして お使いの端末のファイ ルを指定します ここに指定内容が反映されます 11
(7) アップロードするファイルが指定されました 指定を終えたら [ Upload ] ボタンをクリックします 補足 付加情報がある場合には Optional Information: 以下に各種入力します 12
(8) データがアップロードされました [ Open Project Detail window ] ボタンをクリックし 完了です 13
2.2.2. SFTP でのアップロード (1)[ Project ID ] をクリックします (2) [ Upload Data Here ] ボタンをクリックします 14
(3)[ Upload via SFTP ] ボタンをクリックします (4) 以下画面で説明されている方法にて SFTP によるファイルアップロードを行います アップロードを終えたら [ Next ] ボタンをクリックします 参考 Windows 利用の方 :9.1.WinSCPによるSFTPアップロード方法(Windows) Mac OS X 利用の方 :9.2.CyberduckによるSFTPアップロード方法(Mac OS X /Windows) 15
(5) アップロードするデータの名前を入力します 16
(6) アップロードするデータの種別を選択します 注意 ここで選択されたデータの種別に応じて実行可能な解析パイプラインの種類が変わります 正確に選択してください ここに選択内容が反映されます 17
(7)SFTP でアップロードしたファイルを指定します 18
(8) ファイルが指定されました 指定を終えたら [ Upload ] ボタンをクリックします 補足 付加情報がある場合には Optional Information: 以下に各種入力します 19
(9) データがアップロードされました [ Open Project Detail window ] ボタンをクリックし 完了です 20
3. 解析の実行 (1)[ Select All Data ] ボタンをクリックして プロジェクトに登録したデータを全て選びます 補足 個別にデータを選ぶ場合には [ Select ] ボタンをクリックします 21
(2)[ Analysis ] ボタンをクリックします 補足 解析対象から外したいデータがある場合は [ Unselect ] ボタンをクリックします 22
(3) 選択したデータのデータ種別で実行可能なパイプラインが表示されます [ Visualization ] カテゴリをクリックし パイプラインを絞り込みます 23
(4)loadBAM2ge_db(single-end) の [ Analysis ] ボタンをクリックします 補足 パイプラインの詳細を確認したい場合には [? ] アイコンをクリックします 24
(5)[ Run ] ボタンをクリックし実行します 補足 オプションを指定する場合には [ Set option and run ] をクリックします 25
4. 解析結果の閲覧 4.1. 結果レポートの閲覧 (1)[ Project ID ] をクリックします 補足 プロジェクトが多数ある場合は [ Filter ] 欄でキーワードを入力し絞り込めます 26
(2)[ HTML ] アイコンをクリックします 27
(3)[ レポート ] アイコンをクリックします (4)HTML ファイル名をクリックします 補足 NGS 解析データはファイルサイズが大きく Web ブラウザで開けない場合があります そのような場合では CSV ファイルの方をダウンロードしてください Excel で開いて結果を確認することが出来ます 28
(5) 解析結果が表示されます 補足 上部の Filter 部分で 条件を指定しデータを絞り込むことが出来ます 下部の表において 項目名をクリックすると昇順 / 降順ソートが出来ます また 下部の表にある [ GE link ] をクリックするとゲノムブラウザでリードの貼り付きを確認出来ます 29
4.2. 実行ログの参照 注意 当機能は 新インターフェイスでのみ利用可能です (1) [ Module Flow View ] ボタンをクリックします 30
(2) モジュールを選択します 31
(3) [ Log ] アイコンをクリックします 32
(4) 各種ログファイル一覧が表示され ダウンロードすることによりログを確認出来ます グリッドエンジンの標準エラーログ グリッドエンジンの標準出力ログ 実行されたコマンドのログ ( 実コマンド 視認性 : 低 ) 実行されたコマンドのログ ( 視認し易いように改行 ) 実行時間のログ 参考 Abort の原因確認例 evaluated_command.txt DP00046374.demouser.e206574.1.txt 上記より Abort の原因は no-update-check をファイル名とみなしエラーとなっており -b オプションに対するファイルパスの指定が必要だったと確認 33
5. データの編集 5.1. プロジェクト情報の編集 (1)[ Edit ] アイコンをクリックします 34
(2) プロジェクト情報を編集し [ OK ] ボタンをクリックします 35
6. データの共有 6.1. プロジェクトの共有 (1)[ Share ] アイコンをクリックします 36
(2) 共有したいグループを指定します ここに指定内容が反映されます (3) 共有するグループを指定したら [ OK ] ボタンをクリックし完了です 補足 複数のグループを指定する場合には [ Add share group ] ボタンをクリックし 同様にグループを指定します 37
7. データのコピー 7.1. プロジェクトのコピー (1)[ Copy ] アイコンをクリックします (2)[ Copy ] ボタンをクリックします (3) プロジェクトがコピーされました [ Close ] ボタンをクリックし完了です 38
7.2. 解析フロー ( モジュールやデータ ) 図のコピー (1)[ Project ID ] をクリックします (2) [ Module Flow View ] ボタンをクリックします 注意 解析フロー図のコピー機能は モジュール単位でのフロービューの場合のみ利用可能です 39
(3) [Copy Data/Flow] ボタンをクリックします (4) コピーするデータやモジュールを指定します 補足 複数選択可 データやモジュールの混在も可 40
(5)[ OK ] ボタンをクリックします 41
(6) コピー先のプロジェクト ID を指定します ここに選択内容が反映されます 補足 新しいプロジェクトを作成し コピーする場合には[ Create New Project ] ボタンをクリックします 42
(7)[ Copy ] ボタンをクリックし コピーを行います 43
8. データの削除 8.1. プロジェクトの削除 (1)[ Delete ] アイコンをクリックします (2)[ Delete ] アイコンをクリックします (3) プロジェクトが削除されました [ Close ] ボタンをクリックします 44
8.2. 解析フロー図の削除 8.2.1. パイプラインの削除 注意 パイプライン履歴の削除を行っても 対象のパイプラインが生成したデータは削除されません (1) 削除するパイプラインを選択します (2) [ Remove ] アイコンをクリックします 45
(3)[ Remove ] ボタンをクリックします (4) 解析フロー図からパイプラインが削除されました 46
8.2.2. モジュール履歴の削除 注意 モジュール履歴の削除を行っても 対象のモジュールが生成したデータは削除されません (1)[ Module Flow View ] ボタンをクリックします (2) 削除するモジュールを選択します 47
(3)[ Remove ] アイコンをクリックします (4)[ Remove ] ボタンをクリックします 48
(5) 解析フロー図からモジュールが削除されました 49
8.2.3. データの削除 (1) 削除するデータを選択します (2)[ Remove ] アイコンをクリックします 50
(3)[ Remove ] ボタンをクリックします (4) 解析フロー図からデータが削除されました 51
9. 補足 :SFTP:WinSCP/Cyberduck の利用方法 9.1.WinSCP による SFTP アップロード方法 (Windows) (1)WinSCP(http://winscp.net/eng/download.php) をインストールし 起動します (2)ID 連絡票を参考に以下の通り設定し [ ログイン ] ボタンをクリックします ( 例 ) ID 連絡票 SFTP ダウンロード専用アカウント ID ( 先導研究グループ共通 ) グループ名 :demogroup_group パスワード :****************** sftp://cello.lab.nig.ac.jp/ プロトコル :SFTP ポート番号 :22 を指定 52
(3) ログインしました 右側のウインドウの upload フォルダ ( アップロード先 ) をダブルクリック し 開きます お使いの端末にあるフォルダ アップロード先 ( 先導研究グループ専用フォルダ ) (4) アップロードするデータファイルを選択し 右側のウインドウへドラッグ & ドロップします 53
(5)[ コピー ] ボタンをクリックします (6) コピー中の画面が表示され アップロードが開始されます 54
(7) アップロードが完了しました 55
9.2.Cyberduck による SFTP アップロード方法 (Mac OS X /Windows) (1) Cyberduck (http://cyberduck.ch/) をインストールし 起動します (2) [ Cyberduck ] メニューから [ 環境設定 ] を選択します (3) [ SFTP ] アイコンをクリックし 使用する転送方式に SCP(SSH による暗号化 RCP) を指定します 指定し終えたら ウインドウを閉じます 56
(4)[ 新規接続 ] アイコンをクリックします 57
(5) SFTP (SSH による暗号化 FTP) を選択し ID 連絡票を参考に以下の通り設定します 設定し終えたら [ 接続 ] ボタンをクリックします ( 例 ) ID 連絡票 SFTP ダウンロード専用アカウント ID ( 先導研究グループ共通 ) グループ名 :demogroup_group パスワード :****************** sftp://cello.lab.nig.ac.jp/ ********** 58
(6)[ 常に ] ボタンをクリックします 補足 このメッセージは初回のみ表示され 次回からは表示されません (7) ログインしました upload フォルダ ( アップロード先 ) をクリックし 開きます 59
(8) アップロードするデータファイルを選択し ドラッグ & ドロップします (9) 転送画面が表示され アップロードが始まります 60
(10) アップロードが完了しました 以上 61